View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13424_low_8 (Length: 416)

Name: NF13424_low_8
Description: NF13424
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13424_low_8
NF13424_low_8
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-408)||(8524833-8525243)
chr3 (134-183)||(14554452-14554501)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (82-408)||(42125378-42125704)
chr5 (91-408)||(42130603-42130920)
chr5 (91-408)||(41711694-41712011)
chr5 (89-407)||(34230708-34231038)
chr5 (89-407)||(34238763-34239081)
chr5 (91-397)||(42118787-42119097)
chr5 (90-339)||(41569923-41570172)
chr5 (2-45)||(42130948-42130991)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (2-407)||(25520847-25521246)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (91-408)||(12250199-12250516)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (93-408)||(11120152-11120467)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 1 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 8525243 - 8524833
Alignment:
1 tatgagagctctgctttgcttcatttcaagtcatccttcattataaattctgaatatgctcatt---atggttgtgatgaattttctcttttgaaaacag 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||   ||  ||||||||||| |  ||||||||||||||    
8525243 tatgagagctctgctttgcttcatttcaagtcatccttcactataaattctgaacctgcttattcttatttttgtgatgaatctcgtcttttgaaaacag 8525144  T
98 caacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtgaaggtct 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||    
8525143 caacatggaaaaatgagattgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcagtggtcacgtgattggcctcaaccttggctgtgaaggtct 8525044  T
198 tcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttcattca 297  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||||||||    
8525043 tcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaaccttgctaacaatgatttctctggctcttattttcattca 8524944  T
298 aagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaat 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8524943 aagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcatagttaccttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaat 8524844  T
398 cacttcatctc 408  Q
    |||||||||||    
8524843 cacttcatctc 8524833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 134 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 14554501 - 14554452
Alignment:
134 atggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacctt 183  Q
    ||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||| |||||    
14554501 atggtgtcacgtgcgacaccatatcaggtcacgtgattgaactagacctt 14554452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 82 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 42125704 - 42125378
Alignment:
82 tctcttttgaaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacc 181  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  || || |    
42125704 tctcttctgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgataccatcactcgtcacgtgattggcctcaatc 42125605  T
182 ttggctgtgaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttga 281  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | |  |||||||||||||||||||| |||||| | || |||||| ||||||||||||||||||| |||||| | |    
42125604 ttggctgtgaaggccttcaaggtaaactacatcctaacagtacccttttcaatcttgttcatcttcaaacactcaacctttctaacaatgatttctctta 42125505  T
282 ctcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacac 381  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
42125504 ctctcattttcattctaagtttggtgggtttatgagtcttgcacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaattcaaatctcacac 42125405  T
382 ctttgcaaattacaatcacttcatctc 408  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||    
42125404 ctttccaaattacaatcacttcatctc 42125378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 91 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 42130920 - 42130603
Alignment:
91 aaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtg 190  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||| || |||||||||||||    
42130920 aaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggcgtcacgtgtgacacagtctctggtcacgtgattgacctcaaccttggctgtg 42130821  T
191 aaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattt 290  Q
    |||| |||  ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | || | |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
42130820 aaggccttacaggtacattcaatcctaatagtaccctttttcatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctttgactctcattt 42130721  T
291 tcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaa 390  Q
    |||||  |||||| |||| |||  |||||| ||||||||||||||||||  ||||  |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||    
42130720 tcattataagttttgtggatttcagagtcttacacatcttgacttgtctgatagtaacttagaaggtgaaattccaactcaaatctctcacctatccaaa 42130621  T
391 ttacaatcacttcatctc 408  Q
    ||||||||||||||||||    
