View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1344_low_21 (Length: 232)

Name: NF1344_low_21
Description: NF1344
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1344_low_21
NF1344_low_21
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (1-232)||(15011458-15011689)
chr1 (1-232)||(15002565-15002796)
chr1 (1-232)||(15037477-15037708)
chr1 (1-232)||(15032910-15033141)
chr1 (1-232)||(15017573-15017804)
chr1 (1-232)||(14532168-14532399)
chr1 (8-229)||(14468264-14468485)
chr1 (8-232)||(14483209-14483433)
chr1 (8-229)||(14504443-14504664)
chr1 (1-232)||(14522047-14522278)
chr1 (1-232)||(15041042-15041276)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (1-232)||(13246-13477)
scaffold0400 (8-229)||(6949-7170)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (1-232)||(13889-14120)
scaffold0365 (8-229)||(7593-7814)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (8-232)||(17027347-17027571)
chr8 (8-232)||(17557839-17558063)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (27-229)||(14606365-14606567)
chr7 (27-229)||(16025542-16025744)
chr7 (30-229)||(15676528-15676727)
chr7 (30-229)||(16173018-16173217)
chr7 (33-228)||(17825553-17825748)
chr7 (29-229)||(17848989-17849189)
chr7 (9-229)||(15664673-15664893)
chr7 (161-229)||(16103350-16103418)
[»] scaffold0289 (2 HSPs)
scaffold0289 (29-229)||(5019-5219)
scaffold0289 (29-229)||(13852-14052)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 15011689 - 15011458
Alignment:
Q  1 gtagtctatgtgaacaaaacccgcataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacat 100  Q
    |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||   |||    
T  15011689 gtagtcgatgtgaacaaaagccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatggatctcatttgtgaaagctttccgatttggcat 15011590  T
Q  101 ttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgaga 200  Q
    ||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15011589 ttcttcattttgtaatgagtgaagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggcagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgaga 15011490  T
Q  201 tgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15011489 tgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 15011458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 15002796 - 15002565
Alignment:
Q  1 gtagtctatgtgaacaaaacccgcataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacat 100  Q
    |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||   |||    
T  15002796 gtagtcgatgtgaacaaaagccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatggatctcatttgtgaaagctttcctatttggcat 15002697  T
Q  101 ttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgaga 200  Q
    ||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15002696 ttcttcattttgtaatgagtgaagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggcagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgaga 15002597  T
Q  201 tgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15002596 tgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 15002565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 15037708 - 15037477
Alignment:
Q  1 gtagtctatgtgaacaaaacccgcataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacat 100  Q
    |||||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  15037708 gtagtcgatgtgaacaaaacccatataacttaacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatggatctcatttgtgaaagatttcagattagacat 15037609  T
Q  101 ttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgaga 200  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15037608 ttcctcattttgtaatgaatgaagtttcttcacagctacaacttgacctgtgggcaactctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgaga 15037509  T
Q  201 tgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 232  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15037508 tgcttgttgtcaaaatcttcagtggcttcgat 15037477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 15033141 - 15032910
Alignment:
Q  1 gtagtctatgtgaacaaaacccgcataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacat 100  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  15033141 gtagtcgatgtgaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatggatctcatttgtgaaagctttcagattaggcat 15033042  T
Q  101 ttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgaga 200  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  15033041 ttcttcattttgtaatgaatgaagtttcttcacagctacaacttgacctgtgggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaaggaga 15032942  T
Q  201 tgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 232  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  15032941 tgcttgtcgtcaaaatcttcagtggcttcgat 15032910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 15017804 - 15017573
