View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13612_low_2 (Length: 825)

Name: NF13612_low_2
Description: NF13612
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13612_low_2
NF13612_low_2
[»] chr8 (26 HSPs)
chr8 (562-820)||(41806110-41806367)
chr8 (230-562)||(30410154-30410486)
chr8 (1-205)||(41805912-41806116)
chr8 (325-562)||(28644562-28644799)
chr8 (236-563)||(30405651-30405961)
chr8 (367-562)||(33071918-33072113)
chr8 (367-562)||(42234656-42234851)
chr8 (367-562)||(38757003-38757186)
chr8 (409-563)||(43807485-43807641)
chr8 (409-562)||(43812044-43812199)
chr8 (409-564)||(202202-202361)
chr8 (409-564)||(317039-317198)
chr8 (409-563)||(197684-197842)
chr8 (409-563)||(312521-312679)
chr8 (611-820)||(41800036-41800242)
chr8 (466-562)||(41945339-41945434)
chr8 (462-563)||(41949801-41949902)
chr8 (250-298)||(38757253-38757301)
chr8 (242-298)||(28644826-28644882)
chr8 (205-268)||(38757331-38757395)
chr8 (384-438)||(27435169-27435223)
chr8 (55-152)||(41799727-41799824)
chr8 (222-262)||(28644850-28644890)
chr8 (205-273)||(30410105-30410174)
chr8 (237-269)||(30405629-30405661)
chr8 (205-273)||(30405585-30405654)
[»] chr5 (32 HSPs)
chr5 (325-562)||(30695293-30695530)
chr5 (367-562)||(32485947-32486143)
chr5 (325-563)||(40367531-40367758)
chr5 (367-562)||(19502307-19502504)
chr5 (367-563)||(26336767-26336965)
chr5 (205-562)||(40371549-40371892)
chr5 (367-562)||(36632314-36632497)
chr5 (377-542)||(43384972-43385138)
chr5 (409-563)||(7099374-7099532)
chr5 (409-563)||(12023288-12023446)
chr5 (409-562)||(7103943-7104100)
chr5 (409-562)||(12018731-12018888)
chr5 (409-563)||(16798668-16798826)
chr5 (409-562)||(16794108-16794265)
chr5 (381-514)||(20830304-20830437)
chr5 (409-562)||(10274546-10274698)
chr5 (454-568)||(10277198-10277312)
chr5 (205-298)||(30695558-30695651)
chr5 (409-563)||(37682035-37682182)
chr5 (562-709)||(278541-278689)
chr5 (409-562)||(37658732-37658878)
chr5 (440-514)||(20808675-20808749)
chr5 (249-298)||(12018997-12019047)
chr5 (249-297)||(7099217-7099266)
chr5 (249-297)||(7103786-7103835)
chr5 (249-297)||(16798935-16798984)
chr5 (251-297)||(16794374-16794421)
chr5 (106-176)||(278834-278904)
chr5 (249-298)||(12023566-12023616)
chr5 (205-297)||(37658985-37659082)
chr5 (249-297)||(37682289-37682340)
chr5 (205-247)||(40367386-40367427)
[»] chr7 (23 HSPs)
chr7 (322-563)||(27761396-27761638)
chr7 (322-562)||(27756846-27757087)
chr7 (325-556)||(47419498-47419729)
chr7 (322-562)||(22901154-22901396)
chr7 (381-563)||(35705633-35705815)
chr7 (367-562)||(7466485-7466669)
chr7 (373-549)||(733634-733811)
chr7 (409-563)||(7940083-7940241)
chr7 (409-562)||(7944636-7944793)
chr7 (205-270)||(27757188-27757252)
chr7 (205-298)||(47419376-47419470)
chr7 (390-550)||(13828087-13828248)
chr7 (249-298)||(7939926-7939976)
chr7 (249-298)||(7944479-7944529)
chr7 (249-298)||(22901420-22901470)
chr7 (249-298)||(27757111-27757161)
chr7 (249-298)||(27761662-27761712)
chr7 (205-273)||(22901505-22901573)
chr7 (205-273)||(27761699-27761767)
chr7 (454-550)||(37355573-37355669)
chr7 (230-270)||(22901497-22901537)
chr7 (204-270)||(7939807-7939875)
chr7 (205-270)||(7944385-7944452)
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (204-563)||(21850198-21850574)
chr3 (205-563)||(21847108-21847483)
chr3 (367-562)||(9105275-9105470)
chr3 (367-562)||(11004365-11004560)
chr3 (367-563)||(43547722-43547920)
chr3 (367-562)||(9697586-9697783)
chr3 (409-563)||(54171924-54172082)
chr3 (409-563)||(54167344-54167502)
chr3 (409-562)||(39399127-39399279)
chr3 (366-486)||(43554645-43554765)
chr3 (562-699)||(24685192-24685329)
chr3 (613-808)||(24631841-24632035)
chr3 (381-501)||(755891-756012)
chr3 (485-563)||(43554291-43554371)
chr3 (630-705)||(24682519-24682594)
chr3 (596-758)||(24653501-24653664)
chr3 (409-514)||(38175790-38175894)
chr3 (719-808)||(24685331-24685420)
chr3 (249-298)||(54167186-54167236)
chr3 (249-298)||(54171766-54171816)
chr3 (459-492)||(755824-755857)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (322-562)||(39793831-39794070)
chr1 (322-562)||(16588395-16588635)
chr1 (205-562)||(26311522-26311868)
chr1 (322-563)||(26316012-26316240)
chr1 (367-563)||(43591783-43591979)
chr1 (409-563)||(10504435-10504588)
chr1 (205-298)||(26316253-26316348)
chr1 (203-298)||(16588275-16588370)
chr1 (250-298)||(39794097-39794145)
chr1 (205-259)||(39794198-39794250)
chr1 (205-259)||(39796802-39796854)
[»] chr6 (22 HSPs)
chr6 (322-562)||(8319960-8320199)
chr6 (322-563)||(8315421-8315662)
chr6 (322-563)||(27552026-27552268)
chr6 (322-562)||(17779914-17780155)
chr6 (367-562)||(17096236-17096431)
chr6 (325-564)||(27574657-27574886)
chr6 (373-562)||(17895691-17895881)
chr6 (367-562)||(14531749-14531945)
chr6 (373-563)||(17886816-17887001)
chr6 (230-298)||(8319866-8319935)
chr6 (250-298)||(8315348-8315396)
chr6 (237-298)||(27574569-27574630)
chr6 (238-298)||(17886692-17886753)
chr6 (409-524)||(6440865-6440979)
chr6 (205-298)||(17096075-17096167)
chr6 (460-501)||(17163689-17163730)
chr6 (204-259)||(8315266-8315319)
chr6 (259-298)||(17895589-17895628)
chr6 (205-274)||(27535334-27535404)
chr6 (459-497)||(7888212-7888250)
chr6 (205-259)||(8319806-8319858)
chr6 (460-549)||(17159610-17159700)
[»] chr4 (24 HSPs)
chr4 (242-563)||(31670089-31670411)
chr4 (367-563)||(53722006-53722202)
chr4 (367-562)||(10317025-10317220)
chr4 (367-563)||(8892582-8892779)
chr4 (367-562)||(27186142-27186341)
chr4 (367-569)||(43683636-43683826)
chr4 (409-563)||(44151557-44151715)
chr4 (409-562)||(3770842-3770999)
chr4 (409-562)||(44147023-44147180)
chr4 (367-563)||(50627904-50628088)
chr4 (409-562)||(41884925-41885076)
chr4 (367-466)||(35842843-35842942)
chr4 (409-563)||(31359150-31359303)
chr4 (409-564)||(49274517-49274670)
chr4 (467-562)||(31354678-31354772)
chr4 (230-298)||(44151819-44151889)
chr4 (205-273)||(44147345-44147414)
chr4 (205-273)||(44151856-44151925)
chr4 (368-528)||(53785880-53786039)
chr4 (249-298)||(3771106-3771156)
chr4 (249-298)||(44147284-44147334)
chr4 (459-511)||(45976222-45976274)
chr4 (203-269)||(53722313-53722380)
chr4 (485-535)||(35842797-35842847)
[»] chr2 (20 HSPs)
chr2 (322-563)||(8055391-8055632)
chr2 (322-562)||(8050839-8051079)
chr2 (322-562)||(6463355-6463583)
chr2 (367-562)||(12999426-12999622)
chr2 (409-563)||(36670502-36670660)
chr2 (409-563)||(36675050-36675208)
chr2 (400-562)||(13270980-13271131)
chr2 (409-563)||(35950443-35950596)
chr2 (222-298)||(12999289-12999366)
chr2 (409-562)||(41093824-41093976)
chr2 (204-270)||(8055698-8055763)
chr2 (230-298)||(8055656-8055726)
chr2 (249-298)||(8051103-8051153)
chr2 (237-298)||(6463272-6463332)
chr2 (462-549)||(29767953-29768041)
chr2 (409-497)||(34590280-34590366)
chr2 (249-298)||(36670768-36670820)
chr2 (249-298)||(36675316-36675368)
chr2 (205-270)||(8051180-8051247)
chr2 (471-508)||(27403696-27403733)
[»] scaffold0440 (4 HSPs)
scaffold0440 (409-563)||(2979-3137)
scaffold0440 (409-563)||(7505-7662)
scaffold0440 (237-298)||(7772-7833)
scaffold0440 (205-270)||(7836-7902)
[»] scaffold0044 (4 HSPs)
scaffold0044 (409-563)||(44865-45023)
scaffold0044 (409-562)||(49445-49602)
scaffold0044 (249-298)||(44708-44758)
scaffold0044 (249-298)||(49288-49338)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 26)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 562 - 820
Target Start/End: Original strand, 41806110 - 41806367
Alignment:
Q  562 attctcttcagtgcatatagaagcccatcttacattctttctacagttaacattcctcttgttccgcgggacctataaaatcaaataacaaggagaatct 661  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41806110 attctcttcagtgcttatagaagcccgtcttacattctttctacagttaacattc-tcttgttccgcgggacctataaaatcaaataacaaggagaatct 41806208  T
Q  662 cacaaaatcaaacacaaaccataaactttgcaggaaaaggaaatgcatctaactttggagagagaaaaacagtagtaagtgaaatatttagaagatttac 761  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41806209 cacaaaatcaaacacaaaccataaactttgcaggaaaaggaaatgcatctaactttggagagaaaaaaacagtagtaagtgaaatatttagaagatttac 41806308  T
Q  762 ggcttgtgtttgtcaacctcattcaagttcctacatctttttcctgacttttctgtgct 820  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41806309 ggcttgtgtttgtcaacctcattcaagttcctacatctttttcctgacttttctgtgct 41806367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 230 - 562
Target Start/End: Original strand, 30410154 - 30410486
Alignment:
Q  230 gaagctagttcagaagctagttcagaagc-agttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagttat 328  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                       |||||||    
T  30410154 gaagctagttcagaagc-agttcagaagctagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaattagagagagaattgagagagaagaaagttat 30410252  T
Q  329 gatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaa 428  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  30410253 gatgaaattgtaattgatctttattgattctacatataaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagtacaagcaa 30410352  T
Q  429 tgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattat 528  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  30410353 tgtaacaaaatctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaattaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattat 30410452  T
Q  529 cactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30410453 cactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 30410486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 205
Target Start/End: Original strand, 41805912 - 41806116
Alignment:
Q  1 cactatcaaaattttccagttcttacccgtctttgatgctttttattttacattttatcatatatttctagaaactagctagcagtgatagttaacttga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41805912 cactatcaaaattttccagttcttacccgtctttgatgctttttattttacattttatcatatatttctagaaactagctagcagtgatagttaacttga 41806011  T
Q  101 ttaattaagtcttcttattccataaaggacttggtcttgtatagaggctctggggatcagtagcaggacctctactgatgctgagaaccaggatgtgtat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41806012 ttaattaagtcttcttattccataaaggacttgctcttgtatagaggctctggggatcagtagcaggacctctactgatgctgagaaccaggacgtgtat 41806111  T
Q  201 tctct 205  Q
    |||||    
T  41806112 tctct 41806116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 325 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 28644799 - 28644562
Alignment:
Q  325 ttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaa 424  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  28644799 ttatgatgaaattgtaattgattcttattgattctacatgcaaaaatatacaaaggaggtagcttatatacactgtctagctaagttgcttgaagcacaa 28644700  T
Q  425 gcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtga 524  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  28644699 gcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtga 28644600  T
Q  525 ttatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28644599 ttatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 28644562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 236 - 563
Target Start/End: Original strand, 30405651 - 30405961
Alignment:
Q  236 agttcagaagctagttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagttatgatgaaa 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                       ||||||||||||||    
T  30405651 agttcagaagctagttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaattagagagagaattgagagagaagaaagttatgatgaaa 30405750  T
Q  336 ttgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaaca 435  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  30405751 ttgtaattgatctttattgattctacatataaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagtacaagcaatgtaaca 30405850  T
Q  436 aactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaa 535  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 || ||||||||||||||||    
T  30405851 aattctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaca-----------------gaatgtgattatcactaaa 30405933  T
Q  536 ctaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30405934 ctaaacttgaattaaaacaaactaacat 30405961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 367 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 33072113 - 33071918
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||    
T  33072113 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctccaaca 33072014  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33072013 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaagaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 33071918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 367 - 562
Target Start/End: Original strand, 42234656 - 42234851
