View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1343_high_132 (Length: 250)

Name: NF1343_high_132
Description: NF1343
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1343_high_132
NF1343_high_132
[»] chr8 (30 HSPs)
chr8 (1-149)||(38453870-38454018)
chr8 (62-221)||(38453660-38453819)
chr8 (51-221)||(39848644-39848814)
chr8 (49-221)||(34533772-34533944)
chr8 (53-221)||(38632935-38633102)
chr8 (55-221)||(34916335-34916501)
chr8 (43-217)||(38632648-38632820)
chr8 (23-221)||(34533634-34533832)
chr8 (37-163)||(38632778-38632904)
chr8 (1-130)||(38453613-38453742)
chr8 (6-221)||(34916197-34916411)
chr8 (51-221)||(34916473-34916643)
chr8 (1-146)||(39848216-39848361)
chr8 (1-130)||(39848732-39848861)
chr8 (54-221)||(39848368-39848535)
chr8 (58-220)||(34533911-34534073)
chr8 (2-184)||(34544721-34544903)
chr8 (104-221)||(34544822-34544939)
chr8 (1-129)||(34539027-34539155)
chr8 (51-134)||(34549179-34549262)
chr8 (53-184)||(34916096-34916227)
chr8 (4-148)||(39848456-39848600)
chr8 (9-130)||(38633028-38633149)
chr8 (51-131)||(38632553-38632633)
chr8 (129-220)||(38453937-38454028)
chr8 (53-132)||(34533585-34533664)
chr8 (1-115)||(36951423-36951537)
chr8 (161-221)||(34539073-34539133)
chr8 (184-221)||(39848261-39848298)
chr8 (181-221)||(39848636-39848676)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (23-221)||(44474482-44474680)
chr4 (1-130)||(44474598-44474727)
chr4 (1-221)||(44474322-44474542)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (51-202)||(7045878-7046029)
chr3 (1-166)||(7046052-7046217)
chr3 (137-205)||(7046151-7046219)
chr3 (73-130)||(7045822-7045879)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 129; Significance: 7e-67; HSPs: 30)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 38454018 - 38453870
Alignment:
Q  1 aaattggaaaaaagataaaagagatggaagatggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38454018 aaattggaaaaaagataaaagagatggaagagggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatat 38453919  T
Q  101 ggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaag 149  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  38453918 ggagtttatagatctgtaaatggggatgttaacactggaaattggaaag 38453870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 62 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 38453819 - 38453660
Alignment:
Q  62 tttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaagaagacgaaatgg 161  Q
    ||||||||||||  |||  || |||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38453819 tttgatggttgtctgtcgcatggacttagacatggacttggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaagaagacgaaatgg 38453720  T
Q  162 atggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatg 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38453719 atggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatg 38453660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 51 - 221
Target Start/End: Original strand, 39848644 - 39848814
Alignment:
Q  51 atggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaaga 150  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  39848644 atggtgatgtttttgatggttgtatgtcaaatggacttagacatggatttggagtttatagatttgcaaatggggatgtctacatcggaaattggaaaaa 39848743  T
Q  151 agacgaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatg 221  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  39848744 agacaaaatggatggaacagggattatgagttgggttgttggtgatgtcttcgatggttgttggtcaaatg 39848814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 49 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 34533944 - 34533772
Alignment:
Q  49 tgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaa 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  34533944 tgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttaaagatggatatggagtttatagatatgcaaatggggatgtccacactggacattggaaa 34533845  T
Q  149 gaagacgaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatg 221  Q
     |||  | ||  ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||    
T  34533844 aaagggggaaatgatggaaaagggattatgagatgggctaatggtgttgttttcgatggttgttggtcaaatg 34533772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 53 - 221
Target Start/End: Original strand, 38632935 - 38633102
Alignment:
Q  53 ggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaagaag 152  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||  | |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||   |||||||||||| |||    
T  38632935 ggtgatgtttttgatggttatttgtcaaatggacttagatatggatttggagtttataaatttgcaaatggggatgtttacgtaggaaattggaaa-aag 38633033  T
Q  153 acgaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatg 221  Q
    || |||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  38633034 acaaaatggatggaatagggattatgacttgggctactggtgatgtcttcgatggttgttggtcaaatg 38633102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 55 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 34916501 - 34916335
