View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1354_low_6 (Length: 340)

Name: NF1354_low_6
Description: NF1354
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1354_low_6
NF1354_low_6
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (11-311)||(31562272-31562578)
chr6 (42-286)||(33304829-33305076)
chr6 (68-289)||(33272178-33272399)
chr6 (59-289)||(9167138-9167368)
chr6 (92-289)||(33644079-33644276)
chr6 (92-289)||(28869677-28869873)
chr6 (96-289)||(33057965-33058158)
chr6 (92-289)||(33263033-33263230)
chr6 (92-289)||(33388468-33388665)
chr6 (42-289)||(33285894-33286141)
chr6 (92-289)||(33410361-33410558)
chr6 (90-286)||(33359116-33359312)
chr6 (92-260)||(33399353-33399521)
chr6 (186-289)||(33399519-33399622)
[»] scaffold1408 (1 HSPs)
scaffold1408 (98-277)||(1057-1236)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (98-277)||(6803-6982)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (49-289)||(17440308-17440548)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (92-231)||(31498588-31498727)
chr4 (189-289)||(31503643-31503743)
chr4 (221-289)||(31478490-31478558)
chr4 (69-164)||(31032510-31032605)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 11 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 31562578 - 31562272
Alignment:
Q  11 caaaggcaacaagtatgtgtctgttgaatcttgtgatgcactttcacttatatcaggcttcttcaaatgcattggatcatcaaacactttggaacagcca 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31562578 caaaggcaacaagtatgtgtctgttgaatcttgtgatgcactttcacttatatcaggcttcttcaaatgcattggatcatcaaacactttggaacagcca 31562479  T
Q  111 cgcatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgctttccagactatagcagccgtctaaattcaagtaagaaagcttttcta 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31562478 cgcatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgctttccagactatagcagccgtctaaattcaagtaagaaagcttttcta 31562379  T
Q  211 gaagtccaatagatggatccatctccacaaggtttatacattcttccaaacttagccactcaagattcgggaactctc------ctattatctttacaag 304  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||      ||||||||||||||||    
T  31562378 gaagtccaatagatggatccaactccacaaggtttatacattcttccaaacttagccactcaagattcgggaacgctccaaaatctattatctttacaag 31562279  T
Q  305 atttatg 311  Q
    |||||||    
T  31562278 atttatg 31562272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 42 - 286
Target Start/End: Original strand, 33304829 - 33305076
Alignment:
Q  42 tgtgatgcactttcacttatatcaggcttc---ttcaaatgcattggatcatcaaacactttggaacagccacgcatatttagatcttcaagagagctaa 138  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||  | ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  33304829 tgtgatgcactttcacttatatcatgcttcttcttcaaatgcattggatttttaaacactttggaacatccatacatatttagatcttcaagagagctaa 33304928  T
Q  139 gactgaatatgttgttgggtatgctttccagactatagcagccgtctaaattcaagtaagaaagcttttctagaagtccaatagatggatccatctccac 238  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| | ||| | | |||  | | |||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33304929 gactgaatatgttattgggtatgcttactagatttttgcattcatataaattcaagtaaacaagctttcttagaagtccaatagatggatccaactccac 33305028  T
Q  239 aaggtttatacattcttccaaacttagccactcaagattcgggaactc 286  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  33305029 aaggtttatacatccttccaaatttagcttctcaagattcgggaactc 33305076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 68 - 289
Target Start/End: Original strand, 33272178 - 33272399
Alignment:
Q  68 cttcttcaaatgcattggatcatcaaacactttggaacagccacgcatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgctttcc 167  Q
    ||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||| |     
T  33272178 cttcttcaaatgcattggattgttaaacactttagaacaaccacgcatatttagatcttcaagagagcaaagatcaaatatgttgttgggtatgcttact 33272277  T
Q  168 agactatagcagccgtctaaattcaagtaagaaagcttttctagaagtccaatagatggatccatctccacaaggtttatacattcttccaaacttagcc 267  Q
    ||| | | |||    | |||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  |||||||| ||| ||    
T  33272278 agatttttgcaattttttaaattcaagtaaacaagctttcttagaagtccaatagatggatccaactccacaagatttttacacccttccaaatttaacc 33272377  T
Q  268 actcaagattcgggaactctcc 289  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  33272378 actcaagattcgggaactctcc 33272399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 59 - 289
Target Start/End: Original strand, 9167138 - 9167368
Alignment:
Q  59 tatatcaggcttcttcaaatgcattggatcatcaaacactttggaacagccacgcatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttgttgggt 158  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9167138 tatatcaggcttcttcaaatgccttgaatcgtcaaacaatttggaacagccacacatatttagatctttaagagagctaagaccgaatatgttgttgggt 9167237  T
