View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13441_low_6 (Length: 646)

Name: NF13441_low_6
Description: NF13441
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13441_low_6
NF13441_low_6
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (1-494)||(5195354-5195847)
chr4 (1-493)||(5172630-5173121)
chr4 (2-494)||(5159709-5160204)
chr4 (1-494)||(5181956-5182450)
chr4 (1-493)||(4842404-4842895)
chr4 (1-412)||(5213602-5214010)
chr4 (1-275)||(4856881-4857151)
chr4 (558-628)||(5159575-5159645)
chr4 (574-628)||(5181810-5181864)
chr4 (574-628)||(5195208-5195262)
chr4 (4-130)||(7142256-7142381)
chr4 (100-217)||(5202773-5202887)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 5195847 - 5195354
Alignment:
Q  1 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttgcaagaaagagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5195847 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccttgtttaggttgcaatttctaacaataagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac 5195748  T
Q  101 tttgttctttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatacagatgctgaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatg 200  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||| |  ||||||| ||||||||||| |||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5195747 tttgttttttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatg 5195648  T
Q  201 atccttgcatgtaatttccatagagtgataagaatcccagagatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacagattattgccaaggtc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||    
T  5195647 atccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaaatttccactgaacagattattactaagttc 5195548  T
Q  301 aagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacagtctggaagtttagggctaaacatgttatcgctgatatccagttctactaaatccttcaaattgcat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  5195547 aagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacaatctggaagtttagcactaaacatgtttttgctgatatccagttctaccaaatccttaaaattgcat 5195448  T
Q  401 agtcctgtcataattaacaatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttgaaagtttttccaatggcgtcaatatatac 494  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5195447 agtcctgtcataattaactatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttaaaagtttttccaatggcgtcaatatatac 5195354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 5173121 - 5172630
Alignment:
Q  1 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttgcaagaaagagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5173121 atattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttaggaaaccac 5173022  T
Q  101 tttgttctttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatacagatgctgaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatg 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| || | | ||||||||    
T  5173021 tttgttttttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatgtagatgctgaagattggagtgattagccaaaatgataagtgaaaatg 5172922  T
Q  201 atccttgcatgtaatttccatagagtgataagaatcccagagatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacagattattgccaaggtc 300  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||    
T  5172921 atccttgcatgtaattttcatagagtgataagaatgtcaaggatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaatagattatggctaaggtc 5172822  T
Q  301 aagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacagtctggaagtttagggctaaacatgttatcgctgatatccagttctactaaatccttcaaattgcat 400  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||  | ||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5172821 aagaattctgaggtttgttaagttacttaaacactcaggaagtttagccccaaacatgtttttgctgatatccagttctaccaaatccttcaaattgcat 5172722  T
Q  401 agtcctgtcataattaacaatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttgaaagtttttccaatggcgtcaatatata 493  Q
    |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  5172721 agtcctgtcataattaactatgtccagttatctttacaaaaattgacattatcataaaaatctt-aaagtttttccaatggactcaatatata 5172630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 5160204 - 5159709
Alignment:
Q  2 tattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttgcaagaaagagtgacttcaattgaaatttaggaaaccact 101  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5160204 tattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccact 5160105  T
Q  102 ttgttctttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatacagatgctgaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatga 201  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| |  ||||||| ||||||||||| |||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5160104 ttgttttttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatga 5160005  T
Q  202 tccttgcatgtaatttccatagagtgataagaatcccagagatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacagattattgccaaggtca 301  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||| || |||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||    
T  5160004 tccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaactttccactgaacagattattactaagttca 5159905  T
Q  302 agaactctgaggtttgttaagttgcttaaacagtctggaagtttagggctaaacatgttatcgctgatatccagttctactaaatccttcaaattgcata 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||  ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5159904 agaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaaatttagcactaaacatgttctggctgatatccagttctaccaaatccttcaaattgcata 5159805  T
Q  402 gtcctgtcataa----ttaacaatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttgaaagtttttccaatggcgtcaatatatac 494  Q
    ||||||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5159804 gtcctgtcataattaattaactatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatctt-aaagtttttccaatggcgtcaatatatac 5159709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 5182450 - 5181956
Alignment:
Q  1 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttgcaagaaagagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  5182450 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacctcctttctccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggaaaccac 5182351  T
Q  101 tttgttctttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatacagatgctgaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatg 200  Q
    |||||  |||||||||||||| | ||||||   ||||||| || ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5182350 tttgtcttttcagtttcaatgagaactcca---ctgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtgctcaatgaaaatg 5182254  T
Q  201 atccttgcatgtaatttccatagagtgataagaatcccagagatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacagattattgccaaggtc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||    
T  5182253 atccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaaatttccactgaacagattattactaagttc 5182154  T
Q  301 aagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacagtctggaagtttagggctaaacatgttatcgctgatatccagttctactaaatccttcaaattgcat 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  5182153 aagaactctaaggtttgttaagttgcttaaacactctggaagtttagcactaaacatgttatagctgatatccaattctaccaaatccttcaaattgcat 5182054  T
