View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1343_low_29 (Length: 621)

Name: NF1343_low_29
Description: NF1343
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1343_low_29
NF1343_low_29
[»] chr5 (29 HSPs)
chr5 (104-546)||(31493870-31494303)
chr5 (121-550)||(31416280-31416709)
chr5 (121-548)||(31407158-31407576)
chr5 (140-537)||(31475688-31476085)
chr5 (149-537)||(40843070-40843458)
chr5 (171-550)||(31395737-31396116)
chr5 (171-548)||(31643616-31643993)
chr5 (163-550)||(31284687-31285074)
chr5 (163-548)||(31317328-31317713)
chr5 (163-537)||(31279232-31279606)
chr5 (165-527)||(31281405-31281766)
chr5 (163-487)||(31368542-31368866)
chr5 (548-611)||(31493433-31493496)
chr5 (191-269)||(31505911-31505989)
chr5 (163-303)||(31332169-31332309)
chr5 (213-298)||(31463005-31463090)
chr5 (396-550)||(31505630-31505784)
chr5 (327-451)||(31288620-31288742)
chr5 (193-301)||(31329924-31330032)
chr5 (163-303)||(31380954-31381094)
chr5 (171-303)||(31483655-31483787)
chr5 (186-340)||(31387744-31387898)
chr5 (171-298)||(31390815-31390942)
chr5 (163-301)||(31378676-31378814)
chr5 (163-269)||(31288456-31288562)
chr5 (202-272)||(31464975-31465045)
chr5 (173-318)||(31384348-31384493)
chr5 (327-527)||(31330061-31330264)
chr5 (208-277)||(31460371-31460440)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (289-433)||(6037823-6037967)
chr4 (354-534)||(8039298-8039478)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (150-501)||(25708394-25708745)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 29)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 104 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 31494303 - 31493870
Alignment:
104 cttgttgtatcattcattgatacccatgatcatccgaattcggatgtggctgttgaaggcaaaagtgtggagatttgttagctttgtttcagctgttatt 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
31494303 cttgttgtatcattcattgatacccatgatcatccgaattcggatgtggctgttgaaggcaaaagtgtggagatttgttagctttgtttcagctgttatt 31494204  T
204 ggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaatttgttgaaggtaattcttttcactcttttcagtttcatcatct 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||    
31494203 ggattgctttgttatgctctaagctcttcgttcaaccatctatttggaaattggaatttgttgaaggtaattcttttca---------gtttcatcatct 31494113  T
304 tcctcatgatcttgtatgcacatatatggcaaaactctagaagtcttcggttcaaagctcatacagcttttcttgtattaacaatcacatctgtgtattc 403  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||    
31494112 gcctcatgattttgtatgcacatatatggcaaaactcaagaaggcttcggttcaaagctcatacagcttttctggtattaacaatcacctctgtctattc 31494013  T
404 atttttctttgataaagtggtgaatggaaaaccagatgtatatagtctaataacatgtgctgcctttcctatcatgtcgcttagcttgtcgagccaaatt 503  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
31494012 atttttctttggtaaagtggtgaatggaaaaccagatgcatatagtctaataacatgtgctgcctttgctatcatgtcgcttagcttgtcgagccaaatt 31493913  T
504 cagtgcggatttgaagtcgatcttatgtacttttacctaggat 546  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
31493912 cagtgcggatttgaagtcgatcttatttacttttacctaggat 31493870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 121 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 31416709 - 31416280
Alignment:
121 tgatacccatgatcatccgaattcggatgtggctgttgaaggcaaaagtgtggagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgc 220  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||   ||||||||| |  |||||||||||||||||||  |||||||||| |||| | ||||| || ||||||||||    
31416709 tgataccgctgatcatccaaattcggtgttggctgttggaaacaaaagtgtggagatttgtaggctttgtttccgctgctgttggactgatttgttatgc 31416610  T
221 tctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaatttgttgaaggtaattcttttcactcttttcagtttcatcatcttcctcatgatcttgtat 320  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| |||| |||| ||||||    
31416609 tctaagctcttctttcaaccatctatttggaaattggaatttgttgaaggtaattctttatactctttccagtttcatcatctgcctcctgattttgtat 31416510  T
