View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13497_high_3 (Length: 420)

Name: NF13497_high_3
Description: NF13497
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13497_high_3
NF13497_high_3
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (19-407)||(3201612-3202000)
chr5 (19-407)||(3207586-3207974)
chr5 (19-395)||(3215522-3215898)
chr5 (92-383)||(3219101-3219392)
chr5 (102-374)||(3179011-3179283)
chr5 (102-374)||(3239557-3239829)
chr5 (101-383)||(3220524-3220806)
chr5 (101-383)||(3225509-3225791)
chr5 (101-383)||(3230757-3231039)
chr5 (252-383)||(3224185-3224317)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (295-362)||(42446000-42446067)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (275-326)||(139415-139466)
chr1 (275-326)||(164815-164866)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (275-326)||(18605174-18605225)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (277-326)||(268757-268806)
chr8 (277-326)||(647115-647164)
chr8 (277-326)||(832850-832899)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 407
Target Start/End: Original strand, 3201612 - 3202000
Alignment:
Q  19 gatggataattaagttgtgcttgtggtatgctctttacatcagagcatttcactttttgttgcaatataattccaacttgtatatcagtataattcaaac 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3201612 gatgggtaattaagttgtgcttgtggtatgctctttacatcagagcatttcactttttgttgcaatataattccaacttgtatatcagtataattcaaac 3201711  T
Q  119 cacacaaataaggaacataatcatttgtttcaatatcataaacaagtcccggatcgtttgcttttgaagggttaacatgtccagcaccagtggcaaatac 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3201712 cacacaaataaggaacataatcatttgtttcaatatcataaacaagtcccggatcgtttgcttttgaagggttaacatgtccagcaccagtggcaaatac 3201811  T
Q  219 atcagctggtagaaacctttggtccaaaataggcttaccatggagattaacatgattagcagtcgtcatgattgctgattttatagctgctggtgaccaa 318  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3201812 atcagctggtagaagcctttggtccaaaataggcttaccatggagattaacatgattagcagtcgtcatgattgctgattttatagctgctggtgaccaa 3201911  T
Q  319 tctggatgcgagtttttcaacaaagcagcaatgccactaagatgaggacaagacatcgaggtacctgcaattatgttaaacgatgatgt 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3201912 tctggatgcgagtttttcaacaaagcagcaatgccactaagatgaggacaagacatcgaggtacctgcaattatgttaaacgatgatgt 3202000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 19 - 407
Target Start/End: Original strand, 3207586 - 3207974
Alignment:
Q  19 gatggataattaagttgtgcttgtggtatgctctttacatcagagcatttcactttttgttgcaatataattccaacttgtatatcagtataattcaaac 118  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3207586 gatggataattaagctgtgcttgtggtatgctctttacatcagagcatttcactttttgttgcaaaataactccaacttgtctatcagtataattcaaac 3207685  T
Q  119 cacacaaataaggaacataatcatttgtttcaatatcataaacaagtcccggatcgtttgcttttgaagggttaacatgtccagcaccagtggcaaatac 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3207686 cacacaaataaggaacataatcatttgtttcaatatcataaacaagtcccggatcatttgcttttgaagggttgacatgtccagcaccagtggcaaatac 3207785  T
Q  219 atcagctggtagaaacctttggtccaaaataggcttaccatggagattaacatgattagcagtcgtcatgattgctgattttatagctgctggtgaccaa 318  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||    
T  3207786 atcagctggtagaattctttggtccaaaataggcttaccttgaagattaacctgattagcagttgtcatgattgcggattttatagcagctggagaccaa 3207885  T
Q  319 tctggatgcgagtttttcaacaaagcagcaatgccactaagatgaggacaagacatcgaggtacctgcaattatgttaaacgatgatgt 407  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3207886 tctggatgagagtttttcaacaaagcagcaatgccactaagatgaggacatgacattgaggtacctgaaattatgttaaacgatgatgt 3207974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 19 - 395
Target Start/End: Original strand, 3215522 - 3215898
Alignment:
Q  19 gatggataattaagttgtgcttgtggtatgctctttacatcagagcatttcactttttgttgcaatataattccaacttgtatatcagtataattcaaac 118  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||    
T  3215522 gatggataattaagctgtgcttgtggtatgctctttatatcagagcatttcactttctgttgcaaaataattccaacatgtctatcagtgtaattcaaac 3215621  T
Q  119 cacacaaataaggaacataatcatttgtttcaatatcataaacaagtcccggatcgtttgcttttgaagggttaacatgtccagcaccagtggcaaatac 218  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  3215622 cacacaagtaaggaacataatcatttggttcaatatcataaacaagtcctggatcgtttgctttcgaagggttgacatgtccagcaccagtggcaaataa 3215721  T
Q  219 atcagctggtagaaacctttggtccaaaataggcttaccatggagattaacatgattagcagtcgtcatgattgctgattttatagctgctggtgaccaa 318  Q
    ||||||||||  ||  ||||||||||||||||  || || || |||||||| | || |||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  3215722 atcagctggtttaagtctttggtccaaaatagcttttccttgaagattaacttcataagcagttgtcatgattgctgattttatagcagcgggagaccaa 3215821  T
Q  319 tctggatgcgagtttttcaacaaagcagcaatgccactaagatgaggacaagacatcgaggtacctgcaattatgtt 395  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||    
T  3215822 tctggatgagagtttttcaacagagcagcaattccactgagatgtggacaagacattgaggtacctgaaatgatgtt 3215898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 92 - 383
Target Start/End: Original strand, 3219101 - 3219392
Alignment:
Q  92 caacttgtatatcagtataattcaaaccacacaaataaggaacataatcatttgtttcaatatcataaacaagtcccggatcgtttgcttttgaagggtt 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||   ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||    
T  3219101 caacttgtatatcagtataattcaaaccacccaagtaaggaacaatgtcatttggttcaatgtcataaacaagtcctggatcgtttgctttcaaatggtt 3219200  T
Q  192 aacatgtccagcaccagtggcaaatacatcagctggtagaaacctttggtccaaaataggcttaccatggagattaacatgattagcagtcgtcatgatt 291  Q
     |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||| |||||||  || || || |||||||  | || |||||| |||||||||    
T  3219201 gacatatccagcaccagtggcaaataaatcagctggtttaagcctttggtctaaaatagcttttccttgaagattaaactcataagcagttgtcatgatt 3219300  T
Q  292 gctgattttatagctgctggtgaccaatctggatgcgagtttttcaacaaagcagcaatgccactaagatgaggacaagacatcgaggtacc 383  Q
    |||||||||||||| || || |||| ||||||||| || ||||||||||  || ||||| ||| | ||||||  ||||||||| ||||||||    
T  3219301 gctgattttatagcagcgggagaccgatctggatgagaatttttcaacagtgctgcaattccattgagatgaaaacaagacattgaggtacc 3219392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 102 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 3179283 - 3179011
Alignment:
Q  102 atcagtataattcaaaccacacaaataaggaacataatcatttgtttcaatatcataaacaagtcccggatcgtttgcttttgaagggttaacatgtcca 201  Q
    ||||||||||  ||||||||||| ||||||||| ||||| | || || ||||||||||||||| || ||||| || |||||   ||| |||||||||||     
T  3179283 atcagtataacccaaaccacacagataaggaacgtaatcttctggttgaatatcataaacaagaccaggatcattagctttaacaggattaacatgtcct 3179184  T
Q  202 gcaccagtggcaaatacatcagctggtagaaacctttggtccaaaataggcttaccatggagattaacatgattagcagtcgtcatgattgctgatttta 301  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||  ||  ||||| ||||| |||||  | ||   ||| || | |  ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3179183 gcaccagtagcaaaaacatcagcaggtgaaagtctttgatccaatataggaatcccgccgaggttgagagtattagcagttgtcatgattgctgatttta 3179084  T
Q  302 tagctgctggtgaccaatctggatgcgagtttttcaacaaagcagcaatgccactaagatgaggacaagacat 374  Q
    | || ||||| |||||||| ||||| ||  |||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3179083 ttgcagctggcgaccaatcaggatgagaacttttgatcaatgcagcaatgccactgagatgaggacaagacat 3179011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 102 - 374
Target Start/End: Original strand, 3239557 - 3239829
Alignment:
Q  102 atcagtataattcaaaccacacaaataaggaacataatcatttgtttcaatatcataaacaagtcccggatcgtttgcttttgaagggttaacatgtcca 201  Q
    ||||||||||  ||||||||||| ||||||||| ||||| | || || ||||||||||||||| || ||||| || |||||   ||| |||||||||||     
