View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1361_low_1 (Length: 569)

Name: NF1361_low_1
Description: NF1361
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1361_low_1
NF1361_low_1
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (1-561)||(27523974-27524543)
chr4 (1-561)||(27468448-27469027)
chr4 (1-560)||(27514344-27514910)
chr4 (1-537)||(27503399-27503941)
chr4 (1-561)||(27475700-27476257)
chr4 (1-397)||(27508488-27508871)
chr4 (433-561)||(27508358-27508486)
chr4 (435-554)||(27556962-27557081)
chr4 (397-561)||(27489561-27489723)
chr4 (5-134)||(27497447-27497576)
chr4 (442-554)||(27497858-27497971)
chr4 (432-497)||(27506260-27506325)
chr4 (432-497)||(27479399-27479464)
chr4 (432-494)||(27486459-27486521)
chr4 (430-487)||(27526689-27526747)
chr4 (430-504)||(27554101-27554174)
chr4 (434-501)||(27431871-27431937)
chr4 (313-394)||(27517369-27517451)
chr4 (1-52)||(27489928-27489979)
chr4 (1-34)||(27479004-27479037)
chr4 (1-34)||(27486064-27486097)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-33)||(21477494-21477526)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 27524543 - 27523974
Alignment:
Q  1 tttctctccaacatacactgcaacgtagccctttctcacttctacagattttaattttgcttgactagaagttactgaaccctttagaatagtgtgtaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27524543 tttctctccaacatacactgcaacgtagccctttctcacttctacagattttgattttgcttgactagacgttactgaaccctttagaatagtgtgtaaa 27524444  T
Q  101 cggaaacccattttttgttattgttcgagagaagtacagnnnnnnn-tctcaaatgtaagaaggaagtaactaaatttttgatgatgcaatgatttgtgc 199  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||        ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||||||| || | |    
T  27524443 cggaaacccattttttgttatagtttgagagaagaacagagaaaaaatctcaaatgtatgaaggatgtaactaaatatttgataatgcaatgagtttttc 27524344  T
Q  200 tgttagtgaaggagatagtaagtgtatttatagattttgaagttctctcaaaaccaaattccaagaaaaactattattgatggggttgaaggatatagat 299  Q
    |||| |||||||||| || |||| ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27524343 tgtttgtgaaggagagaggaagtttatatatagattttaaagttctctcaaacccaaatttcaagaaaaactattattgaaggggttgaaggatatagat 27524244  T
Q  300 catagggataaggtagcatgtggtgttgtcttcgagtgtaccctaccttcttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagat---- 395  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||        
T  27524243 catagggataaggtagcatgtggtgttgtcttagagtgtaccctaccttcttaaacaatatccaatacaaagcttccaattgctaccaaatgagatgtgc 27524144  T
Q  396 ----gtgcaacctcatatttgttgatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgt 491  Q
        ||||||| |||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27524143 tcaagtgcaacgtcatatttcttcatgatttaattggtttccttcataatttcgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgt 27524044  T
Q  492 ccagctggtaagtgactacatggctatggataacaattgatcaacagaaaccattctacatgtctgtggt 561  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27524043 ccagctggtaagtgtctacatggctatggataacaattgatcaacataaaccattctacatgtctgtggt 27523974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 561
Target Start/End: Original strand, 27468448 - 27469027
Alignment:
Q  1 tttctctccaacatacactgcaacgtagccctttctcacttctacagattttaattttgcttgactagaagttactgaaccctttagaatagtgtgtaaa 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  ||||| || ||  ||||||||| ||  |||    
T  27468448 tttctctccaacatacaccgcaacatagccctttctcacttctacagattttgatgttgcttgtctagctgttaccgatcctcttagaatagagttgaaa 27468547  T
Q  101 cggaaacccatttttt-gttattgttcgagagaagtacagnnnnnnn-tctcaaatgtaagaaggaagtaa-------ctaaatttttgatgatgc-aat 190  Q
     ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||         |||||||||||| ||||| ||||       |||||| ||||||||||| |||    
T  27468548 tggaaacccatttttttgttattgtttgagagaagaacaaataaaaaatctcaaatgtaaaaaggatgtaagttgaaactaaatatttgatgatgccaat 27468647  T
Q  191 gatttgtgctgttagtgaaggagatagtaagtgtatttatagattttgaagttctctcaaaaccaaattccaagaaaaactattattgatggggttgaag 290  Q
