View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13425_low_21 (Length: 390)

Name: NF13425_low_21
Description: NF13425
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13425_low_21
NF13425_low_21
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (7-368)||(11621469-11621830)
chr6 (23-357)||(11666226-11666560)
chr6 (46-356)||(11706977-11707287)
chr6 (28-359)||(11670603-11670934)
chr6 (66-359)||(11628697-11628990)
chr6 (68-357)||(12089913-12090202)
chr6 (66-357)||(11736268-11736559)
chr6 (111-356)||(11759264-11759509)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (24-367)||(5258-5601)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (46-357)||(16390213-16390524)
[»] scaffold0196 (1 HSPs)
scaffold0196 (45-359)||(15915-16229)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (69-357)||(44814677-44814965)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 368
Target Start/End: Original strand, 11621469 - 11621830
Alignment:
Q  7 ctgagatgaattatacaatttgtttgttcataccataccagatacgatatagacatggcggaccacttgtacttcatggcatcacatgtacatttaaagc 106  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11621469 ctgatatgaattatacaatttgtttgttcataccataccagatacgatatagacatggcggaccacttgtacttcatggcatcacatgtacatttaaagc 11621568  T
Q  107 aggtcacaagattggtatttttggcagaacaggcagtgggtagtccactcttatcggtgctttatttcgccttgtggaaccagcaggcggaaaaattgta 206  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11621569 aggtcacaagattggtattgttggcagaacaggcagtgggaagtccactcttatcggtgctttatttcgccttgtggaaccagcaggtggaaaaattgta 11621668  T
Q  207 gttgacggcatagatatctcatctattggcctacatgatttgaggtcacgttttggtattatacctcaagatcctacactttttaacgggacagtaagat 306  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11621669 gttgatggcatagatatctcatctattggcctacatgatttgaggtcacgttttggtattatacctcaagatcctacactttttaacgggacagtaagat 11621768  T
Q  307 ttaacttggaccctttatctcaacacaccgatcaagagatatgggaggtaaaacaagcttac 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11621769 ttaacttggaccctttatctcaacacaccgatcaagagatatgggaggtaaaacaagcttac 11621830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 23 - 357
Target Start/End: Original strand, 11666226 - 11666560
Alignment:
Q  23 aatttgtttgttcataccataccagatacgatatagacatggcggaccacttgtacttcatggcatcacatgtacatttaaagcaggtcacaagattggt 122  Q
    |||||||||| || |||||| | |||||||||| || | ||  ||||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  11666226 aatttgtttgatcgtaccatgctagatacgatacaggcctgatggaccacttgtacttcacgggatcacatgcacatttgaagcaggtcacaagattggt 11666325  T
Q  123 atttttggcagaacaggcagtgggtagtccactcttatcggtgctttatttcgccttgtggaaccagcaggcggaaaaattgtagttgacggcatagata 222  Q
    ||| |||| ||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | |  |||||| | |||||||| |||||||| |    
T  11666326 attgttggaagaacaggcagtgggaaatccactcttatcagtgctttatttcgtcttgtggaaccaaccgaaggaaaagtcgtagttgatggcatagaca 11666425  T
Q  223 tctcatctattggcctacatgatttgaggtcacgttttggtattatacctcaagatcctacactttttaacgggacagtaagatttaacttggacccttt 322  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11666426 tctcatctattggccttcatgatttgaggtcacgttttggaattatacctcaagatcctacactttttaacgggacagtaagatttaacttggacccttt 11666525  T
Q  323 atctcaacacaccgatcaagagatatgggaggtaa 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11666526 atctcaacacaccgatcaagagatatgggaggtaa 11666560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 7e-99
Query Start/End: Original strand, 46 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 11707287 - 11706977
Alignment:
Q  46 agatacgatatagacatggcggaccacttgtacttcatggcatcacatgtacatttaaagcaggtcacaagattggtatttttggcagaacaggcagtgg 145  Q
    |||||||||| || | || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| ||    
T  11707287 agatacgatacaggcctgacggaccacttgtacttcatggtatcacatgcacatttgaagcaggtcacaagattggtattgtcggaagaacaggcagcgg 11707188  T
Q  146 gtagtccactcttatcggtgctttatttcgccttgtggaaccagcaggcggaaaaattgtagttgacggcatagatatctcatctattggcctacatgat 245  Q
