View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1343_low_69 (Length: 449)

Name: NF1343_low_69
Description: NF1343
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1343_low_69
NF1343_low_69
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (13-420)||(111219-111626)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (13-420)||(30714624-30715031)
chr8 (13-420)||(30722401-30722809)
chr8 (364-420)||(10738317-10738373)
chr8 (347-395)||(32631806-32631854)
chr8 (220-291)||(28348972-28349043)
chr8 (50-168)||(32722422-32722541)
chr8 (331-374)||(13536169-13536212)
chr8 (331-374)||(13625717-13625760)
chr8 (364-420)||(17909183-17909239)
chr8 (364-420)||(23428615-23428671)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (13-420)||(16672853-16673260)
chr5 (13-420)||(23053786-23054192)
chr5 (13-420)||(35264948-35265355)
chr5 (13-420)||(21171594-21172001)
chr5 (364-420)||(30958298-30958354)
chr5 (21-111)||(34648344-34648436)
chr5 (220-278)||(18080573-18080631)
chr5 (91-187)||(24110915-24111012)
chr5 (364-405)||(28367757-28367798)
chr5 (364-420)||(1532440-1532496)
chr5 (364-420)||(18080632-18080688)
[»] chr2 (19 HSPs)
chr2 (13-420)||(25445466-25445873)
chr2 (13-420)||(19437944-19438351)
chr2 (13-420)||(43287797-43288204)
chr2 (18-401)||(5836489-5836872)
chr2 (13-155)||(24053692-24053834)
chr2 (114-217)||(16443833-16443936)
chr2 (303-420)||(16444056-16444174)
chr2 (220-290)||(19088927-19088997)
chr2 (114-217)||(19911823-19911925)
chr2 (364-420)||(635611-635667)
chr2 (364-420)||(1525061-1525117)
chr2 (364-420)||(7910737-7910793)
chr2 (364-420)||(14898112-14898168)
chr2 (364-420)||(22429675-22429731)
chr2 (364-420)||(22435269-22435325)
chr2 (364-420)||(43776319-43776375)
chr2 (346-420)||(17320306-17320378)
chr2 (367-420)||(19911620-19911673)
chr2 (364-404)||(25231350-25231390)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (13-420)||(8247454-8247861)
chr7 (13-420)||(340701-341108)
chr7 (209-328)||(26457389-26457511)
chr7 (364-420)||(571460-571516)
chr7 (364-420)||(16647752-16647808)
chr7 (364-420)||(17622113-17622169)
chr7 (364-420)||(25498382-25498438)
chr7 (364-420)||(32147807-32147863)
chr7 (364-420)||(42208235-42208291)
chr7 (364-410)||(20124625-20124671)
chr7 (318-403)||(5994919-5995008)
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (13-420)||(30674107-30674515)
chr4 (13-420)||(12659594-12660001)
chr4 (13-420)||(16326122-16326529)
chr4 (13-420)||(1874400-1874810)
chr4 (13-420)||(23193431-23193838)
chr4 (13-412)||(25691601-25691992)
chr4 (13-265)||(42120151-42120394)
chr4 (72-217)||(13999548-13999694)
chr4 (13-107)||(4394159-4394254)
chr4 (231-326)||(7740393-7740489)
chr4 (303-420)||(13999310-13999428)
chr4 (334-403)||(26081872-26081940)
chr4 (293-376)||(42120404-42120486)
chr4 (364-420)||(12747327-12747383)
chr4 (364-420)||(20193367-20193423)
chr4 (364-404)||(26996531-26996571)
chr4 (340-392)||(53147149-53147201)
chr4 (364-420)||(53981422-53981478)
chr4 (220-290)||(53146705-53146775)
chr4 (24-133)||(26057853-26057965)
chr4 (50-137)||(53529321-53529409)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (13-420)||(49487132-49487539)
chr3 (13-420)||(15752903-15753310)
chr3 (13-420)||(21882768-21883175)
chr3 (212-403)||(20454040-20454231)
chr3 (72-214)||(52932872-52933015)
chr3 (13-128)||(29224963-29225081)
chr3 (364-420)||(9725458-9725514)
chr3 (364-420)||(13990161-13990217)
chr3 (364-420)||(23343705-23343761)
chr3 (364-405)||(13981430-13981471)
chr3 (352-420)||(26830312-26830380)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (13-420)||(11659522-11659929)
chr1 (24-420)||(18535389-18535785)
chr1 (13-383)||(37357137-37357507)
chr1 (13-412)||(31093355-31093746)
chr1 (379-420)||(37359720-37359761)
chr1 (226-282)||(146025-146081)
chr1 (364-420)||(15715951-15716007)
chr1 (190-401)||(27163794-27164006)
chr1 (364-420)||(33493710-33493766)
chr1 (365-410)||(26028087-26028132)
chr1 (364-420)||(15552208-15552264)
chr1 (220-343)||(22576822-22576946)
[»] scaffold0102 (1 HSPs)
scaffold0102 (15-420)||(13370-13775)
[»] scaffold0461 (1 HSPs)
scaffold0461 (364-420)||(13363-13419)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (364-420)||(346447-346503)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (365-420)||(25395060-25395115)
chr6 (367-420)||(14851971-14852024)
chr6 (364-420)||(17270853-17270909)


Alignment Details
Target: scaffold0014 (Bit Score: 400; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 111626 - 111219
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111626 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 111527  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111526 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 111427  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  111426 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaataccacaataaatatc 111327  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  111326 attaacaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 111227  T
Q  413 tatcaagt 420  Q
    ||||||||    
T  111226 tatcaagt 111219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 400; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Original strand, 30714624 - 30715031
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714624 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 30714723  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714724 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 30714823  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30714824 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaataccacaataaatatc 30714923  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714924 attaacaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 30715023  T
Q  413 tatcaagt 420  Q
    ||||||||    
T  30715024 tatcaagt 30715031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Original strand, 30722401 - 30722809
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30722401 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatcgggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 30722500  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||| |||| ||||| |    
T  30722501 ttcttcatattgagttgttgcaagaacccctttaataaatccacaattttcttgtatttgtaaaatcattatccttaataaaagagcattctccactttc 30722600  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggc-aaaccaaaatacaacaataaatat 311  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||| |||||||| |||||| ||||    
T  30722601 ttgattatgttgtttctttaagatacaaaacatatgcttgactttgttctgatacctgtatttactaatattgacaaaaacaaaataccacaatacatat 30722700  T
Q  312 cattaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatacta 411  Q
     |||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  30722701 aattaacaaaatacattaatgttctcgtttgaactaagatatgatactttgagaccaattcaagttgtttatcgttttcttgaggacattttctatacta 30722800  T
Q  412 atatcaagt 420  Q
    | |||||||    
T  30722801 acatcaagt 30722809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 10738373 - 10738317
