View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13529_high_9 (Length: 376)

Name: NF13529_high_9
Description: NF13529
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13529_high_9
NF13529_high_9
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (14-361)||(11780083-11780431)
chr1 (67-239)||(10424593-10424765)
chr1 (24-237)||(1624795-1625008)
chr1 (91-150)||(30731478-30731537)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (14-356)||(17158499-17158845)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-356)||(12101765-12102100)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (14-347)||(14977513-14977849)
chr6 (182-351)||(11776308-11776480)
chr6 (182-238)||(9352421-9352477)
chr6 (182-230)||(24353638-24353686)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (24-351)||(5781859-5782189)
chr5 (24-351)||(19069377-19069707)
chr5 (79-176)||(17763963-17764060)
chr5 (182-239)||(11724701-11724758)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (72-239)||(16311632-16311799)
chr3 (72-239)||(18488416-18488583)
chr3 (72-239)||(18492626-18492793)
chr3 (87-250)||(19829018-19829181)
chr3 (101-239)||(16314023-16314161)
chr3 (101-239)||(18495017-18495155)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (83-239)||(17459431-17459587)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 14 - 361
Target Start/End: Original strand, 11780083 - 11780431
Alignment:
Q  14 gaacctgtggcgattccacagatacctcatgcacatcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccag 113  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780083 gaacctgtggcgattccttagatacctcatgtacatcatcgtgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccag 11780182  T
Q  114 atcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgc 213  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780183 ctcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgc 11780282  T
Q  214 gactgctccactctctcagaatgcacttcatcatgcaa-ccgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtca 312  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  11780283 gactgcttcactctctcagaatgcatttcatcatgcaatcggggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaacgctgtca 11780382  T
Q  313 aacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacgatgatgtcc 361  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11780383 aacacgttatgtagtggaaagctgaaagatgttgacgacaatgatgtcc 11780431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 67 - 239
Target Start/End: Original strand, 10424593 - 10424765
Alignment:
Q  67 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 166  Q
    ||||||||||||||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |    
T  10424593 gatgaatgtggtacacgctcgtaggaacccttaggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagaga 10424692  T
Q  167 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 239  Q
    |||| || || ||  ||||||||||  |||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||||||    
T  10424693 catcatccaccacggggttctccaatacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactctctcagaatgcac 10424765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 24 - 237
Target Start/End: Original strand, 1624795 - 1625008
Alignment:
Q  24 cgattccacagatacctcatgcacatcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtggg 123  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||   ||||||| |   ||||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||| ||||| ||| | |||    
T  1624795 cgattctacagacacctcatgcacctcaatgtgctcaataggggatgaatgtggtacacgctcgtgggaacccttgggactctcgaccagctcccgcggg 1624894  T
Q  124 cgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctcca 223  Q
    | ||||  ||| ||||||||||||||  | |||||   ||| ||||| || ||     ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||| || |    
T  1624895 ctcgaactattgtgttccacatcatcataaagcgtaacagtgacatcatccaccgtggggttccccaacacctcccgcgatgtcagatgcaactgttcta 1624994  T
Q  224 ctctctcagaatgc 237  Q
    |||||||| |||||    
T  1624995 ctctctcaaaatgc 1625008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 91 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 30731537 - 30731478
Alignment:
Q  91 gcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatcc 150  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |  ||||| |||||||||| |||||    
T  30731537 gcacccttgggactctccaccagctcctgtgggctcacatgatcatgttccacaccatcc 30731478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 17158499 - 17158845
Alignment:
Q  14 gaacctgtggcgattccacagatacctcatgcacatcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccag 113  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||||     
T  17158499 gaacctgtggcgattccagagatacctcatgcacgtcattgtgcttaacaattgatgaatgtagtacatgctcatggtcccccttgggactctccaccaa 17158598  T
Q  114 atcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgc 213  Q
     | ||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17158599 ctactaggggtgcgaatgattatgctccacatcatccgagagtgtcgcagtaacatcgtcaaccacagggttctccaactcctcccgcgatatcggatgc 17158698  T
Q  214 gactgctcc-actctctcagaatgcacttcatcatgc---aaccgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttg 309  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||   |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||    
T  17158699 gactgatcccactctctcagaatgcacttcatcgtgcgcaaactaggaaacaatttcaaacactggcgtagcgagtggcagcttttcactagaaatgttg 17158798  T
Q  310 tcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacgatga 356  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  17158799 tcaaacacgttatgtagtggaaagctgaaaggtgttgacgacaatga 17158845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 118; Significance: 4e-60; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 19 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 12102100 - 12101765
Alignment:
Q  19 tgtggcgattccacagatacctcatgcacatcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcct 118  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||     
T  12102100 tgtgtcgattccacagaaacctcatgcacgtcatcgtgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcataggcacccttgggactctccaccagctccc 12102001  T
Q  119 gtgggcgcgaatgat----tatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcg 214  Q
    | |||||||||||||    ||||||||||||         |  | | ||||||||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  12102000 gggggcgcgaatgattatatatgttccacat---------gtatcgtagtaacatcgtcagccatggggttctccaactcctcccgcgatgtcgaatgtg 12101910  T
Q  215 actgctccactctctcagaatgcacttcatcatgc---aaccgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtc 311  Q
      |||||| ||||||||| |||||| ||||| |||   |   |||||| ||||||||||||| | || ||| || | |||||||| |||||||| ||||     
T  12101909 tttgctccgctctctcaggatgcacgtcatcgtgcacaattggggaaataatttcaaacactcgtgttgcttgtggtagctcctcgctagaaatattgtt 12101810  T
Q  312 aaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacgatga 356  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12101809 aaacacgttatgtagtggaaagctgaaagatgttgacgacaatga 12101765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 14 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 14977849 - 14977513
Alignment:
Q  14 gaacctgtggcgattccacagatacctcatgcacatcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccag 113  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| |||||||  ||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  14977849 gaacctgtatcgattccacagatacatcatgcatgtcatcatgctaaacaatggatgaatgtggaacatgctcatgggaacccttgggactctccaccag 14977750  T
Q  114 atcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgc 213  Q
     ||| | |||  |||||||||||||||||||||||  || ||||| | |||||||||||||||     || ||| || ||||||||||||||||||||||    
T  14977749 ctcccgcggggtcgaatgattatgttccacatcataagatagcgtagcagtaacatcgtcaaccgttgggatctgcacctcctcccgcgatgtcggatgc 14977650  T
Q  214 gactgctccactctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgt 310  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  |||||  |||| ||||  |||| |||||| ||||||  | ||| || ||||||||||||  | |    
T  14977649 gactgctccactctctcggaatgcacgtcatcgtgcgcaactggggacacaaactcaatcactggtgtagcttctggcaacttctcactagaaatactat 14977550  T
Q  311 caaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttga 347  Q
    |||||| ||| || | ||| ||||| |||||||||||    
T  14977549 caaacatgttgtgtaatgggaagctaaaagatgttga 14977513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 182 - 351
Target Start/End: Original strand, 11776308 - 11776480
Alignment:
Q  182 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatg--caac-cgggaaacaatttcaaacactggcgt 278  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||  |||||||||  || |||||||| ||    
T  11776308 ggttctccaactcctcccgcgatgactgatgcaactgctccactctctcagaatgcacatcatcgtgcacaacaggggaaacaacctctaacactggtgt 11776407  T
Q  279 agctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgac 351  Q
    | |  || ||| |||||||  |||||| ||||||||| | ||||| | |||||||||||||||  ||||||||    
T  11776408 aacatgtggcaactcctcatgagaaattttgtcaaacgcattatgtaatggaaagctgaaagagtttgacgac 11776480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 182 - 238
Target Start/End: Original strand, 9352421 - 9352477
Alignment:
Q  182 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgca 238  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||    
T  9352421 ggttctccaacacctctcgcgatgtcagacgcaactgttccactctctcagaatgca 9352477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 182 - 230
Target Start/End: Original strand, 24353638 - 24353686
Alignment:
Q  182 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctc 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||    
T  24353638 ggttctccaactcctcccgcgatgtctgatgcaactgcttcgctctctc 24353686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 24 - 351
Target Start/End: Original strand, 5781859 - 5782189
Alignment:
Q  24 cgattccacagatacctcatgcacatcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtggg 123  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||   ||||||| ||  |||||| ||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||    
T  5781859 cgattctacagatacctcatgcacctcaaaatgctcaataagggatgaacgtgatacacgctcatgggaacccttgggactctccaccagctcccgcggg 5781958  T
Q  124 cgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctcca 223  Q
      ||||||||| |||||||||||||| || || ||   ||||||||| || ||    |||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||     
T  5781959 atcgaatgattgtgttccacatcatcagaaagtgtaacagtaacatcatccaccgtgtggttctccaactccttccgcgatgtctgatgcaactgctcct 5782058  T
Q  224 ctctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgtt 320  Q
    |||||||||||||||| ||||| |  |||||  |||||||||  || ||||||||||||||   | |||||||||||  ||||||  | |  ||||| ||    
T  5782059 ctctctcagaatgcacgtcatcgtgcgcaacaagggaaacaacctctaacactggcgtagcacatggcagctcctcaggagaaattctattgaacacatt 5782158  T
Q  321 atgcagtggaaagctgaaagatgttgacgac 351  Q
     || | |||||||||||||||  ||||||||    
T  5782159 gtgtaatggaaagctgaaagagtttgacgac 5782189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 24 - 351
Target Start/End: Original strand, 19069377 - 19069707
Alignment:
Q  24 cgattccacagatacctcatgcacatcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtggg 123  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||   ||||||| |   |||||||||| || | ||||||||  |||||| |||||||||||||| ||||| |||    
T  19069377 cgattctacagacacctcatgcacctcaaaatgctcaataggggatgaatgtgatatacgctcatggaaacccttgggactctccaccagctcctgcggg 19069476  T
Q  124 cgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctcca 223  Q
      ||||||||| |||||||||||||  || || ||   ||||||||| || ||     |||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |||||     