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  42234656 aaaatatacaaagaaggtagtttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 42234755  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42234756 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 42234851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 367 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 38757186 - 38757003
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38757186 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatatctggctaggttgcttgaatcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 38757087  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    |||||||||||            |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38757086 aacttgtaaca------------aactaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 38757003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Original strand, 43807485 - 43807641
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgta 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  43807485 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtg 43807584  T
Q  507 attaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43807585 attaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaagctaacat 43807641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 409 - 562
Target Start/End: Original strand, 43812044 - 43812199
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgta 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  43812044 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtg 43812143  T
Q  507 attaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43812144 attaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaagctaaca 43812199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 409 - 564
Target Start/End: Original strand, 202202 - 202361
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  202202 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 202301  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacatt 564  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202302 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatt 202361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 409 - 564
Target Start/End: Original strand, 317039 - 317198
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  317039 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 317138  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacatt 564  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  317139 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatt 317198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Original strand, 197684 - 197842
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  197684 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 197783  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197784 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 197842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Original strand, 312521 - 312679
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  312521 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 312620  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  312621 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 312679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 611 - 820
Target Start/End: Original strand, 41800036 - 41800242
Alignment:
Q  611 acattcctcttgttccgcgggacctataaaatcaaataacaaggagaatctcacaaaatcaaacacaaaccataaactttgcaggaaaaggaaatgcatc 710  Q
    ||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||      
T  41800036 acattccccttgttcttcgggacctataaaatcaaataaccaggagaatctaacaaaatcaaacacaaaccataaactgtgcaggaaaaggaaatgcaca 41800135  T
Q  711 taactttggagagagaaaaacagtagtaagtgaaatatttagaagatttacggcttgtgtttgtcaacctcattcaagttcctacatc-tttttcctgac 809  Q
    | ||||||||||   |||||||| ||||||    |||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||  || ||||||||| ||||||||||     
T  41800136 tcactttggagaataaaaaacagaagtaag----atatttagaagattcacggcttgtgtttttctacctcgtttgagctcctacatcttttttcctgaa 41800231  T
Q  810 ttttctgtgct 820  Q
    |||||||||||    
T  41800232 ttttctgtgct 41800242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 466 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 41945434 - 41945339
Alignment:
Q  466 aaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41945434 aaacttgtaaccaacttg-taacaaactaaaacaaagtgtgattaatcattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 41945339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 462 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 41949902 - 41949801
Alignment:
Q  462 taacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaac 561  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  41949902 taaccaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacagagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaagcttgaattaaaagaaactaac 41949803  T
Q  562 at 563  Q
    ||    
T  41949802 at 41949801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 250 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 38757301 - 38757253
Alignment:
Q  250 ttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38757301 ttcagaagcagttcagaagcagtttcttattctaaggtttatgtgaatt 38757253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 28644882 - 28644826
Alignment:
Q  242 gaagctagttcagaagc-agttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 298  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28644882 gaagctagttcagaagcgagttcagaagcagtttctgattctaaggttt-tgtgaatt 28644826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 205 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 38757395 - 38757331
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagc-tagttcagaagcagttcagaag 268  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    |||||||||||||||||||    
T  38757395 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagcttgttcagaagcactcttcagaagcagttcagaag 38757331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 384 - 438
Target Start/End: Original strand, 27435169 - 27435223
Alignment:
Q  384 tagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaac 438  Q
    ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27435169 tagcttatatacaatatctacttaggttgcttgaagcacaagctatgtaacaaac 27435223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 55 - 152
Target Start/End: Original strand, 41799727 - 41799824
Alignment:
Q  55 ttatcatatatttctagaaactagctagcagtgatagttaacttgattaattaagtcttcttattccataaaggacttggtcttgtatagaggctctg 152  Q
    |||||||| |||  |||||||||||| |||  ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  | |||||||  ||||| |||||| |||||    
T  41799727 ttatcatagattattagaaactagcttgcaacgatagttaacttgattagttaagtgttcttattccgcataggacttactcttgcatagagactctg 41799824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 222 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 28644890 - 28644850
Alignment:
Q  222 cagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagcagtt 262  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28644890 cagaagcggaagctagttcagaagcgagttcagaagcagtt 28644850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 205 - 273
Target Start/End: Original strand, 30410105 - 30410174
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagc-tagttcagaagc-agttcagaagcagtt 273  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||    
T  30410105 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagctagttcagaagcactgttcagaagctagttcagaagcagtt 30410174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 237 - 269
Target Start/End: Original strand, 30405629 - 30405661
Alignment:
Q  237 gttcagaagctagttcagaagcagttcagaagc 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30405629 gttcagaagctagttcagaagcagttcagaagc 30405661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 205 - 273
Target Start/End: Original strand, 30405585 - 30405654
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagc-tagttcagaagc-agttcagaagcagtt 273  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||    
T  30405585 tgatagcgcagaaaatc-agaagcagaagctagttcagaagcactgttcagaagctagttcagaagcagtt 30405654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 32)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 325 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 30695530 - 30695293
Alignment:
Q  325 ttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaa 424  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30695530 ttatgatgaaattgtaattgatctttattgattctacatacgaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaa 30695431  T
Q  425 gcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtga 524  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  30695430 gcaatgtaacaaactctagatcttatatactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtga 30695331  T
Q  525 ttatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30695330 ttatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 30695293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 367 - 562
Target Start/End: Original strand, 32485947 - 32486143
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  32485947 aaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaaggaggttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 32486046  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32486047 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 32486143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 325 - 563
Target Start/End: Original strand, 40367531 - 40367758
Alignment:
Q  325 ttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagtt-gcttgaagcaca 423  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  40367531 ttatgatgaaattgtaattgattcttattgattctacatatgaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctaaccaagtttgcttgaagcaca 40367630  T
Q  424 agcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtg 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||            ||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||    
T  40367631 agcaatgtaacaaactctagatcttatctactagcctctaacaaacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatctctgattgtg 40367718  T
Q  524 attatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40367719 attatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 40367758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 367 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 19502504 - 19502307
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  19502504 aaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctatatcttattttctaacctctaaca 19502405  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgt-aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19502404 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgatttaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttaaattaaaacaaactaaca 19502307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 367 - 563
Target Start/End: Original strand, 26336767 - 26336965
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  26336767 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 26336866  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26336867 aacatgtaacaaacatcataacaaactaaaaacaaaatgtgattaatcaccgattgtgattatcactaaaattaaacttgaattaaaacaaactaacat 26336965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 205 - 562
Target Start/End: Original strand, 40371549 - 40371892
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagcta-gttcagaagcagttc-agaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaattnnnn 302  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||        
T  40371549 tgatagcgcagaaaa-ccagaagcggaagcttgttcagaagctctgtttagaagcagttttagaagcagtttctgattctaaggttt-tgtgaattagag 40371646  T
Q  303 nnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatct 402  Q
                       || |||||||||||||||| ||||   ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40371647 agagaattgagagagaagaaaattatgatgaaattgtagttgattcttattgattctacatatgaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatct 40371746  T
Q  403 agctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaa 502  Q
    | |              ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40371747 aac--------------cacaaacaatgtaataaactctagatcttatctactagcctctaacaaacttgtaacaatcttcataacaaactaaaacaaaa 40371832  T
Q  503 tgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40371833 tgtgattaatctctgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 40371892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 367 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 36632497 - 36632314
