View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13495_low_1 (Length: 945)

Name: NF13495_low_1
Description: NF13495
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13495_low_1
NF13495_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (19-923)||(44112527-44113423)
chr7 (915-945)||(44114777-44114807)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 732; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 732; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 923
Target Start/End: Original strand, 44112527 - 44113423
Alignment:
Q  19 gttacctctagcttgctggtatgctttgattcattttacgtgttataagagtaagacttggtgtaaataactaatcatatttaactaatcaaatgttttg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  44112527 gttacctctagcttgctggtatgctttgattcattttacgtgttataagagtaagacttggtgtaaataactaatcatatttaactaatcaaatgttctg 44112626  T
Q  119 taatgttgaaaacattaacgaattgtgtttgttaacttttgcctatgaacaaatgaccnnnnnnnn-gtattgagacatcaattagnnnnnnnnnnnnnn 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |         |||||||||||||||||||                  
T  44112627 taatgttgaaaacattaacgaattgtgtttgttaacttttgcctatgaacaaatgaactttttttttgtattgagacatcaattagttttatttttttaa 44112726  T
Q  218 nnnnnngatgtgaacaaatgaattgcgtaatgaaatgttgagccatgatgttttgtgaaatggaattagaccaaaatttgatcaaactgaatttatagaa 317  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44112727 ctttttgatgtgaacaaatgaattgcgtaatgaaatgttgagccatgatgttttgtgaaatggaattagaccaaaatttgatcaaactgaatttatagaa 44112826  T
Q  318 tctatctcgcattatgagatctttaaattatgaagaaaaagtaaaaagggtgctcgcaattcataacttatacatgttttgagtctaaaaatgtgtagtt 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  44112827 tctatctcgcattatgagatctttaaattatgaaaaaaaagtaaaaagggtgctcgcaattcataacttatacatgttt-gagtctaaaaatgtgtagtt 44112925  T
Q  418 cggtttctgacaattcagattttacattaattggcaaacttcataagttttttaattaacgcatattgaagaacaggttcataacacaattattcaggtg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44112926 cggtttctgacaattcagattttacattaattggcaaacttcataagatttttaattaacgcatattgaagaacaagttcataacacaattattcaggtg 44113025  T
Q  518 acaccacccacgatcaaaagcagaacattagacagacagactcttgcaatgtactgattgtatataacgaagacaaagattttaatgcaaagctaaactc 617  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44113026 acaccacccacgatcaaaaacagaacattagac----agactcttgcaatgtactgattgtatataatgaagacaaagattttaatgcaaagctaaactc 44113121  T
Q  618 ttgatatttaaattataaacccttatttgtatgtgtttaggcaacctgttgaaaagcaatactgttatgtaaaccattgtgttcatggtataaatgttta 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44113122 ttgatatttaaattataaacccttatttgtatgtgtttaggcaacctgttgaaaagcaatattgttatgtaaaccattgtgttcattgtataaatgttta 44113221  T
Q  718 aatataatttttgttcaattgagtatgtaaacacattgagaaatccttaaattttcttaatttcgtttctaatatttttatcaaactttgcaattgatgg 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44113222 aatataatttttgttcaattgagtat----acacattgagaaatccttaaattttcttaatttcgtttctaatatttttatcaaactttgcaattgatgg 44113317  T
Q  818 aacttaattgcatccatataactaattaaaggtgccgacccaataatgttcatatgcaatgccagaaagtttatattgtgttggaaacgtttataattat 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  44113318 aacttaattgcatccatataactaattaaaggtgccgacccaataatgttcatatgcaatgccagaaagtttacattgtgttggaaacgtttataattat 44113417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 915 - 945
Target Start/End: Original strand, 44114777 - 44114807
Alignment:
Q  915 tatagaatattaattagaatattcaaattcc 945  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44114777 tatagaatattaattagaatattcaaattcc 44114807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University