View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13441_high_1 (Length: 782)

Name: NF13441_high_1
Description: NF13441
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13441_high_1
NF13441_high_1
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (18-770)||(12424992-12425744)
chr6 (44-667)||(12268044-12268667)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (44-670)||(55958241-55958872)
chr4 (59-668)||(55954703-55955315)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (111-539)||(41795521-41795954)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (459-630)||(7141377-7141548)
chr5 (459-630)||(7154147-7154318)
chr5 (553-630)||(7131653-7131730)
chr5 (300-379)||(7141631-7141710)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 721; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 721; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 770
Target Start/End: Original strand, 12424992 - 12425744
Alignment:
Q  18 aaaatgtgtgttgttagcattcctctataatcaaatataccgagttggaatcaaaaacaggttgtttttcctagacaccgtagctccaaagacttcagtc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12424992 aaaatgtgtgttgttagcattcctctgtaatcaaatatactgagttggaatcaaaaacaggttgtttttcctagacaccgtagctccaaagacttcagtc 12425091  T
Q  118 atatctaagtcctcttctttcatttcattaggaattttccagtcgaagtggtaaagtaatgcagccagaggaagctcaatatttgccaagccaaacaaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12425092 atatctaagtcctcttctttcatttcattaggaattttccagtcgaagtggtaaagtaatgcagccagaggaagctcaatatttgccaagccaaacaaaa 12425191  T
Q  218 ttcctggacacattcttcttcctcctccaaaagggaaatactgaaagctattatcattcactttattgaaatcaaaaccattactatcatgaaacctctc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12425192 ttcctggacacattcttcttcctcctccaaaagggaaatactgaaagctattatcattcactttattaaaatcaaaaccagtactatcatgaaacctctc 12425291  T
Q  318 cggtataaacttctcagcatcagaccaatgttcgggatctcttccaattgcccatgcatttaatattaagttagtctttaaaggtatttcatatccacct 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12425292 cggtataaacttctcagcatcagaccaatgttcgggatctcttccaattgcccatgcatttaatattaagttagtttttaaaggtatttcatatccacct 12425391  T
Q  418 atgttgcacgcttccctgcattctctcatgagcaatgtagcaggtgggtgtaacctcagggtttctttgatcactaacttcaagtacccaagtttatgta 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12425392 atgttgcacgcttccctgcattctctcatgagcaatgtagcaggtgggtgtaacctcagggtttctttgatcactaacttcaagtacccaagtttatgta 12425491  T
Q  518 gatcactctcatatattctcttcttacctttaacagcttctcttatttcagcttgtgccttcttcatcactcttgggtttttcattaactctgacatagc 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12425492 gatcactctcatatattctcttcttacctttaacagcttctcttatttcagcttgtgccttcttcatcactcttgggtttttcattaactctgacatagc 12425591  T
Q  618 ccactctattgttattgctgaagtatcactcccaccaccaaacatgtcctgttaaacaataatagggagtaaagttattggtcaggtttcgaagttgttc 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12425592 ccactctattgttattgctgaagtatcactcccaccaccaaacatgtcctgttaaacaataatggggagtaaagttattggtcaggtttcgaagttgttc 12425691  T
Q  718 gatttataaatttgtttcagcaacctcatcatttaagctagtttttgtgatga 770  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12425692 gatttataaatttgtttcagcagcctcatcatttaagctaatttttgtgatga 12425744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 44 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 12268667 - 12268044
Alignment:
Q  44 ataatcaaatataccgagttggaatcaaaaacaggttgtttttcctagacaccgtagctccaaagacttcagtcatatctaagtcctcttctttcatttc 143  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  12268667 ataatcaaatatatggagttggaatcaaaaacaggttgtttttcctagacaccgtagctccatattcttcagtcatatcaaagtcttctgctttcatttc 12268568  T
