View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13436_low_23 (Length: 203)

Name: NF13436_low_23
Description: NF13436
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13436_low_23
NF13436_low_23
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (20-188)||(28079518-28079686)
chr3 (20-188)||(27998692-27998860)
chr3 (20-188)||(28047531-28047699)
chr3 (23-188)||(11408911-11409076)
chr3 (20-188)||(28143992-28144160)
chr3 (20-188)||(28130064-28130232)
chr3 (20-188)||(28178141-28178309)
chr3 (20-183)||(28472149-28472312)
chr3 (20-183)||(28492190-28492353)
chr3 (20-188)||(27909912-27910080)
chr3 (20-183)||(28513171-28513334)
chr3 (22-188)||(17749158-17749324)
chr3 (22-188)||(19050478-19050644)
chr3 (28-171)||(27962990-27963133)
chr3 (20-183)||(27464197-27464360)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-169)||(8694534-8694683)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (20-188)||(9330090-9330258)
chr4 (20-188)||(9383873-9384041)
chr4 (70-188)||(9329796-9329914)
chr4 (70-188)||(9383579-9383697)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (20-57)||(26027166-26027203)
[»] scaffold0067 (1 HSPs)
scaffold0067 (26-127)||(24076-24177)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 20 - 188
Target Start/End: Original strand, 28079518 - 28079686
Alignment:
Q  20 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| | |||    
T  28079518 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaagttgtccatcagtgattgtaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaaactaaacctattcaa 28079617  T
Q  120 tctaaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttag 188  Q
    |||||||||  ||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28079618 tctaaagagtgtgtcattgaaaggatgcccgatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttag 28079686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 20 - 188
Target Start/End: Original strand, 27998692 - 27998860
Alignment:
Q  20 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| | |||    
T  27998692 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaagctgtacatcatcaattgtaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaaactaaacctattcaa 27998791  T
Q  120 tctaaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttag 188  Q
    |||||||||| |||   ||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27998792 tctaaagagcgtgttgctggaaggatgcccgatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttag 27998860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 20 - 188
Target Start/End: Original strand, 28047531 - 28047699
Alignment:
Q  20 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||    
T  28047531 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagaggagctgtccatcaaggattgtaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaa 28047630  T
Q  120 tctaaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttag 188  Q
    |||||||||  | || |||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28047631 tctaaagagtgtatcgttggaaggatgcccgatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttag 28047699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 23 - 188
Target Start/End: Original strand, 11408911 - 11409076
Alignment:
Q  23 ctctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatct 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||    
T  11408911 ctctttcctttgactctctgaacagtttagagaagctgtccatcaaggattgtacaaatttgaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatct 11409010  T
Q  123 aaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttag 188  Q
    ||||||| |||  |||| | ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11409011 aaagagcgtgttgttgaaaagatgcccgatgttgatctccctgtttcaactgtcaactgctgttag 11409076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 20 - 188
Target Start/End: Original strand, 28143992 - 28144160
Alignment:
Q  20 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| | |||    
T  28143992 gtcctctttcctttgactctctgaactttttagagaagttgtccatccaagattgtaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaaactaaacctattcaa 28144091  T
Q  120 tctaaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttag 188  Q
    ||||||||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28144092 tctaaagagattgtcattgaaaggatgcccgatgttgatctccctatttcaactgtcaactgttgttag 28144160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 20 - 188
Target Start/End: Original strand, 28130064 - 28130232
Alignment:
Q  20 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| || || ||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||    
T  28130064 gtcctctttcctttgactctctgaaaagtttaaaggagttgtccatcagtgattgtaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaa 28130163  T
Q  120 tctaaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttag 188  Q
    |||||||||  ||| ||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28130164 tctaaagagtgtgttattgaaaggatgcccgatgttgatctccctattacaactgtcaactgctgttag 28130232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 188
Target Start/End: Original strand, 28178141 - 28178309
Alignment:
Q  20 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaa 119  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  || ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28178141 gtcctgtttcctttgactctctgaacagtttagagaagctgtccatcaatgaatgtaaacatttaaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctctgcaa 28178240  T
Q  120 tctaaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttag 188  Q
    |||||||||  | ||||||  |  |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28178241 tctaaagagtctttcattggaagaatgcccgatgttgatatccctatttcaactgtcaactgttgttag 28178309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 28472312 - 28472149
Alignment:
Q  20 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||   ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||| |||||||||    
T  28472312 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaatctgtccattgaggattgtaaacatttgaaaatcttatttgagtgcaacataaacctctgcaa 28472213  T
Q  120 tctaaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgct 183  Q
    |||||||||  | |||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  28472212 tctaaagagtctttcattggtacgatgcccgatgttgatctccatatttcaaatgtcaactgct 28472149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 28492353 - 28492190
Alignment:
Q  20 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||   ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||| |||||||||    
T  28492353 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaatctgtccattgaggattgtaaacatttgaaaatcttatttgagtgcaacataaacctctgcaa 28492254  T
Q  120 tctaaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgct 183  Q
    |||||||||  | |||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  28492253 tctaaagagtctttcattggtacgatgcccgatgttgatctccatatttcaattgtcaactgct 28492190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 20 - 188
Target Start/End: Original strand, 27909912 - 27910080
Alignment:
Q  20 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||   |||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| | |||    
T  27909912 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagaggatctgtccatcagtaattgcaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaaactaaacctattcaa 27910011  T
Q  120 tctaaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttag 188  Q