321 gcacatatatggcaaaactctagaagtcttcggttcaaagctcatacagcttttcttgtattaacaatcacatctgtgtattcatttttctttgataaag 420  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||||||||||||| |||||||     
31416509 gcaaatacatggcaaaactctagaagtcttcggttcaaagctcatacagcttttctagtattgacaatcactgctgtctattcatttttctctgataaaa 31416410  T
421 tggtgaatggaaaaccagatgtatatagtctaataacatgtgctgcctttcctatcatgtcgcttagcttgtcgagccaaattcagtgcggatttgaagt 520  Q
    |  |||||||||||||||||| ||||| ||||||  | ||| || | ||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
31416409 ttatgaatggaaaaccagatgcatatactctaatttcgtgtacttctttttctatgatgtcacttagcttgtcgaggcaaattcagtgtggatttgaagt 31416310  T
521 cgatcttatgtacttttacctaggatgttt 550  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||    
31416309 tgatcttatgtacttttatctaggatgttt 31416280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 121 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 31407576 - 31407158
Alignment:
121 tgatacccatgatcatccgaattcggatgtggctgttgaaggcaaaagtgtggagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgc 220  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||  |||||| |||||||| | |||||||||| ||||||||    
31407576 tgatacccgtgatcatccgaattcggatgtgcctgttgcagacaaaagtgtggagatttgtgggctttgcttcagctgctgttggattgctctgttatgc 31407477  T
221 tctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaatttgttgaaggtaattcttttcactcttttcagtttcatcatcttcctcatgatcttgtat 320  Q
    ||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||         ||| ||||||    
31407476 tctcagcacttccttcaaccatctatttggaaattggaatttgttgaagatatttctttacactcttttcagtttcatcat---------gattttgtat 31407386  T
321 gcacatatatggcaaaactctagaagtcttcggttcaaagctcatacagcttttcttgtattaacaatcacatctgtgtattcatttttctttgataaag 420  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
31407385 gcaaatatatggaaaaactctagaagtcttcggttcaaagctcatacagcttttttagtattgacaatcacctctgtctattcatttttctttgataaag 31407286  T
421 tggtgaatggaaaaccagatgtatatagtctaataacatgtgctgcctttcctatcatgtcgcttagcttgtcgagccaaattcagtgcggatttgaagt 520  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  | ||  ||||||| |||||| ||||||||||  | |||||||| || |||  |||||| ||| | |||||    
31407285 tggtgaatggaaaaccagatgcatatagcttgatttcatgtgccgcctttgctatcatgtcaatgagcttgtcaaggcaatctcagtgtggaatcgaagt 31407186  T
521 cgatcttatgtacttttacctaggatgt 548  Q
     |||||| | ||||||| ||| ||||||    
31407185 ggatcttctttactttttccttggatgt 31407158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 140 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 31476085 - 31475688
Alignment:
140 aattcggatgtggctgttgaaggcaaaagtgtggagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaac 239  Q
    ||||| || ||||||| || || |||| || |||||||||||  |||||| |||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
31476085 aattcagaggtggctgatgcagacaaaggtatggagatttgtgggctttgcttcagctgctgttggactgctttgttatgctctaagctcttcctttaac 31475986  T
240 catctatttggaaattggaatttgttgaaggtaattcttttcactcttttcagtttcatcatcttcctcatgatcttgtatgcacatatatggcaaaact 339  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| | | ||||||| ||||||| | |||||||| || | |    
31475985 tatctatttggaaactggaatttgttgaagataattctttacactgttttcagtttcatcatttgcatcatgattttgtatgaaaatatatggaaacagt 31475886  T
340 ctagaagtcttcggttcaaagctcatacagcttttcttgtattaacaatcacatctgtgtattcatttttctttgataaagtggtgaatggaaaaccaga 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||    
31475885 ctagaagtcttcggttcaaagctcatacagcttttttagtattgacaatcacctctgtctattcattttacttcgataaagtggtaaatggaaaaccaga 31475786  T
440 tgtatatagtctaataacatgtgctgcctttcctatcatgtcgcttagcttgtcgagccaaattcagtgcggatttgaagtcgatcttatgtactttt 537  Q
    ||  ||||| || ||  | |||||||||||| |||||||||| || || || ||||| |||  |||||| ||||| ||||| |||||| | |||||||    
31475785 tgcttatagcctcatttcttgtgctgcctttgctatcatgtcactgagtttctcgaggcaatctcagtgtggattcgaagtggatcttctttactttt 31475688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 149 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 40843458 - 40843070
Alignment:
149 gtggctgttgaaggcaaaagtgtggagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctattt 248  Q
    |||||||||| || |||| || |||||||||||  | |||| |||||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||    
40843458 gtggctgttgcagacaaaggtatggagatttgtgggatttgcttcagctgctgttggactggtttgttatgctctaagctcttccttcaactatctattt 40843359  T
249 ggaaattggaatttgttgaaggtaattcttttcactcttttcagtttcatcatcttcctcatgatcttgtatgcacatatatggcaaaactctagaagtc 348  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| | | ||||||| ||||||| | |||||||| || | ||||||||||    
40843358 ggaaattggaatttgttgaagataattctttacactgttttcagtttcatcatttgcatcatgattttgtatgaaaatatatggaaacagtctagaagtc 40843259  T
349 ttcggttcaaagctcatacagcttttcttgtattaacaatcacatctgtgtattcatttttctttgataaagtggtgaatggaaaaccagatgtatatag 448  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||    
40843258 ttcggttcaaagctcatacagcttttttagtattgacaatcacctctgtctattcgttttacttcgataaagtggtaaatggaaaaccagatgcttatag 40843159  T
449 tctaataacatgtgctgcctttcctatcatgtcgcttagcttgtcgagccaaattcagtgcggatttgaagtcgatcttatgtactttt 537  Q
     || ||  | |||||||||||| |||||||||| || || |||||||| |||  ||| || ||||| ||||| |||||| | |||||||    
40843158 cctcatttcttgtgctgcctttgctatcatgtcactgagtttgtcgaggcaatctcattgtggattcgaagtggatcttctttactttt 40843070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 171 - 550
Target Start/End: Original strand, 31395737 - 31396116
Alignment:
171 tggagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaatttgttgaagg 270  Q
    |||||||||||| | | || |||||||||| ||||| |  ||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||||  |||| ||||     
31395737 tggagatttgttggatgtgcttcagctgttgttggacttgtttgttatgctctcagctcttccttcaatcatctatttggaaactggagattgtggaaga 31395836  T
271 taattcttttcactcttttcagtttcatcatcttcctcatgatcttgtatgcacatatatggcaaaactctagaagtcttcggttcaaagctcatacagc 370  Q
    || |||||| |||  |||||||||||||||||| |  ||| || |||||||||   | ||||||| |||| |  |||| ||| |||||||||||| ||||    
31395837 tagttctttacacagttttcagtttcatcatctgctccataattttgtatgcaagaacatggcaacactcgactagtcatcgattcaaagctcattcagc 31395936  T
371 ttttcttgtattaacaatcacatctgtgtattcatttttctttgataaagtggtgaatggaaaaccagatgtatatagtctaataacatgtgctgccttt 470  Q
     ||||| ||||| ||||| || ||| | ||||| |||||||  |||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||    
31395937 gtttctggtattgacaattacctctatttattcctttttctcagataaaattatgaatggaaaaccagatgcatatagtctaatttcatgtgctgccttt 31396036  T
471 cctatcatgtcgcttagcttgtcgagccaaattcagtgcggatttgaagtcgatcttatgtacttttacctaggatgttt 550  Q
     |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||    
31396037 tctatgatgtcacttagcttgtcgaggcaaattcagtgtggatttgaagtggatcttatgtacttttatctcggatgttt 31396116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 171 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 31643993 - 31643616
Alignment:
171 tggagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaatttgttgaagg 270  Q
    |||||||||||  |||||| |||| || || ||||| | |||||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||     
31643993 tggagatttgtgggctttgcttcatctattgttggactactttgttatgctcttagctcttccttcaactatctatttggagattggaatctgttgaaga 31643894  T
271 taattcttttcactcttttcagtttcatcatcttcctcatgatcttgtatgcacatatatggcaaaactctagaagtcttcggttcaaagctcatacagc 370  Q
    |  | |||| ||   |||||||||||||||||  ||||||||| || | |||| | || ||||||  ||| |||||| |||| |||||||| || |||||    
31643893 ttttcctttacagcgttttcagtttcatcatcagcctcatgattttatttgcaaaaatgtggcaaccctcaagaagtattcgattcaaagcacacacagc 31643794  T
371 ttttcttgtattaacaatcacatctgtgtattcatttttctttgataaagtggtgaatggaaaaccagatgtatatagtctaataacatgtgctgccttt 470  Q
     | | | |||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||  | |||||| |||||    
31643793 atatttggtattaacaatcacttcgttatattcatttttctttgataaagtggtgaatggaaaaccagatgcatatagcctcatttcttgtgcttccttt 31643694  T
471 cctatcatgtcgcttagcttgtcgagccaaattcagtgcggatttgaagtcgatcttatgtacttttacctaggatgt 548  Q
     |||||||||| ||||| |||||||  |||| | |||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||| ||||||    