    | | |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  11707187 gaaatccactcttattagtgctttatttcgtcttgtggaaccaacaggaggaaacattatggttgatggcatagacatctcatctattggccttcatgat 11707088  T
Q  246 ttgaggtcacgttttggtattatacctcaagatcctacactttttaacgggacagtaagatttaacttggaccctttatctcaacacaccgatcaagaga 345  Q
    |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  11707087 ttgaggtcgcattttgggattatacctcaagatcctacgctttttaacgggacagtcagatataacttggaccctttatctcaacacagtgatcaagaga 11706988  T
Q  346 tatgggaggta 356  Q
    |||||||||||    
T  11706987 tatgggaggta 11706977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 28 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 11670934 - 11670603
Alignment:
Q  28 gtttgttcataccataccagatacgatatagacatggcggaccacttgtacttcatggcatcacatgtacatttaaagcaggtcacaagattggtatttt 127  Q
    |||||||||||||||  ||||| || || |||| || ||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||  |    
T  11670934 gtttgttcataccatgtcagattcgttacagacctgacggaccactagtacttcacgggatcacatgcacattcaaagcagggcacaagattggtatcgt 11670835  T
Q  128 tggcagaacaggcagtgggtagtccactcttatcggtgctttatttcgccttgtggaaccagcaggcggaaaaattgtagttgacggcatagatatctca 227  Q
     || ||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || || ||||| || |||    
T  11670834 cggaagaacaggcagcgggaaatccactcttatcagtgctttatttcgtcttgtggaaccagcaggaggaaaaattatagtcgatggaatagacatatca 11670735  T
Q  228 tctattggcctacatgatttgaggtcacgttttggtattatacctcaagatcctacactttttaacgggacagtaagatttaacttggaccctttatctc 327  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  11670734 tctattggtcttcatgatttgaggtcacgttttggtattatacctcaggagcctaccctttttaatgggacagtaagatataatttggaccctttatctc 11670635  T
Q  328 aacacaccgatcaagagatatgggaggtaaaa 359  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11670634 aacacactgatcaagagatatgggaggtaaaa 11670603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 178; E-Value: 7e-96
Query Start/End: Original strand, 66 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 11628990 - 11628697
Alignment:
Q  66 ggaccacttgtacttcatggcatcacatgtacatttaaagcaggtcacaagattggtatttttggcagaacaggcagtgggtagtccactcttatcggtg 165  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| || |||||||||||  | || ||||||||||||||| | |||||||||||| |||    
T  11628990 ggaccacttgtacttcatgggatcacatgcacatttgaagcagggcataagattggtatcgtcggaagaacaggcagtgggaaatccactcttatcagtg 11628891  T
Q  166 ctttatttcgccttgtggaaccagcaggcggaaaaattgtagttgacggcatagatatctcatctattggcctacatgatttgaggtcacgttttggtat 265  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||||| || ||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  11628890 ctttatttcgtcttgtggaaccagcaggaggcaaaattatagttgatggaatagacatatcatctattggtcttcatgatttgaggtcacgttttggtat 11628791  T
Q  266 tatacctcaagatcctacactttttaacgggacagtaagatttaacttggaccctttatctcaacacaccgatcaagagatatgggaggtaaaa 359  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  11628790 tatacctcaggatcctaccctttttaatgggacagtaagatataatttggaccctttatctcaacacactgatcaagaaatatgggaggtaaaa 11628697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 68 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 12090202 - 12089913
Alignment:
Q  68 accacttgtacttcatggcatcacatgtacatttaaagcaggtcacaagattggtatttttggcagaacaggcagtgggtagtccactcttatcggtgct 167  Q
    |||||||||||| ||||| ||||  || || ||| ||| ||| ||||||||||||||| | || ||||| ||||| ||  | || ||||| || ||||||    
T  12090202 accacttgtactacatggtatcaattgcacctttgaaggagggcacaagattggtattgtcggtagaactggcagcggaaaatcaactctgattggtgct 12090103  T
Q  168 ttatttcgccttgtggaaccagcaggcggaaaaattgtagttgacggcatagatatctcatctattggcctacatgatttgaggtcacgttttggtatta 267  Q
    || ||||| |||||||| ||  | || || |||||| |||| || || ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  12090102 ttgtttcgtcttgtggagccgacgggaggcaaaattatagtcgatggaatagacatatcatctattggccttcatgacttgaggtcaagttttggtatta 12090003  T
Q  268 tacctcaagatcctacactttttaacgggacagtaagatttaacttggaccctttatctcaacacaccgatcaagagatatgggaggtaa 357  Q
