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 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13495_high_24 (Length: 215)

Name: NF13495_high_24
Description: NF13495
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13495_high_24
NF13495_high_24
[»] chr4 (43 HSPs)
chr4 (47-197)||(24470824-24470973)
chr4 (53-197)||(24420653-24420797)
chr4 (53-193)||(24470925-24471065)
chr4 (47-177)||(24470536-24470666)
chr4 (47-168)||(24421258-24421379)
chr4 (51-120)||(24476990-24477059)
chr4 (47-168)||(24477395-24477516)
chr4 (65-193)||(24420561-24420689)
chr4 (47-193)||(24420897-24421043)
chr4 (47-168)||(24470344-24470465)
chr4 (47-195)||(24421087-24421235)
chr4 (53-193)||(24470686-24470826)
chr4 (47-193)||(24421281-24421427)
chr4 (59-193)||(24477466-24477600)
chr4 (47-192)||(24420466-24420611)
chr4 (51-193)||(24420945-24421087)
chr4 (47-193)||(24470296-24470442)
chr4 (47-193)||(24470488-24470634)
chr4 (47-192)||(24420706-24420851)
chr4 (47-120)||(24420826-24420899)
chr4 (47-192)||(24470871-24471016)
chr4 (47-195)||(24421135-24421283)
chr4 (53-192)||(24471021-24471160)
chr4 (47-193)||(24420609-24420755)
chr4 (47-193)||(24420849-24420995)
chr4 (47-193)||(24470632-24470778)
chr4 (47-174)||(24470728-24470855)
chr4 (110-193)||(24477658-24477741)
chr4 (56-186)||(24420520-24420650)
chr4 (83-193)||(24470476-24470586)
chr4 (56-186)||(24470976-24471106)
chr4 (92-150)||(24477095-24477153)
chr4 (47-193)||(24477514-24477660)
chr4 (47-120)||(24477077-24477150)
chr4 (131-192)||(24481334-24481395)
chr4 (62-193)||(24421329-24421460)
chr4 (101-195)||(24420367-24420461)
chr4 (101-195)||(24471165-24471259)
chr4 (89-183)||(24476975-24477069)
chr4 (62-195)||(24420799-24420932)
chr4 (47-168)||(24421066-24421187)
chr4 (53-129)||(24420337-24420413)
chr4 (137-193)||(24476902-24476958)
[»] scaffold0879 (7 HSPs)
scaffold0879 (47-195)||(4539-4687)
scaffold0879 (47-144)||(4731-4828)
scaffold0879 (47-195)||(4491-4639)
scaffold0879 (51-193)||(4687-4829)
scaffold0879 (77-193)||(4425-4541)
scaffold0879 (92-193)||(4488-4589)
scaffold0879 (47-168)||(4587-4708)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (62-193)||(41899922-41900053)
chr2 (56-168)||(41900283-41900395)
chr2 (53-168)||(41900475-41900590)
chr2 (92-195)||(41899824-41899927)
chr2 (95-193)||(41899970-41900068)
chr2 (92-193)||(41899874-41899975)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (53-192)||(11904905-11905044)
chr1 (47-189)||(11879484-11879626)
chr1 (56-193)||(11904956-11905093)
chr1 (53-186)||(52818902-52819035)
chr1 (53-168)||(11905049-11905164)
chr1 (47-177)||(11902080-11902210)
chr1 (56-192)||(11879445-11879581)
chr1 (53-193)||(11905097-11905237)
chr1 (101-189)||(11879442-11879530)
chr1 (89-165)||(52821569-52821645)
chr1 (53-192)||(11882300-11882439)
chr1 (53-192)||(11891534-11891673)
chr1 (47-192)||(11902128-11902273)
chr1 (101-186)||(52821305-52821390)
chr1 (53-189)||(11905193-11905329)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 43)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 47 - 197
Target Start/End: Original strand, 24470824 - 24470973
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24470824 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccctctcctcccc-accatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 24470922  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatatatct 197  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24470923 tttataagtcacctcctccagcatctccttcaccacctcctccatatatct 24470973  T

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Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 53 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 24420797 - 24420653
Alignment:
Q  53 tataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttata 152  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24420797 tataagtcgccaccacctccatctccctctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttata 24420698  T
Q  153 agtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatatatct 197  Q
    | || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  24420697 aatctcctcctccaccatctccttcaccaccgcctccatatatct 24420653  T

