View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1345_low_29 (Length: 588)

Name: NF1345_low_29
Description: NF1345
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1345_low_29
NF1345_low_29
[»] chr6 (34 HSPs)
chr6 (30-578)||(4516198-4516746)
chr6 (27-436)||(4568072-4568484)
chr6 (31-464)||(4625942-4626375)
chr6 (27-455)||(4613422-4613850)
chr6 (34-463)||(3171733-3172162)
chr6 (34-455)||(4585636-4586057)
chr6 (67-463)||(4480685-4481081)
chr6 (27-460)||(4601784-4602217)
chr6 (34-455)||(4592231-4592652)
chr6 (34-455)||(4560506-4560926)
chr6 (27-455)||(4557125-4557553)
chr6 (27-455)||(4570972-4571400)
chr6 (34-455)||(4574308-4574729)
chr6 (31-467)||(4259862-4260298)
chr6 (36-463)||(4504110-4504537)
chr6 (66-457)||(4617020-4617411)
chr6 (34-455)||(4579432-4579853)
chr6 (34-439)||(4598187-4598592)
chr6 (31-463)||(4461115-4461547)
chr6 (27-466)||(4266870-4267309)
chr6 (54-464)||(4505848-4506258)
chr6 (34-455)||(4563711-4564132)
chr6 (36-436)||(4490068-4490468)
chr6 (62-462)||(4256350-4256751)
chr6 (34-467)||(4514832-4515265)
chr6 (66-464)||(4492946-4493344)
chr6 (31-452)||(4622145-4622566)
chr6 (34-334)||(4457715-4458015)
chr6 (49-445)||(4469813-4470209)
chr6 (248-467)||(4299671-4299884)
chr6 (31-172)||(4299529-4299670)
chr6 (349-457)||(4392052-4392160)
chr6 (373-455)||(4606941-4607023)
chr6 (81-157)||(4391885-4391961)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (34-460)||(1674221-1674647)
chr8 (48-455)||(20863568-20863975)
chr8 (34-455)||(16685978-16686399)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (27-460)||(1281109-1281542)
chr3 (114-154)||(35848408-35848448)
chr3 (114-154)||(35866079-35866119)
[»] scaffold0288 (1 HSPs)
scaffold0288 (31-452)||(3427-3848)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (34-460)||(27999810-28000236)
chr5 (27-466)||(24102988-24103427)
chr5 (114-163)||(20155244-20155293)
[»] scaffold0477 (1 HSPs)
scaffold0477 (31-466)||(4394-4829)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (31-445)||(3086430-3086844)
[»] scaffold0475 (1 HSPs)
scaffold0475 (81-301)||(3443-3662)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (124-177)||(37399244-37399297)
[»] scaffold0891 (1 HSPs)
scaffold0891 (114-154)||(3424-3464)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 483; Significance: 0; HSPs: 34)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 483; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 4516746 - 4516198
Alignment:
Q  30 gttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggag 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4516746 gttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggag 4516647  T
Q  130 gattcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattg 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||    
T  4516646 gattcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggcctttttttgctgagcagccaacaaattg 4516547  T
Q  230 cagatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagat 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4516546 cagatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagat 4516447  T
Q  330 aaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtga 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4516446 aaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatatgtgaacttggaaaaagtga 4516347  T
Q  430 ttaaggaggtattgctcaaacaaaattagattaaagtggnnnnnnnccctgcaaagtactgtatttctatattgattttcgcttattgaatatatttcct 529  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  4516346 ttaaggaggtgctgctcaaacaaaattagattaaagtgatttttttccctgcaaagtactgtatttctatattgattttctcttattgaatatatttctt 4516247  T
Q  530 tgacaagctccaacacatgtgagtatcgtgtccaatgtctctgtctgtg 578  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4516246 tgacaagctccaacacatgtgagtatcgtgtccaatgtctctgtctgtg 4516198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 27 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 4568484 - 4568072
Alignment:
Q  27 tcagttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttg 126  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  4568484 tcagttattttgtcatccgagtttgtgaatggaacttcggatagaggccaaatagcaagctggtgtccgcaagagcaagtgttgaaccacccttcagttg 4568385  T
Q  127 gaggattcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaa 226  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||        |||||||||||||| |    
T  4568384 gacgattcttgactcattgtggatggaactccacattggaaagcatttgtgccagagtaccaatgttatgttggccttttttttctgagcagccaacata 4568285  T
Q  227 ttgcagatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtggga 326  Q
     |||||||||||||| ||| | | |||||| |||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4568284 ctgcagatatatttgtaataagttggagatcggaatcgaaattgatacaaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatgaatgaattaatggtggga 4568185  T
Q  327 gataaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaatt---gaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaa 423  Q
     | |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||   |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||| |    
T  4568184 cagaaaggaaaaaagatgaggcaaaaggccgtggagttgaagaagaagaaggcagagaaggacacaagacctggtgattcttcatacatgaacttggaca 4568085  T
Q  424 aagtgattaagga 436  Q
    |||||||||||||    
T  4568084 aagtgattaagga 4568072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 31 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 4626375 - 4625942
Alignment:
Q  31 ttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggagg 130  Q
    |||||| ||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||    
T  4626375 ttatttcgtcatccgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccgcaagagaaagtactgaaccatccttcaattggtgg 4626276  T
Q  131 attcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgc 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| || || ||||| |||||| ||||||||||       ||||| ||||||||||||||     
T  4626275 attcttaactcattgtggatggaactcaaccattgaaagcatatgcgctggagttccaatgctgtgttggccaaattttgctgatcagccaacaaattgt 4626176  T
Q  231 agatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagata 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||| | ||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||| ||| ||||  |||||||    
T  4626175 agatatatttgcaatgaatgggagattggaatggaaatcgatgctaatgtgaagagggagggggtagagaaactgatcaatgcattgatggcaggagata 4626076  T
Q  331 aaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgat 430  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||  || || ||||||||||||||| ||||  |||| ||| ||||    
T  4626075 acggaaagaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggagaacattagtcccggtggttgttcatacatgaatatggataaactgat 4625976  T
Q  431 taaggaggtattgctcaaacaaaattagattaaa 464  Q
    ||| || || ||||| |||||| |||||||||||    
T  4625975 taatgatgtcttgcttaaacaatattagattaaa 4625942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 27 - 455
Target Start/End: Original strand, 4613422 - 4613850
Alignment:
Q  27 tcagttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttg 126  Q
    |||||| |||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||| |||| || ||||||||||| |||||| |||| || ||||| |||||| |||    
T  4613422 tcagttgttttgtcatcagagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcgagctggtgtcctcaagagcaagtattaaaccacccttcaattg 4613521  T
Q  127 gaggattcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaa 226  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||       || || |||||| ||||    
T  4613522 gcggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccatttttcgcggatcagccagcaaa 4613621  T
Q  227 ttgcagatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtggga 326  Q
     ||||||||||| |||||||||||||| |||||    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  4613622 ctgcagatatatatgcaatgaatgggaaattgggatggaaattgacaccaatgtgaagagagatgaggtagagaagctggtcaatgaattgatggtggga 4613721  T
Q  327 gataaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaag 426  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||    
T  4613722 gagaaaggaaagaaaatgaggcaaaaggcaattgagttgaagaagaaggcagaggaggacacgagaccaggaggttgttcatatatgaacttggacaaag 4613821  T
Q  427 tgattaaggaggtattgctcaaacaaaat 455  Q
    |||| || |||||  |||| |||||||||    