    || |||| ||||| ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||| |    
T  27468648 gagttgtcctgtttgtgaaggcgagaggaagtgtatttatagattttgaagttctctcaaaatcaaatttcaacaaaaactattattgaagggtttgatg 27468747  T
Q  291 gatatagatcatagggataaggtagcatgtggtgttgtcttcgagtgtaccctaccttcttaaac-aatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaa 389  Q
    |||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27468748 gatagagagcatagggataaggtctcatgtggtgttgtctaagagtgtaccctaccttcttaaacaaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaa 27468847  T
Q  390 tgagat--------gtgcaacctcatatttgttgatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgata 481  Q
    ||||||        ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27468848 tgagatgtgctcaagtgcagcctcatatttcttcatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgata 27468947  T
Q  482 atgctgatgtccagctggtaagtgactacatggctatggataacaattgatcaacagaaaccattctacatgtctgtggt 561  Q
    |||| |||||  |||||||||||||||| | ||| |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  27468948 atgccgatgtgaagctggtaagtgactataaggccatggataacaatagatcaactcaaaccattctacatgtctgtggt 27469027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 27514910 - 27514344
Alignment:
Q  1 tttctctccaacatacactgcaacgtagccctttctcacttctacagattttaattttgcttgactagaagttactgaaccctttagaatagtgtgtaaa 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||  ||||| || ||  ||||||||| || ||||    
T  27514910 tttctctccaacatacaccgcaacatagccctttctcacttctacagattttgatgttgcttgtctagctgttaccgatcctcttagaatagagtttaaa 27514811  T
Q  101 cggaaacccattttttgttattgttcgagagaagtacagnnnnnnn-tctcaaatgtaagaaggaagtaa-------ctaaatttttgatgatgc-aatg 191  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||| |||         |||||||||||||||||| ||||       ||||||  |||||||||| ||||    
T  27514810 cgaaaacccattttttgttattgtttgagagaagaacaaataaaaaatctcaaatgtaagaaggatgtaagttttaactaaatacttgatgatgccaatg 27514711  T
Q  192 atttgtgctgttagtgaaggagatagtaagtgtatttatagattttgaagttctctcaaaaccaaattccaagaaaaactattattgatggggttgaagg 291  Q
    | ||||||| ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||| ||    
T  27514710 agttgtgct-tta-tgaaggagagaggaagtgtatttatagattttgaagttctctcagaaccaaatttcaagagaaactattattgaagggtttgatgg 27514613  T
Q  292 atatagatcatagggataaggtagcatgtggtgttgtcttcgagtgtaccctaccttcttaaac-aatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaat 390  Q
    ||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27514612 atagagagcatagggataaggtctcatgtggtgttgtctaagagtgtaccctaccttcttaaacaaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaat 27514513  T
Q  391 gagatgtgcaacctcatatttgttgatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatg 490  Q
    ||||||| || |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27514512 gagatgt-cagcctcatatttcttcatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctgatg 27514414  T
Q  491 tccagctggtaagtgactacatggctatggataacaattgatcaacagaaaccattctacatgtctgtgg 560  Q
    ||||||| ||||||||||| |  || || |||||||||  | ||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  27514413 tccagctagtaagtgactataatgccatagataacaatataacaacataaaccattctatatgtttgtgg 27514344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 27503941 - 27503399
Alignment:
Q  1 tttctctccaacatacactgcaacgtagccctttctcacttctacagattttaattttgcttgactagaagttactgaaccctttagaatagtgtgtaaa 100  Q
    |||||||||||||||||| | ||| ||||||||| |||||||||| |||||| || ||| ||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27503941 tttctctccaacatacacggaaacatagccctttttcacttctactgattttgatgttgtttgtctagctgttactgaaccctttagaatagtgtgtaaa 27503842  T
Q  101 cggaaacccattttttgttattgttcgagagaagtacagnnnnnnntc-tcaaatgtaagaaggaagtaactaaatttttgatgatgcaatgatttgtgc 199  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||| |||| ||||       |  |||||||||||| ||| |||| ||| | |||||||||||||||| ||||||    
T  27503841 cggaaacccatttttc-ttattgttcgagtgaagaacagtgaaaaatgatcaaatgtaagatggatgtaattaagtatttgatgatgcaatgaattgtgc 27503743  T