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  10738373 gaccaattcaagttgttcataattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 10738317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 347 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 32631854 - 32631806
Alignment:
Q  347 aagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgag 395  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32631854 aagatatagtacttcaggagcaattcaagttgttcatcattttcttgag 32631806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 220 - 291
Target Start/End: Original strand, 28348972 - 28349043
Alignment:
Q  220 tgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaac 291  Q
    ||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||| |   |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  28348972 tgttgtttctttaagatacaaattgtatgcttgactttgctgcaatatatgtatttactaacattgacaaac 28349043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 50 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 32722541 - 32722422
Alignment:
Q  50 gactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagtt-tcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaag 148  Q
    |||||||| |||| ||| ||| |||||||| | |||||| |||||||   ||| ||||||  || | ||||||||||| |||||||||| |||| |||||    
T  32722541 gactttgtagaaagatccggtctatcttcacactcttctccaaattaacggtgtttgagatattatattcatattgagatgttgcaagagcccccttaag 32722442  T
Q  149 aaatcaacaagtttcttgta 168  Q
    ||| | ||||||||||||||    
T  32722441 aaaaccacaagtttcttgta 32722422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 331 - 374
Target Start/End: Original strand, 13536169 - 13536212
Alignment:
Q  331 tgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaa 374  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  13536169 tgtcctcgtttgaacaaagatatggtacttcaggacaaattcaa 13536212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 331 - 374
Target Start/End: Original strand, 13625717 - 13625760
Alignment:
Q  331 tgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaa 374  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  13625717 tgtcctcgtttgaacaaagatatggtacttcaggacaaattcaa 13625760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 17909239 - 17909183
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||| |||| | |||||||    
T  17909239 gaccaattcaaattgttcataattttcttgaggacgtgatctttactcacatcaagt 17909183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 23428671 - 23428615
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||| |||| | |||||||    
T  23428671 gaccaattcaaattgttcataattttcttgaggacgtgatctttactcacatcaagt 23428615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 396; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 16673260 - 16672853
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16673260 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcatcttcaaattagtagtgcttgagaagt 16673161  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16673160 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 16673061  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16673060 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaataccacaataaatatc 16672961  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16672960 attaacaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 16672861  T
Q  413 tatcaagt 420  Q
    ||||||||    
T  16672860 tatcaagt 16672853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Original strand, 23053786 - 23054192
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23053786 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcatcttcaaattagtagtgcttgagaagt 23053885  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23053886 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaa-tcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 23053984  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23053985 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaataccacaataaatatc 23054084  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23054085 attaacaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 23054184  T
Q  413 tatcaagt 420  Q
    ||||||||    
T  23054185 tatcaagt 23054192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Original strand, 35264948 - 35265355
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35264948 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 35265047  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35265048 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttaataaaagagcgttcttcacttcc 35265147  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  35265148 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttttgatatctgtatttactaacattggcaaagcaaaataccacaataaatatc 35265247  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  35265248 attaacaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgtggacatgatctatactaa 35265347  T
Q  413 tatcaagt 420  Q
    ||||||||    
T  35265348 tatcaagt 35265355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Original strand, 21171594 - 21172001
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  21171594 aatatttattctagttactcaaaagtttacttgcatcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcatcttcaaattagcagtgcttgagaagt 21171693  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21171694 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcctgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 21171793  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21171794 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaataccacaataaatatc 21171893  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21171894 attaacaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 21171993  T
Q  413 tatcaagt 420  Q
    ||||||||    
T  21171994 tatcaagt 21172001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Original strand, 30958298 - 30958354
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  30958298 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 30958354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 111
Target Start/End: Original strand, 34648344 - 34648436
Alignment:
Q  21 ttctagttactcaaaag-tttacttg-cagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaag 111  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| | | |||||||  || | |||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  34648344 ttctagttactcaaaagctttatttgacggtgactttgaagagagatctggtttatctttatagtcttcttcaagttagcagtacttgagaag 34648436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 220 - 278
Target Start/End: Original strand, 18080573 - 18080631
Alignment:
Q  220 tgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttact 278  Q
    ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||   |||||||||||||||    
T  18080573 tgttgtttctttaagatacaaattgtatgcttgactatgttgcaatatctgtatttact 18080631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 91 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 24111012 - 24110915
Alignment:
Q  91 aaattagtagtgcttgagaagtt-tcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatcct 187  Q
    ||||||| | ||||||||| ||| ||||||  || |||||||||||||   || |||||||||| ||| |||| || || ||||||||||||||||||    
