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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1343_low_94 (Length: 391)
Name: NF1343_low_94
Description: NF1343
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1343_low_94 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 42 - 383
Target Start/End: Original strand, 9305659 - 9306000
Alignment:
| Q |
42 |
tttgtgttatgttaccaaggtcttgactctatttatataagatgtattcatcatattgattggtggataattattaaattcatatgataatgatttttaa |
141 |
Q |
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| T |
9305659 |
tttgtgttatgttaccaaggtcttgactctatttatataagatgtattcatcatattgattggtggataattattaaattcatatgataatgatttttaa |
9305758 |
T |
|
| Q |
142 |
taaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacattg |
241 |
Q |
| |
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| T |
9305759 |
taaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacattg |
9305858 |
T |
|
| Q |
242 |
tgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtatgaggttcatgatgaatatagctggcatgttttcagtt |
341 |
Q |
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| T |
9305859 |
tgaatttattaatgatactgcatgtgatattttgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggttcatgatgaatatagctggcatgttttcagtt |
9305958 |
T |
|
| Q |
342 |
agaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctccctatgct |
383 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
9305959 |
agaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctccctatgct |
9306000 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 42 - 376
Target Start/End: Original strand, 9352185 - 9352518
Alignment:
| Q |
42 |
tttgtgttatgttaccaaggtcttga--ctctatttatataagatgtattcatcatattgattggtggataattattaaattcatatgataatgattttt |
139 |
Q |
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| T |
9352185 |
tttgtgtgatgttaccaagttcttgaatctctatttatataagaggtattcgtcatattgattggttgataattattaaattcatatgataatgaaatt- |
9352283 |
T |
|
| Q |
140 |
aataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacat |
239 |
Q |
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|
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| T |
9352284 |
aataaaataaacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcatgattt--cctttaaatatggtaagcttgttacatgttttcccaacat |
9352381 |
T |
|
| Q |
240 |
tgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtatgaggttcatgatgaatatagctggcatgttttcag |
339 |
Q |
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|
|
| T |
9352382 |
tgtgaatatgtgaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggttcatgatgaatatagctggcatgttttcag |
9352481 |
T |
|
| Q |
340 |
ttagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctcc |
376 |
Q |
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| T |
9352482 |
ttagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctcc |
9352518 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 42 - 333
Target Start/End: Original strand, 9302040 - 9302326
Alignment:
| Q |
42 |
tttgtgttatgttaccaaggtcttgactc--tatttatataagatgtattcatcatattgattggtggataattattaaattcatatgataatgattttt |
139 |
Q |
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| T |
9302040 |
tttgtgtgatgttaccaagttcttgactccctatttatataagaggtattcatcatattgattggttgataattgttaaattgatataataatga-aatt |
9302138 |
T |
|
| Q |
140 |
aataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacat |
239 |
Q |
| |
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|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
9302139 |
aataaaatatgcagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgca-ggatttccctttaaatatggtaagcttgtttgatgt-----caacat |
9302232 |
T |
|
| Q |
240 |
tgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtatgaggttcatgatgaatatagctggcatgt |
333 |
Q |
| |
|
||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9302233 |
tgtgaatatgtgaatgatattgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggtgcatgatgaatatagctggcatgt |
9302326 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 138 - 338
Target Start/End: Original strand, 9293287 - 9293487
Alignment:
| Q |
138 |
ttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaac |
237 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9293287 |
ttaataaaatagacagcagttgttaatgatggtgtagagcatgtggtgcctacatgaattgccatttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaac |
9293386 |
T |
|
| Q |
238 |
attgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatg-atattgaaatgagtatgaggttcatgatgaatatagctggcatgtttt |
336 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
9293387 |
attgtgaatttattaatgagactgcatgtgttattctgctagatgc-tatgaatattgaaatgagtttgaggtgcatgatgaatatagctggcatgtctt |
9293485 |
T |
|
| Q |
337 |
ca |
338 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
9293486 |
ca |
9293487 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 138 - 333
Target Start/End: Original strand, 9288766 - 9288961
Alignment:
| Q |
138 |
ttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaac |
237 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9288766 |
ttaataaaatagacagcagttgttaaggatggtgtagagcatgtggtgcctacataaattgccatttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaac |
9288865 |
T |
|
| Q |
238 |
attgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatg-atattgaaatgagtatgaggttcatgatgaatatagctggcatgt |
333 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9288866 |
attgagaatttattaatgatactgcatgtgttattctgcaagatgc-tatgaatattgaaatgagtttgagatgcatgatgaatatagctggcatgt |
9288961 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 140 - 333
Target Start/End: Original strand, 9297896 - 9298089
Alignment:
| Q |
140 |
aataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacat |
239 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||||||||| | | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9297896 |
aataaaatatgcagcagttgttaaggatggtgttgagcatgtggtgtcaatatggatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacat |
9297995 |
T |
|
| Q |
240 |
tgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtatgaggttcatgatgaatatagctggcatgt |
333 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
9297996 |
tgtgaatatattaatgatactgcatgtgttattctgcaagatgcttatgatattaaaatgagtttgagatgcatgatgaatatagctgccatgt |
