View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1345_high_10 (Length: 726)

Name: NF1345_high_10
Description: NF1345
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1345_high_10
NF1345_high_10
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-716)||(54772959-54773674)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 708; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 708; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 716
Target Start/End: Complemental strand, 54773674 - 54772959
Alignment:
Q  1 cgatggtagagcattatgcttgcatggttgacatcttaagccgtgcaggcaagctcaatgaagctaaagagttcattgaatctgcaacggttgatcacgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54773674 cgatggtagagcattatgcttgcatggttgacatcttaagccgtgcaggcaagctcaatgaagctaaagagttcattgaatctgcaacggttgatcacgg 54773575  T
Q  101 tctgtgtttgtggcgtatattattaggagcttgtaagaatcatcggaactacgaactaggtgtttatgctggagagaaactagtggagctagggtcacca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54773574 tctgtgtttgtggcgtatattattaggagcttgtaagaatcatcggaactacgaactaggtgtttatgctggagagaaactagtggagctagggtcacca 54773475  T
Q  201 gagtcatctgcttatgtattgttatcaagtatatatacagctttaggggatagggaaaatgtagagcgtgtccggaggataatgaaagccagaggggtga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54773474 gagtcatctgcttatgtattgttatcaagtatatatacagctttaggggatagggaaaatgtagagcgtgtccggaggataatgaaagccagaggggtga 54773375  T
Q  301 ataaagaacctggctgtagctggattgagttaaagggtttggttcatgtgtttgttgttggagataatcaacacccacaagttgatgaaatacggttgga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54773374 ataaagaacctggctgtagctggattgagttaaagggtttggttcatgtgtttgttgttggagataatcaacacccacaagttgatgaaatacggttgga 54773275  T
Q  401 gttagagttgttaaccaaattgatgatagatgaaggataccaacctcttttggatagattgcctgaaactgttattgataatttgacaggtattattaga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54773274 gttagagttgttaaccaaattgatgatagatgaaggataccaacctcttttggatagattgcctgaaactgttattgataatttgacaggtattattaga 54773175  T
Q  501 taggttttcccattctttacctatcaacacaatccatagaatgattttatttagttgtatggattggacagttggcgtgtgctttaatccataaaaagtg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  54773174 taggttttcccattctttacctatcaacacaatccatagaatgattttatttagttgtatggattggacagttagcgtgtgctttaatccataaaaagtg 54773075  T
Q  601 cactttgtaattatcttaacctttgttgagattattacaaagggcaccttgaccattatcatcatcattatcatgtcttaaaatttatttgacccatctg 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54773074 cactttgtaattatcttaacctttgttgagattattacaaagggcaccttgaccatcatcatcatcattatcatgtcttaaaatttatttgacccatctg 54772975  T
Q  701 cttgcctttctctgtg 716  Q
    ||||||||||||||||    
T  54772974 cttgcctttctctgtg 54772959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University