View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13427_low_10 (Length: 520)

Name: NF13427_low_10
Description: NF13427
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13427_low_10
NF13427_low_10
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (19-520)||(47876208-47876708)
chr7 (284-520)||(11277667-11277904)
chr7 (286-520)||(37919035-37919269)
chr7 (286-520)||(235854-236089)
chr7 (284-520)||(29967464-29967700)
chr7 (284-518)||(38890137-38890370)
chr7 (284-520)||(17720133-17720369)
chr7 (284-474)||(4938589-4938780)
chr7 (291-520)||(31177720-31177951)
chr7 (362-467)||(37254325-37254430)
chr7 (385-467)||(48394494-48394576)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (284-520)||(34333230-34333466)
chr3 (284-520)||(40930943-40931180)
chr3 (284-520)||(7312265-7312502)
chr3 (284-455)||(926609-926781)
chr3 (284-478)||(15827198-15827394)
chr3 (284-520)||(2363765-2364002)
chr3 (288-502)||(19920662-19920877)
chr3 (284-520)||(10323986-10324224)
chr3 (284-478)||(10312877-10313061)
chr3 (376-467)||(15312163-15312254)
chr3 (306-514)||(7031829-7032037)
chr3 (284-354)||(7239598-7239669)
chr3 (393-451)||(26771470-26771528)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (284-520)||(19754752-19754988)
chr4 (284-520)||(19784818-19785054)
chr4 (284-520)||(15739710-15739946)
chr4 (284-520)||(47686310-47686546)
chr4 (284-470)||(8890511-8890698)
chr4 (284-520)||(160106-160343)
chr4 (284-520)||(7403400-7403638)
chr4 (284-478)||(16427036-16427232)
chr4 (284-474)||(47418293-47418484)
chr4 (284-457)||(43019429-43019603)
chr4 (284-502)||(23643024-23643244)
chr4 (284-520)||(13271306-13271544)
chr4 (284-520)||(20788694-20788932)
chr4 (284-376)||(26184848-26184941)
chr4 (289-500)||(17402121-17402333)
chr4 (420-509)||(11587624-11587713)
chr4 (403-499)||(23163068-23163163)
chr4 (284-401)||(33845095-33845214)
chr4 (362-416)||(5142986-5143040)
chr4 (334-416)||(20002257-20002339)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (284-520)||(12813619-12813855)
chr1 (284-520)||(26059380-26059616)
chr1 (284-520)||(11909520-11909757)
chr1 (284-520)||(51051968-51052205)
chr1 (284-520)||(6259306-6259542)
chr1 (284-503)||(4841887-4842107)
chr1 (284-483)||(24547518-24547718)
chr1 (284-520)||(13351802-13352039)
chr1 (284-520)||(6050089-6050327)
chr1 (284-520)||(35540537-35540774)
chr1 (403-500)||(47623500-47623597)
chr1 (362-467)||(37297967-37298071)
chr1 (187-258)||(33466342-33466413)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (284-520)||(25824499-25824736)
chr5 (284-520)||(23237872-23238108)
chr5 (284-520)||(12824687-12824924)
chr5 (284-520)||(35984205-35984441)
chr5 (284-520)||(30732729-30732966)
chr5 (284-520)||(27117576-27117812)
chr5 (284-520)||(12820364-12820601)
chr5 (284-520)||(31641246-31641482)
chr5 (284-520)||(8227515-8227751)
chr5 (284-520)||(28536090-28536326)
chr5 (284-520)||(42513207-42513445)
chr5 (284-520)||(42927619-42927856)
chr5 (284-520)||(3418271-3418508)
chr5 (306-520)||(19255538-19255753)
chr5 (284-423)||(12032460-12032600)
chr5 (376-467)||(26072474-26072565)
chr5 (380-509)||(29142385-29142514)
chr5 (407-468)||(32228416-32228477)
chr5 (138-214)||(35401218-35401294)
[»] scaffold0511 (1 HSPs)
scaffold0511 (284-520)||(5827-6063)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (284-520)||(13395877-13396113)
chr8 (284-520)||(32266053-32266289)
chr8 (284-520)||(41665784-41666020)
chr8 (284-520)||(32567680-32567915)
chr8 (284-520)||(9922090-9922326)
chr8 (284-520)||(171592-171828)
chr8 (284-520)||(7923873-7924111)
chr8 (284-520)||(8299291-8299528)
chr8 (284-520)||(20496572-20496809)
chr8 (289-520)||(5181162-5181394)
chr8 (284-348)||(8481877-8481941)
chr8 (386-498)||(34137400-34137512)
chr8 (393-478)||(29733407-29733492)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (284-520)||(18789294-18789530)
chr6 (284-520)||(12733614-12733850)
chr6 (284-520)||(5734656-5734892)
chr6 (284-518)||(21167714-21167948)
chr6 (284-520)||(24767839-24768076)
chr6 (284-520)||(18651649-18651886)
chr6 (388-509)||(15959240-15959361)
chr6 (378-500)||(32536478-32536600)
chr6 (362-467)||(11461982-11462087)
chr6 (403-499)||(14373427-14373523)
[»] scaffold0369 (1 HSPs)
scaffold0369 (284-520)||(11620-11856)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (284-520)||(4551665-4551894)
chr2 (284-434)||(40914380-40914530)
chr2 (289-520)||(41206499-41206731)
chr2 (388-500)||(17765397-17765509)
chr2 (393-518)||(15917251-15917376)
chr2 (403-500)||(28252329-28252426)
chr2 (376-467)||(15391724-15391815)
chr2 (388-471)||(44472951-44473034)
chr2 (385-467)||(12645126-12645208)
chr2 (139-212)||(6751095-6751168)
chr2 (382-466)||(40176257-40176341)
[»] scaffold0034 (1 HSPs)
scaffold0034 (284-520)||(106258-106496)
[»] scaffold0161 (1 HSPs)
scaffold0161 (421-467)||(6477-6523)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 19 - 520
Target Start/End: Original strand, 47876208 - 47876708
Alignment:
Q  19 atctaagggatgagtctttgtagttgcacacaaaggatatccaattcnnnnnnnnn-tagtaaatcaattttatattaaccagaagtgaannnnnnnatg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||          ||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||    
T  47876208 atctaagggatgagtctttgtagttgcacacaaaggatattcaattcacacaaaaaatagtaaatcaattttatattaactagaagtgaatttttttatg 47876307  T
Q  118 caatctaaaatattgaaattgtacacatgagttgacttaaaaataaagatcataaatgttaacgcaaaacatttgaaggaccattgtttgaagaaaaatt 217  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47876308 caatttaaa-tattgaaattgtacacatgagttgacttaaaaataaagatcataaatgttaacgcaaaacatttgaaggaccattgtttgaagaaaaatt 47876406  T
Q  218 gagactaaaaacaaatatgatatatttatggagactaaaaacnnnnnnnnnnngnnnnnnnnnnnntgagatatattaacacgggcaacgtaattcttac 317  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||           |            |||||||||||||||||| || ||||||| ||||    
T  47876407 gagactaaaaacaaatataatatatttatggagactaaaaactttttttttt-gaacaaacaaaaatgagatatattaacacggacaccgtaattgttac 47876505  T
Q  318 cgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccac 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  47876506 cgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaaccaaatgagtcaatacccagacataaaagtaggctcgaccaccac 47876605  T
Q  418 tgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccactttttctagcatttgtggcaaataactttgtctat 517  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47876606 tgatgagtaccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcactttttctagcatttgtggcaaagaactttgtctat 47876705  T
Q  518 ttc 520  Q
    |||    
T  47876706 ttc 47876708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 11277904 - 11277667
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    |||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11277904 tgagatatattaactcggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaaccaaatcagtc 11277805  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaag-ttgattccac 482  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  11277804 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacaacattgctagcctttaaccaccacaaagaagtttgatttcac 11277705  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||    
T  11277704 tttatctagtatttgtggcaaaatactttgtctatttc 11277667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 286 - 520
Target Start/End: Original strand, 37919035 - 37919269
Alignment:
Q  286 agatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtcaa 385  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37919035 agatatattaacacggacaccgtaattgttatcgcacaaggtgtgccaaataatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaaccaaatcagtcaa 37919134  T
Q  386 tacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccacttt 485  Q
    ||| | |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37919135 tacacggacataaaagcgggttcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacaacattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcacttt 37919234  T
Q  486 ttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
     |||| ||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  37919235 atctaacatttgtggcagagtactttgtctatttc 37919269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 286 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 236089 - 235854
Alignment:
Q  286 agatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtca 384  Q
    ||||||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  236089 agatatattaacatggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaaccaaatcagtca 235990  T
Q  385 atacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccactt 484  Q
    |||||||||| | ||||  | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  235989 atacccagacgtgaaagcagactcgaccaccactgttgagtaccaaaactaaatacaacattacaagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcactt 235890  T
Q  485 tttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    | |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  235889 tatctagcatttgtggcaaagagctttgtctatttc 235854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 29967464 - 29967700
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    |||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  29967464 tgagatatattaactcggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcatgaaaaagtcaaggtccaaacaagattacaaccaaatcagtc 29967563  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||     
T  29967564 aatacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaaaacaacattactagcctttaaccaccacaaagaggttgatttcaca 29967663  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || ||||||||||||||||    ||||||||||||||    
T  29967664 ttatctagcatttgtggcagcgtactttgtctatttc 29967700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 284 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 38890370 - 38890137
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  38890370 tgagatatattaatatggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcaa-aaaatgtcagggtccaaacaaaattacaatcaaatcagtc 38890272  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38890271 aatacccagacataaaagcgggctcaaccaccactgatgagtgccaaaattaaatacaacattactaacctttaaccaccacaaagaagttgatttcact 38890172  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatt 518  Q