Q  159 atgctttccagactatagcagccgtctaaattcaagtaagaaagcttttctagaagtccaatagatggatccatctccacaaggtttatacattcttcca 258  Q
    || |||   ||| |    ||  | | || ||||||||||  |||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||| ||||||    
T  9167238 attcttattagatttccacaatcttttacattcaagtaaacaagctttcttagaagtccaagagatggatccaactccacaagttttacacatccttcca 9167337  T
Q  259 aacttagccactcaagattcgggaactctcc 289  Q
    ||  || ||||||||||||||| ||| ||||    
T  9167338 aatctaaccactcaagattcggaaaccctcc 9167368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 92 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 33644276 - 33644079
Alignment:
Q  92 aaacactttggaacagccacgcatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgctttccagactatagcagccgtctaaattc 191  Q
    ||||||||||||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |  ||  | | || ||||    
T  33644276 aaacactttggaacaaccacccaaatttagatcttgaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgcttaccagattttcacaatcttttacattc 33644177  T
Q  192 aagtaagaaagcttttctagaagtccaatagatggatccatctccacaaggtttatacattcttccaaacttagccactcaagattcgggaactctcc 289  Q
    ||||||  |||||||  || |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||  ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33644176 aagtaaacaagctttcttaaaagtccaatagataaatccaactccacaaggtttacgcatccttccaaatttaaccactcaagattcgggaactctcc 33644079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 92 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 28869873 - 28869677
Alignment:
Q  92 aaacactttggaacagccacgcatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgctttccagactatagcagccgtctaaattc 191  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||  ||| | | | ||||||| |||| |||||||    
T  28869873 aaacactttggaacagccagacatatttagatcttcaagagagttaagaccgaatatgttgttgg-tacacttactatattatagcaaccgtttaaattc 28869775  T
Q  192 aagtaagaaagcttttctagaagtccaatagatggatccatctccacaaggtttatacattcttccaaacttagccactcaagattcgggaactctcc 289  Q
    |||||   |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| |||  |||||  ||||||||| |||||||||||    
T  28869774 aagtatacaagctttcttagaagtccaatagatggatccaactcaacaaggtttatacactctttcaactttagcttctcaagatttgggaactctcc 28869677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 96 - 289
Target Start/End: Original strand, 33057965 - 33058158
Alignment:
Q  96 actttggaacagccacgcatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgctttccagactatagcagccgtctaaattcaagt 195  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||| | |||  | | ||  |||||||    
T  33057965 actttggaacagccacacatatttaggtattgaagagagctaagaccgaatatgttgttgggtatgctaactagacttttgcaatcttttaggttcaagt 33058064  T
Q  196 aagaaagcttttctagaagtccaatagatggatccatctccacaaggtttatacattcttccaaacttagccactcaagattcgggaactctcc 289  Q
    ||  |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||  ||  | |||||||||||||||||||||    
T  33058065 aaacaagctttcttagaagtccaatagatggatccaactcaacaaggtttatacatccttccaaatctaaacgctcaagattcgggaactctcc 33058158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 92 - 289
Target Start/End: Original strand, 33263033 - 33263230
Alignment:
Q  92 aaacactttggaacagccacgcatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgctttccagactatagcagccgtctaaattc 191  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| |||| ||||||||| | ||  |||||||    |||||||||    
T  33263033 aaacactttggaacagcaactgatatttagatcttcaagagagcccagaccgaatatggtgttcggtatgcttacaaggttatagcaattttctaaattc 33263132  T
Q  192 aagtaagaaagcttttctagaagtccaatagatggatccatctccacaaggtttatacattcttccaaacttagccactcaagattcgggaactctcc 289  Q
    ||||||  ||| |||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||    
T  33263133 aagtaaacaagatttcttagaagtccaatagatggatccaactcaacaagatttgtacatccttccaaatttaaccactcaagatttgggaactctcc 33263230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 92 - 289
Target Start/End: Original strand, 33388468 - 33388665
Alignment:
Q  92 aaacactttggaacagccacgcatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgctttccagactatagcagccgtctaaattc 191  Q
    |||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| | ||| |   ||| || || ||||||    
T  33388468 aaacgctttggaacaaccacatatatttagatcttcaagagagctaagaccggatatgttgttgggtatgcttactagatttacgcaaccttccaaattc 33388567  T
Q  192 aagtaagaaagcttttctagaagtccaatagatggatccatctccacaaggtttatacattcttccaaacttagccactcaagattcgggaactctcc 289  Q
