View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1355_1D_low_5 (Length: 470)

Name: NF1355_1D_low_5
Description: NF1355_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1355_1D_low_5
NF1355_1D_low_5
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (1-458)||(16868284-16868741)
chr6 (23-458)||(17068948-17069383)
chr6 (23-453)||(16796611-16797041)
chr6 (34-458)||(16657465-16657889)
chr6 (111-453)||(16780629-16780971)
chr6 (30-453)||(16787416-16787839)
chr6 (34-453)||(16986907-16987326)
chr6 (29-453)||(18873479-18873903)
chr6 (28-453)||(18806485-18806910)
chr6 (117-359)||(16843342-16843584)
chr6 (291-343)||(18870505-18870557)
chr6 (426-458)||(16837525-16837557)
chr6 (168-232)||(18870616-18870680)
[»] scaffold0144 (1 HSPs)
scaffold0144 (34-458)||(36943-37367)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (25-453)||(38939648-38940076)
chr3 (29-453)||(7053555-7053979)
[»] scaffold0133 (3 HSPs)
scaffold0133 (25-453)||(17499-17927)
scaffold0133 (30-453)||(12298-12721)
scaffold0133 (100-453)||(8026-8379)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (29-453)||(8599-9023)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-453)||(13377529-13377963)
[»] scaffold0230 (1 HSPs)
scaffold0230 (28-453)||(4119-4544)
[»] scaffold0511 (1 HSPs)
scaffold0511 (28-394)||(8800-9166)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 16868741 - 16868284
Alignment:
Q  1 taatcaatatttctatcagtaccaaagcaacttatatggtgaactctacttgacagattagttaagctttcagcctcataagacacactttgttctccta 100  Q
    |||||||  ||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || || || |||||| |    
T  16868741 taatcaaattttctcttagtatcaaagcaacttatatggtgaactctacttgacagattagctaagctttcagcctcaaaagccatacattcttctccaa 16868642  T
Q  101 taacagacttagctaaatcatggactaaatcatgcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  16868641 taacagacttagctaaatcatggactaaatcatgcattttgaatgtaatgttacctactaaatctgatttgatttcttgaaaaaatgacctttgatataa 16868542  T
Q  201 ttcatcccatatctcattaccaacatgctccatctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcacc 300  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||  ||    
T  16868541 ttcattccatacctcattaccaacatgctccatctgtaagtttcctctagatgtaacaagtccattagccatccaaagttgaatgaaaaattccttttcc 16868442  T
Q  301 atttcaaaatccttaggaaaaacagcacagaaagtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16868441 atttcaaaatccttaggaaaaacagcacaaaaagtaaaacatggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggt 16868342  T
Q  401 tatcatcagctaaattccaaaactcactttccaccacagaaatccattgatgtccatc 458  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  16868341 tatcatctgctaaattccaaaactcactttccaccacagaagtccattgatgttcatc 16868284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 458
Target Start/End: Original strand, 17068948 - 17069383
Alignment:
Q  23 caaagcaacttatatggtgaactctacttgacagattagttaagctttcagcctcataagacacactttgttctcctataacagacttagctaaatcatg 122  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17068948 caaagcaacctatatggtgagctctagttgacagattagttaagcttttaggctcagaagccacacattcttctccaataacagacttagctaaatcatg 17069047  T
Q  123 gactaaatcatgcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctcattacca 222  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17069048 gactaaatcatgcattttaaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctcattacca 17069147  T
Q  223 acatgctccatctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaa 322  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17069148 acatgctccatctgtaaattacctctagatgtaacaaatccattagccatccaaagatgaatgagcctttccttcaccattacaaaatccttaggaaaaa 17069247  T
Q  323 cagcacagaaagtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggttatcatcagctaaattccaaaa 422  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||||||||||    
T  17069248 caacacagaaagtaaaacatggcctcaatgacaatttcaagttatagtagcttagtctcaaagcagacatgacagggttctcatcgtctaaattccaaaa 17069347  T
Q  423 ctcactttccaccacagaaatccattgatgtccatc 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17069348 ctcactttccaccacagaaatccattgatgttcatc 17069383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 453