Alignment:
Q  1 gtagtctatgtgaacaaaacccgcataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacat 100  Q
    |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  15017804 gtagtcgatgtaaacaaaacccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcatattagacat 15017705  T
Q  101 ttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgaga 200  Q
    ||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  15017704 ttcttcattttgtaataaatgaagtttcttcacagctacaacttgacctgaaggcaactctgctttgtaaacacttgcatgtcctccaaccccaatgaga 15017605  T
Q  201 tgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 232  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15017604 tgtttgttgtcaaaatcttccgtggcttcgat 15017573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Original strand, 14532168 - 14532399
Alignment:
Q  1 gtagtctatgtgaacaaaacccgcataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacat 100  Q
    |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  14532168 gtagtcgatgtgaacaaaagccgtataacttcacaatattgcgatgtcgaatttctttcaaagcatggatctcatttgtgaatgctttcagattagacat 14532267  T
Q  101 ttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgaga 200  Q
    ||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  14532268 ttcttcattttgtaatgagtgaagtttcttcacagcaacaacttgacctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgccctccaaccccaatgaga 14532367  T
Q  201 tgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14532368 tgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 14532399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 14468485 - 14468264
Alignment:
Q  8 atgtgaacaaaacccgcataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtca 107  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || |||||| |||  || |||||||||||  |||||||  ||    
T  14468485 atgtgaacaataaccgcataacttcacaatgtttcgatgtcggatttctgttaaagcttggatctcacttgcaaatgctttcagattggacatttctcca 14468386  T
Q  108 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14468385 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 14468286  T
Q  208 tgtcaaaatcttctgtggcttc 229  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  14468285 tgtcaaactcttctgtggcttc 14468264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 8 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 14483433 - 14483209
Alignment:
Q  8 atgtgaacaaaacccgcataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtca 107  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||  || |||||| |||  ||||||||||||||  |||||||  ||    
T  14483433 atgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgtcggatttctgctaaaggttggatctcacttgcaaaagctttcagattggacatttctcca 14483334  T
Q  108 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14483333 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 14483234  T
Q  208 tgtcaaaatcttctgtggcttcgat 232  Q
    |||||||||||| ||||||||||||    
T  14483233 tgtcaaaatcttttgtggcttcgat 14483209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 8 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 14504664 - 14504443
Alignment:
Q  8 atgtgaacaaaacccgcataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtca 107  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||| |  |||||| |||  |||||||||| |||  |||||||  ||    
T  14504664 atgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgtcggctttctgttaaagcttttatctcacttgcaaaagctttcaaattggacatttctcca 14504565  T
Q  108 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  14504564 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacctgtcctgtaggcaactctgctttgtaaacacttccatgtcctccaaccccgatgagatgtttgt 14504465  T
Q  208 tgtcaaaatcttctgtggcttc 229  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  14504464 tgtcaaactcttctgtggcttc 14504443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Original strand, 14522047 - 14522278
Alignment:
Q  1 gtagtctatgtgaacaaaacccgcataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacat 100  Q
    |||||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||  ||  |||||||| |||||| | |     
T  14522047 gtagtcgatgtgaacaaaacccatataactttacaatgttgcgatgtcggatttctgtcaaagcactaatctcacctgcaaaagcttttagattagatac 14522146  T
Q  101 ttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgaga 200  Q
     ||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||    
T  14522147 atctccatttggtagtgaatggagtttcttcacagctaccacttgacctgttggcaactctgctttgtaaacacttccatgtactccaaccccgatgaga 14522246  T
Q  201 tgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 232  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14522247 ttcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 14522278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 15041276 - 15041042
