View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13513_high_1 (Length: 1002)

Name: NF13513_high_1
Description: NF13513
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13513_high_1
NF13513_high_1
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (20-594)||(14122123-14122694)
chr1 (613-987)||(14123917-14124289)
chr1 (344-434)||(41698399-41698489)
chr1 (344-434)||(41703993-41704083)
chr1 (344-389)||(40248556-40248601)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (20-594)||(20007672-20008246)
chr4 (613-987)||(20006076-20006449)
chr4 (165-397)||(49622347-49622579)
chr4 (45-130)||(49622243-49622328)
chr4 (344-434)||(54078461-54078551)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (158-594)||(53325164-53325600)
chr3 (797-992)||(53324287-53324485)
chr3 (19-130)||(53325611-53325727)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (165-587)||(35048592-35049012)
chr7 (158-590)||(15635878-15636293)
chr7 (613-986)||(35050957-35051329)
chr7 (45-130)||(35048488-35048573)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (263-471)||(1177850-1178055)
chr2 (19-103)||(35056177-35056266)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (362-463)||(9284809-9284910)
chr5 (395-434)||(23556713-23556752)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (280-408)||(7494890-7495015)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 594
Target Start/End: Original strand, 14122123 - 14122694
Alignment:
Q  20 ttctcgccacacaacgataactgcatcgctgcatctccctcctcaaacatcaccttactttgattcccctgtttcagcattcaattccgcaagtaagtaa 119  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||     
T  14122123 ttctcgccgcacaacgataactgcatcgctgcatctccctcctcaaacatcaccttactttgattcccctgtttcaacattcaattccacaagtaagtag 14122222  T
Q  120 gaataatttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcttctattttatatagttagatatatagaaatcatgttatatctacttgtgaatttagttgattaatt 219  Q
    |||||||||||                   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||    
T  14122223 gaataatttggctttttttttttttttt--gtcttctattttatttagttagatatatagaaatcatgttatatccacttgttaatttagttgattagtt 14122320  T
Q  220 taagtttgtgttttgtaaaattttctgcattagtggagacgggatctacttcttctgtccaagaggaggttgatcacataaatgaaaatagtgatgaaaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14122321 taagtttgtgttttgtaaaattttctgcattagtggagacgggatctacttcttctgtccaagaggaggttgatcacctaaatgaaaatagtgatgaaaa 14122420  T
Q  320 tttagaagcaaatattgttcaagcagatgaagaacctaggattgggatgacatttagttttgaagaagaaattaccaaatattacaagagttatgctaga 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  14122421 tttagaagcaaatattgttcaagcagatgaagaatctaggattgggatgacatttaattctgaagaagaagttaccaaatattataagagctatgctaga 14122520  T
Q  420 tgtatgggttttggaactgttaaaatcaattcaaaatatgcaaaggatggaagnnnnnnnnctttactctaggatgtactcgtgcaagaagctatgtgag 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||         ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14122521 tgtatgggttttggaactgttaaaatcaattcaaaaaatgcaaaggatggaa-aaaaaatactttactctaggatgtacttgtgcaagaagctatgtgag 14122619  T
Q  520 taactcaaagaaccttttgaaaccaaatcccatcacaagagcacaatgtatggctagagtaaatatgtgtcagtc 594  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14122620 taacacaaagaaccttttgaaaccaaatcctatcataagagcacaatgtatggctagagtaaatatgtgtcagtc 14122694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 613 - 987
Target Start/End: Original strand, 14123917 - 14124289
Alignment:
Q  613 ctgagttttctacatctcagatcattgatgggattggcacacaagagagaatttaagcaaaattagctcccttcaatcgaaatcaaaaatattttgttga 712  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14123917 ctgagttttctacatctcagatcattgatgggattgacacacaatagagaattcaagcaaatttagctcccttcaatccaaatcaaaaatattttgttga 14124016  T
Q  713 agtaaatcaggtccaaataaataaaagcactctttacttttggttgaacatttatattcatattatggaagtttttgattcagtatatttgttcagcagg 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||    
T  14124017 agtaaatcaggtccaaataaataaaagtactctttactttttgttgaacatttatattcatattatggaagtttctgattcaatatatttgtttaacagg 14124116  T
Q  813 tcccatattattctgaaagcataaatcataatattacatgttcagaacttttaaaggtattggttccnnnnnnnctttctcctactgatatagtcaagat 912  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  14124117 tcccatattattctgaaagcataaatcataatattacatgttcataacttttaaaggtattggttcctttttttctttctcctactgatatagtcaagat 14124216  T
Q  913 ttaatataaatcaccaattcttacatttatgtgnnnnnnngtaggcacaacaccatatgattgataaaccatcat 987  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14124217 ttaatataaatcaccaattcttacatttatgtg--tttttgtaggcacaacaccatatgattgataaaccatcat 14124289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 344 - 434
Target Start/End: Original strand, 41698399 - 41698489
Alignment:
Q  344 agatgaagaacctaggattgggatgacatttagttttgaagaagaaattaccaaatattacaagagttatgctagatgtatgggttttgga 434  Q
    |||||| ||||||| | |||| |||| ||||| || |  ||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  41698399 agatgatgaacctaaggttggcatgaaatttaattctacagaagaagttgacaaatattacaagaattatgctagatgtataggttttgga 41698489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 344 - 434
Target Start/End: Original strand, 41703993 - 41704083
Alignment:
Q  344 agatgaagaacctaggattgggatgacatttagttttgaagaagaaattaccaaatattacaagagttatgctagatgtatgggttttgga 434  Q
    |||||| ||||||| | |||| |||| ||||| || |  ||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  41703993 agatgatgaacctaaggttggcatgaaatttaattctacagaagaagttgacaaatattacaagaattatgctagatgtataggttttgga 41704083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 344 - 389
Target Start/End: Original strand, 40248556 - 40248601
Alignment:
Q  344 agatgaagaacctaggattgggatgacatttagttttgaagaagaa 389  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||    
T  40248556 agatgaagaacctagaactgggatgacatttaggtctgaagaagaa 40248601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 386; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 20008246 - 20007672
Alignment:
Q  20 ttctcgccacacaacgataactgcatcgctgcatctccctcctcaaacatcaccttactttgattcccctgtttcagcattcaattccgcaagtaagtaa 119  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||     
T  20008246 ttctcgccgcacaacgataactgcatcgctgcatctccctcctcaaacatcaccttactttgattcccctgtttcaacattcaattccacaagtaagtag 20008147  T
Q  120 gaataatttggnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcttctattttatatagttagatatatagaaatcatgttatatctacttgtgaatttagttgattaatt 219  Q
    |||||||||||                   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||    
T  20008146 gaataatttggcttatttttttttttttt-gtcttctattttatttagttagatatatagaaatcatgttatatccacttgttaatttagttgattagtt 20008048  T
Q  220 taagtttgtgttttgtaaaattttctgcattagtggagacgggatctacttcttctgtccaagaggaggttgatcacataaatgaaaatagtgatgaaaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  20008047 taagtttgtgttttgtaaaattttctgcattagtggagacgggatctacttcttctgtccaagaggaggttgatcacctaaatgaaaatagtgattaaaa 20007948  T
Q  320 tttagaagcaaatattgttcaagcagatgaagaacctaggattgggatgacatttagttttgaagaagaaattaccaaatattacaagagttatgctaga 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||    