    || ||||||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  38890171 ttatctagcaattgtggcaaagtactttgtctatt 38890137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 17720133 - 17720369
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaa-tcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| || | ||  |||||| |||||| | ||||||||||||| || |||| ||| ||||||| ||||||||| | ||||||||| |||||    
T  17720133 tgagatatattaatactgacactgtaattgttaccgtagaaggtgtgccaaaaaaatcacaaaagtgtcaagttccaaacaacaatacatccaa-tcagt 17720231  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    ||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  17720232 caatacccaaacaagaaagcgggctcgaccaccactggtgagtaccaaaactaaaaacaacattacaagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcac 17720331  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17720332 tttatctagcatttgtggcaaagaactttgtctatttc 17720369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 284 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 4938780 - 4938589
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| |||  || ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||  ||| |||||||| |||||  ||||||| |    
T  4938780 tgagatatattaatacgaacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgcctaacaattacaaaaatgtcagagtctaaacaaaaattacaaacaaatcaat 4938681  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagtt 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  4938680 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttagccaccacaacgaagtt 4938589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 291 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 31177951 - 31177720
Alignment:
Q  291 tattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaa-tgtcaaggtccaaacaaaa-ttacatccaaatcagtcaatac 388  Q
    |||||| |||| || || |||| |||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||  ||| |||||||| |||||  ||||||| |||||||    
T  31177951 tattaatacggacaccgcaattgttaccgcacaagatgtgcctaacaatcacaaaaaatgtcagagtctaaacaaaaattacaaacaaatcaatcaatac 31177852  T
Q  389 ccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccactttttc 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||| | | |||||| ||    
T  31177851 ccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactaacctttagccaccacaacgaagttaacttcactttatc 31177752  T
Q  489 tagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||||| ||| |||| |  ||||||||||||||    
T  31177751 tagcaattgaggcacagtactttgtctatttc 31177720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 362 - 467
Target Start/End: Original strand, 37254325 - 37254430
Alignment:
Q  362 caaaattacatccaaatcagtcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaacca 461  Q
    |||||||||||| || ||| || ||||||| ||||||| | |||||||||||||| | ||| |||| |||| |||| ||  |||||||||| || |||||    
T  37254325 caaaattacatcaaagtcaatcgatacccatacataaatgcgggctcgaccaccaattatgtgtaccaaaattaaagactacattactagctttcaacca 37254424  T
Q  462 ccacaa 467  Q
    ||||||    
T  37254425 ccacaa 37254430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 385 - 467
Target Start/End: Original strand, 48394494 - 48394576
Alignment:
Q  385 atacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaa 467  Q
    ||||||| |||||| || ||| |||||||||| | ||||||||  ||| |||| ||| |||||||||| || |||||||||||    
T  48394494 atacccatacataatagcgggttcgaccaccaattatgagtaccgaaattaaagacaacattactagctttcaaccaccacaa 48394576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 34333466 - 34333230
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34333466 tgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggcgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaaccaaatcagtc 34333367  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34333366 aatacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacaacattgttagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcact 34333267  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  34333266 ttatctagcatttgtggcaaaatactttgtctatttc 34333230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 40931180 - 40930943
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 382  Q
    |||||| ||||||||| | || ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40931180 tgagatgtattaacacagacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 40931081  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    ||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  40931080 caatacccaaacatgcaagcgggctcgaccaccactgttgagtaccgaaactaaaaacaacattacaagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcac 40930981  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40930980 tttatctagcatttgtggcaaagaactttgtctatttc 40930943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 7312265 - 7312502
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||| ||||  | ||||||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||    
T  7312265 tgagatatattaatacggataccgtaattgttaccgcacaagatatgccaaacaatcacaaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaaacaagtcagtc 7312364  T
Q  384 aa-tacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  7312365 aaatacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgacgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttgatttcac 7312464  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| ||||||| |||||||| |  ||||||||||||||    
T  7312465 tttatctagcaattgtggcacagtactttgtctatttc 7312502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 284 - 455
Target Start/End: Original strand, 926609 - 926781
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgcca-aacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 382  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  926609 tgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccagaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 926708  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctt 455  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||    
T  926709 caatacccagacatgaaagcgggctcgaccaccaatgatgagtaccataactaaatacaacattacaagcctt 926781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 284 - 478
Target Start/End: Original strand, 15827198 - 15827394
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacg-aaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcag 381  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15827198 tgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaaacaatcacggaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaaccaaatcag 15827297  T
Q  382 tcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgatt 478  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| |||| || || |||||||||| ||||||||||||| |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15827298 tcaatacccagacatgaaagcgggttcgatcatcaatgatgagtaccaaaactaaatacagcattgcaagcttttaaccaccacaaagaagttgatt 15827394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 2363765 - 2364002
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| |||| || |  |||| |||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||  ||| || ||||| |||||  |||||||||    
T  2363765 tgagatatattaaaacggacaccacaattgttaccgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatcagt 2363864  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||    
T  2363865 caatacctagacataaaagagggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcac 2363964  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| ||||||| ||| |||| |  ||||||||||||||    
T  2363965 tttatctagcaattgaggcacagtactttgtctatttc 2364002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 288 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 19920877 - 19920662
Alignment:
Q  288 atatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtcaa-t 386  Q
    ||||||||| |||| || ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||| || |||| |    
T  19920877 atatattaatacggacaccgtaattgtttccgcacaagatgtgccaaacaatcactaaaatgtcaaggtccaaacaaaaatacaaacaaaacaatcaaat 19920778  T
Q  387 acccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccactttt 486  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| | |||||||| ||||||     
T  19920777 acccagacataagagcgggctcgaccaccactgatgggtgccaaaactaaatacaacatttctagcttttaaccaccacaacgcagttgatttcacttta 19920678  T
Q  487 tctagcatttgtggca 502  Q
    |||| || ||||||||    
T  19920677 tctaacaattgtggca 19920662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 10324224 - 10323986
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaa-tgtcaaggtccaaacaaaa-ttacatccaaatcag 381  Q
    ||||||||||||| |||| || || |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||  ||| |||||||| |||||  |||||||     
T  10324224 tgagatatattaatacggacaccgcaattgttaccgcacaaggtgtgcctaacaatcacaaaaaatgtcagagtctaaacaaaaattacaaacaaatcac 10324125  T
Q  382 tcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattcca 481  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| |||||| | | ||    
T  10324124 tcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagccttgagccaccacaacgaagttaacttca 10324025  T
Q  482 ctttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    |||| || |||| ||| ||||    ||||||||||||||    
T  10324024 ctttatcgagcaattgaggcactgtactttgtctatttc 10323986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 284 - 478
Target Start/End: Original strand, 10312877 - 10313061
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacg-aaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcag 381  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||            |||||||||    
T  10312877 tgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaaacaatcacggaaaatgtcaaggtccaa------------ccaaatcag 10312964  T
Q  382 tcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgatt 478  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||  || |||||||||||||||||||||||||    
T  10312965 tcaatacccagacatgaaagcgggttcgaccaccaatgatgagtaccaaaactaaatacaacgttacacgcttttaaccaccacaaagaagttgatt 10313061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 376 - 467
