View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1359_high_19 (Length: 391)

Name: NF1359_high_19
Description: NF1359
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1359_high_19
NF1359_high_19
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (1-346)||(10361600-10361945)
chr3 (1-349)||(10582535-10582884)
chr3 (1-349)||(10431837-10432188)
chr3 (1-268)||(10262623-10262893)
chr3 (1-347)||(10197598-10197947)
chr3 (1-347)||(10090715-10091065)
chr3 (1-346)||(10519410-10519755)
chr3 (1-349)||(9851664-9852012)
chr3 (1-349)||(11779778-11780126)
chr3 (1-349)||(9840786-9841131)
chr3 (1-349)||(10128850-10129198)
chr3 (1-189)||(10665451-10665633)
chr3 (1-349)||(11771159-11771507)
chr3 (214-347)||(13853259-13853392)
chr3 (1-346)||(10033925-10034273)
chr3 (1-346)||(10373641-10373989)
chr3 (115-272)||(10502622-10502779)
chr3 (1-187)||(10186305-10186491)
chr3 (1-187)||(10079335-10079521)
chr3 (279-346)||(10665669-10665736)
chr3 (70-160)||(10530641-10530731)
chr3 (304-347)||(10262929-10262972)
chr3 (115-160)||(10679477-10679522)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (1-347)||(55400-55746)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-347)||(26908813-26909159)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (95-160)||(44955662-44955727)
chr8 (83-189)||(11487042-11487148)
chr8 (214-319)||(11487167-11487272)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 10361945 - 10361600
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcct 100  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||     
10361945 ttggaatgaatggattccctttgaaggcataaaatgtgcttttcctcaacttagagctatggagttacataattgtccagaactaaggggacatttgccg 10361846  T
101 agtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnnttta 200  Q
    ||  | |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||    
10361845 agcaaccttccttgcatagaagaaattgtaatacaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaataaaaaatttta 10361746  T
201 agattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgctgtc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
10361745 agattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagcgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattcaaaagtgcgctatgctgtc 10361646  T
301 atatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttg 346  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
10361645 atctgtgccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacactcttg 10361600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 10582535 - 10582884
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcct 100  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
10582535 ttggaataaatggcttccctttgaaggcatacaatttgcttttcctcaacttcgagctatgaagttacgtaattgtcccaaactaaagggacatttgcct 10582634  T
101 agtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaat-nnnnnnnttt 199  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||    
10582635 agccatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgtgttcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaataaaaaaaaatt 10582734  T
200 aagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgctgt 299  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||| | ||| |||| ||  || |    
10582735 aagattgatgggcttggtgaaaggacccaattgttattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaagatgcagtgatggcaaactgcgttaacctat 10582834  T
300 catatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgaga 349  Q
     |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
10582835 tagctgtgccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttgaga 10582884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 10432188 - 10431837
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcct 100  Q
    ||||||||||||| | |||||| ||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||||| |||| | ||||||    
10432188 ttggaatgaatggctgccctttgaaggcataaaagttgcttttcctcgacttagagttatggagttacataattgtcctgaactaaggggacaattgcct 10432089  T
101 agtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcc---cactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnnt 197  Q
    ||  | ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||| |||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||            
10432088 agcaaccttccttgcatagaagaaattgatatatcaggttgttctcaactactggaaacagagccaaacactatgcattggttgtcgtcaataaagaaag 10431989  T
198 ttaagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgct 297  Q
    |||| ||  |||||||||| ||||||||| | |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || | || |||    
10431988 ttaatatcaatgggcttgacggaaggaccaatttgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaacatgtagtgattgaaaactgtgttaagct 10431889  T
298 gtcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgaga 349  Q
     | |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
10431888 attagttgtgccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttgaga 10431837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Original strand, 10262623 - 10262893
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcct 100  Q
    ||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||| |||||| ||||||||| ||||||| || | ||||||||    
10262623 ttggaatgaatggcttccctatgaaggcataaaactttcttttcctcgacttagagctatggagttacataattgtccagaactaagggaacatttgcct 10262722  T
101 agtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcc---cactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnnt 197  Q
    ||  | |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |            