T  4613822 tgatcaatgaggtgctgctgaaacaaaat 4613850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 34 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 3172162 - 3171733
Alignment:
Q  34 ttttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggatt 133  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  3172162 ttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcaattggcggatt 3172063  T
Q  134 cttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcaga 233  Q
    ||||||||| || ||||||||||| || | ||||||  | ||||| ||| | |||||||||||| ||||       ||||| || ||| | ||  | |||    
T  3172062 cttgactcactgcggatggaactcaaccacggaaagtgtatgtgctggaatgccaatgttgtgtaggccattttttgctgatcaaccacctaacagtaga 3171963  T
Q  234 tatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaag 333  Q
      ||||||| | |||||| |||||||    ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  3171962 attatttgccaagaatggaagattgggatggaaattgataccaatgtaaagagaggggaggtagagaaactgatcaacgaattgatggtgggagagaaag 3171863  T
Q  334 gaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaa 433  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  3171862 gaaagaagatgaggcaaagggccatggagttgaagaagaaggcagaggaggatacaagatttggtggttgttcatacatgaacttggataaagtgattaa 3171763  T
Q  434 ggaggtattgctcaaacaaaattagattaa 463  Q
    |||||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  3171762 ggaggtcttgcttaaacaatattagattaa 3171733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 34 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 4586057 - 4585636
Alignment:
Q  34 ttttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggatt 133  Q
    |||||||||| || |||  |||||||| ||| ||||||||| |||| ||  | ||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||| |||| |||||    
T  4586057 ttttgtcatctgagtttaagaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggttggtgcccgcaagagcaagtattgaaccacccttcaattggtggatt 4585958  T
Q  134 cttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcaga 233  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || |  |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||       ||||| ||||||||||| || |||    
T  4585957 cttgactcactgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattcattgctgatcagccaacaaactgtaga 4585858  T
Q  234 tatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaag 333  Q
      ||||||||||||||||||||||||    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||| || |    
T  4585857 attatttgcaatgaatgggagattgggatggaagttgacaccaatgtgaagagagaggaggtggagaagttggtcaatgaattgatggtgggagagaatg 4585758  T
Q  334 gaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaa 433  Q
    |||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  4585757 gaaagaagatgaggcaaaaggcaatcgagttgaagaagaaggcggaggaggacacgagacctggaggttgttcatacataaacttggaaaaagtgattaa 4585658  T
Q  434 ggaggtattgctcaaacaaaat 455  Q
    |||||| ||||| ||| |||||    
T  4585657 ggaggttttgcttaaataaaat 4585636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 67 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 4481081 - 4480685
Alignment:
Q  67 atagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggattcttgactcattgtggatggaactccacaatgga 166  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||| || |  ||    
T  4481081 atagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagttttgaaccacccttcaatcggcggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactga 4480982  T
Q  167 aagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcagatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaa 266  Q
    |||  | ||||| ||||| |||||||||||||||||       || || |||||| | ||  | |||  |||||||||||||||||||||||||   |||    
T  4480981 aagtgtatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattctttgccgatcagccacctaaccgtagaattatttgcaatgaatgggagattggactcgaa 4480882  T
Q  267 attgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattga 366  Q
    || |||||||||||||||||||| || ||||||| | | |||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  4480881 atcgataccaatgtgaagagagaagatgtggagaggttaatcaatgaattgttggtgggagagaaaggaaagaagatgaagcaaaaggccatggagttga 4480782  T
Q  367 agaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaaggaggtattgctcaaacaaaattagattaa 463  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  4480781 agaagatggcagaggaggacacaagacctggtggttgttcatacatgaacttggacaaagtgattaaggaggtcttgcttaaacaaaattagattaa 4480685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 27 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 4602217 - 4601784
Alignment:
Q  27 tcagttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttg 126  Q
    ||||| ||||||||||| || |||   ||||||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||  | |    
T  4602217 tcagtgattttgtcatctgagtttacaaatgaaatttcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtgttgaaccacccttcgatcg 4602118  T
Q  127 gaggattcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaa 226  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||       || || |||||||||||    
T  4602117 gcggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccgatgttgtgttggcctttttttgccgatcagccaacaaa 4602018  T
Q  227 ttgcagatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtggga 326  Q
     || |||| |||||| |||||||||||||||||    ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | || |  |||    
T  4602017 ctgtagatttatttgtaatgaatgggagattggtatggaaatcgatacaaatgtgaagagagaggagttggcgaagctgatcaatgaagtgatagccgga 4601918  T
Q  327 gataaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaag 426  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||  ||| |||| ||||||||||||||||  |||| |||| ||||    
T  4601917 gataaaggcaagaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagatggcaaaggagagcactagactaggtggttgttcatacaagaacctggacaaag 4601818  T
Q  427 tgattaaggaggtattgctcaaacaaaattagat 460  Q
    | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  4601817 ttattaaggaggtgttgcttaaacaaaattagat 4601784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 34 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 4592652 - 4592231
Alignment:
Q  34 ttttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggatt 133  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||| |||| || ||||| |||||| |||| |||||    
T  4592652 ttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcgtaatcgcgagctggtgtcctcaagagcaagtattaaaccacccttcaattggtggatt 4592553  T
Q  134 cttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcaga 233  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |  ||||| || ||||| ||| | |||||||||||||||||         ||| ||||||||||| || |||    
T  4592552 cttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagtatatgtgctggaattccaatgttgtgttggccattctttagtgatcagccaacaaactgtaga 4592453  T
Q  234 tatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaag 333  Q
      ||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  4592452 cttatttacaatgaatgggagattgggatggaaattgatacgaatgtaaagagagaggaggtggagaaacttatcaatgaattgatggtgggagagaaag 4592353  T
Q  334 gaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaa 433  Q
    |||||||||||||| ||||||| || || ||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||  |||||||||| ||| |||| ||    
T  4592352 gaaagaagatgaggaaaaaggcaatcgagttgaagaagaaggcagaggagaacacgagacctggaggttgttcatatatgaacttggacaaattgatcaa 4592253  T
Q  434 ggaggtattgctcaaacaaaat 455  Q
    |||||| ||||| ||| |||||    
T  4592252 ggaggtgttgcttaaataaaat 4592231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 34 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 4560926 - 4560506
Alignment:
Q  34 ttttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggatt 133  Q
    |||| ||||| |||||| |||| |||| ||| ||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| || |||||    
T  4560926 ttttctcatctgatttt-tgaaagaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtattgaaccacccatcagtcggtggatt 4560828  T
Q  134 cttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcaga 233  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || |  |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||       || || |||||| |||| || |||    
T  4560827 cttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagttccaatgttgtgttggccattttttgcagatcagccagcaaactgaaga 4560728  T