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Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 53 - 193
Target Start/End: Original strand, 24470925 - 24471065
Alignment:
Q  53 tataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttata 152  Q
    ||||||||||| |||||  |||||||||| || || || |||||| | |||||||||||||| ||||| || || || ||||| ||||||||||| ||||    
T  24470925 tataagtcacctcctccagcatctccttcaccacctcctccatatatctacaagtcaccaccaccaccatccccttcaccaccccctccatacgtctata 24471024  T
Q  153 agtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  24471025 agtcccctcctcctccttctccttcaccccctcctccatat 24471065  T

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Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 47 - 177
Target Start/End: Original strand, 24470536 - 24470666
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||   ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  24470536 tatgtctacaagtcaccacctcctccatctccttcacctcccccaccatatgtctataagagtccaccaccaccctctccatcaccaccacctccatatg 24470635  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttc 177  Q
    | || ||||| ||||||||||| || |||||    
T  24470636 tctacaagtctcctcctccaccatcaccttc 24470666  T

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Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 47 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 24421379 - 24421258
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||   ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  24421379 tatgtctacaagtcaccacctcctccatctccttcacctcccccaccatatgtctataagagtccaccaccaccctctccatcaccaccacctccatatg 24421280  T
Q  147 tttataagtcacctcctccacc 168  Q
    | || ||||| |||||||||||    
T  24421279 tctacaagtctcctcctccacc 24421258  T

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Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 51 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 24477059 - 24476990
Alignment:
Q  51 tatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccacc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24477059 tatataagtcaccacctcctccatctccctctcctcccccaccatatgtatacaagtcaccacctccacc 24476990  T

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Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 47 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 24477516 - 24477395
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||   || |||| ||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  24477516 tatgtctacaagtcaccacctcctccatctccttcacctcccccaccatatgtctacaagagtcctcctctaccttctccatcaccaccacctccatatg 24477417  T
Q  147 tttataagtcacctcctccacc 168  Q
    | || ||||| |||||||||||    
T  24477416 tctacaagtctcctcctccacc 24477395  T

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Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 65 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 24420689 - 24420561
Alignment:
Q  65 cctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcacctcctc 164  Q
    ||||| ||||||||||| || || || |||||| | |||||||||||||| ||||| || || || |||||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  24420689 cctccaccatctccttcaccaccgcctccatatatctacaagtcaccaccaccaccatccccttcaccaccacctccatatgtctataagtcccctcctc 24420590  T
Q  165 caccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  24420589 ctccttctccttcaccccctcctccatat 24420561  T

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Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 47 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 24421043 - 24420897
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||||||||| |||||||| || |||||||| || || || ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |    
T  24421043 tatgtatataaatcaccaccacccccatctccatccccccctccaccatatgtctacaagtcaccacctccaccatccccatctccaccacctccatatg 24420944  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    | || || || || || ||||| || |||||||| ||||| ||||||    
T  24420943 tctacaaatctccacccccaccatcaccttcaccccctccaccatat 24420897  T

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Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 47 - 168
Target Start/End: Original strand, 24470344 - 24470465
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||   ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  24470344 tatgtctacaagtcaccacctcctccatcaccttcacctcccccaccatatgtctataagagtccaccaccaccctctccatcaccaccacctccatatg 24470443  T
Q  147 tttataagtcacctcctccacc 168  Q
    | || ||||| |||||||||||    
T  24470444 tctacaagtctcctcctccacc 24470465  T

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Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 47 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 24421235 - 24421087
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||      
T  24421235 tatgtttacaagtcaccaccacctccatccccttcacctcctcctccatatgtctacaagtcaccaccaccaccatccccatctccaccacctccatata 24421136  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatatat 195  Q
    |||| ||||| || || ||||| || || ||||| ||||| ||||||||    
T  24421135 tttacaagtccccaccaccaccatccccatcaccccctccaccatatat 24421087  T

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Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 53 - 193
Target Start/End: Original strand, 24470686 - 24470826
Alignment:
Q  53 tataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttata 152  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| || || |    
T  24470686 tataagtcgccaccacctccatctccttcacctcctcctccatatgtctacaagtcaccacctccaccatccccatctccaccaccaccatatgtctaca 24470785  T
Q  153 agtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    | || || || ||||| || |||||||| ||||| ||||||    
T  24470786 aatctccacccccaccatcaccttcaccccctccaccatat 24470826  T

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Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 47 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 24421427 - 24421281
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || || || || ||||| |    
T  24421427 tatgtgtacaagtccccaccacctccatctccctctcctcctcctccatatgtctacaagtcaccacctcctccatctccttcacctcccccaccatatg 24421328  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    | ||||||   || || ||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  24421327 tctataagagtccaccaccaccctctccatcaccaccacctccatat 24421281  T

