View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13564_low_21 (Length: 381)

Name: NF13564_low_21
Description: NF13564
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13564_low_21
NF13564_low_21
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (14-364)||(19144102-19144452)
chr2 (14-364)||(15337479-15337829)
chr2 (14-364)||(30568894-30569244)
chr2 (21-360)||(19623655-19623994)
chr2 (282-316)||(6521532-6521566)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (37-364)||(5558804-5559131)
chr3 (35-364)||(5550243-5550572)
chr3 (21-364)||(5568221-5568564)
chr3 (21-300)||(5533384-5533663)
chr3 (14-91)||(5634744-5634821)
chr3 (329-363)||(5635041-5635075)
chr3 (282-352)||(32984429-32984499)
chr3 (203-247)||(5634933-5634977)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (26-363)||(7282620-7282957)
chr8 (26-363)||(7270659-7270996)
chr8 (24-365)||(7286915-7287256)
chr8 (284-351)||(7318322-7318389)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (14-364)||(3026709-3027059)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (21-360)||(13491533-13491872)
[»] scaffold0284 (1 HSPs)
scaffold0284 (26-364)||(4250-4588)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-364)||(9484906-9485256)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 19144452 - 19144102
Alignment:
Q  14 ttcactgttttctcattcactatttcccatgcttctttgaatgatttttgtgttgcagatttaaaagctccaaacaccccttcaggttatccctgcaaac 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19144452 ttcactgttttctcattcactatttcccatgcttctttgaatgatttttgtgttgcagatttaaaggctccaaacaccccttcaggttatccctgcaaac 19144353  T
Q  114 cccttgcaagaatcacaccagatgattttagctttcatggctttgtagctggaaacaccaataactctttcaaatttggtttcaacagcgcaactatcac 213  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19144352 cccttgcaagaatcacatcagatgattttagctttcatggccttgtagctggaaacaccaataactctttcaaatttggtttcaacagcgcaactatcac 19144253  T
Q  214 caattttccagcccttaacggacttggaatctctgcgttgcgaatagacatagaccaaggcggatcaattccaatgcatactcatcccgatgcaactgaa 313  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  19144252 caattttccagcccttaatggacttggaatctctgcgttgcgaatagacattgaccaaggcggatcaattccaatgcatactcatcccgatgcaaccgaa 19144153  T
Q  314 ttattgatagtagttcaaggtgaaattactgctggatttttgacacctact 364  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19144152 ttattgatagtagttcaaggtgaaattactgctggatttttgacgcctact 19144102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 14 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 15337829 - 15337479
Alignment:
Q  14 ttcactgttttctcattcactatttcccatgcttctttgaatgatttttgtgttgcagatttaaaagctccaaacaccccttcaggttatccctgcaaac 113  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||    
T  15337829 ttcaccgttttctcattcactgtttcgtatgcttctatcaatgatttttgtgttgcggatttaaaggctccaaacactccttcaggctatgcctgcaaac 15337730  T
Q  114 cccttgcaagaatcacaccagatgattttagctttcatggctttgtagctggaaacaccaataactctttcaaatttggtttcaacagcgcaactatcac 213  Q
    | ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||  ||  ||  |||||| ||||    
T  15337729 cacttgcaagcgtcacatcagatgattttagctttcatggcctcgtagctgcaaacaccaacaactctttcaaaattggagtcgccactgcaactgtcac 15337630  T
Q  214 caattttccagcccttaacggacttggaatctctgcgttgcgaatagacatagaccaaggcggatcaattccaatgcatactcatcccgatgcaactgaa 313  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| | |  |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15337629 caattttccagcccttaatggacttggaatctctgcgttgcggatagacctagaccaagacgggttagctccaatgcatactcatcctgatgcaactgaa 15337530  T
