View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13469_high_28 (Length: 317)
Name: NF13469_high_28
Description: NF13469
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13469_high_28 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 12333051 - 12332752
Alignment:
| Q |
1 |
aaatatactatatttttagttaattagtattattaaaaatgaatcaatttctatttgaatagattaatattggatagaataatatttctattagtatatt |
100 |
Q |
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| T |
12333051 |
aaatatactatatttttagttaattagtattattaaaaatgaatcaatttctatttgaatagattaatattggatagaataatatttctattagtatact |
12332952 |
T |
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| Q |
101 |
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200 |
Q |
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| T |
12332951 |
cagatactagtatgaatttgatccgaaataatgtaaatttaataaaataaaaagcatttctatttagtatttag-----attaattttcattaatctaat |
12332857 |
T |
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| Q |
201 |
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300 |
Q |
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| T |
12332856 |
aatttgaaaatttcaattcaaatcgactaagaattaataagaatccggtatatttttcacattcataggagtacatttatgtttttgctttatgaatatg |
12332757 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 6951684 - 6951983
Alignment:
| Q |
1 |
aaatatactatatttttagttaattagtattattaaaaatgaatcaatttctatttgaatagattaatattggatagaataatatttctattagtatatt |
100 |
Q |
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| T |
6951684 |
aaatatactatatttttagttaattagtattattaaaaatgaatcaatttctatttgaatagattaatattggatagaataatatttctattagtatact |
6951783 |
T |
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| Q |
101 |
cagatactagtatgaatttgatccgaaataatgtaaatttaataaaataaaaagcatttctatttagtatttagattagattaattttcattaatctaat |
200 |
Q |
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| T |
6951784 |
caggtactagtatgaatttgatccgaaataatgtaaatttaataaaataaaaagcatttctatttagtat-----ttagattaattttcattaatctaat |
6951878 |
T |
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| Q |
201 |
aatttgaaaatttcaattcaaatcgactaagaattaataagaatccggtatatttttcacattcataggagtacatttatgtttttgctttatgaatatg |
300 |
Q |
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| T |
6951879 |
aatttgaaaatttcaattcaaatcgactaagaattaataagaatccggtatatttttcacattcataggagtacatttatgtttttgctttatgaatatg |
6951978 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 242 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 28760458 - 28760395
Alignment:
| Q |
242 |
aatccggtatatttttcacattcataggagtacatttatgtttttgctttatgaatatgatatt |
305 |
Q |
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| T |
28760458 |
aatccggtatatttttcatatgcataggagtacatttatgttttttctttacaaatatgatatt |
28760395 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 39507778 - 39508082
Alignment:
| Q |
1 |
aaatatactatatttttagttaattagtattattaaaaatgaatcaatttctatttgaatagattaatattggatagaataatatttctattagtatatt |
100 |
Q |
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| T |
39507778 |
aaatacactatatttttagttaattagtattattaaaaatgaatcaatttttatttgaatagattaatattggatagaataatatttctattagtatact |
39507877 |
T |
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| Q |
101 |
cagatactagtatgaatttgatccgaaataatgtaaatttaataaaataaaaagcatttctatttagtatttagattagattaattttcattaatctaat |
200 |
Q |
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| T |
39507878 |
cagatactagtacgaatttgatccgaaataatgtaaatttaataaaataaaaagcatttctatttagtatttagattagattaattttcattaatttaat |
39507977 |
T |
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| Q |
201 |
aatttgaaaatttcaattcaaatcgactaagaattaataagaatccggtatatttttcacattcataggagtacatttatgtttttgctttatgaatatg |
300 |
Q |
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| T |
39507978 |
aatttgaaaatttcaattcaaatcgactaaaaattaataagaatccggtatatttttcacattcataggagtacatttatgtttttgctttatgaatatg |
39508077 |
T |
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| Q |
301 |
atatt |
305 |
Q |
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| T |
39508078 |
atatt |
39508082 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 95 - 280
Target Start/End: Original strand, 12594097 - 12594282
Alignment:
| Q |
95 |
tatattcagatactagtatgaatttgatccgaaataatgtaaatttaataaaataaaaagcatttctatttagtatttagattagattaattttcattaa |
194 |
Q |
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| T |
12594097 |
tatactcaaatactagtatgaatttgattcgaaataatgtaaatttaataaaataaaaagcttttctatttagtatttagattagactaattttcattaa |
12594196 |
T |
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| Q |
195 |
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280 |
Q |
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| T |
12594197 |
tctaataatttgaaaatttcaattcaaatcgactaagaattaataagaatctggtatatttttcacattaataggagtacatttat |
12594282 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 18186405 - 18186106
Alignment:
| Q |
1 |
aaatatactatatttttagttaattagtattattaaaaatgaatcaatttctatttgaatagattaatattggatagaataatatttctattagtatatt |
100 |
Q |
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| T |
18186405 |
aaatatactatatttttagttaattagtattattaaaaatgaatcaatttctatttgaatagattaatattggatagaataatatttctattagtatact |
18186306 |
T |
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| Q |
101 |
cagatactagtatgaatttgatccgaaataatgtaaatttaataaaataaaaagcatttctatttagtatttagattagattaattttcattaatctaat |
200 |
Q |
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| T |
18186305 |
cagatactagtatgaatttgatccgaaataatgtaaatttaataaaataaaaagcatttctatttagtatttag-----attaattttcattaatctaat |
18186211 |
T |
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| Q |
201 |
aatttgaaaatttcaattcaaatcgactaagaattaataagaatccggtatatttttcacattcataggagtacatttatgtttttgctttatgaatatg |
300 |
Q |
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| T |
18186210 |
aatttgaaaatttcaattcaaatcgactaagaattaataagaatccggtatatttttcacattcataggagtacatttatgtttttgctttatgaatatg |
18186111 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 13242524 - 13242823
Alignment:
| Q |
1 |
aaatatactatatttttagttaattagtattattaaaaatgaatcaatttctatttgaatagattaatattggatagaataatatttctattagtatatt |
100 |
Q |
| |
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| T |
13242524 |
aaatatactatatttttagttaattagtattattaaaaatgaatcaatttctatttgaatagattaatattggatagaataatatttctattagtatact |
13242623 |
T |
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| Q |
101 |
cagatactagtatgaatttgatccgaaataatgtaaatttaataaaataaaaagcatttctatttagtatttagattagattaattttcattaatctaat |
200 |
Q |
| |
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| T |
13242624 |
cagatactagtatgaatttgatccgaaataatgtaaatttaataaaataaaaagcatttctatttagtat-----ttagattaattttcattaatctaat |
13242718 |
T |
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| Q |
201 |
aatttgaaaatttcaattcaaatcgactaagaattaataagaatccggtatatttttcacattcataggagtacatttatgtttttgctttatgaatatg |
300 |
Q |
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| T |
13242719 |
aatttgaaaatttcaattcaaatcgactaagaattaataagaatccggtatatttttcacattcataggagtacatttatgtttttgctttatgaatatg |
13242818 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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