View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1350-INSERTION-1 (Length: 635)
Name: NF1350-INSERTION-1
Description: NF1350
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1350-INSERTION-1 |
 | |
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| [»] scaffold0267 (1 HSPs) |
| |
|
| [»] chr3 (4 HSPs) |
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|
Alignment Details
Target: scaffold0267 (Bit Score: 579; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0267
Description:
Target: scaffold0267; HSP #1
Raw Score: 579; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 2701 - 2073
Alignment:
| Q |
7 |
aagaagtactcttaaaactaactcgaacataattgtgaaaatcttccttgatctccatcgtaattaattgcttgattaataatggtttataagtgatcct |
106 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
2701 |
aagaagtactcttaaaactaactcgaacataattgtgaaaatcttccttcatctccatcgtaattaattccttgattaataatggtttataagtgatcct |
2602 |
T |
|
| Q |
107 |
gcatataaatcaaaattgaaaacatagagcacaagcttatnnnnnnnnnnttaaaatagatactacattaattcataaaattttcataccttttaatttt |
206 |
Q |
| |
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|
| T |
2601 |
gcatataaatcaaaattgaaaacatagagcacaagcttataaaaaaaaaattaaaattgatactacattaattcataaaattttcataccttttaatttt |
2502 |
T |
|
| Q |
207 |
gcacttttctcacactaagagcaaaacacaactgattggtttgtgaatggcgaaacatccacaccgtaacatgatcttcaatcgctttcaattgatgcgt |
306 |
Q |
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| T |
2501 |
gcacttttctcacactaagagcaaaacacaactgattggtttgtgaatggcgaaacatccacaccgtaacatgatcttcaatcgctttcaattgatgcgt |
2402 |
T |
|
| Q |
307 |
tcgggagaaattcacccaccttccaccgctgaggacataaactttttcactccaaaacttaaatatcatgttgaatgtgttgccttgcatgtcataaaca |
406 |
Q |
| |
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| T |
2401 |
tcgggagaaattcacccaccttccaccgctgaggacataaactttttcactccaatacttaaatatcatgttgaatgtgttgccttgcatgtcataaaca |
2302 |
T |
|
| Q |
407 |
acgacgtctattccttctcgaacatcttcttctccttttttcaacaagggcaagaaatacgttttcacatgattcttgttcaatagtaatctactctgac |
506 |
Q |
| |
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| T |
2301 |
acgacgtctattccttctcgaacatcttcttctccttttttcaacaagggcaagaaatacgttttcacatgattcttgttcaatagtaatctactctgac |
2202 |
T |
|
| Q |
507 |
ccggttccaaatcagtagggtatagtttcttcacaaaaggcttgcaacaaaaaagaatatcattgtttgttacaccaggaatcgtcggtatattgatttg |
606 |
Q |
| |
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|
|
| T |
2201 |
ccggttccaaatcagtagggtatagtttcttcacaaaaggcttgcaacaaaaaagaatatcattgtttgttataccaggaatcgtcggtatattgatttg |
2102 |
T |
|
| Q |
607 |
tggcgctggatgagcattgttgttatatg |
635 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
2101 |
tggcgctggatgagcattgttgttatatg |
2073 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 570; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 570; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 635
Target Start/End: Original strand, 3822034 - 3822660
Alignment:
| Q |
7 |
aagaagtactcttaaaactaactcgaacataattgtgaaaatcttccttgatctccatcgtaattaattgcttgattaataatggtttataagtgatcct |
106 |
Q |
| |
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|
|
| T |
3822034 |
aagaagtactcttaaaactaactcgaacataattgtgaaaatcttccttcatctccatcgtaattaattccttgattaataatggcttataagtgatcct |
3822133 |
T |
|
| Q |
107 |
gcatataaatcaaaattgaaaacatagagcacaagcttatnnnnnnnnnnttaaaatagatactacattaattcataaaattttcataccttttaatttt |
206 |
Q |
| |
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|
|
| T |
3822134 |
gcatataaatcaaaattgaaaacatagagcacaagcttataaaaaaaa--ttaaaatagatactacattaattcataaaattttcataccttttaagttt |
3822231 |
T |
|
| Q |
207 |
gcacttttctcacactaagagcaaaacacaactgattggtttgtgaatggcgaaacatccacaccgtaacatgatcttcaatcgctttcaattgatgcgt |
306 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
3822232 |
gcacttttctcacactaagagcaaaacacaactgattggtttgtgaatggcgaaacatccacaccgtaacatgatcttcaatcgctttcaattgatgcgt |