Q  314 ttattgatagtagttcaaggtgaaattactgctggatttttgacacctact 364  Q
    ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15337529 ttattgtcagtagttaaaggtgaaattactgctggatttttgacacctact 15337479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 7e-99
Query Start/End: Original strand, 14 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 30569244 - 30568894
Alignment:
Q  14 ttcactgttttctcattcactatttcccatgcttctttgaatgatttttgtgttgcagatttaaaagctccaaacaccccttcaggttatccctgcaaac 113  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||  |||||||| | | ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||    
T  30569244 ttcattgttttctcattcactgtttcgtatgcttctatcagtgatttttgtgttgcggatttaaaggctccaaacactccttcaggctatgcctgcaaac 30569145  T
Q  114 cccttgcaagaatcacaccagatgattttagctttcatggctttgtagctggaaacaccaataactctttcaaatttggtttcaacagcgcaactatcac 213  Q
    | ||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||   |  |||||| ||||    
T  30569144 cacttacaagcgtcacatcagatgattttagctttcatggcctcgtagctggaaacaccaacaactctttcaaaattggagtcgctactgcaactgtcac 30569045  T
Q  214 caattttccagcccttaacggacttggaatctctgcgttgcgaatagacatagaccaaggcggatcaattccaatgcatactcatcccgatgcaactgaa 313  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | |  ||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  30569044 caattttccagcccttaatggacttggaatctctgcgttgcggatagacctagaccaaggcgggttagctcctatgcatactcatcctgatgcaactgaa 30568945  T
Q  314 ttattgatagtagttcaaggtgaaattactgctggatttttgacacctact 364  Q
    ||||||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30568944 ttattgtcagtagttaaaggtgaaattacagctggatttttgacacctact 30568894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 21 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 19623994 - 19623655
Alignment:
Q  21 ttttctcattcactatttcccatgcttctttgaatgatttttgtgttgcagatttaaaagctccaaacaccccttcaggttatccctgcaaaccccttgc 120  Q
    |||||||  |||||||||| ||||||||| | |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |    
T  19623994 ttttctctatcactatttcacatgcttctctcaatgatttctctgttgcagatttaaaggctccaaacactccttcaggctatccatgcaaacccctttc 19623895  T
Q  121 aagaatcacaccagatgattttagctttcatggctttgtagctggaaacaccaataactctttcaaatttggtttcaacagcgcaactatcaccaatttt 220  Q
    ||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| ||||  ||| || ||||||| |||||||||||    
T  19623894 aagcatcacatcggatgatttcagctttcatggctttgtagctggaaacaccaacaattcattcaaacttggagtcaccaccgcaactgtcaccaatttt 19623795  T
Q  221 ccagcccttaacggacttggaatctctgcgttgcgaatagacatagaccaaggcggatcaattccaatgcatactcatcccgatgcaactgaattattga 320  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||   |||||| || ||| |||||||||| |||| |  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  19623794 ccagcccttaacgaacttggaatctcattgttgcggatggacttagaccaaggaggattagctccaatgcatactcatcctgatgcaactgaattattgt 19623695  T
Q  321 tagtagttcaaggtgaaattactgctggatttttgacacc 360  Q
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19623694 cggtagttgaaggtgaaattactgctggatttttgacacc 19623655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 282 - 316
Target Start/End: Original strand, 6521532 - 6521566
Alignment:
Q  282 ttccaatgcatactcatcccgatgcaactgaatta 316  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6521532 ttccaatgcatactcatcctgatgcaactgaatta 6521566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 37 - 364
