View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13453_low_1 (Length: 983)

Name: NF13453_low_1
Description: NF13453
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13453_low_1
NF13453_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-979)||(28266804-28267781)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 904; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 904; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 979
Target Start/End: Original strand, 28266804 - 28267781
Alignment:
Q  1 tcctacctgttaccactctgatgtaaacatggtcatctctgctccgaccggaagtggtaaaacagtactctttgagctttgcattttgaggcttctctcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28266804 tcctacctgttaccactctgatgtaaacatggtcatctctgctccgaccggaagtggtaaaacagtactctttgagctttgcattttgaggcttctctcc 28266903  T
Q  101 aggtccatatcatctgagggaagattcatacatgtgaagggatctcttaaaacagtaagtaatttctcacaaaattccggctctgaaaacttttctatta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28266904 aggtccatatcatctgagggaagattcatacatgtgaagggatctcttaaaacagtaagtaatttctcacaaaattccggctctgaaa-cttttctatta 28267002  T
Q  201 gtaatatttctctgtagtagtattgatttgtgttcaagaaagataaaactggtagacgggttctctttcttttagtgtcagtggggtaaacccagtactt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28267003 gtaatatttctctgtagtagtattgatttgtgttcaagaaaggtaaaactggtagacaggttctctttcttttagtgtcagtggtgtaaacccagtactt 28267102  T
Q  301 ttttgccacaaagaagactgatattgtattggtgcataaaaaacagtctacgcttttgtatggtgaatcactgaataatttgaagcttacaacttgaaat 400  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267103 ttt-gccataaagaagactgatattgtattggtgcataaaaaacagtctacgcttttgtatggtgaatcactgaataatttgaagcttacaacttgaaat 28267201  T
Q  401 ctattttcattatcatgtcttgttaactaattattggtacggttatctttttacttggtgtcaagatctatattgccccatctaaggctttagttcagga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267202 ctattttcattatcatgtcttgttaactaattattggtacggttatctttttacttggtgtcaagatctatattgccccatctaaggctttagttcagga 28267301  T
Q  501 gaaggtccgtgattggaatcagaaatttggaccatgggggatttgttgcctggagctgacaggtgacaatgaatcttacactccaagaaatataaatgaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267302 gaaggtccgtgattggaatcagaaatttggaccatgggggatttgttgcctggagctgacaggtgacaatgaatcttacactccaagaaatataaatgaa 28267401  T
Q  601 gcagatatcattctaaccactccagaggtcagtattcaaatgagagttatctaaacataagtataccaagacactttaatctttagtgtactttcctgtt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267402 gcagatatcattctaaccactccagaggtcagtattcaaatgagagttatctaaacataagtataccaagacactttaatctttagtgtactttcctgtt 28267501  T
Q  701 tc-nnnnnnnncctttgaaatattaaatggacatagatttcaaagtaatcataaattatgatgtttatgcacgtattcctcaatccaaagagacacaata 799  Q
    ||         |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267502 tctttttttttcctttgaaatattaaatggacatagatttcaaagcaatcataaattatgatgtttatgcatgtattcctcaatccaaagagacacaata 28267601  T
Q  800 aacatttatttttcctgtcagactgacacacacactgactgatttgttgacactatgaggtggctaaagttcatttttcaatgaatagaaatttgatgca 899  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267602 aacatttatttttcctgtcagactgacacacacactgactgatttgttgacactatgaggtggctaaagttcatttttcaatgaatagaaatttgatgca 28267701  T
Q  900 gtgtcgcgatatggtatagaaagcggtggtttgagttttttcagtgacatagcacttctactaattgatgatgtccatct 979  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28267702 gtgtcgcgatatggtatagaaagcggtggtttgagttttttcagtgacatagcacttctactaattgatgaagtccatct 28267781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University