    ||||||| |||||||| ||||| | ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||||    
T  12090002 tacctcaggatcctacccttttcatcgggacagttagatataacttggatcctttatctcaacattctgatcaagaaatatgggaggtaa 12089913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 66 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 11736559 - 11736268
Alignment:
Q  66 ggaccacttgtacttcatggcatcacatgtacatttaaagcaggtcacaagattggtatttttggcagaacaggcagtgggtagtccactcttatcggtg 165  Q
    |||||||||||||||||||| || |  || |||||  ||| ||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||| | || ||||| || ||||    
T  11736559 ggaccacttgtacttcatggtataaattgcacattcgaaggaggacacaagattggtattgttggaagaacgggcagcgggaaatcaactctgataggtg 11736460  T
Q  166 ctttatttcgccttgtggaaccagcaggcggaaaaattgtagttgacggcatagatatctcatctattggcctacatgatttgaggtcacgttttggtat 265  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||  || || | |||| || |||| || ||| | || || ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||  ||||    
T  11736459 ctttgtttcgacttgtggagccagagggaggcagaattataattgatggaataaacatatcgtctattggccttcatgacttgaggtcaagtttaagtat 11736360  T
Q  266 tatacctcaagatcctacactttttaacgggacagtaagatttaacttggaccctttatctcaacacaccgatcaagagatatgggaggtaa 357  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||  |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  11736359 tatacctcaggatcctaccctttttattgggacagttagatataacttggatcctttatctcaacattccgatcaagaaatatgggaggtaa 11736268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 111 - 356
Target Start/End: Original strand, 11759264 - 11759509
Alignment:
Q  111 cacaagattggtatttttggcagaacaggcagtgggtagtccactcttatcggtgctttatttcgccttgtggaaccagcaggcggaaaaattgtagttg 210  Q
    ||||||||||||||| | || ||||| ||||| ||  | || || || || |||||||| ||||| |||||||| || |  || || |||||| |||| |    
T  11759264 cacaagattggtattgtcggtagaactggcagcggaaaatctacactgataggtgctttgtttcgtcttgtggagcccgtgggaggcaaaattatagtcg 11759363  T
Q  211 acggcatagatatctcatctattggcctacatgatttgaggtcacgttttggtattatacctcaagatcctacactttttaacgggacagtaagatttaa 310  Q
    | || ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||| || ||||||| || |||||||| |||||||| |||||    |||||||| |||| |||    
T  11759364 atggaatagacatatcatctattggccttcatgacttgaggacaagttttggcataatacctcaggatcctacgcttttctttgggacagttagatataa 11759463  T
Q  311 cttggaccctttatctcaacacaccgatcaagagatatgggaggta 356  Q
    | |||| ||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||    
T  11759464 catggatcctttatctcaacattctgatcaagaaatatgggaggta 11759509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 160; Significance: 4e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 24 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 5601 - 5258
Alignment:
Q  24 atttgtttgttcataccataccagatacgatatagacatggcggaccacttgtacttcatggcatcacatgtacatttaaagcaggtcacaagattggta 123  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||| || | || |||||||||||||||| | || |||||||| || |||| |||||| |||||||||||||    
T  5601 atttgtttgtttataccatgccagatacgatacaggcctgacggaccacttgtacttgacgggatcacatgcacgtttacagcagggcacaagattggta 5502  T
Q  124 tttttggcagaacaggcagtgggtagtccactcttatcggtgctttatttcgccttgtggaaccagcaggcggaaaaattgtagttgacggcatagatat 223  Q
    || |||| |||||||| |||||| | |||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||| ||||||| ||  |||| ||    
T  5501 ttgttggaagaacaggaagtgggaaatccactcttattagtgctttatttcgtctagtggaaccagcaggagggaaaattatagttgatggactagacat 5402  T
Q  224 ctcatctattggcctacatgatttgaggtcacgttttggtattatacctcaagatcctacactttttaacgggacagtaagatttaacttggacccttta 323  Q
     |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||||||| || || || ||||| |||| || ||||||||| ||||||    
T  5401 atcatctattggccttcaagatttgaggtcgcgttttgcgattatacctcaggatcctaccctattcaatgggactgtaaaatataacttggatccttta 5302  T
Q  324 tctcaacacaccgatcaagagatatgggaggtaaaacaagctta 367  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5301 tctcaacacactgatcaagagatatgggaggtaaaacatgctta 5258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 46 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 16390524 - 16390213