Target Start/End: Original strand, 15312163 - 15312254
Alignment:
Q  376 aatcagtcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaa 467  Q
    |||||||| ||||||| |||||| |||||| ||||||||||  |||||||||  |||||||||||| |||||||||| || |||||||||||    
T  15312163 aatcagtcgatacccatacataagagtgggttcgaccaccaaagatgagtaccgaaactaaatacaacattactagctttcaaccaccacaa 15312254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 306 - 514
Target Start/End: Original strand, 7031829 - 7032037
Alignment:
Q  306 cgtaattcttaccgcacaaggtgtgcc-aaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtcaatacccagacataaaagtgg 404  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| | ||||  ||||| | ||||  |||| ||| |  || ||    
T  7031829 cgtaattgttacagcacaaggtgtgccgaaacaatcactaaaatgtcaaggtccatacaaca-tacaaacaaattactcaagtcccaaacacatcagagg 7031927  T
Q  405 gctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccactttttctagcatttgtggcaaa 504  Q
    |||||||||||| |  ||||||| ||| ||||| |   |||||  ||| || |||||||||||||||| ||||   || || |||||||| || ||||||    
T  7031928 gctcgaccaccaattctgagtaccaaagctaaacattacattatgagctttcaaccaccacaaagaagatgatataaccttatctagcatatgaggcaaa 7032027  T
Q  505 taactttgtc 514  Q
     | |||||||    
T  7032028 gagctttgtc 7032037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 284 - 354
Target Start/End: Original strand, 7239598 - 7239669
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgcc-aaacaatcacgaaaatgtcaag 354  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  7239598 tgagatatattaacatggacaccgtaattgttactgcataaggtgtgccaaaacaatcacggaaatgtcaag 7239669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 393 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 26771528 - 26771470
Alignment:
Q  393 acataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactag 451  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||  ||||||||| ||| |||||||||    
T  26771528 acataaaagtgggctcgaccaccaattatgagtatcaaaactaaaaacaacattactag 26771470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 173; Significance: 8e-93; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 19754752 - 19754988
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  19754752 tgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaacgaaatcagtc 19754851  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19754852 aataccgagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacagcattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcact 19754951  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || |||| ||||||||||| |  || |||||||||||    
T  19754952 ttatctaacatttgtggcagagtaccttgtctatttc 19754988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 19785054 - 19784818
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  19785054 tgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaacgaaatcagtc 19784955  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19784954 aataccgagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacagcattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcact 19784855  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || |||| ||||||||||| |  || |||||||||||    
T  19784854 ttatctaacatttgtggcagagtaccttgtctatttc 19784818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 15739710 - 15739946
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||||  || || ||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  15739710 tgagatatattaacgaggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccgaacaatcacaaaaatgtcaaagtccaaacaaaaatacaaccaaatcagtc 15739809  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  15739810 aatacccaaacataaaagcgggctcgaccaccactgttgagtaccaaaactaaatacaacattgctagcctttagccaccacaaagaagttgatttcact 15739909  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  15739910 ttatctagcatttgtggcaaagtactttgtctatttc 15739946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 47686546 - 47686310
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||| | |||| || ||||| | ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  47686546 tgagatatattcaaacggacaccgtaactgttatcgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcagagtccaaacagaattacaaacaaatcagtc 47686447  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  47686446 aatacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcact 47686347  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || ||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  47686346 ttgtctagcatttgtggcaaagtacttagtctatttc 47686310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 284 - 470
Target Start/End: Original strand, 8890511 - 8890698
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8890511 tgagatatattaatacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaaacaatcacggaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaaccaaatcagt 8890610  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaaga 470  Q
    |||||||||||||| ||||  ||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||    
T  8890611 caatacccagacatgaaagcaggctcgaccaccaattatgagtaccaaaactaaatacagcattacaagcttttaaccaccacaaaga 8890698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 160343 - 160106
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaaca-aaattacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| |||| || || |||| ||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||||||  ||| || || ||||||||  |||||||||    
T  160343 tgagatatattaatacggacaccgcaattgttatcgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcagaaattacaaacaaatcagt 160244  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||    
T  160243 caatacccagacataaaagagggctcgaccaccactgatgtttgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcac 160144  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| ||||| | |||||||| |  ||||||||||||||    
T  160143 tttatctagtaattgtggcacagtactttgtctatttc 160106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 7403400 - 7403638
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 382  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7403400 tgagatatattaacacggacactgtaattgttacagcacaaggtgtgccaaaacaatcacgaaaatgccaaagtccaaacaaaattacaaccaaatcagt 7403499  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    ||||||||| |||| || | |||||||||||||| | |||| ||  ||| ||||||||| |||| | ||  ||||||||||||||||||  ||||| |||    
T  7403500 caatacccaaacatgaatgcgggctcgaccaccaattatgaatatcaaagctaaatacaacattgcgagtttttaaccaccacaaagaatatgatttcac 7403599  T
Q  483 tttttcta-gcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| |||| |||||||||||||| | |||||||||||||    
T  7403600 tttatctaggcatttgtggcaaagagctttgtctatttc 7403638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 284 - 478
Target Start/End: Original strand, 16427036 - 16427232
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacg-aaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcag 381  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  16427036 tgagatatattaaaacggacaccgtaattgttaccgtacaaggtgtgccaaaacaatcacggaaaatgtcaaggtcgaaacaaaattacaaccaaatcag 16427135  T
Q  382 tcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgatt 478  Q
    | |||||| |||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||  || ||||| |||||||||||||||||||    
T  16427136 ttaatacctagacatgaaagcgggttcgaccaccaatgatgagtaccaaaactaaatacatctttacatgcttttaatcaccacaaagaagttgatt 16427232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 284 - 474
Target Start/End: Original strand, 47418293 - 47418484
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| |||| || || |||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||   ||| |||||||| |||||  ||||||| |    
T  47418293 tgagatatattaatacggacaccgcaattgttaccgcacaaggtgtgcctaacaattacaaaaatgtcggagtctaaacaaaaattacaaacaaatcaat 47418392  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagtt 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  47418393 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttagccaccacaacgaagtt 47418484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 284 - 457
Target Start/End: Original strand, 43019429 - 43019603
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  43019429 tgagatatattaatacggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgtcaaacaatcataaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaaacaaatcagtc 43019528  T
Q  384 -aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagccttta 457  Q
     |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  43019529 aaatacccagacataaaagcggactcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaatattactagccttta 43019603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 284 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 23643244 - 23643024
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaa-tgtcaaggtccaaacaaaa-ttacatccaaatcag 381  Q
    ||||||||||||| |||| || || |||| |||||| ||||| |||||| ||||||||| |||| |||||  ||| || ||||| |||||  ||||||||    
T  23643244 tgagatatattaatacggacaccgcaattgttaccgtacaagatgtgcccaacaatcacaaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatcag 23643145  T
Q  382 tcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattcca 481  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||    
T  23643144 tcaatacctagacataaaagagggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttca 23643045  T
Q  482 ctttttctagcatttgtggca 502  Q
    |||| ||||||| ||| ||||    
T  23643044 ctttatctagcaattgaggca 23643024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 13271544 - 13271306
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaa-tgtcaaggtccaaacaaaa-ttacatccaaatcag 381  Q
    ||||||||||||| |||| || || |||| |||| ||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||  ||| || ||||| |||||  ||||||||    
T  13271544 tgagatatattaatacggacaccgcaattgttactgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatcag 13271445  T
Q  382 tcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattcca 481  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||    