Q  144 attaggaattttccagtcgaagtggtaaagtaatgcagccagaggaagctcaatatttgccaagccaaacaaaattcctggacacattcttcttcctcct 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12268567 attaggaattttccagtcgaagtggtaaagtaaggcagccagaggaagctcaatatttgctaaaccaaacaaaactcctggacacattcttcttcctcct 12268468  T
Q  244 ccaaaagggaaatactgaaagctattatcattcactttattgaaatcaaaaccattactatcatgaaacctctccggtataaacttctcagcatcagacc 343  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  12268467 ccaaaagggatgtactgaaagctattatcattcactttattaaaatcaaaaccagtattatcatgaaacctctcaggtataaacttctctgcatcagacc 12268368  T
Q  344 aatgttcgggatctcttccaattgcccatgcatttaatattaagttagtctttaaaggtatttcatatccacctatgttgcacgcttccctgcattctct 443  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12268367 aatgattgggatctcttccaattgcccatgcatttaatattaaattagtctttataggtatttcatatcctcctatgttgcatgcttccctgcattctct 12268268  T
Q  444 catgagcaatgtagcaggtgggtgtaacctcagggtttctttgatcactaacttcaagtacccaagtttatgtagatcactctcatatattctcttctta 543  Q
      | || | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||| ||| | |||||| ||||| ||||||||||||    
T  12268267 tgtaagtattgcaccaggtgggtgtaacctcagggtttctttgatcactgacttcaagtaactaagttcatgcaaatcactttcataaattctcttctta 12268168  T
Q  544 cctttaacagcttctcttatttcagcttgtgccttcttcatcactcttgggtttttcattaactctgacatagcccactctattgttattgctgaagtat 643  Q
    ||||||  | |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  12268167 cctttacaaacttctcttatttcagcttgtgctttcatcctcactctagggtttttcattaactctgacatagcccaatctattgttattgctgaagaat 12268068  T
Q  644 cactcccaccaccaaacatgtcct 667  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||    
T  12268067 cactcgcaccagcaaacatgtcct 12268044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 44 - 670
Target Start/End: Original strand, 55958241 - 55958872
Alignment:
Q  44 ataatcaaatataccgagttggaatcaaaaacaggttgtttttcctagacaccgtagctccaaagacttcagtcatatctaagtcctcttctttcatttc 143  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||   |||||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||| |    
T  55958241 ataatcaaatatatggagttggaatcaaatacaggttgtttctcctagccacaacagctccaaaggcttcagtcatatccaagtcctctggtttcattcc 55958340  T
Q  144 attaggaattttccagtcgaagtggtaaagtaatgcagccagaggaagctcaatatttgccaagccaaacaaaattcctggacacattcttcttcctcct 243  Q
    |||||||| || ||| | |||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55958341 attaggaagttcccaattgaagtgatacaataatgcagcaagaggaagctcaatattagctaagccaaacaaaattcctggacacattcttcttcctcct 55958440  T
Q  244 ccaaaagggaaatactgaaagctattatcatt------cactttattgaaatcaaaaccattactatcatgaaacctctccggtataaacttctcagcat 337  Q
    ||||||||||  || | |||| |||||| |||      ||||||||| |||||||||   ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  55958441 ccaaaagggatgtattcaaagttattattattactattcactttattaaaatcaaaatatttactgtcatgaaacctctcaggtataaacttctctgcat 55958540  T
Q  338 cagaccaatgttcgggatctcttccaattgcccatgcatttaatattaagttagtctttaaaggtatttcatatccacctatgttgcacgcttccctgca 437  Q
    || |||||| || |||||||||||  |||||||| ||||||| ||  |  ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  55958541 cataccaatatttgggatctcttcacattgcccaagcatttactaacacattagtctttattggtatttcatatccacctatgttgcatgcttccctgca 55958640  T
Q  438 ttctctcatgagcaatgtagcaggtgggtgtaacctcagggtttctttgatcactaacttcaagtacccaagtttatgtagatcactctcatatattctc 537  Q
    |||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| | |||||||| | |||||  |||||||||||||||||| |||||    
