View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF13498_high_6 (Length: 488)
Name: NF13498_high_6
Description: NF13498
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13498_high_6 |
 | |
|
| [»] scaffold1079 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0002 (2 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 440; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 476
Target Start/End: Original strand, 16899233 - 16899701
Alignment:
| Q |
2 |
atcaaacgatttcgtgtgcgggtgctcgggatagaagttttgtataaatgtatcgccatgctattaagtgtatttttagttaagttcttttctaagaggt |
101 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
16899233 |
atcaaacgatttcgtgtgcgggtgctcgggatagaagttttgtataaatgtatcgccatgctattaagtgtatttttatttaagttcttttctaagaggt |
16899332 |
T |
|
| Q |
102 |
ggaatagaataacccggttgaagcgtaatgatcatacgtttgtaatgcggtctatgtcccataataggtcgcattcttctaccctttattgggagtcgat |
201 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
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| T |
16899333 |
agaatagaataacccggttgaagcgtaatgatcatacgtttgtaatgcggtctatgtcccataataggtcgcattcttctaccatttattgggagtcgat |
16899432 |
T |
|
| Q |
202 |
gactattcatagctattaccttgacaccaaaaaagagttcgacccaatgttttatttctgtcctagttgatcctgattcgacattaaaagtatattgatt |
301 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16899433 |
gactattcatagctattaccttgacaccaaaaaagagttcgacccaatgttttatttctgtcctagttgatcctgattcgacattaaaagtatattgatt |
16899532 |
T |
|
| Q |
302 |
ttttcccaataaccgaatacttttgtctgtaaatattgcatattttattccattcataaatctattttcttccctatgagttctagtctcaatacgaata |
401 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16899533 |
ttttcccaataaccgaatacttttgtctgtaaatattgcatattttattccattcataaatctattttcttccctatgagttctagtctcaatacgaata |
16899632 |
T |
|
| Q |
402 |
ctagttttatttactgttcatatatttaaatttgaatttgaatttaccacaccaattcgttataatggatgatga |
476 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
16899633 |
ctagttttatttactgttcatatattta------aatttgaatttaccacaccaattcgttataatggatgatga |
16899701 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 476
Target Start/End: Original strand, 18347748 - 18348216
Alignment:
| Q |
2 |
atcaaacgatttcgtgtgcgggtgctcgggatagaagttttgtataaatgtatcgccatgctattaagtgtatttttagttaagttcttttctaagaggt |
101 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18347748 |
atcaaacgatttcgtgtgcgggtgctcgggatagaagttttgtataaatgtatcgccatgctattaagtgtatttttatttaagttcttttctaagaggt |
18347847 |
T |
|
| Q |
102 |
ggaatagaataacccggttgaagcgtaatgatcatacgtttgtaatgcggtctatgtcccataataggtcgcattcttctaccctttattgggagtcgat |
201 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18347848 |
agaatagaataacccggttgaagcgtaatgatcatacgtttgtaatgcggtctatgtcccataataggtcgcattcttctaccctttattgggagtcgat |
18347947 |
T |
|
| Q |
202 |
gactattcatagctattaccttgacaccaaaaaagagttcgacccaatgttttatttctgtcctagttgatcctgattcgacattaaaagtatattgatt |
301 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18347948 |
gactattcatagctattaccttgacaccaaaaaagagttcgacccaatgttttatttctgtcctagttgatcctgattcgacattaaaagtatattgatt |
18348047 |
T |
|
| Q |
302 |
ttttcccaataaccgaatacttttgtctgtaaatattgcatattttattccattcataaatctattttcttccctatgagttctagtctcaatacgaata |
401 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18348048 |
ttttcccaataaccgaatacttttgtctgtaaatattgcattttttattccattcataaatctattttcttccctatgagttctagtctcaatacgaata |
18348147 |
T |
|
| Q |
402 |
ctagttttatttactgttcatatatttaaatttgaatttgaatttaccacaccaattcgttataatggatgatga |
476 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18348148 |
ctagttttatttactgttcatatattta------aatttgaatttaccacaccaattcgttataatggatgatga |
18348216 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 440; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 13236743 - 13236275
Alignment:
| Q |
2 |
atcaaacgatttcgtgtgcgggtgctcgggatagaagttttgtataaatgtatcgccatgctattaagtgtatttttagttaagttcttttctaagaggt |
101 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13236743 |
atcaaacgatttcgtgtgcgggtgctcgggatagaagttttgtataaatgtatcgccatgctattaagtgtatttttatttaagttcttttctaagaggt |
13236644 |
T |
|
| Q |
102 |
ggaatagaataacccggttgaagcgtaatgatcatacgtttgtaatgcggtctatgtcccataataggtcgcattcttctaccctttattgggagtcgat |