Q  234 tatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaag 333  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||| |||    |||||||||    
T  4560727 tatatttgcaatgaatggaagattggaaacgaaattgatacaaatgtaaagagggaggacgtggagaaactggtcaatgaattgatgtcctgagataaag 4560628  T
Q  334 gaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaa 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||| | |||| ||||| || |||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  4560627 gaaagaagatgaggcaaaaggccatggagctgaagaaaaaggcggaggtgtacacgagacctggaggttgttcatacatgaacttggagaaagtgattaa 4560528  T
Q  434 ggaggtattgctcaaacaaaat 455  Q
    |||||| ||||| |||||||||    
T  4560527 ggaggtgttgcttaaacaaaat 4560506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 27 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 4557553 - 4557125
Alignment:
Q  27 tcagttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttg 126  Q
    |||||| |||||||||| || ||||| ||||||| ||| ||||||||| |||| ||  ||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||| |||    
T  4557553 tcagttgttttgtcatcggagtttgtcaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattg 4557454  T
Q  127 gaggattcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaa 226  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||       ||||| |||||| ||||    
T  4557453 gtggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccagcaaa 4557354  T
Q  227 ttgcagatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtggga 326  Q
     ||||||||||||||||||  ||||||||||||    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||  || |||||||||| |||| |||     
T  4557353 ctgcagatatatttgcaatacatgggagattggcatggaaattgacaccaatgtgaagagagatgaggtagagaatttggtcaatgaattgatggagggg 4557254  T
Q  327 gataaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaag 426  Q
    || ||||||||||||||| || |||||   || ||  |||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  4557253 gagaaaggaaagaagatgtggaaaaagataattgagatgaagacgaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgttcatacatgaatttggaaaaag 4557154  T
Q  427 tgattaaggaggtattgctcaaacaaaat 455  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  4557153 tgattaaggaggttttgcttaaacaaaat 4557125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 27 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 4571400 - 4570972
Alignment:
Q  27 tcagttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttg 126  Q
    |||||| |||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||  | |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  4571400 tcagttgttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaattgctggttggtgctcgcaagagaaagtattgaaccatccttcaattg 4571301  T
Q  127 gaggattcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaa 226  Q
    | || ||||||||||| |||||||||||||| || |  |||||||| | | | ||||| ||||||||||||| |||       ||||| |||||| ||||    
T  4571300 gtggtttcttgactcactgtggatggaactcaacgaccgaaagcatatctactggagttccaatgttgtgttagccattttttgctgatcagccagcaaa 4571201  T
Q  227 ttgcagatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtggga 326  Q
     || |||||||| ||||||  |||||||||||||   ||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||  || |||||||||| |||||||||    
T  4571200 ctgtagatatatctgcaatacatgggagattggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtggga 4571101  T
Q  327 gataaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaag 426  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||    |||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4571100 gataaaggaaagaagatgaggaaaaatataatggagatgaagaagaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgttcatacatgaacttggaaaaag 4571001  T
Q  427 tgattaaggaggtattgctcaaacaaaat 455  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  4571000 tgattaaggaggttttgcttaaataaaat 4570972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 34 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 4574729 - 4574308
Alignment:
Q  34 ttttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggatt 133  Q
    |||| ||||| |||||| |||| |||| ||| ||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| | |||||| || |||||    
T  4574729 ttttctcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtattgaaccacctttcagtcggtggatt 4574630  T
Q  134 cttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcaga 233  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || |  |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||        | || |||||| |||| ||||||    
T  4574629 cttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagttccaatgttatgttggccatttttttcggatcagccagcaaactgcaga 4574530  T
Q  234 tatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaag 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| |||   ||||||||||    
T  4574529 tatatttgcaatgaatgggagattggaaaggaaatcgatactaatgtaaagagggaggaggtggagaaactggtcaatgaattgatgtccggagataaag 4574430  T
Q  334 gaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaa 433  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||  |||| |||||| ||||| || ||||||||||||   |||||||| |||||||||||    
T  4574429 gaaagaagatgaggcaaaaagccattgagctgaagaagaaggtggaggtggacacgagacctggaggttgttcatacacaaacttggagaaagtgattaa 4574330  T
Q  434 ggaggtattgctcaaacaaaat 455  Q
    |||||| ||||| |||||||||    
T  4574329 ggaggtgttgcttaaacaaaat 4574308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 31 - 467
Target Start/End: Original strand, 4259862 - 4260298
Alignment:
Q  31 ttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggagg 130  Q
    ||||||||||||| || |||| || ||||| ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| ||||  |||||||  |||||||||| ||    
T  4259862 ttattttgtcatctgagtttgagagtgaaatttcggatagaggcctaatcgcgagctggtgtccgcaagagcaagtactgaaccactcttcagttggtgg 4259961  T
Q  131 attcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgc 230  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||       ||||| ||||||||||| ||     
T  4259962 attcttaactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatttgtgccgaagttccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccaacaaactgt 4260061  T
Q  231 agatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagata 330  Q
    |||| |||||| || |||||||||||||||   |||||| |||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| | |||   |||||      
T  4260062 agatttatttgtaacgaatgggagattggaattgaaattaatactaatgtgaaaagagatgaggtggcgaagctgatcaatgaaattatgtcaggagaag 4260161  T
Q  331 aaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgat 430  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| |||| || |||  ||||| |||||   |||||||||| ||||| ||    
T  4260162 aaggaaagaagatgaggcaaaaggtcatggagttgaagaggaaggcagaggagaacaccagtccatctggttattcattgatgaacttggacaaagttat 4260261  T
Q  431 taaggaggtattgctcaaacaaaattagattaaagtg 467  Q
    |||| ||||  ||||||||||| | ||||||||||||    
T  4260262 taagcaggtcatgctcaaacaatactagattaaagtg 4260298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 36 - 463
Target Start/End: Original strand, 4504110 - 4504537
Alignment:
Q  36 ttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggattct 135  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  |  ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||    
T  4504110 ttgtcatctgattttgtgaatgaaacttctaatagaggacttgtagcaagttggtgtccacaagataaagtgttgaaccacccttcaatcggaggattct 4504209  T
Q  136 tgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcagata 235  Q
    |||||||||||||||||||||| || |  |||||  | ||||| ||||| |||||||||||||||||        |||| ||||||   ||| |||        
T  4504210 tgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagtgtttgtgctggagtgccaatgttgtgttggccatttttttctgatcagccacttaatagcaacat 4504309  T
Q  236 tatttgcaatgaatgggagattggagcagaa-attgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaagg 334  Q
    ||||||| | |||||||||||||| |  ||| |||||| |||||||  ||||||| ||||| ||||| || || |||||||| ||||||||||| |||||    
T  4504310 tatttgcgaagaatgggagattgg-gatgaagattgatgccaatgtacagagagaagaggtagagaaacttattaatgaattgatggtgggagagaaagg 4504408  T
Q  335 aaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaag 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  4504409 aaagaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggaggacacaagacttggtggttgttcatacatgaacttggacaaagtgattaag 4504508  T