Q  401 agtcctgtcataa----ttaacaatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttgaaagtttttccaatggcgtcaatatatac 494  Q
    |||||||||||||    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5182053 agtcctgtcataattaattaactatgtcctgtcatctatacaaaaattgacattatcataaaaatcttaaaagtttttccaatggcgtcaatatatac 5181956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Original strand, 4842404 - 4842895
Alignment:
Q  1 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttgcaagaaagagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| ||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4842404 atattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttcttcatgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttaggaaaccac 4842503  T
Q  101 tttgttctttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatacagatgctgaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatg 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| || | | ||||||||    
T  4842504 tttgttttttcagtttcaatgtgtactccaatactgtttttagatgaaatatatagatgctgaagattggagtgattagccaaattgataagtgaaaatg 4842603  T
Q  201 atccttgcatgtaatttccatagagtgataagaatcccagagatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacagattattgccaaggtc 300  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||  |||||||||||  || ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  4842604 atccttgcatgtaattttcatagagtgataagaatgtcaaggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccaccgaacagattatggctaaggtc 4842703  T
Q  301 aagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacagtctggaagtttagggctaaacatgttatcgctgatatccagttctactaaatccttcaaattgcat 400  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||  | ||||||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  4842704 aagaattctgaggtttgttaagttacttaaacactcaggaagtttagccccaaacatgtttttgctgatatccagttcttccaaatccttcaaattgcat 4842803  T
Q  401 agtcctgtcataattaacaatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttgaaagtttttccaatggcgtcaatatata 493  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  4842804 agtcctgtcataattaactatgtccggtcatctttcaaaaaattaacattatcataaaaatctt-aaagtttttccaatggactcaatatata 4842895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 5214010 - 5213602
Alignment:
Q  1 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttgcaagaaagagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||| || ||||||    
T  5214010 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggtaaccac 5213911  T
Q  101 tttgttctttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatacagatgctgaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatg 200  Q
    |||||  ||||||||||||||| | | ||| |||| | |   ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5213910 tttgtcttttcagtttcaatgtttgcaccaatgctttgt---gatgaaatatatagatgctggagattggagtgattagccaaagtgctcaatgaaaatg 5213814  T
Q  201 atccttgcatgtaatttccatagagtgataagaatcccagagatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacagattattgccaaggtc 300  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||    
T  5213813 atccttgcatgtaatttccaaagagggataagtatgccagtgatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacaaattatagctaagttc 5213714  T
Q  301 aagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacagtctggaagtttagggctaaacatgttatcgctgatatccagttctactaaatccttcaaattgcat 400  Q
    ||||||  | ||||||||||||||||||||||| || |||||||  | |||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||    
T  5213713 aagaacattcaggtttgttaagttgcttaaacactcgggaagttgcgcgctaaacatgttatagctgatatctagctctaccaaatccttcaatttgcat 5213614  T
Q  401 agtcctgtcata 412  Q
    ||||||||||||    
T  5213613 agtcctgtcata 5213602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 4856881 - 4857151
Alignment:
Q  1 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttgcaagaaagagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  4856881 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccatgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggaaaccac 4856980  T
Q  101 tttgttctttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatacagatgctgaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatg 200  Q
    |||||  |||||||||||||| | ||||||   ||||||| || ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4856981 tttgtcttttcagtttcaatgagaactcca---ctgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtggtcaatgaaaatg 4857077  T
Q  201 atccttgcatgtaatttccatagagtgataagaatcccagagatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttc 275  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| || || | ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||    
T  4857078 atccttgcatgtaatttccatagatggat-agtatgcaagagatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttc 4857151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 558 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 5159645 - 5159575
Alignment:
Q  558 tcttcattgtaacaatccatcccgtgaagcagttatgaattaattatttgtgtttggtaggattgatacct 628  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  5159645 tcttcattgtaacaatccatcccgtgaagcagttatgaattaattatttgtgtttggtagtattcatacct 5159575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 574 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 5181864 - 5181810
Alignment:
Q  574 ccatcccgtgaagcagttatgaattaattatttgtgtttggtaggattgatacct 628  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5181864 ccatcccgtgaagcaattatgaattaattatttgtgtttggtagtattgatacct 5181810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 574 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 5195262 - 5195208
Alignment:
Q  574 ccatcccgtgaagcagttatgaattaattatttgtgtttggtaggattgatacct 628  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5195262 ccatcccgtgaagcaattatgaattaattatttgtgtttggtagtattgatacct 5195208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 4 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 7142381 - 7142256
Alignment:
Q  4 ttgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttgcaagaaagagtgacttcaattgaaatttaggaaaccacttt 103  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||  || | | ||||  |  | ||||||| ||||||||||||||    
T  7142381 ttgatatgaaaaaaaactaggaatgacatttcctttgtccatgttttggttgcaatttttaacata-agtgtatgtagttgaaatctaggaaaccacttt 7142283  T
Q  104 gttctttcagtttcaatgtgtactcca 130  Q
    ||  |||||||||||| ||||||||||    
T  7142282 gtattttcagtttcaacgtgtactcca 7142256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 100 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 5202887 - 5202773
Alignment:
Q  100 ctttgttctttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatacagatgctgaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaat 199  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| ||||| |||| | |   || |||||||| |||| ||||||  || | ||||||||||||||||| | |||||||    
T  5202887 ctttgttttttaagtttcaatgtgttctccaatgctttct---gaggaaatatatagatcctgaagcgtgaagtgattagccaaagtgcttactgaaaat 5202791  T
Q  200 gatccttgcatgtaattt 217  Q
    | ||||||| ||| ||||    
T  5202790 ggtccttgcgtgtgattt 5202773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University