View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13441_high_10 (Length: 530)

Name: NF13441_high_10
Description: NF13441
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13441_high_10
NF13441_high_10
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (70-523)||(12247958-12248411)
chr2 (70-513)||(11994528-11994972)
chr2 (252-444)||(32682113-32682311)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (70-450)||(42128393-42128773)
chr5 (74-456)||(42123003-42123385)
chr5 (117-450)||(42117298-42117631)
chr5 (86-448)||(34232986-34233348)
chr5 (70-399)||(41713800-41714129)
chr5 (86-450)||(34240757-34241121)
chr5 (70-360)||(41572300-41572590)
chr5 (70-360)||(41617939-41618229)
chr5 (158-387)||(41443952-41444181)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (70-450)||(8522622-8523002)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (74-424)||(11117666-11118016)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (70-444)||(25523231-25523605)
chr6 (211-443)||(24140490-24140722)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 70 - 523
Target Start/End: Original strand, 12247958 - 12248411
Alignment:
Q  70 caagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttattggaaaggtctaaaactgcaaga 169  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12247958 caagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaactgcaaga 12248057  T
Q  170 aagcctaaattggttaattttgctggaatcacatcaatgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaa 269  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12248058 aagcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaa 12248157  T
Q  270 taggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcaccaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaa 369  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12248158 taggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcatcaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaa 12248257  T
Q  370 atcaataattactaagatgtttggaattttaaccaatgtcattttgttcccttttgacgccacaatcacagaatcatagtagagtgcaattgatcggatg 469  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12248258 atcaataattactaagatgtttggaattttaacccatgtcattttgttcccttttgatgccacaatcacagaatcatagtagggtgcaattgatcggatg 12248357  T
Q  470 gagactgggttggccctattgttaagacctagctgccctatattcttcgacatg 523  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  12248358 gagactgggttggccctattgttaagacctagctgccctatattattcgtcatg 12248411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 70 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 11994972 - 11994528
Alignment:
Q  70 caagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcg-aactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttattggaaaggtctaaaactgcaag 168  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11994972 caagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcggaactgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaactgcaag 11994873  T
Q  169 aaagcctaaattggttaattttgctggaatcacatcaatgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttggga 268  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11994872 aaagcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttggga 11994773  T
Q  269 ataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcaccaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgaca 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11994772 ataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcatcaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgaca 11994673  T
Q  369 aatcaataattactaagatgtttggaattttaaccaatgtcattttgttcccttttgacgccacaatcacagaatcatagtagagtgcaattgatcggat 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11994672 aatcaataattactaagatgtttggaattttaacccatgtcattttgttcccttttgacgccacaatcacagaatcatagtagggtgcaattgatcggat 11994573  T
Q  469 ggagactgggttggccctattgttaagacctagctgccctatatt 513  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  11994572 ggagactgggttggccctattgaaaagacctagcagccctatatt 11994528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 252 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 32682311 - 32682113
Alignment:
Q  252 ttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataa------gtgcttgaagctcaccaataacatttggaatctc 345  Q
    |||||||||||| ||||||| || |  ||||||||||||||||||||||||||||| | |      |||| |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  32682311 ttcccatggattggggaatatgatcggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctctgattctgagtgcatgaagctccccaatagcatttggaatctc 32682212  T
Q  346 tccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattactaagatgtttggaattttaaccaatgtcattttgttcccttttgacgccacaatcacagaatc 444  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |  |||||||||| || | |||||||||| ||||||||| | ||| | ||||||||||    
T  32682211 tccttcaaatctgtttcttgacaaatcaatacttacaaagtttcttggaattttcactagtgtcattttgctcccttttgtccccatagtcacagaatc 32682113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 70 - 450
Target Start/End: Original strand, 42128393 - 42128773
Alignment:
Q  70 caagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttattggaaaggtctaaaactgcaaga 169  Q
    |||||||||| |||| |||||||||| |||||| | ||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||    
T  42128393 caagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgcggtccttgaggtatttctcccactagatggttatttgaaagatctaagacttcaaga 42128492  T
