View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13587_low_2 (Length: 657)
Name: NF13587_low_2
Description: NF13587
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13587_low_2 |
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| [»] chr7 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 568; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 568; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 37904611 - 37903978
Alignment:
| Q |
20 |
tggtatagttgcttacaagaatgaaaattgcagattattgaatgcaatgctttgccaactcttgtactaatgcttggatcagcagatgcctcaatacatt |
119 |
Q |
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| T |
37904611 |
tggtatagttgcttacaagaatgaaaattgcagattattgaatgcaatgcgttgccaactcttgtactaatgcttggatcagcagatgcctcaatacatt |
37904512 |
T |
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| Q |
120 |
atgaagcggttagacacaactgaattcatacaaccccttatattaaattttgctttatagagagttccaagctacaagaacaagctgaatgagccnnnnn |
219 |
Q |
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| T |
37904511 |
atgaagcggttagacacaactgaattcatataaccccttatattaaattttgctttatagagagttccaagctacaagaa---gctgaatgagccttttt |
37904415 |
T |
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| Q |
220 |
nnnngtaggttggcgtgattggaaatctggtccattcttcgccagaaattaagagagaagttcttctggctggggcattgcagccagttatttgcttact |
319 |
Q |
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| T |
37904414 |
ttt-gtaggttggcgtgattggaaatctggtccattcttcgccagaaattaagagagaagttcttctggctggggcattacagccagttatttgcttact |
37904316 |
T |
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| Q |
320 |
aaggtgacatacatatttttctttctttcttttaaagcaatccataggactaggaaatgtgatttatttagcaaacattatagctgctttgtgctagtaa |
419 |
Q |
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| T |
37904315 |
aaggtgacatacatatttttctttctttcttttaaagcaatccataggactaggaaatgtgatttatttagcaaacattatagctgctttgtgctagtaa |
37904216 |
T |
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| Q |
420 |
gctattactaatatatcaatcatttaatacgcttgtatctcaacaaatctttgatatcaatgatagctcctgctgtttggagagccgaagagaagcagct |
519 |
Q |
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| T |
37904215 |
gctattactaatatattaatcatttaatatgcttgtatctcaacaaatctttgatatcaatgatagctcctgctgtttggagagccgaagagaagcagct |
37904116 |
T |
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| Q |
520 |
cttttaattggtcaatttgctacaacggattcagattgcaaggttggttagattgtgttttgcaaatttacaatgtgatttgcttgtcatgtgtggaatt |
619 |
Q |
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| T |
37904115 |
cttttaattggtcaatttgctacaacggattcagattgcaaggttggttagattgtgttttgcaaatttacaatgcgatttgcttgtcatgtgtggaatt |
37904016 |
T |
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| Q |
620 |
ctcttattgatcctcatacatggttcatgcagattcac |
657 |
Q |
| |
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| T |
37904015 |
ctcttattgatcctcatacatggttcatgcagattcac |
37903978 |
T |
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Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 568; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 37911122 - 37910489
Alignment:
| Q |
20 |
tggtatagttgcttacaagaatgaaaattgcagattattgaatgcaatgctttgccaactcttgtactaatgcttggatcagcagatgcctcaatacatt |
119 |
Q |
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| T |
37911122 |
tggtatagttgcttacaagaatgaaaattgcagattattgaatgcaatgcgttgccaactcttgtactaatgcttggatcagcagatgcctcaatacatt |
37911023 |
T |
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| Q |
120 |
atgaagcggttagacacaactgaattcatacaaccccttatattaaattttgctttatagagagttccaagctacaagaacaagctgaatgagccnnnnn |
219 |
Q |
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| T |
37911022 |
atgaagcggttagacacaactgaattcatataaccccttatattaaattttgctttatagagagttccaagctacaagaa---gctgaatgagccttttt |
37910926 |
T |
|
| Q |
220 |
nnnngtaggttggcgtgattggaaatctggtccattcttcgccagaaattaagagagaagttcttctggctggggcattgcagccagttatttgcttact |
319 |
Q |
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| T |
37910925 |
ttt-gtaggttggcgtgattggaaatctggtccattcttcgccagaaattaagagagaagttcttctggctggggcattacagccagttatttgcttact |
37910827 |
T |
|
| Q |
320 |
aaggtgacatacatatttttctttctttcttttaaagcaatccataggactaggaaatgtgatttatttagcaaacattatagctgctttgtgctagtaa |
419 |
Q |
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| T |
37910826 |
aaggtgacatacatatttttctttctttcttttaaagcaatccataggactaggaaatgtgatttatttagcaaacattatagctgctttgtgctagtaa |
37910727 |
T |
|
| Q |
420 |
gctattactaatatatcaatcatttaatacgcttgtatctcaacaaatctttgatatcaatgatagctcctgctgtttggagagccgaagagaagcagct |
519 |
Q |
| |
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| T |
37910726 |
gctattactaatatattaatcatttaatatgcttgtatctcaacaaatctttgatatcaatgatagctcctgctgtttggagagccgaagagaagcagct |
37910627 |
T |
|
| Q |
520 |
cttttaattggtcaatttgctacaacggattcagattgcaaggttggttagattgtgttttgcaaatttacaatgtgatttgcttgtcatgtgtggaatt |
619 |
Q |
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| T |
37910626 |
cttttaattggtcaatttgctacaacggattcagattgcaaggttggttagattgtgttttgcaaatttacaatgcgatttgcttgtcatgtgtggaatt |
37910527 |
T |
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| Q |
620 |
ctcttattgatcctcatacatggttcatgcagattcac |
657 |
Q |
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| T |
37910526 |
ctcttattgatcctcatacatggttcatgcagattcac |
37910489 |
T |
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