Target Start/End: Original strand, 5558804 - 5559131
Alignment:
Q  37 ttcccatgcttctttgaatgatttttgtgttgcagatttaaaagctccaaacaccccttcaggttatccctgcaaaccccttgcaagaatcacaccagat 136  Q
    ||||||||||||| | || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||  | || | |||||||||||||    
T  5558804 ttcccatgcttctgtaaacgatttttgtgttgcagatgtaaaggctccaaacaccaattcaggctatccttgcaaacctgtggcgaaaatcacaccagat 5558903  T
Q  137 gattttagctttcatggctttgtagctggaaacaccaataactctttcaaatttggtttcaacagcgcaactatcaccaattttccagcccttaacggac 236  Q
    |||||   |||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||  ||| |   |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5558904 gatttcgtctttcatggccttgtagctgcaaagaccaacaactctttcaaaattggagtcacctcagcaactgtcaccaattttcctgcccttaatggac 5559003  T
Q  237 ttggaatctctgcgttgcgaatagacatagaccaaggcggatcaattccaatgcatactcatcccgatgcaactgaattattgatagtagttcaaggtga 336  Q
    ||||||| |||||| ||||  ||||||| ||| |||| |||| |  |||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||| ||||||||||||||    
T  5559004 ttggaatatctgcgatgcgtgtagacatggacgaaggaggattatctccaatgcatactcatcccgatgctaccgaattagggattgtagttcaaggtga 5559103  T
Q  337 aattactgctggatttttgacacctact 364  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||    
T  5559104 atttactgctggatttttgacacctact 5559131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 35 - 364
Target Start/End: Original strand, 5550243 - 5550572
Alignment:
Q  35 atttcccatgcttctttgaatgatttttgtgttgcagatttaaaagctccaaacaccccttcaggttatccctgcaaaccccttgcaagaatcacaccag 134  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||  | || | ||||||| |||    
T  5550243 atttcccatgcttctgtaaatgatttctgtgttgcagatgtaaaggctccaaacacctattcaggctatccttgcaaacctgtggcgaaaatcacatcag 5550342  T
Q  135 atgattttagctttcatggctttgtagctggaaacaccaataactctttcaaatttggtttcaacagcgcaactatcaccaattttccagcccttaacgg 234  Q
    |||||||   |||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| ||| ||||  ||| |   |||||| ||||||||||||| |||||||| ||    
T  5550343 atgatttcgtctttcatggccttgtagctgcaaagaccaacaactcttttaaaattggagtcacctcagcaactgtcaccaattttcctgcccttaatgg 5550442  T
Q  235 acttggaatctctgcgttgcgaatagacatagaccaaggcggatcaattccaatgcatactcatcccgatgcaactgaattattgatagtagttcaaggt 334  Q
    ||||||||| |||||| ||||  ||||||| ||| |||| |||| |  |||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||| ||||||||||||    
T  5550443 acttggaatatctgcgatgcgtgtagacatggacgaaggaggattatctccaatgcatactcatcccgatgctaccgaattagggattgtagttcaaggt 5550542  T
Q  335 gaaattactgctggatttttgacacctact 364  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5550543 gaatttactgctggatttttgacacctact 5550572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 21 - 364
Target Start/End: Original strand, 5568221 - 5568564
Alignment:
Q  21 ttttctcattcactatttcccatgcttctttgaatgatttttgtgttgcagatttaaaagctccaaacaccccttcaggttatccctgcaaaccccttgc 120  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||| ||||||||  | ||    
T  5568221 ttttctcattcataacttcccatgcttctgtaaacgatttctgtgttgcagatttaaaggctccaaacaccaattcaggctatccttgcaaacctgtggc 5568320  T
Q  121 aagaatcacaccagatgattttagctttcatggctttgtagctggaaacaccaataactctttcaaatttggtttcaacagcgcaactatcaccaatttt 220  Q
     || |||||| |||| |||||   |||||||||| ||||||| ||||| ||||  |||||||||||| ||||  ||| |   |||||| |||||||||||    
