View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1348_high_52 (Length: 340)

Name: NF1348_high_52
Description: NF1348
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1348_high_52
NF1348_high_52
[»] chr4 (51 HSPs)
chr4 (16-198)||(27524574-27524756)
chr4 (71-221)||(27415648-27415798)
chr4 (16-206)||(27475486-27475677)
chr4 (223-340)||(27414851-27414968)
chr4 (68-206)||(27503964-27504102)
chr4 (17-206)||(27468235-27468425)
chr4 (68-219)||(27412693-27412844)
chr4 (68-213)||(27420443-27420588)
chr4 (16-212)||(27478790-27478987)
chr4 (66-217)||(27425843-27425994)
chr4 (68-219)||(27497282-27497433)
chr4 (17-206)||(27514933-27515123)
chr4 (69-218)||(27563307-27563456)
chr4 (68-221)||(27565911-27566064)
chr4 (68-217)||(27423253-27423402)
chr4 (39-219)||(27506727-27506907)
chr4 (69-221)||(27585715-27585867)
chr4 (83-217)||(27570024-27570158)
chr4 (68-198)||(27508902-27509032)
chr4 (76-219)||(27527190-27527329)
chr4 (74-212)||(27485909-27486047)
chr4 (68-204)||(27490004-27490140)
chr4 (109-219)||(27498444-27498554)
chr4 (223-290)||(27425144-27425211)
chr4 (108-219)||(27431148-27431259)
chr4 (108-219)||(27487012-27487123)
chr4 (108-206)||(27411456-27411554)
chr4 (98-219)||(17970328-17970449)
chr4 (110-219)||(27501346-27501455)
chr4 (70-219)||(27513738-27513887)
chr4 (98-219)||(27557518-27557639)
chr4 (108-219)||(27444794-27444905)
chr4 (108-219)||(27479930-27480041)
chr4 (99-221)||(27556370-27556492)
chr4 (108-219)||(27526112-27526223)
chr4 (110-193)||(27554364-27554447)
chr4 (99-206)||(27567297-27567404)
chr4 (108-221)||(27460505-27460618)
chr4 (99-156)||(27559231-27559288)
chr4 (109-221)||(27473919-27474031)
chr4 (108-219)||(27424514-27424625)
chr4 (108-219)||(27505702-27505813)
chr4 (108-221)||(27500338-27500451)
chr4 (110-183)||(27502809-27502882)
chr4 (108-221)||(27516609-27516722)
chr4 (99-219)||(27414295-27414415)
chr4 (108-164)||(27495620-27495676)
chr4 (108-219)||(27469489-27469600)
chr4 (100-202)||(27540053-27540155)
chr4 (109-198)||(27571673-27571762)
chr4 (108-180)||(27502135-27502207)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (16-219)||(1756664-1756868)
chr5 (68-217)||(1754719-1754868)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (69-219)||(55084815-55084965)
chr3 (94-219)||(50909989-50910114)
chr3 (102-219)||(38043932-38044049)
chr3 (101-219)||(38024868-38024986)
chr3 (101-219)||(38031320-38031438)
chr3 (102-219)||(50911863-50911980)
chr3 (98-221)||(48840702-48840824)
chr3 (101-221)||(38028759-38028879)
chr3 (108-199)||(50904792-50904883)
chr3 (101-221)||(38040074-38040194)
chr3 (107-212)||(38036792-38036897)
chr3 (140-219)||(38033811-38033890)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (100-219)||(21607288-21607407)
chr8 (98-186)||(21634605-21634693)
chr8 (101-221)||(21604747-21604867)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (98-219)||(3073598-3073719)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 151; Significance: 7e-80; HSPs: 51)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 27524756 - 27524574
Alignment:
Q  16 atgtctcaactaatctagctatttcagtatgttaaagtgtaaggttcaagggccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaagga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  27524756 atgtctcaactaatctagctatttcagtatgttaaagtgtaaggttcaagggccattcaagcatgaagttatatgttggaagacatcttcggtgcacgga 27524657  T
Q  116 atggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaa 198  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||    
T  27524656 atggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaa 27524574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 71 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27415798 - 27415648
Alignment:
Q  71 ttcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactca 170  Q
    ||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27415798 ttcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactca 27415699  T
Q  171 acaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatggggatcacaaatc 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27415698 acaagtcttgaaacgatggttggttcaagtatgatatggggatcacaaatc 27415648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 16 - 206
Target Start/End: Original strand, 27475486 - 27475677
Alignment:
Q  16 atgtctcaactaatctagc-tatttcagtatgttaaagtgtaaggttcaagggccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaagg 114  Q
    ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| | | |||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  27475486 atgtctcaactaatctagtgtatgtcagtatgttacaatataagattcatagcccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcggagcaagg 27475585  T
Q  115 aatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgata 206  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||    
T  27475586 aatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgata 27475677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 223 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 27414968 - 27414851
Alignment:
Q  223 cacatatatatgatgtatttagcaggtatatgtatattagttgccttgtcatttagaagaaagatgtgggaacaaacatattggattagctatagcaaca 322  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27414968 cacatatatgtgatgtatttagcaggtatatgtatattagttgccttgtcatttagaagaaagatgtgggaacaaacatattggattagctatagcaaca 27414869  T