Alignment:
Q  1 gtagtctatgtgaacaaaacccgcataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacat 100  Q
    |||||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||| | |||  |||||||| |||||| | |     
T  15041276 gtagtcgatgtgaacaaaacccatataactttacaatgttgcgatgtcggatttctgtctaagcactaatctaacttgcaaaagcttttagattagatac 15041177  T
Q  101 ttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgaga 200  Q
     ||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  |||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||    
T  15041176 atctccatttggtagtgaatggagtttcttcacagctaccacttgaccagtaggcaactctgctttgtaatcacttccatgtactccaaccccaatgaga 15041077  T
Q  201 t---gcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 232  Q
    |    |||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  15041076 ttgatcttgctgtcaaaatcttcagtggcttcgat 15041042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 13477 - 13246
Alignment:
Q  1 gtagtctatgtgaacaaaacccgcataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacat 100  Q
    |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||| |||| ||||    
T  13477 gtagtcgatgtgaacaaaagccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatggatctcattattgaatgctttcatattagacat 13378  T
Q  101 ttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgaga 200  Q
    ||| |||| || |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13377 ttcttcatgttctaataaatgaagtttcttcacagctacaacttgacctgaaggcaactctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgaga 13278  T
Q  201 tgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13277 tgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 13246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 8 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 7170 - 6949
Alignment:
Q  8 atgtgaacaaaacccgcataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtca 107  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| || |||||| ||| |||||||||||||||  || | ||  ||    
T  7170 atgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgccggatttcagttaaagcttggatctcacttgcgaaagctttcagattggacgtctctcca 7071  T
Q  108 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |  ||||||||||||||| |||| |||||||| | |||||||||||||||||    
T  7070 ttttgtaatgaatggagtttcttcaccgctacaacttgtcctgtggggaactctgctttgtaaacacttccgtgtcctcctatcccaatgagatgcttgt 6971  T
Q  208 tgtcaaaatcttctgtggcttc 229  Q
    ||||||| ||||| || |||||    
T  6970 tgtcaaactcttcagttgcttc 6949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 14120 - 13889
Alignment:
Q  1 gtagtctatgtgaacaaaacccgcataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacat 100  Q
    |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||| |||| ||||    
T  14120 gtagtcgatgtgaacaaaagccgtataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatggatctcattattgaatgctttcatattagacat 14021  T
Q  101 ttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgaga 200  Q
    ||| |||| || |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14020 ttcttcatgttctaataaatgaagtttcttcacagctacaacttgacctgaaggcaactctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgaga 13921  T
Q  201 tgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13920 tgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttcgat 13889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 8 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 7814 - 7593
Alignment:
Q  8 atgtgaacaaaacccgcataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtca 107  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| || |||||| ||| |||||||||||||||  || | ||  ||    
T  7814 atgtgaacaatacccgtataacttcacaatgtttcgatgccggatttcagttaaagcttggatctcacttgcgaaagctttcagattggacgtctctcca 7715  T
Q  108 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |  ||||||||||||||| |||| |||||||| | |||||||||||||||||    
T  7714 ttttgtaatgaatggagtttcttcaccgctacaacttgtcctgtggggaactctgctttgtaaacacttccgtgtcctcctatcccaatgagatgcttgt 7615  T
Q  208 tgtcaaaatcttctgtggcttc 229  Q
    ||||||| ||||| || |||||    
T  7614 tgtcaaactcttcagttgcttc 7593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 8 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 17027571 - 17027347
Alignment:
Q  8 atgtgaacaaaacccgcataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtca 107  Q
    |||||||||| ||||| |||||||  ||||||| | |||||| |||||||| ||||| |  |||||| |||  |||||||||| |||  || ||||  ||    
T  17027571 atgtgaacaatacccgtataacttagcaatgtttctatgtcggatttctgttaaagctttgatctcacttgcaaaagctttcaaattggacgtttctcca 17027472  T
