View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13424_low_2 (Length: 697)

Name: NF13424_low_2
Description: NF13424
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13424_low_2
NF13424_low_2
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (4-439)||(14748589-14749024)
chr7 (4-442)||(14763635-14764073)
chr7 (604-681)||(14747813-14747889)
chr7 (232-377)||(14811659-14811804)
chr7 (232-377)||(15258654-15258799)
chr7 (242-279)||(14708660-14708697)
chr7 (242-279)||(14757478-14757515)
chr7 (232-281)||(14804337-14804386)
chr7 (232-281)||(15251331-15251380)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (4-442)||(17620693-17621131)
chr5 (4-442)||(17564526-17564964)
chr5 (232-377)||(17522376-17522521)
chr5 (242-279)||(17571020-17571057)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (4-440)||(15194077-15194513)
chr1 (4-440)||(15204762-15205198)
chr1 (4-440)||(15214495-15214931)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-418)||(24394079-24394484)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (602-681)||(30298049-30298127)
chr4 (602-681)||(30326916-30326994)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 4 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 14749024 - 14748589
Alignment:
Q  4 tcagatttaaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaatatgttagtaagaatgatgcat 103  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  14749024 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaagatgttagtgaggatgatgcat 14748925  T
Q  104 tctttgttaatgacaatttcagtagcaaactgtataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaaca 203  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||  ||    
T  14748924 tcattgttaatgacaaattcagtagcaaactgtataaggtaaaaataggaactgtagttactcaaaaggaatcggaaccggagaaactaaaaattcggca 14748825  T
Q  204 aagacttgaggaggagcggaagccgcagattgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtc 303  Q
    |||| | | |||||| | |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14748824 aagagtggtggaggaccagaagccccagattgaagcagcaatagtgaggattatgaaatctaggaagcaacttgagcacaacaatcttatagctgaggtc 14748725  T
Q  304 acaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatg 403  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||    
T  14748724 acaaagcagttgcagtcgcgattccttgcaaatccaacagacataaagaaacggattgagtctctcattgaaagggactttttggagagagatgatagtg 14748625  T
Q  404 acagaaaactgtatcattatatttcttagaattggt 439  Q
    |||||||||||||||  ||| || ||||||||||||    
T  14748624 acagaaaactgtatctgtatcttgcttagaattggt 14748589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 4 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 14764073 - 14763635
Alignment:
Q  4 tcagatttaaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaatatgttagtaagaatgatgcat 103  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  || ||||  |||    
T  14764073 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgggtaaagatgttagcgaggatgacacat 14763974  T
Q  104 tctttgttaatgacaatttcagtagcaaactgtataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaaca 203  Q
    ||| |||||||||||  || || || |||||||||||| |||||||||||| |||  |||| ||||||||||| |||| |||||||||| | |||| |||    
T  14763973 tctatgttaatgacagatttagcagtaaactgtataagataaaaataggaactgttgttgcacaaaaggaatcggaactggagaaactggacactcgaca 14763874  T
Q  204 aagacttgaggaggagcggaagccgcagattgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtc 303  Q
    || |   |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  14763873 aaaagaggaggaggatcggaagccccagattgaagcagcaatagtgaggattatgaaatccaggaagcaacttgagcacaacaatcttatggctgaggtc 14763774  T
Q  304 acaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatg 403  Q
    ||  ||||||||||||| | ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||| | ||||||  |  ||    
T  14763773 acgcagcagttgcagtcgcgattccttacaaatccaacggatgtaaagaaacggattgagtctctccttgagcgggaatttttggaaagagatactgttg 14763674  T
Q  404 acagaaaactgtatcattatatttcttagaattggtaag 442  Q
    |||||||||||||||  ||| || | |||||||||||||    
T  14763673 acagaaaactgtatcgatatcttgcctagaattggtaag 14763635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 604 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 14747889 - 14747813
Alignment:
Q  604 acttcttcagttgagtggttatataacatggtaaacaacttaaaaagttgaaataagatagtaggaagatactttctt 681  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14747889 acttcttcagttgagtggttatataacatgttaaacaactt-aaaagttgacataagatagtaggaagatactttctt 14747813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 232 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 14811804 - 14811659