31643693 gctatcatgtcacttagtttgtcgacgcaaactgagtgcggatttgaattcgatcttctttactttttccttggatgt 31643616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 163 - 550
Target Start/End: Original strand, 31284687 - 31285074
Alignment:
163 caaaagtgtggagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaattt 262  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||| | |||||| |    
31284687 caaaagtgtggagatttgtgggctttgcttcatctgctattggactgctttgttatgctctaagctcttccttcaactatctctttggagactggaatct 31284786  T
263 gttgaaggtaattcttttcactcttttcagtttcatcatcttcctcatgatcttgtatgcacatatatggcaaaactctagaagtcttcggttcaaagct 362  Q
    | ||||| |||| || | ||   ||||||| |||||||||  | |  || | |||| ||||   || ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
31284787 gctgaagataatcctctacagcattttcagcttcatcatcagcttggtggttttgtttgcaaggatgtggcaaaactcgagaagtcttcggttcaaagct 31284886  T
363 catacagcttttcttgtattaacaatcacatctgtgtattcatttttctttgataaagtggtgaatggaaaaccagatgtatatagtctaataacatgtg 462  Q
    ||| | || ||| | ||||| |||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| || ||  ||||||    
31284887 catgctgcgtttttggtattgacaatcacctcattatattcatttttctttgataaagtagttaatggaaaaccagatgcatatagcctcatttcatgtg 31284986  T
463 ctgcctttcctatcatgtcgcttagcttgtcgagccaaattcagtgcggatttgaagtcgatcttatgtacttttacctaggatgttt 550  Q
    || ||||| |||||||||   | || |||||  | |||| ||| |||||||||||||||||| || | |||||||  || ||||||||    
31284987 cttccttttctatcatgttaatgagtttgtcacggcaaactcaatgcggatttgaagtcgattttctttacttttttctcggatgttt 31285074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 548
Target Start/End: Original strand, 31317328 - 31317713
Alignment:
163 caaaagtgtggagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaattt 262  Q
    |||| ||||||||||||||  |||||| |||| || || ||||| |  |||| |||||  |||||||||| |||||| |||| |||||| | ||||||||    
31317328 caaaggtgtggagatttgtgggctttgcttcatctcttgttggacttgtttgctatgcattaagctcttcctttaactatctctttggagaatggaattt 31317427  T
263 gttgaaggtaattcttttcactcttttcagtttcatcatcttcctcatgatcttgtatgcacatatatggcaaaactctagaagtcttcggttcaaagct 362  Q
    ||||||  || |||||| ||    ||||||||||||||||| | |  |||| || | |||| | | || |||| | ||||| |||||||| |||||||||    
31317428 gttgaaaatatttctttacagcgctttcagtttcatcatctgcttggtgattttatttgcaaagaaattgcaacattctagcagtcttcgattcaaagct 31317527  T
363 catacagcttttcttgtattaacaatcacatctgtgtattcatttttctttgataaagtggtgaatggaaaaccagatgtatatagtctaataacatgtg 462  Q
    ||| | || ||||| ||||| ||| |||| ||  | ||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||||| ||||  ||||||    
31317528 cattcggcatttctggtattgacactcacttcaatctattcctttttctttgataaagtcatgaatgggaaaccagatgcatatagtttaatttcatgtg 31317627  T
463 ctgcctttcctatcatgtcgcttagcttgtcgagccaaattcagtgcggatttgaagtcgatcttatgtacttttacctaggatgt 548  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||| ||||| || |||| |||||| ||||||||| | |||||| | || |||| ||| ||||||    
31317628 ctgcctttgctattatgtcacttagtttgtcaaggcaaactcagtggggatttgaaattgatcttctttattttttcctgggatgt 31317713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 163 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 31279606 - 31279232
Alignment:
163 caaaagtgtggagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaattt 262  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| ||||| |||| ||||| || ||||||||||||| |||||||| || ||| |||| |||||| | ||||||||    
31279606 caaaagtgtggagatttgtaggctttgcttcagttgttgttggactggtttgttatgctctcagctcttccttcaactatctctttggagaatggaattt 31279507  T
263 gttgaaggtaattcttttcactcttttcagtttcatcatcttcctcatgatcttgtatgcacatatatggcaaaactctagaagtcttcggttcaaagct 362  Q
     |||||| |  | |||| |    ||||||| ||||||||   | |  |  | || | || | ||||||||| | |||| ||||||||||| ||||||||     
31279506 cttgaagattttcctttacggcgttttcagcttcatcattagcttggtcgttttatttgtaaatatatggcgacactcaagaagtcttcgattcaaagca 31279407  T
363 catacagcttttcttgtattaacaatcacatctgtgtattcatttttctttgataaagtggtgaatggaaaaccagatgtatatagtctaataacatgtg 462  Q