T  24111012 aaattaggaatgcttgagatgttatcttcacttttagttgttgcaagagttcccttaagaaatccacaggttttttctatttgtaaaatcatcatcct 24110915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 364 - 405
Target Start/End: Original strand, 28367757 - 28367798
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatct 405  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||    
T  28367757 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatct 28367798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Original strand, 1532440 - 1532496
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  1532440 gaccaattcagattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 1532496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Original strand, 18080632 - 18080688
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||| |||| | |||||||    
T  18080632 gaccaattcaaattgttcataattttcttgaggacgtgatctttactcacatcaagt 18080688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Original strand, 25445466 - 25445873
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25445466 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 25445565  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25445566 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 25445665  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25445666 tttattatgttgtttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaataccacaataaatatc 25445765  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25445766 attaacaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 25445865  T
Q  413 tatcaagt 420  Q
    ||||||||    
T  25445866 tatcaagt 25445873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Original strand, 19437944 - 19438351
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  19437944 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcaactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcatcttcaaattagtagtgcttgagaagt 19438043  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19438044 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaaaagcgttcttcacttcc 19438143  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19438144 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaataccacaataaatatc 19438243  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19438244 attaacaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 19438343  T
Q  413 tatcaagt 420  Q
    ||||||||    
T  19438344 tatcaagt 19438351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Original strand, 43287797 - 43288204
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43287797 aatatttattctagttactcaaaagtttaattgcatcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgtttgagaagt 43287896  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43287897 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 43287996  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43287997 ttgattatgttgcttctttaaaatacaaaatatatgcttgtctttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaataccacaataaatatc 43288096  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43288097 attaacaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 43288196  T
Q  413 tatcaagt 420  Q
    ||||||||    
T  43288197 tatcaagt 43288204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 18 - 401
Target Start/End: Original strand, 5836489 - 5836872
Alignment:
Q  18 ttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagtttctt 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  5836489 ttgttctagttacttaaaagtttacttgcatcgactttgtttaaagatcgggtttatcttcatagtcttcttcaaattagcagtgtttgagaagtttctt 5836588  T
Q  118 catattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttccttgat 217  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||||| ||||| |||||||| | ||  |||||||||||||    
T  5836589 catattgaatttttgcaagatcccctttaagaaatccacaagtttattgtatttgtgaaatcatcctccttaataaaagaacatttgtcacttccttgat 5836688  T
Q  218 tatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatcattaa 317  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||| |||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  5836689 tatgttgtttctttaagatacaaaacatatgtttgactttgttcaaatatatgtatttactaatattgacaaaacaaaataccacaataaatataattaa 5836788  T
Q  318 caaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatg 401  Q
    ||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5836789 caaaatacattaatgttctcgtttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatg 5836872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 13 - 155
Target Start/End: Original strand, 24053692 - 24053834
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24053692 aatatttattctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 24053791  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaa 155  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24053792 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaa 24053834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 114 - 217
Target Start/End: Original strand, 16443833 - 16443936
Alignment:
Q  114 tcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcct 213  Q
    ||||||| |||||||||| ||||  ||| ||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||||||||| |    
T  16443833 tcttcattttgagttgtttcaagtgcccttttaagaaaaccacgagtttcttgtatttgtaaaatctccatccttaataaaagagcattcttcacttctt 16443932  T
Q  214 tgat 217  Q
    ||||    
T  16443933 tgat 16443936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 303 - 420
Target Start/End: Original strand, 16444056 - 16444174
Alignment:
Q  303 aataaatatcattaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcat-tttcttgaggacatg 401  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||  |||||||  || |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  16444056 aatatatataattaacaaaatacattagtgtcctcacttaaactaagatatgatacttcaggaccaattcgaattgttcatcatatttcttgagaacatg 16444155  T
Q  402 atctatactaatatcaagt 420  Q
    || | |||| | |||||||    
T  16444156 atatttactcacatcaagt 16444174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 220 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 19088997 - 19088927
Alignment:
Q  220 tgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaa 290  Q
    ||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||| ||||    
T  19088997 tgttgtttctttaagatacaaattgtatgcttgactttgctccaatatatgtatttactaacattgacaaa 19088927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 114 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 19911925 - 19911823
Alignment:
Q  114 tcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcct 213  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || | || ||||| | ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| || || ||||||| |||| ||||||||    
T  19911925 tcttcatattgagttgttgaaagaacctcatttagaaaactacaggtttcttgtacgtgtaagatcataatctttaat-aaagagcattctccacttcct 19911827  T
Q  214 tgat 217  Q
    ||||    
T  19911826 tgat 19911823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 635667 - 635611