Q  435 gaggtattgctcaaacaaaattagattaa 463  Q
    || || ||||| ||| || ||||||||||    
T  4504509 gacgtcttgcttaaaaaatattagattaa 4504537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 66 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 4617411 - 4617020
Alignment:
Q  66 gatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggattcttgactcattgtggatggaactccacaatgg 165  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| || || |  |    
T  4617411 gatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagacaaagtgttgaaccacccttcaatcggaggattcttgactcattgcggatggaattcaaccactg 4617312  T
Q  166 aaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcagatatatttgcaatgaatgggagattggagcaga 265  Q
    |||| || || || ||||| |||||||||||||||||       || || ||||||||| | || |||| |||||| |||||||||||||||||    ||    
T  4617311 aaagtatatgcgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgaccagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggagattggtatgga 4617212  T
Q  266 aattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattg 365  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| | || |  ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||    
T  4617211 aatcgatacgaatgtgaagagagaggagttggcaaagctgatcaatgaagtgatagccggagataaaggaaagaaaatgaagcaaaaggccatggagttg 4617112  T
Q  366 aagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaaggaggtattgctcaaacaaaatta 457  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||    
T  4617111 aagaagaaggcagaggagaacactagaccaggtggttgttcatacatgaacttgaacaaagttattaaggatgtgttgcttaaacaaaatta 4617020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 34 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 4579853 - 4579432
Alignment:
Q  34 ttttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggatt 133  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||| |||| |||||    
T  4579853 ttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaataacgagctggtgtccgcaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggatt 4579754  T
Q  134 cttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcaga 233  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |  |||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||       ||||| || |||  ||  ||||||    
T  4579753 cttgactcattgcggatggaactcaatcactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccatttttcgctgatcacccagtaagctgcaga 4579654  T
Q  234 tatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaag 333  Q
    ||| | ||||||  |||| | ||||||   ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||    
T  4579653 tatttatgcaatacatggaaaattggaattgaaatcgacactaatgtgaagagagaggaggtggagaagctggttaatgaattgatggtgggagagaaag 4579554  T
Q  334 gaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaa 433  Q
     ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||  ||||||||||| ||||| || || ||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  4579553 caaagaagatgaggcaaaaggcaattgagttgaagaagaaggtggaggaggacacgagacctggaggctgttcatacatgaacttggagaaagtgattaa 4579454  T
Q  434 ggaggtattgctcaaacaaaat 455  Q
    |||||| || ||||||||||||    
T  4579453 ggaggtgttactcaaacaaaat 4579432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 34 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 4598592 - 4598187
Alignment:
Q  34 ttttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggatt 133  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||| || | ||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||| |||| |||||    
T  4598592 ttttgtcatcggagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcttagttgcaagctggtgtctgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggatt 4598493  T
Q  134 cttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcaga 233  Q
    ||| |||||||| ||||||||||| || |  ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||       || || |||| | | || ||||||    
T  4598492 cttaactcattgcggatggaactcaaccactgaaagtatatgtgccggagtgccaatgttgtgttgtccctttttcgcggatcagcaagccaactgcaga 4598393  T
Q  234 tatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaag 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||  |||||||||||    
T  4598392 tatatttgcaatgaatgggagattggaatcaaaattgaaactaatgtgaagagagaggaggtggagaagctggtcaacgaattgatgtcgggagataaag 4598293  T
Q  334 gaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaa 433  Q
    ||||||| |||||||||||| | || || ||||||| |||||| |||||||| || ||||  || |||||||||||| ||||||| || |||||||||||    
T  4598292 gaaagaaaatgaggcaaaagacaattgatttgaagatgaaggcggaggaggaaacgagacttggaggttgttcatacatgaacttagagaaagtgattaa 4598193  T
Q  434 ggaggt 439  Q
    ||||||    
T  4598192 ggaggt 4598187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 31 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 4461547 - 4461115
Alignment:
Q  31 ttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggagg 130  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||| |||| ||    
T  4461547 ttattttgtcatctgagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatagcaagctggtgtccgcaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtgg 4461448  T
Q  131 attcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgc 230  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || |  |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||       | ||| |||||| |||| ||     
T  4461447 attcttgactcattgtggatggaattcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccgatgttgtgttggccattctttggtgatcagccagcaaactgt 4461348  T
Q  231 agatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagata 330  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||   ||||| ||||   |||||||||| || |||||||||||| || |||| ||||| ||||| ||||| |    
T  4461347 agatttatttgcaacaaatgggagattggacttgaaatcgataaagatgtgaagagggatgaggtggagaagttggtcaacgaattgatggttggagaga 4461248  T
Q  331 aaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgat 430  Q
      |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||| || ||||| || |||  |||||||  ||||||||| ||||| ||    
T  4461247 ttggaaagaagatgaggcaaaaggtcatggaattcaagaagaaggtggaggaggataccagacctggaggtgtttcatacaagaacttggacaaagtcat 4461148  T
Q  431 taaggaggtattgctcaaacaaaattagattaa 463  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  4461147 taaggatgtcttgcttaaacaaaattagattaa 4461115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 27 - 466
Target Start/End: Original strand, 4266870 - 4267309
Alignment:
Q  27 tcagttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttg 126  Q
    |||||| |||||||||| |||||| | || |||| ||| ||||||||  |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||  |||    
T  4266870 tcagttgttttgtcatctgatttttttaaagaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagataaagtgttgaaccacccttcgattg 4266969  T
Q  127 gaggattcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaa 226  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||| || || |  |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||       | ||| |||||||||||    
T  4266970 gtggattcttgactcattgcggatggaattcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattctttggtgatcagccaacaaa 4267069  T
Q  227 ttgcagatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtggga 326  Q
     || |||| ||||||| |||||||||||||||||   |||||  |||| |||||||||||||| || || |||||| |  |||||||||| |||||||||    
T  4267070 ctgtagatttatttgctatgaatgggagattggactcgaaatcaatacaaatgtgaagagagatgacgtcgagaagttagtcaatgaattgatggtggga 4267169  T
Q  327 gataaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaag 426  Q
    || |||||||| | ||||| |||||| | | |||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||    
T  4267170 gagaaaggaaatatgatgaagcaaaatgtcttggagttgaagaggaaggcagaagagaacacaagacctggtggtttttcatacatgaacttggacaaag 4267269  T
Q  427 tgattaaggaggtattgctcaaacaaaattagattaaagt 466  Q
    | |||||||||||  |||| |||||| | |||||| ||||    
T  4267270 ttattaaggaggtcatgcttaaacaatactagattgaagt 4267309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 54 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 4506258 - 4505848
Alignment:
Q  54 aatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggattcttgactcattgtggatgga 153  Q
    ||||||| ||| |||||| || | ||||||||||||||| | |||||||||||||| || || |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  4506258 aatgaaatttcagatagaagccttatagcaagctggtgttcacaagagaaagtgttaaatcacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatgga 4506159  T