10262723 agcaaacttccttgcatagaagaaattgtaataaaaggttgttctcatctattggaaacagagccaaacactttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaa 10262822  T
198 ttaagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaa 268  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||    
10262823 ttaatatcgatgggcttgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaa 10262893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 347
Target Start/End: Original strand, 10197598 - 10197947
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcct 100  Q
    ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||  ||||||| |||| ||||||||    
10197598 ttggaatgaatggcttccctatgaaggcataaaatttgcttttcctcgacttagagctatggagttacgtaattgtcgagaactaaggggacatttgcct 10197697  T
101 agtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcc---cactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnnt 197  Q
    ||  | |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |            
10197698 agcaaccttccttgcataaaagaaattgtaataaaaggttgttctcatctattggaaacagagccaaacactttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaa 10197797  T
198 ttaagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgct 297  Q
    |||| || |||||| ||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||| || ||| |||||||  |||||| |||| |||    
10197798 ttaatatcgatgggtttggtgaaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatggaagatgtagtgattcgaaagtgtgctaagct 10197897  T
298 gtcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttga 347  Q
     | |  | |||||||| |||||   |||||||||||||||  ||||||||    
10197898 attagctatgccaaaaatgattccaagaagcacttgtcttcaacacttga 10197947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 347
Target Start/End: Original strand, 10090715 - 10091065
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagtt-acgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcc 99  Q
    ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||| ||| |||| |||  |||||||||||  ||||||| |||| |||||||    
10090715 ttggaatgaatggcttccctatgaaggcataaaatttgcttttcctcgacttagagctatggagtacacgtaattgtcgagaactaaggggacatttgcc 10090814  T
100 tagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcc---cactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnn 196  Q
    |||  | |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |           
10090815 tagcaaccttccttgcataaaagaaattgtaataaaaggttgttctcatctattggaaacagagccaaacactttgcattggttgtcgtcagtaaagaaa 10090914  T
197 tttaagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgc 296  Q
     |||| || |||||| ||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || ||| |||||||  |||||| |||| ||    
10090915 attaatatcgatgggtttggtgaaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccatgtatgatggaagatgtagtgattcgaaagtgtgctaagc 10091014  T
297 tgtcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttga 347  Q
    | | |  | |||||||| |||||   |||||||||||||||  ||||||||    
10091015 tattagctatgccaaaaatgattccaagaagcacttgtcttcaacacttga 10091065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 10519410 - 10519755
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcct 100  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||   | ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||     
10519410 ttggaatgaatggattcccttcgaaggcataaaatttgcttttcctcaacttaaggctataaagttacgtaattgtccagaactaaggggacatttgccc 10519509  T
101 agtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnnttta 200  Q
    |   | ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||    | ||||||||||||||||| |||||        | |    
10519510 accaaccttccttccatagaagaaattgtaataaaaggttgtgttcatctattggaaacaccatctactttgcattggttgtcttcaataaaaaaaatga 10519609  T
201 agattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgctgtc 300  Q
    | ||  ||||||||| || |||  ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| ||| || |||| ||||||| | || ||| |     
10519610 atatcaatgggcttggtgaaagttcccaattgtcattgcttgagagtgattctccttgtatgatgcaagatgtagagattaaaaagtgtgttaagctatt 10519709  T
301 atatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttg 346  Q
    |  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
10519710 agctgtgccaaaattgattctgaaaagcacttgtcttacacacttg 10519755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 9851664 - 9852012
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcct 100  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||   |  ||  |||||||| |||||||  |||||| ||||||||||||     
9851664 ttggaatgaatggattccctttgaaggcataaaatttgcttttcctcaacttaaggcaatagagttacgtgattgtccaaaactaaggggatatttgccc 9851763  T
101 agtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnnttta 200  Q
    |   | ||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    | ||| ||| ||||||||| |||||        | |    
9851764 accaaccttccttccatagaagaaattgtaatatcaggttgttctcatctattggaaacaccatctactctgcgttggttgtcttcaataaaaaaaatga 9851863  T
201 agattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgctgtc 300  Q
    | ||  ||||||||| || |||  ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| ||| || |||||||||||| | || ||| |     
9851864 atatcaatgggcttggtgaaagttcccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaagatgtagagattgaaaagtgtgttaagctatt 9851963  T
301 atatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgaga 349  Q
    |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
9851964 agctgtgccaaaattgattatgagaagcacttgtcttacacacttgaga 9852012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 11780126 - 11779778