    |||||||||  |||| |||  | ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27910012 tctaaagagtgtgtcgttggaaagatgcccgatgttgatcgccctatttcaactgtcaactgctgttag 27910080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 20 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 28513334 - 28513171
Alignment:
Q  20 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||   | ||||||||| ||||| || ||||||  |||||||| ||| |||||||||    
T  28513334 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaatctgtccattgagaattgtaaacgtttgaaaatcttattcgagtgcaacataaacctctgcaa 28513235  T
Q  120 tctaaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgct 183  Q
    |||||||||  | ||||||  ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28513234 tctaaagagtctttcattggaacgatgcccgatgttgatctccatatttcaactgtcaactgct 28513171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 17749324 - 17749158
Alignment:
Q  22 cctctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatc 121  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||    
T  17749324 cctctttcttttgactctctaaacagtttagagaagttgtccatcaaggattgcaaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatc 17749225  T
Q  122 taaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttag 188  Q
    |||||||  ||||  ||  |  |||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  17749224 taaagagtgtgtcgctggaaaaatgcccgatgttgatgtccttatttcatctgtcaactgctgttag 17749158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 19050644 - 19050478
Alignment:
Q  22 cctctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatc 121  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||    
T  19050644 cctctttcttttgactctctaaacagtttagagaagttgtccatcaaggattgcaaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatc 19050545  T
Q  122 taaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttag 188  Q
    |||||||  ||||  ||  |  |||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  19050544 taaagagtgtgtcgctggaaaaatgcccgatgttgatgtccttatttcatctgtcaactgctgttag 19050478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 28 - 171
Target Start/End: Original strand, 27962990 - 27963133
Alignment:
Q  28 tcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaaga 127  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||  | | |||    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  27962990 tcctttgactctttgaacagtttagagaatctttccattgaagattgtaaacatttgaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaaga 27963089  T
Q  128 gcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaa 171  Q
    |  ||||||||  | ||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  27963090 gtgtgtcattggaaggatgcccgatgttgatctccccatttcaa 27963133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 20 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 27464360 - 27464197
Alignment:
Q  20 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaa 119  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| ||||| | | ||| ||||||||   ||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  27464360 gtcctgtttcctttgactctctaaacaatttagagaagttgtccatcaagaactgtgaacatttgcagagcttatttaagtgcaagctaaacctctgcaa 27464261  T
Q  120 tctaaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgct 183  Q
    | | |||||  || |||||    |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  27464260 tttgaagagtgtgacattggagggatgcccattgttgacctccctatttcaaccgtcaactgct 27464197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 94; Significance: 4e-46; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 20 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 8694683 - 8694534
Alignment:
Q  20 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| | |||    
T  8694683 gtcctctttcctttgactctctgaaaagtttagagaagctgtacatcaaggattgtaaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaa 8694584  T
Q  120 tctaaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttc 169  Q
    |||||||||| |||| |||| | |||| || |||||||||||||||||||    
T  8694583 tctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttc 8694534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 9330258 - 9330090
Alignment:
Q  20 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaa 119  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| | |||    
T  9330258 gtcctctttcctttgactctttgaacagtttagagaagctgtccatcaaggattgcaaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaa 9330159  T
Q  120 tctaaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttag 188  Q
    |||||||||| |||| ||   | ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  9330158 tctaaagagcgtgtcgttagaaggatgcccgatgttgatctccttatttcaactgtcaacagctgttag 9330090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 9384041 - 9383873
Alignment:
Q  20 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaa 119  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| | |||    
T  9384041 gtcctctttcctttgactctttgaacagtttagagaagctgtccatcaaggattgcaaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaa 9383942  T
Q  120 tctaaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttcaactgtcaactgctgttag 188  Q
    |||||||||| |||| ||   | ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  9383941 tctaaagagcgtgtcgttagaaggatgcccgatgttgatctccttatttcaactgtcaacagctgttag 9383873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 70 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 9329914 - 9329796
Alignment:
Q  70 gattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttc 169  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||| ||| | ||||||||||||  |||| |||  | ||||||| ||||||||| || ||||||    
T  9329914 gattgtaaacatttgaaaagtttattcaagtgcaacataaacctattcaatctaaagagtgtgtcgttggaaagatgcccgatgttgatcgccttatttc 9329815  T
Q  170 aactgtcaactgctgttag 188  Q
    |||||||||||||||||||    
T  9329814 aactgtcaactgctgttag 9329796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 70 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 9383697 - 9383579
Alignment:
Q  70 gattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaagagcttgtcattgatacgatgcccaatgttgatctccctatttc 169  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||| ||| | ||||||||||||  |||| |||  | ||||||| ||||||||| || ||||||    
T  9383697 gattgtaaacatttgaaaagtttattcaagtgcaacataaacctattcaatctaaagagtgtgtcgttggaaagatgcccgatgttgatcgccttatttc 9383598  T
Q  170 aactgtcaactgctgttag 188  Q
    |||||||||||||||||||    
T  9383597 aactgtcaactgctgttag 9383579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 57
Target Start/End: Complemental strand, 26027203 - 26027166
Alignment:
Q  20 gtcctctttcctttgactctctgaacagtttagagaag 57  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26027203 gtcctctttcctttgactctctcaacagtttagagaag 26027166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0067 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0067
Description:

Target: scaffold0067; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 26 - 127
Target Start/End: Original strand, 24076 - 24177
Alignment:
Q  26 tttcctttgactctctgaacagtttagagaaggtgtacatcatggattgtaaacatttgataagcttatttaagtgcaacctaagcctctgcaatctaaa 125  Q
    |||||||||||| |||||| | |||| ||||| | |  |||| ||||||||||||||||  |||||| ||||| | | | | || |||||||||||||||    
T  24076 tttcctttgactttctgaagaatttacagaagatatcaatcaaggattgtaaacatttgcaaagcttgtttaaattcgagcaaaacctctgcaatctaaa 24175  T
Q  126 ga 127  Q
    ||    
T  24176 ga 24177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University