Q  170 aagcctaaattggttaattttgctggaatcacatcaatgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaa 269  Q
    || || |||||| |||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42128493 aaacccaaattgcttaattctgcaggaatcacatcagtgagcacatttgatgagagatccaaccattccaagtttgtcaagtttcccatggattttggaa 42128592  T
Q  270 taggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcaccaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaa 369  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42128593 tagggccaatgagtttgttatgggaaaggttgagtcctattagtgcatgaagctcaccaaaatcatttggaatatctccttcaaatttgtttcttgacaa 42128692  T
Q  370 atcaataattactaagatgtttggaattttaaccaatgtcattttgttcccttttgacgccacaatcacagaatcatagta 450  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  42128693 atcaataattacaaagatatttggaattttcaccaatgtccttttgttcccttttgtcgccacaatcatagaatcatagta 42128773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 74 - 456
Target Start/End: Original strand, 42123003 - 42123385
Alignment:
Q  74 tttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttattggaaaggtctaaaactgcaagaaagc 173  Q
    |||||| |||| |||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||| ||| |||||||||    
T  42123003 tttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttatttgaaatatctaagacttcaagaaagc 42123102  T
Q  174 ctaaattggttaattttgctggaatcacatcaatgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaatagg 273  Q
    | |||||||||| || ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||| |||||||||    
T  42123103 ccaaattggttagttctgcaggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccaaccattccaagtttgacaagtatccaattgattggggaatagg 42123202  T
Q  274 accaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcaccaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatca 373  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42123203 accattgagtctgttatgggaaaggttaagccctatgagtgcatgtagctttccaatagcatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacatatca 42123302  T
Q  374 ataattactaagatgtttggaattttaaccaatgtcattttgttcccttttgacgccacaatcacagaatcatagtagagtgc 456  Q
    ||| |||| ||  | |||||||||||||| | |||||||||| | |||||||  |||||  ||||||||||| ||||| ||||    
T  42123303 atacttacaaacttttttggaattttaacgagtgtcattttggttccttttgttgccacggtcacagaatcagagtagtgtgc 42123385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 9e-96
Query Start/End: Original strand, 117 - 450
Target Start/End: Original strand, 42117298 - 42117631
Alignment:
Q  117 cttgaggtatttctcccactagatggttattggaaaggtctaaaactgcaagaaagcctaaattggttaattttgctggaatcacatcaatgagcatatt 216  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |  || |||  ||||||| ||||||||||||||| ||| || |||| | |  | ||||||||    
T  42117298 cttgaggtatttttcccactagatggttattggaaagattcaagacttgaagaaagtctaaattggttaattctgcagggatcataccggtaagcatatt 42117397  T
Q  217 tgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgct 316  Q
    ||| ||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||     
T  42117398 tgacgagagatccaatgattccaagtttgacaagtttcccatggatttgggaatatgaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgca 42117497  T
Q  317 tgaagctcaccaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattactaagatgtttggaattttaaccaatgtcattttgt 416  Q
    || || || |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||     
T  42117498 tggaggtctccaatagcatttggaatctctccctcaaatttgttttttgacaaatcaataattacaaaaatgtttggaattttcaccaatgtcattttgc 42117597  T
Q  417 tcccttttgacgccacaatcacagaatcatagta 450  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  42117598 tcccttttgtcgacacaatcacagaatcatagta 42117631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 86 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 34233348 - 34232986
Alignment:
Q  86 gaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttattggaaaggtctaaaactgcaagaaagcctaaattggtta 185  Q
    |||||||||| |||||| | ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||| |||||  |   ||||||||||    
T  34233348 gaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggtta 34233249  T
Q  186 attttgctggaatcacatcaatgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtct 285  Q
    ||| ||| ||||||| | || ||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||   |||||||  |||||||||||| |||||||    
T  34233248 attctgcaggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaataggaccagtgagtct 34233149  T
Q  286 gttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcaccaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattactaag 385  Q
    |||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||| || || ||| ||||||||||  |||| | ||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||    
T  34233148 gttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatacttacaaag 34233049  T
Q  386 atgtttggaattttaaccaatgtcattttgttcccttttgacgccacaatcacagaatcatag 448  Q
     |  |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||    |||||| ||||||||||||||    
T  34233048 tttattggaatttttaccaatgtcatattgatccctttgtttgccacagtcacagaatcatag 34232986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 70 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 41714129 - 41713800
Alignment:
Q  70 caagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttattggaaaggtctaaaactgcaaga 169  Q
    |||||||||| |||| |||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||| |||||    
T  41714129 caagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattagaaagatccaagacttcaaga 41714030  T