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Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 59 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 24477600 - 24477466
Alignment:
Q  59 tcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcac 158  Q
    |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| || |||   ||||| ||||| ||||| || || ||||||||||| || || |||||||    
T  24477600 tcaccacctcctccgtctcctttccctcccccaccatatgtctataagagtccaccaccaccatctccctcacctccacctccatatgtctacaagtcac 24477501  T
Q  159 ctcctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    | ||||| || ||||||||||| || || ||||||    
T  24477500 cacctcctccatctccttcacctcccccaccatat 24477466  T

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Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 47 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 24420611 - 24420466
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| |||||||| || |||||||| |||||||| || || || |||||||||||||| || || || ||||| ||||| || || || || || || |    
T  24420611 tatgtctataagtcccctcctcctccttctccttcaccccctcctccatatgtttacaaatctcctcccccaccatctccttcaccccctccaccctatg 24420512  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccata 192  Q
    | |||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||    
T  24420511 tctataagtcacctccacctccttcagcttcaccacctcctccata 24420466  T

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Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 51 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 24421087 - 24420945
Alignment:
Q  51 tatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgttta 150  Q
    |||| ||||| || ||||| ||||| || || ||||||||||||||||| || || |||||||| || || ||||||||||| || || ||||| || ||    
T  24421087 tatacaagtctcctcctccaccatcaccctcccctcccccaccatatgtatataaatcaccaccacccccatctccatccccccctccaccatatgtcta 24420988  T
Q  151 taagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
     |||||||| |||||||| || || || ||||| |||||||||    
T  24420987 caagtcaccacctccaccatccccatctccaccacctccatat 24420945  T

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Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 47 - 193
Target Start/End: Original strand, 24470296 - 24470442
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || || || || || || || ||||| |    
T  24470296 tatgtgtacaagtccccaccacctccatctccctctcctcctcctccatatgtctacaagtcaccacctcctccatcaccttcacctcccccaccatatg 24470395  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    | ||||||   || || ||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  24470396 tctataagagtccaccaccaccctctccatcaccaccacctccatat 24470442  T

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Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 47 - 193
Target Start/End: Original strand, 24470488 - 24470634
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || || || || ||||| |    
T  24470488 tatgtttacaagtcaccaccacctccttccccttcacctcctcctccatatgtctacaagtcaccacctcctccatctccttcacctcccccaccatatg 24470587  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    | ||||||   || || ||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  24470588 tctataagagtccaccaccaccctctccatcaccaccacctccatat 24470634  T

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Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 47 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 24420851 - 24420706
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||| ||||| ||||| || || ||||| || || || || ||||| |    
T  24420851 tatgtttacaagtccccacccccaccatcaccttctcctcctccaccctatatttataagtcgccaccacctccatctccctctcctcccccaccatatg 24420752  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccata 192  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||||    
T  24420751 tttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccata 24420706  T

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Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 47 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 24420899 - 24420826
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccacc 120  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  24420899 tatgtatataagtcaccaccacctccttccccttcccctcctcctccatatgtttacaagtccccacccccacc 24420826  T

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Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 47 - 192
Target Start/End: Original strand, 24470871 - 24471016
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || |||||||||||||| || ||||| || || || || ||||| ||||| |||||||| |||||| | ||||| || ||||| ||||||||      
T  24470871 tatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcacctcctccagcatctccttcaccacctcctccatata 24470970  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccata 192  Q
    | || |||||||| || ||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  24470971 tctacaagtcaccaccaccaccatccccttcaccaccccctccata 24471016  T

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Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 24421283 - 24421135
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || ||||| || ||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||||| || || || || || || || |||||||| |    
T  24421283 tatgtctacaagtctcctcctccaccatcaccctcacctcccccaccttatgtttacaagtcaccaccacctccatccccttcacctcctcctccatatg 24421184  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatatat 195  Q
    | || |||||||| || ||||| || || || ||||| |||||||||||    
T  24421183 tctacaagtcaccaccaccaccatccccatctccaccacctccatatat 24421135  T

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Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 53 - 192
Target Start/End: Original strand, 24471021 - 24471160
Alignment:
Q  53 tataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttata 152  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||| || || || |||||||||||||| || || || ||||| ||||| || || || || || || ||  |||    
T  24471021 tataagtcccctcctcctccttctccttcaccccctcctccatatgtttacaaatctcctcccccaccatctccttcacctcctccaccctatgtccata 24471120  T
Q  153 agtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccata 192  Q
    |||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||    
T  24471121 agtcacctccacctccttcagcttcaccacctcctccata 24471160  T

