View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1359_high_7 (Length: 533)
Name: NF1359_high_7
Description: NF1359
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1359_high_7 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 480; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 518
Target Start/End: Original strand, 30292329 - 30292808
Alignment:
| Q |
39 |
aaaaggactgtaccagatggagctatttggccttaccttcacaaagataacctcgatgatggatgtgactcatgcccctattgtattgtccttccatgcc |
138 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30292329 |
aaaaggactgtaccagatggagctatttggccttaccttcacaaagataacctcgatgatggatgtgactcatgcccctattgtattgtccttccatgcc |
30292428 |
T |
|
| Q |
139 |
ttgtcaagctacaacaggttaagtgagatcttttaagtttctttacctctctttttgaatatagtgtcattgcaaaacatctttaagagctaatttgttt |
238 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30292429 |
ttgtcaagctacaacaggttaagtgagatcttttaagtttctttacctctctttttgaatatagtgtcattgcaaaacatctttaagagctaatttgttt |
30292528 |
T |
|
| Q |
239 |
atagcactggacatctattgtaggcttgtagctttattcattagtacgagtttctatcttgtaattgtaggaaactatttattatgattcaggtcagtag |
338 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30292529 |
atagcactggacatctattgtaggcttgtagctttattcattagtacgagtttctatcttgtaattgtaggaaactatttattatgattcaggtcagtag |
30292628 |
T |
|
| Q |
339 |
ttgtaacggggatgagaaagagaggcgtgaattatctcaagaaggcacatttgttatctgttaagatgaaagtagatatggacaaggatatggatgttca |
438 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30292629 |
ttgtaacggggatgagaaagagaggcgtgaattatctcaagaaggcacatttgttatctgttaagatgaaagtagatatggacaaggatatggatgttca |
30292728 |
T |
|
| Q |
439 |
aattaatatgggtgtggtttgacaataaatttaaatcattaaaatgaaactcgttctctctctactacatgttgattgat |
518 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30292729 |
aattaatatgggtgtggtttgacaataaatttaaatcattaaaatgaaactcgttctctctctactacatgttgattgat |
30292808 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 518
Target Start/End: Original strand, 30321230 - 30321709
Alignment:
| Q |
39 |
aaaaggactgtaccagatggagctatttggccttaccttcacaaagataacctcgatgatggatgtgactcatgcccctattgtattgtccttccatgcc |
138 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30321230 |
aaaaggactgtaccagatggagctatttggccttaccttcacaaagataacctcgatgatggatgtgactcatgcccctattgtattgtccttccatgcc |
30321329 |
T |
|
| Q |
139 |
ttgtcaagctacaacaggttaagtgagatcttttaagtttctttacctctctttttgaatatagtgtcattgcaaaacatctttaagagctaatttgttt |
238 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30321330 |
ttgtcaagctacaacaggttaagtgagatcttttaagtttctttacctctctttttgaatatagtgtcattgcaaaacatctttaagagctaatttgttt |
30321429 |
T |
|
| Q |
239 |
atagcactggacatctattgtaggcttgtagctttattcattagtacgagtttctatcttgtaattgtaggaaactatttattatgattcaggtcagtag |
338 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30321430 |
atagcactggacatctattgtaggcttgtagctttattcattagtacgagtttctatcttgtaattgtaggaaactatttattatgattcaggtcagtag |
30321529 |
T |
|
| Q |
339 |
ttgtaacggggatgagaaagagaggcgtgaattatctcaagaaggcacatttgttatctgttaagatgaaagtagatatggacaaggatatggatgttca |
438 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30321530 |
ttgtaacggggatgagaaagagaggcgtgaattatctcaagaaggcacatttgttatctgttaagatgaaagtagatatggacaaggatatggatgttca |
30321629 |
T |
|
| Q |
439 |
aattaatatgggtgtggtttgacaataaatttaaatcattaaaatgaaactcgttctctctctactacatgttgattgat |
518 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30321630 |
aattaatatgggtgtggtttgacaataaatttaaatcattaaaatgaaactcgttctctctctactacatgttgattgat |
30321709 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University