View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13611_low_6 (Length: 473)

Name: NF13611_low_6
Description: NF13611
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13611_low_6
NF13611_low_6
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (163-458)||(26354216-26354507)
chr5 (164-450)||(9815573-9815855)
chr5 (173-425)||(38434911-38435159)
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (163-458)||(20015490-20015781)
chr3 (160-340)||(19849531-19849707)
chr3 (219-431)||(19838983-19839195)
chr3 (171-431)||(19956630-19956886)
chr3 (163-451)||(26647542-26647826)
chr3 (171-418)||(19819106-19819349)
chr3 (158-423)||(19832403-19832664)
chr3 (165-458)||(26653688-26653977)
chr3 (220-424)||(19812874-19813078)
chr3 (275-452)||(20007567-20007744)
chr3 (220-426)||(20033655-20033861)
chr3 (171-406)||(20035944-20036175)
chr3 (163-329)||(24839392-24839554)
chr3 (220-433)||(19951715-19951928)
chr3 (164-309)||(19990064-19990205)
chr3 (163-329)||(19858610-19858772)
chr3 (163-329)||(19854038-19854200)
chr3 (163-281)||(19944255-19944369)
chr3 (187-293)||(20046682-20046784)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (163-424)||(1717758-1718015)
chr1 (375-418)||(38483727-38483770)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (171-423)||(22655640-22655888)
chr8 (219-329)||(11544660-11544770)
chr8 (171-301)||(22689119-22689245)
chr8 (68-125)||(22686245-22686302)
chr8 (262-329)||(11563841-11563908)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (186-329)||(39191394-39191533)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (316-452)||(12495286-12495422)
chr7 (316-452)||(12519090-12519226)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 163 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 26354507 - 26354216
Alignment:
Q  163 aaatgctttcatttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattca 262  Q
    ||||||| |||||||||| |||  ||||||||||||||   |||||||||||     ||||||||||| ||| | |||||||||||  || |||||||      
T  26354507 aaatgctctcatttgttatatgcctgagagtttctgagcttgttggatttga----ctctatagagcagtatttgccacatagagttgctatgcaatttg 26354412  T
Q  263 gaatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagatttgta 362  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26354411 gaatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagatttaatgagactaaattcattgcttggaaaaactattgtaggcttatatttgatacagatttgta 26354312  T
Q  363 tttcccacaaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtggaggcaatcaatattgggtcatgtcgattttgttaaaaacat 458  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26354311 tttcccaccaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtggaggcaatcaatattgggtcatgtcgattttgttaaaaacat 26354216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 164 - 450
Target Start/End: Original strand, 9815573 - 9815855
Alignment:
Q  164 aatgctttcatttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcag 263  Q
    |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||   |||||||| ||     ||||||||||| ||| | |||||||||||  || |||||||       
T  9815573 aatgctctcatttgttatatgcttgagagtttccgagcttgttggattcga----ctctatagagcagtatttgccacatagagttgctatgcaatttga 9815668  T
Q  264 aatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagatttgtat 363  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||  | ||||||||    
T  9815669 aatggatcaagatgttccaacttatgtgcctagattcaatgagactaaactcatggcttggaaaaactattgtaggcttatatctgatcaaaatttgtat 9815768  T
Q  364 ttcccacaaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtggaggcaatcaatattgggtcatgtcgattttgtt 450  Q
    || |||| |||||||| |||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  9815769 tttccaccaagactttttgaggcagatgttaccacacgatatacaatgtggtggaagcaatcggtattgggtcatgtcgattttgtt 9815855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 173 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 38435159 - 38434911
Alignment:
Q  173 atttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcagaatggatca 272  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||  | |||||||||| |||    || || |||||||| ||||||||||   || || |||| ||||| |||||    
T  38435159 atttgttacatgcttgagagtttcctagctaattggatttgactct----attgaacaatatctaccacatagagatgctatgtaatttagaattgatca 38435064  T
Q  273 agatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagatttgtatttcccacaa 372  Q
    |||||||||||||||||||| ||| || |||||||||| ||  ||||||| |||||||||  | || || |||||||||| | |||||||||| |||| |    
T  38435063 agatgttccaagttatgtgcttaggttaaatgagactaaatcaattgcttagaaaaactaccgcagtctcatatttgataaaaatttgtattttccacca 38434964  T
Q  373 agactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtggaggcaatc 425  Q
    ||| | | |||||||||||| ||||  |||||||||| |||||||| ||||||    