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Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 47 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 24420755 - 24420609
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || |||||||||||||| || ||||| || || || || ||||| ||||| || || || |||||||| ||||| || ||||| ||||||||      
T  24420755 tatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataaatctcctcctccaccatctccttcaccaccgcctccatata 24420656  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    | || |||||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  24420655 tctacaagtcaccaccaccaccatccccttcaccaccacctccatat 24420609  T

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Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 47 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 24420995 - 24420849
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| || || |||||||| ||||| || ||||| ||||| || || || || || || ||||| |    
T  24420995 tatgtctacaagtcaccacctccaccatccccatctccaccacctccatatgtctacaaatctccacccccaccatcaccttcaccccctccaccatatg 24420896  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    | ||||||||||| || || ||||| ||||| || ||||||||||||    
T  24420895 tatataagtcaccaccacctccttccccttcccctcctcctccatat 24420849  T

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Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 47 - 193
Target Start/End: Original strand, 24470632 - 24470778
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||| || || ||||| || || || |||||||| |    
T  24470632 tatgtctacaagtctcctcctccaccatcaccttctcctcccccaccctatatttataagtcgccaccacctccatctccttcacctcctcctccatatg 24470731  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    | || |||||||| |||||||| || || || ||||| || ||||||    
T  24470732 tctacaagtcaccacctccaccatccccatctccaccaccaccatat 24470778  T

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Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 174
Target Start/End: Original strand, 24470728 - 24470855
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || || || || || || ||||| |    
T  24470728 tatgtctacaagtcaccacctccaccatccccatctccaccaccaccatatgtctacaaatctccacccccaccatcaccttcaccccctccaccatatg 24470827  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctcc 174  Q
    | ||||||||||| ||||| || |||||    
T  24470828 tatataagtcaccacctcctccatctcc 24470855  T

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Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 24477741 - 24477658
Alignment:
Q  110 ccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    ||||||||||  || ||||| |||||||| || || || |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  24477741 ccacctccacgatccccatcaccaccaccaccttatgtctataagtctcctccaccaccatctccctcaccacctcctccatat 24477658  T

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Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 56 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 24420650 - 24420520
Alignment:
Q  56 aagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagt 155  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| || || || |||||||| || ||||| || ||||| || ||||| || || || |||||||| ||||| || |    
T  24420650 aagtcaccaccaccaccatccccttcaccaccacctccatatgtctataagtcccctcctcctccttctccttcaccccctcctccatatgtttacaaat 24420551  T
Q  156 cacctcctccaccttctccttcaccacctcc 186  Q
    | ||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  24420550 ctcctcccccaccatctccttcaccccctcc 24420520  T

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Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 83 - 193
Target Start/End: Original strand, 24470476 - 24470586
Alignment:
Q  83 cctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcacctcctccaccttctccttcaccac 182  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| || || || || || || || |||||||| || || |||||||| ||||| || ||||||||||| |    
T  24470476 cctcccccgccctatgtttacaagtcaccaccacctccttccccttcacctcctcctccatatgtctacaagtcaccacctcctccatctccttcacctc 24470575  T
Q  183 ctcctccatat 193  Q
    | || ||||||    
T  24470576 ccccaccatat 24470586  T

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Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 56 - 186
Target Start/End: Original strand, 24470976 - 24471106
Alignment:
Q  56 aagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagt 155  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||| || || ||||| || ||||| || ||||| || || || |||||||| ||||| || |    
T  24470976 aagtcaccaccaccaccatccccttcaccaccccctccatacgtctataagtcccctcctcctccttctccttcaccccctcctccatatgtttacaaat 24471075  T
Q  156 cacctcctccaccttctccttcaccacctcc 186  Q
    | ||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  24471076 ctcctcccccaccatctccttcacctcctcc 24471106  T

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Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 92 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 24477153 - 24477095
Alignment:
Q  92 ccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgttta 150  Q
    |||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24477153 ccatatgtctataaggcaccacctcctccatctccatccccaccacctccatatgttta 24477095  T

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Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 47 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 24477660 - 24477514
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || ||||| ||||| ||||||||||  |||||||| || ||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||| | ||| || || ||||| |    
T  24477660 tatgtgtacaagtccccaccacctccatctctctctcctccgcctccacatgtctacaaatcaccacctcctccgtctcctttccctcccccaccatatg 24477561  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    | ||||||   || || ||||| ||||| ||||| || |||||||||    
T  24477560 tctataagagtccaccaccaccatctccctcacctccacctccatat 24477514  T