42130620 ttacaatcacttcatctc 42130603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 91 - 408
Target Start/End: Original strand, 41711694 - 41712011
Alignment:
91 aaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtg 190  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| ||||||||| ||  ||||| |||| |||  || |||||||||||||    
41711694 aaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgttgctcatggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggttggcctcaaccttggctgtg 41711793  T
191 aaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattt 290  Q
    | || ||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||| | || | |||| ||||||||||||| ||||| |||||| | ||||  ||||    
41711794 atggccttcaaggtatattccatcctaataatactcttttccatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctcttactcccattt 41711893  T
291 tcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaa 390  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||  ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||    
41711894 tcattctaagtttggtcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtcttatagttactttgaaggtgaaattccaattcaaatctcacacctctccaaa 41711993  T
391 ttacaatcacttcatctc 408  Q
    ||||||||||||||||||    
41711994 ttacaatcacttcatctc 41712011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 89 - 407
Target Start/End: Original strand, 34230708 - 34231038
Alignment:
89 tgaaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctg 188  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||  || |||||||||||    
34230708 tgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacgtgtgacaccgtatctggtcacgtcattggccttaaccttggctg 34230807  T
189 tgaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaatt------------atttc 276  Q
    ||||||  ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||  ||||||||||| |||||||            |||||    
34230808 tgaaggctttcaaggtatactccatcctaatagtacccttttccatcttgctcaccttcaaatgctcaacctttcgaacaattatttctctaacgatttc 34230907  T
277 tttgactcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatct 376  Q
    | || |||  |||||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||  | |||||||| ||| |||||||||  |||||||||    
34230908 tctggctcccattttcattctaagtttggcgggtttatgagtcttacacatctcgacttgtcttcttgtttctttcaagatgaaattccttctcaaatct 34231007  T
377 cacacctttgcaaattacaatcacttcatct 407  Q
    |  |||||| |||||||||||||||||||||    
34231008 cggacctttccaaattacaatcacttcatct 34231038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 89 - 407
Target Start/End: Original strand, 34238763 - 34239081
Alignment:
89 tgaaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctg 188  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||  || |||||||| ||    
34238763 tgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacgtgtgacaccgtatctggtcacgtcattggccttaaccttggttg 34238862  T
189 tgaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttat 288  Q
    ||||||  ||||||||||| || ||||||| |||||||||||| || ||| | || | |||| |||||||||||||||||||  ||||| ||  || |||    
34238863 tgaaggctttcaaggtatactccatcctaatagtacccttttcaatattgttcatctccaaacactcaacctttctaacaatggtttctatggttcctat 34238962  T
289 tttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgca 388  Q
    ||| |||| ||||||||  |||||  |||||| ||||||||||||||||||  || |    ||   |||||||||||  ||||||||||| |||||| ||    
34238963 tttgattctaagtttggcaggtttacgagtcttacacatcttgacttgtctaatactcatgttggcggtgaaattccttctcaaatctcatacctttcca 34239062  T
389 aattacaatcacttcatct 407  Q
    |||||||||||||||||||    
34239063 aattacaatcacttcatct 34239081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 91 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 42119097 - 42118787
Alignment:
91 aaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcat---ggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggct 187  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||   || |||||||| |||||| ||   || |||||||||||||||  || ||||||||||    
42119097 aaaactgcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatcatggcatggtgtcgcgtgtgtcagagtctctggtcacgtgattggtctcaaccttggct 42118998  T
188 gtgaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactctta 287  Q
     | || | |||   |||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||| | || | |||| ||| |||||| |   |||| ||||||  |  |||      
42118997 tttaacgccttactggtaaattacatcctaacaatacccttttccatcttgttcatctccaaacactaaaccttgcatccaataatttctccgcttctcg 42118898  T
288 ttttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtag-tttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttg 386  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |     
42118897 ttttcattctaagtttggtggttttttgagtcttacacatcttgacttgtctcatagttttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacttatc 42118798  T
387 caaattacaat 397  Q
    |||||||||||    
42118797 caaattacaat 42118787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 90 - 339
Target Start/End: Original strand, 41569923 - 41570172