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  36632497 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 36632398  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    |||||||||||            |||||||||||| ||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36632397 aacttgtaaca------------aactaaaacaaagtgtgattattcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 36632314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 377 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 43385138 - 43384972
Alignment:
Q  377 aaggaggtagctt-atatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaa 475  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  43385138 aaggaggtagctttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 43385039  T
Q  476 caaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaact 542  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||||||    
T  43385038 caaacttcataacaaactaaaagcaaatgtgattaaccactaattatgattatcactaaactaaact 43384972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Original strand, 7099374 - 7099532
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  7099374 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7099473  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7099474 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 7099532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 12023446 - 12023288
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  12023446 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 12023347  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12023346 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 12023288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 409 - 562
Target Start/End: Original strand, 7103943 - 7104100
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  7103943 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7104042  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7104043 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7104100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 409 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 12018888 - 12018731
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  12018888 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 12018789  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12018788 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 12018731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 16798826 - 16798668
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  16798826 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 16798727  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
     |||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16798726 gattaaccacttattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 16798668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 409 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 16794265 - 16794108
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  16794265 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 16794166  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
     |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16794165 gattaaccacttattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 16794108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 381 - 514
Target Start/End: Original strand, 20830304 - 20830437
Alignment:
Q  381 aggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaac 480  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||    
T  20830304 aggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacacttgatcttatttgctaatctctaacaaacttgtaacaaac 20830403  T
Q  481 ttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaacca 514  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||    
T  20830404 ttcataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 20830437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 409 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 10274698 - 10274546
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 508  Q
    ||||||||||| |||||| |  |||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||| ||    
T  10274698 gttgcttgaagtacaagctaaataacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 10274600  T
Q  509 taaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10274599 taaccattaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 10274546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 454 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 10277312 - 10277198
Alignment:
Q  454 ctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaac 553  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10277312 ctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaac 10277213  T
Q  554 aaactaacattctct 568  Q
    |||||||||| ||||    
T  10277212 aaactaacatcctct 10277198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 205 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 30695651 - 30695558
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagcag-ttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  30695651 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagcttgttcagaagctagttcagaagcagtttcagaagtagtttcttattctaaggttt-tgtgaatt 30695558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 37682182 - 37682035
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaat-gt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||| | ||    
T  37682182 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaactt-----------cataacaaactaaaacaaacttgt 37682094  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37682093 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 37682035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 562 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 278689 - 278541
Alignment:
Q  562 attctcttcagtgcatatagaagcccatcttacattctttctacagttaacattcctcttgttccgcgggacctataaaatcaaataacaaggagaatct 661  Q
    |||||||||||||| ||||||||| || || |   |||| ||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |    
T  278689 attctcttcagtgcttatagaagcacacctaatcatcttcctacatttaacattcctcttgttctttgggacctataatatcaaatgacaaggagaattt 278590  T
Q  662 cacaaaatc-aaacacaaaccataaactttgcaggaaaaggaaatgcat 709  Q
    || |||||| |||  ||||||||||||  ||  ||||||||||||||||    
T  278589 cagaaaatcaaaatccaaaccataaaccgtggtggaaaaggaaatgcat 278541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 409 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 37658878 - 37658732
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaat-gt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||           |||||||| |||||||||| | ||    
T  37658878 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaactt-----------cataacaagctaaaacaaacttgt 37658790  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
     |||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37658789 gattaaccactgattatgattatgactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 37658732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 440 - 514
Target Start/End: Original strand, 20808675 - 20808749
Alignment:
Q  440 ctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaacca 514  Q
    ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||    
T  20808675 ctagatcttatttgttaacctctaacaaacttgtaactaacttcataacaaactgaaactaaatgtgattaacca 20808749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 249 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 12019047 - 12018997
Alignment:
Q  249 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12019047 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 12018997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 249 - 297
Target Start/End: Original strand, 7099217 - 7099266
Alignment:
Q  249 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaat 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7099217 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaat 7099266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 249 - 297
Target Start/End: Original strand, 7103786 - 7103835
Alignment:
Q  249 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaat 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7103786 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaat 7103835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 249 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 16798984 - 16798935
Alignment:
Q  249 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaat 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16798984 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaat 16798935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 251 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 16794421 - 16794374
Alignment:
Q  251 tcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaat 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16794421 tcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaat 16794374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 278904 - 278834
Alignment:
Q  106 taagtcttcttattccataaaggacttggtcttgtatagaggctctggggatcagtagcaggacctctact 176  Q
    ||||| || |||||||| ||| |||||  ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  278904 taagtgttgttattccacaaaagacttactcttgcatagaggctctgtggatcagtagcaggacctctact 278834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #29
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 249 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 12023616 - 12023566
Alignment:
Q  249 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12023616 gttcaaaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 12023566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #30
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 205 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 37659082 - 37658985
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagcta-gttcagaagc--tagttcagaagca--gttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaat 297  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||||  ||||||||||  | |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37659082 tgatagcgcagaaaatc-agaagcagaagctttgttcagaagcagttgttcagaagcactgttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaat 37658985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #31
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 249 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 37682340 - 37682289
Alignment:
Q  249 gttcagaagca--gttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaat 297  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37682340 gttcagaagcactgttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaat 37682289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #32
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 205 - 247
Target Start/End: Original strand, 40367386 - 40367427
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagct 247  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  40367386 tgatagcgcagaaaa-ccagaagcggaagcttgttcagaagct 40367427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 203; Significance: 1e-110; HSPs: 23)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 322 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 27761638 - 27761396
Alignment:
Q  322 aagttatgatgaaa-ttgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 420  Q
    |||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27761638 aagttatgatgaaaattgtaaatgatctttattgattctacatataaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 27761539  T
Q  421 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgatt 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  27761538 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgtgattaaccactgatt 27761439  T
Q  521 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27761438 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 27761396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 322 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 27757087 - 27756846
Alignment:
Q  322 aagttatgatgaaa-ttgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 420  Q
    |||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27757087 aagttatgatgaaaattgtaaatgatctttattgattctacatataaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 27756988  T
Q  421 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgatt 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||    
T  27756987 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgcgattaaccactgatt 27756888  T