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcct 100  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| | ||||||| |||   |  |||| |||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||    
11780126 ttggaatgaatggtttccctttgaaggtataaaatttgcatttcctcgactcaaaactatggagttgcgtaattgtcctgaactaaggggacatttgcct 11780027  T
101 agtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnnttta 200  Q
    |   | ||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |    | |||||||||||||||||||||||        | |    
11780026 accaaccttccttgcatcgaagaaattgtaataaaaggttgttctcatctattggaaaaaccatctactttgcattggttgtcgtcaataaaagaaatga 11779927  T
201 agattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgctgtc 300  Q
    | ||  | || |||| || || ||| ||||||||||| ||||  |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||| |||  ||| ||    
11779926 atatcaaaggacttggtgaaaagacacaattgtcattgcttgatagtgattctctatctatgatgcaacatgtagtgattgaaaagtgtgctgagctatc 11779827  T
301 atatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgaga 349  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
11779826 agttgtgccaaaattgattttgagaagcatttgtcttacatacttgaga 11779778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 9840786 - 9841131
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcct 100  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||   | ||||||||||||||   | |||  ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||     
9840786 ttggaatgaatggattccctttgaaggcataaa---tgcttttcctcaacttaaggctatagagttacgcaattgtccagaactaaggggatatttgccc 9840882  T
101 agtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnnttta 200  Q
    |   | ||||||| ||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    | ||| ||||||||||||| |||||        | |    
9840883 accaaccttccttccatagaaaaaattgtaatatcaggttgttctcatctattggaaacaccatctactctgcattggttgtcttcaataaaaaaaatga 9840982  T
201 agattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgctgtc 300  Q
    | ||  ||||||||| || |||  ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | ||  || |     
9840983 atatcaatgggcttggtgaaagttcccaattgtcattgcttgagagtgattctccatgtatgatgcaagatgtagtgattgaaaagtgtgttaaactatt 9841082  T
301 atatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgaga 349  Q
    |  ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
9841083 agttgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttgaga 9841131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 10128850 - 10129198
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcct 100  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||   | |||  ||||| | |||||||| ||||||| |||| |||||||     
10128850 ttggaatgaatggattccctttgaaggcataaaatttgcttttcctcaacttaaggctatagagttatggaattgtccagaactaaggggacatttgccc 10128949  T
101 agtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnnttta 200  Q
    |   | ||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    | ||| ||||||||||||| |||||        | |    
10128950 accaaccttccttccatagaagaaattgtaatatcaggttgttctcatctattggaaacaccatctactctgcattggttgtcttcaataaaaaaaatga 10129049  T
201 agattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgctgtc 300  Q
    | ||  ||||||||| || |||  ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| || |||| | || ||  ||| ||| |     
10129050 atatcaatgggcttggtgaaagttcccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaacatgtagcgattcacaactgttctaagctatt 10129149  T
301 atatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgaga 349  Q
    |  |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
10129150 agctgtgccaaaattgattctgaaaagcacttgtcttacacacttgaga 10129198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 189
Target Start/End: Original strand, 10665451 - 10665633
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcct 100  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||  ||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
10665451 ttggaatgaatggattccctttgaaggcataaaatttgcttttcctcgacttagagccatggagttacgtaattgtccaaaactaaagggacatttgcct 10665550  T
101 agtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaat 189  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||      || |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
10665551 agccatcttccttgtatagaagaaattgaaattgaagg------tcgtctattagaaacaggtcccactttgcattggttgtcgtcaat 10665633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 11771159 - 11771507
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcct 100  Q
    ||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||| ||||||||| |||   |  |||| |||| ||||||||||| ||||||| || | |||| |||    
11771159 ttggaatgaatggcttccttttgaaggtataaaatttgcttttcctcgactcaaaactatggagttgcgtaattgtcctgaactaagggtacattttcct 11771258  T
101 agtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnnttta 200  Q
    |   | ||||||||||| |||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |    | |||||||||||||||||||||||        | |    
11771259 accaaccttccttgcatcgaagaaattgtaatcaaaggttgttctcatctattggaaaaaccatctactttgcattggttgtcgtcaataaaagaaatga 11771358  T
201 agattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgctgtc 300  Q
    | ||  | || |||| || || ||| || |||||||| ||||  |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||  | |  ||| ||    
11771359 atatcaacggccttggtgaaaagacacagttgtcattgcttgatagtgattctctatctatgatgcaacatgtagtgattgaaaagtatgttgagctatc 11771458  T
301 atatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttgaga 349  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
