View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13597_low_3 (Length: 560)

Name: NF13597_low_3
Description: NF13597
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13597_low_3
NF13597_low_3
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (18-551)||(39692670-39693203)
chr2 (18-531)||(39930143-39930656)
chr2 (19-531)||(39702644-39703156)
chr2 (30-195)||(39935021-39935186)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 429; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 551
Target Start/End: Original strand, 39692670 - 39693203
Alignment:
Q  18 ttttaaactttcacctttgcacttgcagggcacaattctattattcttgacggcaactattaattcactaaagcctcatccatgcagcaatgattcatcc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  39692670 ttttaaactttcacctttgcacttgcagggcacaattctattattcttgacggcaactattaattcactaaagcctcatccatgtagcaatgattcatca 39692769  T
Q  118 atcacatgcaaaccaccaacaggaatccaatacacagttttatacataagcatattattaatatcaattggttttggtggttcgcgttacacagcagcat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39692770 atcacatgcaaaccaccaacaggaatccaatatacagttttatacataagcatagtgttaatatcaattggttttggtggttcacgttacacagcagcat 39692869  T
Q  218 cattaggtgcaaatcaatttgacaaaccagaacatcaaggaacatctttcaactggtacttcttcactttctatgttgcttcaggagcagcattaactgg 317  Q
    || |||| || ||||||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39692870 cactaggagccaatcaatttaacaaaccagaacatcagggaatatttttcaactggttctttttcgctttctatgttgcttcaggagctgcattaactgg 39692969  T
Q  318 agttatttacattgaagataatttgggttgggctataggatttggtatttgtgttgtggctgcttttgttggtgtggttgnnnnnnngtcgggttatcga 417  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||    
T  39692970 aattatttacattgaagataatttgggttgggctacaggatttggtatctgtgttgtggctgcttttgttggtgtggttatttttttgtcgggttatcga 39693069  T
Q  418 ttttatcgagccgaaaagcttcaaggaagtgcggttttggatttgggacgtgtttttgttgcatctgttcgtaagtggaagtgtaagctctcatctagag 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39693070 ttttatcgagccgaaaagcttcaaggaagtgcggttttggatttgggacgtgtttttgttgcatctgttcgtaagtggaagtgtaagctctcatctagag 39693169  T
Q  518 ttgaggattactatactaccaatggtgatgatgt 551  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39693170 ttgaggattactatactaccaatggtgatgatgt 39693203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 39930656 - 39930143
Alignment:
Q  18 ttttaaactttcacctttgcacttgcagggcacaattctattattcttgacggcaactattaattcactaaagcctcatccatgcagcaatgattcatcc 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| || |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  39930656 ttttaaactttcaactttgcacttgcagggcacaattctattatttttgacagaaacaatcaattcattaaagcctcatccatgcagcaaagattcatct 39930557  T
Q  118 atcacatgcaaaccaccaacaggaatccaatacacagttttatacataagcatattattaatatcaattggttttggtggttcgcgttacacagcagcat 217  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39930556 actacatgcaaaccaccaacaggaatccaatacacagttttatacataagcatattattaatatcaattggttttggtggttcgcgtttcacagcagcat 39930457  T
Q  218 cattaggtgcaaatcaatttgacaaaccagaacatcaaggaacatctttcaactggtacttcttcactttctatgttgcttcaggagcagcattaactgg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39930456 cattaggtgcaaatcaatttgacaaaccagaacatcaaggaacatttttcaactggtacttcttcactttctatgttgcttcaggagctgcattaactgg 39930357  T
Q  318 agttatttacattgaagataatttgggttgggctataggatttggtatttgtgttgtggctgcttttgttggtgtggttgnnnnnnngtcgggttatcga 417  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||       ||  |||||||||    
T  39930356 aattatttacattgaagataatttgggttgggctataggatttggtatttgtgctgtggctgcttttgttggtgtggttgtttttgtgttaggttatcga 39930257  T
Q  418 ttttatcgagccgaaaagcttcaaggaagtgcggttttggatttgggacgtgtttttgttgcatctgttcgtaagtggaagtgtaagctctcatctagag 517  Q
    |||||||| ||||||||||  || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  39930256 ttttatcgggccgaaaagccacagggaagtgcgattttggacttgggacgtgtttttgttgcatctgctcgtaagtggaggtgtaagctttcatccagag 39930157  T
Q  518 ttgaggattactat 531  Q
     |||||||||||||    
T  39930156 ctgaggattactat 39930143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 531
Target Start/End: Original strand, 39702644 - 39703156
Alignment:
Q  19 tttaaactttcacctttgcacttgcagggcacaattctattattcttgacggcaactattaattcactaaagcctcatccatgcagcaatgattcatcca 118  Q
    |||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||| |||  ||| || ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39702644 tttaaattttcacatttgaatttgcagggcacaattcttttaaccttaacagcaacaatcaattcattaaagcctcatccatgcagcaatgattcatcca 39702743  T
Q  119 tcacatgcaaaccaccaacaggaatccaatacacagttttatacataagcatattattaatatcaattggttttggtggttcgcgttacacagcagcatc 218  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  39702744 tcacatgcataccaccaacaggaatccaatatacagttttatacataagcatagtcctaatatcaattggttttggtggttcacgtttcacagcagcatc 39702843  T
Q  219 attaggtgcaaatcaatttgacaaaccagaacatcaaggaacatctttcaactggtacttcttcactttctatgttgcttcaggagcagcattaactgga 318  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  39702844 actaggtgcaaatcagtttgacaaacttgaagatcaaggaacatttttcaactggttctttttcactttctatgttgcttctggagctgcattaactgga 39702943  T
Q  319 gttatttacattgaagataatttgggttgggctataggatttggtatttgtgttgtggctgcttttgttggtgtggttgnnnnnnngtcgggttatcgat 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  39702944 gttatttacattgaagataatttgggttggtctttaggatttggtatctgtgctgtggctacttttgttggtgtggttgtttttttgtcgggttatcgat 39703043  T
Q  419 tttatcgagccgaaaagcttcaaggaagtgcggttttggatttgggacgtgtttttgttgcatctgttcgtaagtggaagtgtaagctctcatctagagt 518  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39703044 tttatcgagccgaaaagcctcaaggaagtgcggttttggatttgggacgtatttttgttgcatctgttcggaagtggaagtgtaagctctcatctagagt 39703143  T
Q  519 tgaggattactat 531  Q
    |||||||||||||    
T  39703144 tgaggattactat 39703156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 30 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 39935186 - 39935021
Alignment:
Q  30 acctttgcacttgcagggcacaattctattattcttgacggcaactattaattcactaaagcctcatccatgcagcaatgattcatccatcacatgcaaa 129  Q
    |||||||||| |||||||||||||| | || || ||||| ||||  || |||||  |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  39935186 acctttgcacatgcagggcacaattattttgtttttgacagcaataatcaattctttaaagcctcatccatgtatcaatgattcatccatcacatgcaaa 39935087  T
Q  130 ccaccaacaggaatccaatacacagttttatacataagcatattattaatatcaattggttttggt 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39935086 ccaccaacaggaatccaatacacagttttatacataagcatattattaatatcaattggttttggt 39935021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University