Q  521 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27756887 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27756846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 9e-97
Query Start/End: Original strand, 325 - 556
Target Start/End: Original strand, 47419498 - 47419729
Alignment:
Q  325 ttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaa 424  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  47419498 ttatgatgaaattgtaattgatttttattgattctacatacgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaaacacaa 47419597  T
Q  425 gcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtga 524  Q
     |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  47419598 acaatgtaacaaactctagatattatctgctaacctctaagaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtga 47419697  T
Q  525 ttatcactaaactaaacttgaattaaaacaaa 556  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47419698 ttatcactaaactaaacttgaattaaaacaaa 47419729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 322 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 22901396 - 22901154
Alignment:
Q  322 aagttatgatgaaattgtaat-tgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 420  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22901396 aagttatgatgaatttgtaaaatgatctttattgattctacatacaaaa-tatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagc 22901298  T
Q  421 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgtaattaaccattgat 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||    
T  22901297 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgat 22901198  T
Q  520 tgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22901197 tgtgattatcactaaaactaaactttaattaaaacaaactaaca 22901154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 381 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 35705815 - 35705633
Alignment:
Q  381 aggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaac 480  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  35705815 aggtagcttatatacaatgtctagctg-gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaac 35705717  T
Q  481 ttcat-aacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    | ||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35705716 tccataaacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 35705633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 367 - 562
Target Start/End: Original strand, 7466485 - 7466669
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  7466485 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 7466584  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||            ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7466585 aacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7466669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 373 - 549
Target Start/End: Original strand, 733634 - 733811
Alignment:
Q  373 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttg 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||    
T  733634 tacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgctcgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaaattg 733733  T
Q  473 taacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaacca-ttgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 549  Q
    ||||||| |||||||||||||||   || |||| |||||||| || |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  733734 taacaaatttcataacaaactaactgaatatgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 733811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Original strand, 7940083 - 7940241
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  7940083 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7940182  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7940183 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 7940241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 409 - 562
Target Start/End: Original strand, 7944636 - 7944793
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  7944636 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7944735  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7944736 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7944793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 205 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 27757252 - 27757188
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagcagttcagaagca 270  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27757252 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagctagttcagaagcagttcagaagca 27757188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 205 - 298
Target Start/End: Original strand, 47419376 - 47419470
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagcta-gttcagaagca-gttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 298  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||  ||||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47419376 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagctctgttcgaaagctcgttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 47419470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 390 - 550
Target Start/End: Original strand, 13828087 - 13828248
Alignment:
Q  390 atatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataaca 489  Q
    ||||||| ||||||| || || |||||||||||||||||||||||| || |||  | ||||    ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13828087 atatacactatctagttaggtagcttgaagcacaagcaatgtaacagaccctaactattattagatacactctaacaaacttgtaacaaacttcagaaca 13828186  T
Q  490 aactaaaacaaaatgtaattaacc-attgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaa 550  Q
    ||| |||  ||||||| ||||||| | | |   |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  13828187 aacaaaatgaaaatgtgattaaccaactaaacatgattatcactaaggtaaacttgaattaa 13828248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 249 - 298
Target Start/End: Original strand, 7939926 - 7939976
Alignment:
Q  249 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7939926 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 7939976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 249 - 298
Target Start/End: Original strand, 7944479 - 7944529
Alignment:
Q  249 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7944479 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 7944529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 249 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 22901470 - 22901420
Alignment:
Q  249 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22901470 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 22901420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 249 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 27757161 - 27757111
Alignment:
Q  249 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27757161 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 27757111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 249 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 27761712 - 27761662
Alignment:
Q  249 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  27761712 gttcagaagcagttcagaagcagtttctaattctaaggttttatgtgaatt 27761662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 205 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 22901573 - 22901505
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagc-agttcagaagcagtt 273  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||    
T  22901573 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagctagtttagaagctagttaagaagcagtt 22901505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 205 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 27761767 - 27761699
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagca--gttcagaagcagtt 273  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||    
T  27761767 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagc-agttcagaagcactgttcagaagcagtt 27761699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 454 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 37355669 - 37355573
Alignment:
Q  454 ctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaa-aatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaa 550  Q
    |||| |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||| | |||||||| | | ||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  37355669 ctaatctctaagaaacttgtaacaactttcataacaaactaaagcaataatatgattaaccactaagtgtgattatcact-aggtaaacttgaattaa 37355573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 230 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 22901537 - 22901497
Alignment:
Q  230 gaagctagttcagaagctagttcagaagcagttcagaagca 270  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22901537 gaagctagtttagaagctagttaagaagcagttcagaagca 22901497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 204 - 270
Target Start/End: Original strand, 7939807 - 7939875
Alignment:
Q  204 ctgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagcta-gttcagaagc--tagttcagaagcagttcagaagca 270  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  7939807 ctgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagctttgttcagaagcagttgttcagaagcagttcagaagca 7939875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 205 - 270
Target Start/End: Original strand, 7944385 - 7944452
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagcta-gttcagaagc--tagttcagaagcagttcagaagca 270  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  7944385 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagctttgttcagaagcagttgttcagaagcagttcagaagca 7944452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 204 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 21850574 - 21850198
Alignment:
Q  204 ctgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagcta--------------gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttt 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21850574 ctgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagcttgttcagaagctctgttcagaagcactgttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttt 21850475  T
Q  290 -atgtgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagct 388  Q
     |||||||||                       |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21850474 tatgtgaattagagagagaattgagagagaagaaagttatgatgaaattgtaaatgatctttattgattctatatacaaaaatgtacaaaggaggtagct 21850375  T
Q  389 tatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataac 488  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21850374 tatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataac 21850275  T
Q  489 aaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaatt-aaaacaaactaacat 563  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21850274 aaactaaaacaaactgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaaacaaactaacat 21850198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 205 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 21847483 - 21847108
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagct--------------agttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-ttt 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21847483 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagcttgttcagaagctctgttcagaagcactgttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggtttt 21847384  T
Q  290 atgtgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagctt 389  Q
    |||||||||                       |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21847383 atgtgaattagagagagaattgagagagaagaaagttatgatgaaattgtaaatgatctttattgattctatatacaaaaatgtacaaaggaggtagctt 21847284  T
Q  390 atatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataaca 489  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21847283 atatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataaca 21847184  T
Q  490 aactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaatt-aaaacaaactaacat 563  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21847183 aactaaaacaaactgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaaacaaactaacat 21847108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 367 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 9105470 - 9105275
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  9105470 aaaatatacaaaggaggtagctcatatacaatgtctagttaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 9105371  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9105370 aacttgtaacatacttcataacaaactaaagcaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 9105275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 367 - 562
Target Start/End: Original strand, 11004365 - 11004560