T  20007947 tttagaagcaaatattgttcaagcaaatgaagaatctaggattgggatgacatttaattatgaagaagaagttaccagatattataagagctatgctaga 20007848  T
Q  420 tgtatgggttttggaactgttaaaatcaattcaaaatatgcaaaggatgg-aagnnnnnnnnctttactctaggatgtactcgtgcaagaagctatgtga 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||         ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20007847 tgtatgggttttggaactgttaaaatcaattcaaaaaatgcaaaggatggaaaaaaaaaatactttactctaggatgtacttgtgcaagaagctatgtga 20007748  T
Q  519 gtaactcaaagaaccttttgaaaccaaatcccatcacaagagcacaatgtatggctagagtaaatatgtgtcagtc 594  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20007747 gtaacacaaagaaccttttgaaaccaaatcctatcataagagcacaatgtatggctagagtaaatatgtgtcagtc 20007672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 613 - 987
Target Start/End: Complemental strand, 20006449 - 20006076
Alignment:
Q  613 ctgagttttctacatctcagatcattgatgggattggcacacaagagagaatttaagcaaaattagctcccttcaatcgaaatcaaaaatattttgttga 712  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20006449 ctgagttttctacatctcagatcattgatgggattgacacacaatagagaattcaagcaaatttagctcccttcaatccaaatcaaaaatattttgttga 20006350  T
Q  713 agtaaatcaggtccaaataaataaaagcactctttacttttggttgaacatttatattcatattatggaagtttttgattcagtatatttgttcagcagg 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||    
T  20006349 agtaaatcaggtccaaataaataaaagtactctttacttttggttgaacatttatattcatattatggaagtttctgattcaatatatttgtttaacagg 20006250  T
Q  813 tcccatattattctgaaagcataaatcataatattacatgttcagaacttttaaaggtattggttccnnnnnnnctttctcctactgatatagtcaagat 912  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  20006249 tcccatattattctgaaagcataaatcataatattacatgttcataacttttaaaggtattggttcctttttttctttctcctactgatatagtcaagat 20006150  T
Q  913 ttaatataaatcaccaattcttacatttatgtgnnnnnnngtaggcacaacaccatatgattgataaaccatcat 987  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20006149 ttaatataaatcaccaattcttacatttatgtg-ttttttgtaggcacaacaccatatgattgataaaccatcat 20006076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 165 - 397
Target Start/End: Original strand, 49622347 - 49622579
Alignment:
Q  165 tagttagatatatagaaatcatgttatatctacttgtgaatttagttgattaatttaagtttgtgttttgtaaaattttctgcattagtggagacgggat 264  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  49622347 tagttagatatttagaaatcatgttatatccacttgttaatttagttgattaatttaagtttgtgtttcgtaaaatttgctgcattagtggaaacgggat 49622446  T
Q  265 ctacttcttctgtccaagaggaggttgatcacataaatgaaaatagtgatgaaaatttagaagcaaatattgttcaagcagatgaagaacctaggattgg 364  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  49622447 ctactttttctgtccaagaggaggttgatcacataaatgaaaacaatgatgaaaatttagaagcaaatattgttcaatcagatgatgaacctaggattgg 49622546  T
Q  365 gatgacatttagttttgaagaagaaattaccaa 397  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  49622547 gatgacatttagttctgaagaagaagttaccaa 49622579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 45 - 130
Target Start/End: Original strand, 49622243 - 49622328
Alignment:
Q  45 tcgctgcatctccctcctcaaacatcaccttactttgattcccctgtttcagcattcaattccgcaagtaagtaagaataatttgg 130  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  49622243 tcgctgcatctccatcctcaaacatcactttactttgattcccctgtttcaacattcaattccacaagtaagtaagaatagtttgg 49622328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 344 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 54078551 - 54078461
Alignment:
Q  344 agatgaagaacctaggattgggatgacatttagttttgaagaagaaattaccaaatattacaagagttatgctagatgtatgggttttgga 434  Q