Q  154 actccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcagatatatttgcaatgaatggga 253  Q
    |||| || |  |||||||| || || ||||| |||||| ||||||||||       | ||| || |||||||| || |||| |||||||||||||| |||    
T  4506158 actcaaccactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgctgtgttggccgttctttggtgatcaaccaacaaactgtagatttatttgcaatgaattgga 4506059  T
Q  254 gattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaaggaaagaagatgaggcaaaag 353  Q
    |||||||   ||||||||||| |||||||| |||||  | || ||||||||| || ||||| | ||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||    
T  4506058 gattggaatcgaaattgatactaatgtgaatagagaaaatgtagagaagctggtcgatgaaattatggttggagagaaaggaaacaagatgaggaaaaag 4505959  T
Q  354 gccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaaggaggtattgctcaaacaaa 453  Q
    | |||||| ||||| |||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||    
T  4505958 gtcatggagttgaaaaagagggcaaaggaggatacaagacctggtggttgttcattcatgaacttggacaaagttattaaggaggtgttgcttaaacaaa 4505859  T
Q  454 attagattaaa 464  Q
    |||||||||||    
T  4505858 attagattaaa 4505848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 34 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 4564132 - 4563711
Alignment:
Q  34 ttttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggatt 133  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||||| |||| |||||    
T  4564132 ttttgtcatctgagtttgtgaatgaaatttcagatagaggcttaattgcaagttggtgtccacaggagaaagtattgaaccacccttcaattggcggatt 4564033  T
Q  134 cttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcaga 233  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || |  |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||       | ||| ||||||||||| || |||    
T  4564032 cttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagttccaatgttgtgttggccattctttggtgatcagccaacaaactgtaga 4563933  T
Q  234 tatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaag 333  Q
      ||||| ||||||||||||||||||    ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||  |||||||||| |||   ||||| ||||    
T  4563932 cttatttacaatgaatgggagattgggatggaaatcgatacgaatgtaaagagagaagaggtggagaaacttgtcaatgaattgatgtcaggagagaaag 4563833  T
Q  334 gaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaa 433  Q
    ||||||||||| |||||||||| || || ||||||||||| |  |||||  |||| ||| | || |||||||||||| |||||||||| |||||||| ||    
T  4563832 gaaagaagatgcggcaaaaggcaattgagttgaagaagaaagtggaggaaaacacgagagctggaggttgttcatacatgaacttggacaaagtgatcaa 4563733  T
Q  434 ggaggtattgctcaaacaaaat 455  Q
    |||||| ||||| |||||||||    
T  4563732 ggaggttttgcttaaacaaaat 4563711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 36 - 436
Target Start/End: Original strand, 4490068 - 4490468
Alignment:
Q  36 ttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggattct 135  Q
    |||||||| |||||| |||| |||| ||| ||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| || |||||| |||| |||||||    
T  4490068 ttgtcatctgattttttgaaagaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtattgaatcacccttcaattggtggattct 4490167  T
Q  136 tgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcagata 235  Q
    |||||||||||||||||||||| |  ||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||||||       ||||| || |||   |   | |||      
T  4490168 tgactcattgtggatggaactcaatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgctgatcaaccacttagcagtagaat 4490267  T
Q  236 tatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaagga 335  Q
    ||||||| | ||||||||||||||     |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  4490268 tatttgcgaagaatgggagattgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatcaatgaattgatggtgggagagaaagga 4490367  T
Q  336 aagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaagg 435  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||  |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  4490368 aagaagatgaggcaaaaggcgacggagttgaagaagaaggcagcggaggacacgagactcggtggtagttcatacatgaacttggacaaagtgattaagg 4490467  T
Q  436 a 436  Q
    |    
T  4490468 a 4490468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 62 - 462
Target Start/End: Original strand, 4256350 - 4256751
Alignment:
Q  62 ttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggattcttgactcattgtggatggaactccaca 161  Q
    ||||||||||||  |||| |  || ||||||||||||||| ||||  |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||     
T  4256350 ttcggatagaggactaatcgagagttggtgtccgcaagagcaagtactgaaccactcttcagttggtggattcttgactcattgaggatggaactcaacc 4256449  T
Q  162 atggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcag-ccaacaaattgcagatatatttgcaatgaatgggagattgga 260  Q
    || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||       ||||| ||| |||||||| || |||| |||||| |  |||||||||||||||    
T  4256450 attgaaagcatttgtgccggagttccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagaccaacaaactgtagatttatttgtagcgaatgggagattgga 4256549  T
Q  261 gcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatgg 360  Q
       |||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4256550 attgaaatcaatactaatgtgaagagagatgaggtggagaatctgatcaatgaattgatgtcgggagaaaaaggaaagaagatgaggcaaaaggtcatgg 4256649  T
Q  361 aattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaaggaggtattgctcaaacaaaattagat 460  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||| || |||| ||||  |||||   |||||||||| ||||| |||||||||||  |||| |||||| | |||||    
T  4256650 aattgaagaagaagacagagaagaacaccagcccagctggtcattcattgatgaacttggacaaagttattaaggaggtcatgcttaaacaatactagat 4256749  T
Q  461 ta 462  Q
    ||    
T  4256750 ta 4256751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 34 - 467
Target Start/End: Original strand, 4514832 - 4515265
Alignment:
Q  34 ttttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggatt 133  Q
    ||||||| || || ||||||||||||| | | ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| |||| |||||    
T  4514832 ttttgtcgtctgagtttgtgaatgaaattgcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagttttgaaccacccttcaattggcggatt 4514931  T
Q  134 cttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcaga 233  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || |  || ||||| || || ||||| |||||| | |||||||        | ||| || |||||||| || |||    
T  4514932 cttgactcattgcggatggaactcaaccactgagagcatatgcgctggagtgccaatgctttgttggcaattctttggtgatcaaccaacaaactgtaga 4515031  T
Q  234 tatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaag 333  Q
    | ||||||||||||||||||||||||    ||||| ||||  |||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  4515032 tttatttgcaatgaatgggagattgggatcgaaatcgatatgaatgtgaagagagaggaggttgaaaagcttgtcaatgaattgatggtgggagagaaag 4515131  T
Q  334 gaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaa 433  Q
    |||| || |||||| ||||||  ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||  || || | ||||||| |||||||||| |||||||| ||    
T  4515132 gaaataaaatgaggaaaaaggttatggagttgaaaaagaaggcagacgaggacactagacttggcgggtcttcatacttgaacttggacaaagtgatcaa 4515231  T
Q  434 ggaggtattgctcaaacaaaattagattaaagtg 467  Q
    |||||| ||||| |||||||||||| | ||||||    
T  4515232 ggaggtgttgcttaaacaaaattagttcaaagtg 4515265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 66 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 4493344 - 4492946
Alignment:
Q  66 gatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggattcttgactcattgtggatggaactccacaatgg 165  Q
    ||||||||| |||| || || |||||||| ||||||||| || ||||||| | |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |       
T  4493344 gatagaggcctaattgctagttggtgtccacaagagaaactgctgaaccaccattcgattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaactacca 4493245  T
Q  166 aaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcagatatatttgcaatgaatgggagattggagcaga 265  Q
    ||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||         ||| ||||||||||| || ||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  4493244 aaaacatatgtgccggagtgccaatgttgtgttggcctttctttagtgatcagccaacaaactgtagattgatttgcaatgaattggagattggagtaga 4493145  T
Q  266 aattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattg 365  Q