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  11004365 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaggttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 11004464  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11004465 aacttgtaacaatcttcataacaagctaaaacaaaatgtgattattcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 11004560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 367 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 43547920 - 43547722
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  43547920 aaaatatacaaaggagatagcttatatacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 43547821  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43547820 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtaattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaagctaacat 43547722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 367 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 9697783 - 9697586
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  9697783 aaaatatacaaaggaggcagcttatatacaatgtctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgttacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 9697684  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9697683 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgattaatcactaattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 9697586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Original strand, 54171924 - 54172082
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  54171924 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 54172023  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54172024 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 54172082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Original strand, 54167344 - 54167502
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatc--ttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  54167344 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacacccttatttggtaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 54167443  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54167444 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 54167502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 409 - 562
Target Start/End: Original strand, 39399127 - 39399279
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 508  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||| ||    
T  39399127 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 39399225  T
Q  509 taaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39399226 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 39399279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 366 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 43554765 - 43554645
Alignment:
Q  366 aaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaac 465  Q
    |||||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| |  |||||||||||    
T  43554765 aaaaatatacaaaagaggtagctcatatacaatgtcttactaagttgcttgaaacagaagcaatgtaataaactctagatcttatttgttaacctctaac 43554666  T
Q  466 aaacttgtaacaaacttcata 486  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  43554665 aaacttgtaacaaacttcata 43554645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 562 - 699
Target Start/End: Original strand, 24685192 - 24685329
Alignment:
Q  562 attctcttcagtgcatatagaagcccatcttacattctttctacagttaacattcctcttgttccgcgggacctataaaatcaaataacaaggagaatct 661  Q
    ||||||||| |||| |||| || | ||||| | ||||||  | || ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  24685192 attctcttctgtgcttataaaaccacatctcatattcttcatgcatttaacattcctcttgttcttggggacctataaaatcaaataaccagaagaatct 24685291  T
Q  662 cacaaaatcaaacacaaaccataaactttgcaggaaaa 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24685292 cacaaaatcaaacacaaaccataaactgtgcaggaaaa 24685329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 613 - 808
Target Start/End: Original strand, 24631841 - 24632035
Alignment:
Q  613 attcctcttgttccgcgggacctataaaatcaaataacaaggagaatctcacaaaatcaaacacaaaccataaactttgcaggaaaaggaaatgcatcta 712  Q
    |||||||||||||   |||||  |||||||||||||||  ||| |||||||||||||| || ||| |||||||| | ||  |||||| ||||| ||| |     
T  24631841 attcctcttgttctttgggactaataaaatcaaataaccgggataatctcacaaaatcgaaaacagaccataaattgtgttggaaaaagaaatccatatc 24631940  T
Q  713 actttggagagagaaaaacagtagtaagtgaaatatttagaagatttacggcttgtgtttgtcaacctcattcaagttcctacatctttttcctga 808  Q
    |||| | ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | |||| |||||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  24631941 acttggaagaga-agaaacattagtaagtgaaatatttagaagatttgtggcttgtatctgtctacctcattcaagctcctggatctttttcctga 24632035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 381 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 756012 - 755891
Alignment:
Q  381 aggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaga-tcttatctactaac-ctctaacaaacttgtaacaa 478  Q
    ||||||||||||||||  |||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||   | |||| || | || ||||||||||||||||||||    
T  756012 aggtagcttatatacaccatctagttaggtagcttgaagcacaagcaatgtaacaaaccctaaccttttat-tagttacactctaacaaacttgtaacaa 755914  T
Q  479 acttcataacaaactaaaacaaa 501  Q
    |||||| ||||||||||||||||    
T  755913 acttcaaaacaaactaaaacaaa 755891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 485 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 43554371 - 43554291
Alignment:
Q  485 taacaaactaaaa-caaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    ||||||||||||| |||||||| | ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43554371 taacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 43554291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 630 - 705
Target Start/End: Original strand, 24682519 - 24682594
Alignment:
Q  630 ggacctataaaatcaaataacaaggagaatctcacaaaatcaaacacaaaccataaactttgcaggaaaaggaaat 705  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||||    
T  24682519 ggacctataaaatcaaagaaccaggagaatctcataaaatcaaacgcaaacaataaactgtgcaggaaaagtaaat 24682594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 596 - 758
Target Start/End: Original strand, 24653501 - 24653664
Alignment:
Q  596 ttctttctacagttaacattcctcttgttccgcgggacctataaaatcaaataacaaggagaatct--cacaaaatcaaacacaaaccataaactttgca 693  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||  |||    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||  || ||||||||||||| || ||||||| ||||    
T  24653501 ttcttcctacatttaacattcctctctttctttcggacctataaaatcaaagaaccaggagaatctcgcataaaatcaaacacacacaataaactgtgca 24653600  T
Q  694 gg--aaaaggaaatgcatctaactttggagagagaaaaacagtagtaagtgaaatatttagaagatt 758  Q
    ||  ||||| |||||||| | | | |||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24653601 ggaaaaaagtaaatgcatatca-tatggaaaaag--aaacagtagtaagtgaaatatttagaagatt 24653664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 409 - 514
Target Start/End: Original strand, 38175790 - 38175894
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 508  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| |||||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| ||    
T  38175790 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-atcttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaaactaaatgtgat 38175888  T
Q  509 taacca 514  Q
    ||||||    
T  38175889 taacca 38175894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 719 - 808
Target Start/End: Original strand, 24685331 - 24685420
Alignment:
Q  719 gagagagaaaaacagtagtaagtgaaatatttagaagatttacggcttgtgtttgtcaacctcattcaagttcctacatctttttcctga 808  Q
    |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||  |||||| |||||||| |||||| || || |||||  ||||||||||||    
T  24685331 gagagagaaaaacagtggtaagtgcaacatttagaagattcgcggcttttgtttgtctacctcagtcgagctcctaggtctttttcctga 24685420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 249 - 298
Target Start/End: Original strand, 54167186 - 54167236
Alignment:
Q  249 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  54167186 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggatttatgcgaatt 54167236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 249 - 298
Target Start/End: Original strand, 54171766 - 54171816
Alignment:
Q  249 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  54171766 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggatttatgcgaatt 54171816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 459 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 755857 - 755824
Alignment:
Q  459 ctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaac 492  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  755857 ctctaacaaacttgtaacaaacttcaaaacaaac 755824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 322 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 39794070 - 39793831
Alignment:
Q  322 aagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 421  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39794070 aagttatgatgaaaatgtaattgatctttattgattctacatatgaaa-tgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 39793972  T
Q  422 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattg 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||    
T  39793971 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacagaatgagattaaccactgattg 39793872  T
Q  522 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39793871 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 39793831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 322 - 562
Target Start/End: Original strand, 16588395 - 16588635
Alignment:
Q  322 aagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||    
T  16588395 aagttatgatgaaattgtaattgattcttattgattctccatacaaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttaaaaca 16588494  T
Q  422 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattg 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||    
T  16588495 caagcaatgtaacaaactctagatcttatatgataacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccacttattg 16588594  T
Q  522 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16588595 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 16588635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 205 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 26311868 - 26311522
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagcta-gttcagaagc-agttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaattnnnn 302  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||        
T  26311868 tgattgcgcagaaaaaccagaagcggaagcttgttcagaagcactgttcagaagctagttcagaagcagattttgattctaaggtttatgtgaattagag 26311769  T
Q  303 nnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatct 402  Q
                       |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26311768 agagaattgagagagaagaaagttatgatgaaattgtaattgatctttattgattctgcatacaaaa-tatacaaaggaagtagcttatatacaatatct 26311670  T
Q  403 agctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaa 502  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||| ||    
T  26311669 agctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaaca------------aactaaaacagaa 26311582  T
Q  503 tgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26311581 tgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 26311522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 322 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 26316240 - 26316012
Alignment:
Q  322 aagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 421  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26316240 aagttatgatgaaattgtaattgatctttattgattctgcatacaaaa-tatacaaaggaagtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagca 26316142  T
Q  422 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattg 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  26316141 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaaca------------aactaaaacagaatgtgattaaccactgattg 26316054  T
Q  522 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26316053 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 26316012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 367 - 563
Target Start/End: Original strand, 43591783 - 43591979
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  43591783 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagccaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagattttatttgctaacctctaaca 43591882  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43591883 atattgtaacaaacttcataacaaactaaaataaagtgcgattaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 43591979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 10504588 - 10504435