9298089 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 140 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 9373260 - 9373067
Alignment:
| Q |
140 |
aataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacat |
239 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9373260 |
aataaaatagagggcagttgttaatgatggagtagagcatgtggtgcctacatgaattttcctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacat |
9373161 |
T |
|
| Q |
240 |
tgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatg-atattgaaatgagtatgaggttcatgatgaatatagctggcatgt |
333 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9373160 |
tgtgaatttattaatgatactgcatgtgttattctgcaagatgc-catgaatattaaaatgagtttgagatgcatgatgaatatagctggcatgt |
9373067 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 42 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 9367432 - 9367149
Alignment:
| Q |
42 |
tttgtgttatgttaccaaggtcttgactct--atttatataagatgtattcatcatattgattggtggataattattaaattcatatgataatgattttt |
139 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
9367432 |
tttgtgtgatgttaccaagttcttgactctctatttatataagaggtattcatcatattgattggttgagaattattaaattcatatgataatga-aatt |
9367334 |
T |
|
| Q |
140 |
aataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacat |
239 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |
|
|
| T |
9367333 |
aataaaatatgaagcacttgtcggtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcatg-attcccctttgaatatggtaagcttgttagatgttttcccaacat |
9367235 |
T |
|
| Q |
240 |
tgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtatgaggttcatgatgaatatagctggcatgt |
333 |
Q |
| |
|
||||||| | | ||||||| ||||||| || |||||| |||||||| |||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9367234 |
tgtgaatatttgaatgatatagcatgtgttaatctgca--------atgatattaaaatgagtttgaggtgcacgatgaatatagctggcatgt |
9367149 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 42 - 376
Target Start/End: Original strand, 9332460 - 9332805
Alignment:
| Q |
42 |
tttgtgttatgttaccaaggtcttga--ctctatttatataagatgtattcatcatattgattggtggataattattaaattcatatgataatgattt-t |
138 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| | || | |
|
|
| T |
9332460 |
tttgtgtgatgttaccaagttcttgatgctctatttatataagaggtattcgtcatattgattggttgataattatttaattcatataata-taataagt |
9332558 |
T |
|
| Q |
139 |
taataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaaca |
238 |
Q |
| |
|
| ||||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||| |||| ||||||| ||||| ||| || |
|
|
| T |
9332559 |
tgataaaatatgcagtacttgttgatgatggtttagagcatgtggtgcctgtatga-tttccttttgaatatagtaaccttgttagatgttttcccagca |
9332657 |
T |
|
| Q |
239 |
ttgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtatgaggttcatgatgaatatagctggcatgtttt-- |
336 |
Q |
| |
|
|||||||| | | |||| || ||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||| | |||| | ||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
9332658 |
ttgtgaatatgtgaatggtatcgcatgtggtattatgcaagatgct-atgatattaaaatgaatttgagatgcatgatgaatatagctggcatgtcttcc |
9332756 |
T |
|
| Q |
337 |
---------cagttagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctcc |
376 |
Q |
| |
|
|| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9332757 |
tagtgttggcaatcagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctcc |
9332805 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 138 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 9309711 - 9309552
Alignment:
| Q |
138 |
ttaataaaatatacagcacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaac |
237 |
Q |
| |
|
||||||||||| | ||||||||| | ||||| |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||| |
|
|
| T |
9309711 |
ttaataaaatagttatcacttgttaatcatggtttagagcatgtggtgcctgcatggatttccctttgaatatggtaagcttgtcatacctctacccaac |
9309612 |
T |
|
| Q |
238 |
attgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaat |
298 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
9309611 |
attgtgaatatgttaatgatattgcatgtgatactctgcaagatgc-tctgatattgaaat |
9309552 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 154 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 9348731 - 9348588
Alignment:
| Q |
154 |
cacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacattgtgaatttattaa |
253 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||| ||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||| |||| | || | |||||||||||||| | |||| |
|
|
| T |
9348731 |
cacttgttaatcatggtttagagcatgtgctggctgcatgaatttccatttgaatatggtaaggttgtcatatctctacccaacattgtgaatatgttaa |
9348632 |
T |
|
| Q |
254 |
tgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaat |
298 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
9348631 |
tgatattgcatgtgatactctgcaagatgc-tatgatattgaaat |
9348588 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 154 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 9356101 - 9355958
Alignment:
| Q |
154 |
cacttgttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttagtccaacattgtgaatttattaa |
253 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||| ||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||| |||| | || | |||||||||||||| | |||| |
|
|
| T |
9356101 |
cacttgttaatcatggtttagagcatgtgctggctgcatgaatttccatttgaatatggtaaggttgtcatatctctacccaacattgtgaatatgttaa |
9356002 |
T |
|
| Q |
254 |
tgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaat |
298 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
9356001 |
tgatattgcatgtgatactctgcaagatgc-tctgatattgaaat |
9355958 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 340 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 9367131 - 9367095
Alignment:
| Q |
340 |
ttagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctcc |
376 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
9367131 |
ttagaaaacctcattagtcaccaattagcttgcctcc |
9367095 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 6 - 38
Target Start/End: Original strand, 31581832 - 31581864
Alignment:
| Q |
6 |
aaaatatccattggatttgaatgcaacagctag |
38 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31581832 |
aaaatatccattggatttgaatgcaacagctag |
31581864 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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