Alignment:
Q  232 attgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcagtcacaattccttg 331  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||  | |||||| |||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||| ||||  |||||   ||||||     
T  14811804 attgaagcagcaatagtgaggattatgaaattcaagaagcagcttgatcataagaatattatagcagaggtgacaaaggagttaaagtcattgttccttc 14811705  T
Q  332 caaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaag 377  Q
      |||||||||||  |||||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  14811704 ttaatccaacagagataaagaaaaggattgaatctcttattgaaag 14811659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 232 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 15258799 - 15258654
Alignment:
Q  232 attgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcagtcacaattccttg 331  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||  | |||||| |||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||| ||||  |||||   ||||||     
T  15258799 attgaagcagcaatagtgaggattatgaaattcaagaagcagcttgatcataagaatattatagcagaggtgacaaaggagttaaagtcattgttccttc 15258700  T
Q  332 caaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaag 377  Q
      |||||||||||  |||||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  15258699 ttaatccaacagagataaagaaaaggattgaatctcttattgaaag 15258654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 279
Target Start/End: Original strand, 14708660 - 14708697
Alignment:
Q  242 caatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgat 279  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14708660 caatagtgaggattaagaaatctaggaagcaacttgat 14708697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 14757515 - 14757478
Alignment:
Q  242 caatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgat 279  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14757515 caatagtgaggattaagaaatctaggaagcaacttgat 14757478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 232 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 14804386 - 14804337
Alignment:
Q  232 attgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatca 281  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||    
T  14804386 attgaagcagcaatagcgaggatcatgaagtttaggaagcagcttgatca 14804337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 232 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 15251380 - 15251331
Alignment:
Q  232 attgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatca 281  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||    
T  15251380 attgaagcagcaatagcgaggatcatgaagtttaggaagcagcttgatca 15251331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 4 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 17621131 - 17620693
Alignment:
Q  4 tcagatttaaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaatatgttagtaagaatgatgcat 103  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||  || |||| ||||    
T  17621131 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtcctgaggaaggagcctacgagtaaagatgttagcgaggatgacgcat 17621032  T
Q  104 tctttgttaatgacaatttcagtagcaaactgtataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaaca 203  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  17621031 tctatgttaatgacaagttcagtagcaaactgtataagataaaaataggaactgtagttactcaaaaggaatctgaaccggagaaactaaaaactcgaca 17620932  T
Q  204 aagacttgaggaggagcggaagccgcagattgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtc 303  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||  || |||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  17620931 aagagttaaggaggagcggaagccgcagactgaggcagcagtagtgaggattatgaaatctagatagaaactagatcagaacaatcttatagctgaggtc 17620832  T
Q  304 acaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatg 403  Q
    ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| | | |     
T  17620831 acaaagcagttgcggtcgcgattccttgcaaatccaacagaggtaaaaaaacagattgagtctctcattgagagggactttttggagagagataacagta 17620732  T
Q  404 acagaaaactgtatcattatatttcttagaattggtaag 442  Q
    |||||||||||||||  ||| || |||||| ||||||||    
T  17620731 acagaaaactgtatcggtatcttgcttagagttggtaag 17620693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 4 - 442
Target Start/End: Original strand, 17564526 - 17564964
Alignment:
Q  4 tcagatttaaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaatatgttagtaagaatgatgcat 103  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  || ||||  |||    