    |||||| ||||||| | |||| |||| ||||| || |  ||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  54078551 agatgatgaacctaaggttggcatgaaatttaattctacagaagaagttgacaaatattacaagaattatgctagatgtataggttttgga 54078461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 158 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 53325600 - 53325164
Alignment:
Q  158 ttttatatagttagatatatagaaatcatgttatatctacttgtgaatttagttgattaatttaagtttgtgttttgtaaaattttctgcatt-agtgga 256  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  53325600 ttttatctagttagatatatagaaatcatgttatatccacttgttaatttagttgattaatttaagtttgtgttttgtaaaattttctgtatttagtgga 53325501  T
Q  257 gacgggatctacttcttctgtccaagaggaggttgatcacataaatgaaaatagtgatgaaaatttagaagcaaatattgttcaagcagatgaagaacct 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53325500 gacgggatctacttcttctgtccaagaggaggttgatcacataaatgaaaatagtgataaaaatttagaagcaaatattgttcaagcagatgaagaacct 53325401  T
Q  357 aggattgggatgacatttagttttgaagaagaaattaccaaatattacaagagttatgctagatgtatgggttttggaactgttaaaatcaattcaaaat 456  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  53325400 aggattgggatgacatttaattctgaagaagaaattaccaaatattacaagagttatgctagatgtatgggttttggaactgttaaaatcaattcaaaaa 53325301  T
Q  457 atgcaaaggatggaagnnnnnnnnctttactctaggatgtactcgtgcaagaagctatgtgagtaactcaaagaaccttttgaaaccaaatcccatcaca 556  Q
    |||||||||||||||         ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || |    
T  53325300 atgcaaaggatggaa-aaaaaatactttactctaggatgtacttgtgcaagaagctatgtgagtaactcaaagaaccttttgagaccaaatcctaccata 53325202  T
Q  557 agagcacaatgtatggctagagtaaatatgtgtcagtc 594  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  53325201 agagcacaatgtatagctagagtaaatatgtgtcagtc 53325164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 797 - 992
Target Start/End: Complemental strand, 53324485 - 53324287
Alignment:
Q  797 atatttgttcagcaggtcccatattattctgaaagcataaatcataatattacatgttcagaacttttaaaggtattggttc------cnnnnnnncttt 890  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||      |       || |    
T  53324485 atatttgtttaacaggttccatattattctcaaagcataaatcataatattacatgttcagaacttttagaggtattggttcctttttctctctctctct 53324386  T
Q  891 ctcctactgatatagtcaagatttaatataaatcaccaattcttacatttatgtgnnnnnnngtaggcacaacaccatatgattgataaaccatcatgat 990  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  53324385 ctcctactgatatagtcaagatgtaatataaatcaccaattcttacatttgtgt---tttttgtaggcacaacaccatatgattgataaaccatcataat 53324289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 53325727 - 53325611
Alignment:
Q  19 gttctcgccacacaacgataactgcat-----cgctgcatctccctcctcaaacatcaccttactttgattcccctgtttcagcattcaattccgcaagt 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||     |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  53325727 gttctcgccacacaactataactgcatatcgtcgctgcatctccatcctcaaacatcactttactctgattcccctgtttcaacattcaattccacaagt 53325628  T
Q  114 aagtaagaataatttgg 130  Q
    |||||||||||||||||    
T  53325627 aagtaagaataatttgg 53325611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 165 - 587
Target Start/End: Original strand, 35048592 - 35049012
Alignment:
Q  165 tagttagatatatagaaatcatgttatatctacttgtgaatttagttgattaatttaagtttgtgttttgtaaaattttctgcattagtggagacgggat 264  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  35048592 tagttagatatttagaaatcatgttatatccacttgttaatttagttgattgatttaagtttgtgttttgtaaaatttgctgcattagtggaaacgggat 35048691  T
Q  265 ctacttcttctgtccaagaggaggttgatcacataaatgaaaatagtgatgaaaatttagaagcaaatattgttcaagcagatgaagaacctaggattgg 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35048692 ctacttcttctgtccaagaggaggttgatcacataaatgaaaacagtgatgaaaatttagaagcaaatattgttcaagcagatgaggaacctaggattgg 35048791  T
