View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13425_low_12 (Length: 516)

Name: NF13425_low_12
Description: NF13425
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13425_low_12
NF13425_low_12
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-508)||(18926648-18927137)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (19-503)||(4671358-4671842)
chr7 (19-508)||(4665653-4666142)
chr7 (19-503)||(4642422-4642906)
chr7 (19-508)||(4629627-4630116)
chr7 (19-503)||(4652238-4652722)
chr7 (19-508)||(4635575-4636064)
chr7 (19-507)||(4660519-4661010)
chr7 (121-497)||(4698110-4698486)
chr7 (123-508)||(4784744-4785129)
chr7 (123-508)||(4817173-4817558)
chr7 (184-500)||(4862772-4863088)
chr7 (283-506)||(4846932-4847155)
chr7 (188-407)||(4713076-4713295)
chr7 (19-211)||(4676743-4676935)
chr7 (247-299)||(4676951-4677003)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 470; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 470; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 18927137 - 18926648
Alignment:
Q  19 ccatcatcatgcaaacaactcaacgccaacttgcagtaatatttcaaacattcatttgtgattgaatccctcagaagtggatctacgatttgtttaattg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||    
T  18927137 ccatcatcatgcaaacaactcaacgccaacttgcagtaatatttcaaacattcatttgtgatagaatccctcaggaatggatctacgatctgtttaattg 18927038  T
Q  119 gaacaccttcatcgtaacatctttgaaaccaacaaactagactagccgtcttcttatctaaatcgcgaaccaaaggtggccttgcacacaatacctcaag 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18927037 gaacaccttcatcgtaacatctttgaaaccaacaaactagactagccgtcttcttatctaaatcgcgaaccaaaggtggccttgcacacaatacctcaag 18926938  T
Q  219 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926937 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 18926838  T
Q  319 ctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926837 ctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccacccatttctcatccaataatatgttggtgcttt 18926738  T
Q  419 tcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgct 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18926737 tcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgct 18926648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 19 - 503
Target Start/End: Original strand, 4671358 - 4671842
Alignment:
Q  19 ccatcatcatgcaaacaactcaacgccaacttgcagtaatatttcaaacattcatttgtgattgaatccctcagaagtggatctacgatttgtttaattg 118  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||   ||||| |||||||| || | || ||| |  ||||||| ||| |    
T  4671358 ccatcatcatgcaagcaactcaacgccaacttgcaataatattccaaacactcacccgtgatagaatcccttaggaatgaatccagtatttgttcaatcg 4671457  T
Q  119 gaacaccttcatcgtaacatctttgaaaccaacaaactagactagccgtcttcttatctaaatcgcgaaccaaaggtggccttgcacacaatacctcaag 218  Q
      |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  4671458 ccacaccttcatcgtagcatcttttaaaccaacaaactagactagctgtattcttatccaaatcgcgaaccaaaggtggcctagcacacaacacttcaag 4671557  T
Q  219 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 318  Q
    ||| |||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||    
T  4671558 aagtaccacaccgaatgagtacacatctgattttagagttagcctttggaacatatagtactcaggatctaaatacccaaggcttcctttcaccattgtg 4671657  T
Q  319 ctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttt 418  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  4671658 ctgacgtgggtagttgttatccccgtgggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagctatccatttctcatccaacaatatgttggtgctct 4671757  T
Q  419 tcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcct 503  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||||||    
T  4671758 tcacgtcacgatgtattattttgtgcttcacctcagcatgaagataatttagccctctcgcagcacccaatagaatctcaagcct 4671842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 19 - 508
Target Start/End: Original strand, 4665653 - 4666142
Alignment:
Q  19 ccatcatcatgcaaacaactcaacgccaacttgcagtaatatttcaaacattcatttgtgattgaatccctcagaagtggatctacgatttgtttaattg 118  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||  | |||| |||||| |||||||| |  | |||||| || ||||||| |||||    
T  4665653 ccatcatcatgcaagcaacttaacgccaacttgcaataatatttcaagtactcatctgtgatagaatcccttacgaatggatcaactatttgttcaattg 4665752  T
Q  119 gaacaccttcatcgtaacatctttgaaaccaacaaactagactagccgtcttcttatctaaatcgcgaaccaaaggtggccttgcacacaatacctcaag 218  Q
      |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  4665753 ccacaccttcatcgtaacattttttaaaccaacaaactagactagcagtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaag 4665852  T