Q  323 aacatcaagtttctttca 340  Q
    ||||||||||||||||||    
T  27414868 aacatcaagtttctttca 27414851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 68 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 27504102 - 27503964
Alignment:
Q  68 ccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgac 167  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27504102 ccattcaagcaagaagttatgtgttggaagacatcttcggtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgac 27504003  T
Q  168 tcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgata 206  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||    
T  27504002 tcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaagtatgata 27503964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 206
Target Start/End: Original strand, 27468235 - 27468425
Alignment:
Q  17 tgtctcaactaatctag-ctatttcagtatgttaaagtgtaaggttcaagggccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaagga 115  Q
    |||||||| |||||||| |||| | |||||| || |||||||| ||||  | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27468235 tgtctcaattaatctagtctatgtgagtatgctacagtgtaagattcatagtccattcaaggaagaaattatatgttggaagacatcttccgtgcaagga 27468334  T
Q  116 atggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgata 206  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||    
T  27468335 atggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggtttaagtatgata 27468425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 68 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 27412844 - 27412693
Alignment:
Q  68 ccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgac 167  Q
    |||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27412844 ccattcgagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgac 27412745  T
Q  168 tcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatggggatcacaaa 219  Q
    |||| |||||||||||  |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  27412744 tcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaa 27412693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 68 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 27420588 - 27420443
Alignment:
Q  68 ccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgac 167  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27420588 ccattgaagcaagaagttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaacttgac 27420489  T
Q  168 tcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatggggat 213  Q
    ||| |||| ||||||| || |||||| ||||| |||||| ||||||    
T  27420488 tcagcaagccttgaaatgaaggttggctcaagtatgatacggggat 27420443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 16 - 212
Target Start/End: Original strand, 27478790 - 27478987
Alignment:
Q  16 atgtctcaactaatctagc-tatttcagtatgttaaagtgtaaggttcaagggccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaagg 114  Q
    |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||  |||  | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||    
T  27478790 atgtctcagctaatctagcgtatatcagtatgttacagtgtaagaatcatagcccattcaagcaagaagttatatgttggaacacatcttcggagcaagg 27478889  T
Q  115 aatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatgggga 212  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||   | ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||    
T  27478890 aatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattggga 27478987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 66 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 27425994 - 27425843
Alignment:
Q  66 ggccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttg 165  Q
    |||||||||||| ||| || |||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||    
T  27425994 ggccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattg 27425895  T
Q  166 actcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatggggatcaca 217  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  27425894 actcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggatcaca 27425843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 68 - 219
Target Start/End: Original strand, 27497282 - 27497433
Alignment:
Q  68 ccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgac 167  Q
    |||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27497282 ccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatggtgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgac 27497381  T
Q  168 tcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatggggatcacaaa 219  Q
    ||||||| | ||||||| |||||||||| ||| |||| || |||||||||||    
T  27497382 tcaacaaatattgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaa 27497433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 27515123 - 27514933
Alignment:
Q  17 tgtctcaactaatctag-ctatttcagtatgttaaagtgtaaggttcaagggccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaagga 115  Q
    |||||||| |||||||| |||| | |||||| || |||||||| ||||  | ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  27515123 tgtctcaattaatctagtctatgtgagtatgctacagtgtaagattcatagtccattcaaggaagaaattatatgctggaagacatcttctgtacaagga 27515024  T
