View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13543_low_5 (Length: 307)

Name: NF13543_low_5
Description: NF13543
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13543_low_5
NF13543_low_5
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (52-263)||(37701566-37701777)
chr5 (57-288)||(37383400-37383631)
chr5 (43-263)||(37393946-37394166)
chr5 (43-288)||(37531955-37532200)
chr5 (43-288)||(37593059-37593304)
chr5 (17-260)||(37434593-37434838)
chr5 (43-288)||(37638601-37638846)
chr5 (43-288)||(37710362-37710607)
chr5 (43-288)||(37822759-37823004)
chr5 (43-288)||(37402058-37402303)
chr5 (35-288)||(37427905-37428163)
chr5 (43-267)||(37695471-37695695)
chr5 (35-297)||(37439916-37440178)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (17-287)||(16846695-16846966)
chr4 (14-287)||(24218760-24219035)
chr4 (43-288)||(16844056-16844301)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 168; Significance: 5e-90; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 52 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 37701777 - 37701566
Alignment:
Q  52 ttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaacc 151  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37701777 ttggagtggttggacctctccaggaaccgtttgacgggtgagattcccgcggctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaacc 37701678  T
Q  152 accttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccattgtctaaatc 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37701677 accttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatc 37701578  T
Q  252 atgtaaaaatga 263  Q
    ||| ||||||||    
T  37701577 atgcaaaaatga 37701566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 57 - 288
Target Start/End: Original strand, 37383400 - 37383631
Alignment:
Q  57 gtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccacctt 156  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37383400 gtggttagacctctcaaggaaccaattgaagggtgagattcctttggctttgacaaatttgaattttctctctttcttgaatctttcacaaaaccacctt 37383499  T
Q  157 gagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccattgtctaaatcatgta 256  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |    
T  37383500 gagggaatcatacctacaggtcaacagtttggtacatttggaaatgattcctttgaaggaaatacaatgttatgtggatttccattgtcaaaatcatgca 37383599  T
Q  257 aaaatgatgaatatcggtcaccatattcaaca 288  Q
    ||| ||||||| || |||| ||||||||||||    
T  37383600 aaactgatgaagattggtcgccatattcaaca 37383631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 43 - 263
Target Start/End: Original strand, 37393946 - 37394166
Alignment:
Q  43 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 142  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  37393946 ttgagaaatttagagtggttggacctctcaaggaaccaattgaagggtgagattcccgtggctttgacaaatttgaatttcctctcattcttaaaccttt 37394045  T
Q  143 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 242  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  37394046 cacaaaaccaccttgagggagtcatacctacaggtcaacaatttgatacatttggaaatgattcttatgaagggaatacaatgttgtgtggattccaatt 37394145  T
Q  243 gtctaaatcatgtaaaaatga 263  Q
    |||||||||||| ||||||||    
T  37394146 gtctaaatcatgcaaaaatga 37394166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 43 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 37532200 - 37531955
Alignment:
Q  43 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 142  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37532200 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgaagggtgagattcctgtggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaccttt 37532101  T
Q  143 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37532100 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatgattcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaatt 37532001  T
Q  243 gtctaaatcatgtaaaaatgatgaatatcggtcaccatattcaaca 288  Q
    |||||||||||| |||||||| ||| ||| | ||||  ||||||||    
T  37532000 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaaca 37531955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 43 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 37593304 - 37593059
Alignment:
Q  43 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 142  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37593304 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgaagggtgagattcctgtggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaccttt 37593205  T
Q  143 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37593204 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatgattcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaatt 37593105  T
Q  243 gtctaaatcatgtaaaaatgatgaatatcggtcaccatattcaaca 288  Q
    |||||||||||| |||||||| ||| ||| | ||||  ||||||||    
T  37593104 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaaca 37593059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 9e-73
Query Start/End: Original strand, 17 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 37434838 - 37434593
Alignment:
Q  17 aggtaccattccaatatct--gagtaaattgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaat 114  Q
    |||||||||||||  ||||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||  |||||||||| |||||| | ||||||||||||    
T  37434838 aggtaccattccacaatctttgagtaaattgagacatttggagtggttagacctctcaaaaaaccagttgacgggtgaaattcctgtggctttgacaaat 37434739  T
Q  115 ttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaag 214  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||    
T  37434738 ttgaatttcctatcattcttgaacctttcaaacaaccaccttgagggagtcatacctacgggtcaacaatttgctacatttgaaaatgattcctatgaag 37434639  T
Q  215 gaaatacaatgttgtgtggattcccattgtctaaatcatgtaaaaa 260  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37434638 gaaatacaatgttatgtggattcccattgtctaaatcatgcaaaaa 37434593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 43 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 37638846 - 37638601
Alignment:
Q  43 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 142  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37638846 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgaagggtgagattcctgtggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaccttt 37638747  T
Q  143 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 242  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37638746 cacaaaaccatcttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatgattcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaatt 37638647  T
Q  243 gtctaaatcatgtaaaaatgatgaatatcggtcaccatattcaaca 288  Q
    |||||||||||| |||||||| ||| ||| | ||||  ||||||||    
T  37638646 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaaca 37638601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 43 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 37710607 - 37710362
Alignment:
Q  43 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 142  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37710607 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgaagggtgagattcctgtggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaccttt 37710508  T
Q  143 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 242  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37710507 cacaaaaccatcttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatgattcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggatttccatt 37710408  T
Q  243 gtctaaatcatgtaaaaatgatgaatatcggtcaccatattcaaca 288  Q
    |||||||||||| |||||||| ||| ||| | ||||  ||||||||    
T  37710407 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaaca 37710362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 43 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 37823004 - 37822759
Alignment:
Q  43 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 142  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37823004 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgaagggtgagattcctgtggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaccttt 37822905  T
Q  143 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 242  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  37822904 cacaaaaccatcttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatgattcttttgaaggaaatacaatgttatgtggatttccatt 37822805  T
Q  243 gtctaaatcatgtaaaaatgatgaatatcggtcaccatattcaaca 288  Q
    |||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||  ||||||||    
T  37822804 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcggccacctcattcaaca 37822759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 43 - 288
Target Start/End: Original strand, 37402058 - 37402303
Alignment:
Q  43 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 142  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37402058 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgacgggtgagattcctgaggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaccttt 37402157  T
Q  143 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 242  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37402158 cacaaaaccatcttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttgaaaatgattcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaatt 37402257  T
Q  243 gtctaaatcatgtaaaaatgatgaatatcggtcaccatattcaaca 288  Q
    |||||||||||| |||||||| ||| ||| | ||||  ||||||||    
T  37402258 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaaca 37402303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 35 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 37428163 - 37427905
Alignment:
Q  35 tgagtaaattgagacatttggggtggttggacctctcaaggaacca---aat--gacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctca 129  Q
    |||||||  ||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||   |||  ||| ||||||||||| |  ||||||  ||||||||||||||| |||    
T  37428163 tgagtaatctgagaaacttggagtggttggacctctcaaggaaccatttaatttgacaggtgagattcccaccgctttggaaaatttgaatttcctatca 37428064  T
Q  130 ttcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgt 229  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |    