Target Start/End: Original strand, 16796611 - 16797041
Alignment:
Q  23 caaagcaacttatatggtgaactctacttgacagattagttaagctttcagcctcataagacacactttgttctcctataacagacttagctaaatcatg 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| | |||||||||||||||||||||||    
T  16796611 caaagcaacttatatggtgaactctacttgacagattagttaagctttcagcctcataagccacacattcttctaccataacagacttagctaaatcatg 16796710  T
Q  123 gactaaatcatgcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctcattacca 222  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16796711 cactaaatcatgcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatcccattacca 16796810  T
Q  223 acatgctccatctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaa 322  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16796811 acatgctccatctgtaaattacctctagatgtaacaagtccattagccatccaaagatgaatgagatgttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaa 16796910  T
Q  323 cagcacagaaagtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggttatcatcagctaaattccaaaa 422  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | | | | | | || ||||||||||||    
T  16796911 cagcgcagaaagtaaaacatggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagcttagtgtcaaagcagacatgatacgatcaacctgaggtaaattccaaaa 16797010  T
Q  423 ctcactttccaccacagaaatccattgatgt 453  Q
     ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  16797011 ttcactttccagtacagaaatccattgatgt 16797041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 34 - 458
Target Start/End: Original strand, 16657465 - 16657889
Alignment:
Q  34 atatggtgaactctacttgacagattagttaagctttcagcctcataagacacactttgttctcctataacagacttagctaaatcatggactaaatcat 133  Q
    ||||||||||||||| ||| || |||||| ||  ||  | | ||| |||| |||| || |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16657465 atatggtgaactctaattggcaaattagtcaactttgaaacatcacaagagacacattcttctcccataatagactgagctaaatcatggactaaatcat 16657564  T
Q  134 gcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctcattaccaacatgctccat 233  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  16657565 gcattttaaatgtaatgttacctactaaatctgattcgacttcttgaaaaaatgacctttgatataattcattccatacctcattaccaacatgctccat 16657664  T
Q  234 ctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaacagcacagaaa 333  Q
    |||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||  | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  16657665 ctgtaagtttcctctagatataacaagtccattagccatccaaagtttaatgagttcttccttatccatttcaaaatccttaggaaaaacagcacaaaaa 16657764  T
Q  334 gtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggttatcatcagctaaattccaaaactcactttcca 433  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16657765 gtaaaacatggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggttatcatcagctaaattccaaaactcactttcca 16657864  T
Q  434 ccacagaaatccattgatgtccatc 458  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
T  16657865 ccacagaaatccattgatgttcatc 16657889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 111 - 453
Target Start/End: Original strand, 16780629 - 16780971
Alignment:
Q  111 agctaaatcatggactaaatcatgcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16780629 agctaaatcatggactaaatcatgcattttgaatgtaatgttacctacaaaatctgatttaacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcattccat 16780728  T
Q  211 atctcattaccaacatgctccatctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcaccatttcaaaat 310  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16780729 acctcattaccaacatgctccatctgtaagtttcctctagatgtaacaagtccattagccatccaaagttgaatgagattttccttcaccatttcaaaat 16780828  T
Q  311 ccttaggaaaaacagcacagaaagtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggttatcatcagc 410  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| ||||     
T  16780829 ccttaggaaaaacagcacaaaaagtaaaacacggccttaaggacaaattcaaattaaagtagcttagtctcaaagcagacatgatagggttatcctcaga 16780928  T
Q  411 taaattccaaaactcactttccaccacagaaatccattgatgt 453  Q