Q  116 atggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgata 206  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||    
T  27515023 atggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgata 27514933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 69 - 218
Target Start/End: Original strand, 27563307 - 27563456
Alignment:
Q  69 cattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgact 168  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  27563307 cattcaagcgagaagttatatgttgaaaggcatcttcagtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgact 27563406  T
Q  169 caacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatggggatcacaa 218  Q
    || ||| ||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  27563407 cagcaaatcttgaaacaatgtttggttcaagtatgatacggggatcacaa 27563456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 68 - 221
Target Start/End: Original strand, 27565911 - 27566064
Alignment:
Q  68 ccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgac 167  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||  |||||||||| ||||      
T  27565911 ccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcgccacaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccatgctcttcctcaacttgta 27566010  T
Q  168 tcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatggggatcacaaatc 221  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  27566011 tcagcaagtcttgaaacaatggttggttcaggtatgatatggggatcacaaatc 27566064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 68 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 27423402 - 27423253
Alignment:
Q  68 ccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgac 167  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || |||||||||||||| |||||||    
T  27423402 ccattcaagtgagaagttatatgttggaaaacatcttccgtgcaaggaacggtgaggccacccatgggatgattgtaaccaaactcttcctcggcttgac 27423303  T
Q  168 tcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatggggatcaca 217  Q
    ||||||| |||||||| || |||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  27423302 tcaacaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatatgcggatcaca 27423253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 39 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 27506907 - 27506727
Alignment:
Q  39 tcagtatgttaaagtgtaaggttcaagggccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatg 138  Q
    |||||||| |||||||| || || | ||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  27506907 tcagtatgctaaagtgtcagatttatggctcattcaagcaagaagttatgtgttgaaagacatcttcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatg 27506808  T
Q  139 atcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatggggatcacaaa 219  Q
    |||||||||||| ||||| || ||||||   | ||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||    
T  27506807 atcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaa 27506727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 69 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27585867 - 27585715
Alignment:
Q  69 cattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgact 168  Q
    ||||||||| | |||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  27585867 cattcaagcgataagttatatgtttgaaggcatcttctgtgcaaggaatggtgagacctcccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgact 27585768  T
Q  169 caacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatggggatcacaaatc 221  Q
    || ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  27585767 catcaaatcttgaaacaatggttggttcaagtatgatacggggatcacaaatc 27585715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 83 - 217
Target Start/End: Original strand, 27570024 - 27570158
Alignment:
Q  83 gttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaa 182  Q
    ||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27570024 gttatatgttgaaagatatcttcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaa 27570123  T
Q  183 acgatggttggttcaagcatgatatggggatcaca 217  Q
    | || |||||| | ||| |||||| ||||||||||    
T  27570124 atgaaggttggcttaagtatgatacggggatcaca 27570158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 68 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 27509032 - 27508902
Alignment:
Q  68 ccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgac 167  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  27509032 ccattgaagcaagaagttatatgttggaacacatcttcggagcatggaatggtgaggccacccgttggatgatcatatccaaactcttcctcagcctgat 27508933  T
Q  168 tcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaa 198  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||    
T  27508932 tcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaa 27508902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 76 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 27527329 - 27527190
Alignment:
Q  76 gcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaag 175  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||     ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  27527329 gcaagaagttatatgttggaagacatcttcactgcaaggaattgggat----cccatgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcagcaac 27527234  T