Q  108 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 207  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |  ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  17027471 cgttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgtccaataggcaactctgcttggtaaacacttccatgacctccaaccccaatgagatacttgt 17027372  T
Q  208 tgtcaaaatcttctgtggcttcgat 232  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||    
T  17027371 tgtcaaactcttcggtggcttcgat 17027347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 8 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 17558063 - 17557839
Alignment:
Q  8 atgtgaacaaaacccgcataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtca 107  Q
    |||||||||| ||||| |||||||  ||||||| | |||||| |||||||| ||||| |  |||||| |||  |||||||||| |||  || ||||  ||    
T  17558063 atgtgaacaatacccgtataacttagcaatgtttctatgtcggatttctgttaaagctttgatctcacttgcaaaagctttcaaattggacgtttctcca 17557964  T
Q  108 ttttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgt 207  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |  ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  17557963 cgttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgtccaataggcaactctgcttggtaaacacttccatgacctccaaccccaatgagatacttgt 17557864  T
Q  208 tgtcaaaatcttctgtggcttcgat 232  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||    
T  17557863 tgtcaaactcttcggtggcttcgat 17557839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 55; Significance: 9e-23; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 27 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 14606567 - 14606365
Alignment:
Q  27 aacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtcattttgtaatgaatggagtt 126  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||| | ||| |||||     ||||  |||||  || ||||||||| |    
T  14606567 aacttcacaatattacgatgtcgaatttcggtcagagcttggatctcatttgtgaatgattttagatttggattttctccatttgctactgaatggagct 14606468  T
Q  127 tcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggc 226  Q
    | |||||||| || |||||||||||  | |  | ||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||| || |  |||||||||||||||||    
T  14606467 ttttcacagcaactacttgacctgtgtgcaactttgctttgtagacacttccatgccctccaactccaatgagatgtttttcatcaaaatcttctgtggc 14606368  T
Q  227 ttc 229  Q
    |||    
T  14606367 ttc 14606365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 27 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 16025744 - 16025542
Alignment:
Q  27 aacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtcattttgtaatgaatggagtt 126  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||| | ||| |||||     ||||  |||||  || ||||||||| |    
T  16025744 aacttcacaatattacgatgtcgaatttcggtcagagcttggatctcatttgtgaatgattttagatttggattttctccatttgctactgaatggagct 16025645  T
Q  127 tcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggc 226  Q
    | |||||||| || |||||||||||  | |  | ||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||| || |  |||||||||||||||||    
T  16025644 ttttcacagcaactacttgacctgtgtgcaactttgctttgtagacacttccatgccctccaactccaatgagatgtttttcatcaaaatcttctgtggc 16025545  T
Q  227 ttc 229  Q
    |||    
T  16025544 ttc 16025542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 30 - 229
Target Start/End: Original strand, 15676528 - 15676727
Alignment:
Q  30 ttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtcattttgtaatgaatggagtttct 129  Q
    ||||||||||| |||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||   || |||| |||  |||| ||||||  || |||||||| ||| |    
T  15676528 ttcacaatgttacgatgctgaatttctgtcagagcttgaatctcatttgcgaaacagtttagatcaaaattttcctcatttgttactgaatggaattttt 15676627  T
Q  130 tcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttc 229  Q
    | ||||| || |||||||||| | | |  |||||||||||||| ||||| ||  |||| || ||||||||||||||||  ||||| |||| |||||||||    
T  15676628 taacagcaactacttgacctgaatgcaaatctgctttgtaaacttttccttgcgctcctactccaatgagatgcttgtcatcaaactcttatgtggcttc 15676727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 30 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 16173217 - 16173018
Alignment:
Q  30 ttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtcattttgtaatgaatggagtttct 129  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||| |||  || | |   |||| ||||||   | || |||||| || |    
T  16173217 ttcacaatattacgatgtcgaatttcagtcaaagcttggatctcatttgtgaaagattttggactgagattttcctcatttgaaactggatggagctttt 16173118  T
Q  130 tcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttc 229  Q
    ||||||| || |||||||||||  |||  ||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||| ||||  ||||  |||||||||| |||||||||    
T  16173117 tcacagcaactacttgacctgtgtgtaactctgctttgtaaacacttccttgccctccaactccaataagatatttgtcatcaaaatcttgtgtggcttc 16173018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 33 - 228