    || ||||| | | | ||||| ||||| || ||  | |||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||| |||| |||||| || ||  ||||||    
31279406 cacacagcatatttggtattgacaatgacctcgctatattcatttttcttcgataaattgatgaatgggaaacctgatggatatagcctcatttcatgtg 31279307  T
463 ctgcctttcctatcatgtcgcttagcttgtcgagccaaattcagtgcggatttgaagtcgatcttatgtactttt 537  Q
    || ||||| |||||||||| ||||| |||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||| | |||||||    
31279306 cttcctttgctatcatgtcacttagtttgtcgcggcaaactcagtgcggatttgaagttgatcttctttactttt 31279232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 165 - 527
Target Start/End: Original strand, 31281405 - 31281766
Alignment:
165 aaagtgtggagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaatttgt 264  Q
    |||||||| || |||||  |||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||| || ||  |||| |||||| ||||||||||||    
31281405 aaagtgtgcaggtttgtaggctttgcttcagctgttcttggacttctttgttatgctttaagctcttccttcaattatctctttggagattggaatttgt 31281504  T
265 tgaaggtaattcttttcactcttttcagtttcatcatcttcctcatgatcttgtatgcacatatatggcaaaactctagaagtcttcggttcaaagctca 364  Q
    ||||| |  | |||| |    ||||||| ||||||||   | |  |  | || | |||| ||||||||| | |||| ||||||||||| |||||||| ||    
31281505 tgaagattttcctttacggcgttttcagcttcatcattagcttggtcgttttatttgcaaatatatggcgacactcaagaagtcttcgcttcaaagcaca 31281604  T
365 tacagcttttcttgtattaacaatcacatctgtgtattcatttttctttgataaagtggtgaatggaaaaccagatgtatatagtctaataacatgtgct 464  Q
      | || | | | |||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||     
31281605 ctcggcatat-tggtattaacaatcacttcgctgtattcctttttctttgataaagtgatgaatggaaaaccagatgcatacagtctaatttcatgtgcc 31281703  T
465 gcctttcctatcatgtcgcttagcttgtcgagccaaattcagtgcggatttgaagtcgatctt 527  Q
    |||||| |||||||||| || || ||||  || |||| |||||||||||| | ||| ||||||    
31281704 gcctttgctatcatgtcactaagtttgttaaggcaaactcagtgcggattcgtagtggatctt 31281766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 163 - 487
Target Start/End: Original strand, 31368542 - 31368866
Alignment:
163 caaaagtgtggagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaattt 262  Q
    |||| ||||||||||||||  |||||| |||| || || ||||| |  |||| |||||| |||||||||| |||||| |||| |||||| | || |||||    
31368542 caaaggtgtggagatttgtgggctttgcttcatctcttgttggacttgtttgctatgctttaagctcttcctttaactatctctttggagaatgaaattt 31368641  T
263 gttgaaggtaattcttttcactcttttcagtttcatcatcttcctcatgatcttgtatgcacatatatggcaaaactctagaagtcttcggttcaaagct 362  Q
    ||||||  || |||||| ||    | ||||||||||||||| | |  |||| || | |||||| | || |||| | ||||||||||| || |||||||||    
31368642 gttgaaaatatttctttacagcgctgtcagtttcatcatctgcttggtgattttatttgcacagaaattgcaacattctagaagtctccgattcaaagct 31368741  T
363 catacagcttttcttgtattaacaatcacatctgtgtattcatttttctttgataaagtggtgaatggaaaaccagatgtatatagtctaataacatgtg 462  Q
    ||| | || ||||| ||||| ||| |||| |   | ||||| ||||||| | |||||||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||    
31368742 cattcggcatttctggtattgacactcactttaatctattcctttttctctaataaagtcatgaatgggaaaccagatgcatatagtctaatttcatgtg 31368841  T
463 ctgcctttcctatcatgtcgcttag 487  Q
    |||||||| |||| ||||| |||||    
31368842 ctgcctttgctattatgtcacttag 31368866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 548 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 31493496 - 31493433
Alignment:
548 tttcttacaccagatgcagggttagatagttgggtcaatggtggaattcatccgatgatctgtg 611  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
31493496 tttcttacactagatgcagggttagatagttgggtcaatggtggaattcatccgatgctctgtg 31493433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 191 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 31505989 - 31505911
Alignment:
191 ttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaatttgttgaag 269  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
31505989 ttcagctgttgttggattgctttgttatgctctcagttcttcctttatccatctatttggaaattggaattggttgaag 31505911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 163 - 303
