View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1343_low_4 (Length: 1003)

Name: NF1343_low_4
Description: NF1343
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1343_low_4
NF1343_low_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (121-974)||(42464400-42465258)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 790; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 790; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 121 - 974
Target Start/End: Complemental strand, 42465258 - 42464400
Alignment:
Q  121 aagttattgtctagaaacagtattgctagccaatgatgtagttacatggagaatgatccaggaatattatatcattaccgtatttcttaaataagtaaag 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42465258 aagttattgtctagaaacagtattgctagccaatgatgtagttacatggagaatgatccaggaatattatatcattaccgtatttcttaaataagtaaag 42465159  T
Q  221 aaaatggtgttactgtacaaaatataaagtcgtgccaacatgtttaatcatatgatatatcc----agaggattatcaattctttcacagctgcacgttg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42465158 aaaatggtgttactgtacaaaatataaagtcgtgccaacatgtttaatcatatgatatatcctctcagaggattaacaattctttcacagctgcacgttg 42465059  T
Q  317 ttaattatataattaaacattttcactagctgaatttagatattcaaaacgtacatagaagtccatgaaattgaacttaaatacctcaaagtggttttta 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42465058 ttaattatataattaaacattttcactagctgaatttagatattcaaaaagtacatagaagtccatgaaattgaacttaaatacctcaaagtggttttta 42464959  T
Q  417 gctagtctagattctaggcatttatatttttcgaaggtccaaacttatattcaagaatcaagatgttgatctagtgttcattttaattttccatgcattg 516  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42464958 gctagtctagagtctaggcatttatatttttcgaaggtccaaacttatattcaagaatcaagatgttgatctagtgttcattttaattttccatgcattg 42464859  T
Q  517 tata-tttaagcagaggccataagcaactaacctatgaaaaggttataataatcccgctgagcttttaatatcaagcaatttgttcggtcacattcgcaa 615  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||| |    
T  42464858 tatactttaagcagaggccataagcaactaacctatgaaaaggttataataatcccgctgagcttttaatatcaagcaatttattcaatcatattcgcta 42464759  T
Q  616 aaaatgttaacattcgatttattttaccatcatacaattggaaatccatgctttattaatatccaagaatggcacatagtgcatcgcaccgatctaaagg 715  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42464758 aaaatgttaacattcgatttattataccatcatacaattggaaatccatgctttattaatatccaagaatggcacatagtgcattgcaccgatctaaagg 42464659  T
Q  716 gcatatttagaaatcaacttggtgtgacacaaatggtagatgcttgagtcacttaacaatgtgacgtagggttcgatctctgacctctgttccaagcagg 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42464658 gcatatttagaaatcaacttggtgtgacacaaatggtagatgcttgagtcacttaacaatgtgacgtagggttcgatctctgacctctgttccaagcagg 42464559  T
Q  816 aaggaaatttatttcaaaagcgcgtgacaaaactccaacacatgtaacacattattaaaggttagactcattgatggtgttaagcaccctcgtaactctt 915  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42464558 aaggaaatttatttcaaaagcgcgtgacaaaactccaacacacgtaacacattattaaaggttagactcattgatggtgttaagcaccctcgtaactctt 42464459  T
Q  916 ccagtaaacaatgcagtgtatgctatacagagtccagattactttacaagtatacaaag 974  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42464458 ccagtaaacaatgcagtgtatgctatacagagtccagattactttacaagtatacaaag 42464400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University