T  3239557 atcagtataacccaaaccacacagataaggaacgtaatcttctggttgaatatcataaacaagaccaggatcattagctttaacaggattaacatgtcct 3239656  T
Q  202 gcaccagtggcaaatacatcagctggtagaaacctttggtccaaaataggcttaccatggagattaacatgattagcagtcgtcatgattgctgatttta 301  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||  ||  ||||| ||||| |||||  | ||   ||| || | |  ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3239657 gcaccagtagcaaaaacatcagcaggtgaaagtctttgatccaatataggaatcccgccgaggttgagagtattagcagttgtcatgattgctgatttta 3239756  T
Q  302 tagctgctggtgaccaatctggatgcgagtttttcaacaaagcagcaatgccactaagatgaggacaagacat 374  Q
    | || ||||| |||||||| ||||| ||  |||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3239757 ttgcagctggcgaccaatcaggatgagaacttttgatcaatgcagcaatgccactgagatgaggacaagacat 3239829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 101 - 383
Target Start/End: Original strand, 3220524 - 3220806
Alignment:
Q  101 tatcagtataattcaaaccacacaaataaggaacataatcatttgtttcaatatcataaacaagtcccggatcgtttgcttttgaagggttaacatgtcc 200  Q
    |||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| || ||||| || |||||   ||| |||||||||||    
T  3220524 tatcagaataacccaaaccacacagataaggaacataatcttctggttcaatatcataaacaagaccaggatcattagctttaacaggattaacatgtcc 3220623  T
Q  201 agcaccagtggcaaatacatcagctggtagaaacctttggtccaaaataggcttaccatggagattaacatgattagcagtcgtcatgattgctgatttt 300  Q
     |||||||| ||||| | |||||| || | || |||||| ||||  |||||  | ||   ||| || | |  ||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  3220624 tgcaccagtagcaaaaatatcagccggcaaaagcctttgatccagtataggtatcccgccgaggttgagagtatttgcagttgtcatgattgctgatttt 3220723  T
Q  301 atagctgctggtgaccaatctggatgcgagtttttcaacaaagcagcaatgccactaagatgaggacaagacatcgaggtacc 383  Q
    ||||| |||||||||||||| || || ||  |||| | ||| |||| ||| ||||| || |||||||||||||| || |||||    
T  3220724 atagcggctggtgaccaatcagggtgagaacttttgatcaatgcagaaataccacttaggtgaggacaagacattgaagtacc 3220806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 101 - 383
Target Start/End: Original strand, 3225509 - 3225791
Alignment:
Q  101 tatcagtataattcaaaccacacaaataaggaacataatcatttgtttcaatatcataaacaagtcccggatcgtttgcttttgaagggttaacatgtcc 200  Q
    |||||| ||||  ||||||||| | ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| || ||||| || |||||   ||| |||||||||||    
T  3225509 tatcagaataacccaaaccacatagataaggaacataatcttctggttcaatatcataaacaagaccaggatcattagctttaacaggattaacatgtcc 3225608  T
Q  201 agcaccagtggcaaatacatcagctggtagaaacctttggtccaaaataggcttaccatggagattaacatgattagcagtcgtcatgattgctgatttt 300  Q
     |||||||| || || | |||||| || | || |||||| ||||  |||||  | ||   ||| || | |  ||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  3225609 tgcaccagtagcgaaaatatcagccggaaaaagcctttgatccagtatagggatcccgccgaggttgagagtatttgcagttgtcatgattgccgatttt 3225708  T
Q  301 atagctgctggtgaccaatctggatgcgagtttttcaacaaagcagcaatgccactaagatgaggacaagacatcgaggtacc 383  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| ||  |||| | ||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  3225709 atagcggctggtgaccaatcaggatgagaacttttgatcaatgcagcaataccacttaggtgaggacaagacatcgaagtacc 3225791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 101 - 383
Target Start/End: Original strand, 3230757 - 3231039
Alignment:
Q  101 tatcagtataattcaaaccacacaaataaggaacataatcatttgtttcaatatcataaacaagtcccggatcgtttgcttttgaagggttaacatgtcc 200  Q
    |||||| ||||  ||||||||| | ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| || ||||| || |||||  |||| |||||||||||    
T  3230757 tatcagaataacccaaaccacaaagataaggaacataatcttctggttcaatatcataaacaagaccaggatcattagctttaaaaggattaacatgtcc 3230856  T
Q  201 agcaccagtggcaaatacatcagctggtagaaacctttggtccaaaataggcttaccatggagattaacatgattagcagtcgtcatgattgctgatttt 300  Q