T  13271444 tcaatacccagacataaaagatggctcgaccaccactgatgagtgccaaaaataaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttca 13271345  T
Q  482 ctttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    |||| ||||||| ||||| ||  | ||||| ||||||||    
T  13271344 ctttatctagcaattgtgtcactttactttttctatttc 13271306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 20788932 - 20788694
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 382  Q
    |||||||||||| ||||| || ||||||| ||||  |||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||    
T  20788932 tgagatatattaccacggacaccgtaattgttacatcacaagatgtgccaaagcaatcatgaaaatgtcaaggtccaaataaaattacaaccaaattagt 20788833  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatca-ttactagcctttaaccaccacaaagaagttgattcca 481  Q
    ||||||||| |||||| || ||| |||||||||| |  ||||||| ||| ||||| ||| || |||  ||| ||||||||||||||||||| ||||   |    
T  20788832 caatacccaaacataacagcgggttcgaccaccaattctgagtaccaaagctaaacacaacatttatgagcttttaaccaccacaaagaagatgatataa 20788733  T
Q  482 ctttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    | || |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  20788732 ccttatctagcatttgtggcaaagagctttgtctatttc 20788694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 284 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 26184941 - 26184848
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaa 376  Q
    ||||||||||||| || | || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26184941 tgagatatattaatactgacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaaacaatcacaaaagtgtcaagttccaaacaaaattacatccaa 26184848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 289 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 17402333 - 17402121
Alignment:
Q  289 tatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtcaata 387  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||| ||||   ||| ||||||  |   |||||| ||     
T  17402333 tatattaccacggacaacgtaattgttacagcacaaggtgtgccaaaacaatcactaaaagatcaaagtcctgtcaagattacaaacttgtcagtcgatg 17402234  T
Q  388 cccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccacttttt 487  Q
    | ||  |||||||| |||||||||||||| | |||||||| |||   || |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||  ||||| |    
T  17402233 ctcatgcataaaagcgggctcgaccaccaattatgagtaccaaagtgaactacaacattactagcctttaactaccacaaagaagatgattttactttat 17402134  T
Q  488 ctagcatttgtgg 500  Q
    ||| ||| |||||    
T  17402133 ctaacatatgtgg 17402121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 420 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 11587713 - 11587624
Alignment:
Q  420 atgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccactttttctagcatttgtggcaaataact 509  Q
    |||||||| ||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||| |||| ||||||||| ||| ||||    
T  11587713 atgagtaccaaagctaaaaacaacattactagcttttaaccaccacaaagaagatgattttactttgtctaacatttgtggtaaagaact 11587624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 403 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 23163163 - 23163068
Alignment:
Q  403 gggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccactttttctagcatttgtg 499  Q
    |||||||||||||| | |||||||| | | ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||| |||| ||||||||    
T  23163163 gggctcgaccaccaattatgagtaccatagctaaaaacaacattactagcttttaaccaccacaaagaagatgattttactttgtcta-catttgtg 23163068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 284 - 401
Target Start/End: Original strand, 33845095 - 33845214
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcac-gaaaatgtcaaggtccaaac-aaaattacatccaaatcag 381  Q
    ||||||||||||| |||| || || |||| |||||||||||| |||||| |||||||||  ||||||| |  ||| || | |||||||||  ||||||||    
T  33845095 tgagatatattaatacggacaccgcaattgttaccgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaaatgtaagagtctaagcaaaaattacaaacaaatcag 33845194  T
Q  382 tcaatacccagacataaaag 401  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  33845195 tcaatactcagacataaaag 33845214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 362 - 416
Target Start/End: Original strand, 5142986 - 5143040
Alignment:
Q  362 caaaattacatccaaatcagtcaatacccagacataaaagtgggctcgaccacca 416  Q
    |||||||||||| || ||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  5142986 caaaattacatcaaagtcaatcgatacccatacataaaagcgggctcgaccacca 5143040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 334 - 416
Target Start/End: Original strand, 20002257 - 20002339
Alignment:
Q  334 aacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtcaatacccagacataaaagtgggctcgaccacca 416  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||   |||||||||||| || ||| || |||| || ||||||||| ||||||||||||||    
T  20002257 aacaatcacgaaaagatcaagatcctgtcaaaattacatcaaagtcaatcgatactcatacataaaagcgggctcgaccacca 20002339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 12813855 - 12813619
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  12813855 tgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaagttccaaacaaaattacaaccaaatcagtc 12813756  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12813755 aatacccaaacataaaagcgggctcgaccaccactgatgaatactaaaactaaatacaacattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcact 12813656  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || |||| ||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  12813655 ttatctaacatttgtggcagagtactttgtctatttc 12813619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 26059380 - 26059616
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| | |||||||||    
T  26059380 tgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacaaaaatgtcaagatccaaacaagattacaactaaatcagtc 26059479  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26059480 aatagccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacaacattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcact 26059579  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || ||||||||||||||||||  || |||||||||||    
T  26059580 ttatctagcatttgtggcaaagtacattgtctatttc 26059616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 11909757 - 11909520
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  11909757 tgagatatattaatacggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaaacaaatcagtc 11909658  T
Q  384 aa-tacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  11909657 aaatacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttgatttcac 11909558  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| ||||||| |||||||| |  ||||||||||||||    
T  11909557 tttatctagcaattgtggcacagtactttgtctatttc 11909520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 51051968 - 51052205
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||     
T  51051968 tgagatatattaatacggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaaacaaatcagtt 51052067  T
Q  384 aa-tacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  51052068 aaatacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagtctttaaccaccacaacgaagttgatttcac 51052167  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| ||||||| |||||||| |  ||||||||||||||    
T  51052168 tttatctagcaattgtggcacaatactttgtctatttc 51052205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 6259306 - 6259542
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||||  || || ||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  6259306 tgagatatattaacgaggacaccgtaattgttaccgtacaagatgtgccgaacaatcacaaaaatgtcaaagtccaaacaaaaatacaaccatatcagtc 6259405  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  6259406 aatacccaaacataaaagcgggctcgaccaccagtgttgagtaccaaaactaaatacaacattgctagcctttagccaccacaaagaagttgatttcact 6259505  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  6259506 ttatctagcatttgtggcaaagtactttgtctatttc 6259542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 284 - 503
Target Start/End: Original strand, 4841887 - 4842107
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaa-tcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  4841887 tgagatatattaatacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaacaaatcatgaaaatctcaagttccaaacaaaattacaaccaaatcagt 4841986  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4841987 caatatccaaacataaaagcgggctcgaccaccactgatgaataccaaaactaaatacaggattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcac 4842086  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaa 503  Q
    ||| |||| ||||||| ||||    
T  4842087 tttatctaacatttgtcgcaa 4842107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 284 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 24547718 - 24547518
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 382  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  24547718 tgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaaacaatcacggaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaatcaaatcagt 24547619  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    |||||||||||||| ||||  ||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  24547618 caatacccagacatgaaagcaggctcgaccaccaattatgagtaccaaaactaaatacagcattacaagcttttaaccactacaaagaagttgatttcac 24547519  T
Q  483 t 483  Q
    |    
T  24547518 t 24547518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 13351802 - 13352039
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgcc-aaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 382  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||| |||| |||||    
T  13351802 tgagatatattaacacggacaccgtaattgttactgcacaatgtgtgccgaaacaatcacgaaaatgtcgaagtccaaacaagattacaaccaagtcagt 13351901  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    |||| |||| |||| |||| |||||| ||||||| | |||||||| ||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||  | |||  ||    
T  13351902 caatgcccaaacatgaaagcgggctcaaccaccaattatgagtaccaaagctaaatacaacattacgagcttttaaccaccacaaagaaaattatttaac 13352001  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  13352002 tttgtctagcatttgtggcaaagagctttgtctatttc 13352039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 6050089 - 6050327