Target Start/End: Original strand, 31332169 - 31332309
Alignment:
163 caaaagtgtggagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaattt 262  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| || ||| | || |||||| | ||||||||    
31332169 caaaggtgtggagatttgttggctttgcttcatctgttgttggactgctttgttatgctttaagctcttccttcaactacctctttggagaatggaattt 31332268  T
263 gttgaaggtaattcttttcactcttttcagtttcatcatct 303  Q
    ||||||  || |||| | || |  |||||||||||||||||    
31332269 gttgaaaatatttctctacagtgctttcagtttcatcatct 31332309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 213 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 31463090 - 31463005
Alignment:
213 tgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaatttgttgaaggtaattcttttcactcttttcagtttcat 298  Q
    ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| | |||| |||||||||||||    
31463090 tgttatgctgtaagctcttccttcaaccatctatttggaaattggaacttgttgaagattattctctacactgttttcagtttcat 31463005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 396 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 31505784 - 31505630
Alignment:
396 gtgtattcatttttctttgataaagtggtgaatggaaaaccagatgtatatagtctaataacatgtgctgcctttcctatcatgtcgcttagcttgtcga 495  Q
    |||||||| |||||||  |||||| || | ||||| |||||||||| |||||| || ||  || ||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||     
31505784 gtgtattcctttttctccgataaaatgattaatgggaaaccagatgcatatagcctcatttcaagtgcttcctttgctatcatgtcgctcagtttgtcgc 31505685  T
496 gccaaattcagtgcggatttgaagtcgatcttatgtacttttacctaggatgttt 550  Q
    | |||| ||||||||||||||| || |||||| | |||||||  || ||||||||    
31505684 ggcaaactcagtgcggatttgaggtggatcttctttacttttttctcggatgttt 31505630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 327 - 451
Target Start/End: Original strand, 31288620 - 31288742
Alignment:
327 atatggcaaaactctagaagtcttcggttcaaagctcatacagcttttcttgtattaacaatcacatctgtgtattcatttttctttgataaagtggtga 426  Q
    |||||| || |||| |||| | |||||||||||||||| ||||||||  | ||||| |||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||| ||||    
31288620 atatggaaacactcaagaactattcggttcaaagctcagacagctttcttggtatttacaatcacctcactgtattcatttttcttcgataaagtagtga 31288719  T
427 atggaaaaccagatgtatatagtct 451  Q
    ||  ||||||| ||| |||||||||    
31288720 at--aaaaccatatgcatatagtct 31288742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 193 - 301
Target Start/End: Original strand, 31329924 - 31330032
Alignment:
193 cagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaatttgttgaaggtaattcttttcactcttttcag 292  Q
    |||||||| ||||| |||||||  ||||||| || ||||| || ||| |||| |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||| |||||||    
31329924 cagctgttgttggactgctttgcaatgctctcagttcttccttcaactatctctttggagattggaatttgttcaagataattctttacactgttttcag 31330023  T
293 tttcatcat 301  Q
     ||||||||    
31330024 cttcatcat 31330032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 163 - 303
Target Start/End: Original strand, 31380954 - 31381094
Alignment:
163 caaaagtgtggagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaattt 262  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||| || ||  | || |||||| | ||||||||    
31380954 caaaggtgtggagatttgttggctttgcttcatctgttgttggactgctttgttatgctttgagctcttccttcaattacctctttggagaatggaattt 31381053  T
263 gttgaaggtaattcttttcactcttttcagtttcatcatct 303  Q
    ||||||  || |||| | || |  |||||||||||||||||    
31381054 gttgaaaatatttctctacagtgctttcagtttcatcatct 31381094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 171 - 303
Target Start/End: Original strand, 31483655 - 31483787
Alignment:
171 tggagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaatttgttgaagg 270  Q
    |||||||||||  | ||||||||| |  |||||||| | || | ||| |||||||||||||| || || ||| ||| |||||| |||| ||||||||||     
31483655 tggagatttgtgtgttttgtttcatccattattggactactcttttacgctctaagctcttccttcaatcatatatgtggaaagtggagtttgttgaaga 31483754  T