T  17564526 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgggtaaagatgttagcgaggatgacacat 17564625  T
Q  104 tctttgttaatgacaatttcagtagcaaactgtataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaaca 203  Q
    ||| |||||||||||  || || || |||||||||||| |||||||||||| |||  |||| ||||||||||| |||| |||||||||| | |||| |||    
T  17564626 tctatgttaatgacagatttagcagtaaactgtataagataaaaataggaactgttgttgcacaaaaggaatcggaactggagaaactggacactcgaca 17564725  T
Q  204 aagacttgaggaggagcggaagccgcagattgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtc 303  Q
    || | | |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  17564726 aaaagtggaggaggatcggaagccccagattgaagcagcaatagtgaggattatgaaatccaggaagcaacttgagcacaacaatcttatggctgaggtc 17564825  T
Q  304 acaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatg 403  Q
    ||  ||||||||||||| | ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||| | ||||||  |  ||    
T  17564826 acgcagcagttgcagtcgcgattccttacaaatccaacggatgtaaagaaacggattgagtctctccttgagcgggaatttttggaaagagatcctgttg 17564925  T
Q  404 acagaaaactgtatcattatatttcttagaattggtaag 442  Q
    |||||||||||||||  ||| || | |||||||||||||    
T  17564926 acagaaaactgtatcgatatcttgcctagaattggtaag 17564964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 232 - 377
Target Start/End: Original strand, 17522376 - 17522521
Alignment:
Q  232 attgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcagtcacaattccttg 331  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||  | |||||| |||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||| ||||  |||||   ||||||     
T  17522376 attgaagcagcaatagtgaggattatgaaattcaagaagcagcttgatcataagaatattatagcagaggtgacaaaggagttaaagtcattgttccttc 17522475  T
Q  332 caaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaag 377  Q
      |||||||||||  |||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  17522476 ttaatccaacagaaataaagaaaaggattgagtctcttattgaaag 17522521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 279
Target Start/End: Original strand, 17571020 - 17571057
Alignment:
Q  242 caatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgat 279  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17571020 caatagtgaggattaagaaatctaggaagcaacttgat 17571057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 4 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 15194513 - 15194077
Alignment:
Q  4 tcagatttaaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaatatgttagtaagaatgatgcat 103  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  15194513 tcagatttgaagatgtgcctgcaatctttggctttggttaagggtaaaaatgtcctaaggaaggagcctatgaataattatgttagtgagattgatgcat 15194414  T
Q  104 tctttgttaatgacaatttcagtagcaaactgtataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaaca 203  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  15194413 tctttgttaatgacaagttcagtagaaaattgtataaggtaaaaataggaagtgtagttgctgaaacggaacctgaaccggagaaactgaaaactcaaaa 15194314  T
Q  204 aagacttgaggaggagcggaagccgcagattgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtc 303  Q
    || | ||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||| |||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||| ||||||| ||     
T  15194313 aaaagttgaggaggagcggaggccgcagattcaggcttcaatagtgaggattatgaaatctaggaagaaactggaacacaataatcttgtagctgaagta 15194214  T
Q  304 acaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatg 403  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||| | | ||    
T  15194213 acaaagcagttgcagtctcgattccttgcaaatccaacggaggtaaagaaacagattgagtctctaattgagagggtgtttttggagagagataacagtg 15194114  T
Q  404 acagaaaactgtatcattatatttcttagaattggta 440  Q
    |||||||| |||||| |||| || |||||||||||||    
T  15194113 acagaaaattgtatcgttatcttgcttagaattggta 15194077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 4 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 15205198 - 15204762
Alignment:
Q  4 tcagatttaaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaatatgttagtaagaatgatgcat 103  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  15205198 tcagatttgaagatgtgcctgcaatctttggctttggttaagggtaaagatgtcctacggaaggagcctatgaataattatgttagtgagattgatgcat 15205099  T
Q  104 tctttgttaatgacaatttcagtagcaaactgtataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaaca 203  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  15205098 tctttgttaatgacaagttcagtagcaaattgtataaggtaaaaataggaagtgtagttgctgaaacggaacctgaaccggagaaactgaaaactcaaga 15204999  T