T  55958641 ttctcttataagcaaagtagcaggtggatgtaacctcatagtttctttgatcactgaattcaagtaactaagttcttgtagatcactctcatatgttctc 55958740  T
Q  538 ttcttacctttaacagcttctcttatttcagcttgtgccttcttcatcactcttgggtttttcattaactctgacatagcccactctattgttattgctg 637  Q
    || ||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||  |||||    
T  55958741 tttttacctttaaaggtttctcttatttcagattgtgccttcttcatcactcttgggtttttcatcaactctgacattgcccagtctattgttcctgctg 55958840  T
Q  638 aagtatcactcccaccaccaaacatgtcctgtt 670  Q
    |||||||||| ||  || |||||||||||||||    
T  55958841 aagtatcacttccggca-caaacatgtcctgtt 55958872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 59 - 668
Target Start/End: Original strand, 55954703 - 55955315
Alignment:
Q  59 gagttggaatcaaaaacaggttgtttttcctagacaccgtagctccaaagacttcagtcatatctaagtcctcttctttcatttcattaggaattttcca 158  Q
    |||||||||||||| |||||   ||| |||||| | | | |||||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||| || |||    
T  55954703 gagttggaatcaaatacaggccatttctcctagccgctgcagctccaaaggcttcagtcatatccaagtcctctggtttcattccattaggaagttccca 55954802  T
Q  159 gtcgaagtggtaaagtaatgcagccagaggaagctcaatatttgccaagccaaacaaaattcctggacacattcttcttcctcctccaaaagggaaatac 258  Q
     | |||||| || |  |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |  ||     
T  55954803 attgaagtgatacaacaatgcagccagaggaagctcaatattagctaagccaagcgaaattcccggacacattcttcttcctcccccaaaaggcatgtaa 55954902  T
Q  259 tgaaagctattatcatt---cactttattgaaatcaaaaccattactatcatgaaacctctccggtataaacttctcagcatcagaccaatgttcgggat 355  Q
    | ||||||||||| |||   || |||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| || |||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||    
T  55954903 tcaaagctattattattgttcaatttattaaaatcaaaaccagtactatcattaaacctttcaggtataaacttctttgcatcataccaatgtttgggat 55955002  T
Q  356 ctcttccaattgcccatgcatttaatattaagttagtctttaaaggtatttcatatccacctatgttgcacgcttccctgcattctctcatgagcaatgt 455  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    ||||| ||    
T  55955003 ctcttccaattgcccatgcatttactatcacgctagtctttattggtatttcatatccatctatgttgcaagcttccctgcattctcttggaagcaaagt 55955102  T
Q  456 agcaggtgggtgtaacctcagggtttctttgatcactaacttcaagtacccaagtttatgtagatcactctcatatattctcttcttacctttaacagct 555  Q
    |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  55955103 aaaaggtgggtgtaacctcatggtttctttgatcactgacttcaagtaactaagttcatgtagatcactctcatatattctctttttccctttaacagct 55955202  T
Q  556 tctcttatttcagcttgtgccttcttcatcactcttgggtttttcattaactctgacatagcccactctattgttattgctgaagtatcactcccaccac 655  Q
    ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||     
T  55955203 tctcttatttcggattgtgctttcttcatcactcttgagtttttcatcaactctgacatagcccactctattactgttgctgaagtatcactcccagcag 55955302  T
Q  656 caaacatgtcctg 668  Q
    | ||||| |||||    
T  55955303 cgaacatatcctg 55955315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 137; Significance: 4e-71; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 111 - 539
Target Start/End: Original strand, 41795521 - 41795954
Alignment:
Q  111 ttcagtcatatctaagtcctcttctttcatttcattaggaattttccagtcgaagtggtaaagtaatgcagccagaggaagctcaatatttgccaagcca 210  Q
    ||||||| |||||||||| |||  ||||||| ||||||||| || ||| | |||||| |  |  |||||||| |||||||||||||| || || ||||||    
T  41795521 ttcagtcttatctaagtcgtctggtttcattccattaggaagttcccaattgaagtgatgcaacaatgcagctagaggaagctcaatgttagctaagcca 41795620  T
Q  211 aacaaaattcctggacacattcttcttcctcctccaaaagggaaatactgaaagctattatca---ttcactttattgaaatcaaaaccattactatcat 307  Q
    | | ||||||| |||||||||||||||||| | | | ||||||  || | |||| |||||| |   ||||||||||| || |||||| | ||||| || |    
