View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13492_low_5 (Length: 650)

Name: NF13492_low_5
Description: NF13492
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13492_low_5
NF13492_low_5
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (2-635)||(14176424-14177063)
chr4 (2-635)||(28608812-28609452)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (2-635)||(12933154-12933793)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (3-635)||(15298944-15299584)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (399-630)||(38994875-38995105)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 573; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 573; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 14177063 - 14176424
Alignment:
Q  2 tccaagctagcaaccaatccaagtataactcgaattgaactcatcttaacaactgaagagaagatttcatcaaaatctattcctcgcttttgtccaaaac 101  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14177063 tccaagctagcaactaatccgagtataactcgaattgaactcatcttaacaactggagagaagatttcatcaaaatctattcctcgcttttgtccaaaac 14176964  T
Q  102 cttttacgactaagcgagctttgtacttcactagcttgtcaccatctttcttgagcttgaacacccatttatttttcaaggcttttctgccttcaggaag 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14176963 cttttacgactaagcgagctttgtacttcactagcttgtcaccatctttcttgagcttgaacacccatttattcttcaaggcttttctgccttcaggaag 14176864  T
Q  202 tttcacaagttcataagtatcatttttctgcaatgaatccatctcttcttgcattgctttcatccattggattttatccttatgagtttgaacttcatcg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14176863 tttcacaagttcataagtatcatttttctgcaatgaatccatctcttcttgcattgctttcatccattggattttatccttatgagtttgaacttcatcg 14176764  T
Q  302 aaactttccggctccccctcatcagtgatgaggatgtactccgaactagggtacctggt------atgatgatctctgcttgatctcctgagctgagatg 395  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14176763 aaactttccggctccccctcatcagtgatgaggatgtactccgaactagggtacctggtagatggatgatgatctctgcttgatctcctgagatgagatg 14176664  T
Q  396 ttggggattgctctccatcctgaacatcttcatcatcaccatcttcaactactggctcaccatcaaccctagggtcttcatcaagatatcccccttctgt 495  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14176663 ttgtggattgctctccatcttgaacatcttcatcatcaccatcttcaactactggctcaccatcaaccccagggtcttcatcaagatctcccccttctgt 14176564  T
Q  496 agcaactcttacaggaggggtggtaagtgtaagatcaaccttaccataacgtttaggtgtttctagaatagcagaatctgacatagtttcttgctcatga 595  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14176563 ggcaactcttacaggaggagtggtaagtgtaagatcaaccttaccataacgtttaggtgtttctagaatagcagaatctgacatagtttcttgctcatga 14176464  T
Q  596 aacactacatctctgcttctaataattcttctcttctctg 635  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14176463 aacactacatctctgcttctaataattcttctcttctctg 14176424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 558; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 635
Target Start/End: Original strand, 28608812 - 28609452
Alignment:
Q  2 tccaagctagcaaccaatccaagtataactcgaattgaactcatcttaacaactgaagagaagatttcatcaaaatctattcctcgcttttgtccaaaac 101  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28608812 tccaagctagcaactaatccgagtataactcgaattgaactcatcttaacaactggagagaagatttcatcaaaatctattcctcgcttttgtccaaaac 28608911  T
Q  102 cttttacgactaagcgagctttgtacttcactagcttgtcaccatctttcttgagcttgaacacccatttatttttcaaggcttttctgccttcaggaag 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28608912 cttttacgactaagcgagctttgtacttcactagcttgtcaccatctttcttgagcttgaacacccatttattcttcaaggcttttctgccttcaggaag 28609011  T
Q  202 tttcacaagttcataagtatca-tttttctgcaatgaatccatctcttcttgcattgctttcatccattggattttatccttatgagtttgaacttcatc 300  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28609012 tttcacaagttcataagtatcattttttctgcaatgaatccatctcttcttgcattgctttcatccattggattttatccttatgagtttgaacttcatc 28609111  T
Q  301 gaaactttccggctccccctcatcagtgatgaggatgtactccgaactagggtacctggt------atgatgatctctgcttgatctcctgagctgagat 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  28609112 gaaactttccggctccccctcatcagtgatgaggatgtactccgaactagggtacctggtagatggatgatgatctctgcttaatctcctgagatgagat 28609211  T
Q  395 gttggggattgctctccatcctgaacatcttcatcatcaccatcttcaactactggctcaccatcaaccctagggtcttcatcaagatatcccccttctg 494  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28609212 gttgtggattgctctccatcttgaacatcttcatcatcaccatcttcaactactggctcaccatcaaccccagggtcttcatcaagatctcccccttctg 28609311  T
Q  495 tagcaactcttacaggaggggtggtaagtgtaagatcaaccttaccataacgtttaggtgtttctagaatagcagaatctgacatagtttcttgctcatg 594  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28609312 tggcaactcttacaggaggagtggtaagtgtaagatcaaccttaccataacgtttaggtgtttctagaatagcagaatctgacatagtttcttgcttatg 28609411  T
Q  595 aaacactacatctctgcttctaataattcttctcttctctg 635  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28609412 aaacactacatctctgcttctaataattcttctcttctctg 28609452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 565; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 565; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 12933793 - 12933154
Alignment:
Q  2 tccaagctagcaaccaatccaagtataactcgaattgaactcatcttaacaactgaagagaagatttcatcaaaatctattcctcgcttttgtccaaaac 101  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12933793 tccaagctagcaaccaatccgagtataactcgaattgaactcatcttaacaactggagagaagatttcatcaaaatctattcctcgcttttgtccaaaac 12933694  T
Q  102 cttttacgactaagcgagctttgtacttcactagcttgtcaccatctttcttgagcttgaacacccatttatttttcaaggcttttctgccttcaggaag 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12933693 cttttacgactaagcgagctttgtacttcactagcttgtcaccatctttcttgagcttgaacacccatttattcttcaaggcttttctgccttcaggaag 12933594  T
Q  202 tttcacaagttcataagtatcatttttctgcaatgaatccatctcttcttgcattgctttcatccattggattttatccttatgagtttgaacttcatcg 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12933593 tttcacaagttcataagtatcatttttctgcaatgaatccatctcttcttgcattgctttcatccattggattttatctttatgagtttgaacttcatcg 12933494  T
Q  302 aaactttccggctccccctcatcagtgatgaggatgtactccgaactagggtacctggt------atgatgatctctgcttgatctcctgagctgagatg 395  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12933493 aaactgtccggctccccctcatcagtgatgaggatgtactccgaactagggtacctggtagatggatgatgatctctgcttgatctcctgagatgagatg 12933394  T
Q  396 ttggggattgctctccatcctgaacatcttcatcatcaccatcttcaactactggctcaccatcaaccctagggtcttcatcaagatatcccccttctgt 495  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12933393 ttgtggattgctctccatcttgaacatcttcatcatcaccatcttcaactactggctcaccatcaaccccagggtcttcatcaagatctcccccttctgt 12933294  T
Q  496 agcaactcttacaggaggggtggtaagtgtaagatcaaccttaccataacgtttaggtgtttctagaatagcagaatctgacatagtttcttgctcatga 595  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12933293 ggcaactcttacaggaggagtggtaagtgtaagatcaaccttaccataacgtttaggtgtttctagaatagtagaatctgacatagtttcttgctcatga 12933194  T
Q  596 aacactacatctctgcttctaataattcttctcttctctg 635  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12933193 aacactacatctctgcttctaataattcttctcttctctg 12933154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 491; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 491; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 15299584 - 15298944
Alignment:
Q  3 ccaagctagcaaccaatccaagtataactcgaattgaactcatcttaacaactgaagaga--agatttcatcaaaatctattcctcgcttttgtccaaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15299584 ccaagctagcaaccaatccgagtataactcgaattgaactcatcttaacaactggagagagaagatttcatcaaaatctattcctcgcttttgtccaaaa 15299485  T
Q  101 ccttttacgactaagcgagctttgtacttcactagcttgtcaccatctttcttgagcttgaacacccatttatttttcaaggcttttctgccttcaggaa 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||||    
T  15299484 ccttttacgactaagagagctttgtatttcactagcttgtcactatctttcttgagcttgaacacccatttattctttaaggcttttctgatttcaggaa 15299385  T
Q  201 gtttcacaagttcataagtatcatttttctgcaatgaatccatctcttcttgcattgctttcatccattggattttatccttatgagtttgaacttcatc 300  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15299384 gcttcacaagttcataagtatcatttttctgcaaggaatccatctcttcttacattgctttcatccattggattttatccttatgagtttgaacttcatc 15299285  T
Q  301 gaaactttccggctccccctcatcagtgatgaggatgtactccgaactagggtacctggt------atgatgatctctgcttgatctcctgagctgagat 394  Q
     ||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15299284 aaaacttttcggctccccctcaacagtgatgagaatgtactccaaactagggtacctggtagatggatgatgatctctgcttgatctcttgagctgagat 15299185  T
Q  395 gttggggattgctctccatcctgaacatcttcatcatcaccatcttcaactactggctcaccatcaaccctagggtcttcatcaagatatcccccttctg 494  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15299184 gttgggcattgctctccatcctgaacatcttcctcatcaccatcttcaactactaactcaccattaaccccagggtcttcatcaagatctcccccttctg 15299085  T
Q  495 tagcaactcttacaggaggggtggtaagtgtaagatcaaccttaccataacgtttaggtgtttctagaatagcagaatctgacatagtttcttgctcatg 594  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15299084 tggcaactcttacaggaggagtggtaactgtaagatcaaccttaccataacgtttaggtgtttctggaatagcagaatctgacatagtttcttgctcatg 15298985  T
Q  595 aaacactacatctctgcttctaataattcttctcttctctg 635  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15298984 aaacactacatctctgcttctaataattcttctcttctctg 15298944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 399 - 630
Target Start/End: Original strand, 38994875 - 38995105
Alignment:
Q  399 gggattgctctccatcctgaacatcttcatcatcaccatcttcaactactggctcaccatcaaccctagggtcttcatcaagatatcccccttctgtagc 498  Q
    ||||||||||||||||||   | | ||| |||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| | ||    
T  38994875 gggattgctctccatcctatcctttttcgtcatcaccatcttcaattgttggctcaccatcaaccctagggttttaatcaagatctcccccttctttggc 38994974  T
Q  499 aactcttacaggaggggtggtaagtgtaagatcaaccttaccataacgtttaggtgtttctagaatagcagaatctgacatagtttcttgctcatgaaac 598  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||    | |||||||||||  |||||| | ||| || ||||||||||||||||||||||    
T  38994975 aactcttataggaggagtggttagtgtaaggtcaaccttaccaccgtgcttaggtgtttcaggaatagta-aatttgtcatagtttcttgctcatgaaac 38995073  T
Q  599 actacatctctgcttctaataattcttctctt 630  Q
    | ||| ||| | |||||||| |||||||||||    
T  38995074 aatacgtctttacttctaatgattcttctctt 38995105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University