    ||| ||||||| ||||||||||   ||||||| ||||||||||    
T  16780929 taacttccaaagctcactttcctttacagaaagccattgatgt 16780971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 30 - 453
Target Start/End: Original strand, 16787416 - 16787839
Alignment:
Q  30 acttatatggtgaactctacttgacagattagttaagctttcagcc-tcataagacacactttgttctcctataacagacttagctaaatcatggactaa 128  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | |||||| || |||| || | |||||||| | || || |||||| |||| ||||| | ||||||||||||  ||    
T  16787416 acttatatggtgaactctaattgaaaaattagtcaa-ctttgagacatcataagaaatacattcttctcccataaaagactgacctaaatcatggataaa 16787514  T
Q  129 atcatgcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctcattaccaacatgc 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  16787515 atcatgcattttgaatgtaatgttaccaacaaaatctgatttaacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcattccatacctcattaccaacatcc 16787614  T
Q  229 tccatctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaacagcac 328  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  16787615 tccatctgtaagtttcctctagatgtaacaagtccattagccatccaaagatgaatgagattttccttcaccatttcaaaatccttgggaaaaacagcgc 16787714  T
Q  329 agaaagtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggttatcatcagctaaattccaaaactcact 428  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | | | ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  16787715 agaaggtaaaacatggcctcaaggacaatttcaagttaaagtagcttagtctcaaaacagacatgataggatcatcctcagttaaattccaaaactcact 16787814  T
Q  429 ttccaccacagaaatccattgatgt 453  Q
    |||||  ||||||||||||||||||    
T  16787815 ttccagtacagaaatccattgatgt 16787839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 34 - 453
Target Start/End: Original strand, 16986907 - 16987326
Alignment:
Q  34 atatggtgaactctacttgacagattagttaagctttcagcctcataagacacactttgttctcctataacagacttagctaaatcatggactaaatcat 133  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||| ||  ||  | | |||||||| | || || |||||| |||| ||| | ||||||||||||||  |||||||    
T  16986907 atatggtgaactctaattgacaaattagtcaactttgaaacatcataagaaatacattcttctcccataatagattgagctaaatcatggataaaatcat 16987006  T
Q  134 gcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctcattaccaacatgctccat 233  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||  |||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  16987007 gcattttgaatgtaatgttacctgttaaatcagatttaacttcttgaaaaaatgatctttgccataattgattccatacctcatcaccaacatgctccat 16987106  T
Q  234 ctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaacagcacagaaa 333  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16987107 ctgtaaattacctctagatgtaacaagtccattagccatccaaagatgaatgagatcttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaacagcacagaag 16987206  T
Q  334 gtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggttatcatcagctaaattccaaaactcactttcca 433  Q
    |||||||| ||||| | ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||| | | | ||| |||| ||||||||||| |||||||||||    
T  16987207 gtaaaacatggccttagtgacaatttcatgttgaagtagcttagtctcaaagcagaaatgataggatcatcctcaggtaaattccaaatctcactttcca 16987306  T
Q  434 ccacagaaatccattgatgt 453  Q
      ||||||||||||||||||    
T  16987307 gtacagaaatccattgatgt 16987326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 29 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 18873903 - 18873479
Alignment:
Q  29 aacttatatggtgaactctacttgacagattagttaagctttcagcctcataagacacactttgttctcctataacagacttagctaaatcatggactaa 128  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| |||||| ||||||| | | ||| ||| || || || ||||||| |||  |||| |||||||||||| | |||    
T  18873903 aacttatatggtgaactctaccagacaaattagtcaagcttttatcatcaaaagccatacattcttctcctgtaatggactgagctaaatcatgaattaa 18873804  T
Q  129 atcatgcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctcattaccaacatgc 228  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||   |  ||| | ||||||||||||||||||||| ||    |||||||||| ||| |  || | ||||||||||    
