View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13511_low_5 (Length: 470)

Name: NF13511_low_5
Description: NF13511
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13511_low_5
NF13511_low_5
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (17-453)||(1815908-1816344)
chr1 (25-453)||(1856700-1857128)
chr1 (25-440)||(1868308-1868726)
chr1 (25-440)||(1842699-1843117)
chr1 (65-449)||(9200171-9200558)
chr1 (65-449)||(9218687-9219074)
chr1 (65-386)||(9170604-9170928)
chr1 (224-446)||(9161940-9162162)
chr1 (224-388)||(9118348-9118512)
chr1 (65-344)||(9155866-9156148)
chr1 (224-398)||(9229734-9229908)
chr1 (65-128)||(9161778-9161841)
chr1 (65-151)||(9229572-9229658)
chr1 (65-150)||(9118589-9118674)
chr1 (418-446)||(9156222-9156250)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (286-453)||(37567642-37567809)
chr7 (167-291)||(37572119-37572243)
chr7 (267-311)||(30105892-30105936)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (229-308)||(40597787-40597866)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 409; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 453
Target Start/End: Original strand, 1815908 - 1816344
Alignment:
Q  17 gaatcaaccttgatgctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1815908 gaatcaaccttgatgctccaaaatctgacactttagcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattga 1816007  T
Q  117 ggcagctgaatgcagatatgacagagctccagctacctcaacagctatcctaagacgagttttccaagttagatcgttcgtcttaccttgtgtgcgaaga 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1816008 ggcagctgaatgcagatatgacagagctccagctacctcaacagctatcctaagacgagttttccaagtaagatcgttcgtcttaccttgtgtgcgaaga 1816107  T
Q  217 aattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgattta 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1816108 aattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccccaagagtttgaccacattcctgtgattta 1816207  T
Q  317 tttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggctttcgtctattgttttggactttttgatggcaacaattctcttatcatcaagttc 416  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  1816208 tttgagagacaacatccacctcgttaatgaattgttcaatttggctttcgtctattgttttggactttttgatagccacaattctattatcatcaagttc 1816307  T
Q  417 ccctttgaaaactgtaccaaaacctcctctacctatg 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1816308 ccctttgaaaactgtaccaaaacctcctctacctatg 1816344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 1857128 - 1856700
Alignment:
Q  25 cttgatgctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctg 124  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||    
T  1857128 cttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatg 1857029  T
Q  125 aatgcagatatgacagagctccagctacctcaacagctatcctaagacgagttttccaagttagatcgttcgtcttaccttgtgtgcgaagaaattcaga 224  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||||||||  | |||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  1857028 aatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttaccttttgtgtgaataaattcaga 1856929  T
Q  225 aagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagag 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1856928 aagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacatttctgtgatttatttgagag 1856829  T
Q  325 acaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggctttcgtctattgttttggactttttgatggcaacaattctcttatcatcaagttcccctttga 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  1856828 acaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaattctattatcatcaagttcccctttgt 1856729  T
Q  425 aaactgtaccaaaacctcctctacctatg 453  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1856728 aaactgtaccaaaacctcctttacctatg 1856700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 25 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 1868726 - 1868308
Alignment:
Q  25 cttgatgctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctg 124  Q
    ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||    
T  1868726 cttgaagctccaaaatccgatactttggcggtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatg 1868627  T
Q  125 aatgcagatatgacagagctccagctacctcaacagctatcctaagacgagttttccaagttagatcgttcgtctta---ccttgtgtgcgaagaaattc 221  Q
    |||| |||||||||| |||| ||||||||||  | |||||| |||||||||||||||| |||  ||  |||  ||||   | ||||||| | | |||  |    
T  1868626 aatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaacc 1868527  T
Q  222 agaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttga 321  Q
    |||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  1868526 agaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttga 1868427  T
Q  322 gagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggctttcgtctattgttttggactttttgatggcaacaattctcttatcatcaagttcccctt 421  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||   |||||| |||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||    ||||    
T  1868426 gagagaacaaccacctcattaatgaattgatcgatttggcttctatctattatttttgattttttgatagcaacgattcttttatcatctagaagtcctt 1868327  T
Q  422 tgaaaactgtaccaaaacc 440  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  1868326 tgaaaacggtaccaaaacc 1868308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 25 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 1843117 - 1842699
Alignment:
Q  25 cttgatgctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctg 124  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||  ||    
T  1843117 cttgaagctccaaaatctgatactttggctgtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggattattggtattgaggcatatg 1843018  T
Q  125 aatgcagatatgacagagctccagctacctcaacagctatcctaagacgagttttccaagttagatcgtt---cgtcttaccttgtgtgcgaagaaattc 221  Q
    |||| |||||||||| || | ||||||||||  | |||||| |||||||||||||||| |||  ||  ||   | | |||| ||||||| | | |||  |    
T  1843017 aatgtagatatgacaaagtttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaacc 1842918  T
Q  222 agaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttga 321  Q