T  41795621 agcgaaattcccggacacattcttcttccttccctagaagggatgtattcaaagttattattactattcactttattaaattcaaaatctttactgtcct 41795720  T
Q  308 gaaacctctccggtataaacttctcagcatcagaccaatgttcgggatctcttccaattgcccatgcatttaatattaagttagtctttaaaggtatttc 407  Q
    |||||||||   ||||||| || || |||||| | |||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||| |   ||||||||| |||||||||    
T  41795721 gaaacctcttatgtataaaattatctgcatcatatcaatatttgggatctcttccgattgcccatgcatttactatcacactagtctttataggtatttc 41795820  T
Q  408 atatccacctatgttgcacgcttccctgcattctctcatgagcaatgtagcaggtgggtgtaac--ctcagggtttctttgatcactaacttcaagtacc 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||| |||  |||||| ||||||  ||||  ||||||||||||||| |||| ||||| |    
T  41795821 atatccacctatgttgcacgcttccctgcattctcttggaagcaaagtaaaaggtggatgtaacctctcattgtttctttgatcactgactttaagtaac 41795920  T
Q  506 caagtttatgtagatcactctcatatattctctt 539  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41795921 caagttcatgtagatcactctcatatattctctt 41795954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 459 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 7141548 - 7141377
Alignment:
Q  459 aggtgggtgtaacctcagggtttctttgatcactaacttcaagtacccaagtttatgtagatcactctcatatattctcttcttacctttaacagcttct 558  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||| | || |||| | |||||||||   | |||||| || |  |||| |    
T  7141548 aggtgggtgtaacctcaatgtttctttgatcactaactttaagtaacttagtttctctacatcagtttcatatattagttccttaccattgaatgcttgt 7141449  T
Q  559 cttatttcagcttgtgccttcttcatcactcttgggtttttcattaactctgacatagcccactctattgtt 630  Q
    |||| ||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| |  |||||||||||||| |||||||||    
T  7141448 cttaattcagcttgtgccttctccctcactcttggatttttcatcatttctgacatagcccattctattgtt 7141377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 459 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 7154318 - 7154147
Alignment:
Q  459 aggtgggtgtaacctcagggtttctttgatcactaacttcaagtacccaagtttatgtagatcactctcatatattctcttcttacctttaacagcttct 558  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||    |||| || |||||||   ||| ||||| | ||||| ||||| |  ||||||    
T  7154318 aggtgggtgtaacctcattgtttctttgatcactaacttaaagtaagttagttcatttagatcagattcagatattattttctttcctttgaatgcttct 7154219  T
Q  559 cttatttcagcttgtgccttcttcatcactcttgggtttttcattaactctgacatagcccactctattgtt 630  Q
    |||| |||||||||||| || |   |||| ||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||    
T  7154218 cttagttcagcttgtgctttttctctcacacttggatttttcatcatttctgacatagcccactctattgtt 7154147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 553 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 7131730 - 7131653
Alignment:
Q  553 gcttctcttatttcagcttgtgccttcttcatcactcttgggtttttcattaactctgacatagcccactctattgtt 630  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |  |||||||| |||||  ||||||||    
T  7131730 gcttctcttatttcagcttgtgccttgttcatcacacttgggtttttcatcagttctgacatggcccatactattgtt 7131653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 300 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 7141710 - 7141631
Alignment:
Q  300 actatcatgaaacctctccggtataaacttctcagcatcagaccaatgttcgggatctcttccaattgcccatgcattta 379  Q
    |||||||| ||||||||| || |||||| |||||||||||  ||||| ||  ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  7141710 actatcatcaaacctctctggaataaacctctcagcatcattccaatatttaggatctcttcctattgcccacgcattta 7141631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University