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  635667 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 635611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 1525117 - 1525061
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  1525117 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 1525061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Original strand, 7910737 - 7910793
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  7910737 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 7910793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 14898168 - 14898112
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  14898168 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 14898112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 22429731 - 22429675
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  22429731 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 22429675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 22435325 - 22435269
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  22435325 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 22435269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 43776375 - 43776319
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  43776375 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 43776319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 346 - 420
Target Start/End: Original strand, 17320306 - 17320378
Alignment:
Q  346 taagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||| ||||||||||| | |||| | |||||||    
T  17320306 taagatatggtacttcaggaccaactcaa-ttgttcatca-tttctcgaggacatgatatttactcacatcaagt 17320378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 367 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 19911673 - 19911620
Alignment:
Q  367 caattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| |||| | |||||||    
T  19911673 caattcaagatgttcatcattttcttgaggacgtgatctttactcacatcaagt 19911620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 364 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 25231390 - 25231350
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatc 404  Q
    ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||    
T  25231390 gaccaattcaagttgctcataattttcttgaggacatgatc 25231350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 8247861 - 8247454
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8247861 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 8247762  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8247761 ttcttcatattgagttgttgcaaaaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttaataaaagagcgttcttcacttcc 8247662  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8247661 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaataccacaataaatatc 8247562  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8247561 attaacaaaatacattgatgtcctcgcttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagctgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 8247462  T
Q  413 tatcaagt 420  Q
    ||||||||    
T  8247461 tatcaagt 8247454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Original strand, 340701 - 341108
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  340701 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 340800  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  340801 ttcttcatattgagttgttgtaagacccccattaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcaccatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 340900  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  340901 ttaattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgtttgactttattctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaataccacactaaatatc 341000  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  341001 attaacaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtacttcagaaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 341100  T
Q  413 tatcaagt 420  Q
    ||||||||    
T  341101 tatcaagt 341108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 209 - 328
Target Start/End: Original strand, 26457389 - 26457511
Alignment:
Q  209 ttccttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggc---aaaccaaaatacaacaat 305  Q
    ||||||||| |||||| |||| |||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |   ||| |||||||| |||||    
T  26457389 ttccttgatcatgttgtttctctaatgtacaaaatgtatgcttgactttgttccgatatctgtatttactaatattgacaaaaaaacaaaataccacaat 26457488  T
Q  306 aaatatcattaacaaaatacatt 328  Q
    | |||| ||||||||||||||||    
T  26457489 acatataattaacaaaatacatt 26457511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Original strand, 571460 - 571516
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  571460 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 571516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 16647808 - 16647752
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  16647808 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 16647752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 17622169 - 17622113
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  17622169 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 17622113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 25498438 - 25498382
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  25498438 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 25498382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 32147863 - 32147807
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  32147863 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 32147807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 42208291 - 42208235
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  42208291 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 42208235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 364 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 20124671 - 20124625
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatact 410  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||| ||||    
T  20124671 gaccaattcaagttgttcataattttcttgaggagatgatctttact 20124625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 318 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 5995008 - 5994919
Alignment:
Q  318 caaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatgg----tacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgat 403  Q
    |||||||||||  | || || |||||||||||||||||    || || ||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  5995008 caaaatacattagtatcttcgtttgaactaagatatggatggtattttagggccaattcaagtttttcatcattttctttaggacatgat 5994919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Original strand, 30674107 - 30674515
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30674107 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 30674206  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30674207 ttcttcatattgagttgttgcaaaaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 30674306  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30674307 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaataccacaataaatatc 30674406  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaa-ttcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatacta 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30674407 attaacaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtacttctgaaccaatttcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatacta 30674506  T