T  18873803 atcatgcattttgaatgtaacctcaccctttttatcagttttgacttcttgaaaaaatgatctcgcatataattcattccacacttcttgaccaacatgc 18873704  T
Q  229 tccatctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaacagcac 328  Q
    |||| || ||| || ||    || |  |  | ||||||||||| ||| || || || |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18873703 tccacctctaaatttccaacggaagagatgaatccattagccaaccaaagatggatcagttcttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaaccgcac 18873604  T
Q  329 agaaagtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggttatcatcagctaaattccaaaactcact 428  Q
    | |||||||||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||| | | || || || | |||  ||||||||| |||    
T  18873603 aaaaagtaaaacacagcctcagtgataatttcaaattaaagtagctgagtctcaatacagacatgataggattgtcctcggataagctccaaaacttact 18873504  T
Q  429 ttccaccacagaaatccattgatgt 453  Q
    ||||   ||||||| ||||||||||    
T  18873503 ttcctttacagaaagccattgatgt 18873479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 28 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 18806910 - 18806485
Alignment:
Q  28 caacttatatggtgaactctacttgacagattagttaagctttcagcctcataagacacactttgttctcctataacagacttagctaaatcatggacta 127  Q
    ||||||||||||||||||||||  | || |||||| ||||||| | | ||| ||| || || || ||||||| |||  |||| |||||||||||| | ||    
T  18806910 caacttatatggtgaactctaccagtcaaattagtcaagcttttatcatcaaaagccatacattcttctcctgtaatggactgagctaaatcatgaatta 18806811  T
Q  128 aatcatgcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctcattaccaacatg 227  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||   |  ||| | ||| ||||||||||||||||| ||    |||||||||| ||| |  || | |||||||||    
T  18806810 aatcatgcattttgaatgtaacctcaccctttttatcagtttttacttcttgaaaaaatgatctcgcatataattcattccacacttcttgaccaacatg 18806711  T
Q  228 ctccatctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaacagca 327  Q
    ||||| || ||| || ||    || |  |  | ||||||||||| ||| || || || |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  18806710 ctccacctctaaatttccaacggaagagatgaatccattagccaaccaaagatggatcagttcttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaaccgca 18806611  T
Q  328 cagaaagtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggttatcatcagctaaattccaaaactcac 427  Q
    || |||||||||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| | | || || || | |||  ||||||||| ||    
T  18806610 caaaaagtaaaacacagcctcagtgataatttcaaattaaagtagctgagtctcaaaacagacatgataggattgtcctcggataagctccaaaacttac 18806511  T
Q  428 tttccaccacagaaatccattgatgt 453  Q
    |||||   ||||||| ||||||||||    
T  18806510 tttcctttacagaaagccattgatgt 18806485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 117 - 359
Target Start/End: Original strand, 16843342 - 16843584
Alignment:
Q  117 atcatggactaaatcatgcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctca 216  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||  |||||| ||  || || || |||||||||||||||||| || ||||||| ||||| ||| | ||||    
T  16843342 atcatggaatatatcatgcattttgaatgtaactttaccttcttcatgtgtttcgacttcttgaaaaaatgatctctggtatagttcattccacacctca 16843441  T
Q  217 ttaccaacatgctccatctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcaccatttcaaaatccttag 316  Q
    || ||||| | |||||||| ||| || ||||| || | || || |||||| |||||||| || ||||| | || ||||||||||||| ||||||| ||||    
T  16843442 ttgccaacctcctccatctctaaatttcctctggaggaaataaatccatttgccatccaaagatgaattacatcttccttcaccattacaaaatctttag 16843541  T
Q  317 gaaaaacagcacagaaagtaaaacacggcctcaatgacaattt 359  Q
    |||| |||||||| || |||||||| ||| ||||||| |||||    
T  16843542 gaaatacagcacaaaatgtaaaacatggcttcaatgataattt 16843584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 291 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 18870557 - 18870505
Alignment:
Q  291 ttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaacagcacagaaagtaaaacacg 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||||||||    
T  18870557 ttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaacctcacaaaaggtaaaacacg 18870505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 426 - 458