    ||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||   ||||  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33388568 aagtaaacaagctttcttagaagtccaatagatggatctaactcaacaaggttcgcacataattccaaatttaaccactcaagattcgggaactctcc 33388665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 42 - 289
Target Start/End: Original strand, 33285894 - 33286141
Alignment:
Q  42 tgtgatgcactttcacttatatcaggcttcttcaaatgcattggatcatcaaacactttggaacagccacgcatatttagatcttcaagagagctaagac 141  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| | || |||    |||| |||||  ||||   | ||||| ||||| || ||||||||| ||||    
T  33285894 tgtgatgcactttcacttatatccgggttcttcaaatccctttgattggtaaacgctttgtgacagttccacatatatagatatttaagagagcttagac 33285993  T
Q  142 tgaatatgttgttgggtatgctttccagactatagcagccgtctaaattcaagtaagaaagcttttctagaagtccaatagatggatccatctccacaag 241  Q
     |||||||||||||||||||||| | ||| | | |||  | | |||||||||||||  ||| |||  ||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  33285994 cgaatatgttgttgggtatgcttacaagatttttgcaatcttttaaattcaagtaaacaaggtttcttagaagtccaatagatggatccaactccaaaag 33286093  T
Q  242 gtttatacattcttccaaacttagccactcaagattcgggaactctcc 289  Q
    | | |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33286094 gctgatacatccttccaaatttaaccactcaagattcgggaactctcc 33286141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 92 - 289
Target Start/End: Original strand, 33410361 - 33410558
Alignment:
Q  92 aaacactttggaacagccacgcatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgctttccagactatagcagccgtctaaattc 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | | | |   |||   ||| ||||||    
T  33410361 aaacactttggaacagccacacatatatagatcttcaagagagctaagacagaatatgctgttgggtatgcttactaaatttatgcaatagtccaaattc 33410460  T
Q  192 aagtaagaaagcttttctagaagtccaatagatggatccatctccacaaggtttatacattcttccaaacttagccactcaagattcgggaactctcc 289  Q
    ||||||  |||||||  |||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||  ||||  ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||    
T  33410461 aagtaaacaagctttcttagaagtccaatcgatgaatccaactccacaagtttttcacatctttccaaatttaacgactcaagattcgggaactctcc 33410558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 90 - 286
Target Start/End: Original strand, 33359116 - 33359312
Alignment:
Q  90 tcaaacactttggaacagccacgcatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgctttccagactatagcagccgtctaaat 189  Q
    ||||||||||||||||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||| | | | |  | | ||| |    
T  33359116 tcaaacactttggaacaaccgcacatattttgatcttcaagagagctaagaccaaatatgttgttgggtatgcttactagatttttgtaatcttttaagt 33359215  T
Q  190 tcaagtaagaaagcttttctagaagtccaatagatggatccatctccacaaggtttatacattcttccaaacttagccactcaagattcgggaactc 286  Q
    ||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||| ||| |||| |||||   |||||||||||||||||    
T  33359216 tcaagtaaacaagcttttttagaagtccaagagatggatccaactccacaagttttacacatcctttcaaatttagcttttcaagattcgggaactc 33359312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 92 - 260
Target Start/End: Original strand, 33399353 - 33399521
Alignment:
Q  92 aaacactttggaacagccacgcatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgctttccagactatagcagccgtctaaattc 191  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| | |  ||  | | || ||||    
T  33399353 aaacactttggaacagccattcatatttagatattcaagagagctaagatcgaatatgttgttgggtatgcttaccagattttcacaatcttttacattc 33399452  T
Q  192 aagtaagaaagcttttctagaagtccaatagatggatccatctccacaaggtttatacattcttccaaa 260  Q
    ||| ||  |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| || |||||    
T  33399453 aagcaaacaagctttcttagaagtccaatagatggatccaactccacaagttttttacatcctcccaaa 33399521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 186 - 289
Target Start/End: Original strand, 33399519 - 33399622
Alignment:
Q  186 aaattcaagtaagaaagcttttctagaagtccaatagatggatccatctccacaaggtttatacattcttccaaacttagccactcaagattcgggaact 285  Q
    ||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||  |||||||  || |||||||||||| |||||||    
T  33399519 aaattcaagtaaacaagctttcttagaagtccaatagatggatccaactcaacaaggttcttacataattccaaatctaaccactcaagatttgggaact 33399618  T
Q  286 ctcc 289  Q
    ||||    
T  33399619 ctcc 33399622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1408 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold1408
Description:

Target: scaffold1408; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 98 - 277
Target Start/End: Original strand, 1057 - 1236
Alignment:
Q  98 tttggaacagccacgcatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgctttccagactatagcagccgtctaaattcaagtaa 197  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| |  |||||||||||||||    