    ||| ||||  ||||| || |||||  | |||||||| ||| |||||||  | ||||| ||||| |||||||| |||||||||  ||| |||| ||| |||    
T  4493144 aatcgataggaatgttaatagagaaaatgtggagaatctggtcaatgagattatggttggagagaaaggaaacaagatgaggagaaaagccacggagttg 4493045  T
Q  366 aagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaaggaggtattgctcaaacaaaattagattaaa 464  Q
    || |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||    
T  4493044 aaaaagaaggcagaggaggacacagtacctggtggttgttcatacatgaacttggacaaagtgatcaaggatgtcttgcttaaacaaaattagattaaa 4492946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 31 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 4622566 - 4622145
Alignment:
Q  31 ttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggagg 130  Q
    ||||||||||||| || |||| |||||||| ||| | ||||||| |||| ||| | |||||||| |||||| ||||  | ||||| ||| || |||| ||    
T  4622566 ttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcaggtagaggcctaatcgcaggttggtgtccacaagaggaagtacttaaccaccctgcaattggtgg 4622467  T
Q  131 attcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgc 230  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || |  |||||||| ||||| |||||  ||||| ||||||||||       ||||| ||||||||||| ||     
T  4622466 attcttgactcattgtggatggaattcaaccaccgaaagcatatgtgctggagtttcaatgctgtgttggccatttttcgctgatcagccaacaaactgt 4622367  T
Q  231 agatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagata 330  Q
    |||||||| ||||||  |||||||||||||   |||||  |||| |||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||  ||||||||    
T  4622366 agatatatctgcaattcatgggagattggaatcgaaatcaatactaatgtgaaaagagaggaggtgtcgaatctgatcaatgaattgatgtcgggagata 4622267  T
Q  331 aaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgat 430  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||   || || || |||||||||||||||   |||||||| ||||| ||    
T  4622266 aaggaaagaagatgagacaaaaggccatggagttgaaggagaaggcagatgagacgaccagccctggtggttgttcatacaacaacttggacaaagttat 4622167  T
Q  431 taaggaggtattgctcaaacaa 452  Q
    |||||||||  |||| ||||||    
T  4622166 taaggaggtcatgcttaaacaa 4622145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 34 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 4458015 - 4457715
Alignment:
Q  34 ttttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggatt 133  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||    
T  4458015 ttttgtcatcggattttgtgaatgaaacttctgatagaggcttaatagcaagttggtgtccacaagataaagtgttgaaccacccttcaatcggaggatt 4457916  T
Q  134 cttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcaga 233  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || |  |||||||| || || ||||| |||||| || |||||||       | |||  ||||||||| ||| |||    
T  4457915 cttgactcattgtggatgaaactcaaccactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgctgcgttggccattctttggtgataagccaacaagttgtaga 4457816  T
Q  234 tatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaag 333  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||    ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||| |  |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  4457815 tttatttgcaatgaatgagagattgggatggaaatcgatacaaatgtgaagagagatgaggtggagaagttagtcaatgaattgatggtgggagaaaaag 4457716  T
Q  334 g 334  Q
    |    
T  4457715 g 4457715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 49 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 4470209 - 4469813
Alignment:
Q  49 ttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggattcttgactcattgtgg 148  Q
    |||| |||| || ||| ||||||||| |||| |  | ||||||||| |||||| ||||  ||||||| |||||| | || ||||||||||||||||| ||    
T  4470209 ttgtaaatggaatttcagatagaggcctaatcgtgaactggtgtcctcaagagcaagtactgaaccacccttcaatcggtggattcttgactcattgcgg 4470110  T
Q  149 atggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcagatatatttgcaatgaa 248  Q
    ||||||||| || |  |||||||| || || ||||| |||||||||||||||||       | ||| |||| | ||||||| |||| |||||||||||||    
T  4470109 atggaactcaaccactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgttgtgttggccattctttggtgatcagctagcaaattgtagatttatttgcaatgaa 4470010  T
Q  249 tgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaaggaaagaagatgaggc 348  Q
    ||||||||||||   ||||| ||||   ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||     
T  4470009 tgggagattggacttgaaatcgataaagatgtgaagagagatgaggtggagaagctagtcaatgaattgatggttggagagaatggaaagaagatgaggg 4469910  T
Q  349 aaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaaggaggtattgct 445  Q
    |||||  |||||| || ||||||||||  |||||||| || ||||| || |||  |||||||  ||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  4469909 aaaagatcatggagttcaagaagaaggtggaggaggataccagacctggaggtgtttcatacaagaacttggacaaagtcattaaggatgtcttgct 4469813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 248 - 467
Target Start/End: Original strand, 4299671 - 4299884
Alignment:
Q  248 atgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaaggaaagaagatgagg 347  Q
    |||||||||||||   ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||     
T  4299671 atgggagattggaatcgaaatcgatacaaatgtgaggagagaggaggtggaaaagctgatcaatgaattgatggtgggagagaaaggagataagatgaga 4299770  T
Q  348 caaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaaggaggtattgctca 447  Q
    |||||||| | ||| ||      ||||||||||||| |||| |  |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||||  |||| |    
T  4299771 caaaaggcaagggagtt------gaaggcagaggagaacactaatccaggtggttgttcgtacatgaacttggacaaagttattaaggaggttctgctta 4299864  T
Q  448 aacaaaattagattaaagtg 467  Q
    ||||| |||||| |||||||    
T  4299865 aacaatattagaataaagtg 4299884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 31 - 172
Target Start/End: Original strand, 4299529 - 4299670
Alignment:
Q  31 ttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggagg 130  Q
    ||||||||||||| || |||| |||||||| |||  |||||||| |||  ||||||| |||||| |||||  ||||  ||||||| |||||| |||| ||    
T  4299529 ttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcaaatagaggcctaaccgcaagctagtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtgg 4299628  T
Q  131 attcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcat 172  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||    
T  4299629 attcttgactcactgtggatggaactcaaccattgaaagcat 4299670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 349 - 457
Target Start/End: Original strand, 4392052 - 4392160
Alignment:
Q  349 aaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaaggaggtattgctcaa 448  Q
    ||||||| || || ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||| | |||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||    
T  4392052 aaaaggcgatcgagttgaagaagaaggcaaaggaggacacatgacctggtggttcttcattcatgaacttggacaaactgattaaggaggtcttgcttaa 4392151  T
Q  449 acaaaatta 457  Q
    ||| |||||    
T  4392152 acataatta 4392160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 373 - 455
Target Start/End: Original strand, 4606941 - 4607023
Alignment:
Q  373 aggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaaggaggtattgctcaaacaaaat 455  Q
    |||| |||| |||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  4606941 aggcggagggggacaagagaccaggtggtttttcatacatgaacttggaaaaagtgattaagaaggttttgcttaaacaaaat 4607023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 81 - 157
Target Start/End: Original strand, 4391885 - 4391961
Alignment:
Q  81 gcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggattcttgactcattgtggatggaactc 157  Q
    ||||| ||||||||| ||||| |||| |||||||| |||| | || | |||||||| || ||||||||||| |||||    
T  4391885 gcaagatggtgtccgaaagagcaagtattgaaccacccttgaatttgtggattcttaacgcattgtggatgaaactc 4391961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 198; Significance: 1e-107; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 34 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 1674647 - 1674221
Alignment:
Q  34 ttttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggatt 133  Q
    |||||||||| || ||| |||| |||| ||| ||||||||| ||||| |||  |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | || |||||    
T  1674647 ttttgtcatctgagtttatgaaagaaatttcagatagaggcctaatatcaaattggtgtccacaagagaaagtgttgaaccacccttcaatcggcggatt 1674548  T
Q  134 cttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcaga 233  Q