Target Start/End: Original strand, 16837525 - 16837557
Alignment:
Q  426 actttccaccacagaaatccattgatgtccatc 458  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16837525 actttccaccacagaaatccattgatgttcatc 16837557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 168 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 18870680 - 18870616
Alignment:
Q  168 tttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctcattaccaacatgctcca 232  Q
    ||||||||||||||||||||| || |  |||||||||| ||| |  |||| ||||||||||||||    
T  18870680 tttgacttcttgaaaaaatgatctctcatataattcattccacacttcatgaccaacatgctcca 18870616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0144 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 1)
Name: scaffold0144
Description:

Target: scaffold0144; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 34 - 458
Target Start/End: Original strand, 36943 - 37367
Alignment:
Q  34 atatggtgaactctacttgacagattagttaagctttcagcctcataagacacactttgttctcctataacagacttagctaaatcatggactaaatcat 133  Q
    ||||||||||||||| ||| || |||||| ||  ||  | | ||| |||| |||| || |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36943 atatggtgaactctaattggcaaattagtcaactttgaaacatcacaagagacacattcttctcccataatagactgagctaaatcatggactaaatcat 37042  T
Q  134 gcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctcattaccaacatgctccat 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  37043 gcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgattcgacttcttgaaaaaatgacctttgatataattcattccatacctcattaccaacatgctccat 37142  T
Q  234 ctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaacagcacagaaa 333  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  37143 ctgtaagtttcctctagatgcaacaagtccattagccatccaaagttgaatgagattttccttcaccattttaaaatccttaggaaaaacagcacaaaaa 37242  T
Q  334 gtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggttatcatcagctaaattccaaaactcactttcca 433  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37243 gtaaaacatggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacttggttatcatcagctaaattccaaaactcactttcca 37342  T
Q  434 ccacagaaatccattgatgtccatc 458  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
T  37343 ccacagaaatccattgatgttcatc 37367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 38940076 - 38939648
Alignment:
Q  25 aagcaacttatatggtgaactctacttgacagattagttaagctttcagcctcataagacacactttgttctcctataacagacttagctaaatcatgga 124  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| | || |  ||||||| ||| ||||| || |||||| || ||||||| ||||||||||||||    
T  38940076 aagcaacttatatggtgagctctagttgaaagattagtcatgcatgaagcctcagaagccacacattcttctcccattacagactgagctaaatcatgga 38939977  T
Q  125 ctaaatcatgcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctcattaccaac 224  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  38939976 ttaaatcatgcattttgaatgtaatgttacctacaaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcattccatacctcattaccaac 38939877  T
Q  225 atgctccatctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaaca 324  Q
    ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38939876 atgctccatctgtaagtttcctcttgatgtaacaagtccattagccatccaaagttgaatgagattttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaaca 38939777  T
Q  325 gcacagaaagtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggttatcatcagctaaattccaaaact 424  Q
    ||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||| ||    
T  38939776 gcacaaaaattaaaacatggcctcaaggacaatttcaaattaaagtagcttagtctcaaagcagacatgatagggttatcctcagataaattccaaagct 38939677  T
Q  425 cactttccaccacagaaatccattgatgt 453  Q
    ||||||||   ||||||| ||||||||||    
T  38939676 cactttcctttacagaaaaccattgatgt 38939648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 29 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 7053979 - 7053555
Alignment:
Q  29 aacttatatggtgaactctacttgacagattagttaagctttcagcctcataagacacactttgttctcctataacagacttagctaaatcatggactaa 128  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||  |  ||||||  | ||||| ||| ||||| || |||||| ||||  |||| |||||||||||| || ||    