Alignment:
90 gaaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgt 189  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||  |||| || |||||| ||||||||||||| ||| |  || |||||| ||||||||  ||  |||||||||||    
41569923 gaaaacatcaacatggaaaattgagacaaattgttgttcatggcatggtgtcacgtgcgacgctgtctctggtcgcgtgattggtctcgaccttggctgt 41570022  T
190 gaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttatt 289  Q
    ||| | |||||||||| | |  |||||||||  || ||||| ||||||||| || | |||  ||||||||||||| ||||| |||||||  ||||  |||    
41570023 gaatgccttcaaggtaaaatttatcctaacaacactctttttcatcttgctcatctccaatcactcaacctttctcacaatgatttcttcaactccaatt 41570122  T
290 ttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtct 339  Q
    | |||||  |||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||    
41570123 tgcattctcagtttggtggatttaagagtcttacacatcttgacttgtct 41570172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 2 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 42130991 - 42130948
Alignment:
2 atgagagctctgctttgcttcatttcaagtcatccttcattata 45  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
42130991 atgacagctctgctttgcttcagttcaagtcatccttcattata 42130948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 2 - 407
Target Start/End: Original strand, 25520847 - 25521246
Alignment:
2 atgagagctctgctttgcttcatttcaagtcatccttcattataaattctgaatatgctcattatggttgtgatgaattttctcttttgaaaacagcaac 101  Q
    |||||||||||||| ||||||| || || || ||||||| |||||||||||||| | ||   |||  |||||||||||   ||||| |||||||||||||    
25520847 atgagagctctgctctgcttcagtttaaatcctccttcactataaattctgaatcttct---tatccttgtgatgaat---ctcttctgaaaacagcaac 25520940  T
102 atggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtgaaggtcttcaa 201  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||    ||||| ||||||||  || ||||||||||||||||| || |||    
25520941 atggaaatatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacatgcgacaccacttttggtcgcgtgattggcctcaaccttggctgtgaaggcctccaa 25521040  T
202 ggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttcattcaaagt 301  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  || |||  |||||||| | ||||    
25521041 ggtatattccatcctaatagtactcttttccatcttgctcatattcaaaaactcaacctttcttacaatgatttcactggctcccattttcatgctaagt 25521140  T
302 ttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcact 401  Q
    |||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
25521141 ttggtgggtttcagagtcttacacatctttacttgtctggtagtttctttaaaggtaaaattccaactcaaatctcacacctttccaaattacaatcact 25521240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 138; Significance: 5e-72; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 91 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 12250516 - 12250199
Alignment:
91 aaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtg 190  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||  |||||| |||||||  ||  ||||||||  ||    
12250516 aaaacagcaacatggcaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgaccttggcgatg 12250417  T
191 aaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattt 290  Q
    |||| ||| | ||||||||  | ||||| |||||||||||| |||||||| || | |||| |||||||||||||  |||| ||||||   ||||  ||||    
12250416 aaggccttgatggtatattacaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaactcccattt 12250317  T
291 tcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaa 390  Q
    |||||| ||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
12250316 tcattctaagtttggtggattctttaatcttacacatcttgacttgtctaatagtttctttaaaggtgaagttccaactcaaatctcacacctttccaaa 12250217  T
391 ttacaatcacttcatctc 408  Q
    ||| ||||||||||||||    
12250216 ttagaatcacttcatctc 12250199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 93 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 11120467 - 11120152
Alignment:
93 aacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtgaa 192  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||  || || ||||||||||||    
11120467 aacaacaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgcgacaccatctctggtcgcgtgattggcctcaatcttggctgtgaa 11120368  T
193 ggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttc 292  Q
    ||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||||||||||| | || | |||| ||||||||||    ||||| ||||||  | ||||  |||||    
11120367 ggtcttcaaggcatattacatccgaatagtacccttttccatcttgttcatctccaaacactcaaccttgtatacaataatttctccggctctcgttttc 11120268  T
293 attcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaatt 392  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||  ||||  | || | |||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||    
11120267 attctaagtttggtgggtttcagagtcttacacatctttacttgtcttatagtaacatttatggtgaaattccaactcaaatctcatatctttccaaatt 11120168  T
393 acaatcacttcatctc 408  Q
    |||||| ||| |||||    
11120167 acaatccctttatctc 11120152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University