T  38434963 agattatttgaggcagatgttaccaagcgttatgcaaggtggtggaagcaatc 38434911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 163 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 20015781 - 20015490
Alignment:
Q  163 aaatgctttcatttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattca 262  Q
    ||||||| |||||||||| ||| || |||||||| |||   |||||||||||     ||||||||||| ||| | ||||| |||||  || |||||||      
T  20015781 aaatgctctcatttgttatatgcttaagagtttccgagcttgttggatttga----ctctatagagcagtatttgccacacagagttgctatgcaatttg 20015686  T
Q  263 gaatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagatttgta 362  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| | |||||||| ||||||| ||||| | | |||||    
T  20015685 gaatggatcaagatgttccaggtgatgtgcctagattcaatgagactaaaatcactgcttggaaatattattgtaggcttatatctgataaaaacttgta 20015586  T
Q  363 tttcccacaaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtggaggcaatcaatattgggtcatgtcgattttgttaaaaacat 458  Q
    ||| |||| |||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||    ||||||||||| |||||    
T  20015585 ttttccaccaagactctttgaggcagatgtagccacacgttatgcaatgtggtggaagcaatcggtattgggtcacagagattttgttaagaacat 20015490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 160 - 340
Target Start/End: Original strand, 19849531 - 19849707
Alignment:
Q  160 aagaaatgctttcatttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaat 259  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19849531 aagaaatactttcatttgttacatgtttgagagtttctgagctcattggatttgagtct----atagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaat 19849626  T
Q  260 tcagaatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaactattgtagac 340  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||| |  |||||||||| |||||||||| ||||    
T  19849627 tcggaatggatcaagatgttccaagttatgtgccgaggttaaatgatactaaagacattgcttggcaaaactattgcagac 19849707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 219 - 431
Target Start/End: Original strand, 19838983 - 19839195
Alignment:
Q  219 gtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcagaatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcatt 318  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| ||||| || ||||    
T  19838983 gtctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaattcggaatggatcaagatgttccaggttatgtggctaggttcaatgtgactaaatacatt 19839082  T
Q  319 gcttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagatttgtatttcccacaaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtgga 418  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||| ||||| | | |||||||| |||| |||| | | |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  19839083 gcttggaaaaactattgcagacccatatatgataaaaacttgtattttccaccaagattatttgaggcagatgttaccatacgttatgcaaggtggtgga 19839182  T
Q  419 ggcaatcaatatt 431  Q
      |||||| ||||    
T  19839183 tacaatcagtatt 19839195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 171 - 431
Target Start/End: Original strand, 19956630 - 19956886
Alignment:
Q  171 tcatttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcagaatggat 270  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| |||   |||||||||||||||    |||||||||||||| |||||||||||  || |||||||  |||| |||    
T  19956630 tcatttgttatatgcttgagagtttccgagctggttggatttgagtct----atagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaattgat 19956725  T
Q  271 caagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagatttgtatttcccac 370  Q
    |||||||||||  |||||||  |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||| || ||||  |||| ||||| | | |||||||| ||||    
T  19956726 caagatgttccgggttatgtagctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactactgcagacccatatatgataaaaacttgtattttccac 19956825  T
Q  371 aaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtggaggcaatcaatatt 431  Q
     |||| | | |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||    
T  19956826 caagattatttgaggcagatgttaccacacgttatgcaaggtggtgggtgcaatcagtatt 19956886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 163 - 451
Target Start/End: Original strand, 26647542 - 26647826
Alignment:
Q  163 aaatgctttcatttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattca 262  Q
    ||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||   |||||||| ||     |||||||| || ||||| |||||||||||  || |||||||      
T  26647542 aaatgctctcatttgttatatgcttgagagtttctgagcttgttggattcga----ctctatagaacagtatctgccacatagagttgctatgcaatttg 26647637  T
Q  263 gaatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagatttgta 362  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||    ||||||    
T  26647638 gaatggatcaagatgttccgagtgatgtgcctcgattcaatgagactaaagacattgcttggaaaaactactgtagacgcatatctgataggagtttgta 26647737  T