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Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 47 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 24477150 - 24477077
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccacc 120  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||| || || || || |||||||||||||| || ||||| |||||    
T  24477150 tatgtctataaggcaccacctcctccatctccatccccaccacctccatatgtttacaaatctccacccccacc 24477077  T

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Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 131 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 24481395 - 24481334
Alignment:
Q  131 ccaccacctccatacgtttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccata 192  Q
    |||||||| || || |||||| |||||||||||||||| || || |||||||||||||||||    
T  24481395 ccaccaccaccttatgtttatgagtcacctcctccaccctcaccatcaccacctcctccata 24481334  T

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Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 62 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 24421460 - 24421329
Alignment:
Q  62 ccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcacctc 161  Q
    |||||||| |||||||| || || || || || ||||| |||||||| ||||| || || ||||| || || || |||||||| || || |||||||| |    
T  24421460 ccacctccaccatctccctcaccacctcctccgtatgtgtacaagtccccaccacctccatctccctctcctcctcctccatatgtctacaagtcaccac 24421361  T
Q  162 ctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    |||| || ||||||||||| || || ||||||    
T  24421360 ctcctccatctccttcacctcccccaccatat 24421329  T

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Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 101 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 24420461 - 24420367
Alignment:
Q  101 tacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatatat 195  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||| || || || ||||| |  ||||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  24420461 tacaaatctccacctccaccttctccatcacctcctccaccatatggctataagtcaccgccacctccttcgccttcaccaccgcctccttatat 24420367  T

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Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 101 - 195
Target Start/End: Original strand, 24471165 - 24471259
Alignment:
Q  101 tacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatatat 195  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||| || || || ||||| || |||| |||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  24471165 tacaaatctccacctccaccttctccatcacctcctccaccatatgtctataggtcaccgccacctccttcgccttcaccaccgcctccttatat 24471259  T

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Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 89 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 24477069 - 24476975
Alignment:
Q  89 ccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacc 183  Q
    ||||||||| | || |||||||||||||| || ||||| || || || || ||||| || || |||||||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  24477069 ccaccatatctatataagtcaccacctcctccatctccctctcctcccccaccatatgtatacaagtcaccacctccaccatctacttcaccacc 24476975  T

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Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 62 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 24420932 - 24420799
Alignment:
Q  62 ccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcacctc 161  Q
    ||||| || ||||| ||||| || || ||||||||||| || ||||||||||| || || || || ||||| || |||||||| ||||| ||||| || |    
T  24420932 ccacccccaccatcaccttcaccccctccaccatatgtatataagtcaccaccacctccttccccttcccctcctcctccatatgtttacaagtccccac 24420833  T
Q  162 ctccaccttctccttcaccacctcctccatatat 195  Q
    | ||||| || ||||| || ||||| || |||||    
T  24420832 ccccaccatcaccttctcctcctccaccctatat 24420799  T

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Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 47 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 24421187 - 24421066
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || ||||||||||| || ||||| || ||||| || || |||||| |||||||||| ||||| ||||| || ||||| || || || |||||      
T  24421187 tatgtctacaagtcaccaccaccaccatccccatctccaccacctccatatatttacaagtccccaccaccaccatccccatcaccccctccaccatata 24421088  T
Q  147 tttataagtcacctcctccacc 168  Q
    | || ||||| |||||||||||    
T  24421087 tatacaagtctcctcctccacc 24421066  T

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Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 53 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 24420413 - 24420337
Alignment:
Q  53 tataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatc 129  Q
    ||||||||||| || ||||| || ||||| || || || || ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  24420413 tataagtcaccgccacctccttcgccttcaccaccgcctccttatatttacaagtctccacctccaccatctccatc 24420337  T

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Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 137 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 24476958 - 24476902
Alignment:
Q  137 cctccatacgtttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    |||||||| || |||| ||| |||||||| | |||||||||| ||||||||||||||    
T  24476958 cctccatatgtctatatgtcccctcctcctcattctccttcatcacctcctccatat 24476902  T

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Target: scaffold0879 (Bit Score: 57; Significance: 6e-24; HSPs: 7)
Name: scaffold0879
Description:

Target: scaffold0879; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 47 - 195
Target Start/End: Original strand, 4539 - 4687
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||      
T  4539 tatgtttacaagtcaccaccacctccatccccttcacctcctcctccatatgtctacaagtcaccaccaccaccatccccatctccaccacctccatata 4638  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatatat 195  Q
    |||| ||||| || || ||||| || || ||||| ||||| ||||||||    
T  4639 tttacaagtccccaccaccaccatccccatcaccccctccaccatatat 4687  T

