View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1350R-Insertion-13 (Length: 823)

Name: NF1350R-Insertion-13
Description: NF1350R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1350R-Insertion-13
NF1350R-Insertion-13
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (7-823)||(11729278-11730097)
chr5 (267-475)||(11753549-11753758)
chr5 (615-677)||(11753326-11753388)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (558-602)||(634991-635035)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 656; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 656; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 11730097 - 11729278
Alignment:
Q  7 caatactctccttgagattgatatcttctatcaaatcgttaaactcgactatcgctactttaacatttttcaaccaaggaagaatcttttcagagctacg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11730097 caatactctccttgagattgatatcttctatcaaatcgttaaactcgactatcgctactttaacatttttcaaccaaggaagaatcttttcagagctacg 11729998  T
Q  107 gaagtgacctttttgtgcnnnnnnnactgtttcatcgatctcgttaaggttgttactaatttggtcgatgtcaactcctgataaccgatttactaggggt 206  Q
    |||||||| |||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11729997 gaagtgacttttttgtgctttttttactgtttcatcgatctcgttaaggttgttcctaagttggtcgatgtcaactcctgataaccgatttactaggggt 11729898  T
Q  207 tcttgggagctcataattagttgttggatgttggagattgaatggaatataatttctacttccattgatttaatatgatcgtgtgtatgtgtgaaaatag 306  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11729897 tcttgggagctcttaattaattgttggatgttggagattgaatggaatataatttctacttccattgatttaatatgatcgtgtgtatgtgtgaaaatag 11729798  T
Q  307 tgttggtattcaaaaaatgatggatgagtgctttggtaattggggtggaagaacaagataatactcgctccctattgtatgtgctgctgggttaggagaa 406  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  11729797 tattagtattcaaaaaatgatggatgagtgctttggtaattggggtggaagaacaagataatactcgctccctattgtatgtgttgctgggttaagagaa 11729698  T
Q  407 agtcttatgttaataagatctagaacacttgagcaacaattcttgattacaactacagctgaaaatggtttagacacacacgtaaatgcaaaaaggtaaa 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11729697 agtcttatgttaataagatctagaacacttgagcaacaattcttgattacaactacagctgaaaatggtttagacacacacgtaaatgcaaaaaggtaaa 11729598  T
Q  507 agaaataatacaaaaa--ttgttagatcgaatatcgtgattatggtttccccaacttgtgtgtctgagtttttaatgattattatcattttgtctatcga 604  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11729597 agaaataatacaaaaaatttgttagatcgaatgtcgtgatcatggtttccccaacttgtgtgtctgaatttttaatgattattatcattttatctatcga 11729498  T
Q  605 tcnnnnnnnttagtgcataattttttaaatatttaaatgacatgtattatatgtgtgtgttcaaatcatttttgtttgtacacc-nnnnnnnnntcattt 703  Q
     |       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||          ||||||    
T  11729497 ccaaaaaaattagtgcataattttttaaatatttaaatgacatgtattatatgtgcgtgttcaaatcatttttgtttgtacaccaaaaaaaaaatcattt 11729398  T
Q  704 ttgtttggggttgtgatcaagcaactattgttctaggaacccacaacaattaattaagtactatatccactaaatgaggtttctctatataaattaaatg 803  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||    
T  11729397 ttgtttggggttgtaatcaagcaactattgttctaggaacccacaacaattaattaagtactatatccactaaatgagatttgtctatatagattaaatg 11729298  T
Q  804 acgccatcaaataccaaatt 823  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  11729297 acgccatcaaataccaaatt 11729278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 267 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 11753758 - 11753549
Alignment:
Q  267 tccattgatttaatatgatcgtgtgtatgtgtgaaaatagtgttggtattcaaaaaatgatggatgagtgctttggtaattggggtggaagaacaagata 366  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||| |||| || | || ||||| |||| | |||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11753758 tccattgattttctatgatcgtgtgtatgtgagaaactattatttgtattaaaaatacgatgaatgattgctttggtaattggggttgaagaacaagata 11753659  T
Q  367 atactcgctccc--tattgtatgtgctgctgggttaggagaaagtcttatgttaataagatctagaacacttgagcaacaattcttgattacaactacag 464  Q
     ||||| || ||  |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  11753658 ctactctctgcctatattgtatgtgctgctgtattaagagaaagtcttatgttaataagatttagaacacttgagc-acaattcttgattataattacag 11753560  T
Q  465 ctgaaaatggt 475  Q
     ||||||||||    
T  11753559 atgaaaatggt 11753549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 615 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 11753388 - 11753326
Alignment:
Q  615 tagtgcataattttttaaatatttaaatgacatgtattatatgtgtgtgttcaaatcattttt 677  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  11753388 tagtgcataatttttgaaatatttaaatgacatgtattgtatgtgcgtgttcaaatcattttt 11753326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 558 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 635035 - 634991
Alignment:
Q  558 acttgtgtgtctgagtttttaatgattattatcattttgtctatc 602  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  635035 acttgtgtttatgagtttttaatgattattattattttgtctatc 634991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University