Q  412 atatcaagt 420  Q
    |||||||||    
T  30674507 atatcaagt 30674515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Original strand, 12659594 - 12660001
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  12659594 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttaacttcatagtgttcttcaaattagtagtgcttgagaatt 12659693  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  12659694 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagaattcttcacttcc 12659793  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12659794 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaataccacaataaatatc 12659893  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12659894 attaacaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 12659993  T
Q  413 tatcaagt 420  Q
    ||||||||    
T  12659994 tatcaagt 12660001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Original strand, 16326122 - 16326529
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16326122 aatatttattctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 16326221  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16326222 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaaaaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 16326321  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16326322 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgcctttgttccgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaataccacaataaatatc 16326421  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 412  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16326422 attaacaaaatacattgatgtcttcgtttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 16326521  T
Q  413 tatcaagt 420  Q
    ||||||||    
T  16326522 tatcaagt 16326529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Original strand, 1874400 - 1874810
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgac---tttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgaga 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1874400 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcaacgacgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgaga 1874499  T
Q  110 agtttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcact 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1874500 agtttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttaataaaagagcgttcttcact 1874599  T
Q  210 tccttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaat 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  1874600 tccttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttttgatatctgtatttactaacattggcaaagcaaaataccacaataaat 1874699  T
Q  310 atcattaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatac 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1874700 atcattaacaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtactttaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatac 1874799  T
Q  410 taatatcaagt 420  Q
    |||||||||||    
T  1874800 taatatcaagt 1874810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 23193838 - 23193431
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23193838 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 23193739  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23193738 ttctttatattgagttgttgtaagacccctattaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 23193639  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23193638 ttaattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgtttgactttattctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaataccacaataaatatc 23193539  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23193538 attaacaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtacttcaggatcaattcaagctgtttatcattttcttgaggacatgatttatactaa 23193439  T
Q  413 tatcaagt 420  Q
    ||||||||    
T  23193438 tatcaagt 23193431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 13 - 412
Target Start/End: Original strand, 25691601 - 25691992
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25691601 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 25691700  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    |||||||||||||||||||||         ||||| ||||| |||| ||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||| |||| ||||| |    
T  25691701 ttcttcatattgagttgttgc---------tttaataaatccacaattttattgtatttgtaaaatcattatccttaataaaagagcattctccactttc 25691791  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggc-aaaccaaaatacaacaataaatat 311  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| | ||| |||||||| |||||| ||||    
T  25691792 ttgattatgttgtttctttaagatgcaaaacatatgcttgactttgttatgatacctgtatttactaatattgacaaaaacaaaataccacaatacatat 25691891  T
Q  312 cattaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatacta 411  Q
     ||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||  |||||||||    
T  25691892 aattaacacaatacattaatgttctcgtttgaactaagatatggtacttcgagaccaattcaagttatttatcgttttctagaggacattttctatacta 25691991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 13 - 265
Target Start/End: Original strand, 42120151 - 42120394
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagttt-acttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaag 111  Q
    |||||||||| |||  |||||||||||| | |||||| ||||||||||||| || ||||||         |||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  42120151 aatatttgttatagaaactcaaaagttttaattgcagtgactttgttgaaagatttggttt---------gtcttcttcatattagcattgcttgagaag 42120241  T
Q  112 tttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttc 211  Q
    || |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| | |||| ||||||    
T  42120242 tt-cttcctattgagttgttgcaagagcacctttaagaaatcaacaagtttcttgtatttgtaaaatcatcatctttaataaaagatcattctccacttc 42120340  T
Q  212 cttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgat 265  Q
     |||||||||||| |||| ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  42120341 attgattatgttgtttctctaagatacaaaacgtatgtttgactttgttctgat 42120394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 72 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 13999694 - 13999548
Alignment:
Q  72 tatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagtt-tcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtact 170  Q
    |||||||||  |||||| |||||||| ||| ||||||   || ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| | || ||||| ||||| |    
T  13999694 tatcttcatgttcttctccaaattagcagttcttgaggtattatcttcattttgtgttgttgcaagagcccctttaagaaaaccacgagtttattgtatt 13999595  T
Q  171 tgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttccttgat 217  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||    
T  13999594 tgtaaaatcatcatctttaataaaagagcattcttcacttctttgat 13999548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 13 - 107