Q  363 tttcccacaaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtggaggcaatcaatattgggtcatgtcgattttgtta 451  Q
    |||||||   ||| ||| |||||||||||| || || |||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||| ||  ||||||||||    
T  26647738 tttcccatcgagattttttgaggcagatgttactacccgttatgcaaggtggtggaaacaatcagtattgggtcgtgatgattttgtta 26647826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 171 - 418
Target Start/End: Original strand, 19819106 - 19819349
Alignment:
Q  171 tcatttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcagaatggat 270  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||   ||||| ||||||||     |||||||||||||| |||||||||||  || |||| ||  |||| |||    
T  19819106 tcatttgttatatgtttgagagtttctgagcttgttggttttgagtcc----atagagcaatatcttccacatagagttgctatgcagtttggaattgat 19819201  T
Q  271 caagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagatttgtatttcccac 370  Q
    |||||||||||  |||||||| |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||| || || |  |||| ||||| | | |||||||| ||||    
T  19819202 caagatgttcctggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactactgcaggccaatatctgataaaaacttgtattttccac 19819301  T
Q  371 aaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtgga 418  Q
     |||| | | |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  19819302 caagattatttgaggcagatgttaccacacgttatgcaaggtggtgga 19819349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 158 - 423
Target Start/End: Original strand, 19832403 - 19832664
Alignment:
Q  158 acaagaaatgctttcatttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgca 257  Q
    |||| |||| || |||||||||| |||||||||||||||||||   ||||| ||||||||     |||||||||||||| |||||||||||  || ||||    
T  19832403 acaaaaaattctctcatttgttatatgtttgagagtttctgagcttgttggttttgagtcc----atagagcaatatcttccacatagagttgctatgca 19832498  T
Q  258 attcagaatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagat 357  Q
      |  |||| ||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||| || || |  |||| ||||| | |     
T  19832499 gattggaattgatcaagatgttcctggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactactgcaggccaatatctgataaaaac 19832598  T
Q  358 ttgtatttcccacaaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtggaggcaa 423  Q
    |||||||| |||| |||| | | |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  19832599 ttgtattttccaccaagattatttgaggcagatgttaccacacgttatgcaaggtggtggaagcaa 19832664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 165 - 458
Target Start/End: Original strand, 26653688 - 26653977
Alignment:
Q  165 atgctttcatttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcaga 264  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||||    || ||||||||||| |||||||||||  || |||||||  ||    
T  26653688 atgctctcatttgttatatgcttgagagttgctgagctagttggatttgagtct----attgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttgga 26653783  T
Q  265 atggatcaagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagatttgtatt 364  Q
    || || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| || |||||||||| ||||||| || || | ||| | | ||| | |||||||||    
T  26653784 attgaccaagatgttccaagttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttgggaaaactactgcaggcctatttcttataaaaatttgtatt 26653883  T
Q  365 tcccacaaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtggaggcaatcaatattgggtcatgtcgattttgttaaaaacat 458  Q
    | |||| |||  | | |||||||||||| | ||  |||||||||| |||||||| ||||    ||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  26653884 ttccaccaaggttgtttgaggcagatgtcatcatgcgttatgcaaagtggtggaagcaactggtattgggtcatggagattttgttaagaacat 26653977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 220 - 424
Target Start/End: Original strand, 19812874 - 19813078
Alignment:
Q  220 tctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcagaatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattg 319  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| | | ||||    
T  19812874 tctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaattgatcaagatgttccaagttatgtgcctaggttcaataaaactaaagtgattg 19812973  T
Q  320 cttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagatttgtatttcccacaaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtggag 419  Q
    | ||||||||||| || || || |||| ||||| | | |||||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||| | |||||  | ||||||||     
T  19812974 catggaaaaactactgcaggctcatatctgataaaaaattgtattttccaccaagactttttgaggcagatgttaccacgcattatgtcaagtggtggaa 19813073  T
Q  420 gcaat 424  Q
    |||||    
T  19813074 gcaat 19813078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 275 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 20007744 - 20007567
Alignment:
Q  275 atgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagatttgtatttcccacaaag 374  Q
    ||||||||| | |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||| | |||||||||| |||| |||    
T  20007744 atgttccaactaatgtgcctaggttcaatgagactaaattcattgcttggaagaactattttaggcttatatctgataaaaatttgtattttccaccaag 20007645  T
Q  375 actttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtggaggcaatcaatattgggtcatgtcgattttgttaa 452  Q
    |  || |||||||| ||||  |||||| ||||||| |||||||| ||||    |||||||||||| ||||||||||||    
T  20007644 atattttgaggcagctgtacgcacacgatatgcaaagtggtggaagcaagtggtattgggtcatggcgattttgttaa 20007567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 220 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 20033861 - 20033655
Alignment:
Q  220 tctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcagaatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattg 319  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |   | ||    
T  20033861 tctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccaagttatgtgcctaggttcaacgagactaaagagaatg 20033762  T
Q  320 cttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagatttgtatttcccacaaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtggag 419  Q
    |||||| |||||| ||| | |  || | ||||  | |||||||||| |||| |||| | | |||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||     
T  20033761 cttggagaaactactgtcggcccatctctgatgaaaatttgtattttccaccaagattatttgaggcagatgttaccacgcgttatgcaaactggtggaa 20033662  T
Q  420 gcaatca 426  Q
    |||||||    
T  20033661 gcaatca 20033655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 171 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 20036175 - 20035944
Alignment:
Q  171 tcatttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcagaatggat 270  Q
    |||||||||| ||| ||||| |||||||||   |||||||||||||||    |||||||||||||| |||||||||||  || |||||||  |||| |||    
T  20036175 tcatttgttatatgcttgagggtttctgagctggttggatttgagtct----atagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaattgat 20036080  T
Q  271 caagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagatttgtatttcccac 370  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||| | |||| | |||| | | |||||||||| |||||| || || || |||| ||||| | | |||||||| ||||    
T  20036079 caagatgttccgagttacgtggctaggtgcaataaaactaaagtgattgcttggagaaactactgcaggctcatatctgataaaaaattgtattttccac 20035980  T
Q  371 aaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatg 406  Q
     |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  20035979 caagactttttgaggcagatgttaccacatgttatg 20035944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 163 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 24839554 - 24839392
Alignment:
Q  163 aaatgctttcatttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattca 262  Q
    ||||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||    ||||| |||||||| |||||||||||  || ||||||||     
T  24839554 aaatgctctcatttgttatattcttgagagtttctgagctagttggatttgagtct----atagaacaatatctaccacatagagttgctatgcaattcg 24839459  T
Q  263 gaatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaa 329  Q
    || | ||||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||| |  |||||||||||||||    
T  24839458 gatttgatcaagatgttcctggttatgtgtctagactcaatgagactaaagccattgcttggaaaaa 24839392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 220 - 433
Target Start/End: Original strand, 19951715 - 19951928
Alignment:
Q  220 tctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcagaatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattg 319  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| | |||| | | ||||    
T  19951715 tctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttgcaatggatcaagatgttccgagttatgtgcctaggttcaataaaactaaagtgattg 19951814  T
Q  320 cttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagatttgtatttcccacaaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtggag 419  Q
    ||||||||||||| || || |  |||| ||||| | |||||||||| |||  || | ||| |||||| ||||  | ||  |||||||||| |||||||      
T  19951815 cttggaaaaactactgcaggcccatatctgataaaaatttgtattttccatcaaaaatttttgaggctgatgctagcatgcgttatgcaaagtggtggga 19951914  T
Q  420 gcaatcaatattgg 433  Q
    ||||||| ||||||    
T  19951915 gcaatcagtattgg 19951928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 164 - 309
Target Start/End: Original strand, 19990064 - 19990205
Alignment:
Q  164 aatgctttcatttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcag 263  Q
    |||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||   |||||| |||| | |||    ||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||  |    
T  19990064 aatgctgtcatttgttagatgtatgagagtttctgagcttgttggaattgactttgt----agttcaatatctcccacatagagttgctttgcaatttgg 19990159  T