Q  176 tcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatggggatcacaaa 219  Q
    ||| |||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||    
T  27527233 tctagaaacgatggttggtttaagtgtgatattgggatcacaaa 27527190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 74 - 212
Target Start/End: Original strand, 27485909 - 27486047
Alignment:
Q  74 aagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaaca 173  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||   | ||    
T  27485909 aagcaagaagttacgtgttgaaagacgccttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagca 27486008  T
Q  174 agtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatgggga 212  Q
    | ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||    
T  27486009 attcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattggga 27486047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 68 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 27490140 - 27490004
Alignment:
Q  68 ccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgac 167  Q
    ||||| |||| |||| |||| | ||||||| |||||||  ||  ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  27490140 ccattaaagcgagaaattatgtattggaagtcatcttcgttgacaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgat 27490041  T
Q  168 tcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatga 204  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| ||| ||| ||||    
T  27490040 tcaacaaatcttgaaatgatggtttgtttaagtatga 27490004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 109 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 27498554 - 27498444
Alignment:
Q  109 gcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatg 208  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||| | || | |||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||     
T  27498554 gcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcgaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttggaacgatggttggttcaagtatgatata 27498455  T
Q  209 gggatcacaaa 219  Q
    |||||||||||    
T  27498454 gggatcacaaa 27498444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 223 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 27425211 - 27425144
Alignment:
Q  223 cacatatatatgatgtatttagcaggtatatgtatattagttgccttgtcatttagaagaaagatgtg 290  Q
    |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  27425211 cacataaatatgatttatttagctggtatatgtatattagtttccttgtcaattagaagaaagatgtg 27425144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 108 - 219
Target Start/End: Original strand, 27431148 - 27431259
Alignment:
Q  108 tgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatat 207  Q
    |||||||||| ||||| |||||  | | ||| ||||||||||| | |||||| |||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||| |||||||    
T  27431148 tgcaaggaattgtgagaccaccggttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatat 27431247  T
Q  208 ggggatcacaaa 219  Q
     |||||||||||    
T  27431248 tgggatcacaaa 27431259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 108 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 27487123 - 27487012
Alignment:
Q  108 tgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatat 207  Q
    |||||||||| || || |||||||| | |||||||||| |||| | ||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||     
T  27487123 tgcaaggaatagtaagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcttcagcttggttcaacaattcttgaaacgatggttggtttaagtatgataa 27487024  T
Q  208 ggggatcacaaa 219  Q
     |||||||||||    
T  27487023 agggatcacaaa 27487012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 108 - 206
Target Start/End: Original strand, 27411456 - 27411554
Alignment:
Q  108 tgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgata 206  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||| || |||||| | |  || |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27411456 tgcaaggaattgtgagaccacccataggatgatcatatccaaattcttcttctgcttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaagtatgata 27411554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 98 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 17970449 - 17970328
Alignment:
Q  98 acatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttca 197  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||| || |||||||| ||  |||||| ||||| |||||| || | ||||||||    
T  17970449 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttca 17970350  T
Q  198 agcatgatatggggatcacaaa 219  Q
    || ||||  | |||||||||||    
T  17970349 agtatgacgtagggatcacaaa 17970328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 110 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 27501455 - 27501346
Alignment:
Q  110 caaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatgg 209  Q
    |||||||| ||||| |||||| | | |||||| ||| |||| | |||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |    
T  27501455 caaggaatagtgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattg 27501356  T
Q  210 ggatcacaaa 219  Q
    ||||||||||    
T  27501355 ggatcacaaa 27501346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 70 - 219