Target Start/End: Original strand, 4394159 - 4394254
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagttt-acttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttga 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||| |||| || |||||||||    
T  4394159 aatatttgttctagttactcaaaagttttacttgcagcaactttgttgaaagatctaatttatctttatagtcttcttgaaatcagcagtgcttga 4394254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 231 - 326
Target Start/End: Original strand, 7740393 - 7740489
Alignment:
Q  231 taagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggc-aaaccaaaatacaacaataaatatcattaacaaaataca 326  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| | ||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||    
T  7740393 taagatacaaaatgtatgcttgactttgttccgatatctgcatttactaatattgacaaaagcaaaataccacaatacatataattaacaaaataca 7740489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 303 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 13999428 - 13999310
Alignment:
Q  303 aataaatatcattaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcat-tttcttgaggacatg 401  Q
    |||| |||| |||||| |||||||||  |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  13999428 aatatatataattaacgaaatacattagtgtcctcacttgaactaagatatgatacttcaggaccaattcaaattgttcatcatatttcttgagaacatg 13999329  T
Q  402 atctatactaatatcaagt 420  Q
    || | |||| | |||||||    
T  13999328 atatttactcacatcaagt 13999310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 334 - 403
Target Start/End: Original strand, 26081872 - 26081940
Alignment:
Q  334 cctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgat 403  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26081872 cctcatttgaactaagatata-tacttcaggaccaatttaagttgttcatcattttcttgaggacatgat 26081940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 293 - 376
Target Start/End: Original strand, 42120404 - 42120486
Alignment:
Q  293 aaaatacaacaataaatatcattaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagt 376  Q
    ||||||| || ||| |||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||| | ||| |||||| ||||||||    
T  42120404 aaaataccacgatacatataattaacaaaatacattaatgtcctcgtttgaactaaaatatgat-ctttaggaccgattcaagt 42120486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Original strand, 12747327 - 12747383
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||    
T  12747327 gaccaattcaaattgttcataattttcttgaggacgtgatctttactcatatcaagt 12747383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Original strand, 20193367 - 20193423
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  20193367 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 20193423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 26996571 - 26996531
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatc 404  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  26996571 gaccaattcaagttgttcataattttcttgaggacatgatc 26996531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 340 - 392
Target Start/End: Original strand, 53147149 - 53147201
Alignment:
Q  340 ttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttctt 392  Q
    |||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||||||    
T  53147149 ttgaactatgatatggtactttagaatcaattcaagttgttcatcattttctt 53147201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 53981478 - 53981422
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  53981478 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 53981422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 220 - 290
Target Start/End: Original strand, 53146705 - 53146775
Alignment:
Q  220 tgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaa 290  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||||| ||||||||||||  || ||||| |||||||| |||| ||||    
T  53146705 tgttgtttatttaagatacaaattatatgtttgactttgttccaatgtctgtgtttactaatattgacaaa 53146775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 24 - 133
Target Start/End: Original strand, 26057853 - 26057965
Alignment:
Q  24 tagttactcaaaag-tttacttg-cagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagtt-tcttcat 120  Q
    |||||| ||||||| |||||||| ||| | |||||| |||| |  ||||||||| | ||| |||||| |||||||| |||| ||||||  || |||||||    
T  26057853 tagttattcaaaagatttacttgacagtgtctttgtagaaagaaatggtttatcattatactcttctccaaattagcagtgtttgagatattatcttcat 26057952  T
Q  121 attgagttgttgc 133  Q
    |||||||||||||    
T  26057953 attgagttgttgc 26057965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 50 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 53529409 - 53529321
Alignment:
Q  50 gactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagtt-tcttcatattgagttgttgcaaga 137  Q
    |||||||| ||||||| || ||||||| |||| |||||| |||||||| ||  |||||||  || |||||||||||||| |||| ||||    
T  53529409 gactttgtagaaatatatgatttatctccatactcttctccaaattagcagctcttgagatattatcttcatattgagtagttgaaaga 53529321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Original strand, 49487132 - 49487539
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49487132 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttggagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 49487231  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49487232 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttaataaaagagcgttcttcacttcc 49487331  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||    
T  49487332 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttttgatatctgtatttactaacattgccaaagcaaaataccacaataaatatc 49487431  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49487432 attaacaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 49487531  T
Q  413 tatcaagt 420  Q
    ||||||||    
T  49487532 tatcaagt 49487539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Original strand, 15752903 - 15753310
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15752903 aatatttattctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 15753002  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15753003 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaaaaggtttcttgtacttgtaaaatcatcatacttgataaaagagcgttcttcacttcc 15753102  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15753103 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgcctttgttttgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaataccacaataaatatc 15753202  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15753203 attaacaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtacttcaagaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 15753302  T
Q  413 tatcaagt 420  Q
    ||||||||    
T  15753303 tatcaagt 15753310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 21883175 - 21882768
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21883175 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 21883076  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21883075 ttcttcatattgagttgttgtaagacccccattaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcaccatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 21882976  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  21882975 ttaattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgtttgactttattctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaataccacactaaatatc 21882876  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21882875 attaacaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtacttcagaaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 21882776  T