Alignment:
Q  55 tgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaagaagac 154  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||| || |||      
T  34916501 tgatgttttcgatggttattggtcaaatggacataaacatggatatggagtttatagatttgcaaatggggatgtctatgctggaaattgggaaaaagga 34916402  T
Q  155 gaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatg 221  Q
    |||| |||||||| |||||| |||| ||||| |||||||| | ||||  |||||| |||||||||||    
T  34916401 gaaaaggatggaaaagggattatgaattggggtaatggtgctattttcgatggttattggtcaaatg 34916335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 43 - 217
Target Start/End: Original strand, 38632648 - 38632820
Alignment:
Q  43 ttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaat 142  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||   |||||| || ||  |||||||| |||||||||||||| || | ||||| |||||||||  ||||||    
T  38632648 ttgggctgatggtgatgcttttgatggttgtctatcaaatggatttagacatggatttggagtttatagatatgcagatgggcatgtctacatgggaaat 38632747  T
Q  143 tggaaagaagacgaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtca 217  Q
    |||||| |||||  ||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||    
T  38632748 tggaaaaaagac--aatggatggaaaaggaattatgagttgggctactggtgatgtcttcgatggttgttggtca 38632820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 23 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 34533832 - 34533634
Alignment:
Q  23 gatggaagatggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatttgtaaatg 122  Q
    ||||||| | ||| |||||| ||| || |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||  |||||    
T  34533832 gatggaaaagggattatgagatgggctaatggtgttgttttcgatggttgttggtcaaatggacttagacatggatatggagtttgtagatttacaaatg 34533733  T
Q  123 gggatgtctacaccggaaattggaaagaagacgaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatg 221  Q
    |||||||| |||  ||| |||||||| |||  |||| |||||||| |||||| | ||| |||||    |||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  34533732 gggatgtccacagtggacattggaaaaaaggggaaaaggatggaaaagggattaagagatgggcaggcggtgatgttttcgatggttgttggtaaaatg 34533634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 37 - 163
Target Start/End: Original strand, 38632778 - 38632904
Alignment:
Q  37 tatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacacc 136  Q
    |||||||||| ||  ||||||||| || ||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||     
T  38632778 tatgagttgggctactggtgatgtcttcgatggttgttggtcagatggacttatacatggatttggagtttatagatctgcaaatggggatgtctacact 38632877  T
Q  137 ggaaattggaaagaagacgaaatggat 163  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||||    
T  38632878 ggaaattggaaaatagacaaaatggat 38632904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 38453742 - 38453613
Alignment:
Q  1 aaattggaaaaaagataaaagagatggaagatggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatat 100  Q
    |||||||||| ||||  |||  ||||||| | |||  ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |    
T  38453742 aaattggaaagaagacgaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatggacttatacatggatct 38453643  T
Q  101 ggagtttatagatttgtaaatggggatgtc 130  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  38453642 ggagtttttagatttgcaaatggggatgtc 38453613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 6 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 34916411 - 34916197
Alignment:
Q  6 ggaaaaaagataaaagagatggaagatggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagt 105  Q
    ||||||| || ||||| ||||||| | ||| ||||| ||||  | |||||| | |||| ||||||| |||||||||| |||||  |||||||||||||||    
T  34916411 ggaaaaaggagaaaag-gatggaaaagggattatgaattggggtaatggtgctattttcgatggttattggtcaaatggactttcacatggatatggagt 34916313  T
Q  106 ttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaagaagacgaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgttttttat 205  Q
    |||||||| ||  |||||  | |||||||| ||||||||| || |||  |||| |||||||| |||||| ||||  |||||||| |||||||||||  ||    
T  34916312 ttatagatctgctaatggaaacgtctacactggaaattgggaaaaaggggaaagggatggaaaagggattatgaaatgggctaacggtgatgttttcgat 34916213  T
Q  206 ggttgttggtcaaatg 221  Q
    |||| |||||||||||    
T  34916212 ggttattggtcaaatg 34916197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 51 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 34916643 - 34916473
Alignment:
Q  51 atggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaaga 150  Q
    |||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| || ||||||  | |||||||| ||||||||| || |    
T  34916643 atggtgctattttcgatggttgttggtcaaatggactttcacatggatatggagtttatagatctgcaaatggaaacgtctacactggaaattgggaaaa 34916544  T
Q  151 agacgaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatg 221  Q
    ||  |||| | |||||| |||||| ||||  |||||||| | |||||||||  |||||| |||||||||||    