T  5568321 gagcatcacatcagacgatttcgtctttcatggccttgtagcgggaaataccagcaactctttcaaaattggagtcacctcagcaactgtcaccaatttt 5568420  T
Q  221 ccagcccttaacggacttggaatctctgcgttgcgaatagacatagaccaaggcggatcaattccaatgcatactcatcccgatgcaactgaattattga 320  Q
    || |||||||| ||||||||||| |||||| ||||  |||| || ||  |||| |||| |  ||||||||| |||||||| ||||| || ||||||  ||    
T  5568421 cctgcccttaatggacttggaatatctgcggtgcgtgtagatatggaggaaggaggattatctccaatgcacactcatcctgatgctaccgaattaggga 5568520  T
Q  321 tagtagttcaaggtgaaattactgctggatttttgacacctact 364  Q
    | || |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  5568521 ttgtcgttcaaggtgaatttactgctggatttttgacccctact 5568564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 21 - 300
Target Start/End: Original strand, 5533384 - 5533663
Alignment:
Q  21 ttttctcattcactatttcccatgcttctttgaatgatttttgtgttgcagatttaaaagctccaaacaccccttcaggttatccctgcaaaccccttgc 120  Q
    |||||||||||| | ||||  ||| |||| | || ||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||  |||||| ||||||||||||||  | |     
T  5533384 ttttctcattcattgtttcatatgattctatcaacgatttctgtgttgcagatttaaaggtcccaaacaccaattcaggctatccctgcaaacctgtgga 5533483  T
Q  121 aagaatcacaccagatgattttagctttcatggctttgtagctggaaacaccaataactctttcaaatttggtttcaacagcgcaactatcaccaatttt 220  Q
    ||  |||||| ||||||||||   |||||| ||| | ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||| |||| |   |||||  |||||||||||    
T  5533484 aaacatcacatcagatgatttcgtctttcacggcctcgtagccggaaacaccaacaactcttttaaacttggattcaccgcagcaaccgtcaccaatttt 5533583  T
Q  221 ccagcccttaacggacttggaatctctgcgttgcgaatagacatagaccaaggcggatcaattccaatgcatactcatcc 300  Q
    || | |||||| || |||||||| |||||  ||||  ||||||||||| |||| |||| |  ||||||||||||||||||    
T  5533584 cctggccttaatggtcttggaatatctgcagtgcgtgtagacatagacgaaggtggattatctccaatgcatactcatcc 5533663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 14 - 91
Target Start/End: Original strand, 5634744 - 5634821
Alignment:
Q  14 ttcactgttttctcattcactatttcccatgcttctttgaatgatttttgtgttgcagatttaaaagctccaaacacc 91  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||| |  |  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5634744 ttcactattttctcattcaatatttcccatgctccagtccatgatttctgtgttgcagatttaaaggctccaaacacc 5634821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 329 - 363
Target Start/End: Original strand, 5635041 - 5635075
Alignment:
Q  329 caaggtgaaattactgctggatttttgacacctac 363  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5635041 caaggtgaaattactgctggatttttgacacctac 5635075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 282 - 352
Target Start/End: Original strand, 32984429 - 32984499
Alignment:
Q  282 ttccaatgcatactcatcccgatgcaactgaattattgatagtagttcaaggtgaaattactgctggattt 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||  | ||||||||| || |||| |||||||||    
T  32984429 ttccgatgcatactcatcccgatgcaactgaattactaatcatggttcaaggtaaagttacagctggattt 32984499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 203 - 247
Target Start/End: Original strand, 5634933 - 5634977
Alignment:
Q  203 gcaactatcaccaattttccagcccttaacggacttggaatctct 247  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||    
T  5634933 gcaactgtcaccaattttccagcccttaagggactaagaatctct 5634977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 26 - 363
Target Start/End: Original strand, 7282620 - 7282957
Alignment:
Q  26 tcattcactatttcccatgcttctttgaatgatttttgtgttgcagatttaaaagctccaaacaccccttcaggttatccctgcaaaccccttgcaagaa 125  Q
    |||||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||  |    
T  7282620 tcattcactacttcccaagcttctgtcaatgatttttgtgtagcagatttaaaggctccagataccccttcaggctatcagtgcaaacccctagcaaata 7282719  T
Q  126 tcacaccagatgattttagctttcatggctttgtagctggaaacaccaataactctttcaaatttggtttcaacagcgcaactatcaccaattttccagc 225  Q
    ||||| |||| ||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||   ||   | | |  ||||    ||||  | |||||||     
T  7282720 tcacatcagacgattttgtctttcatggcttcgtagccggaaacaccaacaactctttcaacgctgcacttacctccgcattcgtcactgaatttccagg 7282819  T
Q  226 ccttaacggacttggaatctctgcgttgcgaatagacatagaccaaggcggatcaattccaatgcatactcatcccgatgcaactgaattattgatagta 325  Q
    |||||||||||| |||||||| ||   |||  ||||||||| | ||   || ||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||    
T  7282820 ccttaacggactaggaatctcagcagcgcggttagacatagccgaaaatggttcaattccaatgcatactcatcccggtgctaccgaattattgataata 7282919  T
Q  326 gttcaaggtgaaattactgctggatttttgacacctac 363  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||    
T  7282920 gttcaaggtgaaataaccgctggatttctgacacctac 7282957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 26 - 363
Target Start/End: Original strand, 7270659 - 7270996
Alignment:
Q  26 tcattcactatttcccatgcttctttgaatgatttttgtgttgcagatttaaaagctccaaacaccccttcaggttatccctgcaaaccccttgcaagaa 125  Q
    |||||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||  |    
T  7270659 tcattcactacttcccaagcttctgtcaatgatttttgtgtagcagatttaaaggctccagataccccttcaggctatcactgcaaacccctagcaaata 7270758  T
Q  126 tcacaccagatgattttagctttcatggctttgtagctggaaacaccaataactctttcaaatttggtttcaacagcgcaactatcaccaattttccagc 225  Q
    ||||| |||| ||||||  ||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||   ||   | | |  ||||    ||||  |||||||||     
T  7270759 tcacatcagacgattttgtctttcatggcttcaaagctggaaacaccaacaactctttcaacgctgcacttacctccgcattcgtcactgattttccagg 7270858  T
Q  226 ccttaacggacttggaatctctgcgttgcgaatagacatagaccaaggcggatcaattccaatgcatactcatcccgatgcaactgaattattgatagta 325  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||   |||  |||||||||   ||   || ||||||||||||||||||||||| | ||| || |||||||||||| ||    
T  7270859 ccttaatggactaggaatctcagcagcgcggttagacatagcggaaaatggttcaattccaatgcatactcatcctggtgctaccgaattattgataata 7270958  T
Q  326 gttcaaggtgaaattactgctggatttttgacacctac 363  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||    
T  7270959 gttcaaggtgaaataaccgctggatttctgacacctac 7270996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 24 - 365
Target Start/End: Original strand, 7286915 - 7287256
Alignment:
Q  24 tctcattcactatttcccatgcttctttgaatgatttttgtgttgcagatttaaaagctccaaacaccccttcaggttatccctgcaaaccccttgcaag 123  Q
    |||||| ||| | |||| |||||||| |  ||||||||||||| | |||| ||||||||||| | || ||| |||| |||| |||||  || |||||||     
T  7286915 tctcatccaccacttcctatgcttctgttcatgatttttgtgtaggagatataaaagctccagaaacacctacaggctatcactgcatgcctcttgcaaa 7287014  T
Q  124 aatcacaccagatgattttagctttcatggctttgtagctggaaacaccaataactctttcaaatttggtttcaacagcgcaactatcaccaattttcca 223  Q
     |||||| | || |||||   |||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||   ||   | | |   ||   | ||||| ||||||||    
T  7287015 catcacatcggacgatttcgtctttcacggctttgtagccggaaacactaacaactctttcaacgctgcacttacctcggcgtttgtcaccgattttcca 7287114  T
