View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1350_low_1 (Length: 769)

Name: NF1350_low_1
Description: NF1350
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1350_low_1
NF1350_low_1
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (98-759)||(28748814-28749475)
chr3 (98-759)||(28752827-28753488)
chr3 (114-757)||(28738865-28739517)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (100-759)||(39943417-39944082)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (411-463)||(29246074-29246126)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 606; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 606; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 98 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 28749475 - 28748814
Alignment:
Q  98 ctgatctcaaacaaagcagcttacatggtcttcaaggttacaaagtaagtttgtctttctagatttcaattttctatttatttaaattgtaggcgaaaac 197  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28749475 ctgatctcaaacatagcagcttacatggtcttcaaggttacaaagtaagtttgtctttcttgatttcgattttctatttatttaacttgtaggcgaaaac 28749376  T
Q  198 ctacatttttgacaatactccactttttgtaagtatactttggaattggtatagaataataggagtttctcaatggatatcaacttaaaacacacttaat 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |    
T  28749375 ctacatttttgacaatactccactttttgtaagtatactttggaattggtatagaaaaatagtagtttctcaatggatatcaacttaaaagacagttact 28749276  T
Q  298 tggattgaaacaagtacaaaacttgaatttggacatactagatctttttcaatgtgtgactggttgataatgtattcttttggtagttttctaattgtat 397  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28749275 tggattgaaacaagtacaaaactggaatttggacatactagatctttttcaatgtgtgactggttgataatgtattcttttggtagttttctaattgtat 28749176  T
Q  398 tctttttaaatcacaggttttcatagccatagcaatgatccttggtgatggtctatacaactttgtgaaagttcttggcacaactcttttaggtttgaaa 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28749175 tctttttaaatcacaggttttcatagccatagcaatgatccttggtgatggtctatacaactttgtgaaagttcttggcacaactcttttaggtttgaaa 28749076  T
Q  498 aaacaatggaagaaaaaagacataagagcacaacctgatgatccaaatgctcctctcccacctacaatttcattcgacgacaagtgcagaaccgagatgt 597  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28749075 aaacaatggaagaaaaaagatataagagcacaacctgatgatccaaatgctcctttcccacctacaatttcattcgacgacaagcgcagaaccgagatgt 28748976  T
Q  598 tcctcaaagatcaaatcccctcatggttcgcaatcacaggctatgtcataattgcaataatctcaatcattactatcccacacattttccaccagctaaa 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28748975 tcctcaaagatcaaatcccctcatggttcgcaatcgcaggctatgtcataattgcaataatctcaatcattactatcccacacattttccaccagctaaa 28748876  T
Q  698 gtggtattacatcatttgcatttacatcattgcacccgcattagccttttgcaatgcctatg 759  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28748875 gtggtattacatcatttgcatttacatcattgcacccgcattagccttttgcaatgcctatg 28748814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 606; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 98 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 28753488 - 28752827
Alignment:
Q  98 ctgatctcaaacaaagcagcttacatggtcttcaaggttacaaagtaagtttgtctttctagatttcaattttctatttatttaaattgtaggcgaaaac 197  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28753488 ctgatctcaaacatagcagcttacatggtcttcaaggttacaaagtaagtttgtctttcttgatttcgattttctatttatttaacttgtaggcgaaaac 28753389  T
Q  198 ctacatttttgacaatactccactttttgtaagtatactttggaattggtatagaataataggagtttctcaatggatatcaacttaaaacacacttaat 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |    
T  28753388 ctacatttttgacaatactccactttttgtaagtatactttggaattggtatagaaaaatagtagtttctcaatggatatcaacttaaaagacagttact 28753289  T
Q  298 tggattgaaacaagtacaaaacttgaatttggacatactagatctttttcaatgtgtgactggttgataatgtattcttttggtagttttctaattgtat 397  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28753288 tggattgaaacaagtacaaaactggaatttggacatactagatctttttcaatgtgtgactggttgataatgtattcttttggtagttttctaattgtat 28753189  T
Q  398 tctttttaaatcacaggttttcatagccatagcaatgatccttggtgatggtctatacaactttgtgaaagttcttggcacaactcttttaggtttgaaa 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28753188 tctttttaaatcacaggttttcatagccatagcaatgatccttggtgatggtctatacaactttgtgaaagttcttggcacaactcttttaggtttgaaa 28753089  T
Q  498 aaacaatggaagaaaaaagacataagagcacaacctgatgatccaaatgctcctctcccacctacaatttcattcgacgacaagtgcagaaccgagatgt 597  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28753088 aaacaatggaagaaaaaagatataagagcacaacctgatgatccaaatgctcctttcccacctacaatttcattcgacgacaagcgcagaaccgagatgt 28752989  T
Q  598 tcctcaaagatcaaatcccctcatggttcgcaatcacaggctatgtcataattgcaataatctcaatcattactatcccacacattttccaccagctaaa 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28752988 tcctcaaagatcaaatcccctcatggttcgcaatcgcaggctatgtcataattgcaataatctcaatcattactatcccacacattttccaccagctaaa 28752889  T
Q  698 gtggtattacatcatttgcatttacatcattgcacccgcattagccttttgcaatgcctatg 759  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28752888 gtggtattacatcatttgcatttacatcattgcacccgcattagccttttgcaatgcctatg 28752827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 114 - 757
Target Start/End: Complemental strand, 28739517 - 28738865