Target Start/End: Original strand, 17825553 - 17825748
Alignment:
Q  33 acaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtcattttgtaatgaatggagtttcttca 132  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  || || |||||| ||||||||| ||| || ||  |  |||| |||| |  || ||||||||| || || |    
T  17825553 acaatgttacgatgtcgaatttctgtcagtgcttggatctcacttgtgaaagattttaggtttgaattttcttcatatactattgaatggagctttttaa 17825652  T
Q  133 cagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggctt 228  Q
    |||| || |||||||||||   || |||||||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||| || |  |||||||| ||||||||||    
T  17825653 cagcaactacttgacctgtgtctaattctgctttgtaaacacttccatgccctccaactccgatgagatgtttatcatcaaaatcgtctgtggctt 17825748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 17849189 - 17848989
Alignment:
Q  29 cttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtcattttgtaatgaatggagtttc 128  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||||| ||| ||  |  |   ||| |||| |  || ||||||||||||     
T  17849189 cttcacaatgttacgatgtcgaatttctatcaaagcttggatctcacttgtgaaagattttaggctggaatcttcttcatctattactgaatggagtttt 17849090  T
Q  129 ttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggctt 228  Q
    |||||||| || |||||||||||    |   | |||||||||||| |||| || ||||| || || |||||||| || |  |||||||||||||||||||    
T  17849089 ttcacagccactacttgacctgtgtccaacacggctttgtaaacacttccctgccctcctactccgatgagatgtttatcatcaaaatcttctgtggctt 17848990  T
Q  229 c 229  Q
    |    
T  17848989 c 17848989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 9 - 229
Target Start/End: Original strand, 15664673 - 15664893
Alignment:
Q  9 tgtgaacaaaacccgcataacttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtcat 108  Q
    ||||||||||| ||  ||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||| | | || ||||||||||  |||  ||| |||| | |  | ||  |||    
T  15664673 tgtgaacaaaatccatatagcttcacaatgttacgatgccgaatttctgtcagaacttggatctcatttgcaaaacattttagatcagaattctccgcat 15664772  T
Q  109 tttgtaatgaatggagtttcttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgtt 208  Q
    |   || |||||||||||| || ||||| || ||||||||||| || |  | ||||||||||||| |||| ||  ||||  | ||||||||||||||||     
T  15664773 tcgttactgaatggagttttttaacagcaactacttgacctgtgggcaactttgctttgtaaacacttccttgcgctcctgctccaatgagatgcttgtc 15664872  T
Q  209 gtcaaaatcttctgtggcttc 229  Q
     ||||| ||||| || |||||    
T  15664873 atcaaactcttccgttgcttc 15664893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 161 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 16103418 - 16103350
Alignment:
Q  161 tgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggcttc 229  Q
    ||||||||| ||| ||||||| || ||||| ||||| ||||| || |  ||||||||||||||||||||    
T  16103418 tgctttgtagacacttccatgccccccaacaccaattagatgtttctcatcaaaatcttctgtggcttc 16103350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 2)
Name: scaffold0289
Description:

Target: scaffold0289; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 29 - 229
Target Start/End: Original strand, 5019 - 5219
Alignment:
Q  29 cttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtcattttgtaatgaatggagtttc 128  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||  |||  ||| |||| | |  ||||  |||||  || ||||||||||||     
T  5019 cttcacaatgttacaatgtcgaatttctgtcaaagctttgatctcatttgcaaaacattttagatcagaattttccgcatttgttattgaatggagtttt 5118  T
Q  129 ttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggctt 228  Q
    || ||||| || ||||||||||  || |  ||||||||||||||| |||| ||  |||| |  ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  5119 ttaacagcaactacttgacctgagggcaactctgctttgtaaacacttccttgcgctcctagtccaatgagatgcttgtcatcaaactcttctgtggctt 5218  T
Q  229 c 229  Q
    |    
T  5219 c 5219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 29 - 229
Target Start/End: Original strand, 13852 - 14052
Alignment:
Q  29 cttcacaatgttgcgatgtcgaatttctgtcaaagcatgaatctcatttgtgaaagctttcagattaaacatttcgtcattttgtaatgaatggagtttc 128  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||  |||  ||| |||| | |  ||||  |||||  || ||||||||||||     
T  13852 cttcacaatgttacaatgtcgaatttctgtcaaagctttgatctcatttgcaaaacattttagatcagaattttccgcatttgttattgaatggagtttt 13951  T
Q  129 ttcacagctacaacttgacctgtaggtagttctgctttgtaaacatttccatgtcctccaaccccaatgagatgcttgttgtcaaaatcttctgtggctt 228  Q
    || ||||| || ||||||||||  || |  ||||||||||||||| |||| ||  |||| |  ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  13952 ttaacagcaactacttgacctgagggcaactctgctttgtaaacacttccttgcgctcctagtccaatgagatgcttgtcatcaaactcttctgtggctt 14051  T
Q  229 c 229  Q
    |    
T  14052 c 14052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University