View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13467_low_3 (Length: 499)

Name: NF13467_low_3
Description: NF13467
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13467_low_3
NF13467_low_3
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (27-484)||(38184641-38185098)
chr3 (27-484)||(38179972-38180429)
chr3 (51-432)||(38170182-38170563)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 438; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 484
Target Start/End: Original strand, 38184641 - 38185098
Alignment:
Q  27 aagtatcattaggatctttaccgcccaagaaagcatatggaatcaatggtccgattggtatcattttgatcttaccaacatcaacggcttttagtgcctc 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38184641 aagtatcattaggatctttaccgcccaagaaagcatatggaatcaatggtccgattggtatcattttgatcttaccaacatcaacggcttttagtgcctc 38184740  T
Q  127 taattcaaactcttcaacggtgttaacaagtactttagggttggtttcttcatctagaacttgaatttgttctttgaaagattgagtagcgatagtgtat 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  38184741 taattcaaactcttcaacggtgttaacaagtactgtagggttggtttcttcatctagaacttgaatttgttctttgaaagatcgagtagcgatagtatat 38184840  T
Q  227 atatttgaagataataaaaaagagggaaggtcacgactttcaagagagaatgacaatcctggtaatgatattgaacatgtttcatcctttgatttgtttg 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38184841 atatttgaagataataaaaaagagggaaggtcacggctttcaagagagaatgacaatcctggtaatgatattgaacatgtttcatcctttgatttgtttg 38184940  T
Q  327 tgatgtagtcaccatgctcatgaaagtaataatagtagatatcaaaaaccgttgcagcttgaatccataatagcgctgatgggaggtgaagctcacgtgc 426  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38184941 tgatgtagtcaccatgttcatgaaagtaataatagtagatatcaaaaaccgttgcagcttgaatccataatagcgctgatgggaggtgaagctcacgtgc 38185040  T
Q  427 cacctttgcgacccaaggaatgatgataccgtaggctaagcaagtgaatggacgacct 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38185041 cacctttgcgacccaaggaatgatgataccgtaggctaagcaagtgaatggacgacct 38185098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 484
Target Start/End: Original strand, 38179972 - 38180429
Alignment:
Q  27 aagtatcattaggatctttaccgcccaagaaagcatatggaatcaatggtccgattggtatcattttgatcttaccaacatcaacggcttttagtgcctc 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38179972 aagtatcattaggatctttaccgcccaagaaagtatatggaatcaatggtccgattggtatcattttgatcttaccaacgtcaacggcttttagtgcctc 38180071  T
Q  127 taattcaaactcttcaacggtgttaacaagtactttagggttggtttcttcatctagaacttgaatttgttctttgaaagattgagtagcgatagtgtat 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38180072 taattcaaactcttcaacggtgttaacaagtactttagggttggtttcttcatatagaacttgaatttgttctttgaaagattgagtagcgatagtgtat 38180171  T
Q  227 atatttgaagataataaaaaagagggaaggtcacgactttcaagagagaatgacaatcctggtaatgatattgaacatgtttcatcctttgatttgtttg 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38180172 atatttgaagataataaaaaagagggaaggtcacggctttcaagagagaatgacaatcctggtaatgatattgaacatgtttcatcctttgatttgtttg 38180271  T
Q  327 tgatgtagtcaccatgctcatgaaagtaataatagtagatatcaaaaaccgttgcagcttgaatccataatagcgctgatgggaggtgaagctcacgtgc 426  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38180272 tgacgtagtcaccatgctcatgaaagtaataatagtagatatcaaaaactgttgcagcttgaatccataatagcgctgatgggaggtgaagctcacgtgc 38180371  T
Q  427 cacctttgcgacccaaggaatgatgataccgtaggctaagcaagtgaatggacgacct 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38180372 cacctttgcgacccaaggaatgatgataccgtaggctaagcaagtgaatggacgacct 38180429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 51 - 432
Target Start/End: Original strand, 38170182 - 38170563
Alignment:
Q  51 ccaagaaagcatatggaatcaatggtccgattggtatcattttgatcttaccaacatcaacggcttttagtgcctctaattcaaactcttcaacggtgtt 150  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    || ||||| || | ||||||||| |||||||||||    
T  38170182 ccaagaaagcagatggaatcaacggtccgatgggtatcattttgatcttaccaacatcaactttattcagtgcatccagttcaaactcctcaacggtgtt 38170281  T
Q  151 aacaagtactttagggttggtttcttcat-ctagaacttgaatttgttctttgaaagattgagtagcgatagtgtatatatttgaagataataaaaaaga 249  Q
     ||||||||| | |||||| ||||||||| | | |||| ||||||| ||||||| |||| ||  ||| | ||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  38170282 cacaagtactcttgggttgatttcttcattcaacaact-gaatttgctctttgagagatggaagagcaaaagtgtatgtatttgaagccaataaaaaaga 38170380  T
Q  250 gggaaggtcacgactttcaagagagaatgacaatcctggtaatgatattgaacatgtttcatcctttgatttgtttgtgatgtagtcaccatgctcatga 349  Q
    ||||||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  38170381 gggaaggtcgcggcttttaagagagaatgacaatcccggtaatgatattaaacacgtttcatcctttgatttgtttgtgatgtagtcaccgtgttcatga 38170480  T
Q  350 aagtaataatagtagatatcaaaaaccgttgcagcttgaatccataatagcgctgatgggaggtgaagctcacgtgccacctt 432  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||| || || | ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38170481 aagtaataatagaatatatcaaacaccgttgctgcttgaatccacaacagtgttgatgggaggtgaagctcatgtgccacctt 38170563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University