Q  219 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 318  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| || || |||||||||||||| |||    
T  4665853 aagcaccacaccgaacgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattcgggatccaaatatccgaggctccccttcaccatcgtg 4665952  T
Q  319 ctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  4665953 ctgacatgggtagttgatatccctgtcggtcccaccttggataacccaaagtcggaaacctttgccatccatttttcatccaacaatatgttggtgctct 4666052  T
Q  419 tcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgct 508  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| | |||||||||||| ||||    
T  4666053 tcacgtcacggtgtattatcttctgtttcacctcagtatgaagataattcagccctctcgctgcacccaaaagaatctcaagcctctgct 4666142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 19 - 503
Target Start/End: Original strand, 4642422 - 4642906
Alignment:
Q  19 ccatcatcatgcaaacaactcaacgccaacttgcagtaatatttcaaacattcatttgtgattgaatccctcagaagtggatctacgatttgtttaattg 118  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  ||||| ||    ||||| ||||| || || | |||||| || ||||||| ||| |    
T  4642422 ccatcatcatgcaaacaacttaacgccaacttgcaataatattctaaacactcgcccgtgatggaatctcttaggaatggatccactatttgttcaatcg 4642521  T
Q  119 gaacaccttcatcgtaacatctttgaaaccaacaaactagactagccgtcttcttatctaaatcgcgaaccaaaggtggccttgcacacaatacctcaag 218  Q
      |||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  4642522 ccacaccttcttcgtagcatcttttgaaccaacaaactagactagcagtattcttatccaaattacgaaccaaaggtggcctagcacacaacacttcaag 4642621  T
Q  219 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 318  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||    
T  4642622 aagtaccacaccgaacgagtacacatctgattttagagttagcctttggaacatatagtactcaggatctaaatacccaaggcttcctttcaccattgtg 4642721  T
Q  319 ctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttt 418  Q
    ||||  |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  4642722 ctgatgtgggtagtcgatatccctgtaggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagctatccatttttcatccaacaatatgttggtgctct 4642821  T
Q  419 tcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcct 503  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  4642822 tcacgtcacgatgtattattttgtgcttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacctaatagaatttcaagcct 4642906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 19 - 508
Target Start/End: Original strand, 4629627 - 4630116
Alignment:
Q  19 ccatcatcatgcaaacaactcaacgccaacttgcagtaatatttcaaacattcatttgtgattgaatccctcagaagtggatctacgatttgtttaattg 118  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||  |||||| |||||||| |  | |||||| || ||||||| ||| |    
T  4629627 ccatcatcatgcaagcaacttaacgccaacttgcaataatatttcaagcactcaactgtgatagaatcccttaagaatggatcgactatttgttcaatcg 4629726  T
Q  119 gaacaccttcatcgtaacatctttgaaaccaacaaactagactagccgtcttcttatctaaatcgcgaaccaaaggtggccttgcacacaatacctcaag 218  Q
      ||||||||||  |  ||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  4629727 ccacaccttcattatggcatttttgaaaccaacaaactagactagctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaag 4629826  T
Q  219 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 318  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  4629827 aagcaccacaccaaacgagtacacgtcagattttagagttagcctttggagcatatagtattcgggatccaaatatccaaggctccccttcaccatcgtg 4629926  T
Q  319 ctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttt 418  Q
    |||||||||||||| | ||| || || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||| |    
T  4629927 ctgacatgggtagtcgttattcctgtaggtcccaccttggataacccgaaatcagaaaccttagctacccatttctcatccaacagtatgttggtgctct 4630026  T
Q  419 tcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgct 508  Q
    | || |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  4630027 ttacgtcacgatgtattatcttgtgcttcacctcagaatgaagataattcagccctctcgctgcacccaataggatctcaagcctctgct 4630116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 19 - 503
Target Start/End: Original strand, 4652238 - 4652722
Alignment:
Q  19 ccatcatcatgcaaacaactcaacgccaacttgcagtaatatttcaaacattcatttgtgattgaatccctcagaagtggatctacgatttgtttaattg 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || | |||||| ||| |||| || | |||||| || ||||||| |||||    
T  4652238 ccatcatcatgcacacaactcaacgccagcttgcaataatatttcaagcactcctctgtgatagaaccccttaggaatggatccactatttgttcaattg 4652337  T