Alignment:
Q  46 agatacgatatagacatggcggaccacttgtacttcatggcatcacatgtacatttaaagcaggtcacaagattggtatttttggcagaacaggcagtgg 145  Q
    |||||||||| || | || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||| | || ||||||||||| ||    
T  16390524 agatacgatacaggcctgacggaccacttgtacttcatgggatcacatgcacattcgaagtaggtcacaagattggtattgtcggaagaacaggcagcgg 16390425  T
Q  146 gtagtccactcttatcggtgctttatttcgccttgtggaaccagcaggcggaaaaattgtagttgacggcatagatatctcatctattggcctacatgat 245  Q
      | |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||| || |||| ||| | || ||||||||||||||||| ||||||    
T  16390424 aaaatccactcttattagtgctttatttcgtcttgtggaaccatcaggaggaaacattataattgatggcgttgacatctcatctattggccttcatgat 16390325  T
Q  246 ttgaggtcacgttttggtattatacctcaagatcctacactttttaacgggacagtaagatttaacttggaccctttatctcaacacaccgatcaagaga 345  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||  || |||||||    
T  16390324 ttgaggtcgcgttttggcattatacctcaagatcctacgctttttaccgggacagtcagatataacttggatcctttatctcaatacagtgaccaagaga 16390225  T
Q  346 tatgggaggtaa 357  Q
    ||||||||||||    
T  16390224 tatgggaggtaa 16390213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0196 (Bit Score: 131; Significance: 7e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0196
Description:

Target: scaffold0196; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 45 - 359
Target Start/End: Original strand, 15915 - 16229
Alignment:
Q  45 cagatacgatatagacatggcggaccacttgtacttcatggcatcacatgtacatttaaagcaggtcacaagattggtatttttggcagaacaggcagtg 144  Q
    ||||||||||| || | ||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || |||| | ||||||||||||| |||| ||||||||| |||    
T  15915 cagatacgatacaggcctgaaggaccacttgtacttcatgggatcacatgcacatttgaaccaggccgcaagattggtattgttggaagaacaggctgtg 16014  T
Q  145 ggtagtccactcttatcggtgctttatttcgccttgtggaaccagcaggcggaaaaattgtagttgacggcatagatatctcatctattggcctacatga 244  Q
    || | ||||| |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||| || | || || ||||| ||  ||||||| || || |||||    
T  16015 ggaaatccacacttattagtgctctatttcgtcttgtggaaccagcaggagggaaaattataatcgatggaatagacataacatctatcggtcttcatga 16114  T
Q  245 tttgaggtcacgttttggtattatacctcaagatcctacactttttaacgggacagtaagatttaacttggaccctttatctcaacacaccgatcaagag 344  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  |||||||  ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||| || |||||||||    
T  16115 tttgaggtcacgtttgggtattatacctcaggatcctatcctttttactgggacagtacgatataatttggaccctttatctgaacatactgatcaagag 16214  T
Q  345 atatgggaggtaaaa 359  Q
    |||||||||||||||    
T  16215 atatgggaggtaaaa 16229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 69 - 357
Target Start/End: Original strand, 44814677 - 44814965
Alignment:
Q  69 ccacttgtacttcatggcatcacatgtacatttaaagcaggtcacaagattggtatttttggcagaacaggcagtgggtagtccactcttatcggtgctt 168  Q
    ||||| |||||||  || ||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||||||||  ||||  | || || |||||  || |||||||||| || ||||    
T  44814677 ccactagtacttcgcgggatcacatgtacatttgaaggaggacacaaaattggtatagttggtcgcaccggaagtggcaagaccactcttattggcgctt 44814776  T
Q  169 tatttcgccttgtggaaccagcaggcggaaaaattgtagttgacggcatagatatctcatctattggcctacatgatttgaggtcacgttttggtattat 268  Q
    ||||||| || ||||| ||||| || ||||||||  | ||||| ||||| || |||   || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44814777 tatttcgtctagtggagccagcgggtggaaaaatcattgttgatggcattgacatcggttccattggacttcatgatttgaggtcacgttttggtattat 44814876  T
Q  269 acctcaagatcctacactttttaacgggacagtaagatttaacttggaccctttatctcaacacaccgatcaagagatatgggaggtaa 357  Q
    |||||| || ||||| |||||||| || ||||| ||||  || ||||| || || ||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  44814877 acctcaggaccctactctttttaatggaacagtcagatacaatttggatcccttgtctcaacactctgatcaagagatatgggaggtaa 44814965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University