11771459 agttgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacatacttgaga 11771507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 214 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 13853392 - 13853259
Alignment:
214 tgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgctgtcatatgtgccaaaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | ||||||||    
13853392 tgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagcgattctccttgcacgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgtgttatgctgtcatctatgccaaaa 13853293  T
314 ttgattttgagaagcacttgtcttacacacttga 347  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||    
13853292 ttgattttgagaagcacttttcttcaacacttga 13853259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 10033925 - 10034273
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcct 100  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||   | |||  |||||  ||||||||| ||||||| |||| |||||||     
10033925 ttggaatgaatggattccctttgaaggcataaaatgtgcttttcctcgacttaaggctatagagttatataattgtccagaactaaggggacatttgccc 10034024  T
101 agtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnnttta 200  Q
    |   | ||||||| ||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    | ||| ||||||||||||| |||||        | |    
10034025 accaaccttccttccatagaaaaaattgtaatatcaggttgttctcatctattggaaacaccatctactctgcattggttgtcttcaataaaaaaaatga 10034124  T
201 agattgatgggcttga---tggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgct 297  Q
    | ||  ||||||||||   || |||  ||||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| || |||| | || ||  ||| |||    
10034125 atatcaatgggcttgagagtgaaagttcccaactgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaacatgtagcgattcacaactgttctaagct 10034224  T
298 gtcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttg 346  Q
     | |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10034225 attagctgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttg 10034273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 10373989 - 10373641
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcct 100  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||   | |||  |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||     
10373989 ttggaatgaatggattccctttgaaggcataaaatttgcttttcctcgacttaaggctatagagttacgtaattgtccagaactaaggggacatttgccc 10373890  T
101 agtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnnttta 200  Q
    |   | ||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    | ||| ||||||||||||| |||||        | |    
10373889 accaaccttccttccatagaagaaattgtaatatcaggttgttctcatctattggaaacaccatctactctgcattggttgtcttcaataaaagaaatga 10373790  T
201 agattgatgggcttga---tggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgct 297  Q
    | ||  ||||||||||   || |||  ||||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| | | ||| |||    | || | || | |    
10373789 atatcaatgggcttgagagtgaaagttcccaactgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaagaagtagttattcgtgaatgtgttaagtt 10373690  T
298 gtcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttg 346  Q
     | |  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
10373689 attagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttg 10373641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 115 - 272
Target Start/End: Original strand, 10502622 - 10502779
Alignment:
115 catagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnntttaagattgatgggctt 214  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||||| |||||||| |         ||| ||  ||||||||    
10502622 catagaagaaattgtaatagaaggttgtgctcatctattggaaacaccgcctactttgcattggctgtcgtcattgaaaaaaggtaatatcaatgggctt 10502721  T
215 gatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatg 272  Q
    | || || ||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
10502722 ggtgaaaagactcaattatcattgcttgggagtgactctccatgtatgatgcaacatg 10502779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Original strand, 10186305 - 10186491
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcct 100  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||| ||||| |||  |||||||| |||| ||  |||| |||||  | ||||||| |||||||||||  ||||||||    
10186305 ttggaatcaatggcttccctttgaaggaataaattttgtttttcctcgacttagaactatggagttagatgattgtcctgaactaaaggggcatttgcct 10186404  T
101 agtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtca 187  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||   ||| |||||||| |  |||||||||| |||   || |||||| |||||||| |||||    
10186405 agtgaccttccttgcatagaagaaattatgataaaaggttgtgcgaatctattggatacaccacctactttggattggttgccgtca 10186491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Original strand, 10079335 - 10079521
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcct 100  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||| ||||| |||  |||||||| |||| ||  |||| |||||  | ||||||| |||||||||||  |||| |||    
10079335 ttggaatcaatggcttccctttgaaggaataaattttgtttttcctcgacttagaactatggagttagatgattgtcctgaactaaaggggcattttcct 10079434  T
101 agtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtca 187  Q
    ||  | |||||||||||||||||||||   ||| |||||||| |  ||||||||||||||   || |||||| |||||||| |||||    
10079435 agcgaccttccttgcatagaagaaattatgataaaaggttgtgcgaatctattggaaacaccacctactttggattggttgccgtca 10079521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 279 - 346
Target Start/End: Original strand, 10665669 - 10665736
Alignment:
279 ttgaaaagtgcgctatgctgtcatatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttg 346  Q
    |||||||||| | |||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