Q  119 gaacaccttcatcgtaacatctttgaaaccaacaaactagactagccgtcttcttatctaaatcgcgaaccaaaggtggccttgcacacaatacctcaag 218  Q
      |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| || || |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  4652338 ccacaccttcatcgtagcattttttaaaccaacaaactagacttgctgtattcttatccaaatcacgaaccaaaggtggtctagcacacaacacctcaag 4652437  T
Q  219 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 318  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| || || ||||||||||| |||    
T  4652438 aagcaccacaccgaatgagtacacatcagattttagagttagcctttggagcatataatattctggatccaaataccctaggctacccttcaccatcgtg 4652537  T
Q  319 ctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttt 418  Q
    || |||||||| || || ||||  || |||||||| || ||||| || || || ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  4652538 ctaacatgggttgtagacatccttgtcggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatttctcatccaacaatatgttggtgctct 4652637  T
Q  419 tcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcct 503  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||    
T  4652638 tcacgtcacggtgtattatcttgtgtttcacctctgcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatagaatctcaagcct 4652722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 19 - 508
Target Start/End: Original strand, 4635575 - 4636064
Alignment:
Q  19 ccatcatcatgcaaacaactcaacgccaacttgcagtaatatttcaaacattcatttgtgattgaatccctcagaagtggatctacgatttgtttaattg 118  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||  ||||| ||    ||||| ||||| || || | |||||| || ||||||| ||| |    
T  4635575 ccatcatcatgcaaacaacttaacgccaacttgcaaaaatattcaaaacactcgcccgtgatggaatctcttaggaatggatccaccatttgttcaatcg 4635674  T
Q  119 gaacaccttcatcgtaacatctttgaaaccaacaaactagactagccgtcttcttatctaaatcgcgaaccaaaggtggccttgcacacaatacctcaag 218  Q
      |||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  4635675 ccacaccttcttcgtagcatcttttgaaccaacaaactagactagctgtattcttatccaaatcgcgaaccaaaggtggcctagcacacaacacctcaag 4635774  T
Q  219 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||| || ||||||    
T  4635775 aagcaccacaccgaatgagtacacgtctgatttaagagtaagcctttggaacatatagtactcaggatctaaataccccaagcttcccttaacaattgtg 4635874  T
Q  319 ctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttt 418  Q
    ||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  4635875 ctgacgtgggtagtcgatatacctgtcggtcccacctttgataacccaaaatcagaaaccttagctatccatttctcatccaacaatatgttggtgctct 4635974  T
Q  419 tcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgct 508  Q
    | || ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||| |||||||| ||||    
T  4635975 ttacgtcacgatgtattatcttgtttttaacctcagtatgaagataattcagccctctagctgcacccaaaagaatttcaagcctctgct 4636064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 19 - 507
Target Start/End: Original strand, 4660519 - 4661010
Alignment:
Q  19 ccatcatcatgcaaacaactcaacgccaacttgcagtaatatttcaaacattcatttgtgattgaatccctcagaagtggatctacgatttgtttaattg 118  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||  ||||| |||||  | ||   |||||| || ||||||| ||| |    
T  4660519 ccatcatcatgcaaacaacttaacgccaacttgcaataatattccaaacactcatccgtgatagaatcttttagggatggatccactatttgttcaatcg 4660618  T
Q  119 gaacaccttcatcgtaacatctttgaaaccaacaaactagactagccgtcttcttatctaaatcgcgaaccaaaggtggccttgcacacaatacctcaag 218  Q
      ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  4660619 ccacaccttcatcatagcatcttttaaaccaacaaactagactagttgtattcttatccaaatcgcgaaccaatggtggcctagcacacaacacctcaag 4660718  T
Q  219 aagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtg 318  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4660719 aagcaccacaccgaacgagtacacttcagattttagagttaacctttggagcatatagtattggggatccaaatacccaaggctccccttcaccattgtg 4660818  T
Q  319 ctgac---atgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgc 415  Q
    |||||   ||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| | |||||| |||||||||||||    
T  4660819 ctgacgtgatgagtagtcgatatccctgtcggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagctacccatttgtgatccaacaatatgttggtgc 4660918  T
Q  416 ttttcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgc 507  Q
    | || || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||    
T  4660919 tctttacgtcgcggtgtattattttgtgtttcacctcagcatgaagataatgcaaccctcttgctgaacccaataggatctcaagcctttgc 4661010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 121 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 4698486 - 4698110