T  19069477 atcgaatgattgtgttccacatcattagaaagggtaacagtaacatcttccaccgtggggttctccaactcctctcgcgatgtctgatgcaaccgctcct 19069576  T
Q  224 ctctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgtt 320  Q
    |||||||||||||||| ||||| |  |||||  |||||| ||  || ||||||||||||||  || ||||||||| |  |||||| ||||||||| | ||    
T  19069577 ctctctcagaatgcacgtcatcgtgcgcaacaggggaaataacctctaacactggcgtagcacgtggcagctccttaggagaaattttgtcaaacgcatt 19069676  T
Q  321 atgcagtggaaagctgaaagatgttgacgac 351  Q
     || | |||||||||||||||  ||||||||    
T  19069677 gtgtaatggaaagctgaaagagtttgacgac 19069707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 79 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 17764060 - 17763963
Alignment:
Q  79 acatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaac 176  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||| |   ||   |||||||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||| |||||    
T  17764060 acatgctcatgggaacccttgagactctccaccagctcccgccagcttaaatgattatgttccacatcatcagaaagcgtagcagtaacatcatcaac 17763963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 182 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 11724758 - 11724701
Alignment:
Q  182 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 239  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||  |||||| |||||||||    
T  11724758 ggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgctctgctctcttagaatgcac 11724701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 72 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 16311799 - 16311632
Alignment:
Q  72 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 171  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  16311799 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 16311700  T
Q  172 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 239  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  16311699 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 16311632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 72 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 18488583 - 18488416
Alignment:
Q  72 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 171  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  18488583 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 18488484  T
Q  172 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 239  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18488483 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18488416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 72 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 18492793 - 18492626
Alignment:
Q  72 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 171  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  18492793 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 18492694  T
Q  172 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 239  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18492693 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18492626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 87 - 250
Target Start/End: Original strand, 19829018 - 19829181
Alignment:
Q  87 atgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttc 186  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  ||||||||| |||||||||||||| || || ||   |||||||||||  |||    |||||    
T  19829018 atgggaacccttgggactctccaccagctcccgcgggttcgaatgattgtgttccacatcatcagaaagtgtaacagtaacatcgttcactgtggggttc 19829117  T
Q  187 tccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatgca 250  Q
    ||||||||| || | |||||| | ||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  19829118 tccaactccccctgtgatgtctggtgcaaccgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgca 19829181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 101 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 16314161 - 16314023
Alignment:
Q  101 gactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccg 200  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  ||||| || || ||  ||||||||||| |||||||    
T  16314161 gactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatcatccaccacggggttctccaacacctcccg 16314062  T
Q  201 cgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 239  Q
     |||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  16314061 tgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 16314023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 101 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 18495155 - 18495017
Alignment:
Q  101 gactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccg 200  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  ||||| || || ||  ||||||||||| |||||||    
T  18495155 gactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatcatccaccacggggttctccaacacctcccg 18495056  T
Q  201 cgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 239  Q
     |||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18495055 tgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18495017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 83 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 17459587 - 17459431
Alignment:
Q  83 gctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatg 182  Q
    ||||||||| ||| ||  ||||||||||||  ||| | |||| ||||||||| |||||||||||||  || |||||   ||| |||||||| ||||   |    
T  17459587 gctcatggggaccgttgagactctccaccatctcccgcgggctcgaatgattgtgttccacatcattagaaagcgtaacagtgacatcgtccactatggg 17459488  T
Q  183 gttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 239  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||  ||||||| ||||||||    
T  17459487 gttctccaacttttcccgcgatgtcggatgcaattgctctgctctctcggaatgcac 17459431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University