    |||||| || || ||||||||||| || |  |||||||| || || ||||| |||||||||||||||||       ||||| ||||||||||| || |||    
T  1674547 cttgacacactgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccaacaaactgtaga 1674448  T
Q  234 tatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaag 333  Q
    | |||||| ||||||||| |||||||    ||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |    
T  1674447 tttatttgtaatgaatggaagattggtatggaaattgatacgaatgtgaagagagagggtttggagaagcttatcaatgaattgatggtgggagagaatg 1674348  T
Q  334 gaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaa 433  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  1674347 gaaaaaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggagaacactagaccaggtggttgttcatacatgaacttggacaaagtgattaa 1674248  T
Q  434 ggaggtattgctcaaacaaaattagat 460  Q
    ||| || ||||| ||||||||||||||    
T  1674247 ggaagtgttgcttaaacaaaattagat 1674221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 48 - 455
Target Start/End: Original strand, 20863568 - 20863975
Alignment:
Q  48 tttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggattcttgactcattgtg 147  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||| |||| || || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||  | ||||||||||    
T  20863568 tttgtgaatgaaatttcagatagaggcctaatcgcgagttggtgtccacaagagaaggtgttgaaccatccttcaattggtggatttctaactcattgtg 20863667  T
Q  148 gatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcagatatatttgcaatga 247  Q
    |||||||||| || || || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||       ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||  |    
T  20863668 gatggaactcaaccattgagagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgctggccattttttgctgatcagccgacaaactgcagatacatttgcaacaa 20863767  T
Q  248 atgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaaggaaagaagatgagg 347  Q
    ||||||||||||    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||    
T  20863768 atgggagattgggatcgaaattgacaccaatgtcaagagagaggaggtggagatgctggtaaatgaattgatggtgggagagaaaggaaggaggatgagg 20863867  T
Q  348 caaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaaggaggtattgctca 447  Q
    |||||| | |  || |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  20863868 caaaagacaaatgagttgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccggaaggtggttcatatatgaacttggacaaagtgattaaggaggtgttgctta 20863967  T
Q  448 aacaaaat 455  Q
    ||||||||    
T  20863968 aacaaaat 20863975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 34 - 455
Target Start/End: Original strand, 16685978 - 16686399
Alignment:
Q  34 ttttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggatt 133  Q
    |||||||||| || |||  ||||||||  || |||||| || |||| || |||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||| | || |||||    
T  16685978 ttttgtcatctgagtttaagaatgaaatctcagatagaagcctaatcgcgagctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaatcggtggatt 16686077  T
Q  134 cttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcaga 233  Q
    ||| |||||||||||||||||||| || |  ||||| || | ||| ||||| |||||||||||||||||       ||||| |||||| |||| ||||||    
T  16686078 cttaactcattgtggatggaactcaaccactgaaagtatatatgctggagttccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccagcaaaatgcaga 16686177  T
Q  234 tatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaag 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||||| ||||||||||| ||||    
T  16686178 tatatttgcaatgaatgggagattggcatggaaattgacaccaatgtgaagagagatgaggtggagaaattggtcaatgaattgatggtgggagagaaag 16686277  T
Q  334 gaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaa 433  Q
    |||||||||||||| |||||   || ||| || | | |||||  || || ||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  16686278 gaaagaagatgaggaaaaagataattgaactgcaaatgaaggtggacgaagacccgagacctggtggttgttcatacatgaacttggaaaaagtgattat 16686377  T
Q  434 ggaggtattgctcaaacaaaat 455  Q
    |||||| ||||| |||||||||    
T  16686378 ggaggttttgcttaaacaaaat 16686399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 177; Significance: 4e-95; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 27 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 1281542 - 1281109
Alignment:
Q  27 tcagttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttg 126  Q
    ||||| ||||||||||| || |||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |    
T  1281542 tcagtgattttgtcatctgactttgcgaatgaaatttcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtgttgaaccacccttcaatcg 1281443  T
Q  127 gaggattcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaa 226  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||| || |  |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||       ||||| ||||||||| |    
T  1281442 gtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccaacaga 1281343  T
Q  227 ttgcagatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtggga 326  Q
     || |||| |||||| ||||||||| |||||||    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| || |  ||     
T  1281342 ctgtagatttatttgtaatgaatggaagattggtatggaaatcgatacaaatgtgaagagagaggaggtggctaagttgatcaatgaattgatagccggg 1281243  T
Q  327 gataaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaag 426  Q
    ||| |||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||  ||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||    
T  1281242 gatgaaggaaagaatatgagagaaaaggccatggaattgaagaaggcggcggaggagaacactagaccgggtggttgttcatacatgaacttcgacaaag 1281143  T
Q  427 tgattaaggaggtattgctcaaacaaaattagat 460  Q
    ||||||||||  | ||||| ||||||||||||||    
T  1281142 tgattaaggaaatgttgcttaaacaaaattagat 1281109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 114 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 35848448 - 35848408
Alignment:
Q  114 catccttcagttggaggattcttgactcattgtggatggaa 154  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  35848448 catccatcagttgggggattcttgactcattgtggttggaa 35848408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 114 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 35866119 - 35866079
Alignment:
Q  114 catccttcagttggaggattcttgactcattgtggatggaa 154  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  35866119 catccatcagttgggggattcttgactcattgtggttggaa 35866079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0288 (Bit Score: 173; Significance: 1e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0288
Description:

Target: scaffold0288; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 31 - 452
Target Start/End: Original strand, 3427 - 3848
Alignment:
Q  31 ttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggagg 130  Q
    ||||||||||||| || |||| |||||||| ||| ||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||| ||||  ||| ||| |||||| |||| ||    
T  3427 ttattttgtcatcagaatttgagaatgaaatttcagatagaggcctaatcacaagctggtgtccacaagagcaagtactgatccacccttcaattggtgg 3526  T
Q  131 attcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgc 230  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || |  |||||||| || || |||||||||||| | ||||||||       | ||| ||||||||||| ||     
T  3527 attcttgactcattgtggatggaattcaaccactgaaagcatatgcgctggagtaccaatgctttgttggccattctttggtgatcagccaacaaactgt 3626  T
Q  231 agatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagata 330  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||   ||||| ||||   ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| | ||||||||| |    
T  3627 agatttatttgcaacgaatgggagattggacttgaaatcgatatggatgtgaagagagatgaggtggagaagctagtcaatgaattgacggtgggagaga 3726  T
Q  331 aaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgat 430  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||| ||    
T  3727 aaggaaagaagatgaggcaaaaggccgtggagttaaagaagaaggcagaggagaacactagaccaggtggtcgttcatacatgaacctggacaaagttat 3826  T
Q  431 taaggaggtattgctcaaacaa 452  Q
    ||||||||| ||||| ||||||    
T  3827 taaggaggttttgcttaaacaa 3848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 34 - 460
Target Start/End: Original strand, 27999810 - 28000236
Alignment:
Q  34 ttttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggatt 133  Q
    |||||||||| || |||  ||| |||| ||| ||||||||| ||||| |||  |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| |  | || ||    
T  27999810 ttttgtcatctgagtttaggaaagaaatttcagatagaggcctaatatcaaattggtgtccacaagagaaagttttgaaccacccttcaatcagcgggtt 27999909  T
