View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1345_high_8 (Length: 799)

Name: NF1345_high_8
Description: NF1345
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1345_high_8
NF1345_high_8
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (36-776)||(23007847-23008589)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 647; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 647; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 776
Target Start/End: Original strand, 23007847 - 23008589
Alignment:
Q  36 gcaatttacaatccttatatctgttagctttggaaaacccacttcagtattggacacaagctcttcattttcttcaatgatttgttctaattcgtcgcag 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23007847 gcaatttacaatccttatatctgttagctttggaaaacacacttcagtgttggacacaagctcttcattttcttcaatgatttgttctaattcgtcgcag 23007946  T
Q  136 ttgtatactcgaaacgatgtcaactctggtaagcttctatgtatctccattgagaatagagatctcaagtttttacaactgctcactgctaaactttgaa 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23007947 ttgtatactcgaaacgatgtcaactctggtaagcttttatgtatctccattgagaataaagatctcaagtttttacaactgctcactgctaaactttgaa 23008046  T
Q  236 gacaatggagactcaaaatatgttttggagaaggacctactcttgatatgaggctcaattcagaaaaacctcttaaggtcattttctctaccttgaagac 335  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  23008047 gacaatggagactcaaaatatgtcttggagaaggacctactcttgatatgcggctcaattcagaaaaacctcttaaggtcattttcgctaccttgaaaac 23008146  T
Q  336 tttctgaaaaaggaatttggacaagttaattaagcatcatatgcatattggaatagatcaaagaa--aatataaaaaagggtgtgtacttctctatcctc 433  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  23008147 tttctgaaaaaggaatttggacaaattaattaagcatcatatgcatattggaatagataaaaaaaataatataaaagagggtgtgtacttctccatcgtc 23008246  T
Q  434 agagccggccaacgtagcgatccatgatgcactcaactttggacatttctccacaattagcactatggaagacggccaattttcacaannnnnnncaggg 533  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
T  23008247 agagccggctaacgtagcgatccatgatgcactcaactttggacatttctccacaattagcactatggaagacggccaattttcacaatttttttcaggg 23008346  T
Q  534 catatcccaatgagattatcaagatctgtaagtttgagacgtttcaaatgaggatgcaagttcttgttccggtattggtgagacggatgattttggtgat 633  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23008347 catatcccaatgagattatcaagatctgtaagtttgagacgtttcaaatgaggatgcaagttcttgttccggtattggtgagacggatgattttggtgat 23008446  T
Q  634 cacattctccaaatacaagtttcaactgaggagcttgaattatttgtatctcttccagtggtgccagtccttcaacacaacatattggtaatattgactc 733  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23008447 cacattctccaaatacaagtttcaactgaggagcttgaattatttctatctcttccagtggtgccagtccttcaacacaacatattggtaatattgactc 23008546  T
Q  734 taacttcctacaattagaaatttgaagtttcttcaatctagac 776  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23008547 taacttcctacaattagaaatttgaagtttcttcaatctagac 23008589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University