Q  413 tatcaagt 420  Q
    ||||||||    
T  21882775 tatcaagt 21882768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 212 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 20454231 - 20454040
Alignment:
Q  212 cttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaacc-aaaatacaacaataaata 310  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||   ||||||| ||||| ||||    
T  20454231 cttgattatgttgtttctttaagatacaaaatgtatgcttgactttgt-ctgatatctgtatttactactattgacaaaaagaaaataccacaattaata 20454133  T
Q  311 tcattaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgat 403  Q
    | ||||| || ||||||| ||| |||| |||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  20454132 taattaataagatacattaatggcctcctttgaactaagatatgatacttcataaccaattaaagttgttcatcactttcttgaggacgtgat 20454040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 72 - 214
Target Start/End: Original strand, 52932872 - 52933015
Alignment:
Q  72 tatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagtt-tcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtact 170  Q
    |||||||||  |||||| |||||||| | || |||||| ||| |||| || ||||| |||||||| | |||  |||||| ||| |||||||| ||||| |    
T  52932872 tatcttcatgttcttctccaaattagcaatgattgagatgttatctttattttgagctgttgcaaaagcccacttaagagatccacaagttttttgtatt 52932971  T
Q  171 tgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcctt 214  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||  |||||||||||||    
T  52932972 tgtaaaatcatcatccttaataaaagtgcagtcttcacttcctt 52933015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 29225081 - 29224963
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaag-tttacttg-cagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgaga- 109  Q
    ||||||| |||||| |||||||||| |||||||  | |||||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||  || |||| ||| |||||||     
T  29225081 aatatttattctagctactcaaaagctttacttaacggcgactttgtagaaagatcaggtttatcttcatactcttctctaatttagaagtccttgagat 29224982  T
Q  110 agtttcttcatattgagtt 128  Q
    | | |||||||||||||||    
T  29224981 attatcttcatattgagtt 29224963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Original strand, 9725458 - 9725514
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  9725458 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 9725514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 13990217 - 13990161
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  13990217 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 13990161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 23343761 - 23343705
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  23343761 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 23343705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 364 - 405
Target Start/End: Original strand, 13981430 - 13981471
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatct 405  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||    
T  13981430 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatct 13981471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 352 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 26830380 - 26830312
Alignment:
Q  352 atggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    |||||||||||  ||||| | |||||||| |||||||| |||||||||| |||| |||| | |||||||    
T  26830380 atggtacttcaaaaccaagttaagttgttcatcatttttttgaggacattatctttactcacatcaagt 26830312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 11659929 - 11659522
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11659929 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatattcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 11659830  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11659829 ttcttcatattgagttgttgcaagaacccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagtgttcttcacttcc 11659730  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  11659729 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttattctgatatctgtatttactaacatttgcaaaccaaaataccacaataaatatc 11659630  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11659629 attaacaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaggatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacataatctatactaa 11659530  T
Q  413 tatcaagt 420  Q
    ||||||||    
T  11659529 tatcaagt 11659522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 420
Target Start/End: Original strand, 18535389 - 18535785
Alignment:
Q  24 tagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagtttcttcatatt 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18535389 tagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctgatttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagtttcttcatatt 18535488  T
Q  124 gagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttccttgattatgtt 223  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18535489 gagttgttgtaagacccccattaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttccttaattatgtt 18535588  T
Q  224 gcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatcattaacaaaat 323  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18535589 gtttctttaagatacaaaatatatgtttgactttattctgatatctgtatttactaacattagcaaaccaaaataccacaataaatatcattaacaaaat 18535688  T
Q  324 acattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18535689 acattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtacttcaagaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 18535785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 383
Target Start/End: Original strand, 37357137 - 37357507
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37357137 aatatttattctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 37357236  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37357237 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaaaaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 37357336  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37357337 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgcctttgttccgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaataccacaataaatatc 37357436  T
Q  313 attaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttat 383  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37357437 attaaaaaaatacattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttat 37357507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 13 - 412
Target Start/End: Original strand, 31093355 - 31093746
Alignment:
Q  13 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31093355 aatatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagt 31093454  T
Q  113 ttcttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcc 212  Q