T  7053979 aacttatatggtgaactctaattgacaaatcggccaagcttgaaacctcagaagccacacattcttctcccataatggactgagctaaatcatgaaccaa 7053880  T
Q  129 atcatgcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctcattaccaacatgc 228  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| | ||    
T  7053879 atcatgcattttaaatgtaatgttccctactatatcagatttaacttcttgaaaaaatgatctttgatataattcattccatacctcattaccaagaagc 7053780  T
Q  229 tccatctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaacagcac 328  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||    ||||||    || |||||||| || |||||||||||||    
T  7053779 tccatctgtaaatttcctctagatgtaagaagtccattagccatccaaagatgaatgaggcattccttatgtatctcaaaatctttgggaaaaacagcac 7053680  T
Q  329 agaaagtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggttatcatcagctaaattccaaaactcact 428  Q
    | |||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||   | ||||| |||| ||||||||||||||  ||    
T  7053679 aaaaagaaaaacaaggcctcaatggcaatttcaaattatagtagctcagcctcaaagcagacatgattggattatcctcagataaattccaaaacttgct 7053580  T
Q  429 ttccaccacagaaatccattgatgt 453  Q
    ||||   | ||||| ||||||||||    
T  7053579 ttcctttatagaaagccattgatgt 7053555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0133 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 3)
Name: scaffold0133
Description:

Target: scaffold0133; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Original strand, 17499 - 17927
Alignment:
Q  25 aagcaacttatatggtgaactctacttgacagattagttaagctttcagcctcataagacacactttgttctcctataacagacttagctaaatcatgga 124  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| || ||  ||||||  | ||| | ||| ||||| || |||||| ||||  || | ||||||||||||||    
T  17499 aagcaacttatatggtgaactctaattgacaaatcagccaagcttgaaaccttagaagccacacattcttctccaataatggaatgagctaaatcatgga 17598  T
Q  125 ctaaatcatgcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctcattaccaac 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  17599 ctaaatcatgcattttgaatgtaatgttacctacaaaatctgatttgacttcttgaaagaatgacctttggtttaattcattccatacctcattaccaac 17698  T
Q  225 atgctccatctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaaca 324  Q
    ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17699 atgctccatctgtaagtttcctcttgatgtaacaagtccattagccatccaaaatggaatgatattttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaaca 17798  T
Q  325 gcacagaaagtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggttatcatcagctaaattccaaaact 424  Q
    | ||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||| |||| ||||||||||| ||    
T  17799 gtacaaaaagtaaaacagggcctcaaggacgatttcaaattaaagtagcttagtctcaaagcagacattatagggttatcctcagataaattccaaacct 17898  T
Q  425 cactttccaccacagaaatccattgatgt 453  Q
    ||||||||   ||||||| ||||||||||    
T  17899 cactttcctttacagaaagccattgatgt 17927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0133; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 30 - 453
Target Start/End: Original strand, 12298 - 12721
Alignment:
Q  30 acttatatggtgaactctacttgacagattagttaagctttcagcctcataagacacactttgttctcctataacagacttagctaaatcatggactaaa 129  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||  ||  ||| ||  |||| | || ||  ||||| |||| ||||   |||||||||||||| |||    
T  12298 acttatatggtgaactctaattgacaaatttgttaaatttgaagcatctgaagaaatacattcatctcccataatagacactgctaaatcatggacaaaa 12397  T
Q  130 tcatgcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctcattaccaacatgct 229  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  12398 tcatgcattttgaaagtaatgttacctacaaaatctgatttaacttcttcaaataatgacctttggtataattcattccatacctcattaccaacatgct 12497  T
Q  230 ccatctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaacagcaca 329  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||    
T  12498 ccatctgtaagtttcctctagatgtaacaagtccattagccatccaaagttgaatgagattttccttcaccatttcataatctttgggaaaaacagcaca 12597  T
Q  330 gaaagtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggttatcatcagctaaattccaaaactcactt 429  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | | | | | |||| |||| ||||||||||||||    