T  1057 tttggaacatccagacatatttagatatttaagagagctaagaccgaatatgttgttgggtatgcttactagattatagcaacgctctaaattcaagtaa 1156  T
Q  198 gaaagcttttctagaagtccaatagatggatccatctccacaaggtttatacattcttccaaacttagccactcaagatt 277  Q
      |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||    
T  1157 acaagctttcttagaagtccaatagatggatccaactccacaagttttatacatctttccaaatttaaccactcaagatt 1236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 98 - 277
Target Start/End: Original strand, 6803 - 6982
Alignment:
Q  98 tttggaacagccacgcatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgctttccagactatagcagccgtctaaattcaagtaa 197  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| |  |||||||||||||||    
T  6803 tttggaacatccagacatatttagatatttaagagagctaagaccgaatatgttgttgggtatgcttactagattatagcaacgctctaaattcaagtaa 6902  T
Q  198 gaaagcttttctagaagtccaatagatggatccatctccacaaggtttatacattcttccaaacttagccactcaagatt 277  Q
      |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||    
T  6903 acaagctttcttagaagtccaatagatggatccaactccacaagttttatacatctttccaaatttaaccactcaagatt 6982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 89; Significance: 7e-43; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 49 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 17440548 - 17440308
Alignment:
Q  49 cactttcacttatatcaggcttcttcaaatgcattggatcatcaaacactttggaacagccacgcatatttagatcttcaagagagctaagactgaatat 148  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||| ||    |||||||||| |||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  17440548 cactttcacttataccaggcgtcgtcaaatgccttgaatttgtaaacactttgaaacaacatcgcatatttagatattcaagagagctaagacagaatat 17440449  T
Q  149 gttgttgggtatgctttccagactatagcagccgtctaaattcaagtaagaaagcttttctagaagtccaatagatggatccatctccacaaggtttata 248  Q
    |||||||||||||||| | ||| |||||||  | | ||| |||||||||  |||||||  |||||||||||| ||||||||||  ||||||||  ||  |    
T  17440448 gttgttgggtatgcttactagattatagcaatcttttaagttcaagtaaacaagctttcttagaagtccaattgatggatccaattccacaagtctttca 17440349  T
Q  249 cattcttccaaacttagccactcaagattcgggaactctcc 289  Q
    ||| |||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||    
T  17440348 catccttccaaatttaaccactcaagatttgggaactctcc 17440308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 48; Significance: 2e-18; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 92 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 31498727 - 31498588
Alignment:
Q  92 aaacactttggaacagccacgcatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgctttccagactatagcagccgtctaaattc 191  Q
    |||||||| |||||| |||| |||||||||||||| |||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||| | ||| | | |||  | | |||||||    
T  31498727 aaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagaaagctgagaccaaatatgttgttgggtatgcttacaagattcttgcaatcttttaaattc 31498628  T
Q  192 aagtaagaaagcttttctagaagtccaatagatggatcca 231  Q
    ||| ||  || ||||  |||||||||||||||||||||||    
T  31498627 aaggaaacaatctttcttagaagtccaatagatggatcca 31498588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 189 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 31503743 - 31503643
Alignment:
Q  189 ttcaagtaagaaagcttttctagaagtccaatagatggatccatctccacaaggtttatacattcttccaaacttagccactcaagattcgggaactctc 288  Q
    |||||||||  |||||||  |||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||    
T  31503743 ttcaagtaaacaagctttgttagaagaccaatagatggatctatctgcacaagttttatacatccttccagatctagccgctcaaggttcgggaactctc 31503644  T
Q  289 c 289  Q
    |    
T  31503643 c 31503643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 221 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 31478558 - 31478490
Alignment:
Q  221 agatggatccatctccacaaggtttatacattcttccaaacttagccactcaagattcgggaactctcc 289  Q
    ||||||||||| || |||||| ||||||||| |||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||    
T  31478558 agatggatccaactgcacaagttttatacatccttccagatctagccgctcaagattcgggaactctcc 31478490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 69 - 164
Target Start/End: Original strand, 31032510 - 31032605
Alignment:
Q  69 ttcttcaaatgcattggatcatcaaacactttggaacagccacgcatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgctt 164  Q
    |||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||| ||    | |||||||| || ||||||| | ||||  |||||||||||||||||||||    
T  31032510 ttcttcaattgcattggattgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagaggtgagaccaaatatgttgttgggtatgctt 31032605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University