Q  365 gatgacatttagttttgaagaagaaattaccaaatattacaagagttatgctagatgtatgggttttggaactgttaaaatcaattcaaaatatgcaaag 464  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35048792 gatgacatttagttctgaagaagaagttatcaaatattacaagagctatgctagatgtatgggttttggaactgttaaaatcaattcaaaaaatgcaaag 35048891  T
Q  465 gatggaagnnnnnnnnctttactctaggatgtactcgtgcaagaagctatgtgagtaactcaaagaaccttttgaaaccaaatcccatcacaagagcaca 564  Q
    |||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||    
T  35048892 gatggaa--aaaaatactttactctaggatgtactcgtgcaagaagctatgtgagtaactcaaagaaccttttgaaaccaaatcctaccataagagcaca 35048989  T
Q  565 atgtatggctagagtaaatatgt 587  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  35048990 gtgtatggctagagtaaatatgt 35049012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 158 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 15636293 - 15635878
Alignment:
Q  158 ttttatatagttagatatatagaaatcatgttatatctacttgtgaatttagttgattaatttaagtttgtgttttgtaaaattttctgca-ttagtgga 256  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15636293 ttttatctagttagatatatagaaatcatgttatatccacttgttaatttagttgattgatttaagtttgtgttttgtaaaattttctgcatttagtgga 15636194  T
Q  257 gacgggatctacttcttctgtccaagaggaggttgatcacataaatgaaaatagtgatgaaaatttagaagcaaatattgttcaagcagatgaagaacct 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||    
T  15636193 gacgggatctacttcttctgtccaagaggagg---------taaatgaaaatagtgatgaaaatttagaagcaaatattgttcaagc--------aacct 15636111  T
Q  357 aggattgggatgacatttagttttgaagaagaaattaccaaata-ttacaagagttatgctagatgtatgggttttggaactgttaaaatcaattcaaaa 455  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15636110 aggattgggatgacatttagttatgaagaagaaattaccaaatatttacaagagttatgctagatgtatgggttttggaactgttaaaatcaattaaaaa 15636011  T
Q  456 tatgcaaaggatggaagnnnnnnnnctttactctaggatgtactcgtgcaagaagctatgtgagtaactcaaagaaccttttgaaaccaaatcccatcac 555  Q
     |||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||     
T  15636010 aatgcaaaggatggaa--aaaaatactttactctaggatgtactcgtgcaagaagctatgtgagtaactcaaagaaccttttgaaaccaaaccctaccat 15635913  T
Q  556 aagagcacaatgtatggctagagtaaatatgtgtc 590  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15635912 aagagcacaatgtatggctagagtaaacatgtgtc 15635878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 613 - 986
Target Start/End: Original strand, 35050957 - 35051329
Alignment:
Q  613 ctgagttttctacatctcagatcattgatgggattggcacacaagagagaatttaagcaaaattagctcccttcaatcgaaatcaaaaatattttgttga 712  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35050957 ctgagttttctacatctcaaatcattgatgggattggcacacaacagagaattcaagcaaatttagctcccttcaatccaaatcaaaaatattttgttga 35051056  T
Q  713 agtaaatcaggtccaaataaataaaagcactctttacttttggttgaacatttatattcatattatggaagtttttgattcagtatatttgttcagcagg 812  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| ||||  |||| | ||||    
T  35051057 agtaaatcaggtccaaataaattcaagcactctttacttttgtttgaacatttctattcatattatggaagtatctgattcaatataaatgtttaacagg 35051156  T
Q  813 tcccatattattctgaaagcataaatcataatattacatgttcagaacttttaaaggtattggttccnnnnnnnctttctcctactgatatagtcaagat 912  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||       ||||||  || |||| |||||||| |    
T  35051157 tcccatactattctcaaagcataaatcataatattacatgttcagaacttttagaggtatcggttccttcttttctttctgttagtgatctagtcaagtt 35051256  T