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Target: scaffold0879; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 47 - 144
Target Start/End: Original strand, 4731 - 4828
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccata 144  Q
    ||||||||||| |||||||| || |||||||| || || || ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  4731 tatgtatataaatcaccaccacccccatctccatccccccctccaccatatgtctacaagtcaccacctccaccatccccatctccaccacctccata 4828  T

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Target: scaffold0879; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 47 - 195
Target Start/End: Original strand, 4491 - 4639
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || ||||| || ||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || || || || || |||||||| |    
T  4491 tatgtctacaagtctcctcctccaccatcaccctcacctcccccaccatatgtttacaagtcaccaccacctccatccccttcacctcctcctccatatg 4590  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatatat 195  Q
    | || |||||||| || ||||| || || || ||||| |||||||||||    
T  4591 tctacaagtcaccaccaccaccatccccatctccaccacctccatatat 4639  T

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Target: scaffold0879; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 51 - 193
Target Start/End: Original strand, 4687 - 4829
Alignment:
Q  51 tatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgttta 150  Q
    |||| ||||| || ||||| ||||| || || ||||||||||||||||| || || |||||||| || || ||||||||||| || || ||||| || ||    
T  4687 tatacaagtctcctcctccaccatcaccctcccctcccccaccatatgtatataaatcaccaccacccccatctccatccccccctccaccatatgtcta 4786  T
Q  151 taagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
     |||||||| |||||||| || || || ||||| |||||||||    
T  4787 caagtcaccacctccaccatccccatctccaccacctccatat 4829  T

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Target: scaffold0879; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 77 - 193
Target Start/End: Original strand, 4425 - 4541
Alignment:
Q  77 ccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcacctcctccaccttctcctt 176  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || |||   ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| || || |    
T  4425 ccttcacctcccccaccatatgtctataagagtccaccaccaccctctccatcaccaccacctccatatgtctacaagtctcctcctccaccatcaccct 4524  T
Q  177 caccacctcctccatat 193  Q
    |||| || || ||||||    
T  4525 cacctcccccaccatat 4541  T

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Target: scaffold0879; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 92 - 193
Target Start/End: Original strand, 4488 - 4589
Alignment:
Q  92 ccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccat 191  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||| || || || || || || ||||| ||||| |||||||| || || || || |||||||| ||||||||||    
T  4488 ccatatgtctacaagtctcctcctccaccatcaccctcacctcccccaccatatgtttacaagtcaccaccacctccatccccttcacctcctcctccat 4587  T
Q  192 at 193  Q
    ||    
T  4588 at 4589  T

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Target: scaffold0879; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 47 - 168
Target Start/End: Original strand, 4587 - 4708
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || ||||||||||| || ||||| || ||||| || || |||||| |||||||||| ||||| ||||| || ||||| || || || |||||      
T  4587 tatgtctacaagtcaccaccaccaccatccccatctccaccacctccatatatttacaagtccccaccaccaccatccccatcaccccctccaccatata 4686  T
Q  147 tttataagtcacctcctccacc 168  Q
    | || ||||| |||||||||||    
T  4687 tatacaagtctcctcctccacc 4708  T

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Target: chr2 (Bit Score: 52; Significance: 5e-21; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 62 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 41900053 - 41899922
Alignment:
Q  62 ccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcacctc 161  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || || || ||||| |||||||| ||||| ||||| || |    
T  41900053 ccacctcctccctctccttcacctccaccaccatatgtctacaagtccccaccaccaccttccccctcaccacctcctccatatgtttacaagtccccac 41899954  T
Q  162 ctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    | || ||||| || ||||| ||||||||||||    
T  41899953 caccgccttccccgtcaccccctcctccatat 41899922  T

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Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 56 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 41900395 - 41900283
Alignment:
Q  56 aagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagt 155  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| | ||| ||||||||||| ||||| || || || || || ||||| || |||||||||||||| || || ||||    
T  41900395 aagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccacctccatatgtctacaagt 41900296  T
Q  156 cacctcctccacc 168  Q
    | |||||||||||    
T  41900295 ctcctcctccacc 41900283  T

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Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 53 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 41900590 - 41900475
Alignment:
Q  53 tataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttata 152  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||| || || || || || |||||||| |||| ||||   || || ||||    
T  41900590 tataagtcaccaccacctccctctccttcacctcctccgccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccatcaccacaacctaagtatgtctata 41900491  T
Q  153 agtcacctcctccacc 168  Q
    |||| |||||||||||    
T  41900490 agtctcctcctccacc 41900475  T