271 taattcttttcactcttttcagtttcatcatct 303  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||    
31483755 taattctttacactgttttcagtttcattatct 31483787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 186 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 31387898 - 31387744
Alignment:
186 tttgtttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaatttgttgaaggtaattcttttcactc 285  Q
    ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| || |  ||||||||||| || ||||| || || |||||| ||||||  |       
31387898 tttgtttcatctgttgttggactgctttgttatgctcttagctcttccttcactcatctatttgggaactggaacttttttaaggtatttctttatagca 31387799  T
286 ttttcagtttcatcatcttcctcatgatcttgtatgcacatatatggcaaaactc 340  Q
    ||||||||||| | |||| |||||  ||||||| |||| | | ||||||||||||    
31387798 ttttcagtttcgttatctgcctcaccatcttgtttgcaaacaaatggcaaaactc 31387744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 171 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 31390942 - 31390815
Alignment:
171 tggagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaatttgttgaagg 270  Q
    ||||||||||| || |||   ||| || ||||||| || || |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||     
31390942 tggagatttgtgagttttacatcatcttttattggcttcctctgttatgctctaagttcttccttcaaccatctatttggaaactggaacttgttaaaga 31390843  T
271 taattcttttcactcttttcagtttcat 298  Q
    |  |||| | |||| |||||||||||||    
31390842 tttttctgtacactgttttcagtttcat 31390815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 163 - 301
Target Start/End: Original strand, 31378676 - 31378814
Alignment:
163 caaaagtgtggagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaattt 262  Q
    |||| |||||||||||| |  | |||| | |||||||| ||||| |||||||  ||||||| || ||||| || ||| |||| |||||| ||||||||||    
31378676 caaaggtgtggagatttctgggatttgctgcagctgttgttggactgctttgcaatgctctcagttcttccttcaactatctctttggagattggaattt 31378775  T
263 gttgaaggtaattcttttcactcttttcagtttcatcat 301  Q
    ||| ||| ||||||| |  ||| ||||||| ||||||||    
31378776 gttcaagataattctctatactgttttcagcttcatcat 31378814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 163 - 269
Target Start/End: Original strand, 31288456 - 31288562
Alignment:
163 caaaagtgtggagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaattt 262  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||| ||||| |||| | ||||| |||| ||||||| || ||  |||| | |||| | |||||| |    
31288456 caaaagtgtggagatttgtaggctttgcttcagctgttgttggactgctctattatggtctatgctcttccttcaattatctctctggagactggaatct 31288555  T
263 gttgaag 269  Q
    |||||||    
31288556 gttgaag 31288562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 202 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 31465045 - 31464975
Alignment:
202 ttggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaatttgttgaaggta 272  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||| |||| || || |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
31465045 ttggactgctatgttacgctctaagcccttccttcaatcatctatttggaaagtggaatttattgaaggta 31464975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 173 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 31384493 - 31384348
Alignment:
173 gagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaatttgttgaaggta 272  Q
    |||||||||| | ||||||||| |  || ||||  || ||| ||||||||| |||||||| || || ||||||||||| || ||||| || || ||| ||    
31384493 gagatttgtttgttttgtttcatcaattgttggtctgttttattatgctcttagctcttccttcaatcatctatttgggaaatggaactttttcaagtta 31384394  T
273 attcttttcactcttttcagtttcatcatcttcctcatgatcttgt 318  Q
     ||||||  ||  ||||||||||||| ||||||||||  |||||||    
31384393 tttctttataccattttcagtttcattatcttcctcacaatcttgt 31384348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 327 - 527
Target Start/End: Original strand, 31330061 - 31330264
Alignment:
327 atatggcaaaactctagaagtcttcggttcaaagctcatacagcttttcttgtattaacaatcacatctgtgtattcatttttctttgataaagtggtga 426  Q
    ||||||||| |||| ||||||| | ||||| |||| |||||| | | | |||||||  ||||||| ||  | ||||||| ||| ||||||||| |  ||     