Q  264 aatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagact 309  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  19990160 aatggatcaagatattccaagttacgtgcctaggttcaatgagact 19990205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 163 - 329
Target Start/End: Original strand, 19858610 - 19858772
Alignment:
Q  163 aaatgctttcatttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattca 262  Q
    ||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||  |||||| |||||    || ||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||      
T  19858610 aaatgctctcatttattatatgtttgagagtttctgagctagttgggtttga----gtttatagagcaatatctaccacatagagttgctatgcaatttg 19858705  T
Q  263 gaatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaa 329  Q
     | | ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||  ||  | ||||||||||||||||    
T  19858706 aatttgatcaagatgttcctggttatgtgtctagattcaatgaatctcaagtcattgcttggaaaaa 19858772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 163 - 329
Target Start/End: Original strand, 19854038 - 19854200
Alignment:
Q  163 aaatgctttcatttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattca 262  Q
    ||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||||  |||||| |||||    || ||||||||||||||| |||||||||||  ||  ||||||      
T  19854038 aaatgctcttatttgtcacatgcttgagagtttctgagctagttgggtttga----gtttatagagcaatatctaccacatagagttgctaggcaatttg 19854133  T
Q  263 gaatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaa 329  Q
    || | ||||||||||||||  |||||||| | ||| |||||||||||  | ||||||| ||||||||    
T  19854134 gatttgatcaagatgttcctggttatgtgtccagactcaatgagactcaagtcattgcatggaaaaa 19854200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 281
Target Start/End: Original strand, 19944255 - 19944369
Alignment:
Q  163 aaatgctttcatttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattca 262  Q
    ||||||| |||||||||| ||  ||||||||||| |||  ||||||||||||    ||||||||| |||||||| ||| |||||||  || ||||||||     
T  19944255 aaatgctctcatttgttatattcttgagagtttccgagctagttggatttga----gtctatagaacaatatctaccatatagagttgctatgcaattcg 19944350  T
Q  263 gaatggatcaagatgttcc 281  Q
    || | ||||||||||||||    
T  19944351 gatttgatcaagatgttcc 19944369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 187 - 293
Target Start/End: Original strand, 20046682 - 20046784
Alignment:
Q  187 tgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcagaatggatcaagatgttccaagtt 286  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||||    |||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||  || | || ||||||||||| ||||    
T  20046682 tgagagtttctgagcttgttggatttgagtct----atagagcagtatcttccacatagagtttctatgcaatttggacttgaccaagatgttccgagtt 20046777  T
Q  287 atgtgcc 293  Q
    |||||||    
T  20046778 atgtgcc 20046784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 73; Significance: 4e-33; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 163 - 424
Target Start/End: Original strand, 1717758 - 1718015
Alignment:
Q  163 aaatgctttcatttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattca 262  Q
    ||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||    ||||||||||| |||    |||||||| ||||| |||||||||||  || |||||||      
T  1717758 aaatgctgtcatttgttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactct----atagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttg 1717853  T
Q  263 gaatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagatttgta 362  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| |||| || || |  |||| ||||| | |  ||||    
T  1717854 gaatggatcaagatgttccaagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacactactgcaggcccatatctgataaaaaaatgta 1717953  T
Q  363 tttcccacaaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtggaggcaat 424  Q
    ||| |||   ||| ||| ||||| | |||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||    
T  1717954 ttttccatcgagattttttgagggaaatgttacctcacgttatgcaaggtggtggaagcaat 1718015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 375 - 418
Target Start/End: Original strand, 38483727 - 38483770
Alignment:
Q  375 actttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtgga 418  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38483727 actttttgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtgga 38483770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 171 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 22655888 - 22655640
Alignment:
Q  171 tcatttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcagaatggat 270  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||||   |||||||||||||||    |||||  ||||||| |||| |||||| ||| |||||||  |||| |||    
T  22655888 tcatttgttgtatgtttgagggtttctgagcttgttggatttgagtct----atagaaaaatatcttccacgtagagtttctatgcaatttggaattgat 22655793  T