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Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 92 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 41899927 - 41899824
Alignment:
Q  92 ccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccat 191  Q
    |||||||  |||||||| || || ||||| || || || || || |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  41899927 ccatatgcgtacaagtctcctcccccaccatcaccttcaccgcctcctccatatgtttacaagtctccacctccaccttcttcttcacctcctccaccat 41899828  T
Q  192 atat 195  Q
    ||||    
T  41899827 atat 41899824  T

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Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 95 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 41900068 - 41899970
Alignment:
Q  95 tatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    ||||| ||||| || |||||||| || ||||| || || ||||| ||||| || || ||||| || || |||||||| || ||||||||||||||||||    
T  41900068 tatgtctacaactctccacctcctccctctccttcacctccaccaccatatgtctacaagtccccaccaccaccttccccctcaccacctcctccatat 41899970  T

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Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 92 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 41899975 - 41899874
Alignment:
Q  92 ccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccat 191  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || || || || || || || |||||||| |  || ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||    
T  41899975 ccatatgtttacaagtccccaccaccgccttccccgtcaccccctcctccatatgcgtacaagtctcctcccccaccatcaccttcaccgcctcctccat 41899876  T
Q  192 at 193  Q
    ||    
T  41899875 at 41899874  T

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Target: chr1 (Bit Score: 44; Significance: 3e-16; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 53 - 192
Target Start/End: Original strand, 11904905 - 11905044
Alignment:
Q  53 tataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttata 152  Q
    |||||||||||||| || ||||| || || ||||| ||||||||   ||||||||| || |||||||| || ||||| |||||||| ||||||  ||| |    
T  11904905 tataagtcaccacccccaccatccccatcacctcctccaccatactattacaagtccccccctccaccatcaccatctccaccaccaccatactattaca 11905004  T
Q  153 agtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccata 192  Q
    ||||||| |||||||| ||||| || || ||||| |||||    
T  11905005 agtcaccacctccaccatctccatctcctcctccaccata 11905044  T

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Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 47 - 189
Target Start/End: Original strand, 11879484 - 11879626
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    ||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||     
T  11879484 tatgtgtacaagtcaccaccaccgccatctccttcaccaccacctccttatgtgtacaagtcaccaccaccaccctcaccttccccaccaccaccatact 11879583  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctcc 189  Q
      || |||   ||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  11879584 actacaagagtcctccaccaccttctccttcacctccacctcc 11879626  T

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Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 56 - 193
Target Start/End: Original strand, 11904956 - 11905093
Alignment:
Q  56 aagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagt 155  Q
    ||||| || ||||| ||||| || ||||| || ||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||||  ||||||||    
T  11904956 aagtccccccctccaccatcaccatctccaccaccaccatactattacaagtcaccacctccaccatctccatctcctcctccaccatactattataagt 11905055  T
Q  156 cacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    |||| |||||||| || || || || ||||| ||||||    
T  11905056 caccacctccaccatccccatcccctcctccaccatat 11905093  T

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Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 53 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 52819035 - 52818902
Alignment:
Q  53 tataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttata 152  Q
    |||||||||||||| || ||||| || || ||||| ||||||||   ||| ||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||  |||||    
T  52819035 tataagtcaccaccaccaccatcaccatcccctcctccaccatactattataagtcaccacctccaccatcaccatcccctccccctccatactattata 52818936  T
Q  153 agtcacctcctccaccttctccttcaccacctcc 186  Q
    | || ||||| ||||| || || || ||||||||    
T  52818935 aatctcctccaccaccctcaccatccccacctcc 52818902  T

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Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 53 - 168
Target Start/End: Original strand, 11905049 - 11905164
Alignment:
Q  53 tataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttata 152  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||   || ||||||||| ||||||| || |||||||| || || ||||||  |||||    
T  11905049 tataagtcaccacctccaccatccccatcccctcctccaccatattactataagtcaccagctccaccatccccatcccctcctccaccatactattata 11905148  T
Q  153 agtcacctcctccacc 168  Q
    |||| || ||||||||    
T  11905149 agtccccacctccacc 11905164  T

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Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 47 - 177
Target Start/End: Original strand, 11902080 - 11902210
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||  | || || ||||| |||||||||||||| || || || ||||| || |||||||| ||||    
T  11902080 tatgtatacaagtcaccaccaccaccatctccttcaccgtcacctccttatgtgtacaagtcaccaccacctccatccccatcacccccacctccttacg 11902179  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttc 177  Q
    | || |||||||| || ||||| || |||||    
T  11902180 tgtacaagtcaccaccaccaccctcgccttc 11902210  T