Q  134 cttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcaga 233  Q
    ||||||||| || ||||||||||| || |  |||||||| || || ||||| ||||||||||||||| |       ||||| ||||||||||| || |||    
T  27999910 cttgactcactgcggatggaactcaaccaccgaaagcatatgcgctggagtgccaatgttgtgttggtcattttttgctgatcagccaacaaactgtaga 28000009  T
Q  234 tatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaag 333  Q
    | |||||| ||||||||| |||||||    ||||||||||  |||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |    
T  28000010 tttatttgtaatgaatggaagattggtatggaaattgatatgaatgtgaagatagaggatttggagaagcttatcaatgaattgatggtgggagagaatg 28000109  T
Q  334 gaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgattaa 433  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  28000110 gaaaaaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaaaaaggcagaggagaacactagaccaggtggttgttcatacatgaacttggacaaagtgattaa 28000209  T
Q  434 ggaggtattgctcaaacaaaattagat 460  Q
    ||| || ||| | ||||||||||||||    
T  28000210 ggaagtgttgtttaaacaaaattagat 28000236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 27 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 24103427 - 24102988
Alignment:
Q  27 tcagttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttg 126  Q
    |||||| |||||||||| |||||| | || |||  ||| ||||||||  |||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||  |||    
T  24103427 tcagttgttttgtcatctgatttttttaaagaagtttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagataaagtgttaaaccacccttcgattg 24103328  T
Q  127 gaggattcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaa 226  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||| || |  |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||       | ||| || ||||||||    
T  24103327 gtggattcttgactcattgcggatggaactcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattctttggtgatcaaccaacaaa 24103228  T
Q  227 ttgcagatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtggga 326  Q
     || |||| ||||||| |||||||||||||||||   ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||| |  |||||||||| |||||||||    
T  24103227 ctgtagatttatttgctatgaatgggagattggactcgaaatcgatacaaatgtgaagagagatgacgtcgagaagttagtcaatgaattgatggtggga 24103128  T
Q  327 gataaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaag 426  Q
    || || ||||||| ||||| |||||||| | |||| || |||||||||||||| ||| |||||||| | ||||||| ||||||| |||||||||| ||||    
T  24103127 gagaacggaaagacgatgaagcaaaaggtcttggagttcaagaagaaggcagaagagaacacaagatctggtggtttttcatacatgaacttggacaaag 24103028  T
Q  427 tgattaaggaggtattgctcaaacaaaattagattaaagt 466  Q
    | |||||||||||  |||| ||||||   |||||||||||    
T  24103027 ttattaaggaggtcatgcttaaacaattctagattaaagt 24102988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 114 - 163
Target Start/End: Original strand, 20155244 - 20155293
Alignment:
Q  114 catccttcagttggaggattcttgactcattgtggatggaactccacaat 163  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  20155244 catccttcaattggaggattcttgacacattgtggatggaattcaacaat 20155293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0477 (Bit Score: 151; Significance: 1e-79; HSPs: 1)
Name: scaffold0477
Description:

Target: scaffold0477; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 31 - 466
Target Start/End: Original strand, 4394 - 4829
Alignment:
Q  31 ttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggagg 130  Q
    ||||||||||||| || |||| |||||||| ||| ||||||||| |||| || ||||||||||| |||||| ||||  ||||||| |||||| |||| ||    
T  4394 ttattttgtcatctgagtttgagaatgaaatttcagatagaggcctaattgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtgg 4493  T
Q  131 attcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgc 230  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||       || || ||||||||||| |      
T  4494 attcttgactcattgcggatggaactcaaccattgaaagcatatgtgtaggagtgccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactat 4593  T
Q  231 agatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagata 330  Q
     | ||||| | | ||  |||||||| |||    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||   |||  ||||||||||||| |||  ||||||||    
T  4594 cggtatatctcccatatatgggagactggtatggaaattgatactaatgtgaagagagagaaggtaacgaatatgatcaatgaattgatgtcgggagata 4693  T
Q  331 aaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgat 430  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||  | ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  4694 aaggaatgaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggagaacaccagttctggtggctgttcatacatgaacttggacaaagtgat 4793  T
Q  431 taaggaggtattgctcaaacaaaattagattaaagt 466  Q
    |||||||||  |||| ||||||   |||||||||||    
T  4794 taaggaggtcatgcttaaacaatgctagattaaagt 4829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 31 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 3086844 - 3086430
Alignment:
Q  31 ttattttgtcatccgattttgtgaatgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggagg 130  Q
    ||||| ||||||| || |||| ||| |||| ||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||| |||| ||    
T  3086844 ttattatgtcatctgagtttgagaaagaaatttcagatagaggtctaatcgcaagctggtgtccgcaagagcaagtattgaatcacccttcaattggtgg 3086745  T
Q  131 attcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgc 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||| |   ||| ||||| |||||||||||||||||       |  || || |||| ||| ||     
T  3086744 attcttgactcattgtggatggaactcaacggttgaaagcgtacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttatggagatcaaccaataaactgt 3086645  T
Q  231 agatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagata 330  Q
    |||||||| ||||||  |||||||||||||   ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3086644 agatatatctgcaatatatgggagattggaattgaaatcgatactaatgtgaagagagaggaggtcgagaagctgatcaatgaattgatggtgggagata 3086545  T
Q  331 aaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgttcatacgtgaacttggaaaaagtgat 430  Q
    |||||||||||||||||||||| | |   || || |||||||| ||||| ||| |||| ||    ||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||    
T  3086544 aaggaaagaagatgaggcaaaatgtcgcagagttaaagaagaaagcagaagagaacaccagtatcggtggttgttcatacatgaacttggacaaagttat 3086445  T
Q  431 taaggaggtattgct 445  Q
    ||||||||| |||||    
T  3086444 taaggaggtcttgct 3086430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0475 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0475
Description:

Target: scaffold0475; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 81 - 301
Target Start/End: Original strand, 3443 - 3662
Alignment:
Q  81 gcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggattcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtgccg 180  Q
    ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| ||| | |    
T  3443 gcaagatggtgtccgtaagagcaagtgttgaaccaccctt-agttggtggattcttaactcattgtggatggaactcaaccattgaaagcatttgttctg 3541  T
Q  181 gagtaccaatgttgtgttggccnnnnnnngctgagcagccaacaaattgcagatatatttgcaatgaatgggagattggagcagaaattgataccaatgt 280  Q
    |||| |||||| || |||||||        | || ||  ||||||| || ||||  ||||| ||||||||||||||||||   ||||| ||| |||||||    
T  3542 gagttccaatgctgcgttggccatttttccccgaacactcaacaaactgtagatgcatttggaatgaatgggagattggaagtgaaatagattccaatgt 3641  T
Q  281 gaagagagaggaggtggagaa 301  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  3642 gaagagagaggaggtggagaa 3662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 124 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 37399297 - 37399244
Alignment:
Q  124 ttggaggattcttgactcattgtggatggaactccacaatggaaagcatctgtg 177  Q
    ||||||| || || |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||    
T  37399297 ttggaggctttttaactcattgtggatggaactcaacattggaaagcatttgtg 37399244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0891 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0891
Description:

Target: scaffold0891; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 114 - 154
Target Start/End: Original strand, 3424 - 3464
Alignment:
Q  114 catccttcagttggaggattcttgactcattgtggatggaa 154  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  3424 catccatcagttgggggattcttgactcattgtggttggaa 3464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University