Q  271 caagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagatttgtatttcccac 370  Q
    |||||||||||  |||||||  |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||| || ||||  |||| ||||| | | |||||||| ||||    
T  22655792 caagatgttccgggttatgtagctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactactgcagacccatatctgataaaaacttgtattttccac 22655693  T
Q  371 aaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggtggaggcaa 423  Q
     |||| | | ||||  |||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  22655692 caagattatttgagatagatgttaccacacattatgcaaggtggtggaagcaa 22655640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 219 - 329
Target Start/End: Original strand, 11544660 - 11544770
Alignment:
Q  219 gtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcagaatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcatt 318  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||  || |||||||  ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||| |  |  ||||    
T  11544660 gtctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccatt 11544759  T
Q  319 gcttggaaaaa 329  Q
    |||||||||||    
T  11544760 gcttggaaaaa 11544770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 171 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 22689245 - 22689119
Alignment:
Q  171 tcatttgttacatgtttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcagaatggat 270  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||  ||||||||||||    |||||||||||||||||| |||||||||||  ||  ||| ||  ||||||||    
T  22689245 tcatttgttatatgcttgagagtttctgagctagttggatttga----gtctatagagcaatatctaccacatagagttgctaggcagtttggaatggat 22689150  T
Q  271 caagatgttccaagttatgtgcctagattca 301  Q
    |||||||||||  |||||||  |||||||||    
T  22689149 caagatgttcctggttatgtctctagattca 22689119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 68 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 22686302 - 22686245
Alignment:
Q  68 caggataccttttaaaaggagtaacctatggtttgtagacatctccaatgtgtgtatc 125  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  22686302 caggatatcttttaaaaggagtaacctatggttcgtaaacatctccaatgtgtgtatc 22686245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 262 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 11563908 - 11563841
Alignment:
Q  262 agaatggatcaagatgttccaagttatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaa 329  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||| |  |  |||||||||||||||    
T  11563908 agaatggatcaagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaa 11563841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 186 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 39191533 - 39191394
Alignment:
Q  186 ttgagagtttctgagtaagttggatttgagtctgtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcagaatggatcaagatgttccaagt 285  Q
    ||||||||||| |||  |||||| |||||    |||||| ||||||||||| |||||||||||  || |||||||  ||||||||||||||||||||  |    
T  39191533 ttgagagtttcggagctagttggttttga----gtctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccagat 39191438  T
Q  286 tatgtgcctagattcaatgagactagattcattgcttggaaaaa 329  Q
    | ||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||    
T  39191437 tgtgtgcctagattcaatgagactgaaaccattgcttggaaaaa 39191394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 316 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 12495422 - 12495286
Alignment:
Q  316 attgcttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagatttgtatttcccacaaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggt 415  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| || || | | ||| | ||||||||||  ||| | |||| | |||||||||| | ||||  ||||||| || || ||    
T  12495422 attgcttcgaaaaactattctaggctcatgtctaataaaaatttgtattttgcaccatgactgtttgaggcagatattaccatgcgttatgtaaagttgt 12495323  T
Q  416 ggaggcaatcaatattgggtcatgtcgattttgttaa 452  Q
    ||| |||||| || ||||||||||  |||||||||||    
T  12495322 ggaagcaatcgatgttgggtcatggagattttgttaa 12495286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 316 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 12519226 - 12519090
Alignment:
Q  316 attgcttggaaaaactattgtagacttatatttgatacagatttgtatttcccacaaagactttatgaggcagatgtaaccacacgttatgcaatgtggt 415  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| || || | | ||| | ||||||||||  ||| | |||| | |||||||||  | ||||  ||||||| || |||||    
T  12519226 attgcttcgaaaaactattctaggctcatgtctaataaaaatttgtattttgcaccatgactgtttgaggcagaaattaccatgcgttatgtaaagtggt 12519127  T
Q  416 ggaggcaatcaatattgggtcatgtcgattttgttaa 452  Q
    ||| |||||| || ||||||||||  |||||||||||    
T  12519126 ggaagcaatcgatgttgggtcatggagattttgttaa 12519090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University