Alignment:
Q  114 cagcttacatggtcttcaaggttacaaagtaagtttgtctttctagatttcaattttctatttatttaaattgtaggcgaaaacctacatttttgaca-a 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| | |    
T  28739517 cagcttacatggtcttcaaggttacaaagtaagtt-gtctttctgtatttctattttttatttatttaaattgttggcaaaaatctacatttttgataca 28739419  T
Q  213 tactccactttttgtaagtatactttggaattggtatagaataataggagtttctcaatggatatcaacttaaaacacacttaattggattgaaacaagt 312  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||| ||| ||| ||||| ||||||| | ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||||    
T  28739418 tactcca-tttttgtaagtatattttgaaattgatatggaaaaatagtagtttcttattggatatcaactttaaatacagttaattggattgaagcaagt 28739320  T
Q  313 acaaaacttgaatttggacatact----------agatctttttcaatgtgtgactggttgataatgtattcttttggtagttttctaattgtattcttt 402  Q
      |||||| |||| |||||||| |          || || |||||||||||     |||||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||    
T  28739319 gaaaaactggaatatggacatattctgatgcaaaaggtcattttcaatgtgactacggttgataatgtatttctttggtcttttcctaattgtattcttt 28739220  T
Q  403 ttaaatcacaggttttcatagccatagcaatgatccttggtgatggtctatacaactttgtgaaagttcttggcacaactcttttaggtttgaaaaaaca 502  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || | || ||    
T  28739219 ttaaatcacaggttttcatatccatagcaatgatccttggtgatggtctatacaactttgtgaaagttcttagcacaactcttataggtatgtacaagca 28739120  T
Q  503 atggaagaaaaaagacataagagcacaacctgatgatccaaatgctcctctcccacctacaatttcattcgacgacaagtgcagaaccgagatgttcctc 602  Q
    |||||| |||||||||| | ||||| |  || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28739119 atggaacaaaaaagacaaaggagcagagtctaatgatccaaatgctcctctccaacctacactttcatttgacgacaagcgcagaaccgagatgttcctc 28739020  T
Q  603 aaagatcaaatcccctcatggttcgcaatcacaggctatgtcataattgcaataatctcaatcattactatcccacacattttccaccagctaaagtggt 702  Q
    ||||||||||||||||| |||||  | ||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||| || || |||||||| |||||| |||||||||    
T  28739019 aaagatcaaatcccctcctggttttctatcgcaggctatgtcataattggtataatttcaataattaccataccccacatttttcaccagataaagtggt 28738920  T
Q  703 attacatcatttgcatttacatcattgcacccgcattagccttttgcaatgccta 757  Q
    || || ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28738919 atcacgtcattttgatttacatcattgcacccgcactagccttttgcaatgccta 28738865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 100 - 759
Target Start/End: Original strand, 39943417 - 39944082
Alignment:
Q  100 gatctcaaacaaagcagcttacatggtcttcaaggttacaaagtaagtttgtctttctagatttcaattttctatttatttaaattgtaggcgaaaacct 199  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39943417 gatctcaaagaaagcagcttacatggtcttcaaggttacagggtatgtt-gtctttctacatttcaattttttatttatttaaattgtaggcgaaaatct 39943515  T
Q  200 acatttttgacaa-tactccactttttgtaagtatactttggaattggtatagaataataggagtttctcaatggatatcaacttaaaacacacttaatt 298  Q
    ||  ||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||| | ||||||    
T  39943516 actattttgacaaatactccactttt-gtaagtataatttgaaattgatatggaaaaatagtagtttctcattggatatcatcgtaaaacatagttaatt 39943614  T
Q  299 ggattgaaacaagtacaaaacttgaatttggacat----------actagatctttttcaatgtgtgactggttgataatgtattcttttggtagttttc 388  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||          | ||||| |||||| |||||  |||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  39943615 agattgaaacaagtacaaaactggaatttggacattttctgatgcaatagat-tttttcgatgtg--actggttggtaatgtattcttttggtatttttc 39943711  T
Q  389 taattgtattctttttaaatcacaggttttcatagccatagcaatgatccttggtgatggtctatacaactttgtgaaagttcttggcacaactctttta 488  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39943712 taattgtattctctttaaactacaggttttcataggcatagcaatgattcttggtgatggtctatacaactttgtgaaagttcttggcacaactcttata 39943811  T
Q  489 ggtttgaaaaaacaatggaagaaaaaagacataagagcacaacctgatgatccaaatgctcctctcccacctacaatttcattcgacgacaagtgcagaa 588  Q
    |||||| | ||||||| |||||||||||||| | |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||    
T  39943812 ggtttgtataaacaattgaagaaaaaagacaaaggagcacagtctgaggatccaaatgctcctctcccacctacactttcattcgatgacaagcgcagaa 39943911  T
Q  589 ccgagatgttcctcaaagatcaaatcccctcatggttcgcaatcacaggctatgtcataattgcaataatctcaatcattactatcccacacattttcca 688  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  39943912 cggagatgttcctcaaagatcaaatcccctcctggtttgctatcgcaggctatgtcataattgcaataatctcaatcattaccatcccccacattttcca 39944011  T
Q  689 ccagctaaagtggtattacatcatttgcatttacatcattgcacccgcattagccttttgcaatgcctatg 759  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39944012 ccagctaaagtggtatcacatcatttgtatttacatcattgcacccgcactagccttttgcaatgcctatg 39944082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 411 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 29246126 - 29246074
Alignment:
Q  411 caggttttcatagccatagcaatgatccttggtgatggtctatacaactttgt 463  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29246126 caggtatttatagccatagccatgatccttggagatggtctatacaactttgt 29246074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University