T  37428063 ttcttgaatctctcacaaaaccaccttgagggaatcatacctaccggccaacagtttgatacatttggaaatgattcctatgaagggaatacaatgttat 37427964  T
Q  230 gtggattcccattgtctaaatcatgtaaaaatgatgaatatcggtcaccatattcaaca 288  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||| |||   ||||| ||||||||    
T  37427963 gtggattcatattgtctaaatcatgcaaaaatgatgaagatcaaccaccacattcaaca 37427905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 43 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 37695695 - 37695471
Alignment:
Q  43 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 142  Q
    |||||| | |||| |||||||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37695695 ttgagaaaattggagtggttggacctctcatgtaaccaattgacgggagagattcctgtggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaacttt 37695596  T
Q  143 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  37695595 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacgtttggaaatgattcctatgaagggaatactatgttatgtggattcccatt 37695496  T
Q  243 gtctaaatcatgtaaaaatgatgaa 267  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||    
T  37695495 gtctagattatgcaaaaatgatgaa 37695471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 35 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 37440178 - 37439916
Alignment:
Q  35 tgagtaaattgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattctt 134  Q
    |||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||  |  |||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  37440178 tgagtaaattgagaaatttagagtggtcggacctctcaagaaaccaattgaccggtgaaattcccgtgactttgacaaatttgaatttcctctctgtctt 37440079  T
Q  135 gaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtgga 234  Q
     || |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  37440078 aaacctttcacaaaaccaccatgagggaatcatacctgcaggtcaacagtttggtacatttggaaatgattcctatgaagggaatacaatgttatgtgga 37439979  T
Q  235 ttcccattgtctaaatcatgtaaaaatgatgaatatcggtcaccatattcaacacttgatgat 297  Q
    |  |||||||||||  |||| |||||||| ||| |||   ||||||||||||||  |||||||    
T  37439978 tatccattgtctaagccatgcaaaaatgaggaagatcttccaccatattcaacaactgatgat 37439916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 17 - 287
Target Start/End: Original strand, 16846695 - 16846966
Alignment:
Q  17 aggtaccattccaatatct--gagtaaattgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaat 114  Q
    |||||||||||||  ||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||    
T  16846695 aggtaccattccacaatctttgagtaaattgagacatttggagtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggagagattcctgtggctttgacaaat 16846794  T
Q  115 ttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaag 214  Q
    ||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  16846795 ttgaatttcctttctttcttgaacctttcaaaaaaccaccttgagggagtcatacctacaggtcaacaattttctacatttggaaatgattcctatgaag 16846894  T
Q  215 gaaatacaatgttgtgtggattcccattgtctaaatcatgtaaaaatgatgaatatcggtcaccatattcaac 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||| ||| | ||||| |||||||    
T  16846895 gaaatacaatgttgtgtggattcccatcgtctaaatcat-aaaaaatgaggaagatctgccaccacattcaac 16846966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 14 - 287
Target Start/End: Original strand, 24218760 - 24219035
Alignment:
Q  14 cataggtaccattccaatatct--gagtaaattgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgaca 111  Q
    ||||||||||||||||  ||||  |||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||| ||| |  |||  ||| |||||||||| |||||||||    
T  24218760 cataggtaccattccacaatctttgagtaatttgcgaaatttggagtggttggacctctcaagaaacaacttgagtggtaagattcctatggctttgaca 24218859  T
Q  112 aatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatg 211  Q
    ||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||| |||||||||    
T  24218860 aatttgaatttcctctcttttttaaacctttcacaaaaccatctcaagggaatcatacctaccggccaacaatttaacacatttggaaatgattcctatg 24218959  T
Q  212 aaggaaatacaatgttgtgtggattcccattgtctaaatcatgtaaaaatgatgaatatcggtcaccatattcaac 287  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  24218960 aaggaaatgcaatgttatgtggatttccattgtcaaaatcatgcaaaaatgatgaagatcggccaccatattcaac 24219035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 43 - 288
Target Start/End: Original strand, 16844056 - 16844301
Alignment:
Q  43 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 142  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||| |   |||||| |||||||||||||||| || ||||| || ||||    
T  16844056 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgacgggagagattcttgaggctttggcaaatttgaatttcctttctttcttaaaccttt 16844155  T
Q  143 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 242  Q
    ||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  16844156 cacaaaaccactttaaaggaatcatacctacaggtcaacaatttaatacatttggaaatgattcctatcaagggaatacaatgttgtgtggattgccatt 16844255  T
Q  243 gtctaaatcatgtaaaaatgatgaatatcggtcaccatattcaaca 288  Q
     ||||| ||||| |||||||| ||| ||| | ||| | ||||||||    
T  16844256 ctctaattcatgcaaaaatgaggaagatctgccacaacattcaaca 16844301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University