T  34916543 aggggaaaggcatggaaaagggattatgaaatgggctaacgatgatgttttcgatggttattggtcaaatg 34916473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Original strand, 39848216 - 39848361
Alignment:
Q  1 aaattggaaaaaagataaaagagatggaagatggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagactt-gtacatggata 99  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| |  || || | || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  39848216 aaattggaaaaatgataaaaaagatggaagagggattgagactttggctaatggtgatgtttttaatggttgttggtcaaat-gactttgtatatggata 39848314  T
Q  100 tggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattgga 146  Q
    |||||||| |||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||    
T  39848315 tggagtttttagatttgcaaatggtgacgtctacactggaaattgga 39848361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 130
Target Start/End: Original strand, 39848732 - 39848861
Alignment:
Q  1 aaattggaaaaaagataaaagagatggaagatggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatat 100  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||||||| | ||| ||||||||||  || ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  39848732 aaattggaaaaaagacaaaatggatggaacagggattatgagttgggttgttggtgatgtcttcgatggttgttggtcaaatggacttatacatggatat 39848831  T
Q  101 ggagtttatagatttgtaaatggggatgtc 130  Q
    ||||||||||||| ||  || |||||||||    
T  39848832 ggagtttatagatatgctaacggggatgtc 39848861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 54 - 221
Target Start/End: Original strand, 39848368 - 39848535
Alignment:
Q  54 gtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaagaaga 153  Q
    |||||||||||||||||||| | |||| |   ||| ||||||||| |||||||||||||| || ||||| || |||||| | ||||| ||||||| || |    
T  39848368 gtgatgtttttgatggttgtcgatcaattgcgcttatacatggatttggagtttatagatatgcaaatgtgggtgtctatatcggaatttggaaaaaaca 39848467  T
Q  154 cgaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatg 221  Q
     |||| |||||||  |||||| |||||||||| || ||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  39848468 tgaaagggatggattagggattatgagttgggatactggagatgtcttctatggttgttggtcaaatg 39848535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 58 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 34534073 - 34533911
Alignment:
Q  58 tgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaagaagacgaa 157  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||| |||||||||| ||||||||| ||||| || |  ||||||||| || | |   ||    
T  34534073 tgttttcgatggttgttggtcaaatggacttaaacatggacatggggtttatagatatgtaaatggagatgtttatagaggaaattgggaaaatgggaaa 34533974  T
Q  158 atggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaat 220  Q
    || ||||| | |||||| |||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34533973 atagatgggaaagggattatgaattgggttgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaat 34533911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 2 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 34544903 - 34544721
Alignment:
Q  2 aattggaaaaaagataaaagagatggaagatggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatg 101  Q
    ||||||||||| |||||||  ||||||||| ||| ||||| ||||  | |||||||||||||  |||| |||||||||||| ||| |  |||||||||||    
T  34544903 aattggaaaaatgataaaatggatggaagagggattatgaattgggttaatggtgatgttttcaatggatgttggtcaaatggacatagacatggatatg 34544804  T
Q  102 gagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaagaagacgaaatggatggaacagggatcatgagttgg 184  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |||||||| | |||||||  ||| | ||  ||||||| |||| |||||| |||| ||||    
T  34544803 gagtttatagattttcaaatgggaatgtctacgcaggaaattttaaaaatgataaaatggacggaagagggattatgaattgg 34544721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 104 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 34544939 - 34544822
Alignment:
Q  104 gtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaagaagacgaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgtttttt 203  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||| | ||  |||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||||      
T  34544939 gtttatagatttgcaaatggggatgtctacattggtaattggaaaaatgataaaatggatggaagagggattatgaattgggttaatggtgatgttttca 34544840  T
Q  204 atggttgttggtcaaatg 221  Q
    |||| |||||||||||||    
T  34544839 atggatgttggtcaaatg 34544822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 34539155 - 34539027
Alignment:
Q  1 aaattggaaaaaagataaaagagatggaagatggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatat 100  Q
    |||||||||||||   |||||||||||||   ||| ||||| |||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||  |||||| | |    
T  34539155 aaattggaaaaaaaggaaaagagatggaaatgggattatgaattgggctaatggcgatgtttttaatggttgttggtcaaatggacttagacatggttct 34539056  T
Q  101 ggagtttatagatttgtaaatggggatgt 129  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34539055 ggagtttatagatttgcaaatggggatgt 34539027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 51 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 34549262 - 34549179