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 508  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||| ||    
T  10504588 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 10504490  T
Q  509 taaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    ||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10504489 taatcactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 10504435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 205 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 26316348 - 26316253
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagcta-gttcagaagc-agttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||   |||||||||  |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  26316348 tgatagcgcagaaaaaccagaaacggaagcttgtttagaagcactgttcagaagttagttcagaagcagtttttaattctaaggtttatgtgaatt 26316253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 203 - 298
Target Start/End: Original strand, 16588275 - 16588370
Alignment:
Q  203 tctgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaag--cagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 298  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||  | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16588275 tctgatagcacagaaaa-ccagaagcggaagcttgttcataagcttgttcagaagctctgtacagaagcagtttctgattctaaggttt-tgtgaatt 16588370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 250 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 39794145 - 39794097
Alignment:
Q  250 ttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 298  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39794145 ttcagaagcagttcagaagtagtttcttattctaaggtttatgtgaatt 39794097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 205 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 39794250 - 39794198
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagca 259  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  39794250 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagc-agttcagaagca 39794198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 205 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 39796854 - 39796802
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagca 259  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  39796854 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagc-agttcagaagca 39796802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 193; Significance: 1e-104; HSPs: 22)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 322 - 562
Target Start/End: Original strand, 8319960 - 8320199
Alignment:
Q  322 aagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 421  Q
    |||||||||||||| || |||||| ||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8319960 aagttatgatgaaaatgaaattgatctttattgattctacata-agaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagtttcttgaagca 8320058  T
Q  422 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattg 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||    
T  8320059 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacatattgtgattaaccactgattg 8320158  T
Q  522 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8320159 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8320199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 322 - 563
Target Start/End: Original strand, 8315421 - 8315662
Alignment:
Q  322 aagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 421  Q
    |||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8315421 aagttatgatgaaaatgaaattgatctttattgattctacatatgaaa-tgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 8315519  T
Q  422 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgtaattaaccattgatt 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||    
T  8315520 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgatt 8315619  T
Q  521 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8315620 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 8315662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 322 - 563
Target Start/End: Original strand, 27552026 - 27552268
Alignment:
Q  322 aagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatac-aaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27552026 aagttatgatgaaattgtaattgattcttattgattctccatacgaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 27552125  T
Q  421 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgatt 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  27552126 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacgtttaacaaacctgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgatt 27552225  T
Q  521 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27552226 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 27552268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 322 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 17780155 - 17779914
Alignment:
Q  322 aagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17780155 aagttatgatgaaattgtaattgattcttattgattctacatacgaaaatgtacaaaggagatagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 17780056  T
Q  422 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattg 521  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||    
T  17780055 caagcaatgtaacaaactctaaatcttatctactagcctctaacaaacttttaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatctctgattg 17779956  T
Q  522 tgattatcactaaactaaacttgaatt-aaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17779955 tgattatcactaaactaaacttgaattcaaaacaaactaaca 17779914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 367 - 562
Target Start/End: Original strand, 17096236 - 17096431
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  17096236 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactatagatcttatctgctaacctctaaca 17096335  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17096336 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 17096431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 325 - 564
Target Start/End: Original strand, 27574657 - 27574886
Alignment:
Q  325 ttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatac-aaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcaca 423  Q
    ||||| |||||||||||||||   ||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27574657 ttatggtgaaattgtaattgattcttattgattttccatacgaaaaatgttcaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcaca 27574756  T
Q  424 agcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtg 523  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  27574757 agcaatgtaacaaactttagatcttatctgctaacctc-----------taacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtg 27574845  T
Q  524 attatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatt 564  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27574846 attatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatt 27574886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 373 - 562
Target Start/End: Original strand, 17895691 - 17895881
Alignment:
Q  373 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttg 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  17895691 tacaaaggaggtagcttatatacaatgcctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaattctagatcttatttgctaacctctaacaaacttg 17895790  T
Q  473 taacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17895791 taacaaacttcagaacaaactaaaataaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 17895881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 367 - 562
Target Start/End: Original strand, 14531749 - 14531945
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| |||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  14531749 aaaatatacaaaggtggtagagtatatacaatgtctagctaagttgcttcaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 14531848  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14531849 aacctgtaacaaacttcataacgaactaaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattataactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 14531945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 373 - 563
Target Start/End: Original strand, 17886816 - 17887001
Alignment:
Q  373 tacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttg 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||     
T  17886816 tacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagctgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt- 17886914  T
Q  473 taacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
          |||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17886915 -----tactttataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 17887001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 230 - 298
Target Start/End: Original strand, 8319866 - 8319935
Alignment:
Q  230 gaagctagttcagaagctag-ttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8319866 gaagctagttcagaagcactcttcagaagcagttcagaagcagtttcttattctaaggtttatgtgaatt 8319935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 250 - 298
Target Start/End: Original strand, 8315348 - 8315396
Alignment:
Q  250 ttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8315348 ttcagaagcagttcagaagcagtttcttattctaaggtttatgtgaatt 8315396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 237 - 298
Target Start/End: Original strand, 27574569 - 27574630
Alignment:
Q  237 gttcagaagctagttcagaagcag-ttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27574569 gttcagaagctagttcagaagcagtttgagaagcagtttctgattctaaggttt-tgtgaatt 27574630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 238 - 298
Target Start/End: Original strand, 17886692 - 17886753
Alignment:
Q  238 ttcagaagctagttcagaagc-agttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 298  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  17886692 ttcagaagcaagttcagaagctagttcagaagcagttactgattctagggtttatgtgaatt 17886753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 409 - 524
Target Start/End: Original strand, 6440865 - 6440979
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 508  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||| ||    
T  6440865 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatgtgat 6440963  T
Q  509 taaccattgattgtga 524  Q
    |||||| | |||||||    
T  6440964 taaccactaattgtga 6440979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 205 - 298
Target Start/End: Original strand, 17096075 - 17096167
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctag-ttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 298  Q
    ||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  17096075 tgatagcgcagaaaatc-agaagcagaagcttgttcataagcactcttcagaagcagttcagaagcagtttcttattctaaggttt-tgtgaatt 17096167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 460 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 17163730 - 17163689
Alignment:
Q  460 tctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa 501  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17163730 tctaaccaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaaa 17163689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 204 - 259
Target Start/End: Original strand, 8315266 - 8315319
Alignment:
Q  204 ctgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagca 259  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  8315266 ctgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagc-agttcagaagca 8315319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 259 - 298
Target Start/End: Original strand, 17895589 - 17895628
Alignment:
Q  259 agttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 298  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  17895589 agttcagaagcagttactgattctagggtttatgtgaatt 17895628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 205 - 274
Target Start/End: Original strand, 27535334 - 27535404
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagct-agttcagaagc-agttcagaagcagttt 274  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| |||||| ||| |||||    
T  27535334 tgatagcgcagaaaa-ccagaagcggaagcttgttcagaagctctgttcagaagctagttcataagtagttt 27535404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 459 - 497
Target Start/End: Original strand, 7888212 - 7888250
Alignment:
Q  459 ctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaa 497  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7888212 ctctaacaaagttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaa 7888250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 205 - 259