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaa-tgtcaaggtccaaacaaa-attacatccaaatcag 381  Q
    ||||||||||||| |||| || || |||| |||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||  ||| || |||| ||||||  ||||||||    
T  6050089 tgagatatattaatacggacaccgcaattgttaccgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaaatgtcagagtctaagcaaatattacaaacaaatcag 6050188  T
Q  382 tcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattcca 481  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||    
T  6050189 tcaatacccagacataaaagagggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttca 6050288  T
Q  482 ctttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    |||| ||||| | ||  |||| |  ||||||||||||||    
T  6050289 ctttatctagaaatttaggcacaatactttgtctatttc 6050327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 35540537 - 35540774
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| |||| || || |||| ||| |||||| | |||||| ||||||||| |||||||||  ||| || ||||| |||||  |||||||||    
T  35540537 tgagatatattaaaacggacaccgcaattgttatcgcacaggatgtgcccaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatcagt 35540636  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||    
T  35540637 caatacccagacataaaagagggctcgaccaccactgatgtgtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcac 35540736  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| ||||| | ||| |||| |  ||||||||||||||    
T  35540737 tttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttc 35540774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 403 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 47623597 - 47623500
Alignment:
Q  403 gggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccactttttctagcatttgtgg 500  Q
    |||||||||||||| | |||||||  | | ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||| |||| |||||||||    
T  47623597 gggctcgaccaccaattatgagtatcatagctaaaaacaacattactagcttttaaccaccacaaagaagatgattttactttgtctaacatttgtgg 47623500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 362 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 37298071 - 37297967
Alignment:
Q  362 caaaattacatccaaatcagtcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaacca 461  Q
    |||||||||||| || ||| || |||| || ||||||||| |||||||||||||| | ||| |||| |||| |||| ||  |||||||||| || |||||    
T  37298071 caaaattacatc-aagtcaatcgatactcatacataaaagcgggctcgaccaccaattatgtgtaccaaaattaaagactacattactagctttcaacca 37297973  T
Q  462 ccacaa 467  Q
    ||||||    
T  37297972 ccacaa 37297967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 187 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 33466413 - 33466342
Alignment:
Q  187 catttgaaggaccattgtttgaagaaaaattgagactaaaaac-aaatatgatatatttatggagactaaaaa 258  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||| | |||||||||    
T  33466413 cattttaaggaccattgttcgaag-aaaattaagactaaaaccgaaatatgatatatgtatagggactaaaaa 33466342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 25824499 - 25824736
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgcca-aacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 382  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25824499 tgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccagaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaagcaaaattacatccaaatcagt 25824598  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25824599 caataaccagacatgaaagcgggctcgaccaccaccgatgagtaccaaaactaaatacaacattacaagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcac 25824698  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||||||    
T  25824699 tttatctagcatttgaggcaaagaacattgtctatttc 25824736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 23237872 - 23238108
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    |||||||||||||| ||| || ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  23237872 tgagatatattaactcggacaccgtaattgttaccgaacaagatgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaagattacaaccaaatcagtc 23237971  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  23237972 aatacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaaaacaacattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcaca 23238071  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || |||||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  23238072 ttatctagcatctgtggcaaagtactttgtctatttc 23238108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 12824687 - 12824924
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  12824687 tgagatatattaatacggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaaacaaatcagtc 12824786  T
Q  384 aa-tacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  12824787 aaatacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttgatttcac 12824886  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| ||||||| |||||| | |  ||||||||||||||    
T  12824887 tttatctagcaattgtggtacaatactttgtctatttc 12824924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 35984441 - 35984205
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| || | || ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  35984441 tgagatatattaatactgacaccgtaattgttactgcacaaggtgtgccaaaacaatcacaaaagtgtcaagttccaaacaaaattacatccaa-tcagt 35984343  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    ||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  35984342 caatacccaaacaagaaagtgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaaaacaacattacaagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcac 35984243  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35984242 tttatctagcatttgtggcaaagaactttgtctatttc 35984205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 30732966 - 30732729
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  30732966 tgagatatattaatacggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcaaggtccacacaaaattacaaacaaatcagtc 30732867  T
Q  384 aa-tacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    || ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  30732866 aaatacccagacataaaagcaggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagtctttaaccaccacaacgaagttgatttcac 30732767  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| ||||||| |||||||| |  ||||||||||||||    
T  30732766 tttatctagcaattgtggcacaatactttgtctatttc 30732729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 27117812 - 27117576
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||| |||| |  ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  27117812 tgagatatattaaaacggaccccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcagggtccaaacaaaattacaatcaaatcagtc 27117713  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    || ||||| |||||||||  |||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27117712 aacacccaaacataaaagcaggctcgaccaccactgttgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcact 27117613  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || ||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||    
T  27117612 ttatctagcaattgtggcaaagtactctgtctatttc 27117576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 12820601 - 12820364
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  12820601 tgagatatattaatacggacatcgtaattgttactgtacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaaacaaatcagtc 12820502  T
Q  384 aat-acccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  12820501 aaacacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattaccagcctttaaccaccacaacgaagttgatttcac 12820402  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| ||||||| |||||||| |  ||||||||||||||    
T  12820401 tttatctagcaattgtggcacaatactttgtctatttc 12820364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 31641246 - 31641482
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| || | || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||  |||||||| ||||||||||| |||||    
T  31641246 tgagatatattaatactgacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaaacaatcacaaaagtgtcaagtgccaaacaacattacatccaa-tcagt 31641344  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    ||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  31641345 caatacccaaacaagaaagcgggctcgaccaccactggtgagtaccaaaactaaatacaacattacaagcctttaaccaccacaacgaagttgatttcac 31641444  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31641445 tttatctagcatttgtggcaaagaactttgtctatttc 31641482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 8227515 - 8227751
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||| |||| || | ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  8227515 tgagatatattaatacggacaccataattgttaccgcataagatgtgtcaaacaatcacaaaaatgtcaaggtccaaacaagattacaaccaaatcagtc 8227614  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||     
T  8227615 aataaccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacaacattgctagcctttaaccaccacaaagaggttgatttcaca 8227714  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || || ||||||| ||||||   ||||||| ||||||    
T  8227715 ttatcaagcatttatggcaacgtactttgtttatttc 8227751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 28536326 - 28536090
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| || | || | ||| | |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  28536326 tgagatatattaatactgacaccataaatgttactgcacaaggtgtgccaaaacaatcacaaaagtgtcaagttccaaacaaaattacatccaa-tcagt 28536228  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    ||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  28536227 caatacccaaacaagaaagcgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaaaacaacattacaagcctttaaccaccacaaagacgttgatttcac 28536128  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  28536127 tttatctagcatttgtggcaaagaacttcgtctatttc 28536090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 42513207 - 42513445
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaa-tgtcaaggtccaaacaaaa-ttacatccaaatcag 381  Q
    ||||||||||||| |||| || || |||| |||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||  ||| || ||||| |||||  ||||||||    