T  12598 gaaagtaaaacatggcctcaatgacaatttcaagttaaaatagcttagtctcaaagcagacatgataggatcaacctcaggtaaactccaaaactcactt 12697  T
Q  430 tccaccacagaaatccattgatgt 453  Q
    || |  ||||||||||||||||||    
T  12698 tctagtacagaaatccattgatgt 12721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0133; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 100 - 453
Target Start/End: Original strand, 8026 - 8379
Alignment:
Q  100 ataacagacttagctaaatcatggactaaatcatgcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtata 199  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||  | |    
T  8026 ataatagactgagctaaatcatggataaaatcatgcattcggaatgtaatgttacctgctaaatcagatttaacttcttgaaaaaatgatctttgccaca 8125  T
Q  200 attcatcccatatctcattaccaacatgctccatctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcac 299  Q
    ||| || ||||| ||||| |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||    
T  8126 attgattccatacctcatcaccaacgtgctccatctgtaaatttcctctagatgtaacaagaccattagccatccaaagatgaatgagattttccttaac 8225  T
Q  300 catttcaaaatccttaggaaaaacagcacagaaagtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatgg 399  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |       
T  8226 catttcaaaacccttaggaaaaacagcacagaaagcaaaacatggtctcaatgacaatttcaagttaaagtagcttattctcaaagcagacatgatagaa 8325  T
Q  400 ttatcatcagctaaattccaaaactcactttccaccacagaaatccattgatgt 453  Q
    | | | ||||  ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  8326 tcaacctcaggcaaattccaaaattcactttccagtacagaaatccattgatgt 8379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 29 - 453
Target Start/End: Original strand, 8599 - 9023
Alignment:
Q  29 aacttatatggtgaactctacttgacagattagttaagctttcagcctcataagacacactttgttctcctataacagacttagctaaatcatggactaa 128  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |  || |||| ||| |||||  | |||||| |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  8599 aacttatatggtgagctctagttgacagattagtcaagcctgaagactcagaagccacacactcttctcccataacagattgagctaaatcatggactaa 8698  T
Q  129 atcatgcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctcattaccaacatgc 228  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  8699 atcatgcattttgaaagtaatgttacctacaaaatcggatttgacttcttgaaagaatgacctttggtttaattcattccatacctcattaccaacatgc 8798  T
Q  229 tccatctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaacagcac 328  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  8799 tccatctgtaaatttcctctagatgtaacaagtccattagccatccaaagttgaatgagattttccttcaccattttaaaatctttaggaaaaacagcac 8898  T
Q  329 agaaagtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggttatcatcagctaaattccaaaactcact 428  Q
    | ||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| | | | ||| |||| ||||||||||| ||||||    
T  8899 aaaaagtaaaacatggtctcaaggacaatttcaaattaaagtagcttagtctcaaagcagacatgataggatcatcctcagttaaattccaaagctcact 8998  T
Q  429 ttccaccacagaaatccattgatgt 453  Q
    ||||   ||||| | ||||||||||    
T  8999 ttccttgacagagagccattgatgt 9023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 18 - 453
Target Start/End: Original strand, 13377529 - 13377963
Alignment:
Q  18 agtaccaaagcaacttatatggtgaactctacttgacagattagttaagctttcagcctcataagacacactttgttctcctataacagacttagctaaa 117  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||  | ||| ||||||  | ||||| ||| ||||| || |||||| || |  || | |||||||    
T  13377529 agtatcaaagcaacttatatggtgagttctaattgacaagtcagtcaagcttaaaacctcagaagccacacattcttctcccattatggattgagctaaa 13377628  T
Q  118 tcatggactaaatcatgcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctcat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||    
T  13377629 tcatggactaaatcatgcattttgaatgttatgttacctaccacatctgatttaacttcttgaaaaaatgatctttggcataactcatcccatacctcat 13377728  T
Q  218 taccaacatgctccatctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcaccatttcaaaatccttagg 317  Q
    |||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13377729 taccaacatgctccgt-tgtaagtttcctctagatgtaacaagtccattagccatccaaagtagaatgagattttccttcaccatttcaaaatccttagg 13377827  T
Q  318 aaaaacagcacagaaagtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggttatcatcagctaaattc 417  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| |||| |||||||    
T  13377828 aaaaacagcacaaaaagtaaaacatggcctcaaggacaatttcaaattaaagtagcttagtctcaaagcagacatgatagggttatcctcagataaattc 13377927  T
Q  418 caaaactcactttccaccacagaaatccattgatgt 453  Q
    |||| || |||||||   ||||||| ||||||||||    
T  13377928 caaagcttactttcctttacagaaagccattgatgt 13377963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0230 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0230
Description:

Target: scaffold0230; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 28 - 453
Target Start/End: Original strand, 4119 - 4544
Alignment:
Q  28 caacttatatggtgaactctacttgacagattagttaagctttcagcctcataagacacactttgttctcctataacagacttagctaaatcatggacta 127  Q
    ||||||||||||||||||||||  | || |||||| ||||||| | | ||  ||| || || || ||||||| |||  |||| |||||||||||| | ||    
T  4119 caacttatatggtgaactctaccagtcaaattagtcaagcttttatcatcgaaagccatacattcttctcctgtaatggactgagctaaatcatgaatta 4218  T
Q  128 aatcatgcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctcattaccaacatg 227  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||   |  ||| | ||| ||||||||||||||||| ||    |||||||||| ||| |  |||| |||||||||    
T  4219 aatcatgcattttgaatgtaacctcaccctttttatcagtttttacttcttgaaaaaatgatctcgcatataattcattccacacttcatgaccaacatg 4318  T
Q  228 ctccatctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaacagca 327  Q
    ||||| || ||| || ||    || |  |  | ||||||||||| ||| || || || |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4319 ctccacctctaaatttccaacggaagagatgaatccattagccaaccaaagatggatcagttcttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaaccgca 4418  T
Q  328 cagaaagtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatgacatggttatcatcagctaaattccaaaactcac 427  Q
    || ||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||| ||||||||| || |||||| | | || || || | |||  ||||||||| ||    
T  4419 caaaaagtaaaacacggcctcagtgataattttaaattaaagtagctgagtctcaaaacaaacatgataggattgtcctcggataagctccaaaacttac 4518  T
Q  428 tttccaccacagaaatccattgatgt 453  Q
    |||||   ||||||| ||||||||||    
T  4519 tttcctttacagaaagccattgatgt 4544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0511 (Bit Score: 79; Significance: 9e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0511
Description:

Target: scaffold0511; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 28 - 394
Target Start/End: Original strand, 8800 - 9166
Alignment:
Q  28 caacttatatggtgaactctacttgacagattagttaagctttcagcctcataagacacactttgttctcctataacagacttagctaaatcatggacta 127  Q
    ||||||||||||||||||||||  | || |||||| ||||||| | | ||  ||| || || || ||||||| |||  |||| |||||||||||| | ||    
T  8800 caacttatatggtgaactctaccagtcaaattagtcaagcttttatcatcgaaagccatacattcttctcctgtaatggactgagctaaatcatgaatta 8899  T
Q  128 aatcatgcattttgaatgtaatgttacctgctaaatctgatttgacttcttgaaaaaatgacctttggtataattcatcccatatctcattaccaacatg 227  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||   |  ||| | ||| ||||||||||||||||| ||    |||||||||| ||| |  || | |||||||||    
T  8900 aatcatgcattttgaatgtaacctcaccctttttatcagtttttacttcttgaaaaaatgatctcgcatataattcattccacacttcttgaccaacatg 8999  T
Q  228 ctccatctgtaatttacctctagatgtaacaagtccattagccatccacagttgaatgatattttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaacagca 327  Q
    ||||| || ||| || ||    || |  |  | ||||||||||| ||| || || || |    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9000 ctccacctctaaatttccaacggaagagatgaatccattagccaaccaaagatggatcagtgcttccttcaccatttcaaaatccttaggaaaaaccgca 9099  T
Q  328 cagaaagtaaaacacggcctcaatgacaatttcaagttaaagtagctcagtctcaaagcagacatga 394  Q
    || ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  9100 caaaaagtaaaacacggcctcagtgataatttcaaattaaagtagctgagtctcaaaacagacatga 9166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University