View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1361_low_6 (Length: 506)

Name: NF1361_low_6
Description: NF1361
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1361_low_6
NF1361_low_6
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-500)||(2797795-2798294)
chr4 (1-384)||(1673431-1673816)
chr4 (1-384)||(1675906-1676291)
chr4 (1-384)||(1682434-1682819)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-493)||(29266975-29267467)
chr2 (1-479)||(29185879-29186354)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 484; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 2798294 - 2797795
Alignment:
Q  1 tgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggcagtggctgcagatccaacagct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2798294 tgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggcagtggctgcagatccaacagct 2798195  T
Q  101 cagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaaacagtttgggatccaagccacctatcagaaacaacacggataaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2798194 cagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaaacagtttgggatccaagccacctatcagaaacaacacggataaa 2798095  T
Q  201 gtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgatcctcatcaatatattgttttttcagcataaaatactcgtgatgaagg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2798094 gtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgattctcatcaatatattgttttttcagcataaaatactcgtgatgaagg 2797995  T
Q  301 atattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaacatatccatgtactctgtcatcccatgagaaatctggatttattgtgagctcaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2797994 atattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaacacatccatgtactctgtcatcccatgagaaatctggagttattgtgagctcaa 2797895  T
Q  401 cccccaaaactgagcaagtaattggctgcacatgggcagcaaggttcaattttgggaattgatgaataaatttatgaaggatcctccccatctgtggtgc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2797894 cccccaaaactgagcaagtaattggctgcacatgggcagcaaggttcaattttgggaattgatgaataaatttatgaaggatcctccccatctttggtgc 2797795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Original strand, 1673431 - 1673816
Alignment:
Q  1 tgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggcagtggctgcagatccaacagct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1673431 tgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggcagtggctgcagatccaacagct 1673530  T
Q  101 cagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaaacagtttgggatccaagccacctatcagaaacaacacggataaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1673531 cagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaatcagtttgggatccaagccacctatcagaaacaacacggataaa 1673630  T
Q  201 gtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgatcctcatcaatatattgttttttcagcataaaatactcgtgatgaagg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1673631 gtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgatcctcatcaacatattgttttttcagcataaaatactcgtgatgaaga 1673730  T
Q  301 atattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaac--atatccatgtactctgtcatcccatgagaaatctgga 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1673731 atattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaacatatatccatgtactctgtcatcccatgagaaatctgga 1673816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Original strand, 1675906 - 1676291
Alignment:
Q  1 tgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggcagtggctgcagatccaacagct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1675906 tgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggcagtggctgcagatccaacagct 1676005  T
Q  101 cagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaaacagtttgggatccaagccacctatcagaaacaacacggataaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1676006 cagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaatcagtttgggatccaagccacctatcagaaacaacacggataaa 1676105  T
Q  201 gtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgatcctcatcaatatattgttttttcagcataaaatactcgtgatgaagg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1676106 gtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgatcctcatcaacatattgttttttcagcataaaatactcgtgatgaaga 1676205  T
Q  301 atattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaac--atatccatgtactctgtcatcccatgagaaatctgga 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1676206 atattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaacatatatccatgtactctgtcatcccatgagaaatctgga 1676291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Original strand, 1682434 - 1682819
Alignment:
Q  1 tgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggcagtggctgcagatccaacagct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1682434 tgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggcagtggctgcagatccaacagct 1682533  T
Q  101 cagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaaacagtttgggatccaagccacctatcagaaacaacacggataaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1682534 cagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaaccagtttgggatccaagccacctatcagaaacaacacggataaa 1682633  T
Q  201 gtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgatcctcatcaatatattgttttttcagcataaaatactcgtgatgaagg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1682634 gtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgatcctcatcaacatattgttttttcagcataaaatactcgtgatgaaga 1682733  T
Q  301 atattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaac--atatccatgtactctgtcatcccatgagaaatctgga 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1682734 atattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaacatatatccatgtactctgtcatcccatgagaaatctgga 1682819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 29267467 - 29266975
Alignment:
Q  1 tgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggcagtggctgcagatccaacagct 100  Q
    ||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||  |||||| || || || ||||| ||||||||||| || |    
T  29267467 tgtgtctgtactgggttgaaatgcttaaaatcctgataaagagcttcatatgatggatttcttaaggcagtaactggaagtggttgcagatccaatagtt 29267368  T
Q  101 cagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaaacagtttgggatccaagccacctatcagaaacaacacggataaa 200  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||    
T  29267367 cagtaggcggaggatacttttcaggtaaaattagatgcctgaaagaaacaggcagaacagtttgggatccaagccatttatcagaaacaacacggatgaa 29267268  T
Q  201 gtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgatcctcatcaatatattgttttttcagcataaaatactcgtgatgaagg 300  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| || ||| | ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  29267267 gtattgaggaggaagaggctcgtatatcggcactgtaaaattcaaagtgtggtcctcctcaatgtactgttttttcagcaaaaaatactcatgatgaagg 29267168  T
Q  301 atattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaacatatccatgtactctgtcatcccatgagaaatctggatttattgtgagctcaa 400  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  29267167 atatattcaccatcattatcctccacaatcacccagaacggctcaacatatccatgcattctgtcatcccatgcaaaatctggagttattgtgagctcaa 29267068  T
Q  401 cccccaaaactgagcaagtaattggctgcacatgggcagcaaggttcaattttgggaattgatgaataaatttatgaaggatcctccccatct 493  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||    
T  29267067 cccccaaaactgtgcgagtaattggctgcacatgtgctgcaaggttcagttttggaaattgatggataaatctatgaagggtcctccccatct 29266975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 479
Target Start/End: Original strand, 29185879 - 29186354
Alignment:
Q  1 tgtgtctgtataggattaaaatgcttaaaatcctgataaagagtttcataagaaggactttgtaaggctgtcacaggcagtggctgcagatccaacagct 100  Q
    ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||  |||||| || || || ||||| ||||||||||  || |    
T  29185879 tgtgtctgtactggattgaaatgcttaaaatcctgataaagagcttcatatgatggatttcttaaggcagtaaccggaagtggttgcagatccagtagtt 29185978  T
Q  101 cagtaggtggaggatacttttcaggtaaaattatgtgcctgaaagaaacaggtaaaacagtttgggatccaagccacctatcagaaacaacacggataaa 200  Q
    |||||||   |||||| |||||||||||||| |  || ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |    
T  29185979 cagtagg---aggatagttttcaggtaaaatgagatgactgcaagaaacaggtaaaactgtttgggatccaagccatttatcagaaacaacacggataga 29186075  T
Q  201 gtattgaggaggaagaggttcatatattggtactatgaaattcaaagtatgatcctcatcaatatattgttttttcagcataaaatactcgtgatgaagg 300  Q
    ||||||||||||||||   |  | |||||  ||| ||||||||||||| |||||||| | ||| |  ||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  29186076 gtattgaggaggaagacacttgtctattgacactgtgaaattcaaagtgtgatcctccttaatgtgctgttttttcagcaaaaaatactcatgatgaagg 29186175  T
Q  301 atattttccccatcattatcctccacaatcacccaaaacggctcaacatatccatgtactctgtcatcccatgagaaatctggatttattgtgagctcaa 400  Q
    || | | | ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  29186176 atctgtgcaccatctttatcctccataatcacccagaacggctcaacatatccatgcattatgtcatcccatgcaaaatctggagttattgtgagctcaa 29186275  T
Q  401 cccccaaaactgagcaagtaattggctgcacatgggcagcaaggttcaattttgggaattgatgaataaatttatgaag 479  Q
    |||| |||||||  | |||| ||||| ||||||| ||  ||||||||| |||||| |||||| | |||| |||||||||    
T  29186276 cccctaaaactgcactagtagttggccgcacatgtgcgacaaggttcagttttggaaattgacggataagtttatgaag 29186354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University