T  42513207 tgagatatattaatacggacaccgcaattgttaccgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatcag 42513306  T
Q  382 tcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattcca 481  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||    
T  42513307 tcaatacccagacataaaagagggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttca 42513406  T
Q  482 ctttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    |||| ||||||| ||| |||| |  ||||||||||||||    
T  42513407 ctttatctagcaattgaggcacaatactttgtctatttc 42513445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 42927619 - 42927856
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| ||||  | ||||||| |||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||    
T  42927619 tgagatatattaatacggataccgtaattgttacagcataaagtgtgccaaaacaatcacgaaaatgtcaaactccaaacaagattacaaccaaatcagt 42927718  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||  ||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  42927719 caatccccaaacataaaagtgggctcgaccaccaattatgagtatcaaagctaaatacaacattacgagcttttaaccaccacaaagaagatgatttaac 42927818  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| |||||||||||||||||| | ||||||| |||||    
T  42927819 tttatctagcatttgtggcaaagagctttgtcaatttc 42927856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 3418271 - 3418508
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| |||| || || |||| ||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||  ||| || ||||| |||||  |||||||||    
T  3418271 tgagatatattaatacggacaccgcaattgttatcgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaatggcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatcagt 3418370  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    ||||||| |||| |||||| |||||||| ||||||||||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||    
T  3418371 caatacctagacttaaaagagggctcgatcaccactgatgtgtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcac 3418470  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| ||||| | ||| |||| |  ||||||||||||||    
T  3418471 tttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttc 3418508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 306 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 19255753 - 19255538
Alignment:
Q  306 cgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaa-acaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtcaatacccagacataaaagtgg 404  Q
    ||||||| |||  |||||||||||||||| | ||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||| |||| ||||||||| |||| |||| |||| ||    
T  19255753 cgtaattattaaagcacaaggtgtgccaatataattacggaaatgtcaaagtccaaacaagattacaaccaagtcagtcaatgcccaaacatgaaagcgg 19255654  T
Q  405 gctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccactttttctagcatttgtggcaaa 504  Q
    ||||||||||||   |||||||| ||||||||||||| |||||  ||  ||||||||||||||||||| |||||  ||||| |||| ||| |||||||||    
T  19255653 gctcgaccaccaaatatgagtaccaaaactaaatacaacattatgaggttttaaccaccacaaagaagatgatttgactttatctaacatatgtggcaaa 19255554  T
Q  505 taactttgtctatttc 520  Q
     | |||| ||||||||    
T  19255553 gagctttttctatttc 19255538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 284 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 12032600 - 12032460
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| |||| || |  |||| |||||||| |||||||||| |||||| || |||||||||  ||| |||||||| |||||  ||||||| |    
T  12032600 tgagatatattaatacggacaccacaattgttaccgcataaggtgtgcctaacaattacaaaaatgtcagagtctaaacaaaaattacaaacaaatcaat 12032501  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatga 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12032500 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatga 12032460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 376 - 467
Target Start/End: Original strand, 26072474 - 26072565
Alignment:
Q  376 aatcagtcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaa 467  Q
    |||||||||||||||| |||||| || ||| |||||||||| | |||||||   |||||||| ||| |||||||||| || |||||||||||    
T  26072474 aatcagtcaatacccatacataagagcgggttcgaccaccaattatgagtatcgaaactaaagacaacattactagctttcaaccaccacaa 26072565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 380 - 509
Target Start/End: Original strand, 29142385 - 29142514
Alignment:
Q  380 agtcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattc 479  Q
    ||||||| |||| |||||| ||  |||||||||| || | | |||||| | | ||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||||| | |||||     
T  29142385 agtcaatgcccatacataacagatggctcgaccatcaattaagagtaccagagctaaaaacaacattattagcttttaaccaccacaaagatgatgattt 29142484  T
Q  480 cactttttctagcatttgtggcaaataact 509  Q
     ||||| |||| ||||||||| ||| ||||    
T  29142485 tactttgtctaacatttgtggtaaagaact 29142514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 407 - 468
Target Start/End: Original strand, 32228416 - 32228477
Alignment:
Q  407 tcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaa 468  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  32228416 tcgatcaccaattatgagtaccaaaactaaaaacaacattactagctttcaaccaccacaaa 32228477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 138 - 214
Target Start/End: Original strand, 35401218 - 35401294
Alignment:
Q  138 gtacacatgagttgacttaaaaataaagatcataaatgttaacgcaaaacatttgaaggaccattgtttgaagaaaa 214  Q
    |||||||||||| || ||||||| |  ||| |||||| ||||   |||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  35401218 gtacacatgagtcgagttaaaaacagtgataataaatattaatagaaaatatttaaaggaccattgtttgaagaaaa 35401294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0511 (Bit Score: 165; Significance: 5e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0511
Description:

Target: scaffold0511; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 6063 - 5827
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  6063 tgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaaccaaattagtc 5964  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    ||||||  |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5963 aatacctggacataaaagcgggcttgaccaccagtgatgagtaccaaaactaaatacagcattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcact 5864  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || ||||||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  5863 ttatctagcatttgtggcaaattagtttatctatttc 5827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 165; Significance: 5e-88; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 13395877 - 13396113
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  13395877 tgagatatattaacatggacaccgtaattgttaccgtacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaagttccaaacaaaattacaaccaaatcagtc 13395976  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13395977 aatacccaaacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacagcattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcact 13396076  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || |||| ||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  13396077 ttatctaacatttgtggcagagtactttgtctatttc 13396113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 32266053 - 32266289
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    |||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  32266053 tgagatatattaactcggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaagattacaaccaaatcagtc 32266152  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||     
T  32266153 aatacccggacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacaacatttctagtctttaaccaccacagagaagttgatttcaca 32266252  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  32266253 ttatctagcatttgtggcaaagtactttgtctatttc 32266289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 41666020 - 41665784
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||    
T  41666020 tgagatatattaacacggataccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaagttccaaacaaaattacaaccaaatcaatc 41665921  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41665920 aatacccaaacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacaacattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcact 41665821  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || ||||  |||||||||| |  ||||||||||||||    
T  41665820 ttatctaaaatttgtggcagagtactttgtctatttc 41665784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 32567915 - 32567680
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    |||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  32567915 tgagatatattaactcggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcaaggtccaaacaagattacaaccaaatcagtc 32567816  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||     
T  32567815 aatacccagacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtatcaaaactaaatacaacattgctag-ctttaaccaccacaaagaagttgatttcaca 32567717  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  32567716 ttatctagcatttgtggcaaagtactttgtctatttc 32567680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 9922090 - 9922326
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| || | || ||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||| | ||||||||| |||||    
T  9922090 tgagatatattaatactgacaccgtaattattaccgcacaagatgtgccaaaacaatcacaaaagtgtcaagttccaaacaacaatacatccaa-tcagt 9922188  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    ||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9922189 caatacccaaacaagaaagcgggctcgaccaccactggtgagtaccaaaactaaaaacaacattacaagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcac 9922288  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9922289 tttatctagcatttgtggcaaagaactttgtctatttc 9922326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 171592 - 171828
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||| ||||    ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||  ||||||||||    