Q  200 tgttagtgaaggagatagtaagtgtatttatagattttgaagttctctcaaaaccaaattccaagaaaaactattattgatggggttgaaggatatagat 299  Q
    |||| |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||    
T  27503742 tgtttgtgaaggagagaggaagtgtatttatagagtttgaagttatctcaaaacccaattcctagaaaaactattattgaaggggtggaaggatagagat 27503643  T
Q  300 catagggataaggtagcatgtggtgttgtcttcgagtgtaccctacc-ttcttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatgtg 398  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||    
T  27503642 catagggataatgtagcatgtggtgttgtcttagagtgtcccctacctttcctaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaaaaaataagatgtg 27503543  T
Q  399 --caa------cctcatatttgttgatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatg 490  Q
      |||      ||||||||||||| ||||||||||| | |   |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27503542 atcaagtatagcctcatatttgttcatgatttaattagcg---tcaataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgttgatg 27503446  T
Q  491 tccagctggtaagtgactacatggctatggataacaattgatcaaca 537  Q
    |||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||| ||||||||    
T  27503445 tccagctgataagtgactataaggcaatggataacaatagatcaaca 27503399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 561
Target Start/End: Original strand, 27475700 - 27476257
Alignment:
Q  1 tttctctccaacatacactgcaacgtagccctttctcacttctacagattttaattttgcttgactagaagttactgaaccctttagaatagtgtgtaaa 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||| || ||| ||| ||||  ||||| || ||  ||||||||| || ||||    
T  27475700 tttctctccaacatacacggcaacatagccctttttcacttctactgattttgatgttgtttgtctagctgttaccgatcctcttagaatagagtttaaa 27475799  T
Q  101 cggaaacccattttttgttattgttcgagagaagtacagnnnnnnn-tctcaaatgtaagaaggaagtaactaaatttttgatgatgc-aatgatttgtg 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||         ||||||||||||           |||||| ||||||||||| ||| | |||||    
T  27475800 cggaaacccattttttgttattgtttgagagaaaaacaaataaaaaatctcaaatgtaa-----------ctaaatatttgatgatgccaatcagttgtg 27475888  T
Q  199 ctgttagtgaaggagatagtaagtgtatttatagattttgaagttctctcaaaaccaaattccaagaaaaactattattgatggggttgaaggatataga 298  Q
    |||||  ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||| |||    
T  27475889 ctgtttatgaaggagagaggaagtgtatttatagattttgaagttctctcaaaaccaaatttcaagagaaactattattgaagggtttgatggatagaga 27475988  T
Q  299 tcatagggataaggtagcatgtggtgttgtcttcgagtgtaccctacc-ttcttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatgt 397  Q
     || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  27475989 gcacagggataaggtagcatggggtgttgtcttagagtgtaccctacctttcctaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaaaaaataagatgt 27476088  T
Q  398 g--caa------cctcatatttgttgatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgat 489  Q
    |  |||      ||||||||||||| ||||||||||| | |   |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27476089 gatcaagtatagcctcatatttgttcatgatttaattagcg---tcaataattttgtaagcatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgccgat 27476185  T
Q  490 gtccagctggtaagtgactacatggctatggataacaattgatcaacagaaaccattctacatgtctgtggt 561  Q
    ||  |||||||| ||||||  | ||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27476186 gtgaagctggtatgtgactctaaggacatggataacaatagatcaacataaaccattctacatgtctgtggt 27476257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 27508871 - 27508488
Alignment:
Q  1 tttctctccaacatacactgcaacgtagccctttctcacttctacagattttaattttgcttgactagaagttactgaaccctttagaatagtgtgtaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||               |||||||||||||||||||| ||||||    
T  27508871 tttctctccaacatacactgcaacatagccctttctcacttctatagattttgatttt---------------actgaaccctttagaatagtatgtaaa 27508787  T
Q  101 cggaaacccattttttgttattgttcgagagaagtacagnnnnnnn--tctcaaatgtaagaaggaagtaactaaatttttgatgatgc-aatgatttgt 197  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||         | ||||| |||||||||| |||||||| |  |||||||||| ||||| ||||    
