View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13425_low_4 (Length: 752)

Name: NF13425_low_4
Description: NF13425
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13425_low_4
NF13425_low_4
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (15-734)||(30276491-30277210)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 668; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 668; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 734
Target Start/End: Original strand, 30276491 - 30277210
Alignment:
Q  15 catcatcactattagttagggattcatcttcatatgcagattctaggagttgtaaggcttcatctagtttgttttctgacatgagaatatccagtttttc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30276491 catcatcactattagttagggattcatcttcatatgcagactctaggagttgtaaggcttcatctagtttgttttctgacatgagaatatccagtttttc 30276590  T
Q  115 tgaaacatcattgataagagcttctaattcgcttggcggagatggtacgacaaaatctatagattcttcaagggttgagtttatggacaatatcttagga 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30276591 tgaaacatcattgataagagcttctaattcgcttggcggagatggtacgacaaaatctatagattcttcaagggttgagtttatggacaatatcttagga 30276690  T
Q  215 tatatgcgatctttaagatctttgactaacatttgatgggataagaagtgactttctaggtgcacaagctcattttccactcctgtcacttcctctagta 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30276691 tatatgcgatctttaagatctttgactaacatttgatgggataagaagtgattctctaagtgcacaagctcattctccactcctgtcacttcctctagta 30276790  T
Q  315 ttctacacatgagaaaacaaagataagtacctcaacattatatgccattcaacaataaaaagaataaagattagaaatctgattttgcaacctacgcaag 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30276791 ttctacacatgagaaaacaaagataagtacctcaacattatatgccattcaacaataaaaagaataaagattagaaatctgattttgcaacctacgcaag 30276890  T
Q  415 agctaggtatgtaacatgcaggaatatccttcataaacatgaatgaacaatactagtccttcactttttataagcccctttgatacttttcacatatgga 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30276891 agctaggtatgtaacatgcaggaatatccttcataaacatgaatgaacaatactagtccttctctttttataagcccctttgatacttttcacatatgga 30276990  T
Q  515 gtattaagaaaagtttgtagtttaattaatgtgtatgtaatgtatgaatattactaaattgtcttttttgtgtatagatgtgtcaaattatgactatgtt 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30276991 gtattaagaaaagtttgtagtttaattaatgtgtatgtaatgtatgaatattactaaattgtcttttttgtgtatagatgtgtcaaattatgactatctt 30277090  T
Q  615 tcaacacaaattagtaccagtatcaatcaatggtatgtttgaaagaaaaatagtagtaaatgcaatttgaaatatggtttaaatctagaaacaaattttc 714  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||    
T  30277091 tcaacacaaattagtactagtatcaatcaagggtatgtttgaaagaaaaatagtagtaaatgcaatttgaaatatggtttaaatttaacaacacattttc 30277190  T
Q  715 atatctaagctcataaacct 734  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  30277191 atatctaagctcataaacct 30277210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University