T  171592 tgagatatattaaaacggatcccgtaattgttaccgtacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcagggtctaaataaaattacaatcaaatcagtc 171691  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    || ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  171692 aacacccaaacataaaagcgggcttgaccaccactgttgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccatcacaaagaagttgatttcact 171791  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || ||||||| | ||||||||  ||| ||||||||||    
T  171792 ttatctagcaatagtggcaaagtactctgtctatttc 171828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 7923873 - 7924111
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaa-tgtcaaggtccaaacaaaa-ttacatccaaatcag 381  Q
    ||||||||||||| |||| || || |||| |||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||  ||| || ||||| |||||  ||||||||    
T  7923873 tgagatatattaatacggacaccgcaattgttaccgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatcag 7923972  T
Q  382 tcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattcca 481  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||    
T  7923973 tcaatacccagacataaaagagggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttca 7924072  T
Q  482 ctttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    |||| ||||||| ||| |||| |  ||||||||||||||    
T  7924073 ctttatctagcaattgaggcacagtactttgtctatttc 7924111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 8299291 - 8299528
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| |||| || || |||| |||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||  ||| || ||||| ||| |  |||||||||    
T  8299291 tgagatatattaatacggacaccgcaattgttaccgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattagaaacaaatcagt 8299390  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||    
T  8299391 caatacccagacataaaagagggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttagccaccacaacgaagttaatttcac 8299490  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| ||||||| ||| |||| |  ||| ||||||||||    
T  8299491 tttatctagcaattgaggcacagtactatgtctatttc 8299528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 20496572 - 20496809
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaa-ttacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| |||| || || |||| ||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||||||  ||| || ||||| |||||  |||||||||    
T  20496572 tgagatatattaatacggacaccgcaattgttatcgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaatgtcagagtctaagcaaaaattacaaacaaatcagt 20496671  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||    
T  20496672 caatacccagacataaaagagggctcgaccaccactgatgtgtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttcac 20496771  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| ||||| | ||| |||| |  ||||||||||||||    
T  20496772 tttatctagtaattgaggcacagtactttgtctatttc 20496809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 289 - 520
Target Start/End: Original strand, 5181162 - 5181394
Alignment:
Q  289 tatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtcaata 387  Q
    ||||||| || || |||| ||||| || | ||| || |||||||||| |||||||| ||||||||| |||| | ||| ||||||  ||  |||||||||     
T  5181162 tatattatcatggacaacataattgttgcagcataaagtgtgccaaaacaatcacggaaatgtcaaagtcctatcaagattacaaacatttcagtcaatg 5181261  T
Q  388 cccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccacttttt 487  Q
    |||| |||| |||| |||  |||||||||   |||||||| ||| ||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||  ||||| |    
T  5181262 cccaaacatgaaagcgggtacgaccaccaagtatgagtactaaagctaaatacaacattactaacttttaaccaccacaaataagatgattttactttat 5181361  T
Q  488 ctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| ||| ||||| ||| |||||| ||||||||    
T  5181362 ctaacatatgtggtaaagaactttctctatttc 5181394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 284 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 8481941 - 8481877
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaat 348  Q
    |||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8481941 tgagatatattaactcggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacgaaaat 8481877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 386 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 34137512 - 34137400
Alignment:
Q  386 tacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccacttt 485  Q
    |||||| |||||| |  |||||||||||||| | |||||||| ||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||  |||||    
T  34137512 tacccatacataacaaagggctcgaccaccaattatgagtaccaaagctaaaaacaacattactagcttttaaccaccacaatgaagatgattttacttt 34137413  T
Q  486 ttctagcatttgt 498  Q
     |||| |||||||    
T  34137412 gtctaacatttgt 34137400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 393 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 29733492 - 29733407
Alignment:
Q  393 acataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgatt 478  Q
    ||||| ||| || |||||||||||   |||||||| |||| |||| ||  |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  29733492 acatacaagcggtctcgaccaccaactatgagtaccaaaagtaaagaccacattactagctttcaaccaccacaaagaatttgatt 29733407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 165; Significance: 5e-88; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 18789530 - 18789294
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  18789530 tgagatatattaacacggacaccgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaaccaaattagtc 18789431  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    ||||||  |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18789430 aatacctggacataaaagcgggcttgaccaccagtgatgagtaccaaaactaaatacagcattgctagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcact 18789331  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || ||||||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  18789330 ttatctagcatttgtggcaaattagtttttctatttc 18789294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 12733614 - 12733850
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  12733614 tgagatatattaaaacggacaccgtaattgttaccgcacaagatatgccaaacaatcacaaaaatgtcagggtccaaacaaaattacaatcaaatcagtc 12733713  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12733714 aatacccaaacataaaagcgggctcgaccaccgctgttgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcact 12733813  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || ||||||| |||||||||   ||||||||||||||    
T  12733814 ttatctagcaattgtggcaacgtactttgtctatttc 12733850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 5734892 - 5734656
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| || | ||  |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||| |||||| |||||    
T  5734892 tgagatatattaatactgacactgtaattgttaccgcacaaggtgtgccaaaacaatcacaaaagtgtcaagttccaaacaacattaaatccaa-tcagt 5734794  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    |||| |||| |||  |||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5734793 caatgcccaaacaagaaagcggactcgaccaccactgatgagtaccaaaactaaatacaacattacaagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcac 5734694  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5734693 tttatctagcatttgtggcaaagaactttgtctatttc 5734656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 284 - 518
Target Start/End: Original strand, 21167714 - 21167948
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||| ||||||| || || ||||||| |||||||||||| |||| | |||||| || |||||||||| ||||||  |||| |||| |||||||||||    
T  21167714 tgagataaattaacaaggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgtcgaacaattacaaaaatgtcaaagtccaataaaaaatacaaccaaatcagtc 21167813  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||    
T  21167814 aatacccaaacataaaagcgggctcgaccaccactgttgagtaccaaaactaaatacaacattgctagcctttagccaccacaaagaagttggtttcact 21167913  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatt 518  Q
    || ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  21167914 ttatctagcatttgtggcaaagtactttgtctatt 21167948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 24768076 - 24767839
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 382  Q
    ||||||||||||| |||| ||   ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24768076 tgagatatattaagacggacactataattgttaccgcacaaggtgtgccaaaacaatcacataaatgtcaaggtccaaacaaaattacaaccaaatcagt 24767977  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    ||||||||| |||| | || || ||||||||||| | |||| |||  |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  24767976 caatacccaaacatgagagcggactcgaccaccaattatgaatacccaaactaaatacagcattacaagcttttaaccaccacaaagaagatgatttcac 24767877  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  24767876 tttatctagcatttgtggcaaagagctttgtctatttc 24767839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 18651886 - 18651649
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaa-caatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagt 382  Q
    |||||||||||| ||||| || ||||||| |||| ||||||| |||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  18651886 tgagatatattaccacggacaccgtaattgttacagcacaagatgtgccgaagcaatcacgaaaatttcaaggtccaaacaaaattacaaccaaattagt 18651787  T
Q  383 caatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
    ||||||||| |||||| || ||| |||||||||| |  ||||||| ||||||||| ||| |||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||   ||    
T  18651786 caatacccaaacataacagcgggttcgaccaccaattctgagtaccaaaactaaacacaacattatgagcttttaaccaccacaaagaagatgatataac 18651687  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
     || |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  18651686 cttatctagcatttgtggcaaagagctttgtctatttc 18651649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 388 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 15959361 - 15959240
Alignment:
Q  388 cccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccacttttt 487  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||| ||| |||||||| | ||||||||||||||||||| |||||  ||||| |    
T  15959361 cccatacataaaagtgggctcgaccaccaattatgagtaccaaaactaaaaacaacattactaacttttaaccaccacaaagaagatgattttactttgt 15959262  T
Q  488 ctagcatttgtggcaaataact 509  Q
    ||| ||||||||| ||| ||||    
T  15959261 ctaacatttgtggtaaagaact 15959240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 378 - 500