Target Start/End: Original strand, 8319806 - 8319858
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagca 259  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  8319806 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagc-agttcagaagca 8319858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 460 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 17159700 - 17159610
Alignment:
Q  460 tctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaa-ccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 549  Q
    |||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | | || || | | | ||  ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17159700 tctaaccaacttgtaacaaacgtcaaaacaaactaaaacaaagtatgatcaatcaactaatcatgattatcactaatctaaacttgaatta 17159610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 183; Significance: 1e-98; HSPs: 24)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 242 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 31670411 - 31670089
Alignment:
Q  242 gaagctagttcagaagc-agttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagttatgatgaaattgta 340  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                       |||||||||||||||||||    
T  31670411 gaagctagttcagaagttagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaattagagagagaattgagagagaagaaagttatgatgaaattgta 31670312  T
Q  341 attgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactc 440  Q
    | ||| ||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31670311 aatgatctttattgattctacattc-aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcagaagcaatgtaacaaactc 31670213  T
Q  441 tagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaa 539  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  31670212 tagatcttatctgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaactgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaa 31670113  T
Q  540 acttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  31670112 acttgaattaaaacaaactaacat 31670089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 367 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 53722202 - 53722006
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  53722202 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatatagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctagcctctaaca 53722103  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53722102 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 53722006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 367 - 562
Target Start/End: Original strand, 10317025 - 10317220
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  10317025 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 10317124  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317125 aacttgtaacaaacttcataacaaactacaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattataactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 10317220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 367 - 563
Target Start/End: Original strand, 8892582 - 8892779
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||| ||||||||    
T  8892582 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcgatgtaacaaactctatatcttatttgctaatctctaaca 8892681  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8892682 aatttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 8892779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 367 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 27186341 - 27186142
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  27186341 aaaatatacaaaggaggcagcttatatacaatgtctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgttacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 27186242  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataac-aaact--aaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| ||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27186241 aacttgtaacaaacttcataacaaaactaaaaaacaaaatgtgattaatcactaattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27186142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 367 - 569
Target Start/End: Original strand, 43683636 - 43683826
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||         
T  43683636 aaaatatacaaaggatgtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctatatcttatttgctaacctc----- 43683730  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacattct 566  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  43683731 ------taacaaacttcataacaaactaaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaataaacttgaattaaaac-aactaacattgt 43683823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 44151715 - 44151557
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  44151715 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44151616  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44151615 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 44151557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 409 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 3770999 - 3770842
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  3770999 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 3770900  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3770899 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 3770842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 409 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 44147180 - 44147023
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  44147180 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44147081  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44147080 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 44147023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 367 - 563
Target Start/End: Original strand, 50627904 - 50628088
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  50627904 aaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 50628003  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    ||||||            ||||||||||||| |||| || ||||| || |||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  50628004 aacttg------------taacaaactaaaaaaaaaagtgattaatcactgattgtgatta-cactaaaactaatcttgaattaaaacaaactaacat 50628088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 409 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 41885076 - 41884925
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 508  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| |||||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||| ||    
T  41885076 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-atcttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaa-ttcataacaaactgaatctaaatgtgat 41884979  T
Q  509 taaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41884978 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaaccaaca 41884925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 367 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 35842942 - 35842843
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  35842942 aaaatatacaaaggaggtagtttatatacaatgtctaactaagttgcttgaagcacaagcattgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 35842843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 31359303 - 31359150
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 508  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||| || | |||||| ||    
T  31359303 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcatagcaaactgaatctaaatgtgat 31359205  T
Q  509 taaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    |||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31359204 taaccactaattgtgattatcattaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 31359150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 409 - 564
Target Start/End: Original strand, 49274517 - 49274670
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 508  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||| ||    
T  49274517 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaacttgtaacaaa-ttcataacaaactgaatctaaatgtgat 49274614  T
Q  509 taaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatt 564  Q
    |||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49274615 taaccactaattatgatcatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatt 49274670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 467 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 31354772 - 31354678
Alignment:
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || | |||||| |||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31354772 aacttgtaacaaaattcataacaa-ctgaatctaaatgtgattaaccactaattgtaattatcactaaactaaacttaaattaaaacaaactaaca 31354678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 230 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 44151889 - 44151819
Alignment:
Q  230 gaagctagttcagaagcta-gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44151889 gaagctagttcagaagcactgttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 44151819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 205 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 44147414 - 44147345
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagca--gttcagaagcagtt 273  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  44147414 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagctagttcagaagcactgttcagaagcagtt 44147345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 205 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 44151925 - 44151856
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagca--gttcagaagcagtt 273  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  44151925 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagctagttcagaagcactgttcagaagcagtt 44151856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 368 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 53786039 - 53785880
Alignment:
Q  368 aaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaa 467  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | | |||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |   |||   |||   ||||||||    
T  53786039 aaatgtacaaag-aggtagcttatatactagaactagttaggttgcttgaagcacaagctatgtaacaaacccta-actatataagctagtttctaacaa 53785942  T
Q  468 acttgtaacaaacttcataacaaactaaaaca--aaatgtaattaaccattgattgtgattat 528  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| ||||||  |||||| |||||||| ||| |||||||||    
T  53785941 acttgtaacaaa-ttcttaacaaacaaaaacactaaatgtgattaaccactgagtgtgattat 53785880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 249 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 3771156 - 3771106
Alignment:
Q  249 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3771156 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 3771106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 249 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 44147334 - 44147284
Alignment:
Q  249 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44147334 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 44147284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 459 - 511
Target Start/End: Original strand, 45976222 - 45976274
Alignment:
Q  459 ctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaa 511  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||    
T  45976222 ctctaaaaaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaagatgtgattaa 45976274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 203 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 53722380 - 53722313
Alignment:
Q  203 tctgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagca--gttcagaagc 269  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||  ||||||||||    
T  53722380 tctgatagcgcagaaaa-ccagaagcggaagcttgttcagaagcaggttctgaagcactgttcagaagc 53722313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 485 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 35842847 - 35842797
Alignment:
Q  485 taacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcactaaa 535  Q
    ||||| ||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  35842847 taacatactaaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaa 35842797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 183; Significance: 1e-98; HSPs: 20)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 322 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 8055632 - 8055391
Alignment:
Q  322 aagttatgatgaaa-ttgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 420  Q