T  27508786 cggaaacccatttttc-ttattgttcgagagaagaacagagaaaaaaatatcaaaagtaagaaggatgtaactaagtaattgatgatgctaatgagttgt 27508688  T
Q  198 gctgttagtgaaggagatagtaagtgtatttatagattttgaagttctctcaaaaccaaattccaagaaaaactattattgatggggttgaaggatatag 297  Q
    |||||| |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||    
T  27508687 gctgtttgtgaaggagagaggaagtgtatttatagagtttgaagttatctcaaaacccaattcctagaaaaactattattgaaggggtggaaggatagag 27508588  T
Q  298 atcatagggataaggtagcatgtggtgttgtcttcgagtgtaccctaccttcttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatgt 397  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27508587 agcatagtgataaggtagcatgtggtgctgtcttagagtgtaccctaccttcttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttcctaccaaatgagatgt 27508488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 433 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 27508486 - 27508358
Alignment:
Q  433 cttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagctggtaagtgactacatggctatggataacaattgat 532  Q
    |||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| || ||||||||| |||    
T  27508486 cttcataattttataaacatgctgaagacatgttttcttcattatgacaatgctgatgtccagctagtaagtgactataaggccatagataacaatagat 27508387  T
Q  533 caacagaaaccattctacatgtctgtggt 561  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27508386 caacagaaaccattctacatgtttgtggt 27508358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 435 - 554
Target Start/End: Original strand, 27556962 - 27557081
Alignment:
Q  435 tcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagctggtaagtgactacatggctatggataacaattgatca 534  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||| || |  || |||||||||||| |||||    
T  27556962 tcataattttgtaaacatgctttagacatgttttcttcattatgatagtgttgatttccagctggtaagtgattataacgcaatggataacaatagatca 27557061  T
Q  535 acagaaaccattctacatgt 554  Q
    ||| ||||||||||||||||    
T  27557062 acataaaccattctacatgt 27557081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 397 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 27489723 - 27489561
Alignment:
Q  397 tgcaacctcatatttgttgatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagc 496  Q
    ||||||||||||||| || |||  |||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||    
T  27489723 tgcaacctcatatttattcatgcattaattggt--actttgtaattttgtaaacatgctttagacatgttttcttcattatgaaaatgtcgatgtccagc 27489626  T
Q  497 tggtaagtgactacatggctatggataacaattgatcaacagaaaccattctacatgtctgtggt 561  Q
    |||| ||||| || | ||| ||| ||||  || ||||| || |  ||||||||||||||||||||    
T  27489625 tggttagtgattataaggcaatgtataattatggatcatcataggccattctacatgtctgtggt 27489561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 5 - 134
Target Start/End: Original strand, 27497447 - 27497576
Alignment:
Q  5 tctccaacatacactgcaacgtagccctttctcacttctacagattttaattttgcttgactagaagttactgaaccctttagaatagtgtgtaaacgga 104  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||| ||  |||||| |||| |||||||||  || ||||| |||  ||||||||||    
T  27497447 tctccaacatacactgcaacatagccctttggaacttctacagattttgatgatgcttgtctagcagttactgatgcccttagagtagcatgtaaacgga 27497546  T
Q  105 aacccattttttgttattgttcgagagaag 134  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||||||||    
T  27497547 aacccatttttagttcttgtttgagagaag 27497576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 442 - 554
Target Start/End: Original strand, 27497858 - 27497971
Alignment:
Q  442 tttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagctggtaagtga-ctacatggctatggataacaattgatcaacagaa 540  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||  || | |||  ||||||||||| |||||||| ||    
T  27497858 tttgtaaacaggcttaggacatgttttcttcattatgataatgttgatgtctagctggtaagtgagatataaggcagtggataacaatagatcaacataa 27497957  T
Q  541 accattctacatgt 554  Q
    ||||||||||||||    