Target Start/End: Original strand, 32536478 - 32536600
Alignment:
Q  378 tcagtcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgat 477  Q
    ||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||| | || ||||| ||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||    
T  32536478 tcagtcaatgctcatacataaaagtgagctcgaccaccaattattagtaccaaaactaaaaacaacattaatagcttttaaccaccaaaaagaagatgat 32536577  T
Q  478 tccactttttctagcatttgtgg 500  Q
    |  ||||| |||| |||||||||    
T  32536578 tttactttgtctaacatttgtgg 32536600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 362 - 467
Target Start/End: Original strand, 11461982 - 11462087
Alignment:
Q  362 caaaattacatccaaatcagtcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaacca 461  Q
    |||||||||||| || ||| || ||||||| ||||||||| |||||||||||||| | ||| |||| |||| |||| ||  |||||||||| || |||||    
T  11461982 caaaattacatcaaagtcaatcgatacccatacataaaagcgggctcgaccaccaattatgtgtaccaaaattaaagactacattactagctttcaacca 11462081  T
Q  462 ccacaa 467  Q
    ||||||    
T  11462082 ccacaa 11462087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 403 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 14373523 - 14373427
Alignment:
Q  403 gggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccactttttctagcatttgtg 499  Q
    |||||||||||||| | |||| ||| | | ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||| |||| ||||||||    
T  14373523 gggctcgaccaccaattatgaataccatagctaaaaacaacattactagcttttaaccaccacaaagaagatgattttactttgtctaacatttgtg 14373427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0369 (Bit Score: 145; Significance: 4e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0369
Description:

Target: scaffold0369; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 11856 - 11620
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||    
T  11856 tgagatatattaatatggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcagggtccaaataaaattacaatcaaatcagtc 11757  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccact 483  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11756 aatacccaaacataaaagcgggctcgaccaccactgatgagtgacaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaaagaagttgatttcact 11657  T
Q  484 ttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    || ||||| | ||||||||||  ||||||||||||||    
T  11656 ttatctagaaattgtggcaaagtactttgtctatttc 11620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 121; Significance: 9e-62; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Original strand, 4551665 - 4551894
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  4551665 tgagatatattaatacggacaccgtaattgttaccgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacaaacaaatcagtc 4551764  T
Q  384 -aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccac 482  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||||        ||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  4551765 aaatacccagacataaaagcgggctcgacc--------tgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttgatttcac 4551856  T
Q  483 tttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| ||||| | |||||||| |  ||||||||||||||    
T  4551857 tttatctagtaattgtggcacagtactttgtctatttc 4551894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 284 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 40914530 - 40914380
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtc 383  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  40914530 tgagatatattaaaacggacaccgtaattgttatcgcacaagatgtgccaaacaatcacaaaaatgtcagagtccaaacataattacaaacaaatcagtc 40914431  T
Q  384 aatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaact 434  Q
    ||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||| | ||||||    
T  40914430 aatacccagacataaaagcaggcccgaccaccactgatgagtgccaaaact 40914380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 289 - 520
Target Start/End: Original strand, 41206499 - 41206731
Alignment:
Q  289 tatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaac-aatcacgaaaatgtcaaggtccaaacaaaattacatccaaatcagtcaata 387  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||  || | |||||||||||  ||||||  ||||||||| || ||||||| |||||| |||| |||||||||     
T  41206499 tatattaacacggacaacgtaattgttacaccagagggtgtgccaaaataatcacagaaatgtcaaagtacaaacaagattacagccaagtcagtcaatg 41206598  T
Q  388 cccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccacttttt 487  Q
    | || |||| |||| ||| ||||||| ||   |||||||| ||| ||||||||| |||||| ||  ||||||||||| ||||||| |||||  ||||| |    
T  41206599 cacaaacatgaaagggggttcgaccatcaaatatgagtaccaaagctaaatacaacattacgagattttaaccaccataaagaagatgatttgactttat 41206698  T
Q  488 ctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    ||| ||| ||||| ||| | |||||||||||||    
T  41206699 ctaacatgtgtggtaaagagctttgtctatttc 41206731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 388 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 17765509 - 17765397
Alignment:
Q  388 cccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccacttttt 487  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||  ||||| |    
T  17765509 cccatacataaaagtgggctcgaccaccaactatgagtaccaaaactaaaaacaacattactagcttttaacccccacaaagaagatgattttactttgt 17765410  T
Q  488 ctagcatttgtgg 500  Q
    ||| || ||||||    
T  17765409 ctaacaattgtgg 17765397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 393 - 518
Target Start/End: Original strand, 15917251 - 15917376
Alignment:
Q  393 acataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccactttttctagc 492  Q
    ||||||||| |||||||||||||| | |||||||| ||||||||| ||| |||||||||| || |||||||||||||||  |||||  ||||| |||| |    
T  15917251 acataaaagcgggctcgaccaccaattatgagtaccaaaactaaagacaacattactagctttcaaccaccacaaagaatatgattttactttatctaac 15917350  T
Q  493 atttgtggcaaataactttgtctatt 518  Q
    || ||||| | | | |||||||||||    
T  15917351 atatgtggtatagagctttgtctatt 15917376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 403 - 500
Target Start/End: Original strand, 28252329 - 28252426
Alignment:
Q  403 gggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattccactttttctagcatttgtgg 500  Q
    |||||||||||||| | |||||||| | | ||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||| |||| |||||||||    
T  28252329 gggctcgaccaccaattatgagtaccatagctaaaaacaatattactagcttttaaccaccacaaagaagatgattttactttgtctaacatttgtgg 28252426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 376 - 467
Target Start/End: Original strand, 15391724 - 15391815
Alignment:
Q  376 aatcagtcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaa 467  Q
    |||||||| ||||||| |||||| || ||| |||||||||| | ||||||||  ||||||||  || | |||||||| || |||||||||||    
T  15391724 aatcagtcgatacccatacataagagcgggttcgaccaccaattatgagtaccgaaactaaagtcagctttactagctttcaaccaccacaa 15391815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 388 - 471
Target Start/End: Original strand, 44472951 - 44473034
Alignment:
Q  388 cccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaa 471  Q
    |||| ||| ||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||||   | ||||| |||| || |||||||||||||||    
T  44472951 cccaaacacaaaagagggctcgaccaccacgaatgagtaccaaaactaaaggtagcattattagctttcaaccaccacaaagaa 44473034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 385 - 467
Target Start/End: Original strand, 12645126 - 12645208
Alignment:
Q  385 atacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaa 467  Q
    ||||||| |||| |||  |||||||||||||| | ||| |||| |||| |||| ||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  12645126 atacccatacatgaaaacgggctcgaccaccaattatgtgtaccaaaattaaagaccacattactagcttttaaccaccacaa 12645208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 6751168 - 6751095
Alignment:
Q  139 tacacatgagttgacttaaaaataaagatcataaatgttaacgcaaaacatttgaaggaccattgtttgaagaa 212  Q
    |||||||||||| | |||||| |||  || | ||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6751168 tacacatgagttaatttaaaagtaagaataaaaaatgttgaccgaaaacatttgaaggaccattgattgaagaa 6751095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 382 - 466
Target Start/End: Original strand, 40176257 - 40176341
Alignment:
Q  382 tcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccaca 466  Q
    ||||| |||| ||||| ||| |||||||||||||| | |||||| | |||| |||| ||  |||||||||| || ||||||||||    
T  40176257 tcaatgcccatacatacaagcgggctcgaccaccaattatgagttccaaaagtaaagaccacattactagctttcaaccaccaca 40176341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0034 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 1)
Name: scaffold0034
Description:

Target: scaffold0034; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 284 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 106496 - 106258
Alignment:
Q  284 tgagatatattaacacgggcaacgtaattcttaccgcacaaggtgtgccaaacaatcacgaaaa-tgtcaaggtccaaacaaaa-ttacatccaaatcag 381  Q
    ||||||||||||| |||| || || |||| |||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||| ||| || ||||| |||||  ||||||||    
T  106496 tgagatatattaatacggacaccgcaattgttaccgcacaagatgtgcccaacaatcacaaaaaatgtcaaagtctaagcaaaaattacaaacaaatcag 106397  T
Q  382 tcaatacccagacataaaagtgggctcgaccaccactgatgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaaagaagttgattcca 481  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||    
T  106396 tcaatacccagacataaaagagggctcgaccaccactgatgagtgccaaaactaaatacaacattactagcctttaaccaccacaacgaagttaatttca 106297  T
Q  482 ctttttctagcatttgtggcaaataactttgtctatttc 520  Q
    |||| ||||||| ||| |||| |  ||||||||||||||    
T  106296 ctttatctagcaattgaggcacaatactttgtctatttc 106258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0161 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0161
Description:

Target: scaffold0161; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 421 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 6523 - 6477
Alignment:
Q  421 tgagtacaaaaactaaatacatcattactagcctttaaccaccacaa 467  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||    
T  6523 tgagtaccaaaactaaatacaacattactagctttcaaccaccacaa 6477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University