201 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13236643 |
agaatagaataacccggttgaagcgtaatgatcatacgtttgtaatgcggtctatgtcccataataggtcgcattcttctaccctttattgggagtcgat |
13236544 |
T |
|
| Q |
202 |
gactattcatagctattaccttgacaccaaaaaagagttcgacccaatgttttatttctgtcctagttgatcctgattcgacattaaaagtatattgatt |
301 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13236543 |
gactattcatagctattaccttgacaccaaaaaagagttcgacccaatgttttatttctgtcctagttgatcctgattcgacattaaaagtatattgatt |
13236444 |
T |
|
| Q |
302 |
ttttcccaataaccgaatacttttgtctgtaaatattgcatattttattccattcataaatctattttcttccctatgagttctagtctcaatacgaata |
401 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13236443 |
ttttcccaataaccgaatacttttgtctgtaaatattgcattttttattccattcataaatctattttcttccctatgagttctagtctcaatacgaata |
13236344 |
T |
|
| Q |
402 |
ctagttttatttactgttcatatatttaaatttgaatttgaatttaccacaccaattcgttataatggatgatga |
476 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13236343 |
ctagttttatttactgttcatatatttaaatttga------atttaccacaccaattcgttataatggatgatga |
13236275 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1079 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 1)
Name: scaffold1079
Description:
Target: scaffold1079; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 18 - 407
Target Start/End: Original strand, 254 - 645
Alignment:
| Q |
18 |
tgcgggtgctcgggatagaagttttgtataaatgtatcgccatgctattaagtgtatttttagttaagttcttttc----taagaggtggaatagaataa |
113 |
Q |
| |
|
|||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
254 |
tgcgtgtgcccggggtagaagttttgtataaatgtatcgccatgctattaagt--attttgatttaagttcttttcgttgtaagaggtggaatagaataa |
351 |
T |
|
| Q |
114 |
cccggttgaagcgtaatgatcatacgtttgtaatgcggtctatgtcccataataggtcgcattcttctaccctttattgggagtcgatgactattcatag |
213 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
352 |
cccggttgaagcgtaatgatcatacgcctgtaatgcattgtatgtcccataataggtcccattcttctaccctttcgggggagtcgatgactattcatag |
451 |
T |
|
| Q |
214 |
ctattaccttgacaccaaaaaagagttcgacccaatgttttatttctgtcctagttgatcctgattcgacattaaaagtatattgattttttcccaataa |
313 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |
|
|
| T |
452 |
ctattaccttgacaccaaagaagagttcgacccaatgctttatttctgtcctagttgatcctgattcgacattagaagtatattgatttttcaccactaa |
551 |
T |
|
| Q |
314 |
ccgaatacttttgtctgtaaatattgcatattttattccattcataaatctattttcttccctatgagttctagtctcaatacgaatactagtt |
407 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| || | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
552 |
ccgaatacttttgtctgtaactactatatatttgattccatccataaatctattttcttccctatgagttcgagtctcaataagaatgctagtt |
645 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 179 - 413
Target Start/End: Original strand, 10403965 - 10404203
Alignment:
| Q |
179 |
tctaccctttattgggagtcgatgactattcatagctattaccttgacaccaaaaaagagttcgacccaatgttttatttctgtcctagttgatcctgat |
278 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
10403965 |
tctaccctttattgggagtcgatgactattcatagctattaccttgacaccaaataagagttcgacccaatgttttatttctgtcctagttgatactgat |
10404064 |
T |
|
| Q |
279 |
t----cgacattaaaagtatattgattttttcccaataaccgaatacttttgtctgtaaatattgcatattttattccattcataaatctattttcttcc |
374 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10404065 |
taattcgacattaaaagtatattgattttttcccaataaccgaatacttttgtttgtaaatattatatattttattccattcataaatctattttcttcc |
10404164 |
T |
|
| Q |
375 |
ctatgagttctagtctcaatacgaatactagttttattt |
413 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
10404165 |
ctatgatttctagtctcaataccaatactagttttattt |
10404203 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 254 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 6352464 - 6352282
Alignment:
| Q |
254 |
tatttctgtcctagttgatcctgattcgacattaaaagtatattgattttttcccaataaccgaatacttttgtctgtaaatattgcatattttattcca |
353 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
6352464 |
tatttctgtcctagttgatcct-attcgacattaaaagtatattgattttttcccaataat-gaatacttttgtctgtaaatattacatattttattcca |
6352367 |
T |
|
| Q |
354 |
ttcataaatctattttcttccctatgagttctagtctcaatacgaatactagttttatttactgttcatatatttaaatttgaat |
438 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