Q  170 aagcctaaattggttaattttgctggaatcacatcaatgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaa 269  Q
    ||| | ||||||||||| ||| | ||||||  | || ||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  41714029 aagtccaaattggttaactttacaggaatccgaccagtgagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttatcaagtttcccatggattggggaa 41713930  T
Q  270 taggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcaccaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaa 369  Q
    |  ||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||| | ||  | |||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||| ||    
T  41713929 tgtgaccagtgagtttgttatatgaaaggttaagccctttgagatcatgaagctctccaataacatctggaatctccccatcaaatttatttcttgaaaa 41713830  T
Q  370 atcaataattactaagatgtttggaatttt 399  Q
    ||||||| || | ||||| |||||||||||    
T  41713829 atcaatacttgcaaagatttttggaatttt 41713800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 86 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 34241121 - 34240757
Alignment:
Q  86 gaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttattggaaaggtctaaaactgcaagaaagcctaaattggtta 185  Q
    |||||||||| |||||| | ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||| |||||  |   ||||||||||    
T  34241121 gaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaagactgttcaaattggtta 34241022  T
Q  186 attttgctggaatcacatcaatgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtct 285  Q
    ||| ||| ||||||| | || ||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||   |||||||  |||||||||||| |||||||    
T  34241021 attctgcaggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgaggaataggaccagtgagtct 34240922  T
Q  286 gttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcaccaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattactaag 385  Q
    |||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||| || || ||| ||||||||||  |||| | ||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||     
T  34240921 gttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgagaaatcaatacttacaaac 34240822  T
Q  386 atgtttggaattttaaccaatgtcattttgttcccttttgacgccacaatcacagaatcatagta 450  Q
    ||  ||||||||||   || |||||||||| | ||||||| || |||| ||||||||||||||||    
T  34240821 attgttggaattttcgtcagtgtcattttgatgccttttgtcgtcacagtcacagaatcatagta 34240757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 70 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 41572590 - 41572300
Alignment:
Q  70 caagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttattggaaaggtctaaaactgcaaga 169  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |  || ||| ||| |    
T  41572590 caagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaata 41572491  T
Q  170 aagcctaaattggttaattttgctggaatcacatcaatgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaa 269  Q
      |   | |||| |||||| ||  ||||| ||| || |||| |||||||| || |||||||   |||||| ||||| ||||||||| | |||||  ||||    
T  41572490 ccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaa 41572391  T
Q  270 taggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcaccaataacatttggaatctctccttcaaatttgtt 360  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  41572390 taggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcagaatctctccttcaaaattgtt 41572300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 70 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 41618229 - 41617939
Alignment:
Q  70 caagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttattggaaaggtctaaaactgcaaga 169  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |  || ||| ||| |    
T  41618229 caagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaata 41618130  T
Q  170 aagcctaaattggttaattttgctggaatcacatcaatgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaa 269  Q
      |   | |||| |||||| ||  ||||| ||| || |||| |||||||| || |||||||   |||||| ||||| ||||||||| | |||||  ||||    
T  41618129 ccgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgaggaa 41618030  T
Q  270 taggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcaccaataacatttggaatctctccttcaaatttgtt 360  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  41618029 taggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcagaatctctccttcaaaattgtt 41617939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 158 - 387
Target Start/End: Original strand, 41443952 - 41444181
Alignment:
Q  158 aaaactgcaagaaagcctaaattggttaattttgctggaatcacatcaatgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttccca 257  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||||| | ||  ||||||  | || ||||||||||||| ||||||||||   |||| | |||| |||| ||||| |    
T  41443952 aaaactgcaagatagtttaaattggttaactctgtaggaatcctaccagtgagcatatttgaggagagatccattgattcgatgtttatcaaatttccaa 41444051  T
Q  258 tggatttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcaccaataacatttggaatctctccttcaaattt 357  Q
     |||||  ||||| | |||| | ||| | || ||||||||||| || ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41444052 aggattgaggaatcgcaccagtaagtttattgtgggaaaggttgagtcctatgattgcatgaagctcaccaataacatttggaatgtctccttcaaattt 41444151  T
Q  358 gtttcttgacaaatcaataattactaagat 387  Q
    ||||| ||| ||||||||| |||| |||||    
T  41444152 gtttcctgaaaaatcaatacttacaaagat 41444181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 165; Significance: 5e-88; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 70 - 450