Alignment:
Q  121 acaccttcatcgtaacatctttgaaaccaacaaactagactagccgtcttcttatctaaatcgcgaaccaaaggtggccttgcacacaatacctcaagaa 220  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||| | |||| ||| ||  | ||||| || |||   |||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  4698486 acaccttcattgtaacatctttggaaccaaaagactaaactcgcttttttcttttccaaagaacgaaccaaaggtggtctcgcacacaatacctcaagaa 4698387  T
Q  221 gcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtgct 320  Q
    |||| ||||| || ||||||||||| || |||||||| | ||||||  | |  ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||    
T  4698386 gcacaacaccaaaagagtacacgtcggactttagggtcaacctttgacgaaggtagtattcgggatctaaatacccgagactacccttcaccttagtgct 4698287  T
Q  321 gacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttttc 420  Q
    ||| |||||  | || || || ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||| || |||    
T  4698286 gacgtgggtcatcgacattcctgttggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactcttc 4698187  T
Q  421 acatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctc 497  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||| |  | |||||||||||||  || |||||||| || ||||||| ||||||    
T  4698186 acatcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgctgcccccaatagaatctc 4698110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 123 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 4785129 - 4784744
Alignment:
Q  123 accttcatcgtaacatctttgaaaccaacaaactagactagccgtcttcttatctaaatcgcgaaccaaaggtggccttgcacacaatacctcaagaagc 222  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||  | | | ||| ||  | |||||||| |||   |||||||| || || || |||||||| ||||||||||||    
T  4785129 accttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaacgaaccaacgggggtctcgcacacaacacctcaagaagc 4785030  T
Q  223 accacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtgctga 322  Q
    || |||||||| |||||||| ||||| ||||| || | ||||||  |||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||||    
T  4785029 acaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaacctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtgctga 4784930  T
Q  323 catgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttttcac 422  Q
    |||||||  | || ||||| || |||||||| || |||||||| || || ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| || || |||||    
T  4784929 catgggtcatcgacatccctgtaggtcccacttttgataacccaaaatcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatgtttgtactcttcac 4784830  T
Q  423 atcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgct 508  Q
     ||||| ||||| || ||||| ||| |  | ||||| ||||||| || ||| |  |||||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  4784829 gtcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctcaagcctctgct 4784744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 123 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 4817558 - 4817173
Alignment:
Q  123 accttcatcgtaacatctttgaaaccaacaaactagactagccgtcttcttatctaaatcgcgaaccaaaggtggccttgcacacaatacctcaagaagc 222  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||  | | | ||| ||  | |||||||| |||   |||||||| || || || |||||||| ||||||||||||    
T  4817558 accttcattgtaacatgtttgaaaccaaacagccaaacttgcttttttcttatccaaagaccgaaccaacgggggtctcgcacacaacacctcaagaagc 4817459  T
Q  223 accacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtgctga 322  Q
    || |||||||| |||||||| ||||| ||||| || |  |||||  |||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||||    
T  4817458 acaacaccgaaagagtacacatcagactttagagtcaatctttgtcgcatgtagtattctggatccaaatacccgagactacctttcaccatagtgctga 4817359  T
Q  323 catgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttttcac 422  Q
    |||||||  | || ||||| || |||||||| || |||||||| || || ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| || || |||||    
T  4817358 catgggtcatcgacatccctgtaggtcccacttttgataacccaaaatcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatgtttgtactcttcac 4817259  T
Q  423 atcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgct 508  Q
    |||||| ||||| || ||||| ||| |  | ||||| | ||||| || ||| |  |||||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  4817258 atcacggtgtatgatattgtgcttcgcacctgcatgcaaataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctcaagcctctgct 4817173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 184 - 500
