View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13460_low_1 (Length: 911)

Name: NF13460_low_1
Description: NF13460
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13460_low_1
NF13460_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (26-899)||(48695248-48696129)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 833; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 833; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 899
Target Start/End: Original strand, 48695248 - 48696129
Alignment:
Q  26 tcttcttcatctactacttcggaacaaaacacttcttcatcatcatccgatggtgataatactataaataacaacagcagagctgatgatgaaggaaatg 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48695248 tcttcttcatctactacttcggaacaaaacacttcttcatcatcatccgatggtgataatactataaataacaacagcagagctgatgatgaaggaaatg 48695347  T
Q  126 gaatgttaaggattgatatacccaatgagtgtgaggccactacttcatcatcatcacccttatcttcggcggaagggagattaaagtcattaaagaggct 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48695348 gaatgttaaggattgatatacccaatgagtgtgaggccactacttcatcatcatcacccttatcttcggcggaagggagattaaagtcattaaagaggct 48695447  T
Q  226 tttaagcagtagcagcagaggcataatgagcctgaatccttggagtcccacttctactgtccaacaacaaacaaagccaaaggaagcagcaggacaaagc 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48695448 tttaagcagtagcagcagaggcataatgagcctgaatccttggagtcccacttctactgtccaacaacaaacaaagccaaaggaagcagcaggacaaagc 48695547  T
Q  326 tagctggctggctagggtggaactccaatttcccaatgttttattcattcattcattattatactttttaagtacatatatagatgtacatgtaggtatg 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48695548 tagctggctggctagggtggaactccaatttcccaatgttttattcattcattcattattatactttttaagtacatatatagatgtacatgtaggtatg 48695647  T
Q  426 ttaatgtaagcccgcccaaactgaggcagcagcaatcaatcaatcaaagttgtacattatacaaatactctgagaatagaaaattaaatttaaaacaaac 525  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48695648 ttaatgtaagcccgcccaaactgaggcagcagcaatcaatcaatcaaagttgtatattatacaaatactctgagaatagaaaattaaatttaaaacaaac 48695747  T
Q  526 caggaagtaactatgctgaccgttgtaaacaagaaccaaaataaaatggtactgtcttctgtctgtgaccaccgtcttcttggcc--------ctctctc 617  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||    
T  48695748 caggaagtaactgtgctgaccattgtaaacaagaaccaaaataaaatggtactgtcttctgtctgtgaccaccgtcttcttggccctctctctctctctc 48695847  T
Q  618 tctcactcacacacgggccatacaagtgcactctttgccatcaagcaagacatcatcttctctcaaggttttgcgtgcaaatagaaataatctttcaaaa 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48695848 tctcactcacacacgggccatacaagtgcactctttgccatcaagcaagacatcatcttctctcaaggttttgcgtgcaaatagaaataatctttcaaaa 48695947  T
Q  718 caagtggattcaagtttccgaatgatacccccaagcaaatcaaatctctcacaaaacaagtagtaactgttaagttaaacagtttagagtctttccatta 817  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  48695948 caagtggattcaagtttccaaatgatacccccaagcaaatcaaatctctcacaaaacaagtagtaactgttacgttaaacagtttagagtctttccatta 48696047  T
Q  818 tgtgactgttgtgctgtgctgttaaagcaggtgattcaaactacataatcgtttacagaaattacatctccaccacaggttc 899  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48696048 tgtgactgttgtgctgtgctgttaaagcaggtgattcaaactacataatcgtttacagaaattacatctccaccacaggttc 48696129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University