6352366 |
ttcataaatctattttcttccctatgagttctagtctcaatacgaatactagttttatttactattcatatattaaaatttgaat |
6352282 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 154; Significance: 2e-81; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 174 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 42203482 - 42203278
Alignment:
| Q |
174 |
attcttctaccctttattgggagtcgatgactattcatagctattaccttgacaccaaaaaagagttcgacccaatgttttatttctgtcctagttgatc |
273 |
Q |
| |
|
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
42203482 |
attcttttatcctttattgggagtcgatgactattcatagctattaccttgacatcaaagaagagttcgacccaatgttttatttctatcctagttgatc |
42203383 |
T |
|
| Q |
274 |
ctgattcgacattaaaagtatattgattttttcccaataaccgaatacttttgtctgtaaatattgcatattttattccattcataaatctattttcttc |
373 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
42203382 |
ctgattcgacattaaaagtatattgaattttt-acaataaccgaacacttttgtctgtaaatattgcatatattattccattcataaatctatttttttc |
42203284 |
T |
|
| Q |
374 |
cctatg |
379 |
Q |
| |
|
| |||| |
|
|
| T |
42203283 |
catatg |
42203278 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0002 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:
Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 100 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 198128 - 197865
Alignment:
| Q |
100 |
gtggaatagaataacccggttgaagcgtaatgatcatacgtttgtaatgcggtctatgtcccataataggtcgcattcttctaccctttattgggagtcg |
199 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | |||| |||| |||||||| ||||||||||| ||| || ||||| |
|
|
| T |
198128 |
gtggaatagaataacccggttgaagggtaatgatcatacgtctgtaatgcattgtatggcccagaataggtcctattcttctaccttttccaggtagtcg |
198029 |
T |
|
| Q |
200 |
atgactattcatagctattaccttgacaccaaaaaagagttcgacccaatgttttatttctgtcctagttgatcctgattcgacattaaaagtatattga |
299 |
Q |
| |
|
||| ||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
198028 |
atggctattcacagctaccaccttaacaccaaagaagagttcgacccaatgctttatttctgtcttagtgaatcccgattcgacattaaaagtatattga |
197929 |
T |
|
| Q |
300 |
ttttttcccaataaccgaatacttttgtctgtaaatattgcatattttattccattcataaatc |
363 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||| |
|
|
| T |
197928 |
ttctttcccaataaacgaagacttttttctgtaaatactgcgtatttgattccatccataaatc |
197865 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 100 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 256562 - 256308
Alignment:
| Q |
100 |
gtggaatagaataacccggttgaagcgtaatgatcatacgtttgtaatgcggtctatgtcccataataggtcgcattcttctaccctttattgggagtcg |
199 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | || | |||| |||||||| ||||||||||| ||| || ||||| |
|
|
| T |
256562 |
gtggaatagaataacccggttgaagggtaatgatcatacgtctgtaatgcattgtacggcccagaataggtcctattcttctaccttttccaggtagtcg |
256463 |
T |
|
| Q |
200 |
atgactattcatagctattaccttgacaccaaaaaagagttcgacccaatgttttatttctgtcctagttgatcctgattcgacattaaaagtatattga |
299 |
Q |
| |
|
||| ||||||| ||||| ||||| | ||||| ||||||| || |||||| |||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
256462 |
atggctattcacagctaccaccttaat-ccaaagaagagtttgaaccaatgctttatttctgtcttagtgaatcccgattcgacattaaaagtatattga |
256364 |
T |
|
| Q |
300 |
ttttttcccaataaccgaatacttttgtctgtaaatattgcatattttattccatt |
355 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||| |
|
|
| T |
256363 |
ttctttcccaataaacgaagacttttttctgtaaatactgcgtatttgattccatt |
256308 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 275 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 40231035 - 40230907
Alignment:
| Q |
275 |
tgattcgacattaaaagtatattgatttttt-cccaataaccgaatacttttgtctgtaaa-tattgcatattttattccattcataaatctattttctt |
372 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| || ||||||| ||| | ||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
40231035 |
tgattcgacgttaaaagtgtattgatttttttcccaataaccaaatacttttgtctataaaataccacatatttcattgaactcacaaatctattttctt |
40230936 |
T |
|
| Q |
373 |
ccctatgagttctagtctcaatacgaata |
401 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
40230935 |
cccgatgagttctagtctcaataagaata |
40230907 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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