    |||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  1842917 agaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttga 1842818  T
Q  322 gagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggctttcgtctattgttttggactttttgatggcaacaattctcttatcatcaagttcccctt 421  Q
    |||| || |   ||||||||||||||||| |  |||||||||   |||||| |||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||    ||||    
T  1842817 gagagaataattacctcattaatgaattgattgatttggcttctatctattatttttgattttttgatagcaacgattcttttatcatctagaaatcctt 1842718  T
Q  422 tgaaaactgtaccaaaacc 440  Q
    || |||| |||||||||||    
T  1842717 tgtaaacagtaccaaaacc 1842699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 65 - 449
Target Start/End: Original strand, 9200171 - 9200558
Alignment:
Q  65 catctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctgaatgcagatatgacagagctccagctacctcaacagctat 164  Q
    |||| ||||||||||| | |||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||||  |||  | |||||    
T  9200171 catccaagagaatgttggtactcttaacatctctgtggataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgataaagctccagctgtctccgctgctat 9200270  T
Q  165 cctaagacgagttttccaagttagatcgttcgtcttaccttgtgtgc---gaagaaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaa 261  Q
    ||| | ||| |||||||| ||| |||  || || ||| |||  ||||   | |  || ||  |||| ||||| ||||||||||| || || || ||  ||    
T  9200271 ccttaaacgtgttttccatgttggattatttgttttatctttagtgctttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacactaatgaa 9200370  T
Q  262 ggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggc 361  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| |  | |||| | ||||||||||||||||| ||||||||      
T  9200371 ggaacttctgtctctagacaacagcctaggagtttgacaacattcctatgatttatttgggtcagaacaactacctcattaatgaattgctcaatttgat 9200470  T
Q  362 tttcgtctattgttttggactttttgatggcaacaattctcttatcatcaagttcccctttgaaaactgtaccaaaacctcctctacc 449  Q
    || |||| ||| ||||||| ||||| |  || |||||| | ||||||   |   | |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9200471 ttgcgtcaattattttggatttttttacagcgacaattttgttatcaggtaaaactcctttgtaaactgtaccaaaacctcctctacc 9200558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 65 - 449
Target Start/End: Original strand, 9218687 - 9219074
Alignment:
Q  65 catctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctgaatgcagatatgacagagctccagctacctcaacagctat 164  Q
    |||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| | ||| ||||||  |||  | |||||    
T  9218687 catccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgataaagcaccagctgtctctgctgctat 9218786  T
Q  165 cctaagacgagttttccaagttagatcgttcgtcttaccttg----tgtgcgaagaaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaa 260  Q
    ||| | ||| |||||||| | | ||| ||| |  ||| |||     | |   | ||||| || |||| || || ||||||||||| ||||| |||||| |    
T  9218787 ccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaaat-caaaaagtgttccgttgctaacaaattcatacaccaacga 9218885  T
Q  261 aggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttgg 360  Q
    |||||||||||| || | |||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| || | |||| | ||||||||||||||||| || || ||     
T  9218886 aggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaactacctcattaatgaattgctcgatctga 9218985  T
Q  361 ctttcgtctattgttttggactttttgatggcaacaattctcttatc-atcaagttcccctttgaaaactgtaccaaaacctcctctacc 449  Q
     || |||||||| |||||||||||||||  || |||||| | |||||   |||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218986 tttgcgtctattattttggactttttgacagcgacaattttgttatcgggcaaaat-tcctttgaaaactgtaccaaaacctcctctacc 9219074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 65 - 386
Target Start/End: Original strand, 9170604 - 9170928
Alignment:
Q  65 catctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctgaatgcagatatgacagagctccagctacctcaacagctat 164  Q
    |||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||| ||||| || | ||||||||||  |||  | |||||    
T  9170604 catccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctat 9170703  T
Q  165 cctaagacgagttttccaagttagatcgttcgtcttaccttgtgtgc---gaagaaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaa 261  Q
    ||| |  || |||||||| ||| |||  || || ||| |||  ||||   | |  || ||  |||| ||||| ||||||||||| || || |||||  ||    
T  9170704 ccttaagcgggttttccatgttggattatttgttttatctttagtgctttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacaccaatgaa 9170803  T
Q  262 ggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggc 361  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| |  | |||| | ||||||||||||||||| ||||||||      
T  9170804 ggaacttctgtctctagacaacaccctaggagtttgacaacattcctatgatttatttgggtcagaacaactacctcattaatgaattgctcaatttgat 9170903  T
Q  362 tttcgtctattgttttggacttttt 386  Q
    || |||| ||| ||||||| |||||    
T  9170904 ttgcgtcaattattttggatttttt 9170928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 224 - 446
Target Start/End: Original strand, 9161940 - 9162162
Alignment:
Q  224 aaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgaga 323  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||    
T  9161940 aaagtgtaccattgctaacgaattcatacaccaacgaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttggga 9162039  T
Q  324 gacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggctttcgtctattgttttggactttttgatggcaacaattctcttatcatcaagttcccctttg 423  Q
     | |||| | ||||| |||||||| || ||||||||  || | |||||| ||||||| |||||||  || || ||| | |||||    |   | ||||||    
T  9162040 cagaacaactacctcgttaatgaactgctcaatttgatttgcatctattattttggattttttgacagcgacgattttgttatctggtaagactcctttg 9162139  T
Q  424 aaaactgtaccaaaacctcctct 446  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  9162140 aaaactgtaccaaaacctcctct 9162162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 224 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 9118512 - 9118348
Alignment:
Q  224 aaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgaga 323  Q
