View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13501_high_5 (Length: 539)

Name: NF13501_high_5
Description: NF13501
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13501_high_5
NF13501_high_5
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (19-476)||(4915734-4916191)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (18-522)||(3011670-3012177)
chr8 (26-522)||(2930593-2931089)
chr8 (57-522)||(2947240-2947705)
chr8 (22-510)||(37796109-37796594)
chr8 (107-522)||(2921215-2921631)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-522)||(1505986-1506489)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-510)||(28025104-28025595)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 446; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 476
Target Start/End: Original strand, 4915734 - 4916191
Alignment:
Q  19 gaaaagtcttcttcctttcgacaaatttgtggacaacatcaaagagggaagttggctaaagacatcttgtggtgctaggtatccagttggatctgtattg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  4915734 gaaaagtcttcttcctttcgacaaatttgtggacaacatcaaagagggaagttggctaaagacatcttgtggtgttaggtctccagttggatctgtattg 4915833  T
Q  119 aatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgatatacctttcattgatcatgattatttcggtgaggaaatatataattacaaagtggagctca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4915834 aatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgatatacctttcattgatcatgattatttcggtgaggaaatatataattacaaagtggagctca 4915933  T
Q  219 agttgttaggagtgatagttgacttcaatggaaattaccaagttgtcacagagcatttaaaactgccctcaaatttggcttctttgacggctgaggctat 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4915934 agttgttaggagtgatagttgacttcaatggaaattaccaagttgtcatagagcatttaaaactgccctcaaatttggcttctttgacggctgaggctat 4916033  T
Q  319 tcttttgataatggaatgcatcaaacattcaaatgtccctattgaagtcttaaatttgctaaggggaacaagtttcttgaagacaaacatcggtttcaaa 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4916034 tcttttgataatggaatgcatcaaacattcaaatgtccctattgaagtcttaaatttgctaaggggaacaagtttcttgaagacaaacatcggtttcaaa 4916133  T
Q  419 acgccaagtgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattttggaagtattca 476  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4916134 acgccaagtgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattttggaagtattca 4916191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 18 - 522
Target Start/End: Original strand, 3011670 - 3012177
Alignment:
Q  18 agaaaagtcttcttcctttcgacaaatttgtggacaacatcaaagagggaagttggctaaagacatcttgtggtgctaggtatccagttggatctgtatt 117  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| | | |||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||| |||||    
T  3011670 agaaaagtcttcttcctttggacaattttgtcgacagcataagaaagggaaattggctaaagacatcttttggtcttaggtctcctgtgggatcggtatt 3011769  T
Q  118 gaatggttcagaatggcaagttg---catcacagattagtgatatacctttcattgatcatgattatttcggtgaggaaatatataattacaaagtggag 214  Q
    ||||| ||| | |||||||||||   ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  |||    
T  3011770 gaatgattccggatggcaagttgtatcatcacaaattagtgatattcctttcattgatcatgcttattttggtgaggaaatatataattacaaagaagag 3011869  T
Q  215 ctcaagttgttaggagtgatagttgacttcaatggaaattaccaagttgtcacagagcatttaaaactgccctcaaatttggcttctttgacggctgagg 314  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  | |||||||||||| |||||||| |||||||    
T  3011870 ctcaagttgctaggagtgatagttgacttgaatggaaattaccaagttgtcattgagcatttaaaaccactctcaaatttggcctctttgacagctgagg 3011969  T
Q  315 ctattcttttgataatggaatgcatcaaacattcaaatgtccctattgaagtcttaaatttgctaaggggaacaagtttcttgaagacaaacatcggttt 414  Q
    || |||||||||||||||| ||||||| ||| |  |||| |||   | || |||| ||||   |||  |||||| | | ||||||||| ||||| |||||    
T  3011970 ctgttcttttgataatggagtgcatcagacacttgaatgcccccgataaactcttgaattctttaaatggaacaggctgcttgaagaccaacatgggttt 3012069  T
Q  415 caaaacgccaagtgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattttggaagtattcaatggtcttcctgttattgatcataaattttatggggag 514  Q