31330061 atatggcaacactcaagaagtcgttggttccaagcgcatacaacatatgttgtattggcaatcacgtcgctatattcatatttttttgataaattaatgc 31330160  T
427 atggaaaaccagatgtatatagtctaataacatgtgctgcctttcctatcatgtcgcttagcttgtcgag---ccaaattcagtgcggatttgaagtcga 523  Q
    ||  || |||||||| ||||||||| ||  |||||||  ||||| || ||| | ||||||| ||||||||   | ||| ||| |||||||||||| ||||    
31330161 atataacaccagatgcatatagtctcatttcatgtgcatcctttgctgtcacggcgcttagtttgtcgaggaacaaaactcaatgcggatttgaaatcga 31330260  T
524 tctt 527  Q
    ||||    
31330261 tctt 31330264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 31460440 - 31460371
Alignment:
208 tgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttggaaattggaatttgttgaaggtaattct 277  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| || ||||| || || |||||| ||||    
31460440 tgctttgttatgctcttagctcttccttcaatcatctatttgggaactggaacttttttaaggtacttct 31460371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 58; Significance: 4e-24; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 289 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 6037967 - 6037823
Alignment:
289 tcagtttcatcatcttcctcatgatcttgtatgcacatatatggcaaaactctagaagtcttcggttcaaagctcatacagcttttcttg-tattaacaa 387  Q
    |||||||||||||||  |||||||| || |||||| |||||||| |  ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||    
6037967 tcagtttcatcatctggctcatgattttatatgcaaatatatggaaccactctagaagtcttttgttcaaagttcatacagcttt-cttgatattgacaa 6037869  T
388 tcacatctgtgtattcatttttctttgataaagtggtgaatggaaa 433  Q
    ||||||| || || |||||||||||  |||||||| ||||||||||    
6037868 tcacatcagtctactcatttttcttcaataaagtgatgaatggaaa 6037823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 354 - 534
Target Start/End: Original strand, 8039298 - 8039478
Alignment:
354 ttcaaagctcatacagcttttcttgtattaacaatcacatctgtgtattcatttttctttgataaagtggtgaatggaaaaccagatgtatatagtctaa 453  Q
    |||||||||||| |||| ||| | ||||  ||||| || ||||| ||||| ||||||| ||||||| |  ||||||||||||| |||| |||||||||||    
8039298 ttcaaagctcattcagcatttttggtatcgacaattacttctgtatattcctttttctctgataaaattatgaatggaaaacctgatgcatatagtctaa 8039397  T
454 taacatgtgctgcctttcctatcatgtcgcttagcttgtcgagccaaattcagtgcggatttgaagtcgatcttatgtact 534  Q
    |  ||||| |  ||||||||||||| || ||||  |||| ||| ||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||    
8039398 tttcatgtacatcctttcctatcatttcacttaatttgttgagacaaattcagtgcggattcgaagtgaatctcatgtact 8039478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 56; Significance: 7e-23; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 150 - 501
Target Start/End: Original strand, 25708394 - 25708745
Alignment:
150 tggctgttgaaggcaaaagtgtggagatttgttagctttgtttcagctgttattggattgctttgttatgctctaagctcttcgtttaaccatctatttg 249  Q
    |||||| || ||| |||||| |||||||||||| | |||| ||||||| || ||||| |  | ||||||||||| |||||||| |||||  |||| ||||    
25708394 tggctgatgcaggaaaaagtatggagatttgttggttttgcttcagctattgttggactagtctgttatgctctcagctcttcatttaattatctgtttg 25708493  T
250 gaaattggaatttgttgaaggtaattcttttcactcttttcagtttcatcatcttcctcatgatcttgtatgcacatatatggcaaaactctagaagtct 349  Q
    |  | ||||| ||||  ||| ||||||||| || | || | |||||||| ||||  || ||||| |||||| || |  ||||||||   || ||| ||||    
25708494 gtgagtggaacttgtcaaagataattctttacagtgttataagtttcataatctgtcttatgattttgtatccaaaggtatggcaatcatccagaggtct 25708593  T
350 tcggttcaaagctcatacagcttttcttgtattaacaatcacatctgtgtattcatttttctttgataaagtggtgaatggaaaaccagatgtatatagt 449  Q
       ||||||||||||||| || ||| |||| || ||  |||| || || ||||| ||| | | |||||||||||||||||  ||||||||||  |||||     
25708594 gaagttcaaagctcataccgccttttttgttttgaccctcacctcagtttattcttttatatatgataaagtggtgaatgagaaaccagatgcttatagc 25708693  T
450 ctaataacatgtgctgcctttcctatcatgtcgcttagcttgtcgagccaaa 501  Q
    || ||  |||||||||||||| |||||||||| || || |||||||| ||||    
25708694 ctcatttcatgtgctgcctttgctatcatgtcactcagtttgtcgagacaaa 25708745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University