Target Start/End: Original strand, 8522622 - 8523002
Alignment:
Q  70 caagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttattggaaaggtctaaaactgcaaga 169  Q
    |||||||||| |||| |||||||||| |||||| | ||| || ||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| || || ||| |||||    
T  8522622 caagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaaga 8522721  T
Q  170 aagcctaaattggttaattttgctggaatcacatcaatgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaa 269  Q
      |   | |||||||||||     |||||||||||  | | ||||||||| || |||||||   ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  8522722 ctgttaagattggttaattccaaaggaatcacatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaa 8522821  T
Q  270 taggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcaccaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaa 369  Q
    || ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8522822 tatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatctttggaatctcgccttcaaatttgtttcttgacaa 8522921  T
Q  370 atcaataattactaagatgtttggaattttaaccaatgtcattttgttcccttttgacgccacaatcacagaatcatagta 450  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||| || | | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8522922 atcaataattacaaagttgtttggaattttcactagtttcattttgttcccttttgtcgccacaatcacagaatcatagta 8523002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 163; Significance: 8e-87; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 74 - 424
Target Start/End: Original strand, 11117666 - 11118016
Alignment:
Q  74 tttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttattggaaaggtctaaaactgcaagaaagc 173  Q
    |||||| |||| |||||||||| |||||| | ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||| |||||||||    
T  11117666 tttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccactagatggttatttgaaatatctaagacttcaagaaagc 11117765  T
Q  174 ctaaattggttaattttgctggaatcacatcaatgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaatagg 273  Q
    | ||||||||||||| ||| |||||||||    | | |||||||||||| |||||||   ||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||| |    
T  11117766 ccaaattggttaattctgcaggaatcacactggttaacatatttgatgaaagatccaaagattccaagtatgccaagtttcctatggagttgggaatatg 11117865  T
Q  274 accaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcaccaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatca 373  Q
    |||| | ||||||||| ||||||| ||||||||| | ||||| |||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11117866 accagtaagtctgttacgggaaagattaagccctttgagtgcatgaagctctccaatagcatttgtaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatca 11117965  T
Q  374 ataattactaagatgtttggaattttaaccaatgtcattttgttccctttt 424  Q
    ||| |||||||  |  |||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  11117966 atacttactaactttattggaattttcaccagtgtcattttgttccctttt 11118016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 70 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 25523605 - 25523231
Alignment:
Q  70 caagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttattggaaaggtctaaaactgcaaga 169  Q
    |||||||||| |||| |||||||||| |||||| | ||| || ||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||| |  |  ||| |||||    
T  25523605 caagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtgttgaattgctttcctctaggtatttctcccaccaaatggttattggaaagattcatgacttcaaga 25523506  T
Q  170 aagcctaaattggttaattttgctggaatcacatcaatgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaa 269  Q
    |||  ||||||||||||||  || ||||||||| |  | | ||||||    || ||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  25523505 aagtttaaattggttaattccgcaggaatcacaccggttaacatattcagggaaagatccagagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttgggaa 25523406  T
Q  270 taggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcaccaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaa 369  Q
    || ||||  | |||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  25523405 tatgaccggtaagtctgttgtgggaaaggttaagccctttgagtgcatgaagctctccaatagcatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgaaaa 25523306  T
Q  370 atcaataattactaagatgtttggaattttaaccaatgtcattttgttcccttttgacgccacaatcacagaatc 444  Q
    |||||||  ||| ||  |  |||||||||| |||||| ||||||   |||||||||  |||||| ||||||||||    
T  25523305 atcaatagatacaaactttattggaattttcaccaatttcatttgaatcccttttgttgccacagtcacagaatc 25523231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 211 - 443
Target Start/End: Original strand, 24140490 - 24140722
Alignment:
Q  211 catatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctata 310  Q
    |||||||||||| |||| ||   ||||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||| |||| |     
T  24140490 catatttgatgaaagattcaaagattccaagtatgtcaactttccgatggattggggaatatgaccagtaagtctgttatgggaaaggttaatccctttg 24140589  T
Q  311 agtgcttgaagctcaccaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattactaagatgtttggaattttaaccaatgtca 410  Q
    ||||| |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||  | ||||||||||| |||| |||||    
T  24140590 agtgcatgaagctctccgatagcatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacatatcgatacttacaaacttttttggaattttcaccagtgtca 24140689  T
Q  411 ttttgttcccttttgacgccacaatcacagaat 443  Q
    ||||| |||||||||  |||||| |||||||||    
T  24140690 ttttggtcccttttgttgccacagtcacagaat 24140722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University