View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13425_high_2 (Length: 802)

Name: NF13425_high_2
Description: NF13425
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13425_high_2
NF13425_high_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-778)||(6351938-6352713)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 702; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 702; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 778
Target Start/End: Original strand, 6351938 - 6352713
Alignment:
Q  1 gtgtagctaaaatgtgatggctcaggagtagggctccgtaattttgtgtgaattacttcaaataatttagaatgaatagtaatggaaagtggagtatgta 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6351938 gtgtaactaaaatgtgatggctcaggagtagggctccgtaattttgtgtgaattacttcaaataatttagaatgaatagtaatggaaagtggagtatgta 6352037  T
Q  101 atcgatgtgatttaccaacacagcaagaattacaaaaaccataaagttctttactagcaattggtatattacagatggaaattacatttttgacaaattg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6352038 atcgatgtgatttaccaacacagcaagaattacaaaaaccataaagttctttactagcaattggtatattacagatggaaattacatttttgacaa-ttg 6352136  T
Q  201 accattagcatggcctagctagcataccaaatggatttacttgataccaaagtagaatcatatgttgcattttattacaaatgacagaattattatttga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6352137 accattagcatggcctagctagcataccaaatggatttacttgataccaaagtagaatcatagtttgcattttattacaaatgacagaattattatttga 6352236  T
Q  301 cgtaacgcctaaagtataaggagatgaatgcactgagagcttagtcacatggcaggaagatcctttgataacattgagatgtgagaagtatacaagccat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6352237 cgtaacgcctaaagtataaggagatgaatgcagtgagagcttagtcacatggcaggaagatcctttgataacattgagatgtgagaagtatacaagccat 6352336  T
Q  401 tgcacctagggatccacgagtgtttgctttgtggcgtgtgatttcacaaacacactgcattattcttagcaaatttagacattgacatcaaatttttggt 500  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6352337 tgcacctagggatccacgagcgcttgctttgttgcgtgtgatttcacaaacacactgcattattcttagcaaatttagacattgacatcaaatttttggt 6352436  T
Q  501 aaaagaagcaacatgaagataaagaagttgatttaaataacacagaaatatnnnnnnnnttaaatcgaggctttaattgcggtgatagactgcaatttaa 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  6352437 aaaagaagcaacatgaagataaagaagttgatttaaataacacagaaatataaaaaaaattaaatcgaggctttaattgcggtcat-gactgcaatttaa 6352535  T
Q  601 aaccatgttgaggtctacttcatttgctttgcggttggcgtcgcatgtagtagctgtaagcctgataaaggatagtcaccacagcaacaacaaatccgca 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6352536 aaccatgttgaggtctacttcatttgctttgcgggtggcgtcgcatgtagtagctgtaagcctgataaaggatagtcaccacagcaacaacaaatccgca 6352635  T
Q  701 agcagacaaaaacatggcggtgaagagaaagaaaagtgtcgcggttggaatccatatgggactagttaggatgatcaa 778  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6352636 agcagacaaaaacatggcggtgaagagaaagaaaagtgtcgcggttggaatccatatgggactagttaggatgatcaa 6352713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University