Target Start/End: Original strand, 27513738 - 27513887
Alignment:
Q  70 attcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactc 169  Q
    |||||||| |||||| |||| |  ||| || |||||  |||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||| || | | ||| ||||||||  ||    
T  27513738 attcaagcgagaagtgatatctaagaatacttcttctctgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcatattgttcttcagcttggttc 27513837  T
Q  170 aacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatggggatcacaaa 219  Q
    ||||| ||||| ||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  27513838 aacaattcttggaacgaggtttggttcaagtatgatattgggatcacaaa 27513887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 98 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 27557639 - 27557518
Alignment:
Q  98 acatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttca 197  Q
    ||||||||  |||| ||||| ||||| |||||||| | |||| ||||| |||| | ||||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||| |    
T  27557639 acatcttctctgcatggaatagtgagaccacccattggatgaacatattcaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaatgatggttggttta 27557540  T
Q  198 agcatgatatggggatcacaaa 219  Q
    || |||| || |||||||||||    
T  27557539 agtatgacattgggatcacaaa 27557518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 108 - 219
Target Start/End: Original strand, 27444794 - 27444905
Alignment:
Q  108 tgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatat 207  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| | ||| |||||||| || | |||||| |||||| |||| || |||||||| |||| |||| ||||| |||||||    
T  27444794 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatat 27444893  T
Q  208 ggggatcacaaa 219  Q
     |||||||||||    
T  27444894 tgggatcacaaa 27444905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 108 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 27480041 - 27479930
Alignment:
Q  108 tgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatat 207  Q
    |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| |||| | ||||||||||||  ||||||| | ||| || |||| |||||||||| ||||||     
T  27480041 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaacttttggaatgatgtttggttcaagtatgatac 27479942  T
Q  208 ggggatcacaaa 219  Q
     || ||||||||    
T  27479941 aggaatcacaaa 27479930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 99 - 221
Target Start/End: Original strand, 27556370 - 27556492
Alignment:
Q  99 catcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaa 198  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||   |  || |||||||| || |||||||||||    
T  27556370 catcttcactgcatggaattgtgagaccacccatagaatgatcatatccaaattcttcttctgcttgatgtagtaattcttgaaatgaaggttggttcaa 27556469  T
Q  199 gcatgatatggggatcacaaatc 221  Q
      |||| ||||| ||||||||||    
T  27556470 taatgaaatgggaatcacaaatc 27556492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 108 - 219
Target Start/End: Original strand, 27526112 - 27526223
Alignment:
Q  108 tgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatat 207  Q
    |||||||||| ||||| |||||| | | |||||||||| |||| | |||||||||||| |||||||| ||||| || || | |||||||||| ||||||     
T  27526112 tgcaaggaatagtgagaccacccgttggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgatac 27526211  T
Q  208 ggggatcacaaa 219  Q
     || ||||||||    
T  27526212 aggaatcacaaa 27526223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 27554447 - 27554364
Alignment:
Q  110 caaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttgg 193  Q
    |||||||| ||||| | |||| | | ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  27554447 caaggaattgtgagactacccgttggatgatcatatccaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaacgatggttgg 27554364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 99 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 27567404 - 27567297
Alignment:
Q  99 catcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaa 198  Q
    |||||||  |||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||| ||||| ||||| || | |||| | |  || |||||||||||||||||||||||    
T  27567404 catcttcgctgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcataaccaaattcttcttctgtttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaa 27567305  T
Q  199 gcatgata 206  Q
    | ||||||    
T  27567304 gtatgata 27567297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 108 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27460618 - 27460505
Alignment:
Q  108 tgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatat 207  Q
    |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| |||| | |||||||  ||| |||| ||| ||||| || |||  ||| |||||  |||||||    
T  27460618 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatat 27460519  T
Q  208 ggggatcacaaatc 221  Q
     |||||||||||||    
T  27460518 agggatcacaaatc 27460505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 99 - 156
Target Start/End: Original strand, 27559231 - 27559288
Alignment:
Q  99 catcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttc 156  Q
    |||||||| |||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  27559231 catcttcactgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaactcttc 27559288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 109 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27474031 - 27473919