10665669 ttgaaaagtgtgttatgctgtcatccatgccaaaattgattatgagaagcacttgtcttacacacttg 10665736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 160
Target Start/End: Original strand, 10530641 - 10530731
Alignment:
70 taattgtcccgaactaaagggatatttgcctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaaca 160  Q
    ||||||||| ||| | | |||| |||| ||||| || ||  ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||    
10530641 taattgtccagaatttaggggacattttcctagccacctatcttccatagaagaaattcaaatagaaggttgtgctcgtctattggaaaca 10530731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 304 - 347
Target Start/End: Original strand, 10262929 - 10262972
Alignment:
304 tgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttga 347  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
10262929 tgttccaaaattgattctgagaagcacttgtctaacacacttga 10262972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 160
Target Start/End: Original strand, 10679477 - 10679522
Alignment:
115 catagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaaca 160  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||    
10679477 catagaagaaattcaaatagaaggttatgctcgtctattggaaaca 10679522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 55746 - 55400
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcct 100  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||   |  ||  |||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||     
55746 ttggaatgaatggattccctttgaaggcataaaatttgcttttcctcaacttaaggcaatagagttacgtgattgtccagaactaaggggacatttgccc 55647  T
101 agtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnnttta 200  Q
    |   | ||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    | ||| ||||||||||||| |||||        | |    
55646 accaaccttccttccatagaagaaattgtaatatcaggttgttctcatctattggaaacaccatctactctgcattggttgtcttcaataaaaataatga 55547  T
201 agattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgctgtc 300  Q
    | ||  ||||||||| || |||  ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| || |||| | || ||  ||| ||| |     
55546 atatcaatgggcttggtgaaagttcccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaacatgtagcgattcacaactgttctaagctatt 55447  T
301 atatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttga 347  Q
    |  |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
55446 agctgtgccaaaattgattctgaaaagcacttgtcttacacacttga 55400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 66; Significance: 4e-29; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 347
Target Start/End: Original strand, 26908813 - 26909159
Alignment:
1 ttggaatgaatgggttccctttaaaggcataaaattttcttttcctcaacttcgagttatgaagttacgtaattgtcccgaactaaagggatatttgcct 100  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||| || || ||||||||||||| |||  ||  |||  |||| | |||||||||  ||||||| |||  |||||||    
26908813 ttggaatcaatggcttccctttgaaggaatgaatttttcttttcctcgactcagaactattgagttgcataattgtccaaaactaaaaggacttttgcct 26908912  T
101 agtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgtcgtcaatnnnnnnnttta 200  Q
    ||  | |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||||||||||    | ||||| |||||| ||||||| ||        |||    
26908913 agcaaccttccttgcatagaagaaattgtaataaaaggttgctatcatctattggaaacaccatctactttacattgggtgtcgtccataccgaaaatta 26909012  T
201 agattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgctgtc 300  Q
    | ||  ||||||||| |  |||||||  ||||||||| |||  |||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| |||| || | |  ||| |     
26909013 atatccatgggcttggtaaaaggaccatattgtcattgcttaagagtgattctccctgtatgatgcaagatgtagtgattcaaaattgtgttgggctatt 26909112  T
301 atatgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttga 347  Q
    |  | |||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||    
26909113 aggtttgccaaaattgattctgagaagcacatgtcttcaacacttga 26909159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000009; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 95 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 44955727 - 44955662
Alignment:
95 ttgcctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaaca 160  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||    
44955727 ttgccaagtcatctttcttccatagaagaaattgaaataaaagattgtgctcatctattggaaaca 44955662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 83 - 189
Target Start/End: Original strand, 11487042 - 11487148
Alignment:
83 ctaaagggatatttgcctagtcatcttccttgcatagaagaaattgaaatagaaggttgttctcatctattggaaacagagcccactttgcattggttgt 182  Q
    |||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||| ||||| | |||  ||||||| | ||||| |||||||||    |  |||||||||||||||    
11487042 ctaaggggacatttgcctagccaccttccttgcatagaaaaaattaatataacaggttgtgcccatcttttggaaacaccatctgctttgcattggttgt 11487141  T
183 cgtcaat 189  Q
    |||||||    
11487142 cgtcaat 11487148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 214 - 319
Target Start/End: Original strand, 11487167 - 11487272
Alignment:
214 tgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagtgattctccatgtatgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgcgctatgctgtcatatgtgccaaaa 313  Q
    |||||||| |||| || |||| || ||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||  || |||||||||||| |  | | |||||| ||||||||||    
11487167 tgatggaatgaccgaactgtctttacttgggagtgactctccgtgtatgaggcagcatatagcgattgaaaagtgtgtcacgttgtcatctgtgccaaaa 11487266  T
314 ttgatt 319  Q
    ||||||    
11487267 ttgatt 11487272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University