    ||| || |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  3012070 caagacaccagctgaatgtttcttgtacgatccagtgtggggctgcattttggaggtattcaatggtctccctgttattgatcataaattttacgggcag 3012169  T
Q  515 aagatttt 522  Q
    ||||||||    
T  3012170 aagatttt 3012177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 26 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 2931089 - 2930593
Alignment:
Q  26 cttcttcctttcgacaaatttgtggacaacatcaaagagggaagttggctaaagacatcttgtggtgctaggtatccagttggatctgtattgaatggtt 125  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||  ||| || ||||| ||||||||||  |    
T  2931089 cttcttcctttggacaattttgttgacagcatcaaagaggcaagttggctaaagacatcttgtggtcttaggcctcctgtgggatcggtattgaatgact 2930990  T
Q  126 cagaatggcaagttgcatcacagattagtgatatacctttcattgatcatgattatttcggtgaggaaatatataattacaaagtggagctcaagttgtt 225  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |||||| |||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  2930989 caggatggcaagttgcatcacaaattagtgatatccctttcattgatcgtgcttattttggtgaacaaatatataattacaaagaggagctcaagttgct 2930890  T
Q  226 aggagtgatagttgacttcaatggaaattaccaagttgtcacagagcatttaaaactgccctcaaatttggcttctttgacggctgaggctattcttttg 325  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||  |||||||| ||   ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||    
T  2930889 aggagtgatagttgacttaactggaaattaccaagtcgtcattgagcatttgaagtcgccttcaaatttggcttcattgaccgctgaggctgttcttttg 2930790  T
Q  326 ataatggaatgcatcaaacattcaaatgtccctattgaagtcttaaatttgctaaggggaacaagtttcttgaagacaaacatcggtttcaaaacgccaa 425  Q
    |||||||||||||||| ||| |  |||| |||   | || |||| |||| | |||| |||||| | | ||||||||| ||||  ||||||||||| |||     
T  2930789 ataatggaatgcatcagacacttgaatgcccccgataaactcttgaattcgttaagtggaacaggctgcttgaagaccaacacgggtttcaaaacaccag 2930690  T
Q  426 gtgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattttggaagtattcaatggtcttcctgttattgatcataaattttatggggagaagatttt 522  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  2930689 ctgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattctggaggtattcattgatcttcctgttattgatcataacttttatggggcgaagatttt 2930593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 57 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 2947705 - 2947240
Alignment:
Q  57 tcaaagagggaagttggctaaagacatcttgtggtgctaggtatccagttggatctgtattgaatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtga 156  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||   ||||  ||||| ||| || |||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  2947705 tcaaacagggaagttggctaaagacatcacatggttttaggtctcctgtgggatctgtattgaatgattccggatggcaagttgcatcacaaattagtga 2947606  T
Q  157 tatacctttcattgatcatgattatttcggtgaggaaatatataattacaaagtggagctcaagttgttaggagtgatagttgacttcaatggaaattac 256  Q
    |||||| ||||||| || || |||||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||| || | ||||||||||    
T  2947605 tataccattcattggtcgtgtttattgtggtgaggaaatatataactacaaagaggagcttaagttgctgggagtgatagttgatttaagtggaaattac 2947506  T
Q  257 caagttgtcacagagcatttaaaactgccctcaaatttggcttctttgacggctgaggctattcttttgataatggaatgcatcaaacattcaaatgtcc 356  Q
    |||||||| ||| | |||||||||   ||||||||||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | || |||||||    
T  2947505 caagttgttacacaacatttaaaatcaccctcaaatttagcctctttgacagctgaggctgttcttttgataatggaatgcatcaaatactcgaatgtcc 2947406  T
Q  357 ctattgaagtcttaaatttgctaaggggaacaagtttcttgaagacaaacatcggtttcaaaacgccaagtgaatgtttcttgtatgatccagtgtgggg 456  Q
    |||||||||||||||||| | ||| | ||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||    
T  2947405 ctattgaagtcttaaattcgataaagagaacaaggtgctttaagacaaacatgggtttcaaagcaccatgtgaatgtttcttgtacaatcaagtgtgggg 2947306  T
Q  457 ctgcattttggaagtattcaatggtcttcctgttattgatcataaattttatggggagaagatttt 522  Q
     ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  2947305 atgcattttggaggtattcaatggtattcctattattgaccataaattttatggagagaagatttt 2947240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 22 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 37796594 - 37796109
Alignment:
Q  22 aagtcttcttcctttcgacaaatttgtggacaacatcaaagagggaagttggctaaagacatcttgtggtgctaggtatccagttggatctgtattgaat 121  Q
    ||||||||| || || |||||||||||| ||| ||||| ||| | |  ||||||||||||||||   |||  ||||| ||| ||||||||||| ||||||    
T  37796594 aagtcttctcccattggacaaatttgtgaacagcatcagagatgaaccttggctaaagacatctgaaggtcttaggtctcctgttggatctgttttgaat 37796495  T
Q  122 ggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgatatacctttcattgatcatgattatttcggtgaggaaatatataattacaaagtggagctcaagt 221  Q
    | ||| | |||| |||| |||||||| |||||| |||| ||||| |||||||| | ||| || ||||||||||||||||  ||||||| |||||| ||||    
T  37796494 gattccggatggaaagtagcatcacaaattagtaatatcccttttattgatcaagcttactttggtgaggaaatatatagctacaaagaggagctgaagt 37796395  T
Q  222 tgttaggagtgatagttgacttcaatggaaattaccaagttgtcacagagcatttaaaactgccctcaaatttggcttctttgacggctgaggctattct 321  Q
    |||| |||||| |||||| ||| ||| ||||||||||| |||| |   |||| |||  |   |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  37796394 tgttgggagtggtagttggctttaatagaaattaccaaattgttatcaagcacttatca---ccctcaaatttggcctctttgacagctgaggctgttct 37796298  T
Q  322 tttgataatggaatgcatcaaacattcaaatgtccctattgaagtcttaaatttgctaaggggaacaagtttcttgaagacaaacatcggtttcaaaacg 421  Q
    |||||||||| |||||||||||   |   ||| ||||| | || |||||| ||   | |  |||||||| | ||||||||||||||| || |||||||      
T  37796297 tttgataatgcaatgcatcaaattcttggatgaccctagtaaaatcttaagttcattgaaaggaacaagatgcttgaagacaaacatgggcttcaaaata 37796198  T
Q  422 ccaagtgaatgtttcttgtatgatccag-tgtggggctgcattttggaagtattcaatggtcttcctgttattgatcataaattttatgg 510  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  37796197 ccaagtgaatgtttcttgtatga-ccagacgtggggctgcattttggatgtattcaatgcccttcctgtgattgatcataaattctatgg 37796109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 107 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 2921631 - 2921215
Alignment:
Q  107 ggatctgtattgaatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgatatacctttcattgatcatgattatttcggtgaggaaatatataattaca 206  Q
    |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| || |||||| |||| ||||| || |||||   |||||  ||||| ||||| ||||||||||    
T  2921631 ggatctgtattgaatgattccggatggcaagttgcatcccaaattagtaatatcccttttatcgatcaatcttattatggtgaagaaatttataattaca 2921532  T
Q  207 aagtggagctcaagttgttaggagtgatagttgacttcaatggaaattaccaagttg-tcacagagcatttaaaactgccctcaaatttggcttctttga 305  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||   ||||||||||||| ||| | |  ||||||||||||     |||||||||||| |||||||    
T  2921531 aagaggagctcaagttgctaggagtgatagttggcttatctggaaattaccaaattgtttatcgagcatttaaaatcatgctcaaatttggcctctttga 2921432  T
Q  306 cggctgaggctattcttttgataatggaatgcatcaaacattcaaatgtccctattgaagtcttaaatttgctaaggggaacaagtttcttgaagacaaa 405  Q
    | || |||||| ||||||||||| || | ||||||  |   |  ||||  |||| | || | |||| ||  || |  |||||| | | ||||||||||||    
T  2921431 cagccgaggctgttcttttgatattgcagtgcatccgattattgaatgcacctagtaaactgttaagttcactgaatggaacatgctgcttgaagacaaa 2921332  T
Q  406 catcggtttcaaaacgccaagtgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattttggaagtattcaatggtcttcctgttattgatcataaattt 505  Q
     || |||||| |||  ||||||||||||| | ||||||| |  | |||||| ||||||||| | ||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||    
T  2921331 tatgggtttccaaataccaagtgaatgttacctgtatgaccaggagtggggatgcattttgtatgtattcaatgaccttcctgtgattgaccataaattt 2921232  T
Q  506 tatggggagaagatttt 522  Q
    ||||| |||||||||||    
T  2921231 tatggagagaagatttt 2921215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 522
Target Start/End: Original strand, 1505986 - 1506489
Alignment:
Q  19 gaaaagtcttcttcctttcgacaaatttgtggacaacatcaaagagggaagttggctaaagacatcttgtggtgctaggtatccagttggatctgtattg 118  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||  ||  ||| | | ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| || ||||||||| ||    
T  1505986 gaaaagccttcttcctttggacaactttgtcaactgcataagaaaggaaagttggctaaagacatcttgtggtcttaggtctcctgtgggatctgtactg 1506085  T
Q  119 aatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgatatacctttcattgatcatgattatttcggtgaggaaatatataattacaaagtggagctca 218  Q
    |||| |||    |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||  |||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  1506086 aatgattctagctggcaagttgcatcacagattagtaatatccctatcattgataatgattattatggtgaggaaatacataattacaaagaggagctca 1506185  T
Q  219 agttgttaggagtgatagttgacttcaatggaaattaccaagttgtcacagagcatttaaaactgccctcaaatttggcttctttgacggctgaggctat 318  Q
    ||||| | |||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||  || ||||||||    || ||||  ||| | | |||||||| ||| ||| |    
T  1506186 agttgctgggagtgatagctgacttaagtgaaaattaccaagttgtcattgaacatttaaagtcaccatcaagattgtcctgtttgacggttgaagctgt 1506285  T
Q  319 tcttttgataatggaatgcatcaaacattcaaatgtccctattgaagtcttaaatttgctaaggggaacaagtttcttgaagacaaacatcggtttcaaa 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | || |||  ||||||| || |||||| || ||||| | ||||    |  |||  ||||||||| |||||||||    
T  1506286 tcttttgataatggaatgcatcaaatactcgaattcccctattaaactcttaagttcgctaaagagaacggactgtttgtggacaaacatgggtttcaaa 1506385  T
Q  419 acgccaagtgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattttggaagtattcaatggtcttcctgttattgatcataaattttatggggagaaga 518  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  1506386 acaccaggtgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattttagaggtgttcgatggtcttcctgttattgatcatgaattttatggggagaaaa 1506485  T
Q  519 tttt 522  Q
    ||||    
T  1506486 tttt 1506489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 152; Significance: 3e-80; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 28025595 - 28025104
Alignment:
Q  19 gaaaagtcttcttcctttcgacaaatttgtggacaacatcaaagagggaagttggctaaagacatcttgtggtgctaggtatccagttggatctgtattg 118  Q
    |||||||||||| || || |||||||||||| ||| ||||| ||| |||  |||||||||||||||||  |||   |||| ||| || ||||| ||||||    
T  28025595 gaaaagtcttctcccgttggacaaatttgtgaacagcatcagagatggaccttggctaaagacatctttgggtctaaggtctcctgtgggatcagtattg 28025496  T
Q  119 aatggttcagaatggcaagttgcatcacagattagtgatatacctttcattgatcatgattatttcggtgaggaaatatataattacaaagtggagctca 218  Q
     ||| ||| | ||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||||| || |||||   |||||| || |||||||||||| | ||||||| |||||| |    
T  28025495 catgattccggatggcaagtcgcatctcagattagcaatatcccttttatcgatcaatcttattttggcgaggaaatatatgactacaaagaggagctga 28025396  T
Q  219 agttgttaggagtgatagttgacttcaatggaaattaccaagttgtcacagagcatttaaaactgccctcaaatttggcttctttgacggctgaggctat 318  Q
    ||||||| ||||||||||||| | | | ||||||||||||| |||| |  ||||||||||||   |||||| ||||||| |||||||| ||||||||| |    
T  28025395 agttgttgggagtgatagttggcataagtggaaattaccaaattgttatcgagcatttaaaatcaccctcatatttggcctctttgaccgctgaggctgt 28025296  T
Q  319 tcttttgataatggaatgcatcaaacattca--aatgtccctattgaagtcttaaatttgctaaggggaacaagtttcttgaagacaaacatcggtttca 416  Q
    |||| || | ||| ||||||||||  |||||   ||| ||||| ||||||||||| ||   | | ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  28025295 tcttctgctgatgaaatgcatcaa--attcatggatgaccctagtgaagtcttaagttcattgaagggaacaagctgcttgaagacaaacatgggtttca 28025198  T
Q  417 aaacgccaagtgaatgtttcttgtatgatccagtgtggggctgcattttggaagtattcaatggtcttcctgttattgatcataaattttatgg 510  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  28025197 aaataccaagtgaatgtttcttgtatgaccaggtgtggggctgcatttttgatgtattcaatggccttcctgtgattgatcataaattctatgg 28025104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University