Q  224 gcccttaacggacttggaatctctgcgttgcgaatagacatagaccaaggcggatcaattccaatgcatactcatcccgatgcaactgaattattgatag 323  Q
    || |||||||  ||||||||||| |||  |||  |||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||| |  || || |||||||||||      
T  7287115 gctcttaacgatcttggaatctccgcggcgcggttagacatagcaaaaggcggatctattccaatgcatactcatcctggcgctaccgaattattgatta 7287214  T
Q  324 tagttcaaggtgaaattactgctggatttttgacacctactg 365  Q
    | ||||| |||||||| |||||||| ||| | ||| ||||||    
T  7287215 tggttcatggtgaaataactgctgggtttctaacaactactg 7287256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 284 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 7318389 - 7318322
Alignment:
Q  284 ccaatgcatactcatcccgatgcaactgaattattgatagtagttcaaggtgaaattactgctggatt 351  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || ||  |||||||| ||||||||| ||||||    
T  7318389 ccaatgcacactcatcctgatgcaactgaattactaatcgttattcaaggtcaaattactgttggatt 7318322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 99; Significance: 9e-49; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 3027059 - 3026709
Alignment:
Q  14 ttcactgttttctcattcactatttcccatgcttctttgaatgatttttgtgttgcagatttaaaagctccaaacaccccttcaggttatccctgcaaac 113  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||| |||| | | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||   ||| |||||||| |||||||    
T  3027059 ttcacttttttttcattcactatttcccaagcttttgttaatgatttctgtgttgcagatttaaaggctccaaacacaaattcgggttatccatgcaaac 3026960  T
Q  114 cccttgcaagaatcacaccagatgattttagctttcatggctttgtagctggaaacaccaataactctttcaaatttggtttcaacagcgcaactatcac 213  Q
    | ||||||||  | ||| | || |||||   |||||||||| | || |||||||| | ||| ||| |||||||| ||||   || |   |||| | | ||    
T  3026959 ctcttgcaagcgttacatccgacgatttcgtctttcatggcctcgtcgctggaaaaaacaacaacactttcaaacttggagccacccttgcaagtgtaac 3026860  T
Q  214 caattttccagcccttaacggacttggaatctctgcgttgcgaatagacatagaccaaggcggatcaattccaatgcatactcatcccgatgcaactgaa 313  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||  | ||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| || |||    
T  3026859 caattttccagctcttaacggacttggaatttcagcgatgcgggttgacataggcgaaggcggatcagctccaatgcatactcatcctgatgctaccgaa 3026760  T
Q  314 ttattgatagtagttcaaggtgaaattactgctggatttttgacacctact 364  Q
    ||  | ||| |||||||||||||| |||| ||||||||| | |||||||||    
T  3026759 tttattatactagttcaaggtgaatttaccgctggatttataacacctact 3026709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 96; Significance: 5e-47; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 21 - 360
Target Start/End: Original strand, 13491533 - 13491872
Alignment:
Q  21 ttttctcattcactatttcccatgcttctttgaatgatttttgtgttgcagatttaaaagctccaaacaccccttcaggttatccctgcaaaccccttgc 120  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||| ||| || |||| | |||||| ||||| |||||| |||| ||    
T  13491533 ttttctcattcaccatttctcatgcttctatcaatgatttttgtgttgcgaatttaaaggcttcatacactctttcaggctatccatgcaaagccctagc 13491632  T
Q  121 aagaatcacaccagatgattttagctttcatggctttgtagctggaaacaccaataactctttcaaatttggtttcaacagcgcaactatcaccaatttt 220  Q
    ||  |||||| | || |||||   |||||| ||||| ||||||| ||||||||  |||||||| ||| ||||  ||| || ||||| | |  ||||||||    
T  13491633 aaacatcacatcggacgatttcgtctttcacggcttcgtagctgcaaacaccagcaactcttttaaacttggaatcaccaccgcaagtgttgccaatttt 13491732  T
Q  221 ccagcccttaacggacttggaatctctgcgttgcgaatagacatagaccaaggcggatcaattccaatgcatactcatcccgatgcaactgaattattga 320  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||  || |||||||  |||| ||||    |||||||||||||||||| | | | || |||||| | |    
