View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13486_low_1 (Length: 876)

Name: NF13486_low_1
Description: NF13486
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13486_low_1
NF13486_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-854)||(37183343-37184195)
chr7 (761-855)||(37085084-37085178)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 792; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 792; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 854
Target Start/End: Original strand, 37183343 - 37184195
Alignment:
Q  1 ggtcatgaccatggaatatatcacagacattgttcccgaattgttttctcaaaacttgatccgcgggagaggtctcttctgcagatcccttatgaactca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||    
T  37183343 ggtcatgaccatggaatatatcacagacattgttcccgaattgttttctcaaaacttgatccgcgggagagggctcttctgcagatcccttatga--tca 37183440  T
Q  101 cagatggcctatccg-agtataccattgagtttgccgcgcttgttgcggtcgtaaattccaagtttcctgaagtcggtaatcttttactcagaagaattg 199  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37183441 cagatggcctatccggagtataccattgagtttgccgcgcttgttgcggtcgtaaattccaagtttcctgaagtcggtaatcttttactcagaagaattg 37183540  T
Q  200 ttttgcaattcaaaagggcttatcataggaatgacaagcctcatcagttacatgctactgttaagtttatagcacatttggtgaaacagctagttgcaca 299  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37183541 ttttgcaattcaaatgggcttatcataggaatgacaagcctcatcagttacatgctactgttaagtttatagcacatttggtgaaacagctagttgcaca 37183640  T
Q  300 tgagattattgctttggtaatactcacggttttgcttgataaccctattgatgatagtcttgaagtagctgttagttttcttatagaatgcggttcaact 399  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37183641 tgagattattgctttggaaatactcacggttttgcttgataaccctattgatgatagtcttgaagtagctgttagttttcttatagaatgcggttcaact 37183740  T
Q  400 ttgcagaatctttcacctaaagcccttcatgctgtatttgagcgttttcgttggattttatatggtgaagttgataagcgtgttcagtttctaattcaag 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37183741 ttgcagaatctttcacctaaagcccttcatgctgtatttgagcgttttcgttggattttatatggtgaagttgataagcgtgttcagtttctaattcaag 37183840  T
Q  500 acttatttgctgtaagaaaaactaggtttcagagtcatccagctgttccacctgaattagacctcgtgaacgaggaggatcagttgacgcatgaagtgtc 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37183841 acttatttgctgtaagaaaaactaggtttcagagttatccagctgttccacctgaattagacctcgtggacgaggaggatcagttgacgcatgaagtgtc 37183940  T
Q  600 gtagaatgagagtatagatccagagttttcgcttgatgtatttagactggatccagattatgtagagaacgaaaaacattatgagcagttgaagaaaact 699  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37183941 gttgaatgagagtatagatccagagttttcgcttgatgtatttagactggatccagattatgtagagaacgaaaaacattatgagcagttgaagaaaact 37184040  T
Q  700 atcttgggagacgaagaaggaattgagggtgatcaggaaggcgactcagtcgttgaatcagatgaagaagatggcgagacgcatatgcagataagggatg 799  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37184041 atcttgggagacgaagaagaaatcgagggtgatcaggaaggcgactcagtcgttgaatcagatgaagaagatggcgagaagcatatgcagataagggatg 37184140  T
Q  800 aaaccgataccaatcttgtgaatcttcgaagggctatatatttgaccattatgtc 854  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37184141 aagccgataccaatcttgtgaatcttcgaagggctatatatctgaccattatgtc 37184195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 761 - 855
Target Start/End: Complemental strand, 37085178 - 37085084
Alignment:
Q  761 atgaagaagatggcgagacgcatatgcagataagggatgaaaccgataccaatcttgtgaatcttcgaagggctatatatttgaccattatgtct 855  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37085178 atgaagaagatggcgagaagcagatgcagataagggatgaaaccgataccaatcttgtgaatcttcgaagggctatatatttgaccattatgtct 37085084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University