Q  204 aagacttgaggaggagcggaagccgcagattgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtc 303  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||| |||||| ||||||| ||     
T  15204998 aagagttgaggaggagcggaggccgcagattcaggcttcaatagtgaggattatgaaatcaaggaagaaactggaacacaataatcttgtagctgaagta 15204899  T
Q  304 acaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatg 403  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||| | | ||    
T  15204898 acaaagcagttgcagtctcgattccttgcaaatccaacggaggtaaagaaacagattgagtctctaattgagagggtgtttttggagagagataacagtg 15204799  T
Q  404 acagaaaactgtatcattatatttcttagaattggta 440  Q
    |||| ||| |||||| |||| || |||||||||||||    
T  15204798 acaggaaattgtatcgttatcttgcttagaattggta 15204762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 4 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 15214931 - 15214495
Alignment:
Q  4 tcagatttaaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaatatgttagtaagaatgatgcat 103  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  15214931 tcagatttgaagatgtgcctgcaatctttggctttggttaagggtaaatatgtcctatggaaggagcctatgaataattatgttagtgagattgatgcat 15214832  T
Q  104 tctttgttaatgacaatttcagtagcaaactgtataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaaca 203  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  15214831 tctttgttaatgacaagttcagtagtaaattgtataaggtaaaaataggaagtgtagttgctgaaacggaacctgaaccggagaaactgaaaactcaata 15214732  T
Q  204 aagacttgaggaggagcggaagccgcagattgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtc 303  Q
    || | ||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||| |||||| ||||||| ||     
T  15214731 aatagttgaggaggagcggaggccgcagattcaggcttcaatagtgaggattatgaaatcaaggaagaaactggaacacaataatcttgtagctgaagta 15214632  T
Q  304 acaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatg 403  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||| | | ||    
T  15214631 acaaagcagttgcagtctcgattccttgcaaatccaacggaggtaaagaaacggattgagtctctaattgagagggtgtttttggagagagataacagtg 15214532  T
Q  404 acagaaaactgtatcattatatttcttagaattggta 440  Q
    |||||||| |||||| |||| || |||||||||||||    
T  15214531 acagaaaattgtatcgttatcttgcttagaattggta 15214495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 13 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 24394484 - 24394079
Alignment:
Q  13 aagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaatatgttagtaagaatgatgcattctttgtta 112  Q
    ||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| || || ||||||| |||| ||| |    
T  24394484 aagagatgtctgcaatcattggctttagttaagggaagaaatgtccttagaaaggagccgatgagtaaagatgttggtgaggatgatgctttctctgtca 24394385  T
Q  113 atgacaatttcagtagcaaactgtataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaacaaagacttga 212  Q
    ||||||| |||||||| ||||| || ||| | |||||||||| |||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||  ||  || | ||    
T  24394384 atgacaagttcagtagtaaactatacaaggttaaaataggaactgtagttgcacaaaaggaatccgaacctgagaaacaggaaactcggcagcgagtgga 24394285  T
Q  213 ggaggagcggaagccgcagattgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcag 312  Q
    ||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24394284 ggaggacaggaagcctcagattgaggcggcaatagtgaggatcatgaaatctaggaggctacttgatcataacaatcttatagctgaagtcacaaagcag 24394185  T
Q  313 ttgcagtcacaattccttgcaaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatgacagaaaac 412  Q
    ||||||| ||  |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||  |||| |||||| |||| |||||||| |||||||||     
T  24394184 ttgcagttacgtttccttgcaaatccaacagaggtcaagaaacgcattgagtctctcattgagcgggactttttggagagggatgataacgacagaaaaa 24394085  T
Q  413 tgtatc 418  Q
    ||||||    
T  24394084 tgtatc 24394079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 48; Significance: 5e-18; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 602 - 681
Target Start/End: Original strand, 30298049 - 30298127
Alignment:
Q  602 atacttcttcagttgagtggttatataacatggtaaacaacttaaaaagttgaaataagatagtaggaagatactttctt 681  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30298049 atacttcttcagctgagtggttatgtaacatattaaacaactt-aaaagctgaaataagataataggaagatactttctt 30298127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 602 - 681
Target Start/End: Original strand, 30326916 - 30326994
Alignment:
Q  602 atacttcttcagttgagtggttatataacatggtaaacaacttaaaaagttgaaataagatagtaggaagatactttctt 681  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30326916 atacttcttcagctgagtggttatgtaacatattaaacaactt-aaaagctgaaataagataataggaagatactttctt 30326994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University