T  13491733 ccagcccttaacggacttgggatctccgcgatgcgtgtaaacatagatgaaggtggatttgctccaatgcatactcatccgggttctaccgaattaataa 13491832  T
Q  321 tagtagttcaaggtgaaattactgctggatttttgacacc 360  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||    
T  13491833 tagtagttcaaggtgaaattactgttgaatttgtgacacc 13491872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0284 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0284
Description:

Target: scaffold0284; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 26 - 364
Target Start/End: Original strand, 4250 - 4588
Alignment:
Q  26 tcattcactatttcccatgcttctttgaatgatttttgtgttgcagatttaaaagctccaaacaccccttcaggttatccctgcaaaccccttgcaagaa 125  Q
    |||||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||   ||| ||||||||||||||||| ||||||||      
T  4250 tcattcactacttcccaagcttctgtcaatgatttttgtgttgccaatttaaaggctccaaaaacaaattcgggttatccctgcaaacctcttgcaagcg 4349  T
Q  126 tcacaccagatgattttagctttcatggctttgtagctggaaacaccaataactctttcaaatttggtttcaacagcgcaactatcaccaattttccagc 225  Q
    | ||| | || |||||   |||||| ||| | || |||||||| ||||| ||| |||||||| ||||   || |   |||| | | ||||||||||||||    
T  4350 ttacatccgacgatttcgtctttcacggcctcgtcgctggaaaaaccaacaacactttcaaacttggaaccacccttgcaagtgtaaccaattttccagc 4449  T
Q  226 ccttaacggacttggaatctctgcgttgcgaatagacatagaccaaggcggatcaattccaatgcatactcatcccgatgcaactgaattattgatagta 325  Q
    |||||||||||||||||| || ||| ||||    |||||||   |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| || |||||| | ||| ||    
T  4450 ccttaacggacttggaatttcagcgatgcgggctgacataggtgaaggcggatcagctccaatgcatactcatcctgatgctaccgaattaattatacta 4549  T
Q  326 gttcaaggtgaaattactgctggatttttgacacctact 364  Q
    |||||||||||| |||| | ||||||| | |||||||||    
T  4550 gttcaaggtgaatttaccgttggatttataacacctact 4588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 14 - 364
Target Start/End: Original strand, 9484906 - 9485256
Alignment:
Q  14 ttcactgttttctcattcactatttcccatgcttctttgaatgatttttgtgttgcagatttaaaagctccaaacaccccttcaggttatccctgcaaac 113  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||| |||| | | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||   | | |||||||| |||||||    
T  9484906 ttcacttttttttcattcactatttcccaagcttttgtcaatgatttctgtgttgcagatttaaaggctccaaacacaaatccgggttatccatgcaaac 9485005  T
Q  114 cccttgcaagaatcacaccagatgattttagctttcatggctttgtagctggaaacaccaataactctttcaaatttggtttcaacagcgcaactatcac 213  Q
    | ||||||||  | ||| | || |||||   |||||| ||| | || || ||||| ||||| ||| |||||||| ||||   || |   |||| | | ||    
T  9485006 ctcttgcaagtgttacatctgacgatttcgtctttcacggcctcgtcgccggaaaaaccaacaacactttcaaacttggagccacccttgcaagtgtaac 9485105  T
Q  214 caattttccagcccttaacggacttggaatctctgcgttgcgaatagacatagaccaaggcggatcaattccaatgcatactcatcccgatgcaactgaa 313  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| || ||| ||||  | ||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| || |||    
T  9485106 caattttccaactcttaacggacttggaatttcagcgatgcgggttgacatagtcgaaggcggatcagctccaatgcatactcatcctgatgctaccgaa 9485205  T
Q  314 ttattgatagtagttcaaggtgaaattactgctggatttttgacacctact 364  Q
    ||  | ||| |||||||||||||| |||| ||||||||| | |||||||||    
T  9485206 tttattatactagttcaaggtgaatttaccgctggatttataacacctact 9485256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University