3822331 |
T |
|
| Q |
307 |
tcgggagaaattcacccaccttccaccgctgaggacataaactttttcactccaaaacttaaatatcatgttgaatgtgttgccttgcatgtcataaaca |
406 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3822332 |
ttgggagaaattcacccaccttccaccgctgaggacataaactttttcactccaatacttaaatatcatgttgaatgtgttgccttgcatgtcataaaca |
3822431 |
T |
|
| Q |
407 |
acgacgtctattccttctcgaacatcttcttctccttttttcaacaagggcaagaaatacgttttcacatgattcttgttcaatagtaatctactctgac |
506 |
Q |
| |
|
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|
| T |
3822432 |
acgacgtctattccttctcgaacatcttcttctccttttttcaacaagggcaagaaatacgttttcacatgattcttgttcaatagtaatctactctgac |
3822531 |
T |
|
| Q |
507 |
ccggttccaaatcagtagggtatagtttcttcacaaaaggcttgcaacaaaaaagaatatcattgtttgttacaccaggaatcgtcggtatattgatttg |
606 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3822532 |
ccggttccaaatcagtagggtatagtttcttcacaaaaggcttgcaacaaaaaagaatatcattgtttgttacaccaggaatcgtcggtatattgatttg |
3822631 |
T |
|
| Q |
607 |
tggcgctggatgagcattgttgttatatg |
635 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3822632 |
tggcgctggatgagcattgttgttatatg |
3822660 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 558; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 3789149 - 3788523
Alignment:
| Q |
7 |
aagaagtactcttaaaactaactcgaacataattgtgaaaatcttccttgatctccatcgtaattaattgcttgattaataatggtttataagtgatcct |
106 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
3789149 |
aagaagtactcttaaaactaactcgaacataattgtgaaaatcttccttcatctccatcgtaattaattccttgattaataatggcttataagtgatcct |
3789050 |
T |
|
| Q |
107 |
gcatataaatcaaaattgaaaacatagagcacaagcttatnnnnnnnnnnttaaaatagatactacattaattcataaaattttcataccttttaatttt |
206 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
3789049 |
gcatataaatcaaaattgaaaacttagagcacaagcttataaaaaaaa--ttaaaatagatactacattaattcataaaattttcataccttttatgttt |
3788952 |
T |
|
| Q |
207 |
gcacttttctcacactaagagcaaaacacaactgattggtttgtgaatggcgaaacatccacaccgtaacatgatcttcaatcgctttcaattgatgcgt |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3788951 |
gcacttttctcacactaagagcaaaacacaattgattggtttgtgaatggcgaaacatccacaccgtaacatgatcttcaatcgctttcaattgatgcgt |
3788852 |
T |
|
| Q |
307 |
tcgggagaaattcacccaccttccaccgctgaggacataaactttttcactccaaaacttaaatatcatgttgaatgtgttgccttgcatgtcataaaca |
406 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3788851 |
tcgggagaaattcacccaccttccaccgctgaggacataaactttttcactccaaaacttaaatatcatgttgaatgtgttgccttgcatgtcataaaca |
3788752 |
T |
|
| Q |
407 |
acgacgtctattccttctcgaacatcttcttctccttttttcaacaagggcaagaaatacgttttcacatgattcttgttcaatagtaatctactctgac |
506 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3788751 |
acgacgtctattccttctcgaacatcttcttctccttttttcaacaagggcaagaaatatgtttccacatgattcttgttcaatagtaatctactctgac |
3788652 |
T |
|
| Q |
507 |
ccggttccaaatcagtagggtatagtttcttcacaaaaggcttgcaacaaaaaagaatatcattgtttgttacaccaggaatcgtcggtatattgatttg |
606 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3788651 |
ccggttccaaatcagtagggtatagtttcttcacaaaaggcttgcaacaaaaaagaatatcattgtttgttacaccaggaatcgtcggtatattgatttg |
3788552 |
T |
|
| Q |
607 |
tggcgctggatgagcattgttgttatatg |
635 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3788551 |
tggcgctggatgagcattgttgttatatg |
3788523 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 554; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 635
Target Start/End: Original strand, 3784307 - 3784933
Alignment:
| Q |
7 |
aagaagtactcttaaaactaactcgaacataattgtgaaaatcttccttgatctccatcgtaattaattgcttgattaataatggtttataagtgatcct |
106 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
3784307 |
aagaagtactcttaaaactaactcgaacataattgtgaaaatcttccttcatctccatcgtaattaattccttgattaataatggcttataagtgatcct |
3784406 |
T |
|
| Q |
107 |