Q  913 ttaatataaatcaccaattcttacatttatgtgnnnnnnngtaggcacaacaccatatgattgataaaccatca 986  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35051257 ttaatataaatcagcaattcttacatttatgtg-ttttttgtaggcacaacaccatatgattgataaaccatca 35051329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 45 - 130
Target Start/End: Original strand, 35048488 - 35048573
Alignment:
Q  45 tcgctgcatctccctcctcaaacatcaccttactttgattcccctgtttcagcattcaattccgcaagtaagtaagaataatttgg 130  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35048488 tcgctgcatctccatcctcaaacatcactttactttgattcctctgtttcaacattcaattccacaagtaagtaagaataatttgg 35048573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 55; Significance: 4e-22; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 263 - 471
Target Start/End: Original strand, 1177850 - 1178055
Alignment:
Q  263 atctacttcttctgtccaagaggaggttgatcacataaatgaaaatagtgatgaaaatttagaagcaaatattgttcaagcagatgaagaacctaggatt 362  Q
    |||||||||||||    |||||||| | ||||||||||||||| || |  ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||  || |||| || | ||    
T  1177850 atctacttcttctaattaagaggagatcgatcacataaatgaatattgcaatggaaatttagaagcaaatattattcaagaagcagatgaacttaaggtt 1177949  T
Q  363 gggatgacatttagttttgaagaagaaattaccaaatattacaagagttatgctagatgtatgggttttggaactgttaaaatcaattcaaaatatgcaa 462  Q
    |||||| ||||| ||| ||||||||   |||  |||||||  |||  ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| |||  ||||||    
T  1177950 gggatgtcattttgttctgaagaag---ttataaaatattgaaagtattatgcttgatgtatgggttttggaattggtaaaatcaattaaaagaatgcaa 1178046  T
Q  463 aggatggaa 471  Q
    | |||||||    
T  1178047 atgatggaa 1178055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 35056266 - 35056177
Alignment:
Q  19 gttctcgccacacaacgataactgc-----atcgctgcatctccctcctcaaacatcaccttactttgattcccctgtttcagcattcaa 103  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||     |||||||||  ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35056266 gttctcgccgcacaactataactgcttatcatcgctgcaattccatcctcaaacatcactttactttgattcccctgtttcagcattcaa 35056177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 54; Significance: 2e-21; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 362 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 9284910 - 9284809
Alignment:
Q  362 tgggatgacatttagttttgaagaagaaattaccaaatattacaagagttatgctagatgtatgggttttggaactgttaaaatcaattcaaaatatgca 461  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||| |||||||  | |||||| ||||||||| |||||    
T  9284910 tgggatgacatttagttccgaagaagaaattaccacatattacaagaattatgtttgatgtatgggctttggaatcggtaaaataaattcaaaaaatgca 9284811  T
Q  462 aa 463  Q
    ||    
T  9284810 aa 9284809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 395 - 434
Target Start/End: Original strand, 23556713 - 23556752
Alignment:
Q  395 caaatattacaagagttatgctagatgtatgggttttgga 434  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  23556713 caaatattacaagaattatgctagatgtataggttttgga 23556752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 280 - 408
Target Start/End: Original strand, 7494890 - 7495015
Alignment:
Q  280 aagaggaggttgatcacataaatgaaaatagtgatgaaaatttagaagcaaatattgttcaagcagatgaagaacctaggattgggatgacatttagttt 379  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| |||| |||||||||||| | |||||||   | || | || ||||||||||||||      
T  7494890 aagaggagagtgatcacataaatgagaattgagatgataattttgaagaaaatattgttcatgaagatgaa---cttaaggttaggatgacatttagtcc 7494986  T
Q  380 tgaagaagaaattaccaaatattacaaga 408  Q
     ||||||||| |||||||||  |||||||    
T  7494987 ggaagaagaatttaccaaatgctacaaga 7495015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University