    |||| ||||| | |||||| || ||||| |||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||    
T  9118512 aaagtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttggga 9118413  T
Q  324 gacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggctttcgtctattgttttggactttttga 388  Q
     | || | | ||||||||||||||||| || |||||  || |||||||| || ||||||||||||    
T  9118412 cagaataactacctcattaatgaattgctcgatttgatttgcgtctattattctggactttttga 9118348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 65 - 344
Target Start/End: Original strand, 9155866 - 9156148
Alignment:
Q  65 catctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctgaatgcagatatgacagagctccagctacctcaacagctat 164  Q
    |||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||| || | |||||| |||  |||  | |||||    
T  9155866 catccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccggctgtctctgctgctat 9155965  T
Q  165 cctaagacgagttttccaagttagatcgttcgtcttaccttgtgtgcgaagaa---attcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaa 261  Q
    | | | ||| |||||||| ||| ||| ||| || ||| |||  || | | | |   | ||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||  ||    
T  9155966 ctttaaacgggttttccatgttggattgtttgttttatctttagtactatgtatgaaatcaaaaagtgtaccattgctaacgaattcataaaccaaggaa 9156065  T
Q  262 ggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaat 344  Q
    ||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |  ||| | |||||||||||    
T  9156066 ggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctgtgatttatttgggataggacaactacctcattaat 9156148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 224 - 398
Target Start/End: Original strand, 9229734 - 9229908
Alignment:
Q  224 aaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgaga 323  Q
    |||| ||||||||||||| ||| |||||||| |  |||||||||| ||| || | |||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||    
T  9229734 aaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttggga 9229833  T
Q  324 gacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggctttcgtctattgttttggactttttgatggcaacaat 398  Q
     | |||| |||||||||| |||||||| || | |||| |  | || ||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  9229834 caaaacaaccacctcatttatgaattgctctacttgggtggcatccattattttggacttcttgattgcaacaat 9229908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 128
Target Start/End: Original strand, 9161778 - 9161841
Alignment:
Q  65 catctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctgaatg 128  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||    
T  9161778 catctaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataataggtattgatgcagatgaatg 9161841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 65 - 151
Target Start/End: Original strand, 9229572 - 9229658
Alignment:
Q  65 catctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctgaatgcagatatgacagagctccagcta 151  Q
    |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||  || |||| |||||| |||||||| | |||||| ||||    
T  9229572 catccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgcta 9229658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 65 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 9118674 - 9118589
Alignment:
Q  65 catctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctgaatgcagatatgacagagctccagct 150  Q
    |||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| || | ||| |||| |||||| ||||| || | ||||||||||    
T  9118674 catccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaaatgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagct 9118589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 418 - 446
Target Start/End: Original strand, 9156222 - 9156250
Alignment:
Q  418 cctttgaaaactgtaccaaaacctcctct 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9156222 cctttgaaaactgtaccaaaacctcctct 9156250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 286 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 37567809 - 37567642
Alignment:
Q  286 cctaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggctttcgtctattgttttggactttt 385  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  37567809 cctaagagtttgaccacattcctatgatttatttgagagacaatgtccacctcattaatgaattgttcattttggctttcatctattgttttggattttt 37567710  T
Q  386 tgatggcaacaattctcttatcatcaagttcccctttgaaaactgtaccaaaacctcctctacctatg 453  Q
    |||| |||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37567709 tgatagcaacagttctattatcatctagtttccctttgaaaactgtaccaaaacctcctctacctatg 37567642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 167 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 37572243 - 37572119
Alignment:
Q  167 taagacgagttttccaagttagatcgttcgtcttaccttgtgtgcgaagaaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaac 266  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  37572243 taagacgagttttctaagttggatcattcatcttaccttgtgtgtgtataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaaccgaggaac 37572144  T
Q  267 ttctgtttctagacaacaccctaag 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  37572143 ttctgtttctagacaacaccctaag 37572119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 267 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 30105936 - 30105892
Alignment:
Q  267 ttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcctgtg 311  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  30105936 ttctgtttcaagacaacagcctaagagtttgacaatattcctgtg 30105892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 229 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 40597866 - 40597787
Alignment:
Q  229 gtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacattcct 308  Q
    |||||||||  || ||| |||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||| ||||  ||||| |||||||||||    
T  40597866 gtaccattgggaataaattcataaacaagcaatggaacttctgtttctaaacaacaacctacaagttttaccacattcct 40597787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University