Alignment:
Q  109 gcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatg 208  Q
    ||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| |||| | |||||||  ||| |||| ||| ||||| || |||  ||| |||||  |||||||     
T  27474031 gcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatata 27473932  T
Q  209 gggatcacaaatc 221  Q
    |||||||||||||    
T  27473931 gggatcacaaatc 27473919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 108 - 219
Target Start/End: Original strand, 27424514 - 27424625
Alignment:
Q  108 tgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatat 207  Q
    |||| |||||||| || |||||||| | ||||||||||||| | ||||| |||| |||| | | ||| |||||||| || |||||||||||| ||||||     
T  27424514 tgcacggaatggtaagaccacccattggatgatcatatccatattcttcttcagattgatttagcaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatac 27424613  T
Q  208 ggggatcacaaa 219  Q
     || ||||||||    
T  27424614 tggaatcacaaa 27424625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 108 - 219
Target Start/End: Original strand, 27505702 - 27505813
Alignment:
Q  108 tgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatat 207  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| | ||| |||||| |||| | ||||||||||||  ||||||| ||||| || || | |||||||||| ||||||     
T  27505702 tgcaaggaatagtgagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgatac 27505801  T
Q  208 ggggatcacaaa 219  Q
     || ||||||||    
T  27505802 aggaatcacaaa 27505813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 108 - 221
Target Start/End: Original strand, 27500338 - 27500451
Alignment:
Q  108 tgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatat 207  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| | ||| |||||||| |||| ||| |||| ||| |||| ||| ||||| || ||   |||||| ||| |||||||    
T  27500338 tgcaaggaatagtgatgccacccattggatggtcatatccgaactgttcttcagattggctcagcaattcttggaatgaactttggtttaagtatgatat 27500437  T
Q  208 ggggatcacaaatc 221  Q
     |||||||||||||    
T  27500438 agggatcacaaatc 27500451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 110 - 183
Target Start/End: Original strand, 27502809 - 27502882
Alignment:
Q  110 caaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaa 183  Q
    |||||||| || || |||||||| | ||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||    
T  27502809 caaggaatagtaagaccacccattggatggtcatatccaaattcttccacagcttggctcagcaagtcttgaaa 27502882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 108 - 221
Target Start/End: Original strand, 27516609 - 27516722
Alignment:
Q  108 tgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatat 207  Q
    |||||||||| ||||| || ||||| | ||| |||||| |||| | ||||||||||||  ||||||| ||||| || |||  ||| |||||  |||||||    
T  27516609 tgcaaggaatagtgagaccccccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatat 27516708  T
Q  208 ggggatcacaaatc 221  Q
     |||||||||||||    
T  27516709 agggatcacaaatc 27516722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 99 - 219
Target Start/End: Original strand, 27414295 - 27414415
Alignment:
Q  99 catcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaa 198  Q
    |||||||| |||| ||||| || || |||||||| | ||||||||||||||| ||||| || | |||| | |  || |||||||| || |||||||||||    
T  27414295 catcttcactgcacggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaatgagggttggttcaa 27414394  T
Q  199 gcatgatatggggatcacaaa 219  Q
    | ||||||  || ||||||||    
T  27414395 gtatgatacaggaatcacaaa 27414415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 108 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 27495676 - 27495620
Alignment:
Q  108 tgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagctt 164  Q
    |||||||||||||||| |||||||| | ||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  27495676 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgattaaatccaaactcttcttcagctt 27495620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 108 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 27469600 - 27469489
Alignment:
Q  108 tgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatat 207  Q
    |||||||||| || || |||||||| | ||| |||||| |||| | ||| |||||||| |||||||  ||||| || |||| ||| |||||  |||||||    
T  27469600 tgcaaggaatagttagaccacccattggatgttcatattcaaattgttcttcagcttggctcaacagttcttgtaatgatgtttgcttcaaatatgatat 27469501  T
Q  208 ggggatcacaaa 219  Q
     |||||||||||    
T  27469500 agggatcacaaa 27469489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 100 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 27540155 - 27540053
Alignment:
Q  100 atcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaag 199  Q
    ||||||| ||||||||||||| || |||||||| | |||||  || ||||| |||||||| || |  || | |||||||||||| || ||||| ||||||    
T  27540155 atcttcactgcaaggaatggttagtccacccattggatgatggtacccaaattcttcctctgccttgcttagcaagtcttgaaatgaaggttgattcaag 27540056  T
Q  200 cat 202  Q
    |||    
T  27540055 cat 27540053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 27571762 - 27571673
Alignment:
Q  109 gcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaa 198  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||| || | |||| | |  || |||||||||||||| ||| ||||    
T  27571762 gcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaacgatggctggctcaa 27571673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 108 - 180
Target Start/End: Original strand, 27502135 - 27502207
Alignment:
Q  108 tgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttg 180  Q
    |||||||||| || || |||||||| | |||||||||| |||| | ||||||||||||  ||||||| |||||    
T  27502135 tgcaaggaatagttagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttg 27502207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 109; Significance: 8e-55; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 219
Target Start/End: Original strand, 1756664 - 1756868
Alignment:
Q  16 atgtctcaactaatctag-ctatttcagtatgttaaagtgtaaggttcaagggccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaagg 114  Q
    |||||| ||||||||| | |||| |||||||| || |||  ||| ||||  | |||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  1756664 atgtctaaactaatctggtctatgtcagtatgctacagtaaaagattcatagcccattcaagcaagaggtaatatgttggaaggcatcttcggtgcaagg 1756763  T
Q  115 aatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatggggatc 214  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  1756764 aatggtgaggccacccatggggtgatcatatccaaattcttcttcagcttgactcaacaagtattgaaacgatggttggttcaagtatgatattgggatc 1756863  T
Q  215 acaaa 219  Q
    |||||    
T  1756864 acaaa 1756868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 68 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 1754868 - 1754719
Alignment:
Q  68 ccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgac 167  Q
    ||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1754868 ccatttaagctagaagttatattttcgaagacatcttctgtgcaaagaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttccgcagcttgac 1754769  T
Q  168 tcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatggggatcaca 217  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  1754768 tcaacaaggattgaaacgatggttgattcaagtatgatattgggatcaca 1754719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 69 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 55084965 - 55084815
Alignment:
Q  69 cattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgact 168  Q
    |||| |||| |||||| |||||   ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||| |||||||| ||  ||||    
T  55084965 cattgaagcgagaagtaatatgaaagaaaacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccaaattcttcctccgcccgact 55084866  T
Q  169 caacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatggggatcacaaa 219  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| | || || |||||||||||    
T  55084865 caacaagtcttgaaatgatggttggttcaagtaagacatagggatcacaaa 55084815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 94 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 50910114 - 50909989
Alignment:
Q  94 gaagacatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttgg 193  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||| |||||| || | ||||    
T  50910114 gaagacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattcttcctccacttgattcaacaagttttgaaatgaagcttgg 50910015  T
Q  194 ttcaagcatgatatggggatcacaaa 219  Q
    |||||| |||| |||||||| |||||    
T  50910014 ttcaagtatgacatggggataacaaa 50909989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 102 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 38044049 - 38043932
Alignment:
Q  102 cttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagca 201  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| | ||| |||||| |    
T  38044049 cttcggtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaacgaagtttgattcaagta 38043950  T
Q  202 tgatatggggatcacaaa 219  Q
    ||| || |||||||||||    
T  38043949 tgacatagggatcacaaa 38043932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 101 - 219
Target Start/End: Original strand, 38024868 - 38024986
Alignment:
Q  101 tcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagc 200  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| |||||| || | ||||||||||     
T  38024868 tcttctgtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagt 38024967  T
Q  201 atgatatggggatcacaaa 219  Q
    |||| |||||||| |||||    
T  38024968 atgacatggggataacaaa 38024986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 101 - 219
Target Start/End: Original strand, 38031320 - 38031438
Alignment:
Q  101 tcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagc 200  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| |||||| || | ||||||||||     
T  38031320 tcttctgtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagt 38031419  T
Q  201 atgatatggggatcacaaa 219  Q
    |||| |||||||| |||||    
T  38031420 atgacatggggataacaaa 38031438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 102 - 219
Target Start/End: Original strand, 50911863 - 50911980
Alignment:
Q  102 cttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagca 201  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| || | |||||||||| |    
T  50911863 cttctgtgcaaggaattgttaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagta 50911962  T