     |||||||| || || | |||||| || | || |||||| ||||  |||||  | ||   ||| || | |  ||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  3230857 tgcaccagtagcgaaaatatcagccggcaaaagcctttgatccagtataggtatcccgccgaggttgagagtatttgcagttgtcatgattgctgatttt 3230956  T
Q  301 atagctgctggtgaccaatctggatgcgagtttttcaacaaagcagcaatgccactaagatgaggacaagacatcgaggtacc 383  Q
    ||||| ||||| |||||||| || || ||  |||| | ||| |||||||| ||||| || |||||||||||||| || |||||    
T  3230957 atagcggctggcgaccaatcagggtgagaacttttgatcaatgcagcaataccacttaggtgaggacaagacattgaagtacc 3231039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 252 - 383
Target Start/End: Original strand, 3224185 - 3224317
Alignment:
Q  252 cttaccatggagattaacatgattagcagtcgtcatgattgctgattttatagctgctggtgaccaatctggatgcgagtttt-tcaacaaagcagcaat 350  Q
    |||||| || |||||||| | ||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| |   | ||||||||||||||  |||||| ||||||   | |||||    
T  3224185 cttaccttgaagattaacctcatatgcagttgtcatgattgccgattttatagcagacagagaccaatctggatgatagttttatcaacagtactgcaat 3224284  T
Q  351 gccactaagatgaggacaagacatcgaggtacc 383  Q
     ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||    
T  3224285 tccactgagatgagaacaagacattgaggtacc 3224317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 295 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 42446067 - 42446000
Alignment:
Q  295 gattttatagctgctggtgaccaatctggatgcgagtttttcaacaaagcagcaatgccactaagatg 362  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  42446067 gattttatggctgctggtgaccaatcaggatgagagcttttgagcaaagccgcaatgccactaagatg 42446000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 275 - 326
Target Start/End: Original strand, 139415 - 139466
Alignment:
Q  275 tagcagtcgtcatgattgctgattttatagctgctggtgaccaatctggatg 326  Q
    ||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  139415 tagcagttgtcatgatagcggattttatagctgcaggtgaccaatctggatg 139466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 275 - 326
Target Start/End: Original strand, 164815 - 164866
Alignment:
Q  275 tagcagtcgtcatgattgctgattttatagctgctggtgaccaatctggatg 326  Q
    ||||||| |||||||| || |||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  164815 tagcagttgtcatgatagcggattttatagatgcaggtgaccaatctggatg 164866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000009; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 275 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 18605225 - 18605174
Alignment:
Q  275 tagcagtcgtcatgattgctgattttatagctgctggtgaccaatctggatg 326  Q
    ||||||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  18605225 tagcagttgtcatgatagcagatttgatagctgcaggtgaccaatctggatg 18605174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 277 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 268806 - 268757
Alignment:
Q  277 gcagtcgtcatgattgctgattttatagctgctggtgaccaatctggatg 326  Q
    ||||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  268806 gcagtggtcatgatggcagatttgatagctgcaggtgaccaatctggatg 268757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 277 - 326
Target Start/End: Original strand, 647115 - 647164
Alignment:
Q  277 gcagtcgtcatgattgctgattttatagctgctggtgaccaatctggatg 326  Q
    ||||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  647115 gcagtggtcatgatggcagatttgatagctgcaggtgaccaatctggatg 647164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 277 - 326
Target Start/End: Original strand, 832850 - 832899
Alignment:
Q  277 gcagtcgtcatgattgctgattttatagctgctggtgaccaatctggatg 326  Q
    ||||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  832850 gcagtggtcatgatggcagatttgatagctgcaggtgaccaatctggatg 832899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University