T  27497958 accattctacatgt 27497971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 432 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 27506325 - 27506260
Alignment:
Q  432 acttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagct 497  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||    
T  27506325 acttcataattttgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattatcaaagtgctgatgtccagct 27506260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 432 - 497
Target Start/End: Original strand, 27479399 - 27479464
Alignment:
Q  432 acttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagct 497  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||    
T  27479399 acttcataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattatcatggtgctgatgtccagct 27479464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 432 - 494
Target Start/End: Original strand, 27486459 - 27486521
Alignment:
Q  432 acttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtcca 494  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | || |||||||||    
T  27486459 acttcataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattattaaagtgttgatgtcca 27486521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 430 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 27526747 - 27526689
Alignment:
Q  430 gtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatg-ttttcttcattatgataatgctg 487  Q
    |||||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27526747 gtacttcataattttgaaaacattgttcagacatgtttttcttcattatgataatgctg 27526689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 430 - 504
Target Start/End: Original strand, 27554101 - 27554174
Alignment:
Q  430 gtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagctggtaagt 504  Q
    |||||||||||||||| |||||||  | |||||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||    
T  27554101 gtacttcataattttgcaaacatgtctaagacatgttt-cttcattttgataatgttgatctccagctggtaagt 27554174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 434 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 27431937 - 27431871
Alignment:
Q  434 ttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagctggta 501  Q
    ||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  27431937 ttcataattttgtaaacatgcattatacatgttt-cttcatcttgataatgttgatgtccagctggta 27431871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 313 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 27517451 - 27517369
Alignment:
Q  313 tagcatgtggtgttgtcttc-gagtgtaccctaccttcttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgaga 394  Q
    |||||||||| ||||||||  || ||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  27517451 tagcatgtggcgttgtcttaagattgtaccccaccttctcaaacaatggccaacacaaagcttccacttggaaccaattgaga 27517369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 52
Target Start/End: Complemental strand, 27489979 - 27489928
Alignment:
Q  1 tttctctccaacatacactgcaacgtagccctttctcacttctacagatttt 52  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||| | ||||||    
T  27489979 tttctctccaacatacactacaacatagccctttcttacttctgctgatttt 27489928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Original strand, 27479004 - 27479037
Alignment:
Q  1 tttctctccaacatacactgcaacgtagcccttt 34  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27479004 tttctctccaacatacactgcaacatagcccttt 27479037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Original strand, 27486064 - 27486097
Alignment:
Q  1 tttctctccaacatacactgcaacgtagcccttt 34  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27486064 tttctctccaacatacactgcaacatagcccttt 27486097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 33
Target Start/End: Original strand, 21477494 - 21477526
Alignment:
Q  1 tttctctccaacatacactgcaacgtagccctt 33  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21477494 tttctctccaacatacactgcaacatagccctt 21477526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University