Target Start/End: Original strand, 4862772 - 4863088
Alignment:
Q  184 cgaaccaaaggtggccttgcacacaatacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcag 283  Q
    |||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || |||||||| || |||||||| |||||||| || | ||||||  | |  ||||| || |    
T  4862772 cgaaccaatggtggtctcgcacacaacacctcaagaaggacaacaccgaaagaatacacgtcggattttagagtcaacctttgacgaaggtagtattctg 4862871  T
Q  284 gatctaaatacccaagactccccttcaccattgtgctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagc 383  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||| || ||  | || || || ||||||||||| || ||||||||||| || || ||||||||    
T  4862872 gatctaaatatccaagactacccttcaccacggtgctgacgtgagtgatagacattcctgttggtcccacttttgataacccgaaatcagacaccttagc 4862971  T
Q  384 catccatttctcatccaataatatgttggtgcttttcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggca 483  Q
    || |||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||  |||||||||||||||  | ||| ||||| ||     
T  4862972 cacccatttttcatccaacaatatgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcc 4863071  T
Q  484 cccaatacaatctcaag 500  Q
    ||||| | |||||||||    
T  4863072 cccaacagaatctcaag 4863088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 283 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 4847155 - 4846932
Alignment:
Q  283 ggatctaaatacccaagactccccttcaccattgtgctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttag 382  Q
    ||||| ||||| || | ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||    
T  4847155 ggatccaaatatcctatactacccttcaccatagtgcttacatgagtcattgatatcccggttggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttag 4847056  T
Q  383 ccatccatttctcatccaataatatgttggtgcttttcacatcacgatgtattatcttgtgtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggc 482  Q
    ||| |||||| |||||||| |||||||| || || || || ||||||||||| || ||||| ||| |  |  ||||||||||||||| ||| ||||| ||    
T  4847055 ccacccatttttcatccaacaatatgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgtgcttcgcaccttcatgaagataattcaacccccttgctgc 4846956  T
Q  483 acccaatacaatctcaagcctttg 506  Q
    ||| |||| |||||| || |||||    
T  4846955 acctaatagaatctcgagtctttg 4846932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 188 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 4713295 - 4713076
Alignment:
Q  188 ccaaaggtggccttgcacacaatacctcaagaagcaccacaccgaatgagtacacgtcagattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatc 287  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || || || | | | |   | |  ||| |||| |||||    
T  4713295 ccaaaggtggtctcgcacacaacacctcaagaagcacaactccgaatgagtacacgtcagacttaagagtcaacttgtttcgtaggtagcactctggatc 4713196  T
Q  288 taaatacccaagactccccttcaccattgtgctgacatgggtagttgatatccccgttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccatc 387  Q
     ||||| || | ||| ||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||| |    
T  4713195 caaatatcctatactacccttcaccatagtgctgacatgagtcattgatatccctgttggtcccacttttgataaaccgaaatcagaaaccttagccacc 4713096  T
Q  388 catttctcatccaataatat 407  Q
    ||||| |||||||| |||||    
T  4713095 catttttcatccaacaatat 4713076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 19 - 211
Target Start/End: Original strand, 4676743 - 4676935
Alignment:
Q  19 ccatcatcatgcaaacaactcaacgccaacttgcagtaatatttcaaacattcatttgtgattgaatccctcagaagtggatctacgatttgtttaattg 118  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||  |||  | || ||||||| |||| | || | | |||| |||| ||| || | |||||| || |||||||||||||    
T  4676743 ccatcattatgcaaataactcaacatcaaagttcaataatattacaaaaactcctctatgatagaattccttaggaatggatccactatttgtttaattg 4676842  T
Q  119 gaacaccttcatcgtaacatctttgaaaccaacaaactagactagccgtcttcttatctaaatcgcgaaccaaaggtggccttgcacacaata 211  Q
      |||  |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  4676843 ccacatattcaccctaacatctttgaaaccaacaaactaaactagtcgtcttcttgtctaaatcgcgaaccaaaggcggcctagcacataata 4676935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 247 - 299
Target Start/End: Original strand, 4676951 - 4677003
Alignment:
Q  247 gattttagggtaagcctttggagcatatagtactcaggatctaaatacccaag 299  Q
    |||||||| || |||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||    
T  4676951 gattttagagttagcctttggagcatgtaatattcaggatccaaatacccaag 4677003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University