    |||||||||||||||||||||         ||||| ||||| |||| ||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||| |||| ||||| |    
T  31093455 ttcttcatattgagttgttgc---------tttaataaatccacaattttattgtatttgtaaaatcattatccttaataaaagagcattctccactttc 31093545  T
Q  213 ttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggc-aaaccaaaatacaacaataaatat 311  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| | ||| |||||||| |||||| ||||    
T  31093546 ttgattatgttgtttctttaagatgcaaaacatatgcttgactttgttatgatacctgtatttactaatattgacaaaaacaaaataccacaatacatat 31093645  T
Q  312 cattaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatacta 411  Q
     ||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||  |||||||||    
T  31093646 aattaacacaatacattaatgttctcgtttgaactaagatatggtacttcgagaccaattcaagttatttatcgttttctagaggacattttctatacta 31093745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 379 - 420
Target Start/End: Original strand, 37359720 - 37359761
Alignment:
Q  379 tttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37359720 tttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 37359761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 226 - 282
Target Start/End: Original strand, 146025 - 146081
Alignment:
Q  226 ttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaaca 282  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||    
T  146025 ttctttaagatacaaattgtatgcttgactttgctgtaatatctatatttactaaca 146081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 15716007 - 15715951
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  15716007 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 15715951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 190 - 401
Target Start/End: Original strand, 27163794 - 27164006
Alignment:
Q  190 ataaaagagcgttcttcacttccttgattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaa 289  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||  ||||  |||| ||| ||| ||| | ||||||| ||||||||  ||||| ||| |||||||| |||| |||    
T  27163794 ataaaagagcattctaaacttccttgatattgttatttctctaatatataaattgtatgcttaactttgttaagatatttgtttttactaatattgacaa 27163893  T
Q  290 acc-aaaatacaac--aataaatatcattaacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcat 386  Q
    |   ||||||| |   |||  |||| ||||||||||||||    |||| || ||||||||||||||| |||||| | |||||||| ||| |||   ||||    
T  27163894 aaataaaataccatgaaatctatatgattaacaaaatacacg--tgtcatcgtttgaactaagatatagtacttaatgaccaatttaagatgtgcgtcat 27163991  T
Q  387 tttcttgaggacatg 401  Q
    |||||||||||||||    
T  27163992 tttcttgaggacatg 27164006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Original strand, 33493710 - 33493766
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  33493710 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 33493766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 365 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 26028132 - 26028087
Alignment:
Q  365 accaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatact 410  Q
    |||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||| ||||    
T  26028132 accaattcaagttgttcataactttcttgaggacatgatctttact 26028087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 15552264 - 15552208
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  15552264 gaccaattcaagttgttcataatctttttgaggacatgatctttactcacatcaagt 15552208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 220 - 343
Target Start/End: Original strand, 22576822 - 22576946
Alignment:
Q  220 tgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggc-aaaccaaaatacaacaataaatatcattaac 318  Q
    |||| ||||| |||| |||||| | |||||||||| ||| |   ||||||||||||||||| |||| | |||  ||||||| |||||| |||| || | |    
T  22576822 tgttccttctctaaggtacaaattgtatgcttgacattgctgcaatatctgtatttactaatattgacaaaaataaaataccacaatatatataataagc 22576921  T
Q  319 aaaatacattgatgtcctcttttga 343  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||    
T  22576922 aaaatacattagtgtcctcatttga 22576946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0102 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0102
Description:

Target: scaffold0102; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 13775 - 13370
Alignment:
Q  15 tatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatcttcatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagttt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13775 tatttgttctagttactcaaaagtttacttgcagcgactttgttgaaatatctggtttatctttatagtcttcttcaaattagtagtgcttgagaagttt 13676  T
Q  115 cttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatcaacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatccttgataaaagagcgttcttcacttcctt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13675 cttcatattgagttgttgcaagaccccctttaagaaatctacaagtttcttgtacttgtaaaatcatcatcctttataaaagagcgttcttcacttcctt 13576  T
Q  215 gattatgttgcttctttaagatacaaaatatatgcttgactttgttctgatatctgtatttactaacattggcaaaccaaaatacaacaataaatatcat 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||    
T  13575 gattatgttgcttctttaagatacaaaatataagcttgactttgttctggtatctgtatttactaacattgacaaaccaaaataccataataaatatcat 13476  T
Q  315 taacaaaatacattgatgtcctcttttgaactaagatatggtacttcaggaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaata 414  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13475 taacaaaatatattgatgtcctcgtttgaactaagatatggtactttaggaccaaatcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatacaaata 13376  T
Q  415 tcaagt 420  Q
    ||||||    
T  13375 tcaagt 13370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0461 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0461
Description:

Target: scaffold0461; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Original strand, 13363 - 13419
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  13363 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 13419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Original strand, 346447 - 346503
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  346447 gaccaattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 346503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 365 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 25395115 - 25395060
Alignment:
Q  365 accaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    |||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  25395115 accaattcaagttgttcataactttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 25395060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 367 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 14852024 - 14851971
Alignment:
Q  367 caattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  14852024 caattcaaattgttcatgattttcttgaggacatgatctttactcacatcaagt 14851971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 364 - 420
Target Start/End: Original strand, 17270853 - 17270909
Alignment:
Q  364 gaccaattcaagttgtttatcattttcttgaggacatgatctatactaatatcaagt 420  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||| |||| | |||||||    
T  17270853 gaccaattcaaattgttcattattttcttgaggacgtgatctttactcacatcaagt 17270909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University