    |||||||||||||| ||||||  || ||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8055632 aagttatgatgaaaattgtaaaagatctttattgattctacatatgaaa-tgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 8055534  T
Q  421 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgatt 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||    
T  8055533 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgcaacaaacttcataacaaactaaaatagaatgtgattaaccactgatt 8055434  T
Q  521 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8055433 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 8055391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 322 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 8051079 - 8050839
Alignment:
Q  322 aagttatgatgaaa-ttgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagc 420  Q
    |||||||||||||| ||||||  || ||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8051079 aagttatgatgaaaattgtaaaagatctttattgattctacatatgaaa-tgtacaaaggaggcagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagc 8050981  T
Q  421 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgatt 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||    
T  8050980 acaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaatagaatgtgattaaccactgatt 8050881  T
Q  521 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8050880 gtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8050839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 322 - 562
Target Start/End: Original strand, 6463355 - 6463583
Alignment:
Q  322 aagttatgatgaaattgtaattgacctttattaattctacatacaaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagca 421  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6463355 aagttatgatgaaattgtaattgatctttattgattctacatactaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagca 6463454  T
Q  422 caagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattg 521  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  6463455 caaataatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttg------------taacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattg 6463542  T
Q  522 tgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6463543 tgattatcactaaactaaacttgaattaagacaaactaaca 6463583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 367 - 562
Target Start/End: Original strand, 12999426 - 12999622
Alignment:
Q  367 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 466  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12999426 aaaatatacaaaggagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagtaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 12999525  T
Q  467 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12999526 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaaccactgattgttattatcactaaaactaaacttaaattaaaacaaactaaca 12999622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 36670660 - 36670502
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  36670660 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 36670561  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36670560 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 36670502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 36675208 - 36675050
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  36675208 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 36675109  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36675108 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 36675050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 400 - 562
Target Start/End: Original strand, 13270980 - 13271131
Alignment:
Q  400 tctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaca 499  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||            |||||||||||||| |    
T  13270980 tctagctaagttgcttgaagcaaaaacaatgtaacaaactttagatcttatttactaacctctaacaaactt------------ataacaaactaaaata 13271067  T
Q  500 aaatgtaattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    || ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13271068 aagtgtaattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 13271131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Original strand, 35950443 - 35950596
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 508  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | ||||    |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||| ||    
T  35950443 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttacgagctaatctctaactaacttgtaacaaaattcataacaaactgaacctaaatgtgat 35950541  T
Q  509 taaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35950542 taaccactaattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 35950596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 222 - 298
Target Start/End: Original strand, 12999289 - 12999366
Alignment:
Q  222 cagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagc-agttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 298  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12999289 cagaagcggaagctagtccagaagctaattcagaagctagttcagaagcagtttctgatcctaaggtttatgtgaatt 12999366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 409 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 41093976 - 41093824
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 508  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| | |||||   |||| ||||||| || |||||||||| ||||||||||||| || | |||| | ||    
T  41093976 gttgcttgaagtacaagctaagtaacaaacccta-accttatgagctaatctctaactaatttgtaacaaaattcataacaaactgaatctaaatatgat 41093878  T
Q  509 taaccattgattgtgattatcactaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
    ||| || | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  41093877 taatcactaattgtgattatcactaaactaaatttgaattaaaacaaaccaaca 41093824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 204 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 8055763 - 8055698
Alignment:
Q  204 ctgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagcagttcagaagca 270  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8055763 ctgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagcttgttcagaagctagttcagaagcagttcagaagca 8055698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 230 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 8055726 - 8055656
Alignment:
Q  230 gaagctagttcagaagctagttcagaagca--gttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8055726 gaagctagttcagaagc-agttcagaagcactgttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 8055656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 249 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 8051153 - 8051103
Alignment:
Q  249 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8051153 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 8051103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 237 - 298
Target Start/End: Original strand, 6463272 - 6463332
Alignment:
Q  237 gttcagaagctagttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggtttatgtgaatt 298  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  6463272 gttcagaaattagttcagaagcagttcagaagcagtttcttattctaaggttt-tgtgaatt 6463332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 462 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 29768041 - 29767953
Alignment:
Q  462 taacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaattaacca-ttgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 549  Q
    |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| || || || || ||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29768041 taaccaacttgtaacaaactttaaaacaaactaaaacaaagtgtgatcaatcaattaatcatgattatcactaaactaaacttgaatta 29767953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 409 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 34590366 - 34590280
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaa 497  Q
    ||||||| |||||||||| || |||||||| |||  ||| || | |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34590366 gttgcttaaagcacaagctatataacaaaccctaactct-atatgctaatctctaacaaacttgtaacaaa-ttcataacaaactaaaa 34590280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 249 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 36670820 - 36670768
Alignment:
Q  249 gttcagaagca--gttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36670820 gttcagaagcactgttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 36670768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 249 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 36675368 - 36675316
Alignment:
Q  249 gttcagaagca--gttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36675368 gttcagaagcactgttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 36675316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 205 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 8051247 - 8051180
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagcta-gttcagaagc--tagttcagaagcagttcagaagca 270  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    
T  8051247 tgatagcgcagaaaatc-agaagcggaagctttgttcagaagcagttgttcagaagcagttcagaagca 8051180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 471 - 508
Target Start/End: Original strand, 27403696 - 27403733
Alignment:
Q  471 tgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtaat 508  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  27403696 tgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaaagtgtaat 27403733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 4)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 3137 - 2979
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  3137 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 3038  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3037 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 2979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 7662 - 7505
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgta 506  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||   | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  7662 gttgcttgaaacacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaattgtg 7563  T
Q  507 attaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7562 attaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 7505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 237 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 7833 - 7772
Alignment:
Q  237 gttcagaagctagttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7833 gttcagaagc-agttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 7772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 205 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 7902 - 7836
Alignment:
Q  205 tgatagcgcagaaaaaccagaagcggaagctagttcagaagctagttcagaagca--gttcagaagca 270  Q
    |||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  7902 tgatagcgcagaaaatt-agaagcggaagcttgttcagaagcaagttcagaagcactgttcagaagca 7836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 4)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 409 - 563
Target Start/End: Original strand, 44865 - 45023
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  44865 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44964  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 563  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44965 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 45023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 409 - 562
Target Start/End: Original strand, 49445 - 49602
Alignment:
Q  409 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctag--atcttatctactaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaa-atgt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  49445 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 49544  T
Q  506 aattaaccattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 562  Q
     |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49545 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 49602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 249 - 298
Target Start/End: Original strand, 44708 - 44758
Alignment:
Q  249 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44708 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 44758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 249 - 298
Target Start/End: Original strand, 49288 - 49338
Alignment:
Q  249 gttcagaagcagttcagaagcagtttctgattctaagg-tttatgtgaatt 298  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  49288 gttcagaagcagttcataagcagtttctgattctaaggttttatgtgaatt 49338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University