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Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 56 - 192
Target Start/End: Original strand, 11879445 - 11879581
Alignment:
Q  56 aagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagt 155  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||| || || || || ||||| |||||||||||||| || || ||||| || ||||||||||| || || || ||||    
T  11879445 aagtcaccaccaccaccaactccttcaccaccacctccttatgtgtacaagtcaccaccaccgccatctccttcaccaccacctccttatgtgtacaagt 11879544  T
Q  156 cacctcctccaccttctccttcaccacctcctccata 192  Q
    |||| || ||||| || ||||| ||||| || |||||    
T  11879545 caccaccaccaccctcaccttccccaccaccaccata 11879581  T

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Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 53 - 193
Target Start/End: Original strand, 11905097 - 11905237
Alignment:
Q  53 tataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttata 152  Q
    |||||||||||| |||| ||||| || || ||||| ||||||||   ||| ||||| |||||||||||||| ||| | |||||||| || |||  |||||    
T  11905097 tataagtcaccagctccaccatccccatcccctcctccaccatactattataagtccccacctccaccgtcaccagctccaccaccaccttactattata 11905196  T
Q  153 agtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccatat 193  Q
    ||||||| || ||||| || || || || || |||||||||    
T  11905197 agtcaccacccccaccatcaccatcccctccccctccatat 11905237  T

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Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 101 - 189
Target Start/End: Original strand, 11879442 - 11879530
Alignment:
Q  101 tacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctcc 189  Q
    |||||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||| || || || |||||||| || || || |||||||||||||| |||||    
T  11879442 tacaagtcaccaccaccaccaactccttcaccaccacctccttatgtgtacaagtcaccaccaccgccatctccttcaccaccacctcc 11879530  T

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Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 89 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 52821645 - 52821569
Alignment:
Q  89 ccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcacctcctcc 165  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| || || || |||||||| |||||    
T  52821645 ccaccatatgagtacaagtctccacctccaccttccccatcccctccacctccttatgtatacaagtcaccacctcc 52821569  T

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Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 53 - 192
Target Start/End: Original strand, 11882300 - 11882439
Alignment:
Q  53 tataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttata 152  Q
    |||||||||||||| || ||||| || || |||||||| |||||   |||||| || || || ||||| || ||||| ||||||||||| |||  ||| |    
T  11882300 tataagtcaccacccccaccatcaccatcccctccccctccatactattacaaatctcctccaccaccatcaccatcaccaccacctccctactattaca 11882399  T
Q  153 agtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccata 192  Q
    | |||||||| ||||| || || ||||| || ||||||||    
T  11882400 aatcacctccaccaccatcaccatcacctccccctccata 11882439  T

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Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 53 - 192
Target Start/End: Original strand, 11891534 - 11891673
Alignment:
Q  53 tataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttata 152  Q
    |||||||||||||| || ||||| || || |||||||| |||||   |||||| || || || ||||| || ||||| ||||||||||| |||  ||| |    
T  11891534 tataagtcaccacccccaccatcaccatcccctccccctccatactattacaaatctcctccaccaccatcaccatcaccaccacctccctactattaca 11891633  T
Q  153 agtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccata 192  Q
    | |||||||| ||||| || || ||||| || ||||||||    
T  11891634 aatcacctccaccaccatcaccatcacctccccctccata 11891673  T

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Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 47 - 192
Target Start/End: Original strand, 11902128 - 11902273
Alignment:
Q  47 tatgtatataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacg 146  Q
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T  11902128 tatgtgtacaagtcaccaccacctccatccccatcacccccacctccttacgtgtacaagtcaccaccaccaccctcgccttccccgcccccaccatact 11902227  T
Q  147 tttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctccata 192  Q
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T  11902228 attacaagtctcctccaccaccctcgccttccccaccgccaccata 11902273  T

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Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 101 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 52821390 - 52821305
Alignment:
Q  101 tacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttataagtcacctcctccaccttctccttcaccacctcc 186  Q
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T  52821390 tacaagtcacctccaccaccctctccctcacctccacctccttactactacaagtcacctccaccaccttcaccttcacctcctcc 52821305  T

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Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 53 - 189
Target Start/End: Original strand, 11905193 - 11905329
Alignment:
Q  53 tataagtcaccacctcctccatctccttctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccaccacctccatacgtttata 152  Q
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T  11905193 tataagtcaccacccccaccatcaccatcccctccccctccatattattacaaatctcctccaccaccatccccatcaccacaacatccctactattaca 11905292  T
Q  153 agtcacctcctccaccttctccttcaccacctcctcc 189  Q
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T  11905293 aatcacctccaccaccatcgccatcaccaccacctcc 11905329  T

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