Q  202 tgatatggggatcacaaa 219  Q
    |||  |||||||||||||    
T  50911963 tgacttggggatcacaaa 50911980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 98 - 221
Target Start/End: Original strand, 48840702 - 48840824
Alignment:
Q  98 acatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttca 197  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| |||| |||  ||| |||||||||||||||||| || | ||||||||    
T  48840702 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattctttctccactt-actcaacaagtcttgaaatgaggcttggttca 48840800  T
Q  198 agcatgatatggggatcacaaatc 221  Q
    || |||  |||||||| |||||||    
T  48840801 agtatggcatggggattacaaatc 48840824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 101 - 221
Target Start/End: Original strand, 38028759 - 38028879
Alignment:
Q  101 tcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagc 200  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||| || |||||| || | ||||||||||     
T  38028759 tcttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagt 38028858  T
Q  201 atgatatggggatcacaaatc 221  Q
    ||||  ||||||| |||||||    
T  38028859 atgacgtggggataacaaatc 38028879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 108 - 199
Target Start/End: Original strand, 50904792 - 50904883
Alignment:
Q  108 tgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaag 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || || ||||| ||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||||    
T  50904792 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccgaattcatcctctgctcgactcaacaagtcttgaaatgaagtttggttcaag 50904883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 101 - 221
Target Start/End: Original strand, 38040074 - 38040194
Alignment:
Q  101 tcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagc 200  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||| || |||||| || | ||||||||||     
T  38040074 tcttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagt 38040173  T
Q  201 atgatatggggatcacaaatc 221  Q
    ||||  ||||||| |||||||    
T  38040174 atgacgtggggataacaaatc 38040194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 107 - 212
Target Start/End: Original strand, 38036792 - 38036897
Alignment:
Q  107 gtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgata 206  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||| | |||||| || | |||||||||| |||  |    
T  38036792 gtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaaattttgaaatgaagcttggttcaagtatggca 38036891  T
Q  207 tgggga 212  Q
    ||||||    
T  38036892 tgggga 38036897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 140 - 219
Target Start/End: Original strand, 38033811 - 38033890
Alignment:
Q  140 tcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagcatgatatggggatcacaaa 219  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| || | |||||||||| ||||  ||||||| |||||    
T  38033811 tcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaa 38033890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 52; Significance: 9e-21; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 100 - 219
Target Start/End: Original strand, 21607288 - 21607407
Alignment:
Q  100 atcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaag 199  Q
    |||||| ||||||||||  |||||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| |||||| || | | ||||||||    
T  21607288 atcttctgtgcaaggaaccgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagctcggttcaag 21607387  T
Q  200 catgatatggggatcacaaa 219  Q
     |||| |||||||| |||||    
T  21607388 tatgacatggggataacaaa 21607407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 98 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 21634693 - 21634605
Alignment:
Q  98 acatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacga 186  Q
    |||||||| ||||||||||| |||| ||| |||||   ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  21634693 acatcttcggtgcaaggaattgtgaagccgcccattcgatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaacga 21634605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 101 - 221
Target Start/End: Original strand, 21604747 - 21604867
Alignment:
Q  101 tcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagc 200  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||||||| || ||||||||  |||||||||||| || |||||| || | ||||||||||     
T  21604747 tcttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatcctaattcttcctcgtcttgactcaacatgttttgaaatgaagcttggttcaagt 21604846  T
Q  201 atgatatggggatcacaaatc 221  Q
    ||||  ||||||| |||||||    
T  21604847 atgacgtggggataacaaatc 21604867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 98 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 3073719 - 3073598
Alignment:
Q  98 acatcttcagtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttca 197  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||| || |||||||| ||  |||||| ||||| |||||| || | ||||||||    
T  3073719 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttca 3073620  T
Q  198 agcatgatatggggatcacaaa 219  Q
    || ||||  | |||||||||||    
T  3073619 agtatgacgtagggatcacaaa 3073598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University