Alignment:
Q  51 atggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatttgtaaatggggatgtctaca 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  34549262 atggtgatgtttttgatggttgttggtctaatggacttacacatggatatggagtttatagattttcaaatgggaatgtctaca 34549179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 53 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 34916227 - 34916096
Alignment:
Q  53 ggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaagaag 152  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||    |||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||| |      
T  34916227 ggtgatgttttcgatggttattggtcaaatggacagaaacatggctatggagtttatagatttgcaaatggagatgtctacactggaaattggaaaaata 34916128  T
Q  153 acgaaatggatggaacagggatcatgagttgg 184  Q
    |  |||||||||||| |||||| |||| ||||    
T  34916127 ataaaatggatggaagagggattatgaattgg 34916096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 4 - 148
Target Start/End: Original strand, 39848456 - 39848600
Alignment:
Q  4 ttggaaaaaagataaaagagatggaagatggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatgga 103  Q
    |||||||||| || |||| ||||||  | ||| ||||||||||  |  ||| ||||| ||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  39848456 ttggaaaaaacatgaaagggatggattagggattatgagttgggatactggagatgtcttctatggttgttggtcaaatggacttgcacatggatatgga 39848555  T
Q  104 gtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaa 148  Q
    ||||||||||  | |||||||||||||| ||  ||||||||||||    
T  39848556 gtttatagatccgcaaatggggatgtctccattggaaattggaaa 39848600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 9 - 130
Target Start/End: Original strand, 38633028 - 38633149
Alignment:
Q  9 aaaaagataaaagagatggaagatggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagttta 108  Q
    ||||||| ||||  ||||||| | ||| ||||| |||| ||  ||||||||| || |||||||||||||||||| | ||| ||||||||| |||||||||    
T  38633028 aaaaagacaaaatggatggaatagggattatgacttgggctactggtgatgtcttcgatggttgttggtcaaatgggcttatacatggatctggagttta 38633127  T
Q  109 tagatttgtaaatggggatgtc 130  Q
    ||||| ||  ||||||||||||    
T  38633128 tagatatgctaatggggatgtc 38633149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 51 - 131
Target Start/End: Original strand, 38632553 - 38632633
Alignment:
Q  51 atggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatttgtaaatggggatgtct 131  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||  || ||||||||||||||    
T  38632553 atggtgatgttttggatgcttgttggtcaaatggacttctacatggatttggagtttttagagctgcaaatggggatgtct 38632633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 129 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 38454028 - 38453937
Alignment:
Q  129 tctacaccggaaattggaaagaagacgaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaat 220  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||  |||  ||||||| |||||  ||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38454028 tctacactggaaattggaaaaaagataaaagagatggaagagggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaat 38453937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 53 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 34533664 - 34533585
Alignment:
Q  53 ggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatttgtaaatggggatgtcta 132  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||  |||||||| ||||||||||| || ||  ||||||||||||||    
T  34533664 ggtgatgttttcgatggttgttggtaaaatggacttaaacatggatctggagtttatacatatgctaatggggatgtcta 34533585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Original strand, 36951423 - 36951537
Alignment:
Q  1 aaattggaaaaaagataaaagagatggaagatggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatat 100  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||||||  ||| |||||  |||  | | || |||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||| |||| |    
T  36951423 aaattggaaaaaagggaaaatagatggaagggggattatgaagtggtttaacggcgatgtttttgatggttgttggttaaatggacttagacaaggatct 36951522  T
Q  101 ggagtttatagattt 115  Q
    |||||||||||||||    
T  36951523 ggagtttatagattt 36951537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 161 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 34539133 - 34539073
Alignment:
Q  161 gatggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatg 221  Q
    |||||||  ||||| |||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34539133 gatggaaatgggattatgaattgggctaatggcgatgtttttaatggttgttggtcaaatg 34539073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #29
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 184 - 221
Target Start/End: Original strand, 39848261 - 39848298
Alignment:
Q  184 ggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatg 221  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39848261 ggctaatggtgatgtttttaatggttgttggtcaaatg 39848298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 181 - 221
Target Start/End: Original strand, 39848636 - 39848676
Alignment:
Q  181 ttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatg 221  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||    
T  39848636 ttgggctaatggtgatgtttttgatggttgtatgtcaaatg 39848676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 23 - 221
Target Start/End: Original strand, 44474482 - 44474680
Alignment:
Q  23 gatggaagatggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatttgtaaatg 122  Q
    ||||||||| ||| | ||| |||| || ||| ||||  |||| ||||||||  ||||||| | |||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  44474482 gatggaagagggaatttgaattgggctaatgatgatcattttaatggttgtctgtcaaatgggcttagacatggatttggagtttatacatttgtaaatg 44474581  T
Q  123 gggatgtctacaccggaaattggaaagaagacgaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgttttttatggttgttggtcaaatg 221  Q
    |||||||||| | ||||||||||||| | ||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||    
T  44474582 gggatgtctatatcggaaattggaaaaatgacaaaatggatggaagagggaccatgagttggactaatggtgatgtttttgaaggttgctggtcaaatg 44474680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 130
Target Start/End: Original strand, 44474598 - 44474727
Alignment:
Q  1 aaattggaaaaaagataaaagagatggaagatggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatat 100  Q
    |||||||||||| || ||||  ||||||||| |||| ||||||||| || |||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||| |    
T  44474598 aaattggaaaaatgacaaaatggatggaagagggaccatgagttggactaatggtgatgtttttgaaggttgctggtcaaatggacttatacatggatct 44474697  T
Q  101 ggagtttatagatttgtaaatggggatgtc 130  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  44474698 ggagtttttaaatttgcaaatggggatgtc 44474727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 44474322 - 44474542
Alignment:
Q  1 aaattggaaaaaagataaaagagatggaagatggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatat 100  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||||||| ||| | | | |||| ||  ||| |||||||||  ||||| |||||||||| | ||||||||||||| |    
T  44474322 aaattggaaaaaagatacaccagatggaagagggattttcacttgggctattggcgatgtttttattggttcttggtcaaatggccttgtacatggattt 44474421  T
Q  101 ggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaagaagacgaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgttt 200  Q
    ||||||| || || | || |||||||||||||| | ||||||||||||  ||   || ||||||||| |||||   ||| ||||||||||| ||||  ||    
T  44474422 ggagtttttacatctctagatggggatgtctacgctggaaattggaaaacagggaaattggatggaagagggaatttgaattgggctaatgatgatcatt 44474521  T
Q  201 tttatggttgttggtcaaatg 221  Q
    || ||||||||  ||||||||    
T  44474522 ttaatggttgtctgtcaaatg 44474542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 51 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 7046029 - 7045878
Alignment:
Q  51 atggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaaga 150  Q
    ||||||||  ||||||||||||   ||||||| ||||   | |||||| ||||||||||| ||||  |||||| |||||||||   ||||||||||||||    
T  7046029 atggtgatagttttgatggttgcctgtcaaatggactcagagatggatttggagtttataaatttagaaatggtgatgtctacggaggaaattggaaaga 7045930  T
Q  151 agacgaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgttttt 202  Q
    |||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  7045929 agagaaaatggatggaagagggatcatgagttgggttaatgttgatgttttt 7045878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 7046217 - 7046052
Alignment:
Q  1 aaattggaaaaaagataaaagagatggaagatggactatgagttggcctgatggtgatgtttttgatggttgttggtcaaatagacttgtacatggatat 100  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||| | ||| | |||||||| || |||||||| ||||| || ||  || || |||| || ||||||||| || |    
T  7046217 aaattggaaaaaagataaaatggatggaaaagggattgtgagttgggctaatggtgattttttttatagtccttagttaaatggagttgtacatgaattt 7046118  T
Q  101 ggagtttatagatttgtaaatggggatgtctacaccggaaattggaaagaagacgaaatggatgga 166  Q
    |||  ||||| || || ||| |||||||||||||| ||| |||||||| | ||  |||||||||||    
T  7046117 ggaagttatatatgtggaaacggggatgtctacactggatattggaaaaatgagaaaatggatgga 7046052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 137 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 7046219 - 7046151
Alignment:
Q  137 ggaaattggaaagaagacgaaatggatggaacagggatcatgagttgggctaatggtgatgttttttat 205  Q
    |||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7046219 ggaaattggaaaaaagataaaatggatggaaaagggattgtgagttgggctaatggtgattttttttat 7046151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 7045879 - 7045822
Alignment:
Q  73 ttggtcaaatagacttgtacatggatatggagtttatagatttgtaaatggggatgtc 130  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||    
T  7045879 ttggtcaaatggacttatacatggatatggagtttttacatttgcaaatggagatgtc 7045822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University