gcatataaatcaaaattgaaaacatagagcacaagcttatnnnnnnnnnnttaaaatagatactacattaattcataaaattttcataccttttaatttt |
206 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
3784407 |
gcatataaatcaaaattaaaaacttagagcacaagcttataaaaaaaa--ttaaaatagatactacattaattcataaaattttcataccttttatgttt |
3784504 |
T |
|
| Q |
207 |
gcacttttctcacactaagagcaaaacacaactgattggtttgtgaatggcgaaacatccacaccgtaacatgatcttcaatcgctttcaattgatgcgt |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3784505 |
gcacttttctcacactaagagcaaaacacaactgattggtttgtgaatggcgaaacatccataccgtaacatgatcttcaatcgctttcaattgatgcgt |
3784604 |
T |
|
| Q |
307 |
tcgggagaaattcacccaccttccaccgctgaggacataaactttttcactccaaaacttaaatatcatgttgaatgtgttgccttgcatgtcataaaca |
406 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3784605 |
tcgggagaaattcacccaccttccaccgctgaggacataaactttttcactccaaaacttaaatatcatgttgaatgtgttgccttgcatgtcataaaca |
3784704 |
T |
|
| Q |
407 |
acgacgtctattccttctcgaacatcttcttctccttttttcaacaagggcaagaaatacgttttcacatgattcttgttcaatagtaatctactctgac |
506 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
3784705 |
acgacgtctattccttctcgaacatcttcttctccttttttcaacaagggcaagaaatacgtttccacatgattcttgttcaatagtaatctaccctgac |
3784804 |
T |
|
| Q |
507 |
ccggttccaaatcagtagggtatagtttcttcacaaaaggcttgcaacaaaaaagaatatcattgtttgttacaccaggaatcgtcggtatattgatttg |
606 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3784805 |
ccggttccaaatcagtagggtatagtttcttcacaaaaggcttgcaacaaaaaagaatatcattgtttgttacaccaggaatcgtcggtatattgatttg |
3784904 |
T |
|
| Q |
607 |
tggcgctggatgagcattgttgttatatg |
635 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3784905 |
tggcgctggatgagcattgttgttatatg |
3784933 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 3826871 - 3826236
Alignment:
| Q |
7 |
aagaagtactcttaaaactaactcgaa-----cataattgtgaaaatcttccttgatctccatcgtaattaatt-gcttgattaataatggtttataagt |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
3826871 |
aagaagtacttttaaaactaactcaaattaaacataattgtgaaaatcttccttcatctccatcgtaattaatttgcttgattaa--atggtttataagt |
3826774 |
T |
|
| Q |
101 |
gatcctgcatataaatcaaaattgaaaacatagagcacaagcttatnnnnnnnnnn-ttaaaatagata--ctacattaattcataaaattttcatacct |
197 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3826773 |
gatcctgcatataaatcaaaattgaaaacatagagcacaagcttatataaaataaaattaaaatagatatactacattaaatcataaaattttcatacct |
3826674 |
T |
|
| Q |
198 |
tttaattttgcacttttctcacactaagagcaaaacacaactgattggtttgtgaatggcgaaacatccacaccgtaacatgatcttcaatcgctttcaa |
297 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3826673 |
tttaagtttgcacttttctcacactaagagcaaaacacaactgattggtttgtgaatggcgaaacatccacaccgtaacatgatcttcaatcgctttcaa |
3826574 |
T |
|
| Q |
298 |
ttgatgcgttcgggagaaattcacccaccttccaccgctgaggacataaactttttcactccaaaacttaaatatcatgttgaatgtgttgccttgcatg |
397 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
3826573 |
ttgatgcgttcggtagaaattcacccaccttccaccgctgaggacataaactttttcactccaaaacttaaatatcatgttgaatgtgtttccttgcatg |
3826474 |
T |
|
| Q |
398 |
tcataaacaacgacgtctattccttctcgaacatcttcttctccttttttcaacaagggcaagaaatacgttttcacatgattcttgttcaatagtaatc |
497 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3826473 |
tcataaacaacgacgtctattccttctcgaacatcttcttctccttttttcaacaagggcaagaaatacgttttcacatgattcttgttcaatagtaatc |
3826374 |
T |
|
| Q |
498 |
tactctgacccggttccaaatcagtagggtatagtttcttcacaaaaggcttgcaacaaaaaagaatatcattgtttgttacaccaggaatcgtcggtat |
597 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3826373 |
tactctgacccggttccaaatcagtagggtatagtttcttcacaaaaggcttgcaacaaaaaagaatatcattgtttgttacaccaggaatcgtcggtat |
3826274 |
T |
|
| Q |
598 |
attgatttgtggcgctggatgagcattgttgttatatg |
635 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3826273 |
attgatttgtggcgctggatgagcattgttgttatatg |
3826236 |
T |
|
Back To:
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